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A G 281.37 PASS AF=0.369231;AO=96;DP=260;FAO=96;FDP=260;FR=.;FRO=164;FSAF=86;FSAR=10;FSRF=80;FSRR=84;FWDB=0.00880185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6532;QD=4.32879;RBI=0.0122145;REFB=-0.0259654;REVB=-0.00846885;RO=164;SAF=86;SAR=10;SRF=80;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.570462;STB=0.829557;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0387456;OID=.;OPOS=20964328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:164:164:96:96:0.369231:10:86:80:84:10:86:80:84 chr1 20972048 . G A 337.59 PASS AF=0.541985;AO=71;DP=131;FAO=71;FDP=131;FR=.;FRO=60;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=0.00847779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3473;QD=10.3079;RBI=0.0174421;REFB=-0.0349209;REVB=-0.0152432;RO=60;SAF=39;SAR=32;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716036;STB=0.539158;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0325036;OID=.;OPOS=20972048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:60:60:71:71:0.541985:32:39:38:22:32:39:38:22 chr1 20977000 . A C 695.9 PASS AF=0.512903;AO=159;DP=310;FAO=159;FDP=310;FR=.;FRO=151;FSAF=82;FSAR=77;FSRF=76;FSRR=75;FWDB=-0.0656613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.881;QD=8.9793;RBI=0.0667558;REFB=-0.0219478;REVB=0.0120386;RO=151;SAF=82;SAR=77;SRF=76;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110614;STB=0.506049;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0214478;OID=.;OPOS=20977000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:310:151:151:159:159:0.512903:77:82:76:75:77:82:76:75 chr1 21889635 . T C 1434.58 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.358;QD=38.5122;RBI=0.0254408;REFB=0;REVB=0.00203014;RO=0;SAF=90;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.25583e-05;OID=.;OPOS=21889635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:67:149:149:0:0:149:149:1:59:90:0:0:59:90:0:0 chr1 21894735 . T C 362.06 PASS AF=0.542857;AO=76;DP=140;FAO=76;FDP=140;FR=.;FRO=64;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.0112906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.295;QD=10.3445;RBI=0.0447596;REFB=0.00280924;REVB=-0.0433122;RO=64;SAF=42;SAR=34;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311418;STB=0.517041;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.00232579;OID=.;OPOS=21894735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:64:64:76:76:0.542857:34:42:33:31:34:42:33:31 chr1 21894816 . T C 352.91 PASS AF=0.548148;AO=74;DP=135;FAO=74;FDP=135;FR=.;FRO=61;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.00707015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=404.354;QD=10.4566;RBI=0.00923892;REFB=-0.0265346;REVB=-0.00594732;RO=61;SAF=39;SAR=35;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291314;STB=0.515931;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0275669;OID=.;OPOS=21894816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:61:61:74:74:0.548148:35:39:30:31:35:39:30:31 chr1 21896887 . G T 600.54 PASS AF=0.58794;AO=117;DP=199;FAO=117;FDP=199;FR=.;FRO=82;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=-0.0190483;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.326;QD=12.0711;RBI=0.0196092;REFB=0.00662594;REVB=-0.00465612;RO=82;SAF=56;SAR=61;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809902;STB=0.543888;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00473297;OID=.;OPOS=21896887;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:82:82:117:117:0.58794:61:56:48:34:61:56:48:34 chr1 21900146 . C G 375.21 PASS AF=0.420849;AO=107;DP=257;FAO=109;FDP=259;FR=.;FRO=150;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=86;FSRR=64;FWDB=-0.0128858;FXX=0.00384601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=380.376;QD=5.79468;RBI=0.0200023;REFB=0.00593148;REVB=-0.0152986;RO=150;SAF=57;SAR=50;SRF=86;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427987;STB=0.524043;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.00370228;OID=.;OPOS=21900146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:259:150:150:107:109:0.420849:50:57:86:64:51:58:86:64 chr1 21900151 . T C 377.94 PASS AF=0.420849;AO=106;DP=256;FAO=109;FDP=259;FR=.;FRO=150;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=86;FSRR=64;FWDB=-0.0197156;FXX=0.00384601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=388.347;QD=5.83698;RBI=0.0253542;REFB=0.000874493;REVB=-0.0159415;RO=150;SAF=57;SAR=49;SRF=86;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376816;STB=0.518743;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.000905854;OID=.;OPOS=21900151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:259:150:150:106:109:0.420849:49:57:86:64:50:59:86:64 chr1 21900171 . A G 384.93 PASS AF=0.42471;AO=107;DP=256;FAO=110;FDP=259;FR=.;FRO=149;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=85;FSRR=64;FWDB=-0.0571175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.517;QD=5.94487;RBI=0.0581509;REFB=-0.0273182;REVB=-0.0109143;RO=146;SAF=58;SAR=49;SRF=83;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276382;STB=0.519778;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0283113;OID=.;OPOS=21900171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:259:146:149:107:110:0.42471:49:58:83:63:51:59:85:64 chr1 24018277 . C G 2217.29 PASS AF=1;AO=230;DP=230;FAO=230;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6981;QD=38.5616;RBI=0.0594057;REFB=0;REVB=0.0493471;RO=0;SAF=100;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6117e-05;OID=.;OPOS=24018277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:230:230:0:0:230:230:1:130:100:0:0:130:100:0:0 chr1 35251219 . C A 2883.14 PASS AF=1;AO=298;DP=298;FAO=301;FDP=301;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=155;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412792;FXX=0.00331115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.285;QD=38.3141;RBI=0.0514483;REFB=0;REVB=0.0307076;RO=0;SAF=143;SAR=155;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04031e-06;OID=.;OPOS=35251219;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:298:301:0:0:298:301:1:155:143:0:0:155:146:0:0 chr1 35251229 . G A 2893.12 PASS AF=1;AO=302;DP=302;FAO=302;FDP=302;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=155;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.6393;QD=38.3195;RBI=0.0717687;REFB=0;REVB=0.0485895;RO=0;SAF=147;SAR=155;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72965e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221388;OID=.;OPOS=35251229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:302:302:0:0:302:302:1:155:147:0:0:155:147:0:0 chr1 40556922 . T C 1915.87 PASS AF=1;AO=199;DP=199;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6244;QD=38.5099;RBI=0.0324183;REFB=0;REVB=-0.00525448;RO=0;SAF=91;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30666e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102397;OID=.;OPOS=40556922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:90:199:199:0:0:199:199:1:108:91:0:0:108:91:0:0 chr1 41284366 . G C 75.15 PASS AF=0.292035;AO=31;DP=112;FAO=33;FDP=113;FR=.,HEALED;FRO=80;FSAF=33;FSAR=0;FSRF=80;FSRR=0;FWDB=0.155922;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4533;QD=2.66;RBI=0.155922;REFB=0.0113152;REVB=0;RO=63;SAF=31;SAR=0;SRF=63;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0251173;OID=.;OPOS=41284366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:112:113:63:80:31:33:0.292035:0:31:63:0:0:33:80:0 chr1 41284406 . A G 80.56 PASS AF=0.300885;AO=34;DP=113;FAO=34;FDP=113;FR=.;FRO=79;FSAF=34;FSAR=0;FSRF=79;FSRR=0;FWDB=0.00434578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=471.345;QD=2.85175;RBI=0.00434578;REFB=-0.00243525;REVB=0;RO=79;SAF=34;SAR=0;SRF=79;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00583022;OID=.;OPOS=41284406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:113:113:79:79:34:34:0.300885:0:34:79:0:0:34:79:0 chr1 41285087 . T C 540.37 PASS AF=0.490566;AO=130;DP=266;FAO=130;FDP=265;FR=.;FRO=135;FSAF=69;FSAR=61;FSRF=76;FSRR=59;FWDB=0.00740178;FXX=0.00749036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.347;QD=8.15659;RBI=0.0127945;REFB=-0.0304227;REVB=0.0104361;RO=135;SAF=69;SAR=61;SRF=76;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300299;STB=0.516494;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0303749;OID=.;OPOS=41285087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:265:135:135:130:130:0.490566:61:69:76:59:61:69:76:59 chr1 41285171 . C A 548.99 PASS AF=0.5;AO=129;DP=258;FAO=129;FDP=258;FR=.;FRO=129;FSAF=70;FSAR=59;FSRF=68;FSRR=61;FWDB=-0.000592664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=394.38;QD=8.51151;RBI=0.00355674;REFB=-0.00943348;REVB=-0.00350702;RO=129;SAF=70;SAR=59;SRF=68;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142127;STB=0.507797;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00955909;OID=.;OPOS=41285171;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:129:129:129:129:0.5:59:70:68:61:59:70:68:61 chr1 41296828 . T G 714.58 PASS AF=0.491429;AO=172;DP=350;FAO=172;FDP=350;FR=.;FRO=178;FSAF=96;FSAR=76;FSRF=88;FSRR=90;FWDB=-0.00561394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.271;QD=8.16666;RBI=0.0197177;REFB=-0.0491413;REVB=-0.0189016;RO=177;SAF=96;SAR=76;SRF=88;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567115;STB=0.532616;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0465857;OID=.;OPOS=41296828;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:350:350:177:178:172:172:0.491429:76:96:88:89:76:96:88:90 chr1 41298652 . T C 2254.79 PASS AF=1;AO=241;DP=244;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=156;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0890529;FXX=0.0122946;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.861;QD=37.424;RBI=0.0927628;REFB=-0.0597116;REVB=0.0259715;RO=3;SAF=156;SAR=85;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165206;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49591e-05;OID=.;OPOS=41298652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:83:244:241:3:0:241:241:1:85:156:0:3:85:156:0:0 chr1 68896644 . G A 3181.4 PASS AF=1;AO=272;DP=335;FAO=335;FDP=335;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=175;FSAR=160;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7426;QD=37.9869;RBI=0.045822;REFB=0;REVB=-0.0191936;RO=0;SAF=129;SAR=143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49185e-05;OID=.;OPOS=68896644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:335:335:0:0:272:335:1:143:129:0:0:160:175:0:0 chr1 68896645 . T A 52.58 PASS AF=0.18806;AO=63;DP=335;FAO=63;FDP=335;FR=.;FRO=272;FSAF=46;FSAR=17;FSRF=129;FSRR=143;FWDB=0.0246468;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=65.791;QD=0.627853;RBI=0.0364567;REFB=-0.0722113;REVB=-0.0268632;RO=272;SAF=46;SAR=17;SRF=129;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336845;STB=0.712075;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0595818;OID=.;OPOS=68896645;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:335:335:272:272:63:63:0.18806:17:46:129:143:17:46:129:143 chr1 68915479 . A T 520.15 PASS AF=0.525114;AO=115;DP=219;FAO=115;FDP=219;FR=.;FRO=104;FSAF=63;FSAR=52;FSRF=48;FSRR=56;FWDB=-0.00388199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4556;QD=9.5004;RBI=0.00450337;REFB=-0.0440285;REVB=-0.00228265;RO=104;SAF=63;SAR=52;SRF=48;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750243;STB=0.541023;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0394218;OID=.;OPOS=68915479;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:104:104:115:115:0.525114:52:63:48:56:52:63:48:56 chr1 94461637 . C G 523.5 PASS AF=0.456667;AO=137;DP=300;FAO=137;FDP=300;FR=.;FRO=163;FSAF=76;FSAR=61;FSRF=68;FSRR=95;FWDB=0.0419991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.183;QD=6.98;RBI=0.0423485;REFB=-0.0147246;REVB=0.00542885;RO=163;SAF=76;SAR=61;SRF=68;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134706;STB=0.574408;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0166579;OID=.;OPOS=94461637;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:300:163:163:137:137:0.456667:61:76:68:95:61:76:68:95 chr1 94461717 . C A 486.14 PASS AF=0.451389;AO=129;DP=291;FAO=130;FDP=288;FR=.;FRO=158;FSAF=68;FSAR=62;FSRF=63;FSRR=95;FWDB=-0.0083432;FXX=0.0136982;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.638;QD=6.75195;RBI=0.00834344;REFB=-0.00255867;REVB=-6.21677e-05;RO=155;SAF=68;SAR=61;SRF=60;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137614;STB=0.567922;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00272527;OID=.;OPOS=94461717;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:288:155:158:129:130:0.451389:61:68:60:95:62:68:63:95 chr1 94461754 . A G 529.86 PASS AF=0.467128;AO=135;DP=289;FAO=135;FDP=289;FR=.;FRO=154;FSAF=72;FSAR=63;FSRF=59;FSRR=95;FWDB=0.00476621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.913;QD=7.33367;RBI=0.00944964;REFB=-0.0122313;REVB=0.00815959;RO=154;SAF=72;SAR=63;SRF=59;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144394;STB=0.579539;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0112808;OID=.;OPOS=94461754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:289:154:154:135:135:0.467128:63:72:59:95:63:72:59:95 chr1 94463396 . G A 456.29 PASS AF=0.451493;AO=121;DP=268;FAO=121;FDP=268;FR=.;FRO=147;FSAF=51;FSAR=70;FSRF=66;FSRR=81;FWDB=0.00834178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.58;QD=6.81033;RBI=0.0423928;REFB=-0.0211313;REVB=0.041564;RO=147;SAF=51;SAR=70;SRF=66;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277757;STB=0.515383;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0279066;OID=.;OPOS=94463396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:268:147:147:121:121:0.451493:70:51:66:81:70:51:66:81 chr1 94466659 . A G 555.78 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.736;QD=38.3299;RBI=0.036719;REFB=0;REVB=0.0344564;RO=0;SAF=5;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141815;OID=.;OPOS=94466659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:58:58:0:0:58:58:1:53:5:0:0:53:5:0:0 chr1 94467407 . C T 397.84 PASS AF=0.514286;AO=90;DP=175;FAO=90;FDP=175;FR=.;FRO=85;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=0.0198518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.758;QD=9.09358;RBI=0.028463;REFB=-0.000827892;REVB=0.0203972;RO=85;SAF=50;SAR=40;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960919;STB=0.55272;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000271485;OID=.;OPOS=94467407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:85:85:90:90:0.514286:40:50:38:47:40:50:38:47 chr1 94467447 . G A 402.81 PASS AF=0.514124;AO=91;DP=177;FAO=91;FDP=177;FR=.;FRO=86;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=0.00539775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=389.642;QD=9.10312;RBI=0.0247753;REFB=-0.022769;REVB=0.0241802;RO=86;SAF=49;SAR=42;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854412;STB=0.546865;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0204946;OID=.;OPOS=94467447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:86:86:91:91:0.514124:42:49:38:48:42:49:38:48 chr1 94471075 . A G 503.17 PASS AF=0.418079;AO=148;DP=354;FAO=148;FDP=354;FR=.;FRO=206;FSAF=69;FSAR=79;FSRF=106;FSRR=100;FWDB=-0.0407762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.197;QD=5.68552;RBI=0.0440946;REFB=0.00126149;REVB=0.0167819;RO=206;SAF=69;SAR=79;SRF=106;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505327;STB=0.528152;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.00182448;OID=.;OPOS=94471075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:354:206:206:148:148:0.418079:79:69:106:100:79:69:106:100 chr1 94471154 . C T 426.12 PASS AF=0.425087;AO=122;DP=287;FAO=122;FDP=287;FR=.;FRO=165;FSAF=41;FSAR=81;FSRF=64;FSRR=101;FWDB=-0.0112388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.093;QD=5.939;RBI=0.0113215;REFB=0.0108157;REVB=0.00136579;RO=165;SAF=41;SAR=81;SRF=64;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585506;STB=0.532656;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.0135977;OID=.;OPOS=94471154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:287:165:165:122:122:0.425087:81:41:64:101:81:41:64:101 chr1 94474328 . T C 123.02 PASS AF=0.349593;AO=43;DP=123;FAO=43;FDP=123;FR=.;FRO=80;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=0.0103974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=370.321;QD=4.0006;RBI=0.0115961;REFB=-0.00753974;REVB=0.00513447;RO=80;SAF=21;SAR=22;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293375;STB=0.516842;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0142869;OID=.;OPOS=94474328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:80:80:43:43:0.349593:22:21:37:43:22:21:37:43 chr1 94476388 . C G 267.33 PASS AF=0.453947;AO=69;DP=152;FAO=69;FDP=152;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.0407869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.72;QD=7.03492;RBI=0.0410196;REFB=-0.0151402;REVB=0.00436373;RO=83;SAF=31;SAR=38;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00848167;STB=0.504715;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0184592;OID=.;OPOS=94476388;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:83:83:69:69:0.453947:38:31:38:45:38:31:38:45 chr1 94480037 . C T 588.5 PASS AF=0.459701;AO=152;DP=336;FAO=154;FDP=335;FR=.;FRO=181;FSAF=72;FSAR=82;FSRF=83;FSRR=98;FWDB=0.0351225;FXX=0.0029761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5641;QD=7.02685;RBI=0.0507827;REFB=0.0162139;REVB=0.0366782;RO=182;SAF=71;SAR=81;SRF=84;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00551519;STB=0.504869;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.0186424;OID=.;OPOS=94480037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:336:335:182:181:152:154:0.459701:81:71:84:98:82:72:83:98 chr1 94495930 . T C 2684.16 PASS AF=1;AO=282;DP=284;FAO=282;FDP=282;FR=.;FRO=0;FSAF=138;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017957;FXX=0.00704201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1571;QD=38.0732;RBI=0.0211363;REFB=-0.0186492;REVB=-0.0111484;RO=1;SAF=138;SAR=144;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00330011;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.13653e-05;OID=.;OPOS=94495930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:284:282:1:0:282:282:1:144:138:0:1:144:138:0:0 chr1 94544234 . T C 1049.54 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.787;QD=38.5154;RBI=0.0408011;REFB=0;REVB=-0.00955642;RO=0;SAF=45;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86764e-05;OID=.;OPOS=94544234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:49:109:109:0:0:109:109:1:64:45:0:0:64:45:0:0 chr1 94549029 . A G 921.13 PASS AF=0.524051;AO=207;DP=395;FAO=207;FDP=395;FR=.;FRO=188;FSAF=105;FSAR=102;FSRF=75;FSRR=113;FWDB=0.0148248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3487;QD=9.32791;RBI=0.0206637;REFB=-0.0120119;REVB=-0.0143949;RO=188;SAF=105;SAR=102;SRF=75;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944763;STB=0.551479;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0113237;OID=.;OPOS=94549029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:395:395:188:188:207:207:0.524051:102:105:75:113:102:105:75:113 chr1 94578548 . T C 3834.43 PASS AF=1;AO=631;DP=634;FAO=398;FDP=398;FR=.;FRO=0;FSAF=196;FSAR=202;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0630724;FXX=0.00499988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.732;QD=38.537;RBI=0.0674675;REFB=0;REVB=0.0239526;RO=0;SAF=328;SAR=303;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43375e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.30226e-05;OID=.;OPOS=94578548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:634:398:0:0:631:398:1:303:328:0:0:202:196:0:0 chr1 100672060 . T C 2589.68 PASS AF=1;AO=268;DP=269;FAO=269;FDP=269;FR=.;FRO=0;FSAF=148;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00667611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.997;QD=38.5082;RBI=0.0193884;REFB=0;REVB=-0.0182027;RO=0;SAF=148;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.16716e-06;OID=.;OPOS=100672060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:269:269:0:0:268:269:1:120:148:0:0:121:148:0:0 chr1 103352451 . A G 420.45 PASS AF=0.448;AO=112;DP=250;FAO=112;FDP=250;FR=.;FRO=138;FSAF=65;FSAR=47;FSRF=69;FSRR=69;FWDB=-0.0220816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.02;QD=6.72722;RBI=0.0343556;REFB=-0.0248815;REVB=-0.0263193;RO=138;SAF=65;SAR=47;SRF=69;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808956;STB=0.544868;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0342176;OID=.;OPOS=103352451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:138:138:112:112:0.448:47:65:69:69:47:65:69:69 chr1 103354138 . A G 661.16 PASS AF=0.468144;AO=169;DP=362;FAO=169;FDP=361;FR=.;FRO=192;FSAF=92;FSAR=77;FSRF=108;FSRR=84;FWDB=-0.0137624;FXX=0.00276235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.57;QD=7.32584;RBI=0.0906155;REFB=-0.0108495;REVB=0.0895643;RO=187;SAF=92;SAR=77;SRF=103;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00618411;STB=0.50973;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.012983;OID=.;OPOS=103354138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:362:361:187:192:169:169:0.468144:77:92:103:84:77:92:108:84 chr1 103354428 . A G 401.52 PASS AF=0.497354;AO=94;DP=189;FAO=94;FDP=189;FR=.;FRO=95;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=39;FSRR=56;FWDB=-0.00950084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.861;QD=8.4978;RBI=0.00952986;REFB=-0.0182182;REVB=0.000743177;RO=95;SAF=39;SAR=55;SRF=39;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00411345;STB=0.502262;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.018501;OID=.;OPOS=103354428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:95:95:94:94:0.497354:55:39:39:56:55:39:39:56 chr1 103379918 . G A 390.14 PASS AF=0.462963;AO=100;DP=216;FAO=100;FDP=216;FR=.;FRO=116;FSAF=38;FSAR=62;FSRF=49;FSRR=67;FWDB=-0.0653492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2705;QD=7.22481;RBI=0.0684754;REFB=-0.00600997;REVB=0.020454;RO=116;SAF=38;SAR=62;SRF=49;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431525;STB=0.523888;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00646226;OID=.;OPOS=103379918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:116:116:100:100:0.462963:62:38:49:67:62:38:49:67 chr1 103405892 . G A 452.38 PASS AF=0.484581;AO=109;DP=227;FAO=110;FDP=227;FR=.;FRO=117;FSAF=57;FSAR=53;FSRF=59;FSRR=58;FWDB=-0.00292425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2271;QD=7.97138;RBI=0.00965997;REFB=-0.0186482;REVB=0.00920672;RO=117;SAF=57;SAR=52;SRF=59;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175587;STB=0.507173;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0199728;OID=.;OPOS=103405892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:117:117:109:110:0.484581:52:57:59:58:53:57:59:58 chr1 103427844 . T A 961.82 PASS AF=0.531328;AO=267;DP=502;FAO=212;FDP=399;FR=.;FRO=187;FSAF=103;FSAR=109;FSRF=101;FSRR=86;FWDB=-0.00620863;FXX=0.00249994;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1229;QD=9.6423;RBI=0.0392221;REFB=-0.0212142;REVB=-0.0387276;RO=234;SAF=132;SAR=135;SRF=121;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194915;STB=0.525411;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0188031;OID=.;OPOS=103427844;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:502:399:234:187:267:212:0.531328:135:132:121:113:109:103:101:86 chr1 103444679 . T G 2618.94 PASS AF=1;AO=277;DP=280;FAO=277;FDP=277;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=170;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140547;FXX=0.0142344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.82;QD=37.8186;RBI=0.0147147;REFB=0.0637269;REVB=-0.00435778;RO=2;SAF=107;SAR=170;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00557641;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.47965e-05;OID=.;OPOS=103444679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:280:277:2:0:277:277:1:170:107:0:2:170:107:0:0 chr1 103449598 . G C 2263.16 PASS AF=1;AO=235;DP=235;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.602;QD=38.3586;RBI=0.0808112;REFB=0;REVB=0.0704766;RO=0;SAF=126;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08718e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348444;OID=.;OPOS=103449598;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:235:236:0:0:235:236:1:109:126:0:0:110:126:0:0 chr1 103455217 . C T 3853.67 PASS AF=1;AO=446;DP=446;FAO=400;FDP=400;FR=.;FRO=0;FSAF=203;FSAR=197;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00360282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.189;QD=38.5367;RBI=0.0314937;REFB=0;REVB=0.031287;RO=0;SAF=228;SAR=218;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41614e-05;OID=.;OPOS=103455217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:446:400:0:0:446:400:1:218:228:0:0:197:203:0:0 chr1 103461508 . T A 3620.93 PASS AF=1;AO=387;DP=392;FAO=387;FDP=387;FR=.;FRO=0;FSAF=237;FSAR=150;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00750633;FXX=0.0127548;HRUN=3;LEN=1;MLLD=363.952;QD=37.4256;RBI=0.0354933;REFB=-0.103673;REVB=0.0346905;RO=5;SAF=237;SAR=150;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00995988;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.66652e-05;OID=.;OPOS=103461508;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:392:387:5:0:387:387:1:150:237:5:0:150:237:0:0 chr1 103463976 . G T 2589.67 PASS AF=1;AO=269;DP=269;FAO=269;FDP=269;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.319;QD=38.5081;RBI=0.028194;REFB=0;REVB=-0.0254473;RO=0;SAF=144;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.11774e-06;OID=.;OPOS=103463976;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:269:269:0:0:269:269:1:125:144:0:0:125:144:0:0 chr1 103467615 . C T 2789.39 PASS AF=1;AO=291;DP=291;FAO=291;FDP=291;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=150;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.533;QD=38.3421;RBI=0.0314355;REFB=0;REVB=0.0206863;RO=0;SAF=141;SAR=150;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09058e-05;OID=.;OPOS=103467615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:291:291:0:0:291:291:1:150:141:0:0:150:141:0:0 chr1 103471456 . CCAT C 428.08 PASS AF=0.512438;AO=192;DP=411;FAO=103;FDP=201;FR=.;FRO=98;FSAF=9;FSAR=94;FSRF=2;FSRR=96;FWDB=0.0942885;FXX=0.497488;HRUN=2;LEN=3;MLLD=244.791;QD=8.5189;RBI=0.0944451;REFB=-0.0456633;REVB=-0.00543529;RO=191;SAF=97;SAR=95;SRF=95;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00712893;STB=0.623159;STBP=0.1;TYPE=del;VARB=0.0462631;OID=.;OPOS=103471457;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.512438:192:411:103:201:98:9:94:2:96:99:191:97:95:95:96 chr1 103483514 . C T 1181.74 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.943;QD=38.1206;RBI=0.0285799;REFB=0;REVB=0.013659;RO=0;SAF=60;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35009e-05;OID=.;OPOS=103483514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:56:123:124:0:0:123:124:1:63:60:0:0:63:61:0:0 chr1 103548319 . C G 115.71 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0204243;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.274;QD=8.73295;RBI=0.0405507;REFB=-0.0402281;REVB=-0.0350315;RO=24;SAF=18;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104497;STB=0.576862;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0389466;OID=.;OPOS=103548319;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:24:27:26:26:0.490566:8:18:14:10:8:18:15:12 chr1 116245533 . G A 738.36 PASS AF=0.480315;AO=183;DP=381;FAO=183;FDP=381;FR=.;FRO=198;FSAF=93;FSAR=90;FSRF=94;FSRR=104;FWDB=0.0292268;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.5767;QD=7.75181;RBI=0.0458916;REFB=0.0142322;REVB=0.0353813;RO=198;SAF=93;SAR=90;SRF=94;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316229;STB=0.517376;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.0149577;OID=.;OPOS=116245533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:381:381:198:198:183:183:0.480315:90:93:94:104:90:93:94:104 chr1 116245551 . A G 738.4 PASS AF=0.480315;AO=183;DP=381;FAO=183;FDP=381;FR=.;FRO=198;FSAF=91;FSAR=92;FSRF=93;FSRR=105;FWDB=0.00582659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.03;QD=7.75225;RBI=0.0115383;REFB=-0.028147;REVB=0.00995904;RO=197;SAF=91;SAR=92;SRF=92;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285629;STB=0.514329;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0334333;OID=.;OPOS=116245551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:381:381:197:198:183:183:0.480315:92:91:92:105:92:91:93:105 chr1 116268202 . G A 11.23 PASS AF=0.2;AO=4;DP=21;FAO=4;FDP=20;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00116143;FXX=0.0908678;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.169;QD=2.24549;RBI=0.0023514;REFB=0.00558085;REVB=-0.00204455;RO=17;SAF=1;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203746;STB=0.66578;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00764532;OID=.;OPOS=116268202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:21:20:17:16:4:4:0.2:3:1:7:10:3:1:7:9 chr1 116283343 . A G 734.31 PASS AF=0.487738;AO=179;DP=367;FAO=179;FDP=367;FR=.;FRO=188;FSAF=100;FSAR=79;FSRF=95;FSRR=93;FWDB=-0.00510833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.422;QD=8.00342;RBI=0.00756282;REFB=-0.0148178;REVB=0.00557684;RO=188;SAF=100;SAR=79;SRF=95;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501335;STB=0.527523;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0165927;OID=.;OPOS=116283343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:367:367:188:188:179:179:0.487738:79:100:95:93:79:100:95:93 chr1 116310967 . T C 304.64 PASS AF=0.429293;AO=85;DP=198;FAO=85;FDP=198;FR=.;FRO=113;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=65;FSRR=48;FWDB=0.00536305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.821;QD=6.15437;RBI=0.00565799;REFB=-0.00831746;REVB=0.00180293;RO=113;SAF=50;SAR=35;SRF=65;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137036;STB=0.507643;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0110047;OID=.;OPOS=116310967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:113:113:85:85:0.429293:35:50:65:48:35:50:65:48 chr1 155205669 . G T 2987.35 PASS AF=1;AO=310;DP=310;FAO=310;FDP=310;FR=.;FRO=0;FSAF=166;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.956;QD=38.5465;RBI=0.05348;REFB=0;REVB=0.0205688;RO=0;SAF=166;SAR=144;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125205;OID=.;OPOS=155205669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:310:310:0:0:310:310:1:144:166:0:0:144:166:0:0 chr1 156146218 . C T 572.17 PASS AF=0.49635;AO=137;DP=276;FAO=136;FDP=274;FR=.;FRO=138;FSAF=66;FSAR=70;FSRF=73;FSRR=65;FWDB=-0.0147215;FXX=0.00724611;HRUN=4;LEN=1;MLLD=315.974;QD=8.35282;RBI=0.0147248;REFB=-0.0162291;REVB=-0.000311713;RO=139;SAF=66;SAR=71;SRF=73;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398449;STB=0.521993;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0154671;OID=.;OPOS=156146218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:274:139:138:137:136:0.49635:71:66:73:66:70:66:73:65 chr1 156146689 . G A 831.94 PASS AF=0.509235;AO=193;DP=382;FAO=193;FDP=379;FR=.;FRO=186;FSAF=87;FSAR=106;FSRF=103;FSRR=83;FWDB=-0.00527231;FXX=0.0104436;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.458;QD=8.78035;RBI=0.0190631;REFB=-0.011337;REVB=0.0183195;RO=187;SAF=86;SAR=107;SRF=103;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094719;STB=0.550524;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0132003;OID=.;OPOS=156146689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:382:379:187:186:193:193:0.509235:107:86:103:84:106:87:103:83 chr1 161276376 . G A 791.78 PASS AF=0.50134;AO=187;DP=373;FAO=187;FDP=373;FR=.;FRO=186;FSAF=90;FSAR=97;FSRF=103;FSRR=83;FWDB=0.0254292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.969;QD=8.49096;RBI=0.0280603;REFB=-0.0240364;REVB=0.0118632;RO=185;SAF=90;SAR=97;SRF=103;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684863;STB=0.536092;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.024182;OID=.;OPOS=161276376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:373:373:185:186:187:187:0.50134:97:90:103:82:97:90:103:83 chr1 161276434 . A G 1024.71 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=349.81;QD=38.307;RBI=0.128752;REFB=0;REVB=-0.00450907;RO=0;SAF=21;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.87477e-05;OID=.;OPOS=161276434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:48:107:107:0:0:107:107:1:86:21:0:0:86:21:0:0 chr1 171076966 . G A 521.55 PASS AF=0.457912;AO=124;DP=286;FAO=136;FDP=297;FR=.;FRO=161;FSAF=67;FSAR=69;FSRF=78;FSRR=83;FWDB=0.00859617;FXX=0.00335559;HRUN=1;LEN=1;MLLD=450.442;QD=7.02421;RBI=0.00878124;REFB=-0.0011877;REVB=0.00179335;RO=160;SAF=55;SAR=69;SRF=79;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512359;STB=0.504432;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00132226;OID=.;OPOS=171076966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:297:160:161:124:136:0.457912:69:55:79:81:69:67:78:83 chr1 171077372 . C G 116.66 PASS AF=0.347458;AO=41;DP=118;FAO=41;FDP=118;FR=.;FRO=77;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=0.000974615;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=354.971;QD=3.95459;RBI=0.008977;REFB=-0.00164117;REVB=0.00892393;RO=77;SAF=23;SAR=18;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149417;STB=0.585825;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00380742;OID=.;OPOS=171077372;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:77:77:41:41:0.347458:18:23:33:44:18:23:33:44 chr1 197316435 . T C 3670.62 PASS AF=1;AO=382;DP=383;FAO=383;FDP=383;FR=.;FRO=0;FSAF=191;FSAR=192;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.635;QD=38.3355;RBI=0.0560331;REFB=0;REVB=0.00728558;RO=0;SAF=191;SAR=191;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69499e-05;OID=.;OPOS=197316435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:383:383:0:0:382:383:1:191:191:0:0:192:191:0:0 chr1 197325908 . T G 1987.24 PASS AF=1;AO=207;DP=207;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4862;QD=38.4007;RBI=0.047881;REFB=0;REVB=-0.0296864;RO=0;SAF=99;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3972e-05;OID=.;OPOS=197325908;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:94:207:207:0:0:207:207:1:108:99:0:0:108:99:0:0 chr1 197390368 . A G 3853.68 PASS AF=1;AO=436;DP=436;FAO=400;FDP=400;FR=.;FRO=0;FSAF=207;FSAR=193;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.537;QD=38.5368;RBI=0.0381088;REFB=0;REVB=0.0194621;RO=0;SAF=226;SAR=210;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64926e-05;OID=.;OPOS=197390368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:436:400:0:0:436:400:1:210:226:0:0:193:207:0:0 chr1 201334382 . G A 503.54 PASS AF=0.451178;AO=134;DP=298;FAO=134;FDP=297;FR=.;FRO=163;FSAF=67;FSAR=67;FSRF=102;FSRR=61;FWDB=-0.00166419;FXX=0.00335559;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5408;QD=6.78171;RBI=0.0700274;REFB=-0.00672283;REVB=-0.0700076;RO=164;SAF=67;SAR=67;SRF=102;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121442;STB=0.569013;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00783446;OID=.;OPOS=201334382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:297:164:163:134:134:0.451178:67:67:102:62:67:67:102:61 chr1 201335899 . C T 1533.98 PASS AF=0.971264;AO=169;DP=174;FAO=169;FDP=174;FR=.;FRO=5;FSAF=84;FSAR=85;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0670724;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=75.6441;QD=35.2638;RBI=0.0914101;REFB=-0.136232;REVB=0.0621056;RO=0;SAF=84;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91613e-08;STB=0.502788;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00314783;OID=.;OPOS=201335899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:40:174:174:0:5:169:169:0.971264:85:84:0:0:85:84:2:3 chr1 201338896 . T C 858.64 PASS AF=0.529248;AO=190;DP=359;FAO=190;FDP=359;FR=.;FRO=169;FSAF=108;FSAR=82;FSRF=88;FSRR=81;FWDB=0.0110506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.247;QD=9.56704;RBI=0.0139517;REFB=-0.024093;REVB=0.0085167;RO=169;SAF=108;SAR=82;SRF=88;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417135;STB=0.522744;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.022655;OID=.;OPOS=201338896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:359:359:169:169:190:190:0.529248:82:108:88:81:82:108:88:81 chr1 201341175 . CAGAAG C 152.99 PASS AF=0.42;AO=39;DP=108;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=38;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.00320467;FXX=0.0825612;HRUN=1;LEN=5;MLLD=306.767;QD=6.11977;RBI=0.0462575;REFB=-0.021517;REVB=0.0461463;RO=55;SAF=37;SAR=2;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.640694;STB=0.802638;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0375648;OID=.;OPOS=201341176;OREF=AGAAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42:39:108:42:100:58:38:4:32:26:99:55:37:2:31:24 chr1 209799253 . A G 2604.4 PASS AF=1;AO=272;DP=272;FAO=272;FDP=272;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=154;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0467735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.253;QD=38.2999;RBI=0.0484104;REFB=0;REVB=0.0124824;RO=0;SAF=118;SAR=154;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.06313e-05;OID=.;OPOS=209799253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:272:272:0:0:272:272:1:154:118:0:0:154:118:0:0 chr1 209804095 . G A 743.55 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0387735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.664;QD=36.7185;RBI=0.0393335;REFB=0.0322446;REVB=-0.00661339;RO=0;SAF=27;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509089;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-5.40386e-05;OID=.;OPOS=209804095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:81:81:0:1:80:80:0.987654:53:27:0:0:53:27:1:0 chr1 209807972 . G A 1063.16 PASS AF=0.975207;AO=117;DP=121;FAO=118;FDP=121;FR=.;FRO=3;FSAF=82;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00755477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.8918;QD=35.1457;RBI=0.0698167;REFB=-0.16191;REVB=0.0694067;RO=3;SAF=82;SAR=35;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389761;STB=0.519997;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00304548;OID=.;OPOS=209807972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:121:121:3:3:117:118:0.975207:35:82:0:3:36:82:0:3 chr1 209811886 . T G 2506.36 PASS AF=1;AO=259;DP=259;FAO=260;FDP=260;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=382.337;QD=38.5594;RBI=0.0447464;REFB=0;REVB=0.0193003;RO=0;SAF=144;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40399e-05;OID=.;OPOS=209811886;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:259:260:0:0:259:260:1:115:144:0:0:115:145:0:0 chr1 215847956 . C A 443.18 PASS AF=0.497608;AO=104;DP=209;FAO=104;FDP=209;FR=.;FRO=105;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=42;FSRR=63;FWDB=-0.000715564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=394.904;QD=8.48188;RBI=0.00745558;REFB=-0.00142893;REVB=-0.00742116;RO=105;SAF=52;SAR=52;SRF=42;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914919;STB=0.55023;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00159171;OID=.;OPOS=215847956;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:105:105:104:104:0.497608:52:52:42:63:52:52:42:63 chr1 215848641 . T C 2700.64 PASS AF=1;AO=282;DP=282;FAO=282;FDP=282;FR=.;FRO=0;FSAF=158;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00600939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.073;QD=38.3069;RBI=0.0127804;REFB=0;REVB=0.0112795;RO=0;SAF=158;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31297e-06;OID=.;OPOS=215848641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:282:282:0:0:282:282:1:124:158:0:0:124:158:0:0 chr1 215914826 . T C 311.14 PASS AF=0.432161;AO=86;DP=199;FAO=86;FDP=199;FR=.;FRO=113;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=56;FSRR=57;FWDB=0.0133622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.02;QD=6.25415;RBI=0.0201036;REFB=-0.0128033;REVB=-0.0150202;RO=113;SAF=52;SAR=34;SRF=56;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113026;STB=0.56305;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0203987;OID=.;OPOS=215914826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:113:113:86:86:0.432161:34:52:56:57:34:52:56:57 chr1 215916563 . G A 698.43 PASS AF=0.511111;AO=161;DP=315;FAO=161;FDP=315;FR=.;FRO=154;FSAF=91;FSAR=70;FSRF=80;FSRR=74;FWDB=0.00767391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=406.24;QD=8.86895;RBI=0.0149562;REFB=-0.0129897;REVB=0.0128375;RO=154;SAF=91;SAR=70;SRF=80;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041325;STB=0.52261;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0117503;OID=.;OPOS=215916563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:315:154:154:161:161:0.511111:70:91:80:74:70:91:80:74 chr1 215960167 . T G 2202.5 PASS AF=1;AO=230;DP=231;FAO=230;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201502;FXX=0.00432882;HRUN=2;LEN=1;MLLD=373.887;QD=38.3044;RBI=0.022278;REFB=0;REVB=-0.00950156;RO=0;SAF=110;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52952e-06;OID=.;OPOS=215960167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:231:230:0:0:230:230:1:120:110:0:0:120:110:0:0 chr1 216172380 . A G 3313.86 PASS AF=1;AO=346;DP=356;FAO=346;FDP=346;FR=.;FRO=0;FSAF=178;FSAR=168;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000521489;FXX=0.0362107;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.602;QD=38.3105;RBI=0.0114785;REFB=-0.0309052;REVB=-0.0114667;RO=1;SAF=178;SAR=168;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00283157;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.38032e-06;OID=.;OPOS=216172380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:356:346:1:0:346:346:1:168:178:0:1:168:178:0:0 chr1 216219781 . A G 2397.16 PASS AF=1;AO=249;DP=249;FAO=249;FDP=249;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7169;QD=38.5086;RBI=0.0523821;REFB=0;REVB=0.0457818;RO=0;SAF=135;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002208;OID=.;OPOS=216219781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:249:249:0:0:249:249:1:114:135:0:0:114:135:0:0 chr1 216348764 . C T 3635.97 PASS AF=1;AO=378;DP=378;FAO=378;FDP=378;FR=.;FRO=0;FSAF=161;FSAR=217;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4164;QD=38.4759;RBI=0.0284609;REFB=0;REVB=-0.0258597;RO=0;SAF=161;SAR=217;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.07463e-05;OID=.;OPOS=216348764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:378:378:0:0:378:378:1:217:161:0:0:217:161:0:0 chr1 216424303 . A G 3757.42 PASS AF=1;AO=389;DP=390;FAO=390;FDP=390;FR=.;FRO=0;FSAF=218;FSAR=172;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.231;QD=38.5377;RBI=0.015554;REFB=0;REVB=0.0111555;RO=0;SAF=217;SAR=172;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56132e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37638e-06;OID=.;OPOS=216424303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:390:390:0:0:389:390:1:172:217:0:0:172:218:0:0 chr1 216496932 . C G 310.85 PASS AF=0.483871;AO=75;DP=155;FAO=75;FDP=155;FR=.;FRO=80;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.00379282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0035;QD=8.02186;RBI=0.0831378;REFB=-0.0397027;REVB=-0.0830512;RO=80;SAF=41;SAR=34;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786812;STB=0.543455;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0399029;OID=.;OPOS=216496932;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:80:80:75:75:0.483871:34:41:37:43:34:41:37:43 chr1 227069677 . T C 2059.4 PASS AF=1;AO=215;DP=215;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00262051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.677;QD=38.3145;RBI=0.049018;REFB=0;REVB=-0.0489479;RO=0;SAF=122;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.74605e-05;OID=.;OPOS=227069677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:97:215:215:0:0:215:215:1:93:122:0:0:93:122:0:0 chr1 227069737 . C T 2026.96 PASS AF=1;AO=212;DP=212;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.288;QD=38.2445;RBI=0.0691365;REFB=0;REVB=0.0617944;RO=0;SAF=117;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305314;OID=.;OPOS=227069737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:96:212:212:0:0:212:212:1:95:117:0:0:95:117:0:0 chr1 227071364 . G A 1531.36 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00843466;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.671;QD=38.0461;RBI=0.0634675;REFB=0;REVB=0.0629045;RO=0;SAF=90;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75584e-05;OID=.;OPOS=227071364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:72:161:161:0:0:161:161:1:71:90:0:0:71:90:0:0 chr1 227071377 . T C 1590.06 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=386.732;QD=38.3148;RBI=0.0207538;REFB=0;REVB=-0.0135452;RO=0;SAF=90;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39521e-07;OID=.;OPOS=227071377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:75:166:166:0:0:166:166:1:76:90:0:0:76:90:0:0 chr1 227071525 . C T 845.72 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4725;QD=37.1745;RBI=0.0660063;REFB=0;REVB=0.0640066;RO=1;SAF=8;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0057464;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148919;OID=.;OPOS=227071525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:37:91:91:1:0:90:91:1:82:8:0:1:83:8:0:0 chr1 227073410 . G C 1037.05 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=374.655;QD=38.4091;RBI=0.0565448;REFB=0;REVB=0.0140365;RO=0;SAF=52;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58934e-05;OID=.;OPOS=227073410;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:49:108:108:0:0:108:108:1:56:52:0:0:56:52:0:0 chr1 236882303 . T C 2221.77 PASS AF=1;AO=232;DP=234;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0577241;FXX=0.00854664;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.732;QD=38.3064;RBI=0.0594996;REFB=0;REVB=0.0144269;RO=0;SAF=107;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16965e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.67307e-05;OID=.;OPOS=236882303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:234:232:0:0:232:232:1:125:107:0:0:125:107:0:0 chr1 236883421 . C T 1987.24 PASS AF=1;AO=207;DP=207;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.733;QD=38.4007;RBI=0.0416728;REFB=0;REVB=0.0123106;RO=0;SAF=89;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.47328e-05;OID=.;OPOS=236883421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:94:207:207:0:0:207:207:1:118:89:0:0:118:89:0:0 chr1 236902594 . C G 3853.08 PASS AF=1;AO=486;DP=486;FAO=400;FDP=400;FR=.;FRO=0;FSAF=186;FSAR=214;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=357.042;QD=38.5308;RBI=0.0271133;REFB=0;REVB=-0.0129644;RO=0;SAF=227;SAR=259;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.19609e-05;OID=.;OPOS=236902594;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:486:400:0:0:486:400:1:259:227:0:0:214:186:0:0 chr1 236902865 . A C 916.37 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.087;QD=38.1819;RBI=0.0391364;REFB=0;REVB=0.0148949;RO=0;SAF=53;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.25895e-05;OID=.;OPOS=236902865;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:43:96:96:0:0:96:96:1:43:53:0:0:43:53:0:0 chr1 236925844 . G A 698.41 PASS AF=0.573171;AO=141;DP=246;FAO=141;FDP=246;FR=.;FRO=105;FSAF=79;FSAR=62;FSRF=53;FSRR=52;FWDB=0.000126095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=407.857;QD=11.3562;RBI=0.0107495;REFB=-0.0122255;REVB=-0.0107488;RO=105;SAF=79;SAR=62;SRF=53;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440553;STB=0.523906;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00848399;OID=.;OPOS=236925844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:105:105:141:141:0.573171:62:79:53:52:62:79:53:52 chr1 237519165 . G T 497.65 PASS AF=0.52381;AO=110;DP=210;FAO=110;FDP=210;FR=.;FRO=100;FSAF=66;FSAR=44;FSRF=55;FSRR=45;FWDB=0.00307036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.029;QD=9.47896;RBI=0.00983683;REFB=-0.00780703;REVB=-0.00934538;RO=100;SAF=66;SAR=44;SRF=55;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448576;STB=0.524553;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00634259;OID=.;OPOS=237519165;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:100:100:110:110:0.52381:44:66:55:45:44:66:55:45 chr1 237540615 . A C 793.71 PASS AF=0.5;AO=188;DP=376;FAO=188;FDP=376;FR=.;FRO=188;FSAF=96;FSAR=92;FSRF=102;FSRR=86;FWDB=-0.0598069;FXX=0.00265245;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0938;QD=8.44377;RBI=0.0671714;REFB=-0.0114169;REVB=0.0305798;RO=187;SAF=96;SAR=92;SRF=102;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317529;STB=0.515974;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0117269;OID=.;OPOS=237540615;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:376:376:187:188:188:188:0.5:92:96:102:85:92:96:102:86 chr1 237551376 . T A 2483.22 PASS AF=0.97153;AO=272;DP=280;FAO=273;FDP=281;FR=.;FRO=8;FSAF=148;FSAR=125;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0273308;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=60.1513;QD=35.3483;RBI=0.111944;REFB=-0.0564269;REVB=0.108556;RO=0;SAF=147;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62094e-08;STB=0.511935;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00388259;OID=.;OPOS=237551376;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:62:280:281:0:8:272:273:0.97153:125:147:0:0:125:148:1:7 chr1 237617757 . C T 892.22 PASS AF=0.5125;AO=253;DP=508;FAO=205;FDP=400;FR=.;FRO=195;FSAF=111;FSAR=94;FSRF=96;FSRR=99;FWDB=-0.0135167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.333;QD=8.92217;RBI=0.0175683;REFB=-0.0357803;REVB=-0.0112225;RO=255;SAF=135;SAR=118;SRF=126;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362755;STB=0.524031;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0369977;OID=.;OPOS=237617757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:508:400:255:195:253:205:0.5125:118:135:126:129:94:111:96:99 chr1 237670140 . A G 2685.93 PASS AF=1;AO=278;DP=279;FAO=279;FDP=279;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.914;QD=38.508;RBI=0.0250331;REFB=0;REVB=0.0057018;RO=0;SAF=139;SAR=139;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.27132e-05;OID=.;OPOS=237670140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:279:279:0:0:278:279:1:139:139:0:0:139:140:0:0 chr1 237711644 . T C 1819.6 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0033744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9521;QD=38.5102;RBI=0.0531569;REFB=0;REVB=0.0530497;RO=0;SAF=114;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184678;OID=.;OPOS=237711644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:85:189:189:0:0:189:189:1:75:114:0:0:75:114:0:0 chr1 237711797 . A G 1963.14 PASS AF=1;AO=205;DP=205;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00335677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5007;QD=38.3051;RBI=0.0235546;REFB=0;REVB=0.0233142;RO=0;SAF=118;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61807e-05;OID=.;OPOS=237711797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:93:205:205:0:0:205:205:1:87:118:0:0:87:118:0:0 chr1 237730124 . A G 1651.95 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.528;QD=38.1954;RBI=0.0416622;REFB=0;REVB=0.0246722;RO=0;SAF=71;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.28515e-06;OID=.;OPOS=237730124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:78:173:173:0:0:173:173:1:102:71:0:0:102:71:0:0 chr1 237732395 . G A 2217.2 PASS AF=1;AO=230;DP=230;FAO=230;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=200;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7356;QD=38.56;RBI=0.0605343;REFB=0;REVB=-0.05666;RO=0;SAF=200;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.87248e-05;OID=.;OPOS=237732395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:230:230:0:0:230:230:1:30:200:0:0:30:200:0:0 chr1 237788844 . T C 601.55 PASS AF=0.515038;AO=137;DP=266;FAO=137;FDP=266;FR=.;FRO=129;FSAF=67;FSAR=70;FSRF=46;FSRR=83;FWDB=-0.00554121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.935;QD=9.04589;RBI=0.0055917;REFB=-0.00579642;REVB=0.000749703;RO=129;SAF=67;SAR=70;SRF=46;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117997;STB=0.564442;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00542791;OID=.;OPOS=237788844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:266:129:129:137:137:0.515038:70:67:46:83:70:67:46:83 chr1 237788862 . T C 601.55 PASS AF=0.515038;AO=137;DP=266;FAO=137;FDP=266;FR=.;FRO=129;FSAF=66;FSAR=71;FSRF=46;FSRR=83;FWDB=0.000616113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.329;QD=9.04593;RBI=0.000618563;REFB=-0.0232169;REVB=5.49945e-05;RO=129;SAF=66;SAR=71;SRF=46;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111771;STB=0.561042;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0189037;OID=.;OPOS=237788862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:266:129:129:137:137:0.515038:71:66:46:83:71:66:46:83 chr1 237801770 . T C 2028.7 PASS AF=1;AO=215;DP=217;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120918;FXX=0.00921617;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1628;QD=37.7432;RBI=0.0204233;REFB=-0.137819;REVB=0.016459;RO=0;SAF=92;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74351e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000922749;OID=.;OPOS=237801770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:80:217:215:0:0:215:215:1:123:92:0:0:123:92:0:0 chr1 237824332 . G A 1977.37 PASS AF=1;AO=197;DP=197;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=425.68;QD=38.0264;RBI=0.0346114;REFB=0;REVB=-0.0168415;RO=0;SAF=87;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.85457e-05;OID=.;OPOS=237824332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:94:197:208:0:0:197:208:1:110:87:0:0:114:94:0:0 chr1 237831103 . C A 965.92 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.566;QD=38.6368;RBI=0.0400838;REFB=0;REVB=0.0379173;RO=0;SAF=44;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.24719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.64182e-05;OID=.;OPOS=237831103;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:45:100:100:0:0:100:100:1:56:44:0:0:56:44:0:0 chr1 237841390 . A G 640.46 PASS AF=0.485981;AO=156;DP=321;FAO=156;FDP=321;FR=.;FRO=165;FSAF=88;FSAR=68;FSRF=88;FSRR=77;FWDB=0.0072756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.539;QD=7.98077;RBI=0.0285677;REFB=0.00120354;REVB=0.0276257;RO=165;SAF=88;SAR=68;SRF=88;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291405;STB=0.516012;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.00120323;OID=.;OPOS=237841390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:321:165:165:156:156:0.485981:68:88:88:77:68:88:88:77 chr1 237863718 . T G 2071.32 PASS AF=1;AO=215;DP=216;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00100366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.668;QD=38.3577;RBI=0.0198896;REFB=0;REVB=0.0198643;RO=0;SAF=112;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04193e-05;OID=.;OPOS=237863718;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:98:216:216:0:0:215:216:1:103:112:0:0:104:112:0:0 chr1 237881770 . C T 3187.43 PASS AF=1;AO=334;DP=335;FAO=334;FDP=334;FR=.;FRO=0;FSAF=162;FSAR=172;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138289;FXX=0.00298499;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.862;QD=38.1728;RBI=0.0158688;REFB=-0.0456875;REVB=0.00778347;RO=0;SAF=162;SAR=172;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22641e-05;OID=.;OPOS=237881770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:335:334:0:0:334:334:1:172:162:0:0:172:162:0:0 chr1 237890437 . C T 1683.43 PASS AF=1;AO=177;DP=178;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232478;FXX=0.00561766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.507;QD=38.0436;RBI=0.0244098;REFB=-0.0164707;REVB=0.00744164;RO=0;SAF=83;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156323;OID=.;OPOS=237890437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:71:178:177:0:0:177:177:1:94:83:0:0:94:83:0:0 chr1 237893674 . C T 3853.67 PASS AF=1;AO=403;DP=403;FAO=400;FDP=400;FR=.;FRO=0;FSAF=203;FSAR=197;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.887;QD=38.5367;RBI=0.0351509;REFB=0;REVB=-0.0194044;RO=0;SAF=204;SAR=199;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.94692e-07;OID=.;OPOS=237893674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:403:400:0:0:403:400:1:199:204:0:0:197:203:0:0 chr1 237923053 . C T 711.07 PASS AF=0.568627;AO=145;DP=254;FAO=145;FDP=255;FR=.;FRO=110;FSAF=76;FSAR=69;FSRF=51;FSRR=59;FWDB=0.0205377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=364.942;QD=11.154;RBI=0.0398597;REFB=-0.0367203;REVB=-0.0341614;RO=109;SAF=76;SAR=69;SRF=51;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444823;STB=0.52609;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0275034;OID=.;OPOS=237923053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:255:109:110:145:145:0.568627:69:76:51:58:69:76:51:59 chr1 237946964 . T C 1048.02 PASS AF=0.5525;AO=227;DP=411;FAO=221;FDP=400;FR=.;FRO=179;FSAF=103;FSAR=118;FSRF=91;FSRR=88;FWDB=-0.0122675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.4871;QD=10.4802;RBI=0.0267227;REFB=-0.00057108;REVB=-0.0237405;RO=184;SAF=106;SAR=121;SRF=92;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273057;STB=0.518974;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.000361192;OID=.;OPOS=237946964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:411:400:184:179:227:221:0.5525:121:106:92:92:118:103:91:88 chr1 237951451 . A G 588.51 PASS AF=0.463415;AO=152;DP=328;FAO=152;FDP=328;FR=.;FRO=176;FSAF=79;FSAR=73;FSRF=99;FSRR=77;FWDB=-0.00874653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7467;QD=7.17696;RBI=0.0399529;REFB=-0.0202673;REVB=-0.0389837;RO=174;SAF=79;SAR=73;SRF=98;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422444;STB=0.523021;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.02584;OID=.;OPOS=237951451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:328:174:176:152:152:0.463415:73:79:98:76:73:79:99:77 chr1 237955364 . A G 802.84 PASS AF=0.488722;AO=247;DP=504;FAO=195;FDP=399;FR=.;FRO=204;FSAF=103;FSAR=92;FSRF=115;FSRR=89;FWDB=-0.0230024;FXX=0.00249994;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.529;QD=8.04849;RBI=0.0268738;REFB=-0.0277484;REVB=0.0138957;RO=255;SAF=133;SAR=114;SRF=141;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135223;STB=0.518254;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0266814;OID=.;OPOS=237955364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:504:399:255:204:247:195:0.488722:114:133:141:114:92:103:115:89 chr1 237957146 . G A 988.31 PASS AF=0.5375;AO=229;DP=429;FAO=215;FDP=400;FR=.;FRO=185;FSAF=102;FSAR=113;FSRF=97;FSRR=88;FWDB=0.0113588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=360.569;QD=9.88309;RBI=0.0121635;REFB=-0.000702881;REVB=0.0043506;RO=199;SAF=110;SAR=119;SRF=104;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361043;STB=0.523085;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000549595;OID=.;OPOS=237957146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:429:400:199:185:229:215:0.5375:119:110:104:95:113:102:97:88 chr1 237957161 . A G 957.73 PASS AF=0.531486;AO=222;DP=424;FAO=211;FDP=397;FR=.;FRO=186;FSAF=98;FSAR=113;FSRF=97;FSRR=89;FWDB=0.0463199;FXX=0.00749981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7961;QD=9.64965;RBI=0.0473129;REFB=-0.0254379;REVB=-0.00964271;RO=199;SAF=104;SAR=118;SRF=103;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426475;STB=0.52676;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0195667;OID=.;OPOS=237957161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:424:397:199:186:222:211:0.531486:118:104:103:96:113:98:97:89 chr1 237957309 . A C 295.12 PASS AF=0.448276;AO=78;DP=174;FAO=78;FDP=174;FR=.;FRO=96;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=-0.0424703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.739;QD=6.78441;RBI=0.0424804;REFB=-0.0196682;REVB=0.00092403;RO=96;SAF=35;SAR=43;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304258;STB=0.516915;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0244193;OID=.;OPOS=237957309;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:96:96:78:78:0.448276:43:35:46:50:43:35:46:50 chr1 237965094 . G T 369.52 PASS AF=0.486339;AO=89;DP=183;FAO=89;FDP=183;FR=.;FRO=94;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=45;FSRR=49;FWDB=-0.00488012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8581;QD=8.07685;RBI=0.0269373;REFB=-0.0113821;REVB=0.0264916;RO=93;SAF=45;SAR=44;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301303;STB=0.513809;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0124893;OID=.;OPOS=237965094;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:93:94:89:89:0.486339:44:45:44:49:44:45:45:49 chr1 237965131 . G A 406.07 PASS AF=0.497382;AO=95;DP=191;FAO=95;FDP=191;FR=.;FRO=96;FSAF=46;FSAR=49;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=-0.0162084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1224;QD=8.50417;RBI=0.0220179;REFB=-0.0271208;REVB=-0.0149023;RO=96;SAF=46;SAR=49;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236941;STB=0.513027;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.011629;OID=.;OPOS=237965131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:96:96:95:95:0.497382:49:46:44:52:49:46:44:52 chr2 3623540 . A G 215.72 PASS AF=0.438462;AO=48;DP=121;FAO=57;FDP=130;FR=.;FRO=73;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.00600988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=389.353;QD=6.63737;RBI=0.0440663;REFB=-0.0331956;REVB=0.0436546;RO=73;SAF=36;SAR=12;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339571;STB=0.602433;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0412257;OID=.;OPOS=3623540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:130:73:73:48:57:0.438462:12:36:33:40:21:36:33:40 chr2 39233500 . G A 1723.35 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.82;QD=38.5107;RBI=0.0688961;REFB=0;REVB=0.0635732;RO=0;SAF=120;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64354e-05;OID=.;OPOS=39233500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:81:179:179:0:0:179:179:1:59:120:0:0:59:120:0:0 chr2 39281730 . G C 3828.49 PASS AF=1;AO=398;DP=398;FAO=398;FDP=398;FR=.;FRO=0;FSAF=183;FSAR=215;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.176;QD=38.4773;RBI=0.0566934;REFB=0;REVB=0.0557837;RO=0;SAF=183;SAR=215;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05753e-05;OID=.;OPOS=39281730;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:398:398:0:0:398:398:1:215:183:0:0:215:183:0:0 chr2 47630550 . C G 94.5 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0119187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0559;QD=6.87305;RBI=0.067739;REFB=-0.00981774;REVB=-0.0666822;RO=30;SAF=11;SAR=13;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105728;STB=0.550639;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00974695;OID=.;OPOS=47630550;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:55:55:30:31:24:24:0.436364:13:11:17:13:13:11:17:14 chr2 47703500 . T C 114.27 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.011038;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=357.306;QD=7.37249;RBI=0.0305781;REFB=-0.0144624;REVB=-0.0285164;RO=34;SAF=15;SAR=13;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139506;STB=0.5784;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0190061;OID=.;OPOS=47703500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:13:15:23:11:13:15:23:11 chr2 71738987 . C T 289.82 PASS AF=0.470588;AO=72;DP=153;FAO=72;FDP=153;FR=.;FRO=81;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=0.0146889;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.843;QD=7.57699;RBI=0.0261519;REFB=0.00671498;REVB=0.021637;RO=81;SAF=35;SAR=37;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517648;STB=0.528654;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00650979;OID=.;OPOS=71738987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:81:81:72:72:0.470588:37:35:35:46:37:35:35:46 chr2 71742736 . C T 474.93 PASS AF=0.504587;AO=110;DP=218;FAO=110;FDP=218;FR=.;FRO=108;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=51;FSRR=57;FWDB=0.0826652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3475;QD=8.71426;RBI=0.091296;REFB=0.00142841;REVB=-0.0387482;RO=108;SAF=58;SAR=52;SRF=51;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496982;STB=0.527268;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.00114342;OID=.;OPOS=71742736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:108:108:110:110:0.504587:52:58:51:57:52:58:51:57 chr2 71753482 . TGGGGC TGGGC,TGGGGT 104.28 PASS AF=0.5,0.5;AO=6,6;DP=12;FAO=6,6;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6,6;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220513,0.0126659;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=23.916,63.7051;QD=34.7603;RBI=0.0220513,0.0126659;REFB=0,0;REVB=0,0;RO=0;SAF=6,6;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0226618,0.0579479;OID=.,.;OPOS=71753483,71753487;OREF=G,C;OALT=-,T;OMAPALT=TGGGC,TGGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.5,0.5:6,6:12:6,6:12:0:6,6:0,0:0:0:31:0:6,6:0,0:0:0 chr2 71762232 . C T 458.06 PASS AF=0.509709;AO=105;DP=206;FAO=105;FDP=206;FR=.;FRO=101;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=56;FSRR=45;FWDB=0.0577528;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=83.5622;QD=8.8943;RBI=0.0855011;REFB=-0.0166348;REVB=0.063048;RO=101;SAF=48;SAR=57;SRF=56;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869218;STB=0.547663;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0152399;OID=.;OPOS=71762232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:101:101:105:105:0.509709:57:48:56:45:57:48:56:45 chr2 71780215 . T C 893.11 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.599;QD=38.0048;RBI=0.0509242;REFB=0;REVB=0.0415411;RO=0;SAF=35;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102548;OID=.;OPOS=71780215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:42:94:94:0:0:94:94:1:59:35:0:0:59:35:0:0 chr2 71795152 . A T 1249.82 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00840102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9536;QD=38.1624;RBI=0.101544;REFB=0;REVB=0.101196;RO=0;SAF=77;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06009e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000576188;OID=.;OPOS=71795152;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:59:131:131:0:0:131:131:1:54:77:0:0:54:77:0:0 chr2 71829821 . G T 136.31 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00890018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.284;QD=36.3484;RBI=0.0509351;REFB=0;REVB=0.0501514;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000518311;OID=.;OPOS=71829821;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr2 71838597 . C A 2594.89 PASS AF=1;AO=271;DP=272;FAO=271;FDP=271;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175455;FXX=0.00367634;HRUN=2;LEN=1;MLLD=402.767;QD=38.301;RBI=0.0191833;REFB=0;REVB=0.00775601;RO=0;SAF=118;SAR=153;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70296e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91871e-06;OID=.;OPOS=71838597;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:272:271:0:0:271:271:1:153:118:0:0:153:118:0:0 chr2 71871039 . A G 291.04 PASS AF=0.457317;AO=75;DP=164;FAO=75;FDP=164;FR=.;FRO=89;FSAF=61;FSAR=14;FSRF=74;FSRR=15;FWDB=0.00178326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6142;QD=7.09854;RBI=0.0991422;REFB=0.0332562;REVB=-0.0991262;RO=89;SAF=61;SAR=14;SRF=74;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298475;STB=0.51653;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.0409484;OID=.;OPOS=71871039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:89:89:75:75:0.457317:14:61:74:15:14:61:74:15 chr2 71891361 . C T 2881.88 PASS AF=1;AO=306;DP=309;FAO=305;FDP=305;FR=.;FRO=0;FSAF=173;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00338319;FXX=0.0129446;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.396;QD=37.7952;RBI=0.0117983;REFB=-0.0449116;REVB=0.0113028;RO=1;SAF=173;SAR=133;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00274914;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04915e-05;OID=.;OPOS=71891361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:309:305:1:0:306:305:1:133:173:1:0:132:173:0:0 chr2 71901286 . C T 253.28 PASS AF=0.383178;AO=82;DP=214;FAO=82;FDP=214;FR=.;FRO=132;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=83;FSRR=49;FWDB=-0.0267886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2986;QD=4.73427;RBI=0.0555505;REFB=-0.0328427;REVB=0.0486644;RO=131;SAF=39;SAR=43;SRF=82;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163318;STB=0.59382;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.062817;OID=.;OPOS=71901286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:131:132:82:82:0.383178:43:39:82:49:43:39:83:49 chr2 71906171 . T C 3145.09 PASS AF=1;AO=327;DP=328;FAO=327;FDP=327;FR=.;FRO=0;FSAF=194;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143593;FXX=0.00304869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4285;QD=38.4721;RBI=0.020591;REFB=0;REVB=-0.014758;RO=0;SAF=194;SAR=133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29544e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.1912e-05;OID=.;OPOS=71906171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:328:327:0:0:327:327:1:133:194:0:0:133:194:0:0 chr2 96944480 . C G 683.92 PASS AF=0.481481;AO=169;DP=352;FAO=169;FDP=351;FR=.;FRO=182;FSAF=99;FSAR=70;FSRF=93;FSRR=89;FWDB=-0.0174539;FXX=0.00284083;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.539;QD=7.79394;RBI=0.0198611;REFB=-0.0194827;REVB=-0.00947753;RO=182;SAF=99;SAR=70;SRF=93;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716838;STB=0.539422;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0215826;OID=.;OPOS=96944480;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:352:351:182:182:169:169:0.481481:70:99:93:89:70:99:93:89 chr2 96955480 . T C 592.22 PASS AF=0.5;AO=141;DP=280;FAO=139;FDP=278;FR=.;FRO=139;FSAF=86;FSAR=53;FSRF=83;FSRR=56;FWDB=0.0174982;FXX=0.0071426;HRUN=6;LEN=1;MLLD=300.565;QD=8.52118;RBI=0.0199829;REFB=-0.0128202;REVB=-0.00965028;RO=139;SAF=86;SAR=55;SRF=83;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121512;STB=0.511373;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0123282;OID=.;OPOS=96955480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:278:139:139:141:139:0.5:55:86:83:56:53:86:83:56 chr2 96955981 . G A 543.3 PASS AF=0.615854;AO=101;DP=164;FAO=101;FDP=164;FR=.;FRO=63;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=5;FSRR=58;FWDB=0.0260191;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.084;QD=13.2513;RBI=0.0329268;REFB=-0.0193859;REVB=-0.0201788;RO=62;SAF=51;SAR=50;SRF=4;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311372;STB=0.662947;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.011414;OID=.;OPOS=96955981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:62:63:101:101:0.615854:50:51:4:58:50:51:5:58 chr2 96966661 . G C 540.65 PASS AF=0.469178;AO=137;DP=298;FAO=137;FDP=292;FR=.;FRO=155;FSAF=56;FSAR=81;FSRF=71;FSRR=84;FWDB=-0.0200799;FXX=0.0234106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.102;QD=7.40613;RBI=0.0358537;REFB=-0.00273409;REVB=-0.0297033;RO=153;SAF=56;SAR=81;SRF=69;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414388;STB=0.526805;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00281563;OID=.;OPOS=96966661;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:292:153:155:137:137:0.469178:81:56:69:84:81:56:71:84 chr2 112686988 . G A 552.89 PASS AF=0.514286;AO=126;DP=245;FAO=126;FDP=245;FR=.;FRO=119;FSAF=61;FSAR=65;FSRF=62;FSRR=57;FWDB=-0.0174076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.42;QD=9.02683;RBI=0.0234623;REFB=-0.00854007;REVB=0.0157307;RO=119;SAF=61;SAR=65;SRF=62;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327186;STB=0.517909;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00819791;OID=.;OPOS=112686988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:119:119:126:126:0.514286:65:61:62:57:65:61:62:57 chr2 112702647 . C T 416.99 PASS AF=0.483254;AO=101;DP=210;FAO=101;FDP=209;FR=.;FRO=108;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=42;FSRR=66;FWDB=-0.0439785;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5385;QD=7.98057;RBI=0.0447048;REFB=-0.0209375;REVB=0.00802558;RO=108;SAF=43;SAR=58;SRF=42;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355663;STB=0.519583;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0239475;OID=.;OPOS=112702647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:209:108:108:101:101:0.483254:58:43:42:66:58:43:42:66 chr2 112725684 . A ATGTGTG,G 2208.34 PASS AF=0.510695,0.320856;AO=275,187;DP=596;FAO=191,120;FDP=374;FR=.;FRO=63;FSAF=168,0;FSAR=23,120;FSRF=53;FSRR=10;FWDB=-0.00617839,0.00762484;FXX=0.0649984;HRUN=1,1;LEN=6,1;MLLD=141.201,69.4639;QD=23.6186;RBI=0.0333874,0.0117194;REFB=-0.0261322,-0.0438896;REVB=-0.0328107,-0.00889985;RO=91;SAF=246,1;SAR=29,186;SRF=76;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0690723,-0.881382;STB=0.521688,0.999882;STBP=0.427,0;TYPE=ins,snp;VARB=0.0114536,0.0169388;OID=.,.;OPOS=112725685,112725684;OREF=-,A;OALT=TGTGTG,G;OMAPALT=ATGTGTG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:596:374:91:63:275,187:191,120:0.510695,0.320856:29,186:246,1:76:15:23,120:168,0:53:10 chr2 112751928 . G A 3561.55 PASS AF=1;AO=370;DP=371;FAO=371;FDP=371;FR=.;FRO=0;FSAF=180;FSAR=191;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00852721;FXX=0.0106664;HRUN=1;LEN=1;MLLD=392.635;QD=38.3994;RBI=0.0385033;REFB=0;REVB=0.0375472;RO=0;SAF=180;SAR=190;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.44866e-05;OID=.;OPOS=112751928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:371:371:0:0:370:371:1:190:180:0:0:191:180:0:0 chr2 112754943 . C T 574.01 PASS AF=0.426357;AO=165;DP=387;FAO=165;FDP=387;FR=.;FRO=222;FSAF=96;FSAR=69;FSRF=117;FSRR=105;FWDB=0.00275383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.269;QD=5.93296;RBI=0.00310525;REFB=-0.014267;REVB=0.00143493;RO=222;SAF=96;SAR=69;SRF=117;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574613;STB=0.531954;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0216012;OID=.;OPOS=112754943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:387:387:222:222:165:165:0.426357:69:96:117:105:69:96:117:105 chr2 112755001 . A G 3645.08 PASS AF=1;AO=378;DP=384;FAO=379;FDP=379;FR=.;FRO=0;FSAF=201;FSAR=178;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231372;FXX=0.0206713;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.355;QD=38.4705;RBI=0.0314188;REFB=0;REVB=0.0212558;RO=0;SAF=200;SAR=178;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119554;OID=.;OPOS=112755001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:384:379:0:0:378:379:1:178:200:0:0:178:201:0:0 chr2 112765973 . A G 1875.82 PASS AF=1;AO=197;DP=198;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=196;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114508;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3439;QD=38.0877;RBI=0.0115531;REFB=-0.0688916;REVB=0.00153417;RO=1;SAF=1;SAR=196;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00242401;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431311;OID=.;OPOS=112765973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:80:198:197:1:0:197:197:1:196:1:0:1:196:1:0:0 chr2 112776979 . C A 490.48 PASS AF=0.516279;AO=111;DP=215;FAO=111;FDP=215;FR=.;FRO=104;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=50;FSRR=54;FWDB=0.00859891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.607;QD=9.12519;RBI=0.0120612;REFB=-0.0442433;REVB=-0.00845756;RO=103;SAF=55;SAR=56;SRF=49;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173825;STB=0.507124;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.038956;OID=.;OPOS=112776979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:103:104:111:111:0.516279:56:55:49:54:56:55:50:54 chr2 167060449 . A T 1481.93 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00271466;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=323.587;QD=38.2433;RBI=0.0201935;REFB=0;REVB=0.0200102;RO=0;SAF=72;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.46325e-06;OID=.;OPOS=167060449;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:70:155:155:0:0:155:155:1:83:72:0:0:83:72:0:0 chr2 167060980 . GAAACAAAC GAAAC,GAAACAAAA 1872.76 PASS AF=0.574257,0.425743;AO=100,80;DP=205;FAO=116,86;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=20,79;FSAR=96,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017783,-0.0311166;FXX=0.0146334;HRUN=3,1;LEN=4,1;MLLD=313.82,329.451;QD=37.0844;RBI=0.0350887,0.0461148;REFB=0,0;REVB=0.0302486,0.0340343;RO=0;SAF=6,79;SAR=94,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.11711e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00792364,0.0713759;OID=.,.;OPOS=167060981,167060988;OREF=AAAC,C;OALT=-,A;OMAPALT=GAAAC,GAAACAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.574257,0.425743:100,80:205:116,86:202:0:20,79:96,7:0:0:99:0:6,79:94,1:0:0 chr2 167090042 . G A 1153.62 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00467433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.151;QD=38.1361;RBI=0.0103705;REFB=0;REVB=-0.00925734;RO=0;SAF=66;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.20984e-05;OID=.;OPOS=167090042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:55:121:121:0:0:121:121:1:55:66:0:0:55:66:0:0 chr2 167099158 . A G 3288.09 PASS AF=1;AO=343;DP=343;FAO=343;FDP=343;FR=.;FRO=0;FSAF=156;FSAR=187;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.431;QD=38.3451;RBI=0.0364042;REFB=0;REVB=0.0281698;RO=0;SAF=156;SAR=187;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79017e-05;OID=.;OPOS=167099158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:343:343:0:0:343:343:1:187:156:0:0:187:156:0:0 chr2 167137119 . G A 3796.59 PASS AF=1;AO=365;DP=366;FAO=398;FDP=398;FR=.;FRO=0;FSAF=199;FSAR=199;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195302;FXX=0.00499988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.937;QD=38.1567;RBI=0.0277181;REFB=-0.018617;REVB=0.0196688;RO=1;SAF=200;SAR=165;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00237996;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50154e-06;OID=.;OPOS=167137119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:366:398:1:0:365:398:1:165:200:1:0:199:199:0:0 chr2 167143117 . G A 228.64 PASS AF=0.305882;AO=104;DP=340;FAO=104;FDP=340;FR=.;FRO=236;FSAF=44;FSAR=60;FSRF=135;FSRR=101;FWDB=-0.0211586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9817;QD=2.68989;RBI=0.113726;REFB=-0.00990806;REVB=0.111741;RO=236;SAF=44;SAR=60;SRF=135;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17762;STB=0.602539;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0241035;OID=.;OPOS=167143117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:340:340:236:236:104:104:0.305882:60:44:135:101:60:44:135:101 chr2 167144974 . A T 1651.95 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0086646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.033;QD=38.1954;RBI=0.0137527;REFB=0;REVB=0.01068;RO=0;SAF=84;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07205e-05;OID=.;OPOS=167144974;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:78:173:173:0:0:173:173:1:89:84:0:0:89:84:0:0 chr2 167144995 . T C 1642.5 PASS AF=1;AO=172;DP=173;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00266755;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.747;QD=38.1978;RBI=0.0199623;REFB=0;REVB=0.0197833;RO=0;SAF=82;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23541e-05;OID=.;OPOS=167144995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:78:173:172:0:0:172:172:1:90:82:0:0:90:82:0:0 chr2 167145142 . A G 1481.93 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00447502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.5;QD=38.2434;RBI=0.00503565;REFB=0;REVB=-0.00230912;RO=0;SAF=92;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03698e-06;OID=.;OPOS=167145142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:70:155:155:0:0:155:155:1:63:92:0:0:63:92:0:0 chr2 167149693 . G A 1193.22 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.96;QD=38.183;RBI=0.0423624;REFB=0;REVB=0.0388935;RO=0;SAF=66;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.6608e-05;OID=.;OPOS=167149693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:56:125:125:0:0:125:125:1:59:66:0:0:59:66:0:0 chr2 167162277 . G A 3834.47 PASS AF=1;AO=484;DP=486;FAO=398;FDP=398;FR=.;FRO=0;FSAF=218;FSAR=180;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469811;FXX=0.00499988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8498;QD=38.5374;RBI=0.0820307;REFB=0;REVB=-0.0672445;RO=0;SAF=267;SAR=217;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.50902e-05;OID=.;OPOS=167162277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:486:398:0:0:484:398:1:217:267:0:0:180:218:0:0 chr2 167163043 . T C 1249.82 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0679;QD=38.1624;RBI=0.0451255;REFB=0;REVB=0.0363335;RO=0;SAF=80;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274604;OID=.;OPOS=167163043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:59:131:131:0:0:131:131:1:51:80:0:0:51:80:0:0 chr2 167168093 . C T 3360.04 PASS AF=1;AO=348;DP=348;FAO=349;FDP=349;FR=.;FRO=0;FSAF=161;FSAR=188;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00585436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=352.266;QD=38.5105;RBI=0.0207883;REFB=0;REVB=0.019947;RO=0;SAF=161;SAR=187;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00338e-06;OID=.;OPOS=167168093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:348:349:0:0:348:349:1:187:161:0:0:188:161:0:0 chr2 189861033 . C T 222.73 PASS AF=0.583333;AO=41;DP=72;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0775713;FXX=0.0526247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2326;QD=12.3737;RBI=0.0778242;REFB=-0.12204;REVB=0.00626974;RO=31;SAF=24;SAR=17;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155284;STB=0.595193;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0729719;OID=.;OPOS=189861033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:30:41:42:0.583333:17:24:12:19:17:25:11:19 chr2 189864582 . T C 941.8 PASS AF=0.526316;AO=196;DP=390;FAO=210;FDP=399;FR=.;FRO=189;FSAF=95;FSAR=115;FSRF=89;FSRR=100;FWDB=-0.0203506;FXX=0.00249994;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9712;QD=9.44159;RBI=0.076514;REFB=-0.0444512;REVB=0.073758;RO=193;SAF=98;SAR=98;SRF=91;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02584;STB=0.508837;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0416282;OID=.;OPOS=189864582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:390:399:193:189:196:210:0.526316:98:98:91:102:115:95:89:100 chr2 189866199 . T A 493.65 PASS AF=0.52657;AO=109;DP=207;FAO=109;FDP=207;FR=.;FRO=98;FSAF=48;FSAR=61;FSRF=42;FSRR=56;FWDB=-0.000379902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=421.845;QD=9.5392;RBI=0.0218981;REFB=-0.0188485;REVB=0.0218948;RO=98;SAF=48;SAR=61;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103733;STB=0.505672;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0169201;OID=.;OPOS=189866199;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:98:98:109:109:0.52657:61:48:42:56:61:48:42:56 chr2 189875421 . T G 2981.87 PASS AF=1;AO=311;DP=311;FAO=311;FDP=311;FR=.;FRO=0;FSAF=165;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.419;QD=38.3521;RBI=0.0115147;REFB=0;REVB=-0.00501468;RO=0;SAF=165;SAR=146;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22436e-06;OID=.;OPOS=189875421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:311:311:0:0:311:311:1:146:165:0:0:146:165:0:0 chr2 189899572 . T C 2959.24 PASS AF=1;AO=309;DP=310;FAO=309;FDP=309;FR=.;FRO=0;FSAF=213;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00720168;FXX=0.0032257;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.134;QD=38.3073;RBI=0.0117979;REFB=-0.00595436;REVB=0.00934488;RO=1;SAF=213;SAR=96;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0022342;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56414e-05;OID=.;OPOS=189899572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:310:309:1:0:309:309:1:96:213:1:0:96:213:0:0 chr2 189904203 . A G 651.1 PASS AF=0.512027;AO=149;DP=291;FAO=149;FDP=291;FR=.;FRO=142;FSAF=75;FSAR=74;FSRF=76;FSRR=66;FWDB=-0.00761254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=382.961;QD=8.94979;RBI=0.0194111;REFB=0.00526593;REVB=0.017856;RO=142;SAF=75;SAR=74;SRF=76;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284207;STB=0.515547;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.00518162;OID=.;OPOS=189904203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:291:142:142:149:149:0.512027:74:75:76:66:74:75:76:66 chr2 189904233 . T G 641.77 PASS AF=0.508591;AO=147;DP=291;FAO=148;FDP=291;FR=.;FRO=143;FSAF=73;FSAR=75;FSRF=76;FSRR=67;FWDB=-0.014758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.641;QD=8.82163;RBI=0.0174411;REFB=-0.00530463;REVB=-0.00929479;RO=143;SAF=73;SAR=74;SRF=76;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313947;STB=0.518776;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0277335;OID=.;OPOS=189904233;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:291:143:143:147:148:0.508591:74:73:76:67:75:73:76:67 chr2 189907937 . A G 2251.9 PASS AF=1;AO=235;DP=235;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0625883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2984;QD=38.3302;RBI=0.0647661;REFB=0;REVB=0.0166538;RO=0;SAF=141;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235701;OID=.;OPOS=189907937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:235:235:0:0:235:235:1:94:141:0:0:94:141:0:0 chr2 189918337 . T C 3576.84 PASS AF=1;AO=373;DP=373;FAO=373;FDP=373;FR=.;FRO=0;FSAF=174;FSAR=199;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7863;QD=38.3576;RBI=0.112138;REFB=0;REVB=0.0278522;RO=0;SAF=174;SAR=199;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289782;OID=.;OPOS=189918337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:373:373:0:0:373:373:1:199:174:0:0:199:174:0:0 chr2 189923104 . A G 2876.14 PASS AF=1;AO=299;DP=300;FAO=300;FDP=300;FR=.;FRO=0;FSAF=156;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122185;FXX=0.00332215;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.785;QD=38.3485;RBI=0.0376307;REFB=0;REVB=0.0355918;RO=0;SAF=155;SAR=144;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27913e-05;OID=.;OPOS=189923104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:300:300:0:0:299:300:1:144:155:0:0:144:156:0:0 chr2 189927506 . C G 2242.38 PASS AF=1;AO=234;DP=235;FAO=234;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00157363;FXX=0.00425514;HRUN=3;LEN=1;MLLD=443.852;QD=38.3313;RBI=0.00818801;REFB=0;REVB=0.00803537;RO=0;SAF=130;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44741e-06;OID=.;OPOS=189927506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:235:234:0:0:234:234:1:104:130:0:0:104:130:0:0 chr2 189932831 . T C 2408.15 PASS AF=1;AO=249;DP=250;FAO=250;FDP=250;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.49;QD=38.5304;RBI=0.025213;REFB=0;REVB=0.00839928;RO=0;SAF=116;SAR=133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81215e-05;OID=.;OPOS=189932831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:250:250:0:0:249:250:1:133:116:0:0:134:116:0:0 chr2 189948651 . G T 467.56 PASS AF=0.53125;AO=102;DP=192;FAO=102;FDP=192;FR=.;FRO=90;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=52;FSRR=38;FWDB=0.00619015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.567;QD=9.74082;RBI=0.0135753;REFB=-0.00687872;REVB=0.0120819;RO=90;SAF=53;SAR=49;SRF=52;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500733;STB=0.527362;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00618285;OID=.;OPOS=189948651;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:90:90:102:102:0.53125:49:53:52:38:49:53:52:38 chr2 189948696 . G A 459.74 PASS AF=0.531915;AO=100;DP=188;FAO=100;FDP=188;FR=.;FRO=88;FSAF=50;FSAR=50;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=0.0247149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3743;QD=9.78161;RBI=0.0292756;REFB=-0.000876424;REVB=0.0156918;RO=88;SAF=50;SAR=50;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486489;STB=0.52659;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0010144;OID=.;OPOS=189948696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:88:88:100:100:0.531915:50:50:49:39:50:50:49:39 chr2 189949759 . C T 179.67 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=45;FSAR=2;FSRF=50;FSRR=9;FWDB=-0.0105594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=359.286;QD=6.78004;RBI=0.0676945;REFB=-0.0170121;REVB=-0.0668659;RO=59;SAF=45;SAR=2;SRF=50;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383156;STB=0.722499;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0218769;OID=.;OPOS=189949759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:59:59:47:47:0.443396:2:45:50:9:2:45:50:9 chr2 189949786 . TG AT 253.24 PASS AF=0.513761;AO=56;DP=109;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=45;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=3;FWDB=0.00309875;FXX=0.0521694;HRUN=1;LEN=2;MLLD=221.634;QD=9.2933;RBI=0.0127985;REFB=-0.00209383;REVB=0.0124177;RO=50;SAF=45;SAR=11;SRF=50;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333127;STB=0.623844;STBP=0.084;TYPE=mnp;VARB=0.00151097;OID=.;OPOS=189949786;OREF=TG;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:50:53:56:56:0.513761:11:45:50:0:11:45:50:3 chr2 189950556 . G A 759.49 PASS AF=0.498615;AO=180;DP=361;FAO=180;FDP=361;FR=.;FRO=181;FSAF=98;FSAR=82;FSRF=73;FSRR=108;FWDB=-0.131361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.305;QD=8.41538;RBI=0.131598;REFB=0.00719947;REVB=0.00789121;RO=181;SAF=98;SAR=82;SRF=73;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128638;STB=0.570423;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00960522;OID=.;OPOS=189950556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:361:361:181:181:180:180:0.498615:82:98:73:108:82:98:73:108 chr2 189953285 . A AAATG 2391.45 PASS AF=1;AO=251;DP=264;FAO=256;FDP=256;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269757;FXX=0.0303019;HRUN=3;LEN=4;MLLD=212.394;QD=37.3665;RBI=0.0306464;REFB=-0.109027;REVB=0.0145436;RO=9;SAF=143;SAR=108;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215255;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000462111;OID=.;OPOS=189953286;OREF=-;OALT=AATG;OMAPALT=AAATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:251:264:256:256:0:145:111:0:0:89:9:143:108:8:1 chr2 189953508 . C T 467.84 PASS AF=0.477366;AO=116;DP=243;FAO=116;FDP=243;FR=.;FRO=127;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=66;FSRR=61;FWDB=0.00607323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.624;QD=7.70106;RBI=0.00640438;REFB=0.00667726;REVB=-0.00203272;RO=127;SAF=55;SAR=61;SRF=66;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431993;STB=0.523805;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.00754427;OID=.;OPOS=189953508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:243:127:127:116:116:0.477366:61:55:66:61:61:55:66:61 chr2 189953551 . G A 462.17 PASS AF=0.475207;AO=115;DP=242;FAO=115;FDP=242;FR=.;FRO=127;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=66;FSRR=61;FWDB=-0.00266558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=366.656;QD=7.63922;RBI=0.00889979;REFB=0.000297695;REVB=0.00849123;RO=127;SAF=54;SAR=61;SRF=66;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477241;STB=0.526311;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.000916205;OID=.;OPOS=189953551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:127:127:115:115:0.475207:61:54:66:61:61:54:66:61 chr2 189964747 . G T 602.78 PASS AF=0.48366;AO=148;DP=306;FAO=148;FDP=306;FR=.;FRO=158;FSAF=77;FSAR=71;FSRF=103;FSRR=55;FWDB=-0.021547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.387;QD=7.87942;RBI=0.0438502;REFB=0.033518;REVB=0.0381912;RO=158;SAF=77;SAR=71;SRF=103;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124789;STB=0.568446;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0325303;OID=.;OPOS=189964747;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:306:158:158:148:148:0.48366:71:77:103:55:71:77:103:55 chr2 189964891 . A G 946.96 PASS AF=0.533333;AO=208;DP=390;FAO=208;FDP=390;FR=.;FRO=182;FSAF=107;FSAR=101;FSRF=97;FSRR=85;FWDB=0.0225016;FXX=0.00255748;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.46;QD=9.71236;RBI=0.0229449;REFB=-0.00588308;REVB=0.00448885;RO=181;SAF=107;SAR=101;SRF=96;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01366;STB=0.508665;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00486845;OID=.;OPOS=189964891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:390:390:181:182:208:208:0.533333:101:107:96:85:101:107:97:85 chr2 189974958 . G T 3154.66 PASS AF=1;AO=328;DP=328;FAO=328;FDP=328;FR=.;FRO=0;FSAF=164;FSAR=164;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.053223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6299;QD=38.4715;RBI=0.0707258;REFB=0;REVB=0.0465773;RO=0;SAF=164;SAR=164;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41632e-05;OID=.;OPOS=189974958;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:328:328:0:0:328:328:1:164:164:0:0:164:164:0:0 chr2 191111045 . A G 491.25 PASS AF=0.529412;AO=108;DP=204;FAO=108;FDP=204;FR=.;FRO=96;FSAF=45;FSAR=63;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.0138368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=444.942;QD=9.63237;RBI=0.0139328;REFB=0.00458598;REVB=-0.00163296;RO=96;SAF=45;SAR=63;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817147;STB=0.544694;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00417557;OID=.;OPOS=191111045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:96:96:108:108:0.529412:63:45:49:47:63:45:49:47 chr2 191161622 . T C 2010.06 PASS AF=1;AO=211;DP=212;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299996;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.024;QD=37.9257;RBI=0.0317474;REFB=-0.0436491;REVB=0.0103885;RO=1;SAF=88;SAR=123;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00538267;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136985;OID=.;OPOS=191161622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:87:212:212:1:0:211:212:1:123:88:1:0:124:88:0:0 chr2 191184475 . A G 370.1 PASS AF=0.414449;AO=109;DP=261;FAO=109;FDP=263;FR=.;FRO=154;FSAF=29;FSAR=80;FSRF=64;FSRR=90;FWDB=0.014117;FXX=0.00378774;HRUN=1;LEN=1;MLLD=373.808;QD=5.62885;RBI=0.0143028;REFB=-0.0026194;REVB=0.00229749;RO=151;SAF=29;SAR=80;SRF=61;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166697;STB=0.601435;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00384864;OID=.;OPOS=191184475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:263:151:154:109:109:0.414449:80:29:61:90:80:29:64:90 chr2 220283259 . A G 1000.76 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.775;QD=38.1243;RBI=0.0522592;REFB=0;REVB=-0.0442544;RO=0;SAF=60;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000402384;OID=.;OPOS=220283259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:47:105:105:0:0:105:105:1:45:60:0:0:45:60:0:0 chr2 220283277 . T C 989.31 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.514;QD=38.0505;RBI=0.0341654;REFB=0;REVB=-0.031086;RO=0;SAF=59;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.01116e-05;OID=.;OPOS=220283277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:47:104:104:0:0:104:104:1:45:59:0:0:45:59:0:0 chr2 220283826 . T G 639.47 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=482.464;QD=38.1776;RBI=0.0309943;REFB=0;REVB=-0.0210875;RO=0;SAF=22;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.17959e-05;OID=.;OPOS=220283826;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:66:67:0:0:66:67:1:44:22:0:0:44:23:0:0 chr2 220284779 . C T 711.78 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.787;QD=37.9615;RBI=0.0852525;REFB=0;REVB=0.0846179;RO=0;SAF=70;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113841;OID=.;OPOS=220284779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:75:75:0:0:75:75:1:5:70:0:0:5:70:0:0 chr2 223065870 . C G 836.64 PASS AF=0.4975;AO=251;DP=508;FAO=199;FDP=400;FR=.;FRO=201;FSAF=100;FSAR=99;FSRF=91;FSRR=110;FWDB=-0.0101564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2569;QD=8.36635;RBI=0.0138521;REFB=0.00593867;REVB=-0.00941958;RO=257;SAF=127;SAR=124;SRF=117;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046844;STB=0.525004;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00685218;OID=.;OPOS=223065870;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:508:400:257:201:251:199:0.4975:124:127:117:140:99:100:91:110 chr2 223096709 . G C 2174.5 PASS AF=1;AO=231;DP=233;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00166152;FXX=0.00858332;HRUN=7;LEN=1;MLLD=343.856;QD=37.6537;RBI=0.00289626;REFB=-0.0509288;REVB=0.00237227;RO=2;SAF=108;SAR=123;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00874226;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.28958e-06;OID=.;OPOS=223096709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:87:233:231:2:0:231:231:1:123:108:2:0:123:108:0:0 chr2 223161624 . A G 313.56 PASS AF=0.46988;AO=78;DP=171;FAO=78;FDP=166;FR=.;FRO=88;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=-0.00241355;FXX=0.0348817;HRUN=1;LEN=1;MLLD=416.215;QD=7.55554;RBI=0.0143719;REFB=-0.00793566;REVB=-0.0141678;RO=73;SAF=37;SAR=41;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197089;STB=0.507581;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00861421;OID=.;OPOS=223161624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:166:73:88:78:78:0.46988:41:37:33:40:41:37:43:45 chr2 223161889 . A G 820.14 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.008;QD=38.1459;RBI=0.0414643;REFB=0;REVB=0.0002177;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313906;OID=.;OPOS=223161889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:39:86:86:0:0:86:86:1:42:44:0:0:42:44:0:0 chr2 223162024 . T G 769.12 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=393.871;QD=37.9812;RBI=0.0408476;REFB=0;REVB=0.0201123;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.4093e-05;OID=.;OPOS=223162024;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:37:81:81:0:0:81:81:1:43:38:0:0:43:38:0:0 chr2 233390937 . A G 245.39 PASS AF=0.427673;AO=68;DP=159;FAO=68;FDP=159;FR=.;FRO=91;FSAF=55;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=-0.0579021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.867;QD=6.17339;RBI=0.0611276;REFB=-0.0199916;REVB=-0.019594;RO=91;SAF=55;SAR=13;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368346;STB=0.708348;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0585951;OID=.;OPOS=233390937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:91:91:68:68:0.427673:13:55:46:45:13:55:46:45 chr2 233400074 . A G 542.4 PASS AF=0.478571;AO=134;DP=280;FAO=134;FDP=280;FR=.;FRO=146;FSAF=60;FSAR=74;FSRF=61;FSRR=85;FWDB=-0.00787424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=413.225;QD=7.7485;RBI=0.00787424;REFB=-0.0166714;REVB=-9.31796e-06;RO=146;SAF=60;SAR=74;SRF=61;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287878;STB=0.515841;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0185926;OID=.;OPOS=233400074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:146:146:134:134:0.478571:74:60:61:85:74:60:61:85 chr3 8775661 . C T 223.52 PASS AF=0.411392;AO=65;DP=158;FAO=65;FDP=158;FR=.;FRO=93;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=65;FWDB=0.0105572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.674;QD=5.65864;RBI=0.029866;REFB=0.0010058;REVB=0.0279378;RO=93;SAF=41;SAR=24;SRF=28;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33627;STB=0.687787;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.000962279;OID=.;OPOS=8775661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:93:93:65:65:0.411392:24:41:28:65:24:41:28:65 chr3 14173963 . G T 175.84 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.023083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6433;QD=9.63513;RBI=0.0547566;REFB=-0.000535582;REVB=-0.0496535;RO=35;SAF=22;SAR=16;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567596;STB=0.531462;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.000940153;OID=.;OPOS=14173963;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:16:22:18:17:16:22:18:17 chr3 14174427 . A T 510.03 PASS AF=0.491935;AO=122;DP=248;FAO=122;FDP=248;FR=.;FRO=126;FSAF=56;FSAR=66;FSRF=56;FSRR=70;FWDB=0.00369861;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=400.184;QD=8.2263;RBI=0.00490609;REFB=-0.00597;REVB=-0.00322336;RO=126;SAF=56;SAR=66;SRF=56;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135811;STB=0.507461;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00615076;OID=.;OPOS=14174427;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:126:126:122:122:0.491935:66:56:56:70:66:56:56:70 chr3 14175262 . T C 904.28 PASS AF=0.516291;AO=255;DP=497;FAO=206;FDP=399;FR=.;FRO=193;FSAF=96;FSAR=110;FSRF=75;FSRR=118;FWDB=-0.00210187;FXX=0.00249994;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.555;QD=9.06547;RBI=0.0958801;REFB=-0.0114048;REVB=0.0958571;RO=240;SAF=116;SAR=139;SRF=97;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456756;STB=0.537811;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00911117;OID=.;OPOS=14175262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:497:399:240:193:255:206:0.516291:139:116:97:143:110:96:75:118 chr3 14180552 . A G 696.03 PASS AF=0.4575;AO=221;DP=461;FAO=183;FDP=400;FR=.;FRO=217;FSAF=77;FSAR=106;FSRF=119;FSRR=98;FWDB=-0.0156107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9381;QD=6.96032;RBI=0.0674001;REFB=-0.0108004;REVB=-0.0655673;RO=240;SAF=96;SAR=125;SRF=134;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117507;STB=0.569447;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0128897;OID=.;OPOS=14180552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:461:400:240:217:221:183:0.4575:125:96:134:106:106:77:119:98 chr3 30686414 . A G 862.25 PASS AF=0.555215;AO=181;DP=326;FAO=181;FDP=326;FR=.;FRO=145;FSAF=103;FSAR=78;FSRF=71;FSRR=74;FWDB=0.0194541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=400.64;QD=10.5797;RBI=0.029754;REFB=-0.0109485;REVB=-0.022513;RO=145;SAF=103;SAR=78;SRF=71;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656053;STB=0.535647;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00802238;OID=.;OPOS=30686414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:326:145:145:181:181:0.555215:78:103:71:74:78:103:71:74 chr3 30713126 . T A 501.11 PASS AF=0.49789;AO=118;DP=238;FAO=118;FDP=237;FR=.;FRO=119;FSAF=66;FSAR=52;FSRF=65;FSRR=54;FWDB=-0.000790092;FXX=0.0042015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.611;QD=8.45751;RBI=0.0267951;REFB=-0.0182348;REVB=0.0267835;RO=119;SAF=66;SAR=52;SRF=65;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012132;STB=0.506662;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0176544;OID=.;OPOS=30713126;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:237:119:119:118:118:0.49789:52:66:65:54:52:66:65:54 chr3 32200322 . T C 339.95 PASS AF=0.493827;AO=80;DP=162;FAO=80;FDP=162;FR=.;FRO=82;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=-0.011896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.717;QD=8.39381;RBI=0.0125123;REFB=-0.0247197;REVB=0.00387868;RO=82;SAF=46;SAR=34;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058409;STB=0.5322;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0199085;OID=.;OPOS=32200322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:82:82:80:80:0.493827:34:46:42:40:34:46:42:40 chr3 37053568 . A G 949.35 PASS AF=0.5275;AO=214;DP=406;FAO=211;FDP=400;FR=.;FRO=189;FSAF=111;FSAR=100;FSRF=99;FSRR=90;FWDB=-0.0231212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.781;QD=9.49352;RBI=0.0231227;REFB=-0.00353398;REVB=-0.000269034;RO=191;SAF=112;SAR=102;SRF=102;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00925654;STB=0.501069;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00342986;OID=.;OPOS=37053568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:406:400:191:189:214:211:0.5275:102:112:102:89:100:111:99:90 chr3 37083740 . A G 2219.43 PASS AF=1;AO=232;DP=232;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.572;QD=38.266;RBI=0.052916;REFB=0;REVB=0.0290577;RO=0;SAF=102;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.39428e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225435;OID=.;OPOS=37083740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:232:232:0:0:232:232:1:130:102:0:0:130:102:0:0 chr3 38592406 . A G 388.19 PASS AF=0.560284;AO=79;DP=141;FAO=79;FDP=141;FR=.;FRO=62;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.00491688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4534;QD=11.0124;RBI=0.0157775;REFB=-0.0114727;REVB=-0.0149918;RO=62;SAF=37;SAR=42;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135576;STB=0.507396;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00894298;OID=.;OPOS=38592406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:62:62:79:79:0.560284:42:37:28:34:42:37:28:34 chr3 38618080 . A G 104.93 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=-0.0217772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6342;QD=5.59625;RBI=0.0767642;REFB=0.016215;REVB=-0.0736105;RO=45;SAF=21;SAR=9;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140175;STB=0.507982;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.021934;OID=.;OPOS=38618080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:9:21:32:13:9:21:32:13 chr3 38622467 . T C 1857.4 PASS AF=1;AO=194;DP=195;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0364659;FXX=0.00512794;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3392;QD=38.297;RBI=0.0395732;REFB=0;REVB=-0.0153713;RO=0;SAF=95;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018743;OID=.;OPOS=38622467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:88:195:194:0:0:194:194:1:99:95:0:0:99:95:0:0 chr3 38627153 . G GGTGTGTGTGTGTGTGTGT 50 PASS AO=134;DP=460;LEN=18;RO=326;SAF=134;SAR=169;SRF=20;SRR=137;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=38627154;OREF=-;OALT=GTGTGTGTGTGTGTGTGT;OMAPALT=GGTGTGTGTGTGTGTGTGT GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:460:326:134:169:134:20:137 chr3 38674712 . T C 2384.63 PASS AF=1;AO=248;DP=248;FAO=248;FDP=248;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00710432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.717;QD=38.4618;RBI=0.00727253;REFB=0;REVB=-0.00155512;RO=0;SAF=129;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.52677e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41782e-06;OID=.;OPOS=38674712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:248:248:0:0:248:248:1:119:129:0:0:119:129:0:0 chr3 48602523 . G GGGC 1555.02 PASS AF=1;AO=158;DP=181;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=160;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000916395;FXX=0.0999945;HRUN=2;LEN=3;MLLD=364.98;QD=38.3955;RBI=0.00281566;REFB=0;REVB=-0.00266236;RO=18;SAF=2;SAR=156;SRF=1;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140876;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-7.07437e-06;OID=.;OPOS=48602524;OREF=-;OALT=GGC;OMAPALT=GGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:158:181:162:162:0:2:160:0:0:73:18:2:156:1:17 chr3 48602866 . C T 775.81 PASS AF=0.532915;AO=170;DP=319;FAO=170;FDP=319;FR=.;FRO=149;FSAF=85;FSAR=85;FSRF=68;FSRR=81;FWDB=0.0215702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6009;QD=9.72806;RBI=0.0222029;REFB=-0.0465798;REVB=0.0052624;RO=149;SAF=85;SAR=85;SRF=68;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373882;STB=0.520374;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0380729;OID=.;OPOS=48602866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:319:149:149:170:170:0.532915:85:85:68:81:85:85:68:81 chr3 48605075 . GA G 488.93 PASS AF=0.577778;AO=118;DP=226;FAO=130;FDP=225;FR=.;FRO=95;FSAF=68;FSAR=62;FSRF=55;FSRR=40;FWDB=0.108136;FXX=0.00442458;HRUN=7;LEN=1;MLLD=14.8119;QD=8.69204;RBI=0.108175;REFB=0.0429751;REVB=0.00292029;RO=90;SAF=65;SAR=53;SRF=52;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217197;STB=0.523688;STBP=0.409;TYPE=del;VARB=-0.0285763;OID=.;OPOS=48605076;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.577778:118:226:130:225:95:68:62:55:40:99:90:65:53:52:38 chr3 48607242 . A G 695.13 PASS AF=0.498498;AO=165;DP=332;FAO=166;FDP=333;FR=.;FRO=167;FSAF=92;FSAR=74;FSRF=80;FSRR=87;FWDB=-0.0247304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.233;QD=8.34988;RBI=0.0341426;REFB=-0.0667054;REVB=0.0235399;RO=156;SAF=91;SAR=74;SRF=70;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914062;STB=0.537831;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0568263;OID=.;OPOS=48607242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:333:156:167:165:166:0.498498:74:91:70:86:74:92:80:87 chr3 48608506 . T C 620.98 PASS AF=0.508897;AO=143;DP=281;FAO=143;FDP=281;FR=.;FRO=138;FSAF=79;FSAR=64;FSRF=76;FSRR=62;FWDB=-0.0193995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.222;QD=8.83958;RBI=0.102842;REFB=-0.011031;REVB=-0.100996;RO=138;SAF=79;SAR=64;SRF=76;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00156226;STB=0.500855;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0105528;OID=.;OPOS=48608506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:281:138:138:143:143:0.508897:64:79:76:62:64:79:76:62 chr3 48610925 . T C 604.15 PASS AF=0.520599;AO=134;DP=263;FAO=139;FDP=267;FR=.;FRO=128;FSAF=60;FSAR=79;FSRF=59;FSRR=69;FWDB=-0.0017982;FXX=0.0037312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.485;QD=9.05093;RBI=0.031012;REFB=-0.0518576;REVB=-0.0309598;RO=129;SAF=55;SAR=79;SRF=60;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500569;STB=0.514248;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0456774;OID=.;OPOS=48610925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:267:129:128:134:139:0.520599:79:55:60:69:79:60:59:69 chr3 48618666 . A G 845.48 PASS AF=0.501253;AO=236;DP=474;FAO=200;FDP=399;FR=.;FRO=199;FSAF=124;FSAR=76;FSRF=112;FSRR=87;FWDB=0.0216489;FXX=0.00249994;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9703;QD=8.47597;RBI=0.027261;REFB=-0.114294;REVB=-0.0165676;RO=237;SAF=147;SAR=89;SRF=136;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471368;STB=0.529828;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.111565;OID=.;OPOS=48618666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:474:399:237:199:236:200:0.501253:89:147:136:101:76:124:112:87 chr3 48624611 . C T 1834.49 PASS AF=1;AO=192;DP=192;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=185;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00337501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=393.909;QD=38.2186;RBI=0.0127137;REFB=0;REVB=0.0122576;RO=0;SAF=185;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26964e-06;OID=.;OPOS=48624611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:87:192:192:0:0:192:192:1:7:185:0:0:7:185:0:0 chr3 48625266 . T C 2468.51 PASS AF=1;AO=257;DP=257;FAO=257;FDP=257;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00210028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.178;QD=38.4204;RBI=0.0142603;REFB=0;REVB=-0.0141048;RO=0;SAF=128;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-1.02796e-07;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.53514e-05;OID=.;OPOS=48625266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:257:257:0:0:257:257:1:129:128:0:0:129:128:0:0 chr3 49455330 . C T 2831.33 PASS AF=1;AO=296;DP=299;FAO=299;FDP=299;FR=.;FRO=0;FSAF=165;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.222846;FXX=0.0066443;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3226;QD=37.8773;RBI=0.223561;REFB=0.0309722;REVB=-0.0178648;RO=3;SAF=162;SAR=134;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00230541;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.7903e-05;OID=.;OPOS=49455330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:299:299:3:0:296:299:1:134:162:2:1:134:165:0:0 chr3 63981635 . C T 658.46 PASS AF=0.471751;AO=167;DP=354;FAO=167;FDP=354;FR=.;FRO=187;FSAF=84;FSAR=83;FSRF=98;FSRR=89;FWDB=0.0296676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7532;QD=7.44017;RBI=0.0917428;REFB=-0.0274016;REVB=0.0868135;RO=187;SAF=84;SAR=83;SRF=98;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020218;STB=0.511131;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0309826;OID=.;OPOS=63981635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:354:187:187:167:167:0.471751:83:84:98:89:83:84:98:89 chr3 63982082 . G A 746.98 PASS AF=0.52;AO=168;DP=324;FAO=169;FDP=325;FR=.;FRO=156;FSAF=77;FSAR=92;FSRF=83;FSRR=73;FWDB=0.00780315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.912;QD=9.19361;RBI=0.00783047;REFB=-0.0239365;REVB=-0.000653585;RO=156;SAF=76;SAR=92;SRF=83;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070336;STB=0.536732;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0225261;OID=.;OPOS=63982082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:325:156:156:168:169:0.52:92:76:83:73:92:77:83:73 chr3 81643167 . T C 1827.05 PASS AF=1;AO=191;DP=191;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.9391;QD=38.2628;RBI=0.0278484;REFB=0;REVB=0.0220711;RO=0;SAF=104;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114038;OID=.;OPOS=81643167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:86:191:191:0:0:191:191:1:87:104:0:0:87:104:0:0 chr3 123411589 . G A 2446.58 PASS AF=1;AO=255;DP=255;FAO=255;FDP=255;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242085;FXX=0.0039061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=395.083;QD=38.3778;RBI=0.0242929;REFB=0;REVB=0.00202323;RO=0;SAF=120;SAR=135;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46161e-06;OID=.;OPOS=123411589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:255:255:0:0:255:255:1:135:120:0:0:135:120:0:0 chr3 123418913 . G A 1866.91 PASS AF=1;AO=195;DP=195;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00131639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.522;QD=38.2955;RBI=0.00831797;REFB=0;REVB=0.00821314;RO=0;SAF=112;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.10534e-06;OID=.;OPOS=123418913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:88:195:195:0:0:195:195:1:83:112:0:0:83:112:0:0 chr3 123440967 . G A 1274.42 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0716722;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.836;QD=37.7606;RBI=0.0727826;REFB=-0.0848183;REVB=-0.0126652;RO=1;SAF=60;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785684;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000877459;OID=.;OPOS=123440967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:53:136:135:1:0:135:135:1:75:60:1:0:75:60:0:0 chr3 123451773 . G C 2115.73 PASS AF=1;AO=221;DP=221;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.662;QD=38.2938;RBI=0.0386157;REFB=0;REVB=0.0300137;RO=0;SAF=96;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53113e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25926e-05;OID=.;OPOS=123451773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:221:221:0:0:221:221:1:125:96:0:0:125:96:0:0 chr3 123452838 . G A 163.64 PASS AF=0.420561;AO=47;DP=111;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.00149267;FXX=0.0360328;HRUN=4;LEN=1;MLLD=412.802;QD=6.11721;RBI=0.0105221;REFB=-0.00649232;REVB=0.0104157;RO=64;SAF=25;SAR=22;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167493;STB=0.513621;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00862227;OID=.;OPOS=123452838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:107:64:62:47:45:0.420561:22:25:33:31:20:25:33:29 chr3 180364961 . T C 622.77 PASS AF=0.491803;AO=150;DP=305;FAO=150;FDP=305;FR=.;FRO=155;FSAF=80;FSAR=70;FSRF=75;FSRR=80;FWDB=0.0308778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6436;QD=8.16744;RBI=0.0539105;REFB=-0.000919628;REVB=0.0441917;RO=153;SAF=80;SAR=70;SRF=73;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051764;STB=0.525161;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00130833;OID=.;OPOS=180364961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:305:153:155:150:150:0.491803:70:80:73:80:70:80:75:80 chr4 994414 . G A 2381.92 PASS AF=1;AO=249;DP=250;FAO=249;FDP=249;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162327;FXX=0.00399984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.591;QD=38.2638;RBI=0.0166974;REFB=0.00794722;REVB=0.00391176;RO=1;SAF=115;SAR=134;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00412698;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90374e-06;OID=.;OPOS=994414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:250:249:1:0:249:249:1:134:115:1:0:134:115:0:0 chr4 995305 . T C 2471.96 PASS AF=1;AO=267;DP=268;FAO=257;FDP=257;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123466;FXX=0.0410432;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.181;QD=38.4741;RBI=0.0516643;REFB=0;REVB=0.0501674;RO=0;SAF=152;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.12413e-05;OID=.;OPOS=995305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:268:257:0:0:267:257:1:115:152:0:0:105:152:0:0 chr4 995422 . G C 2481.32 PASS AF=1;AO=268;DP=268;FAO=258;FDP=258;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306323;FXX=0.037312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.693;QD=38.4702;RBI=0.0322914;REFB=0;REVB=0.0102174;RO=0;SAF=145;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.76026e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05895e-05;OID=.;OPOS=995422;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:268:258:0:0:268:258:1:123:145:0:0:113:145:0:0 chr4 995459 . C T 914.22 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.018865;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=320.493;QD=36.569;RBI=0.0210327;REFB=0.134274;REVB=-0.00929987;RO=1;SAF=49;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958177;STB=0.509998;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.000285819;OID=.;OPOS=995459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:100:100:1:2:98:98:0.98:49:49:0:1:49:49:0:2 chr4 995919 . G C 387.76 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0675257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0862;QD=38.7758;RBI=0.10517;REFB=0;REVB=0.0806289;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213502;OID=.;OPOS=995919;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:39:40:0:0:39:40:1:15:24:0:0:16:24:0:0 chr4 995997 . A G 677.13 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0699712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.264;QD=38.6934;RBI=0.0714701;REFB=0;REVB=0.0145606;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.85259e-05;OID=.;OPOS=995997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:70:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr4 996012 . G C 677.13 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.869;QD=38.6934;RBI=0.0215836;REFB=0;REVB=0.0147271;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.63852e-06;OID=.;OPOS=996012;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:70:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr4 996165 . G A 858.53 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0785988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=375.697;QD=37.7377;RBI=0.0793164;REFB=0;REVB=0.010645;RO=0;SAF=40;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99519e-05;OID=.;OPOS=996165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:41:91:91:0:0:90:91:1:50:40:0:0:50:41:0:0 chr4 996248 . G C 965.92 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4163;QD=38.6369;RBI=0.0868458;REFB=0;REVB=0.0826271;RO=0;SAF=69;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388512;OID=.;OPOS=996248;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:45:100:100:0:0:100:100:1:31:69:0:0:31:69:0:0 chr4 996560 . C G 710.21 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0122461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4943;QD=36.8942;RBI=0.0578531;REFB=-0.0360187;REVB=-0.0565422;RO=1;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106344;STB=0.505616;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-3.37134e-05;OID=.;OPOS=996560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:77:77:1:1:76:76:0.987013:44:32:0:1:44:32:0:1 chr4 996690 . G A 1505.79 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.202;QD=38.364;RBI=0.0678293;REFB=0;REVB=0.0515695;RO=0;SAF=67;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49904e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186152;OID=.;OPOS=996690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:71:157:157:0:0:157:157:1:90:67:0:0:90:67:0:0 chr4 996768 . T C 875.01 PASS AF=1;AO=89;DP=97;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0417042;FXX=0.0807999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.498;QD=38.4618;RBI=0.0449827;REFB=0;REVB=0.0168583;RO=0;SAF=38;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000623531;OID=.;OPOS=996768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:41:97:91:0:0:89:91:1:51:38:0:0:51:40:0:0 chr4 1795557 . T C 675.47 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.019224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=356.871;QD=36.5116;RBI=0.0194384;REFB=-0.165939;REVB=-0.00287855;RO=1;SAF=40;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116794;STB=0.506171;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000336214;OID=.;OPOS=1795557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:74:74:1:1:73:73:0.986486:33:40:1:0:33:40:1:0 chr4 1805593 . G C 402.11 PASS AF=0.458515;AO=104;DP=228;FAO=105;FDP=229;FR=.;FRO=124;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=63;FSRR=61;FWDB=-0.0204835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=367.486;QD=7.02369;RBI=0.0270836;REFB=0.00318129;REVB=-0.0177185;RO=124;SAF=50;SAR=54;SRF=63;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268153;STB=0.517267;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.00373938;OID=.;OPOS=1805593;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:229:124:124:104:105:0.458515:54:50:63:61:55:50:63:61 chr4 1806519 . C T 158 PASS AF=0.636364;AO=19;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.178957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.936;QD=14.3637;RBI=0.179605;REFB=-0.0345622;REVB=0.0152457;RO=17;SAF=15;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314743;STB=0.548984;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0287489;OID=.;OPOS=1806519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:44:44:17:16:19:28:0.636364:4:15:8:9:12:16:7:9 chr4 1807894 . G A 1341.48 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00702023;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6185;QD=38.6037;RBI=0.0664234;REFB=0;REVB=0.0660514;RO=0;SAF=80;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46196e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186308;OID=.;OPOS=1807894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:63:140:139:0:0:139:139:1:59:80:0:0:59:80:0:0 chr4 1807922 . G A 328.17 PASS AF=0.51773;AO=73;DP=133;FAO=73;FDP=141;FR=.;FRO=68;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=0.0535059;FXX=0.00704176;HRUN=5;LEN=1;MLLD=80.8259;QD=9.30967;RBI=0.070298;REFB=-0.0198196;REVB=0.0455953;RO=60;SAF=38;SAR=35;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797682;STB=0.525642;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0244086;OID=.;OPOS=1807922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:141:60:68:73:73:0.51773:35:38:37:23:35:38:39:29 chr4 2822467 . G T 512.93 PASS AF=0.640845;AO=88;DP=139;FAO=91;FDP=142;FR=.;FRO=51;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.100229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.32;QD=14.4487;RBI=0.100229;REFB=-0.00747341;REVB=0.000247619;RO=51;SAF=43;SAR=45;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122612;STB=0.512532;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00480605;OID=.;OPOS=2822467;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:142:51:51:88:91:0.640845:45:43:24:27:45:46:24:27 chr4 2824848 . T A 119.45 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=0;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=23;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1115;QD=9.95415;RBI=0.00359701;REFB=0.0238667;REVB=0.00359701;RO=23;SAF=0;SAR=25;SRF=0;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0218576;OID=.;OPOS=2824848;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:25:0:0:23:25:0:0:23 chr4 2826400 . T C 857.03 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9651;QD=38.518;RBI=0.037347;REFB=0;REVB=-0.0224525;RO=0;SAF=82;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0678e-05;OID=.;OPOS=2826400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:40:89:89:0:0:89:89:1:7:82:0:0:7:82:0:0 chr4 2831383 . T G 471.01 PASS AF=0.650794;AO=82;DP=127;FAO=82;FDP=126;FR=.;FRO=44;FSAF=52;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.00896362;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.645;QD=14.9527;RBI=0.147375;REFB=-0.0509686;REVB=-0.147103;RO=45;SAF=52;SAR=30;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157724;STB=0.580985;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0190014;OID=.;OPOS=2831383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:45:44:82:82:0.650794:30:52:18:27:30:52:18:26 chr4 3465073 . G T 136.31 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0855796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.796;QD=36.3484;RBI=0.0855796;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=15;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00324137;OID=.;OPOS=3465073;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:15:15:0:0:15:15:1:0:15:0:0:0:15:0:0 chr4 3475252 . T C 1783.89 PASS AF=0.965854;AO=198;DP=205;FAO=198;FDP=205;FR=.;FRO=7;FSAF=80;FSAR=118;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00340537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6811;QD=34.8077;RBI=0.0185074;REFB=-0.00902808;REVB=0.0181915;RO=7;SAF=80;SAR=118;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303673;STB=0.515963;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.000337883;OID=.;OPOS=3475252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:40:205:205:7:7:198:198:0.965854:118:80:6:1:118:80:6:1 chr4 3487237 . A G 1064.82 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.619;QD=38.0293;RBI=0.0109952;REFB=0;REVB=0.000463359;RO=0;SAF=63;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36064e-05;OID=.;OPOS=3487237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:51:112:112:0:0:112:112:1:49:63:0:0:49:63:0:0 chr4 3495095 . G A 305.06 PASS AF=0.474684;AO=75;DP=158;FAO=75;FDP=158;FR=.;FRO=83;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=0.00391224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=352.461;QD=7.72305;RBI=0.0115302;REFB=0.000608279;REVB=0.0108461;RO=83;SAF=32;SAR=43;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645881;STB=0.535747;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.000580024;OID=.;OPOS=3495095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:83:83:75:75:0.474684:43:32:41:42:43:32:41:42 chr4 3495283 . C G 382.47 PASS AF=0.5;AO=89;DP=178;FAO=89;FDP=178;FR=.;FRO=89;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=0.0299949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.318;QD=8.59472;RBI=0.0301174;REFB=-0.0168258;REVB=-0.00271371;RO=89;SAF=47;SAR=42;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308047;STB=0.516936;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0165035;OID=.;OPOS=3495283;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:89:89:89:89:0.5:42:47:50:39:42:47:50:39 chr4 15982166 . A G 312.96 PASS AF=0.547826;AO=61;DP=114;FAO=63;FDP=115;FR=.;FRO=52;FSAF=60;FSAR=3;FSRF=51;FSRR=1;FWDB=0.0335901;FXX=0.0872947;HRUN=9;LEN=1;MLLD=68.2503;QD=10.8855;RBI=0.116774;REFB=0.0244888;REVB=0.111839;RO=52;SAF=58;SAR=3;SRF=51;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157047;STB=0.58113;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.00502851;OID=.;OPOS=15982166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:52:52:61:63:0.547826:3:58:51:1:3:60:51:1 chr4 15982230 . T A 873.64 PASS AF=1;AO=75;DP=90;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00597969;FXX=0.0236202;HRUN=24;LEN=1;MLLD=84.0521;QD=28.1821;RBI=0.0398447;REFB=-0.127409;REVB=0.0393935;RO=3;SAF=75;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000648746;OID=.;OPOS=15982230;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:90:124:3:0:75:124:1:0:75:3:0:21:103:0:0 chr4 15985984 . G C 802.82 PASS AF=0.488722;AO=201;DP=408;FAO=195;FDP=399;FR=.;FRO=204;FSAF=106;FSAR=89;FSRF=114;FSRR=90;FWDB=-0.000866071;FXX=0.00249994;HRUN=6;LEN=1;MLLD=400.599;QD=8.04834;RBI=0.00438226;REFB=0.0074676;REVB=-0.00429582;RO=206;SAF=111;SAR=90;SRF=115;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00561884;STB=0.507858;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.00784062;OID=.;OPOS=15985984;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:408:399:206:204:201:195:0.488722:90:111:115:91:89:106:114:90 chr4 16002050 . T C 3625.47 PASS AF=1;AO=380;DP=382;FAO=380;FDP=380;FR=.;FRO=0;FSAF=192;FSAR=188;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019281;FXX=0.00523546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=402.968;QD=38.1629;RBI=0.0221369;REFB=-0.00418305;REVB=0.010876;RO=1;SAF=192;SAR=188;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00247906;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18764e-06;OID=.;OPOS=16002050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:382:380:1:0:380:380:1:188:192:1:0:188:192:0:0 chr4 16002288 . T C 315.66 PASS AF=0.425837;AO=89;DP=209;FAO=89;FDP=209;FR=.;FRO=120;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=56;FSRR=64;FWDB=0.00540486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2123;QD=6.04142;RBI=0.0265334;REFB=-0.0140481;REVB=-0.0259771;RO=119;SAF=43;SAR=46;SRF=55;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215473;STB=0.509477;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0191234;OID=.;OPOS=16002288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:119:120:89:89:0.425837:46:43:55:64:46:43:56:64 chr4 16024885 . A G 2409.81 PASS AF=1;AO=250;DP=250;FAO=250;FDP=250;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00491256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.301;QD=38.5569;RBI=0.020735;REFB=0;REVB=-0.0201446;RO=0;SAF=139;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49923e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.39409e-06;OID=.;OPOS=16024885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:250:250:0:0:250:250:1:111:139:0:0:111:139:0:0 chr4 16025837 . C T 3583.14 PASS AF=1;AO=374;DP=376;FAO=375;FDP=375;FR=.;FRO=0;FSAF=210;FSAR=165;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326389;FXX=0.0026595;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.82;QD=38.2201;RBI=0.0386619;REFB=-0.0125256;REVB=-0.0207229;RO=1;SAF=209;SAR=165;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00227783;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49293e-05;OID=.;OPOS=16025837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:376:375:1:0:374:375:1:165:209:1:0:165:210:0:0 chr4 16037352 . C T 1745.6 PASS AF=1;AO=182;DP=182;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0696973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.992;QD=38.1553;RBI=0.0732005;REFB=0;REVB=0.0223742;RO=0;SAF=78;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.73361e-05;OID=.;OPOS=16037352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:83:182:183:0:0:182:183:1:104:78:0:0:104:79:0:0 chr4 90743317 . T TC 497.41 PASS AF=0.47037;AO=124;DP=270;FAO=127;FDP=270;FR=.;FRO=143;FSAF=64;FSAR=63;FSRF=80;FSRR=63;FWDB=0.0315144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.9591;QD=7.3691;RBI=0.128305;REFB=0.0102328;REVB=-0.124375;RO=144;SAF=63;SAR=61;SRF=80;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462567;STB=0.529407;STBP=0.367;TYPE=ins;VARB=-0.0131971;OID=.;OPOS=90743318;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47037:124:270:127:270:143:64:63:80:63:99:144:63:61:80:64 chr4 90743331 . C T 515.69 PASS AF=0.474265;AO=129;DP=272;FAO=129;FDP=272;FR=.;FRO=143;FSAF=64;FSAR=65;FSRF=80;FSRR=63;FWDB=0.01915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5388;QD=7.58374;RBI=0.0272843;REFB=-0.00791783;REVB=0.0194348;RO=143;SAF=64;SAR=65;SRF=80;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603964;STB=0.533267;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00930758;OID=.;OPOS=90743331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:143:143:129:129:0.474265:65:64:80:63:65:64:80:63 chr4 114117472 . C T 409 PASS AF=0.462555;AO=105;DP=227;FAO=105;FDP=227;FR=.;FRO=122;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=55;FSRR=67;FWDB=0.00225278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.738;QD=7.20709;RBI=0.00647713;REFB=0.00170116;REVB=-0.00607274;RO=122;SAF=51;SAR=54;SRF=55;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033983;STB=0.518786;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.00147227;OID=.;OPOS=114117472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:122:122:105:105:0.462555:54:51:55:67:54:51:55:67 chr4 114117474 . A AT 386.31 PASS AF=0.460177;AO=103;DP=227;FAO=104;FDP=226;FR=.;FRO=122;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=56;FSRR=66;FWDB=-0.0285147;FXX=0.00440509;HRUN=4;LEN=1;MLLD=24.18;QD=6.83737;RBI=0.0382008;REFB=0.0263581;REVB=0.0254207;RO=123;SAF=49;SAR=54;SRF=56;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201616;STB=0.511768;STBP=0.751;TYPE=ins;VARB=-0.0300189;OID=.;OPOS=114117475;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.460177:103:227:104:226:122:50:54:56:66:99:123:49:54:56:67 chr4 114209478 . G C 648.14 PASS AF=0.481928;AO=160;DP=333;FAO=160;FDP=332;FR=.;FRO=172;FSAF=89;FSAR=71;FSRF=83;FSRR=89;FWDB=-0.00998101;FXX=0.00300291;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.355;QD=7.80892;RBI=0.0117683;REFB=-0.0048826;REVB=0.00623472;RO=171;SAF=89;SAR=71;SRF=83;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668967;STB=0.538329;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00550456;OID=.;OPOS=114209478;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:332:171:172:160:160:0.481928:71:89:83:88:71:89:83:89 chr4 114213551 . C T 156.09 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0364434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.98;QD=10.4057;RBI=0.036447;REFB=-0.0130884;REVB=0.000517661;RO=28;SAF=16;SAR=16;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120301;STB=0.566626;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00872936;OID=.;OPOS=114213551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:16:16:18:10:16:16:18:10 chr4 114263101 . T G 573.25 PASS AF=0.507692;AO=132;DP=260;FAO=132;FDP=260;FR=.;FRO=128;FSAF=52;FSAR=80;FSRF=73;FSRR=55;FWDB=-0.0101688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=353.331;QD=8.81915;RBI=0.0164856;REFB=-0.0186523;REVB=-0.0129757;RO=128;SAF=52;SAR=80;SRF=73;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159695;STB=0.587531;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0162789;OID=.;OPOS=114263101;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:128:128:132:132:0.507692:80:52:73:55:80:52:73:55 chr4 114275243 . C T 297.6 PASS AF=0.548673;AO=62;DP=113;FAO=62;FDP=113;FR=.;FRO=51;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0624319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.4995;QD=10.5346;RBI=0.128974;REFB=-0.0231145;REVB=0.112857;RO=51;SAF=37;SAR=25;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184389;STB=0.600993;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0219547;OID=.;OPOS=114275243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:51:51:62:62:0.548673:25:37:19:32:25:37:19:32 chr4 114276880 . T C 857.23 PASS AF=0.534091;AO=188;DP=352;FAO=188;FDP=352;FR=.;FRO=164;FSAF=102;FSAR=86;FSRF=89;FSRR=75;FWDB=-0.0409911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9281;QD=9.74126;RBI=0.0830512;REFB=-0.0143143;REVB=-0.0722305;RO=164;SAF=102;SAR=86;SRF=89;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000111784;STB=0.500061;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0129251;OID=.;OPOS=114276880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:352:352:164:164:188:188:0.534091:86:102:89:75:86:102:89:75 chr4 114276884 . A G 857.23 PASS AF=0.534091;AO=188;DP=352;FAO=188;FDP=352;FR=.;FRO=164;FSAF=102;FSAR=86;FSRF=89;FSRR=75;FWDB=-0.018924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1791;QD=9.74126;RBI=0.0463683;REFB=-0.00349195;REVB=-0.0423308;RO=164;SAF=102;SAR=86;SRF=89;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000111784;STB=0.500061;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00278573;OID=.;OPOS=114276884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:352:352:164:164:188:188:0.534091:86:102:89:75:86:102:89:75 chr4 114279422 . A G 911.08 PASS AF=0.5175;AO=228;DP=448;FAO=207;FDP=400;FR=.;FRO=193;FSAF=97;FSAR=110;FSRF=88;FSRR=105;FWDB=0.111481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.884;QD=9.11084;RBI=0.115777;REFB=0.000191934;REVB=-0.0312447;RO=219;SAF=109;SAR=119;SRF=101;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151808;STB=0.506127;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=5.37063e-05;OID=.;OPOS=114279422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:448:400:219:193:228:207:0.5175:119:109:101:118:110:97:88:105 chr4 114284645 . C T 413.95 PASS AF=0.365;AO=155;DP=426;FAO=146;FDP=400;FR=.;FRO=254;FSAF=23;FSAR=123;FSRF=133;FSRR=121;FWDB=0.003634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.913;QD=4.13945;RBI=0.00387974;REFB=-0.018506;REVB=-0.00135881;RO=271;SAF=23;SAR=132;SRF=144;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501149;STB=0.773668;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0219303;OID=.;OPOS=114284645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:426:400:271:254:155:146:0.365:132:23:144:127:123:23:133:121 chr4 114286357 . ATG A,GTG 1516.33 PASS AF=0.623529,0.376471;AO=40,54;DP=214;FAO=106,64;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=90,0;FSAR=16,64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.497555,-0.149429;FXX=0.220173;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=49.7402,48.8854;QD=35.6782;RBI=0.5017,0.149476;REFB=-0.0985249,0.0208344;REVB=-0.0643582,-0.00374569;RO=53;SAF=31,1;SAR=9,53;SRF=52;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.381019,-0.870003;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0738076,0.0391957;OID=.,.;OPOS=114286358,114286357;OREF=TG,A;OALT=-,G;OMAPALT=A,GTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:214:170:53:0:40,54:106,64:0.623529,0.376471:9,53:31,1:52:1:16,64:90,0:0:0 chr4 114294308 . T C 571.81 PASS AF=0.505703;AO=133;DP=264;FAO=133;FDP=263;FR=.;FRO=130;FSAF=67;FSAR=66;FSRF=69;FSRR=61;FWDB=-0.0247982;FXX=0.00378774;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5134;QD=8.69679;RBI=0.0255324;REFB=-0.0349064;REVB=0.0060787;RO=130;SAF=67;SAR=66;SRF=69;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243699;STB=0.513352;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0332037;OID=.;OPOS=114294308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:263:130:130:133:133:0.505703:66:67:69:61:66:67:69:61 chr4 120079159 . A G 930.13 PASS AF=0.5225;AO=256;DP=491;FAO=209;FDP=400;FR=.;FRO=191;FSAF=104;FSAR=105;FSRF=99;FSRR=92;FWDB=0.0227444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.878;QD=9.3013;RBI=0.033255;REFB=-0.0142848;REVB=0.0242608;RO=235;SAF=121;SAR=135;SRF=125;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520163;STB=0.509891;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0138401;OID=.;OPOS=120079159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:491:400:235:191:256:209:0.5225:135:121:125:110:105:104:99:92 chr4 190862155 . T G 2035.79 PASS AF=1;AO=213;DP=220;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000759577;FXX=0.0318167;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.634;QD=38.2308;RBI=0.0573563;REFB=0.063346;REVB=-0.0573513;RO=1;SAF=96;SAR=117;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00405465;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000258428;OID=.;OPOS=190862155;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:87:220:213:1:0:213:213:1:117:96:0:1:117:96:0:0 chr4 190862182 . C T 2066.06 PASS AF=1;AO=218;DP=220;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184442;FXX=0.0090905;HRUN=1;LEN=1;MLLD=364.709;QD=37.9094;RBI=0.0198817;REFB=-0.0534992;REVB=0.00742242;RO=1;SAF=98;SAR=120;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00483694;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71139e-05;OID=.;OPOS=190862182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:81:220:218:1:0:218:218:1:120:98:1:0:120:98:0:0 chr4 190876195 . C T 2417.41 PASS AF=0.981203;AO=260;DP=265;FAO=261;FDP=266;FR=.;FRO=5;FSAF=123;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0135038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.345;QD=36.3521;RBI=0.0298165;REFB=-0.0290642;REVB=0.0265833;RO=5;SAF=123;SAR=137;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170772;STB=0.508896;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.000115566;OID=.;OPOS=190876195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:76:265:266:5:5:260:261:0.981203:137:123:0:5:138:123:0:5 chr4 190884225 . T TTTC 2603.8 PASS AF=1;AO=264;DP=279;FAO=271;FDP=271;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00711434;FXX=0.0286728;HRUN=4;LEN=3;MLLD=383.594;QD=38.4324;RBI=0.00764391;REFB=0;REVB=-0.00279562;RO=12;SAF=122;SAR=142;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023917;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.99759e-06;OID=.;OPOS=190884226;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:264:279:271:271:0:127:144:0:0:99:12:122:142:9:3 chr5 13701327 . A G 738.78 PASS AF=0.47;AO=244;DP=491;FAO=188;FDP=400;FR=.;FRO=212;FSAF=96;FSAR=92;FSRF=118;FSRR=94;FWDB=-0.00149904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.101;QD=7.38779;RBI=0.047997;REFB=-0.0327052;REVB=-0.0479736;RO=247;SAF=123;SAR=121;SRF=140;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576776;STB=0.524395;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0365783;OID=.;OPOS=13701327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:491:400:247:212:244:188:0.47:121:123:140:107:92:96:118:94 chr5 13701525 . T C 879.38 PASS AF=0.526882;AO=196;DP=372;FAO=196;FDP=372;FR=.;FRO=176;FSAF=97;FSAR=99;FSRF=93;FSRR=83;FWDB=0.00254346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.786;QD=9.45564;RBI=0.00548452;REFB=-0.0231824;REVB=-0.00485909;RO=176;SAF=97;SAR=99;SRF=93;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290741;STB=0.51585;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0209416;OID=.;OPOS=13701525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:372:372:176:176:196:196:0.526882:99:97:93:83:99:97:93:83 chr5 13701536 . T C 860.13 PASS AF=0.523035;AO=193;DP=369;FAO=193;FDP=369;FR=.;FRO=176;FSAF=95;FSAR=98;FSRF=93;FSRR=83;FWDB=0.0146333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=380.229;QD=9.32394;RBI=0.0153041;REFB=-0.0344794;REVB=0.00448158;RO=176;SAF=95;SAR=98;SRF=93;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031623;STB=0.51725;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0313126;OID=.;OPOS=13701536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:369:369:176:176:193:193:0.523035:98:95:93:83:98:95:93:83 chr5 13729714 . A G 519.8 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.067562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.688;QD=37.8036;RBI=0.0704061;REFB=0;REVB=0.0198091;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000607164;OID=.;OPOS=13729714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr5 13737444 . G A 369.52 PASS AF=0.486339;AO=89;DP=183;FAO=89;FDP=183;FR=.;FRO=94;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=42;FSRR=52;FWDB=0.0171296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.891;QD=8.07685;RBI=0.0172684;REFB=-0.0178566;REVB=0.0021849;RO=93;SAF=42;SAR=47;SRF=42;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189054;STB=0.51295;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0198467;OID=.;OPOS=13737444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:93:94:89:89:0.486339:47:42:42:51:47:42:42:52 chr5 13842045 . A G 193.82 PASS AF=0.307692;AO=118;DP=311;FAO=84;FDP=273;FR=.;FRO=189;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=103;FSRR=86;FWDB=0.109727;FXX=0.122183;HRUN=19;LEN=1;MLLD=112.166;QD=2.83978;RBI=0.125752;REFB=0.0357622;REVB=0.06143;RO=168;SAF=35;SAR=83;SRF=86;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240482;STB=0.555687;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.049084;OID=.;OPOS=13842045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:273:168:189:118:84:0.307692:83:35:86:82:45:39:103:86 chr5 13850651 . T C 709.71 PASS AF=0.524917;AO=158;DP=301;FAO=158;FDP=301;FR=.;FRO=143;FSAF=98;FSAR=60;FSRF=66;FSRR=77;FWDB=0.0120797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9686;QD=9.43137;RBI=0.0135831;REFB=-0.0179759;REVB=0.0062114;RO=143;SAF=98;SAR=60;SRF=66;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141008;STB=0.577055;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0151494;OID=.;OPOS=13850651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:301:143:143:158:158:0.524917:60:98:66:77:60:98:66:77 chr5 13850739 . T A 583.57 PASS AF=0.478548;AO=145;DP=303;FAO=145;FDP=303;FR=.;FRO=158;FSAF=65;FSAR=80;FSRF=97;FSRR=61;FWDB=0.00439425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=387.32;QD=7.70387;RBI=0.00814772;REFB=-0.00380717;REVB=-0.00686119;RO=158;SAF=65;SAR=80;SRF=97;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15601;STB=0.585751;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00462432;OID=.;OPOS=13850739;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:303:158:158:145:145:0.478548:80:65:97:61:80:65:97:61 chr5 13850750 . A G 698.99 PASS AF=0.519737;AO=157;DP=304;FAO=158;FDP=304;FR=.;FRO=146;FSAF=97;FSAR=61;FSRF=65;FSRR=81;FWDB=-0.0233445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=349.223;QD=9.19717;RBI=0.0238006;REFB=-0.00156626;REVB=0.00463728;RO=146;SAF=97;SAR=60;SRF=65;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154586;STB=0.582252;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00255226;OID=.;OPOS=13850750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:304:146:146:157:158:0.519737:60:97:65:81:61:97:65:81 chr5 13859743 . G T 211.4 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0597071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1749;QD=7.90265;RBI=0.0746513;REFB=-0.0156324;REVB=-0.0448093;RO=56;SAF=21;SAR=30;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842941;STB=0.546856;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.015068;OID=.;OPOS=13859743;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:56:56:51:51:0.476636:30:21:28:28:30:21:28:28 chr5 13859807 . G T 872.5 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.074;QD=37.9348;RBI=0.0404754;REFB=0;REVB=-0.0120984;RO=0;SAF=31;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51662e-05;OID=.;OPOS=13859807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:41:92:92:0:0:92:92:1:61:31:0:0:61:31:0:0 chr5 13864728 . C A 752.84 PASS AF=0.547945;AO=160;DP=292;FAO=160;FDP=292;FR=.;FRO=132;FSAF=86;FSAR=74;FSRF=72;FSRR=60;FWDB=-0.00852883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=457.207;QD=10.3129;RBI=0.0106273;REFB=-0.00675605;REVB=-0.00634019;RO=132;SAF=86;SAR=74;SRF=72;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665087;STB=0.503618;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00558581;OID=.;OPOS=13864728;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:292:132:132:160:160:0.547945:74:86:72:60:74:86:72:60 chr5 13865980 . T C 673.24 PASS AF=0.576923;AO=135;DP=234;FAO=135;FDP=234;FR=.;FRO=99;FSAF=67;FSAR=68;FSRF=54;FSRR=45;FWDB=-0.00214374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.26;QD=11.5083;RBI=0.021657;REFB=-0.0302237;REVB=0.0215506;RO=99;SAF=67;SAR=68;SRF=54;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383362;STB=0.520789;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0228743;OID=.;OPOS=13865980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:99:99:135:135:0.576923:68:67:54:45:68:67:54:45 chr5 13866450 . A G 798.71 PASS AF=0.546624;AO=170;DP=311;FAO=170;FDP=311;FR=.;FRO=141;FSAF=89;FSAR=81;FSRF=82;FSRR=59;FWDB=-0.0237292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.822;QD=10.2728;RBI=0.046816;REFB=-0.0481287;REVB=0.0403567;RO=141;SAF=89;SAR=81;SRF=82;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486128;STB=0.526431;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0422545;OID=.;OPOS=13866450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:311:141:141:170:170:0.546624:81:89:82:59:81:89:82:59 chr5 13867819 . C T 470.11 PASS AF=0.460377;AO=122;DP=265;FAO=122;FDP=265;FR=.;FRO=143;FSAF=53;FSAR=69;FSRF=69;FSRR=74;FWDB=0.00143141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.249;QD=7.09602;RBI=0.00673642;REFB=-0.00468327;REVB=0.00658258;RO=143;SAF=53;SAR=69;SRF=69;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047425;STB=0.526219;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00615224;OID=.;OPOS=13867819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:265:143:143:122:122:0.460377:69:53:69:74:69:53:69:74 chr5 13882958 . C T 729.57 PASS AF=0.471939;AO=185;DP=392;FAO=185;FDP=392;FR=.;FRO=207;FSAF=103;FSAR=82;FSRF=97;FSRR=110;FWDB=-0.0256723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9913;QD=7.44458;RBI=0.0258122;REFB=-0.00970761;REVB=0.00268343;RO=207;SAF=103;SAR=82;SRF=97;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847644;STB=0.546656;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.01113;OID=.;OPOS=13882958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:392:392:207:207:185:185:0.471939:82:103:97:110:82:103:97:110 chr5 13894894 . T A 556.63 PASS AF=0.482394;AO=137;DP=283;FAO=137;FDP=284;FR=.;FRO=147;FSAF=58;FSAR=79;FSRF=67;FSRR=80;FWDB=-0.0241423;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.5893;QD=7.8399;RBI=0.0451523;REFB=-0.0197755;REVB=0.038156;RO=146;SAF=58;SAR=79;SRF=67;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339394;STB=0.517094;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0216511;OID=.;OPOS=13894894;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:284:146:147:137:137:0.482394:79:58:67:79:79:58:67:80 chr5 13900345 . A G 1447.22 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00376608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.75;QD=38.5926;RBI=0.00471761;REFB=0;REVB=0.00284122;RO=0;SAF=77;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99959e-05;OID=.;OPOS=13900345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:68:150:150:0:0:150:150:1:73:77:0:0:73:77:0:0 chr5 13902220 . T C 1931.18 PASS AF=1;AO=202;DP=203;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0741646;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5433;QD=38.2412;RBI=0.102991;REFB=0;REVB=0.0714611;RO=0;SAF=110;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384282;OID=.;OPOS=13902220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:91:203:202:0:0:202:202:1:92:110:0:0:92:110:0:0 chr5 13913885 . A G 3406.94 PASS AF=1;AO=355;DP=355;FAO=355;FDP=355;FR=.;FRO=0;FSAF=174;FSAR=181;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0049407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.223;QD=38.388;RBI=0.0784248;REFB=0;REVB=-0.078269;RO=0;SAF=174;SAR=181;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.21468e-05;OID=.;OPOS=13913885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:355:355:0:0:355:355:1:181:174:0:0:181:174:0:0 chr5 13914120 . T C 1671.1 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00943995;FXX=0.0056494;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.106;QD=37.9795;RBI=0.0123433;REFB=0.0759765;REVB=-0.0079527;RO=1;SAF=83;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00570085;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.40824e-05;OID=.;OPOS=13914120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:71:177:176:1:0:176:176:1:93:83:1:0:93:83:0:0 chr5 13914775 . G T 1442.06 PASS AF=1;AO=150;DP=150;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0082082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.104;QD=38.2003;RBI=0.0281452;REFB=0;REVB=-0.0269217;RO=0;SAF=58;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.05126e-06;OID=.;OPOS=13914775;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:68:150:151:0:0:150:151:1:92:58:0:0:92:59:0:0 chr5 13916302 . C A 2111.6 PASS AF=1;AO=219;DP=219;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0049785;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.135;QD=38.5681;RBI=0.025797;REFB=0;REVB=0.0253121;RO=0;SAF=136;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.09217e-05;OID=.;OPOS=13916302;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:219:219:0:0:219:219:1:83:136:0:0:83:136:0:0 chr5 13928085 . T C 1301.32 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3108;QD=38.2741;RBI=0.0173187;REFB=0;REVB=-0.0173187;RO=0;SAF=0;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.69655e-05;OID=.;OPOS=13928085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:61:136:136:0:0:136:136:1:136:0:0:0:136:0:0:0 chr5 13931205 . G C 3834.48 PASS AF=1;AO=403;DP=405;FAO=398;FDP=398;FR=.;FRO=0;FSAF=193;FSAR=205;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00596783;FXX=0.00499988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4221;QD=38.5375;RBI=0.0214063;REFB=0;REVB=-0.0205576;RO=0;SAF=195;SAR=208;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.8994e-05;OID=.;OPOS=13931205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:405:398:0:0:403:398:1:208:195:0:0:205:193:0:0 chr5 13931340 . C T 3853.66 PASS AF=1;AO=409;DP=409;FAO=400;FDP=400;FR=.;FRO=0;FSAF=191;FSAR=209;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000655594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.7091;QD=38.5366;RBI=0.0341917;REFB=0;REVB=0.0341854;RO=0;SAF=195;SAR=214;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.10629e-05;OID=.;OPOS=13931340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:409:400:0:0:409:400:1:214:195:0:0:209:191:0:0 chr5 13944512 . A C 2961.61 PASS AF=1;AO=310;DP=311;FAO=311;FDP=311;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=182;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000545331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8581;QD=38.0914;RBI=0.00218995;REFB=0;REVB=-0.00212096;RO=0;SAF=128;SAR=182;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64855e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107595;OID=.;OPOS=13944512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:311:311:0:0:310:311:1:182:128:0:0:182:129:0:0 chr5 112162854 . T C 588.91 PASS AF=0.496454;AO=140;DP=283;FAO=140;FDP=282;FR=.;FRO=142;FSAF=59;FSAR=81;FSRF=66;FSRR=76;FWDB=-0.0044574;FXX=0.00353344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.809;QD=8.35332;RBI=0.0223216;REFB=0.00112217;REVB=0.021872;RO=142;SAF=59;SAR=81;SRF=66;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404954;STB=0.522227;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-0.00101278;OID=.;OPOS=112162854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:282:142:142:140:140:0.496454:81:59:66:76:81:59:66:76 chr5 112175770 . G A 460.85 PASS AF=0.46124;AO=119;DP=258;FAO=119;FDP=258;FR=.;FRO=139;FSAF=60;FSAR=59;FSRF=68;FSRR=71;FWDB=-0.0146297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.76;QD=7.14496;RBI=0.0171997;REFB=-0.010026;REVB=0.0090443;RO=139;SAF=60;SAR=59;SRF=68;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146136;STB=0.508076;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0138892;OID=.;OPOS=112175770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:139:139:119:119:0.46124:59:60:68:71:59:60:68:71 chr5 112176325 . G A 531.38 PASS AF=0.519651;AO=118;DP=228;FAO=119;FDP=229;FR=.;FRO=110;FSAF=56;FSAR=63;FSRF=55;FSRR=55;FWDB=-0.00419549;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=315.137;QD=9.28174;RBI=0.0183856;REFB=-0.0258255;REVB=0.0179005;RO=110;SAF=55;SAR=63;SRF=55;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299455;STB=0.514151;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0222672;OID=.;OPOS=112176325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:229:110:110:118:119:0.519651:63:55:55:55:63:56:55:55 chr5 112176559 . T G 784.47 PASS AF=0.51585;AO=179;DP=347;FAO=179;FDP=347;FR=.;FRO=168;FSAF=83;FSAR=96;FSRF=80;FSRR=88;FWDB=-0.0806273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9954;QD=9.0429;RBI=0.0808223;REFB=0.00705564;REVB=0.00561074;RO=168;SAF=83;SAR=96;SRF=80;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011128;STB=0.506079;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.00705965;OID=.;OPOS=112176559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:347:347:168:168:179:179:0.51585:96:83:80:88:96:83:80:88 chr5 112176756 . T A 705.87 PASS AF=0.492754;AO=170;DP=345;FAO=170;FDP=345;FR=.;FRO=175;FSAF=80;FSAR=90;FSRF=87;FSRR=88;FWDB=-0.0413641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9215;QD=8.18405;RBI=0.0481303;REFB=-0.0180599;REVB=-0.0246078;RO=174;SAF=80;SAR=90;SRF=87;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271718;STB=0.513493;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0181314;OID=.;OPOS=112176756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:345:174:175:170:170:0.492754:90:80:87:87:90:80:87:88 chr5 112177171 . G A 975.73 PASS AF=0.535;AO=217;DP=406;FAO=214;FDP=400;FR=.;FRO=186;FSAF=106;FSAR=108;FSRF=86;FSRR=100;FWDB=0.000273281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.417;QD=9.75731;RBI=0.0150415;REFB=-0.0224248;REVB=-0.015039;RO=189;SAF=109;SAR=108;SRF=87;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359;STB=0.515331;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0177102;OID=.;OPOS=112177171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:406:400:189:186:217:214:0.535:108:109:87:102:108:106:86:100 chr5 149772280 . C G 329.56 PASS AF=0.533835;AO=71;DP=133;FAO=71;FDP=133;FR=.;FRO=62;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0026596;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=426.932;QD=9.91152;RBI=0.00860736;REFB=0.00317625;REVB=0.00818616;RO=62;SAF=39;SAR=32;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283817;STB=0.515561;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.00285261;OID=.;OPOS=149772280;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:62:62:71:71:0.533835:32:39:32:30:32:39:32:30 chr5 155935720 . T C 1027.97 PASS AF=0.5475;AO=224;DP=409;FAO=219;FDP=400;FR=.;FRO=181;FSAF=120;FSAR=99;FSRF=89;FSRR=92;FWDB=-0.033706;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.6623;QD=10.2797;RBI=0.0338198;REFB=0.0323124;REVB=0.00277166;RO=184;SAF=123;SAR=101;SRF=90;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499985;STB=0.525553;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.027162;OID=.;OPOS=155935720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:409:400:184:181:224:219:0.5475:101:123:90:94:99:120:89:92 chr5 172660004 . C T 242.38 PASS AF=0.439189;AO=65;DP=148;FAO=65;FDP=148;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=0.006554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6599;QD=6.55083;RBI=0.0112006;REFB=-0.0085411;REVB=0.00908293;RO=83;SAF=28;SAR=37;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10019;STB=0.555909;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0112685;OID=.;OPOS=172660004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:83:83:65:65:0.439189:37:28:44:39:37:28:44:39 chr5 172660523 . T A 1743.82 PASS AF=0.980769;AO=191;DP=200;FAO=204;FDP=208;FR=.;FRO=4;FSAF=105;FSAR=99;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.049561;FXX=0.0142173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6025;QD=33.5349;RBI=0.105517;REFB=0.0812583;REVB=-0.0931537;RO=2;SAF=93;SAR=98;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00961819;STB=0.500283;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.000921259;OID=.;OPOS=172660523;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:57:200:208:2:4:191:204:0.980769:98:93:0:2:99:105:2:2 chr5 172660527 . T A 231.38 PASS AF=0.386905;AO=115;DP=205;FAO=65;FDP=168;FR=.;FRO=103;FSAF=8;FSAR=57;FSRF=93;FSRR=10;FWDB=-0.286455;FXX=0.19999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6182;QD=5.50893;RBI=0.29909;REFB=0.0100815;REVB=-0.086015;RO=82;SAF=65;SAR=50;SRF=32;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134011;STB=0.91472;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00813756;OID=.;OPOS=172660527;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:168:82:103:115:65:0.386905:50:65:32:50:57:8:93:10 chr5 172662024 . T C 124.68 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.010652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.702;QD=9.40972;RBI=0.126235;REFB=-0.0423559;REVB=0.125784;RO=26;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151465;STB=0.508468;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0332311;OID=.;OPOS=172662024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:12:15:14:12:12:15:14:12 chr5 172662026 . C G 115.84 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0159461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.905;QD=8.74282;RBI=0.020626;REFB=-0.0477202;REVB=-0.0130826;RO=27;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156197;STB=0.508765;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0425959;OID=.;OPOS=172662026;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:12:14:15:12:12:14:15:12 chr5 176720766 . A G 2308.2 PASS AF=1;AO=241;DP=241;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00698089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.792;QD=38.3103;RBI=0.0298972;REFB=0;REVB=0.0290708;RO=0;SAF=132;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04597e-05;OID=.;OPOS=176720766;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:241:241:0:0:241:241:1:109:132:0:0:109:132:0:0 chr5 176721198 . T C 1353.4 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.484;QD=38.1239;RBI=0.0340819;REFB=0;REVB=-0.0306239;RO=0;SAF=60;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28203e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.84395e-05;OID=.;OPOS=176721198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:64:142:142:0:0:142:142:1:82:60:0:0:82:60:0:0 chr6 7563983 . T G 1242.06 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.483;QD=38.5135;RBI=0.0524724;REFB=0;REVB=-0.0135121;RO=0;SAF=63;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227773;OID=.;OPOS=7563983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:58:129:129:0:0:129:129:1:66:63:0:0:66:63:0:0 chr6 7572262 . A G 872.5 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0439751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.41;QD=37.9348;RBI=0.0441808;REFB=0;REVB=-0.00425791;RO=0;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.3778e-05;OID=.;OPOS=7572262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:41:92:92:0:0:92:92:1:53:39:0:0:53:39:0:0 chr6 7577079 . G A 341.15 PASS AF=0.408;AO=102;DP=250;FAO=102;FDP=250;FR=.;FRO=148;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=77;FSRR=71;FWDB=0.0157951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.11;QD=5.45833;RBI=0.0159746;REFB=-0.0270958;REVB=-0.00238858;RO=148;SAF=58;SAR=44;SRF=77;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516878;STB=0.52894;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0409254;OID=.;OPOS=7577079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:148:148:102:102:0.408:44:58:77:71:44:58:77:71 chr6 7578819 . T G 2083.49 PASS AF=1;AO=217;DP=217;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00616804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.917;QD=38.4054;RBI=0.0156679;REFB=0;REVB=0.0144027;RO=0;SAF=105;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.36553e-06;OID=.;OPOS=7578819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:98:217:217:0:0:217:217:1:112:105:0:0:112:105:0:0 chr6 7578823 . G A 2083.49 PASS AF=1;AO=217;DP=217;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.087;QD=38.4054;RBI=0.0188488;REFB=0;REVB=0.00629914;RO=0;SAF=105;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04415e-05;OID=.;OPOS=7578823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:98:217:217:0:0:217:217:1:112:105:0:0:112:105:0:0 chr6 7580958 . A G 920.59 PASS AF=0.52;AO=256;DP=496;FAO=208;FDP=400;FR=.;FRO=192;FSAF=99;FSAR=109;FSRF=102;FSRR=90;FWDB=-0.00523973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5246;QD=9.20591;RBI=0.00825412;REFB=-0.0147312;REVB=0.00637775;RO=240;SAF=123;SAR=133;SRF=125;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035795;STB=0.52653;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0136342;OID=.;OPOS=7580958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:496:400:240:192:256:208:0.52:133:123:125:115:109:99:102:90 chr6 7584617 . C T 743.86 PASS AF=0.48285;AO=190;DP=424;FAO=183;FDP=379;FR=.;FRO=196;FSAF=108;FSAR=75;FSRF=106;FSRR=90;FWDB=0.0121256;FXX=0.0524987;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.022;QD=7.85074;RBI=0.0134162;REFB=0.0040698;REVB=0.00574147;RO=176;SAF=111;SAR=79;SRF=87;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802381;STB=0.526126;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00418354;OID=.;OPOS=7584617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:424:379:176:196:190:183:0.48285:79:111:87:89:75:108:106:90 chr6 7585967 . G C 1992.01 PASS AF=1;AO=210;DP=211;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00375665;FXX=0.00473911;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.767;QD=37.943;RBI=0.0260962;REFB=-0.0418585;REVB=-0.0258244;RO=0;SAF=114;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75336e-05;OID=.;OPOS=7585967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:86:211:210:0:0:210:210:1:96:114:0:0:96:114:0:0 chr6 16327330 . T C 323.99 PASS AF=0.456522;AO=84;DP=184;FAO=84;FDP=184;FR=.;FRO=100;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=55;FSRR=45;FWDB=-0.0164081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8485;QD=7.04315;RBI=0.032538;REFB=-0.0056513;REVB=0.028098;RO=100;SAF=40;SAR=44;SRF=55;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722287;STB=0.540042;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00699353;OID=.;OPOS=16327330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:100:100:84:84:0.456522:44:40:55:45:44:40:55:45 chr6 16327615 . A G 100.42 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.0120264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.267;QD=5.14946;RBI=0.0124597;REFB=-0.0819504;REVB=-0.00325691;RO=48;SAF=13;SAR=17;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111748;STB=0.563676;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.114402;OID=.;OPOS=16327615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:48:30:30:0.384615:17:13:16:32:17:13:16:32 chr6 16327830 . AC GA 15.54 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=24;FSRR=0;FWDB=-0.107999;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=25.199;QD=2.00458;RBI=0.107999;REFB=-0.0308739;REVB=0;RO=23;SAF=7;SAR=0;SRF=23;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0841588;OID=.;OPOS=16327830;OREF=AC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:31:31:23:24:7:7:0.225806:0:7:23:0:0:7:24:0 chr6 16327915 . A C 123.79 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=29;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0390863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=34.4114;QD=16.5049;RBI=0.0392581;REFB=-0.171838;REVB=-0.00366863;RO=7;SAF=13;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241353;STB=0.640699;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.117332;OID=.;OPOS=16327915;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:29:30:7:10:18:20:0.666667:5:13:2:5:6:14:3:7 chr6 26094367 . G A 608.5 PASS AF=0.541667;AO=130;DP=240;FAO=130;FDP=240;FR=.;FRO=110;FSAF=55;FSAR=75;FSRF=57;FSRR=53;FWDB=-0.0910067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.054;QD=10.1416;RBI=0.0932727;REFB=-0.0361488;REVB=0.0204347;RO=110;SAF=55;SAR=75;SRF=57;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080754;STB=0.544035;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0262157;OID=.;OPOS=26094367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:110:110:130:130:0.541667:75:55:57:53:75:55:57:53 chr6 31978746 . G A 941.73 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.26;QD=38.0496;RBI=0.0215125;REFB=0;REVB=0.0215125;RO=0;SAF=0;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.28538e-06;OID=.;OPOS=31978746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:45:100:99:0:0:99:99:1:99:0:0:0:99:0:0:0 chr6 31978783 . C G 695.2 PASS AF=0.755814;AO=85;DP=150;FAO=130;FDP=172;FR=.;FRO=42;FSAF=130;FSAR=0;FSRF=42;FSRR=0;FWDB=0.212661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.5267;QD=16.1674;RBI=0.212661;REFB=-0.222311;REVB=0;RO=65;SAF=85;SAR=0;SRF=65;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.111162;OID=.;OPOS=31978783;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:150:172:65:42:85:130:0.755814:0:85:65:0:0:130:42:0 chr6 31978860 . G A 252.97 PASS AF=0.42515;AO=71;DP=167;FAO=71;FDP=167;FR=.;FRO=96;FSAF=66;FSAR=5;FSRF=95;FSRR=1;FWDB=0.0711964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2982;QD=6.05915;RBI=0.0781357;REFB=-0.0124484;REVB=0.0321909;RO=96;SAF=66;SAR=5;SRF=95;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315033;STB=0.670242;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0179938;OID=.;OPOS=31978860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:96:96:71:71:0.42515:5:66:95:1:5:66:95:1 chr6 32009456 . A G 170.86 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=393.893;QD=37.9687;RBI=0.0507693;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=18;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283512;OID=.;OPOS=32009456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:18:18:0:0:18:18:1:0:18:0:0:0:18:0:0 chr6 32011358 . A G 206.21 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9152;QD=29.4579;RBI=0.0678145;REFB=0.030098;REVB=-0.0678145;RO=3;SAF=0;SAR=25;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0182194;OID=.;OPOS=32011358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:28:28:3:3:25:25:0.892857:25:0:0:3:25:0:0:3 chr6 32011714 . A G 385.09 PASS AF=0.456621;AO=100;DP=219;FAO=100;FDP=219;FR=.;FRO=119;FSAF=99;FSAR=1;FSRF=107;FSRR=12;FWDB=0.0156607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6817;QD=7.03368;RBI=0.0396499;REFB=0.00487155;REVB=-0.0364261;RO=117;SAF=99;SAR=1;SRF=105;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.618107;STB=0.861904;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00610206;OID=.;OPOS=32011714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:117:119:100:100:0.456621:1:99:105:12:1:99:107:12 chr6 32020613 . A G 103.42 PASS AF=0.538462;AO=20;DP=38;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0176594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.378;QD=10.6073;RBI=0.0181639;REFB=-0.0304727;REVB=0.00425111;RO=18;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467648;STB=0.514692;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0224103;OID=.;OPOS=32020613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:38:39:18:18:20:21:0.538462:10:10:10:8:10:11:10:8 chr6 32025980 . G A 182.71 PASS AF=0.787879;AO=26;DP=33;FAO=26;FDP=33;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0812723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.254;QD=22.1462;RBI=0.0812885;REFB=-0.00212004;REVB=-0.0016211;RO=7;SAF=13;SAR=13;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278587;STB=0.51514;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00209479;OID=.;OPOS=32025980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:33:33:7:7:26:26:0.787879:13:13:3:4:13:13:3:4 chr6 32026107 . C T 2258.89 PASS AF=1;AO=236;DP=242;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149086;FXX=0.0247924;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.741;QD=38.2863;RBI=0.0218675;REFB=0;REVB=0.0159976;RO=0;SAF=133;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39464e-05;OID=.;OPOS=32026107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:242:236:0:0:236:236:1:103:133:0:0:103:133:0:0 chr6 32029226 . A G 593.89 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.197;QD=37.7073;RBI=0.0552833;REFB=0;REVB=0.00133438;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152525;OID=.;OPOS=32029226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:63:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr6 32029415 . T C 1449.61 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.001;QD=38.1475;RBI=0.0873864;REFB=0;REVB=-0.0856943;RO=0;SAF=93;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84351e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000355552;OID=.;OPOS=32029415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:69:152:152:0:0:152:152:1:59:93:0:0:59:93:0:0 chr6 32032743 . G A 2757.28 PASS AF=1;AO=286;DP=287;FAO=287;FDP=287;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=165;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00171033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=381.252;QD=38.4289;RBI=0.0236053;REFB=0;REVB=-0.0235432;RO=0;SAF=122;SAR=164;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.24552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.73311e-06;OID=.;OPOS=32032743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:287:287:0:0:286:287:1:164:122:0:0:165:122:0:0 chr6 32049423 . C T 71.31 PASS AF=0.231579;AO=43;DP=189;FAO=44;FDP=190;FR=.;FRO=146;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=55;FSRR=91;FWDB=0.0306513;FXX=0.227633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.515;QD=1.5012;RBI=0.0308176;REFB=-0.0125432;REVB=-0.00319743;RO=116;SAF=16;SAR=27;SRF=41;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247386;STB=0.507845;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0405918;OID=.;OPOS=32049423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:189:190:116:146:43:44:0.231579:27:16:41:75:27:17:55:91 chr6 32049424 . G T 76.47 PASS AF=0.227642;AO=56;DP=222;FAO=56;FDP=246;FR=.;FRO=190;FSAF=12;FSAR=44;FSRF=71;FSRR=119;FWDB=-0.00903092;FXX=0.00404842;HRUN=7;LEN=1;MLLD=149.688;QD=1.2434;RBI=0.0499996;REFB=0.0116912;REVB=0.0491773;RO=165;SAF=12;SAR=44;SRF=57;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205729;STB=0.651153;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00443772;OID=.;OPOS=32049424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:222:246:165:190:56:56:0.227642:44:12:57:108:44:12:71:119 chr6 32050067 . T C 2672.57 PASS AF=1;AO=279;DP=283;FAO=279;FDP=279;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106852;FXX=0.0141338;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.368;QD=38.3164;RBI=0.024861;REFB=0;REVB=0.0224477;RO=0;SAF=145;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37095e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08774e-06;OID=.;OPOS=32050067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:283:279:0:0:279:279:1:134:145:0:0:134:145:0:0 chr6 33131501 . G A 453.8 PASS AF=0.47479;AO=113;DP=238;FAO=113;FDP=238;FR=.;FRO=125;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=61;FSRR=64;FWDB=0.0125848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.146;QD=7.62695;RBI=0.0266769;REFB=-0.0242699;REVB=0.0235219;RO=125;SAF=61;SAR=52;SRF=61;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494458;STB=0.527268;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0272276;OID=.;OPOS=33131501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:125:125:113:113:0.47479:52:61:61:64:52:61:61:64 chr6 33131893 . C T 3844.06 PASS AF=1;AO=524;DP=525;FAO=399;FDP=399;FR=.;FRO=0;FSAF=194;FSAR=205;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171828;FXX=0.00249994;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.04;QD=38.5369;RBI=0.0192384;REFB=0;REVB=-0.00865266;RO=0;SAF=260;SAR=264;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.96806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29853e-05;OID=.;OPOS=33131893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:525:399:0:0:524:399:1:264:260:0:0:205:194:0:0 chr6 33136638 . G A 776.37 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.225;QD=37.8719;RBI=0.0271791;REFB=0;REVB=-0.0271791;RO=0;SAF=0;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117811;OID=.;OPOS=33136638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:37:82:82:0:0:82:82:1:82:0:0:0:82:0:0:0 chr6 33139475 . T G 407.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=393.317;QD=37.0213;RBI=0.133836;REFB=0;REVB=0.000970612;RO=0;SAF=1;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342658;OID=.;OPOS=33139475;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:43:44:0:0:43:44:1:42:1:0:0:42:2:0:0 chr6 33141161 . A G 1543.48 PASS AF=1;AO=82;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000820693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.722;QD=38.5871;RBI=0.0130265;REFB=0;REVB=-0.0130007;RO=0;SAF=78;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.17267e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.67977e-06;OID=.;OPOS=33141161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:72:160:160:0:0:82:160:1:4:78:0:0:81:79:0:0 chr6 33141475 . C T 49.53 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7452;QD=33.022;RBI=0.033007;REFB=0;REVB=0.00948516;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00393309;OID=.;OPOS=33141475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr6 33141920 . G C 898.27 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.336;QD=38.2243;RBI=0.0575431;REFB=0;REVB=0.0575431;RO=0;SAF=0;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18384e-05;OID=.;OPOS=33141920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:43:89:94:0:0:89:94:1:89:0:0:0:94:0:0:0 chr6 33142253 . C G 1470.42 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00131495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=378.327;QD=38.1927;RBI=0.111288;REFB=0;REVB=0.11128;RO=0;SAF=152;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4575e-05;OID=.;OPOS=33142253;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:70:154:154:0:0:154:154:1:2:152:0:0:2:152:0:0 chr6 33143948 . C G 1998.26 PASS AF=1;AO=207;DP=207;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=192;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6258;QD=38.4281;RBI=0.165518;REFB=0;REVB=0.163288;RO=0;SAF=192;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67573e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000524395;OID=.;OPOS=33143948;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:94:207:208:0:0:207:208:1:15:192:0:0:16:192:0:0 chr6 33144243 . T A 1133.3 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4424;QD=38.4169;RBI=0.0684944;REFB=0;REVB=0.0184605;RO=0;SAF=61;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.03988e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039378;OID=.;OPOS=33144243;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:53:118:118:0:0:118:118:1:57:61:0:0:57:61:0:0 chr6 33144373 . G A 963.34 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116158;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.9173;QD=38.5336;RBI=0.01888;REFB=0;REVB=0.0148837;RO=0;SAF=62;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.94163e-05;OID=.;OPOS=33144373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:45:99:100:0:0:99:100:1:37:62:0:0:37:63:0:0 chr6 35474073 . C G 104.88 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0348789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6374;QD=11.9858;RBI=0.0391815;REFB=-0.0329647;REVB=0.0178508;RO=15;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766705;STB=0.542815;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0191659;OID=.;OPOS=35474073;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:15:15:20:20:0.571429:10:10:9:6:10:10:9:6 chr6 35477025 . C G 1437.62 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558358;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.254;QD=38.5938;RBI=0.0747742;REFB=0;REVB=0.0497348;RO=0;SAF=3;SAR=146;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348561;OID=.;OPOS=35477025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:67:150:149:0:0:149:149:1:146:3:0:0:146:3:0:0 chr6 35477032 . A G 325.62 PASS AF=0.5;AO=75;DP=150;FAO=75;FDP=150;FR=.;FRO=75;FSAF=2;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=74;FWDB=0.0390674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=355.763;QD=8.68329;RBI=0.0394645;REFB=-0.00918301;REVB=-0.00558439;RO=75;SAF=2;SAR=73;SRF=1;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134434;STB=0.573083;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00924669;OID=.;OPOS=35477032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:75:75:75:75:0.5:73:2:1:74:73:2:1:74 chr6 35479574 . G C 1729.09 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0656758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.068;QD=38.4241;RBI=0.0682462;REFB=0;REVB=-0.0185534;RO=0;SAF=65;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.59465e-05;OID=.;OPOS=35479574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:81:175:180:0:0:175:180:1:110:65:0:0:112:68:0:0 chr6 35480531 . CAT GGC 214.56 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=0;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=34;FWDB=0;FXX=0.0128189;HRUN=4;LEN=3;MLLD=316.367;QD=11.1458;RBI=0.00936356;REFB=-0.0207539;REVB=0.00936356;RO=34;SAF=0;SAR=43;SRF=0;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0228599;OID=.;OPOS=35480531;OREF=CAT;OALT=GGC;OMAPALT=GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:34:34:43:43:0.558442:43:0:0:34:43:0:0:34 chr6 42666145 . C T 773.74 PASS AF=0.48;AO=265;DP=550;FAO=192;FDP=400;FR=.;FRO=208;FSAF=96;FSAR=96;FSRF=114;FSRR=94;FWDB=0.00488233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8566;QD=7.73741;RBI=0.0335061;REFB=-0.00147809;REVB=0.0331484;RO=285;SAF=123;SAR=142;SRF=146;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455176;STB=0.524997;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00186028;OID=.;OPOS=42666145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:550:400:285:208:265:192:0.48:142:123:146:139:96:96:114:94 chr6 49403282 . T C 3021.92 PASS AF=1;AO=315;DP=315;FAO=315;FDP=315;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=182;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0506126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.809;QD=38.3736;RBI=0.05254;REFB=0;REVB=-0.0141001;RO=0;SAF=133;SAR=182;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51179e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126008;OID=.;OPOS=49403282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:315:315:0:0:315:315:1:182:133:0:0:182:133:0:0 chr6 49412433 . C T 3853.68 PASS AF=1;AO=450;DP=450;FAO=400;FDP=400;FR=.;FRO=0;FSAF=190;FSAR=210;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.034;QD=38.5368;RBI=0.0281947;REFB=0;REVB=0.0195378;RO=0;SAF=217;SAR=233;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00175e-05;OID=.;OPOS=49412433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:450:400:0:0:450:400:1:233:217:0:0:210:190:0:0 chr6 49421241 . G A 690.03 PASS AF=0.986301;AO=53;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104716;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.492;QD=37.8096;RBI=0.133991;REFB=0;REVB=0.133581;RO=0;SAF=36;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021491;OID=.;OPOS=49421241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:73:73:0:0:53:72:0.986301:17:36:0:0:31:41:0:0 chr6 49425521 . C T 3825.34 PASS AF=1;AO=415;DP=416;FAO=399;FDP=399;FR=.;FRO=0;FSAF=212;FSAR=187;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0098449;FXX=0.00249994;HRUN=1;LEN=1;MLLD=374.917;QD=38.3493;RBI=0.0132863;REFB=-0.0307815;REVB=0.00892206;RO=1;SAF=219;SAR=196;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.002429;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26629e-05;OID=.;OPOS=49425521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:416:399:1:0:415:399:1:196:219:0:1:187:212:0:0 chr6 51483961 . T C 661.23 PASS AF=0.513605;AO=151;DP=297;FAO=151;FDP=294;FR=.;FRO=143;FSAF=81;FSAR=70;FSRF=71;FSRR=72;FWDB=-0.0129766;FXX=0.0134224;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.361;QD=8.99632;RBI=0.0141269;REFB=0.00313116;REVB=0.00558353;RO=142;SAF=81;SAR=70;SRF=71;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032367;STB=0.519463;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.00236312;OID=.;OPOS=51483961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:294:142:143:151:151:0.513605:70:81:71:71:70:81:71:72 chr6 51491884 . T C 441.78 PASS AF=0.47807;AO=109;DP=228;FAO=109;FDP=228;FR=.;FRO=119;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=61;FSRR=58;FWDB=-0.00113856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=352.168;QD=7.75054;RBI=0.021219;REFB=-0.00499618;REVB=0.0211884;RO=119;SAF=58;SAR=51;SRF=61;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185166;STB=0.510207;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00547478;OID=.;OPOS=51491884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:119:119:109:109:0.47807:51:58:61:58:51:58:61:58 chr6 51586771 . GC AT 835.03 PASS AF=0.498741;AO=266;DP=527;FAO=198;FDP=397;FR=.;FRO=199;FSAF=98;FSAR=100;FSRF=115;FSRR=84;FWDB=-0.0380668;FXX=0.00749981;HRUN=1;LEN=2;MLLD=269.671;QD=8.41336;RBI=0.0380693;REFB=-0.0138608;REVB=0.00043425;RO=257;SAF=135;SAR=131;SRF=148;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615992;STB=0.54154;STBP=0.091;TYPE=mnp;VARB=0.0129769;OID=.;OPOS=51586771;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:527:397:257:199:266:198:0.498741:131:135:148:109:100:98:115:84 chr6 51618170 . T G 420.75 PASS AF=0.472727;AO=104;DP=220;FAO=104;FDP=220;FR=.;FRO=116;FSAF=58;FSAR=46;FSRF=55;FSRR=61;FWDB=0.00690161;FXX=0.0222212;HRUN=1;LEN=1;MLLD=418.733;QD=7.65;RBI=0.0128192;REFB=0.00781913;REVB=0.0108027;RO=116;SAF=58;SAR=46;SRF=55;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800427;STB=0.544186;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.00737339;OID=.;OPOS=51618170;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:116:116:104:104:0.472727:46:58:55:61:46:58:55:61 chr6 51695647 . A T 2625.34 PASS AF=1;AO=274;DP=274;FAO=274;FDP=274;FR=.;FRO=0;FSAF=153;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.494;QD=38.3261;RBI=0.0606449;REFB=0;REVB=0.00839972;RO=0;SAF=153;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112327;OID=.;OPOS=51695647;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:274:274:0:0:274:274:1:121:153:0:0:121:153:0:0 chr6 51732807 . C T 3853.67 PASS AF=1;AO=612;DP=612;FAO=400;FDP=400;FR=.;FRO=0;FSAF=193;FSAR=207;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.455;QD=38.5367;RBI=0.0158505;REFB=0;REVB=-0.00120167;RO=0;SAF=303;SAR=309;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64448e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4514e-06;OID=.;OPOS=51732807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:612:400:0:0:612:400:1:309:303:0:0:207:193:0:0 chr6 51776535 . T C 864.23 PASS AF=0.505;AO=330;DP=673;FAO=202;FDP=400;FR=.;FRO=198;FSAF=94;FSAR=108;FSRF=91;FSRR=107;FWDB=-0.011048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.709;QD=8.64231;RBI=0.0182713;REFB=-0.0413118;REVB=-0.0145528;RO=342;SAF=169;SAR=161;SRF=161;SRR=181;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384309;STB=0.502861;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0410313;OID=.;OPOS=51776535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:673:400:342:198:330:202:0.505:161:169:161:181:108:94:91:107 chr6 51875250 . A C 3685.8 PASS AF=1;AO=483;DP=494;FAO=392;FDP=392;FR=.;FRO=0;FSAF=200;FSAR=192;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253332;FXX=0.0199995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=422.158;QD=37.6102;RBI=0.0255256;REFB=-0.0418517;REVB=-0.00312823;RO=3;SAF=248;SAR=235;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00212443;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265909;OID=.;OPOS=51875250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:494:392:3:0:483:392:1:235:248:1:2:192:200:0:0 chr6 51890823 . G A 3005.54 PASS AF=1;AO=232;DP=311;FAO=311;FDP=311;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=162;FSAR=149;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.897;QD=38.6565;RBI=0.100272;REFB=0;REVB=0.0964713;RO=0;SAF=162;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133831;OID=.;OPOS=51890823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:311:311:0:0:232:311:1:70:162:0:0:149:162:0:0 chr6 51890852 . C G 683.47 PASS AF=0.511401;AO=147;DP=298;FAO=157;FDP=307;FR=.;FRO=150;FSAF=80;FSAR=77;FSRF=74;FSRR=76;FWDB=0.00245129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.596;QD=8.90508;RBI=0.0513849;REFB=-0.0539251;REVB=0.0513264;RO=150;SAF=79;SAR=68;SRF=74;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406613;STB=0.507925;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0504688;OID=.;OPOS=51890852;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:307:150:150:147:157:0.511401:68:79:74:76:77:80:74:76 chr6 51891011 . T C 2306.08 PASS AF=1;AO=241;DP=242;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=154;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663525;FXX=0.00413206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8272;QD=38.2752;RBI=0.0670588;REFB=0;REVB=-0.00970719;RO=0;SAF=87;SAR=154;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16536e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144247;OID=.;OPOS=51891011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:242:241:0:0:241:241:1:154:87:0:0:154:87:0:0 chr6 51914898 . T C 1782.56 PASS AF=1;AO=186;DP=186;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00534518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=396.314;QD=38.3347;RBI=0.0244272;REFB=0;REVB=-0.0238352;RO=0;SAF=85;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.92632e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.92614e-06;OID=.;OPOS=51914898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:84:186:186:0:0:186:186:1:101:85:0:0:101:85:0:0 chr6 51914956 . G A 1770.66 PASS AF=1;AO=185;DP=185;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.761;QD=38.2845;RBI=0.0735718;REFB=0;REVB=0.0627847;RO=0;SAF=83;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99524e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155628;OID=.;OPOS=51914956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:84:185:185:0:0:185:185:1:102:83:0:0:102:83:0:0 chr6 51924774 . A G 1782.54 PASS AF=1;AO=186;DP=186;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0544806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2976;QD=38.3342;RBI=0.0583786;REFB=0;REVB=0.0209741;RO=0;SAF=100;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123023;OID=.;OPOS=51924774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:84:186:186:0:0:186:186:1:86:100:0:0:86:100:0:0 chr6 51935747 . C T 3074 PASS AF=1;AO=319;DP=320;FAO=319;FDP=319;FR=.;FRO=0;FSAF=155;FSAR=164;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00925205;FXX=0.0031249;HRUN=2;LEN=1;MLLD=382.544;QD=38.5454;RBI=0.0167408;REFB=0;REVB=-0.0139518;RO=0;SAF=155;SAR=164;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34438e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.4428e-07;OID=.;OPOS=51935747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:320:319:0:0:319:319:1:164:155:0:0:164:155:0:0 chr6 64497934 . A T 234.72 PASS AF=0.387435;AO=74;DP=191;FAO=74;FDP=191;FR=.;FRO=117;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=63;FSRR=54;FWDB=-0.000599387;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=349.846;QD=4.91551;RBI=0.0466383;REFB=0.0187197;REVB=-0.0466345;RO=117;SAF=47;SAR=27;SRF=63;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109221;STB=0.561736;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.025131;OID=.;OPOS=64497934;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:117:117:74:74:0.387435:27:47:63:54:27:47:63:54 chr6 64694354 . C T 1730.83 PASS AF=1;AO=181;DP=181;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.876;QD=38.2505;RBI=0.0469901;REFB=0;REVB=0.0378917;RO=0;SAF=104;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77812e-05;OID=.;OPOS=64694354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:82:181:181:0:0:181:181:1:77:104:0:0:77:104:0:0 chr6 65016977 . TGA T 676.81 PASS AF=0.5625;AO=119;DP=259;FAO=144;FDP=256;FR=.;FRO=112;FSAF=124;FSAR=20;FSRF=112;FSRR=0;FWDB=-0.0114175;FXX=0.126276;HRUN=1;LEN=2;MLLD=100.156;QD=10.5751;RBI=0.228523;REFB=-0.14506;REVB=0.228238;RO=95;SAF=118;SAR=1;SRF=94;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490002;STB=0.65554;STBP=0.007;TYPE=del;VARB=0.124423;OID=.;OPOS=65016978;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5625:119:259:144:256:112:124:20:112:0:99:95:118:1:94:1 chr6 65098515 . T C 721.5 PASS AF=0.465;AO=228;DP=498;FAO=186;FDP=400;FR=.;FRO=214;FSAF=98;FSAR=88;FSRF=105;FSRR=109;FWDB=-0.00886235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.109;QD=7.21499;RBI=0.0149472;REFB=0.0161899;REVB=0.0120365;RO=269;SAF=124;SAR=104;SRF=130;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595861;STB=0.519395;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.0173875;OID=.;OPOS=65098515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:498:400:269:214:228:186:0.465:104:124:130:139:88:98:105:109 chr6 65098768 . A G 527.52 PASS AF=0.593023;AO=102;DP=172;FAO=102;FDP=172;FR=.;FRO=70;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.0056171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.106;QD=12.268;RBI=0.0496867;REFB=-0.0389308;REVB=0.0493682;RO=70;SAF=43;SAR=59;SRF=38;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918133;STB=0.549806;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0308604;OID=.;OPOS=65098768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:70:70:102:102:0.593023:59:43:38:32:59:43:38:32 chr6 65149185 . T A 723.92 PASS AF=0.469543;AO=185;DP=394;FAO=185;FDP=394;FR=.;FRO=209;FSAF=104;FSAR=81;FSRF=99;FSRR=110;FWDB=-0.0022697;FXX=0.00253158;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.9094;QD=7.34946;RBI=0.0394687;REFB=-0.0194114;REVB=0.0394033;RO=209;SAF=104;SAR=81;SRF=99;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855384;STB=0.547107;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.020095;OID=.;OPOS=65149185;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:394:394:209:209:185:185:0.469543:81:104:99:110:81:104:99:110 chr6 65301504 . A G 541.73 PASS AF=0.498054;AO=128;DP=257;FAO=128;FDP=257;FR=.;FRO=129;FSAF=63;FSAR=65;FSRF=77;FSRR=52;FWDB=0.0182795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.002;QD=8.43165;RBI=0.0327676;REFB=-0.00605912;REVB=-0.0271952;RO=129;SAF=63;SAR=65;SRF=77;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957115;STB=0.552478;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00572656;OID=.;OPOS=65301504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:257:129:129:128:128:0.498054:65:63:77:52:65:63:77:52 chr6 65611952 . T TATTA 2255.69 PASS AF=1;AO=231;DP=240;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168126;FXX=0.0126045;HRUN=0;LEN=4;MLLD=447.216;QD=38.3947;RBI=0.0196889;REFB=0;REVB=-0.0102464;RO=2;SAF=120;SAR=111;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00787557;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-5.64487e-06;OID=.;OPOS=65611953;OREF=-;OALT=ATTA;OMAPALT=TATTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:231:240:235:235:0:124:111:0:0:99:2:120:111:2:0 chr6 65622463 . A G 2576.52 PASS AF=1;AO=271;DP=272;FAO=271;FDP=271;FR=.;FRO=0;FSAF=217;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0496624;FXX=0.00367634;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.9047;QD=38.0299;RBI=0.0499167;REFB=0.0278053;REVB=0.00503186;RO=1;SAF=217;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00874645;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000216627;OID=.;OPOS=65622463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:272:271:1:0:271:271:1:54:217:0:1:54:217:0:0 chr6 65622662 . G C 3545.67 PASS AF=1;AO=368;DP=370;FAO=368;FDP=368;FR=.;FRO=0;FSAF=186;FSAR=182;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011315;FXX=0.00540526;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.904;QD=38.5398;RBI=0.0724995;REFB=0;REVB=0.0716111;RO=0;SAF=186;SAR=182;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.02746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.28702e-05;OID=.;OPOS=65622662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:370:368:0:0:368:368:1:182:186:0:0:182:186:0:0 chr6 66005888 . C T 892.22 PASS AF=0.5125;AO=227;DP=439;FAO=205;FDP=400;FR=.;FRO=195;FSAF=112;FSAR=93;FSRF=81;FSRR=114;FWDB=0.00961085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.139;QD=8.92215;RBI=0.0186673;REFB=-0.0340957;REVB=-0.0160031;RO=212;SAF=124;SAR=103;SRF=90;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107487;STB=0.563629;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0274943;OID=.;OPOS=66005888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:439:400:212:195:227:205:0.5125:103:124:90:122:93:112:81:114 chr6 66005970 . G A 513.7 PASS AF=0.466192;AO=131;DP=279;FAO=131;FDP=281;FR=.;FRO=150;FSAF=60;FSAR=71;FSRF=85;FSRR=65;FWDB=0.00387884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.86;QD=7.31248;RBI=0.0571503;REFB=-0.0170208;REVB=-0.0570186;RO=148;SAF=60;SAR=71;SRF=83;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986855;STB=0.557835;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.018822;OID=.;OPOS=66005970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:281:148:150:131:131:0.466192:71:60:83:65:71:60:85:65 chr6 66044812 . T C 545.15 PASS AF=0.478723;AO=135;DP=282;FAO=135;FDP=282;FR=.;FRO=147;FSAF=70;FSAR=65;FSRF=76;FSRR=71;FWDB=-0.0018014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.449;QD=7.73255;RBI=0.00514119;REFB=-0.00773009;REVB=0.00481527;RO=147;SAF=70;SAR=65;SRF=76;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00143331;STB=0.500789;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00825923;OID=.;OPOS=66044812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:282:147:147:135:135:0.478723:65:70:76:71:65:70:76:71 chr6 66112409 . A G 574.94 PASS AF=0.509653;AO=132;DP=259;FAO=132;FDP=259;FR=.;FRO=127;FSAF=76;FSAR=56;FSRF=81;FSRR=46;FWDB=0.0033428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3369;QD=8.87939;RBI=0.022908;REFB=-0.0213025;REVB=0.0226628;RO=127;SAF=76;SAR=56;SRF=81;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574544;STB=0.531427;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0209339;OID=.;OPOS=66112409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:127:127:132:132:0.509653:56:76:81:46:56:76:81:46 chr6 66115291 . G A 249.15 PASS AF=0.523364;AO=41;DP=128;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=11;FSRR=40;FWDB=-0.00994028;FXX=0.207392;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.946;QD=9.31395;RBI=0.0132733;REFB=0.00175783;REVB=0.0087961;RO=76;SAF=17;SAR=24;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677579;STB=0.560235;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.0022364;OID=.;OPOS=66115291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:107:76:51:41:56:0.523364:24:17:36:40:38:18:11:40 chr6 66204945 . G A 1662.89 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0030759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.332;QD=38.2275;RBI=0.0515869;REFB=0;REVB=-0.0514951;RO=0;SAF=93;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.99079e-05;OID=.;OPOS=66204945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:79:174:174:0:0:174:174:1:81:93:0:0:81:93:0:0 chr6 70949019 . A G 391.59 PASS AF=0.505618;AO=90;DP=178;FAO=90;FDP=178;FR=.;FRO=88;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=-0.00187252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.714;QD=8.7997;RBI=0.0117694;REFB=-0.00631467;REVB=-0.0116195;RO=88;SAF=42;SAR=48;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198238;STB=0.510892;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00613455;OID=.;OPOS=70949019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:88:88:90:90:0.505618:48:42:43:45:48:42:43:45 chr6 70950321 . G GTA 94.06 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=33;FWDB=0.0777602;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=2;MLLD=192.844;QD=6.16779;RBI=0.0997783;REFB=-0.0684777;REVB=-0.0625224;RO=37;SAF=13;SAR=12;SRF=4;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433763;STB=0.752742;STBP=0.01;TYPE=ins;VARB=0.13916;OID=.;OPOS=70950322;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409836:25:62:25:61:36:13:12:3:33:94:37:13:12:4:33 chr6 70950355 . T C 119.8 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=34;FWDB=0.00271067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.687;QD=7.60641;RBI=0.00381012;REFB=0.00122446;REVB=0.00267754;RO=34;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.50305;STB=0.774059;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.000428858;OID=.;OPOS=70950355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:14:15:0:34:14:15:0:34 chr6 70965125 . A C 196.94 PASS AF=0.416667;AO=55;DP=131;FAO=55;FDP=132;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=-0.00303701;FXX=0.0638253;HRUN=5;LEN=1;MLLD=173.214;QD=5.96782;RBI=0.00754336;REFB=-0.0152151;REVB=-0.00690499;RO=75;SAF=33;SAR=22;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138256;STB=0.585335;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0258118;OID=.;OPOS=70965125;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:75:77:55:55:0.416667:22:33:35:40:22:33:35:42 chr6 70983644 . TAATA T 257.23 PASS AF=0.4;AO=76;DP=194;FAO=78;FDP=195;FR=.;FRO=117;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=62;FSRR=55;FWDB=0.0183411;FXX=0.0200995;HRUN=2;LEN=4;MLLD=248.969;QD=5.27646;RBI=0.0422466;REFB=-0.0169409;REVB=0.0380576;RO=91;SAF=35;SAR=41;SRF=39;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316527;STB=0.540999;STBP=0.371;TYPE=del;VARB=0.0224807;OID=.;OPOS=70983645;OREF=AATA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:76:194:78:195:117:36:42:62:55:99:91:35:41:39:52 chr6 70984436 . A G 634.4 PASS AF=0.476048;AO=159;DP=335;FAO=159;FDP=334;FR=.;FRO=175;FSAF=84;FSAR=75;FSRF=95;FSRR=80;FWDB=0.0046147;FXX=0.00298499;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.831;QD=7.59761;RBI=0.00481133;REFB=0.0180007;REVB=0.00136141;RO=173;SAF=84;SAR=75;SRF=95;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198254;STB=0.507656;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.0194347;OID=.;OPOS=70984436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:335:334:173:175:159:159:0.476048:75:84:95:78:75:84:95:80 chr6 71010101 . A G 411.05 PASS AF=0.374332;AO=140;DP=374;FAO=140;FDP=374;FR=.;FRO=234;FSAF=35;FSAR=105;FSRF=123;FSRR=111;FWDB=0.0343031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.26;QD=4.39628;RBI=0.0345505;REFB=-0.00551125;REVB=0.00412759;RO=234;SAF=35;SAR=105;SRF=123;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32953;STB=0.686928;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00594484;OID=.;OPOS=71010101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:374:374:234:234:140:140:0.374332:105:35:123:111:105:35:123:111 chr6 80837239 . A G 3590.82 PASS AF=1;AO=507;DP=544;FAO=377;FDP=377;FR=.;FRO=0;FSAF=179;FSAR=198;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0981951;FXX=0.0574986;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.46;QD=38.0988;RBI=0.0981954;REFB=-0.0485608;REVB=0.000243899;RO=2;SAF=243;SAR=264;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0036033;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6304e-05;OID=.;OPOS=80837239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:544:377:2:0:507:377:1:264:243:0:2:198:179:0:0 chr6 80837253 . G T 3745.29 PASS AF=1;AO=475;DP=483;FAO=394;FDP=394;FR=.;FRO=0;FSAF=162;FSAR=232;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00965722;FXX=0.0149996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.6617;QD=38.0232;RBI=0.02089;REFB=0;REVB=0.0185238;RO=0;SAF=189;SAR=286;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15291e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66473e-05;OID=.;OPOS=80837253;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:483:394:0:0:475:394:1:286:189:0:0:232:162:0:0 chr6 80982701 . G A 3270.61 PASS AF=1;AO=340;DP=340;FAO=341;FDP=341;FR=.;FRO=0;FSAF=158;FSAR=183;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00941179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6384;QD=38.3649;RBI=0.0226045;REFB=0;REVB=-0.0205519;RO=0;SAF=157;SAR=183;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.41637e-05;OID=.;OPOS=80982701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:340:341:0:0:340:341:1:183:157:0:0:183:158:0:0 chr6 116950734 . G A 1033.67 PASS AF=0.55814;AO=216;DP=387;FAO=216;FDP=387;FR=.;FRO=171;FSAF=100;FSAR=116;FSRF=88;FSRR=83;FWDB=-0.000941026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.742;QD=10.6839;RBI=0.0353327;REFB=0.00258402;REVB=-0.0353201;RO=171;SAF=100;SAR=116;SRF=88;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421489;STB=0.522871;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00213212;OID=.;OPOS=116950734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:387:387:171:171:216:216:0.55814:116:100:88:83:116:100:88:83 chr6 116950833 . T C 3854.09 PASS AF=1;AO=612;DP=613;FAO=400;FDP=400;FR=.;FRO=0;FSAF=191;FSAR=209;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0725568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8257;QD=38.5409;RBI=0.0730824;REFB=0;REVB=-0.0087492;RO=0;SAF=285;SAR=327;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66137e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120361;OID=.;OPOS=116950833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:613:400:0:0:612:400:1:327:285:0:0:209:191:0:0 chr6 143784031 . AT A 2128.28 PASS AF=1;AO=263;DP=356;FAO=360;FDP=360;FR=.;FRO=0;FSAF=185;FSAR=175;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030751;FXX=0.00277001;HRUN=8;LEN=1;MLLD=11.5292;QD=23.6475;RBI=0.240609;REFB=0.00958523;REVB=0.238636;RO=29;SAF=121;SAR=142;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350629;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0140221;OID=.;OPOS=143784032;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:263:356:360:360:0:185:175:0:0:73:29:121:142:8:21 chr6 143789181 . A T 1984.6 PASS AF=0.931727;AO=231;DP=250;FAO=232;FDP=249;FR=.;FRO=17;FSAF=72;FSAR=160;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=0.0229202;FXX=0.00399984;HRUN=5;LEN=1;MLLD=376.728;QD=31.8811;RBI=0.0275033;REFB=-0.222245;REVB=0.0152018;RO=1;SAF=72;SAR=159;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00657241;STB=0.520366;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.000322776;OID=.;OPOS=143789181;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:250:249:1:17:231:232:0.931727:159:72:1:0:160:72:1:16 chr6 143792675 . T C 3769.37 PASS AF=1;AO=612;DP=616;FAO=397;FDP=397;FR=.;FRO=0;FSAF=217;FSAR=180;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148279;FXX=0.00749981;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.333;QD=37.9786;RBI=0.0148311;REFB=-0.0680089;REVB=0.000311877;RO=3;SAF=323;SAR=289;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00181717;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07354e-05;OID=.;OPOS=143792675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:616:397:3:0:612:397:1:289:323:1:2:180:217:0:0 chr7 21582963 . GA TT 331.14 PASS AF=0.5;AO=77;DP=155;FAO=77;FDP=154;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.0102146;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=2;MLLD=251.98;QD=8.60095;RBI=0.0273695;REFB=-0.0322993;REVB=0.0253919;RO=77;SAF=33;SAR=44;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239738;STB=0.513204;STBP=0.765;TYPE=mnp;VARB=0.0312826;OID=.;OPOS=21582963;OREF=GA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:77:77:77:77:0.5:44:33:35:42:44:33:35:42 chr7 21584820 . A G 563.29 PASS AF=0.451807;AO=150;DP=332;FAO=150;FDP=332;FR=.;FRO=182;FSAF=70;FSAR=80;FSRF=94;FSRR=88;FWDB=0.0272811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.4223;QD=6.7866;RBI=0.0273615;REFB=0.0198121;REVB=-0.00209701;RO=182;SAF=70;SAR=80;SRF=94;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494165;STB=0.527328;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.0240747;OID=.;OPOS=21584820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:332:182:182:150:150:0.451807:80:70:94:88:80:70:94:88 chr7 21599233 . C T 910.5 PASS AF=0.564955;AO=187;DP=331;FAO=187;FDP=331;FR=.;FRO=144;FSAF=56;FSAR=131;FSRF=50;FSRR=94;FWDB=0.0285832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.425;QD=11.003;RBI=0.0369575;REFB=-0.0175683;REVB=0.0234277;RO=144;SAF=56;SAR=131;SRF=50;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446952;STB=0.524274;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0131561;OID=.;OPOS=21599233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:331:144:144:187:187:0.564955:131:56:50:94:131:56:50:94 chr7 21628237 . C T 2500.64 PASS AF=1;AO=261;DP=261;FAO=261;FDP=261;FR=.;FRO=0;FSAF=142;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2437;QD=38.3239;RBI=0.0364227;REFB=0;REVB=0.00220366;RO=0;SAF=142;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.02308e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72227e-05;OID=.;OPOS=21628237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:261:261:0:0:261:261:1:119:142:0:0:119:142:0:0 chr7 21640361 . T C 686.41 PASS AF=0.489676;AO=165;DP=338;FAO=166;FDP=339;FR=.;FRO=173;FSAF=87;FSAR=79;FSRF=93;FSRR=80;FWDB=0.000640241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9237;QD=8.09927;RBI=0.00870925;REFB=-0.00378436;REVB=-0.00868569;RO=173;SAF=86;SAR=79;SRF=93;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015291;STB=0.506897;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00391793;OID=.;OPOS=21640361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:338:339:173:173:165:166:0.489676:79:86:93:80:79:87:93:80 chr7 21640405 . A G 678.48 PASS AF=0.48538;AO=166;DP=342;FAO=166;FDP=342;FR=.;FRO=176;FSAF=86;FSAR=80;FSRF=93;FSRR=83;FWDB=-0.0167179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.348;QD=7.93543;RBI=0.0336754;REFB=0.00102323;REVB=-0.0292325;RO=176;SAF=86;SAR=80;SRF=93;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00970102;STB=0.505328;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.001333;OID=.;OPOS=21640405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:342:176:176:166:166:0.48538:80:86:93:83:80:86:93:83 chr7 21641218 . G A 802.76 PASS AF=0.488722;AO=297;DP=597;FAO=195;FDP=399;FR=.;FRO=204;FSAF=93;FSAR=102;FSRF=91;FSRR=113;FWDB=-0.000939706;FXX=0.00249994;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.938;QD=8.0477;RBI=0.0118027;REFB=0.0140795;REVB=-0.0117652;RO=299;SAF=146;SAR=151;SRF=136;SRR=163;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033726;STB=0.515825;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.0146629;OID=.;OPOS=21641218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:597:399:299:204:297:195:0.488722:151:146:136:163:102:93:91:113 chr7 21654602 . C T 597.05 PASS AF=0.496503;AO=142;DP=286;FAO=142;FDP=286;FR=.;FRO=144;FSAF=70;FSAR=72;FSRF=69;FSRR=75;FWDB=-0.0123519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.186;QD=8.35028;RBI=0.0591255;REFB=-0.0348284;REVB=-0.0578208;RO=144;SAF=70;SAR=72;SRF=69;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126611;STB=0.506946;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0301289;OID=.;OPOS=21654602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:286:144:144:142:142:0.496503:72:70:69:75:72:70:69:75 chr7 21654653 . G C 602.28 PASS AF=0.496528;AO=143;DP=288;FAO=143;FDP=288;FR=.;FRO=145;FSAF=67;FSAR=76;FSRF=67;FSRR=78;FWDB=-0.00808573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.213;QD=8.36493;RBI=0.0548275;REFB=-0.00491697;REVB=0.054228;RO=145;SAF=67;SAR=76;SRF=67;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00595671;STB=0.503268;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00554689;OID=.;OPOS=21654653;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:288:145:145:143:143:0.496528:76:67:67:78:76:67:67:78 chr7 21695416 . A G 708.9 PASS AF=0.491379;AO=171;DP=348;FAO=171;FDP=348;FR=.;FRO=177;FSAF=107;FSAR=64;FSRF=112;FSRR=65;FWDB=0.0243689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.003;QD=8.14821;RBI=0.0243756;REFB=-0.0212529;REVB=-0.000570522;RO=177;SAF=107;SAR=64;SRF=112;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00697889;STB=0.503828;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0221065;OID=.;OPOS=21695416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:348:348:177:177:171:171:0.491379:64:107:112:65:64:107:112:65 chr7 21723573 . A T 607.78 PASS AF=0.475;AO=152;DP=320;FAO=152;FDP=320;FR=.;FRO=168;FSAF=78;FSAR=74;FSRF=96;FSRR=72;FWDB=0.00109117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.7652;QD=7.5972;RBI=0.00878092;REFB=-0.00890164;REVB=0.00871286;RO=168;SAF=78;SAR=74;SRF=96;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557221;STB=0.530659;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00958731;OID=.;OPOS=21723573;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:320:168:168:152:152:0.475:74:78:96:72:74:78:96:72 chr7 21744039 . T G 382.85 PASS AF=0.359459;AO=195;DP=483;FAO=133;FDP=370;FR=.;FRO=237;FSAF=61;FSAR=72;FSRF=101;FSRR=136;FWDB=0.0526281;FXX=0.0749981;HRUN=9;LEN=1;MLLD=60.3986;QD=4.13894;RBI=0.0909543;REFB=-0.00747818;REVB=0.074182;RO=287;SAF=92;SAR=103;SRF=120;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576858;STB=0.521022;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00640234;OID=.;OPOS=21744039;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:483:370:287:237:195:133:0.359459:103:92:120:167:72:61:101:136 chr7 21745061 . A G 685.08 PASS AF=0.522034;AO=154;DP=295;FAO=154;FDP=295;FR=.;FRO=141;FSAF=71;FSAR=83;FSRF=63;FSRR=78;FWDB=0.101023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1173;QD=9.2892;RBI=0.101075;REFB=-0.0257847;REVB=0.00324873;RO=141;SAF=71;SAR=83;SRF=63;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125434;STB=0.50685;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0230825;OID=.;OPOS=21745061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:295:141:141:154:154:0.522034:83:71:63:78:83:71:63:78 chr7 21765452 . C T 2412.27 PASS AF=1;AO=252;DP=253;FAO=252;FDP=252;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0500624;FXX=0.00395241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1963;QD=38.29;RBI=0.0659267;REFB=0;REVB=-0.0428962;RO=0;SAF=129;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000262296;OID=.;OPOS=21765452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:253:252:0:0:252:252:1:123:129:0:0:123:129:0:0 chr7 21775153 . A C 2423.34 PASS AF=1;AO=253;DP=254;FAO=253;FDP=253;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114223;FXX=0.00393685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.109;QD=38.3136;RBI=0.0552032;REFB=0;REVB=0.0540085;RO=0;SAF=131;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03857e-05;OID=.;OPOS=21775153;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:254:253:0:0:253:253:1:122:131:0:0:122:131:0:0 chr7 21775210 . A G 2576.18 PASS AF=1;AO=269;DP=269;FAO=269;FDP=269;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00113909;FXX=0.011029;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.518;QD=38.3076;RBI=0.0206164;REFB=0;REVB=0.0205849;RO=0;SAF=128;SAR=141;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.5786e-05;OID=.;OPOS=21775210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:269:269:0:0:269:269:1:141:128:0:0:141:128:0:0 chr7 21775443 . G A 3659.23 PASS AF=1;AO=381;DP=381;FAO=382;FDP=382;FR=.;FRO=0;FSAF=169;FSAR=213;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0685863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.988;QD=38.3166;RBI=0.0687257;REFB=0;REVB=0.00437571;RO=0;SAF=169;SAR=212;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13238e-05;OID=.;OPOS=21775443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:381:382:0:0:381:382:1:212:169:0:0:213:169:0:0 chr7 21778429 . T C 376.2 PASS AF=0.491713;AO=89;DP=181;FAO=89;FDP=181;FR=.;FRO=92;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=-0.0178511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.158;QD=8.31388;RBI=0.0197812;REFB=-0.0217363;REVB=-0.00852267;RO=92;SAF=44;SAR=45;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352677;STB=0.51942;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.023265;OID=.;OPOS=21778429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:92:92:89:89:0.491713:45:44:49:43:45:44:49:43 chr7 21778449 . C T 1748.18 PASS AF=1;AO=182;DP=183;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3964;QD=38.2116;RBI=0.052082;REFB=0;REVB=0.0180568;RO=0;SAF=92;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231718;OID=.;OPOS=21778449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:83:183:183:0:0:182:183:1:90:92:0:0:90:93:0:0 chr7 21779278 . A G 3853.67 PASS AF=1;AO=477;DP=479;FAO=400;FDP=400;FR=.;FRO=0;FSAF=183;FSAR=217;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.298;QD=38.5367;RBI=0.0116476;REFB=0;REVB=0.000270374;RO=0;SAF=219;SAR=258;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.01637e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91256e-06;OID=.;OPOS=21779278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:479:400:0:0:477:400:1:258:219:0:0:217:183:0:0 chr7 21813318 . A AT 1566.8 PASS AF=1;AO=275;DP=374;FAO=369;FDP=369;FR=.;FRO=0;FSAF=176;FSAR=193;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.192842;FXX=0.0080643;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.36536;QD=16.9843;RBI=0.217073;REFB=0;REVB=-0.0996622;RO=62;SAF=133;SAR=142;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00553123;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00010695;OID=.;OPOS=21813319;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:275:374:369:369:0:176:193:0:0:64:62:133:142:29:33 chr7 21847457 . A G 452.51 PASS AF=0.471074;AO=114;DP=242;FAO=114;FDP=242;FR=.;FRO=128;FSAF=56;FSAR=58;FSRF=69;FSRR=59;FWDB=-0.0320425;FXX=0.00819639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.019;QD=7.47958;RBI=0.0386594;REFB=-0.0180553;REVB=0.0216293;RO=128;SAF=56;SAR=58;SRF=69;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458286;STB=0.525282;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0192812;OID=.;OPOS=21847457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:128:128:114:114:0.471074:58:56:69:59:58:56:69:59 chr7 21856151 . G A 575.25 PASS AF=0.491103;AO=138;DP=281;FAO=138;FDP=281;FR=.;FRO=143;FSAF=57;FSAR=81;FSRF=63;FSRR=80;FWDB=0.0145021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.303;QD=8.18863;RBI=0.0145991;REFB=-0.00744946;REVB=-0.00168001;RO=143;SAF=57;SAR=81;SRF=63;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261482;STB=0.514365;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0075785;OID=.;OPOS=21856151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:281:143:143:138:138:0.491103:81:57:63:80:81:57:63:80 chr7 21893993 . G T 379.07 PASS AF=0.479381;AO=93;DP=196;FAO=93;FDP=194;FR=.;FRO=101;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=39;FSRR=62;FWDB=0.0610817;FXX=0.0102036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.677;QD=7.81589;RBI=0.0610817;REFB=-0.0108386;REVB=-2.05032e-05;RO=102;SAF=45;SAR=48;SRF=39;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967553;STB=0.551091;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0139816;OID=.;OPOS=21893993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:194:102:101:93:93:0.479381:48:45:39:63:48:45:39:62 chr7 21901566 . T C 1543.48 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0706692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.715;QD=38.587;RBI=0.0726847;REFB=0;REVB=-0.0169977;RO=0;SAF=74;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185098;OID=.;OPOS=21901566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:72:160:160:0:0:160:160:1:86:74:0:0:86:74:0:0 chr7 21907458 . A G 2678.91 PASS AF=1;AO=281;DP=286;FAO=281;FDP=281;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104152;FXX=0.0174819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2435;QD=38.1339;RBI=0.0738387;REFB=-0.0298271;REVB=0.0731005;RO=1;SAF=130;SAR=151;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00365403;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258121;OID=.;OPOS=21907458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:286:281:1:0:281:281:1:151:130:1:0:151:130:0:0 chr7 21923867 . C G 424.95 PASS AF=0.545455;AO=90;DP=165;FAO=90;FDP=165;FR=.;FRO=75;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.0062661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4963;QD=10.3018;RBI=0.0344943;REFB=-0.0215534;REVB=-0.0339204;RO=75;SAF=45;SAR=45;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610498;STB=0.533326;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0177906;OID=.;OPOS=21923867;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:75:75:90:90:0.545455:45:45:32:43:45:45:32:43 chr7 21924014 . A G 1434.15 PASS AF=1;AO=151;DP=152;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00570861;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.714;QD=37.9907;RBI=0.0368772;REFB=0;REVB=0.0364326;RO=0;SAF=84;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.945e-05;OID=.;OPOS=21924014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:67:152:151:0:0:151:151:1:67:84:0:0:67:84:0:0 chr7 21932044 . C T 478.21 PASS AF=0.479675;AO=118;DP=246;FAO=118;FDP=246;FR=.;FRO=128;FSAF=41;FSAR=77;FSRF=38;FSRR=90;FWDB=-0.0458876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0722;QD=7.77574;RBI=0.0512085;REFB=0.000734301;REVB=0.0227297;RO=128;SAF=41;SAR=77;SRF=38;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537371;STB=0.529539;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.000900402;OID=.;OPOS=21932044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:128:128:118:118:0.479675:77:41:38:90:77:41:38:90 chr7 21934511 . G A 409.16 PASS AF=0.468182;AO=103;DP=220;FAO=103;FDP=220;FR=.;FRO=117;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=45;FSRR=72;FWDB=0.0129678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3095;QD=7.43935;RBI=0.0134167;REFB=0.000685017;REVB=0.00344172;RO=117;SAF=45;SAR=58;SRF=45;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515514;STB=0.52845;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.000682572;OID=.;OPOS=21934511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:117:117:103:103:0.468182:58:45:45:72:58:45:45:72 chr7 21939032 . C A 399.77 PASS AF=0.505495;AO=92;DP=182;FAO=92;FDP=182;FR=.;FRO=90;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=0.0200662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5655;QD=8.78616;RBI=0.0354742;REFB=-0.0346056;REVB=0.0292534;RO=90;SAF=36;SAR=56;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139714;STB=0.576813;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0391847;OID=.;OPOS=21939032;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:90:90:92:92:0.505495:56:36:49:41:56:36:49:41 chr7 21939089 . C A 406.74 PASS AF=0.511111;AO=92;DP=180;FAO=92;FDP=180;FR=.;FRO=88;FSAF=35;FSAR=57;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=0.0458097;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.479;QD=9.03857;RBI=0.0547436;REFB=-0.00329613;REVB=-0.0299722;RO=88;SAF=35;SAR=57;SRF=48;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14959;STB=0.582187;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00334732;OID=.;OPOS=21939089;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:88:88:92:92:0.511111:57:35:48:40:57:35:48:40 chr7 23145837 . G C 201.67 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00350162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.387;QD=10.3418;RBI=0.0243538;REFB=0.0118401;REVB=-0.0241007;RO=36;SAF=25;SAR=17;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104332;STB=0.557593;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.0100285;OID=.;OPOS=23145837;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:17:25:17:19:17:25:17:19 chr7 33136983 . G A 3852.89 PASS AF=1;AO=485;DP=485;FAO=400;FDP=400;FR=.;FRO=0;FSAF=226;FSAR=174;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0512755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5559;QD=38.5289;RBI=0.0534879;REFB=0;REVB=-0.0152244;RO=0;SAF=277;SAR=208;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.54878e-05;OID=.;OPOS=33136983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:485:400:0:0:485:400:1:208:277:0:0:174:226:0:0 chr7 37890081 . G A 232.54 PASS AF=0.393443;AO=72;DP=182;FAO=72;FDP=183;FR=.;FRO=111;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=54;FSRR=57;FWDB=0.0215724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.494;QD=5.08292;RBI=0.0230397;REFB=-0.0136161;REVB=0.00809051;RO=110;SAF=35;SAR=37;SRF=54;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00515261;STB=0.500228;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0163873;OID=.;OPOS=37890081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:110:111:72:72:0.393443:37:35:54:56:37:35:54:57 chr7 37890267 . G A 121.68 PASS AF=0.261029;AO=72;DP=273;FAO=71;FDP=272;FR=.;FRO=201;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=70;FSRR=131;FWDB=-0.0144081;FXX=0.007299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.556;QD=1.78947;RBI=0.0254813;REFB=-0.00721191;REVB=0.0210167;RO=201;SAF=32;SAR=40;SRF=70;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123815;STB=0.55722;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.020979;OID=.;OPOS=37890267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:272:201:201:72:71:0.261029:40:32:70:131:41:30:70:131 chr7 37903904 . C T 713.82 PASS AF=0.532203;AO=157;DP=295;FAO=157;FDP=295;FR=.;FRO=138;FSAF=92;FSAR=65;FSRF=69;FSRR=69;FWDB=0.0281874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8536;QD=9.67894;RBI=0.0284718;REFB=-0.00849013;REVB=0.0040145;RO=138;SAF=92;SAR=65;SRF=69;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748962;STB=0.540863;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00730507;OID=.;OPOS=37903904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:295:138:138:157:157:0.532203:65:92:69:69:65:92:69:69 chr7 37907304 . T C 1748.18 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.006;QD=38.2117;RBI=0.0527464;REFB=0;REVB=0.0129302;RO=0;SAF=85;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.07612e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01391e-05;OID=.;OPOS=37907304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:83:183:183:0:0:183:183:1:98:85:0:0:98:85:0:0 chr7 37934234 . G A 1688.78 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0981698;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1601;QD=38.3813;RBI=0.118422;REFB=0;REVB=-0.0662306;RO=0;SAF=92;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104461;OID=.;OPOS=37934234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:80:177:176:0:0:176:176:1:84:92:0:0:84:92:0:0 chr7 65551821 . C T 205.95 PASS AF=0.666667;AO=34;DP=51;FAO=34;FDP=51;FR=.;FRO=17;FSAF=30;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=0;FWDB=0.0375795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9729;QD=16.153;RBI=0.115016;REFB=-0.0459423;REVB=0.108704;RO=17;SAF=30;SAR=4;SRF=17;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205454;STB=0.610336;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0261669;OID=.;OPOS=65551821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:51:51:17:17:34:34:0.666667:4:30:17:0:4:30:17:0 chr7 65551931 . T C 937.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=406.243;QD=38.2558;RBI=0.0306534;REFB=0;REVB=-0.00191456;RO=0;SAF=48;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27485e-05;OID=.;OPOS=65551931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:44:97:98:0:0:97:98:1:49:48:0:0:50:48:0:0 chr7 65554352 . C T 3566.86 PASS AF=1;AO=372;DP=372;FAO=372;FDP=372;FR=.;FRO=0;FSAF=200;FSAR=172;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.245;QD=38.3534;RBI=0.0307229;REFB=0;REVB=0.0279213;RO=0;SAF=200;SAR=172;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.9477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90028e-05;OID=.;OPOS=65554352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:372:372:0:0:372:372:1:172:200:0:0:172:200:0:0 chr7 65554385 . C T 3559.35 PASS AF=1;AO=371;DP=371;FAO=371;FDP=371;FR=.;FRO=0;FSAF=197;FSAR=174;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.092;QD=38.3757;RBI=0.0464528;REFB=0;REVB=0.0265563;RO=0;SAF=197;SAR=174;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.96523e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43903e-05;OID=.;OPOS=65554385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:371:371:0:0:371:371:1:174:197:0:0:174:197:0:0 chr7 65556936 . G C 1639.74 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00841562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4606;QD=38.5821;RBI=0.00952177;REFB=0;REVB=-0.00445437;RO=0;SAF=98;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99351e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38813e-05;OID=.;OPOS=65556936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:77:170:170:0:0:170:170:1:72:98:0:0:72:98:0:0 chr7 73467650 . CTGTG C 165.67 PASS AF=0.422018;AO=38;DP=136;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=39;FSRF=59;FSRR=4;FWDB=-0.104549;FXX=0.215812;HRUN=1;LEN=4;MLLD=133.594;QD=6.07973;RBI=0.120921;REFB=-0.0519151;REVB=0.0607571;RO=58;SAF=7;SAR=31;SRF=54;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.69564;STB=0.895161;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0431396;OID=.;OPOS=73467651;OREF=TGTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.422018:38:136:46:109:63:7:39:59:4:99:58:7:31:54:4 chr7 73472050 . C T 906.17 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.229003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.224;QD=38.1545;RBI=0.229064;REFB=0;REVB=-0.00525933;RO=0;SAF=33;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292763;OID=.;OPOS=73472050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:43:90:95:0:0:90:95:1:57:33:0:0:57:38:0:0 chr7 73474825 . G C 666.99 PASS AF=0.478386;AO=166;DP=342;FAO=166;FDP=347;FR=.;FRO=181;FSAF=82;FSAR=84;FSRF=73;FSRR=108;FWDB=0.104521;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.667;QD=7.68865;RBI=0.11638;REFB=0.0054876;REVB=-0.0511843;RO=176;SAF=82;SAR=84;SRF=73;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743374;STB=0.547345;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00598888;OID=.;OPOS=73474825;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:342:347:176:181:166:166:0.478386:84:82:73:103:84:82:73:108 chr7 91632306 . C T 3853.68 PASS AF=1;AO=582;DP=582;FAO=400;FDP=400;FR=.;FRO=0;FSAF=198;FSAR=202;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.332;QD=38.5368;RBI=0.0365541;REFB=0;REVB=0.0340358;RO=0;SAF=290;SAR=292;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66378e-05;OID=.;OPOS=91632306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:582:400:0:0:582:400:1:292:290:0:0:202:198:0:0 chr7 91700153 . C A 30.04 PASS AF=0.275862;AO=19;DP=65;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=-0.00786647;FXX=0.107676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.205;QD=2.07186;RBI=0.0223648;REFB=0.00720914;REVB=-0.0209357;RO=37;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318396;STB=0.794613;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.038795;OID=.;OPOS=91700153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:65:58:37:42:19:16:0.275862:9:10:9:28:5:11:10:32 chr7 91714911 . C T 3419.37 PASS AF=1;AO=362;DP=365;FAO=362;FDP=362;FR=.;FRO=0;FSAF=164;FSAR=198;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00460907;FXX=0.00821895;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.892;QD=37.7831;RBI=0.0309401;REFB=-0.0333241;REVB=0.0305949;RO=3;SAF=164;SAR=198;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00337923;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019953;OID=.;OPOS=91714911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:365:362:3:0:362:362:1:198:164:2:1:198:164:0:0 chr7 92123966 . C T 300.53 PASS AF=0.367857;AO=103;DP=280;FAO=103;FDP=280;FR=.;FRO=177;FSAF=18;FSAR=85;FSRF=81;FSRR=96;FWDB=0.0382073;FXX=0.00355859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.575;QD=4.29331;RBI=0.0423321;REFB=0.0135369;REVB=-0.0182268;RO=177;SAF=18;SAR=85;SRF=81;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384647;STB=0.720846;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0190103;OID=.;OPOS=92123966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:177:177:103:103:0.367857:85:18:81:96:85:18:81:96 chr7 92135686 . C T 982.4 PASS AF=0.5375;AO=274;DP=512;FAO=215;FDP=400;FR=.;FRO=185;FSAF=93;FSAR=122;FSRF=82;FSRR=103;FWDB=-0.0124518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.036;QD=9.82398;RBI=0.0433188;REFB=0.0160216;REVB=0.0414907;RO=237;SAF=117;SAR=157;SRF=108;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248916;STB=0.505026;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.014642;OID=.;OPOS=92135686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:512:400:237:185:274:215:0.5375:157:117:108:129:122:93:82:103 chr7 94037034 . A G 418.92 PASS AF=0.562914;AO=85;DP=151;FAO=85;FDP=151;FR=.;FRO=66;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.00153369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.13;QD=11.0972;RBI=0.0421082;REFB=-0.00259761;REVB=0.0420803;RO=66;SAF=47;SAR=38;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185435;STB=0.510105;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00231475;OID=.;OPOS=94037034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:66:66:85:85:0.562914:38:47:38:28:38:47:38:28 chr7 94039032 . C T 579.75 PASS AF=0.494624;AO=138;DP=279;FAO=138;FDP=279;FR=.;FRO=141;FSAF=74;FSAR=64;FSRF=75;FSRR=66;FWDB=-0.000267304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.316;QD=8.31185;RBI=0.0474752;REFB=-0.00753973;REVB=0.0474745;RO=141;SAF=74;SAR=64;SRF=75;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00399412;STB=0.502192;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0077951;OID=.;OPOS=94039032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:279:141:141:138:138:0.494624:64:74:75:66:64:74:75:66 chr7 94039900 . C T 480.28 PASS AF=0.493506;AO=114;DP=231;FAO=114;FDP=231;FR=.;FRO=117;FSAF=66;FSAR=48;FSRF=63;FSRR=54;FWDB=-0.0322552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.373;QD=8.31659;RBI=0.0322755;REFB=-0.00486949;REVB=0.00114629;RO=117;SAF=66;SAR=48;SRF=63;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379918;STB=0.520888;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00538576;OID=.;OPOS=94039900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:117:117:114:114:0.493506:48:66:63:54:48:66:63:54 chr7 94040133 . T A 768.89 PASS AF=0.489583;AO=187;DP=384;FAO=188;FDP=384;FR=.;FRO=196;FSAF=90;FSAR=98;FSRF=106;FSRR=90;FWDB=-0.0563947;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=56.9079;QD=8.00922;RBI=0.069601;REFB=0.0040001;REVB=0.0407914;RO=195;SAF=90;SAR=97;SRF=106;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579249;STB=0.531662;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.00424097;OID=.;OPOS=94040133;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:384:384:195:196:187:188:0.489583:97:90:106:89:98:90:106:90 chr7 94041937 . A C 1082.42 PASS AF=0.508264;AO=123;DP=242;FAO=123;FDP=242;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=57;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=63;FWDB=-0.162763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.89;QD=17.8912;RBI=0.162817;REFB=-0.00326628;REVB=-0.00420294;RO=75;SAF=57;SAR=66;SRF=12;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218846;STB=0.661515;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00654151;OID=.;OPOS=94041937;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:75:63:123:123:0.508264:66:57:12:63:66:57:0:63 chr7 94043239 . C G 680.27 PASS AF=0.513158;AO=156;DP=305;FAO=156;FDP=304;FR=.;FRO=148;FSAF=61;FSAR=95;FSRF=73;FSRR=75;FWDB=-0.0035829;FXX=0.00327858;HRUN=5;LEN=1;MLLD=370.946;QD=8.95086;RBI=0.00774149;REFB=-0.00281265;REVB=0.00686247;RO=148;SAF=61;SAR=95;SRF=73;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933027;STB=0.551076;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00263064;OID=.;OPOS=94043239;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:304:148:148:156:156:0.513158:95:61:73:75:95:61:73:75 chr7 94052495 . A G 543.57 PASS AF=0.584699;AO=107;DP=183;FAO=107;FDP=183;FR=.;FRO=76;FSAF=45;FSAR=62;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=0.0169266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=322.271;QD=11.8812;RBI=0.0169926;REFB=0.00456149;REVB=0.00149614;RO=76;SAF=45;SAR=62;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101821;STB=0.555271;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00291197;OID=.;OPOS=94052495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:76:76:107:107:0.584699:62:45:42:34:62:45:42:34 chr7 94056244 . C G 862.85 PASS AF=0.532213;AO=189;DP=356;FAO=190;FDP=357;FR=.;FRO=167;FSAF=96;FSAR=94;FSRF=99;FSRR=68;FWDB=0.0175651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3476;QD=9.66773;RBI=0.0203449;REFB=-0.0279732;REVB=-0.0102655;RO=167;SAF=96;SAR=93;SRF=99;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732165;STB=0.540991;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0249098;OID=.;OPOS=94056244;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:356:357:167:167:189:190:0.532213:93:96:99:68:94:96:99:68 chr7 95800820 . T C 721.14 PASS AF=0.548387;AO=153;DP=280;FAO=153;FDP=279;FR=.;FRO=126;FSAF=78;FSAR=75;FSRF=58;FSRR=68;FWDB=0.0240952;FXX=0.0106379;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.402;QD=10.3389;RBI=0.0275382;REFB=0.0126326;REVB=-0.013333;RO=124;SAF=78;SAR=75;SRF=58;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034613;STB=0.522335;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.0109125;OID=.;OPOS=95800820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:279:124:126:153:153:0.548387:75:78:58:66:75:78:58:68 chr7 95864108 . T C 998.16 PASS AF=0.54;AO=243;DP=456;FAO=216;FDP=400;FR=.;FRO=184;FSAF=113;FSAR=103;FSRF=91;FSRR=93;FWDB=-0.100033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6799;QD=9.98161;RBI=0.107112;REFB=0.0111438;REVB=-0.0382955;RO=213;SAF=130;SAR=113;SRF=106;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321061;STB=0.513159;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.00996934;OID=.;OPOS=95864108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:456:400:213:184:243:216:0.54:113:130:106:107:103:113:91:93 chr7 107545799 . T C 1555.72 PASS AF=1;AO=163;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0478968;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.5087;QD=38.1771;RBI=0.0512644;REFB=0;REVB=0.0182738;RO=0;SAF=82;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125347;OID=.;OPOS=107545799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:74:163:163:0:0:163:163:1:81:82:0:0:81:82:0:0 chr7 107559722 . A T 2096.34 PASS AF=0.977376;AO=187;DP=225;FAO=216;FDP=221;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=84;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00429582;FXX=0.017777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.696;QD=37.9429;RBI=0.0058615;REFB=0;REVB=-0.00398786;RO=2;SAF=55;SAR=132;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00498421;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.98092e-05;OID=.;OPOS=107559722;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:225:221:2:0:187:216:0.977376:132:55:1:1:132:84:0:0 chr7 117199533 . G A 557.68 PASS AF=0.47;AO=141;DP=300;FAO=141;FDP=300;FR=.;FRO=159;FSAF=53;FSAR=88;FSRF=81;FSRR=78;FWDB=-0.000552329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.795;QD=7.43577;RBI=0.00717329;REFB=-0.0296303;REVB=-0.00715199;RO=159;SAF=53;SAR=88;SRF=81;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131697;STB=0.572695;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0435767;OID=.;OPOS=117199533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:300:159:159:141:141:0.47:88:53:81:78:88:53:81:78 chr7 117231852 . T C 173.01 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.00614369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.58;QD=8.43973;RBI=0.00720772;REFB=-0.0205523;REVB=-0.00376911;RO=41;SAF=24;SAR=16;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562843;STB=0.536065;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0256169;OID=.;OPOS=117231852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:42:40:40:0.487805:16:24:27:14:16:24:28:14 chr7 117235055 . T G 830 PASS AF=0.496241;AO=230;DP=485;FAO=198;FDP=399;FR=.;FRO=201;FSAF=107;FSAR=91;FSRF=98;FSRR=103;FWDB=0.00184842;FXX=0.00249994;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.545;QD=8.32082;RBI=0.0142712;REFB=-0.00500698;REVB=-0.014151;RO=253;SAF=125;SAR=105;SRF=127;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397037;STB=0.526676;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00482337;OID=.;OPOS=117235055;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:485:399:253:201:230:198:0.496241:105:125:127:126:91:107:98:103 chr7 143016928 . C T 3853.67 PASS AF=1;AO=488;DP=488;FAO=400;FDP=400;FR=.;FRO=0;FSAF=205;FSAR=195;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00051368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.756;QD=38.5367;RBI=0.00295737;REFB=0;REVB=0.00291242;RO=0;SAF=251;SAR=237;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78687e-06;OID=.;OPOS=143016928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:488:400:0:0:488:400:1:237:251:0:0:195:205:0:0 chr7 143017807 . G T 2031.83 PASS AF=1;AO=214;DP=215;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000706023;FXX=0.00465095;HRUN=3;LEN=1;MLLD=414.804;QD=37.9782;RBI=0.0151167;REFB=-0.0556404;REVB=0.0151002;RO=0;SAF=108;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70016e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24592e-05;OID=.;OPOS=143017807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:88:215:214:0:0:214:214:1:106:108:0:0:106:108:0:0 chr7 143036318 . G A 1470.42 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00687682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=356.476;QD=38.1928;RBI=0.0141759;REFB=0;REVB=0.0123962;RO=0;SAF=73;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.2049e-06;OID=.;OPOS=143036318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:70:154:154:0:0:154:154:1:81:73:0:0:81:73:0:0 chr7 143036337 . C T 1470.42 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=400.818;QD=38.1928;RBI=0.0387933;REFB=0;REVB=-0.0210605;RO=0;SAF=72;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95552e-05;OID=.;OPOS=143036337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:70:154:154:0:0:154:154:1:82:72:0:0:82:72:0:0 chr7 143036548 . T A 1530.84 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00348449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.483;QD=38.5116;RBI=0.053909;REFB=0;REVB=0.0537962;RO=0;SAF=75;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13511e-05;OID=.;OPOS=143036548;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:72:159:159:0:0:159:159:1:84:75:0:0:84:75:0:0 chr7 143043240 . C T 1695.47 PASS AF=1;AO=181;DP=184;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649941;FXX=0.00543449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1024;QD=37.0596;RBI=0.148464;REFB=-0.0134575;REVB=0.133481;RO=1;SAF=85;SAR=96;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493356;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118007;OID=.;OPOS=143043240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:68:184:183:1:0:181:183:1:96:85:0:1:98:85:0:0 chr7 143043377 . C G 1523.29 PASS AF=0.960452;AO=170;DP=177;FAO=170;FDP=177;FR=.;FRO=7;FSAF=68;FSAR=102;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00285381;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=313.743;QD=34.4247;RBI=0.0114389;REFB=0.0188443;REVB=-0.0110772;RO=7;SAF=68;SAR=102;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355199;STB=0.518689;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.000281586;OID=.;OPOS=143043377;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:177:177:7:7:170:170:0.960452:102:68:6:1:102:68:6:1 chr7 143043607 . G C 1353.4 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=472.893;QD=38.1239;RBI=0.0107732;REFB=0;REVB=0.000629975;RO=0;SAF=68;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2436e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.19507e-06;OID=.;OPOS=143043607;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:64:142:142:0:0:141:142:1:73:68:0:0:73:69:0:0 chr7 143043890 . A G 2971.17 PASS AF=1;AO=310;DP=310;FAO=310;FDP=310;FR=.;FRO=0;FSAF=166;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172384;FXX=0.00958436;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.7128;QD=38.3377;RBI=0.163863;REFB=0;REVB=-0.162954;RO=0;SAF=166;SAR=144;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000990732;OID=.;OPOS=143043890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:310:310:0:0:310:310:1:144:166:0:0:144:166:0:0 chr7 143043902 . C T 3010.11 PASS AF=1;AO=313;DP=313;FAO=314;FDP=314;FR=.;FRO=0;FSAF=167;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.374;QD=38.3453;RBI=0.0417722;REFB=0;REVB=0.0158666;RO=0;SAF=167;SAR=146;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.97257e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25247e-05;OID=.;OPOS=143043902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:313:314:0:0:313:314:1:146:167:0:0:147:167:0:0 chr7 150644394 . C T 129.74 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0342638;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=125.079;QD=6.56896;RBI=0.0344073;REFB=-7.74975e-05;REVB=0.00313975;RO=30;SAF=10;SAR=24;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24517;STB=0.68975;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-4.74657e-05;OID=.;OPOS=150644394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:30:45:34:34:0.43038:24:10:17:13:24:10:28:17 chr7 150648198 . A G 269.2 PASS AF=0.55;AO=55;DP=100;FAO=55;FDP=100;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0118047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.761;QD=10.7682;RBI=0.0252199;REFB=0.000338838;REVB=0.0222866;RO=45;SAF=28;SAR=27;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381566;STB=0.520924;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.000127385;OID=.;OPOS=150648198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:45:45:55:55:0.55:27:28:25:20:27:28:25:20 chr7 150648789 . T C 605.86 PASS AF=0.436693;AO=169;DP=387;FAO=169;FDP=387;FR=.;FRO=218;FSAF=72;FSAR=97;FSRF=107;FSRR=111;FWDB=-0.0181263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.092;QD=6.26207;RBI=0.0292863;REFB=-0.0146654;REVB=-0.0230027;RO=218;SAF=72;SAR=97;SRF=107;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665236;STB=0.536902;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0181345;OID=.;OPOS=150648789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:387:387:218:218:169:169:0.436693:97:72:107:111:97:72:107:111 chr7 150649531 . G A 314.08 PASS AF=0.457627;AO=81;DP=177;FAO=81;FDP=177;FR=.;FRO=96;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=-0.0154634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.682;QD=7.09773;RBI=0.0733847;REFB=0.0116962;REVB=0.071737;RO=96;SAF=49;SAR=32;SRF=49;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944441;STB=0.552434;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0119178;OID=.;OPOS=150649531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:96:96:81:81:0.457627:32:49:49:47:32:49:49:47 chr7 150649603 . G A 289.35 PASS AF=0.445087;AO=77;DP=173;FAO=77;FDP=173;FR=.;FRO=96;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=0.0180011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.494;QD=6.69011;RBI=0.0451124;REFB=-0.0248141;REVB=0.0413654;RO=96;SAF=44;SAR=33;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102799;STB=0.557199;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0436735;OID=.;OPOS=150649603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:96:96:77:77:0.445087:33:44:45:51:33:44:45:51 chr7 150654622 . A AG 2743.74 PASS AF=1;AO=285;DP=293;FAO=291;FDP=291;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.1188;QD=37.7146;RBI=0.130847;REFB=0;REVB=-0.00133942;RO=7;SAF=144;SAR=141;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00302326;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000606737;OID=.;OPOS=150654623;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:285:293:291:291:0:146:145:0:0:99:7:144:141:4:3 chr7 151265714 . C T 338.28 PASS AF=0.443902;AO=91;DP=205;FAO=91;FDP=205;FR=.;FRO=114;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=61;FSRR=53;FWDB=0.0186314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.204;QD=6.60062;RBI=0.0189243;REFB=-0.0102335;REVB=0.0033166;RO=114;SAF=46;SAR=45;SRF=61;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029633;STB=0.516461;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0137312;OID=.;OPOS=151265714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:114:114:91:91:0.443902:45:46:61:53:45:46:61:53 chr7 151292395 . A AT 2682.64 PASS AF=1;AO=274;DP=281;FAO=281;FDP=281;FR=.;FRO=0;FSAF=138;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.492;QD=38.187;RBI=0.03914;REFB=0;REVB=-0.0187499;RO=0;SAF=133;SAR=141;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.05615e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.77084e-06;OID=.;OPOS=151292396;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:274:281:281:281:0:138:143:0:0:99:0:133:141:0:0 chr7 151573731 . G A 211.28 PASS AF=0.447154;AO=54;DP=122;FAO=55;FDP=123;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.00470351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.497;QD=6.87094;RBI=0.0556649;REFB=0.00435959;REVB=0.0554658;RO=68;SAF=21;SAR=33;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689945;STB=0.531761;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.00530574;OID=.;OPOS=151573731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:68:68:54:55:0.447154:33:21:31:37:33:22:31:37 chr8 11614575 . A G 691.54 PASS AF=0.501538;AO=162;DP=324;FAO=163;FDP=325;FR=.;FRO=162;FSAF=95;FSAR=68;FSRF=88;FSRR=74;FWDB=0.0352115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.716;QD=8.51123;RBI=0.0363926;REFB=-0.011921;REVB=-0.00919619;RO=162;SAF=94;SAR=68;SRF=88;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344625;STB=0.520164;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0122619;OID=.;OPOS=11614575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:325:162:162:162:163:0.501538:68:94:88:74:68:95:88:74 chr8 21978313 . T G 576.29 PASS AF=0.496403;AO=131;DP=271;FAO=138;FDP=278;FR=.;FRO=140;FSAF=64;FSAR=74;FSRF=63;FSRR=77;FWDB=-0.00124163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.859;QD=8.29197;RBI=0.043339;REFB=0.00421637;REVB=-0.0433212;RO=135;SAF=63;SAR=68;SRF=63;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131934;STB=0.506976;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.00386233;OID=.;OPOS=21978313;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:278:135:140:131:138:0.496403:68:63:63:72:74:64:63:77 chr8 21978469 . A G 882.85 PASS AF=0.51;AO=324;DP=623;FAO=204;FDP=400;FR=.;FRO=196;FSAF=108;FSAR=96;FSRF=112;FSRR=84;FWDB=-0.0320541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4447;QD=8.82845;RBI=0.0324293;REFB=-0.0373449;REVB=-0.0049183;RO=299;SAF=167;SAR=157;SRF=167;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380474;STB=0.520708;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.035633;OID=.;OPOS=21978469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:623:400:299:196:324:204:0.51:157:167:167:132:96:108:112:84 chr8 21978578 . A G 911.09 PASS AF=0.5175;AO=322;DP=623;FAO=207;FDP=400;FR=.;FRO=193;FSAF=103;FSAR=104;FSRF=108;FSRR=85;FWDB=0.00380384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.591;QD=9.11088;RBI=0.0375952;REFB=-0.0262105;REVB=-0.0374023;RO=301;SAF=161;SAR=161;SRF=162;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033858;STB=0.529905;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0263376;OID=.;OPOS=21978578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:623:400:301:193:322:207:0.5175:161:161:162:139:104:103:108:85 chr8 21980352 . G A 561.27 PASS AF=0.482517;AO=138;DP=286;FAO=138;FDP=286;FR=.;FRO=148;FSAF=65;FSAR=73;FSRF=87;FSRR=61;FWDB=0.000594563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.625;QD=7.84993;RBI=0.0188697;REFB=-0.0134842;REVB=0.0188604;RO=148;SAF=65;SAR=73;SRF=87;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109577;STB=0.560226;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0159954;OID=.;OPOS=21980352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:286:148:148:138:138:0.482517:73:65:87:61:73:65:87:61 chr8 21982991 . T C 312.63 PASS AF=0.490066;AO=73;DP=152;FAO=74;FDP=151;FR=.;FRO=77;FSAF=53;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=0.0239758;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8629;QD=8.28169;RBI=0.0956393;REFB=-0.00229774;REVB=-0.0925853;RO=77;SAF=52;SAR=21;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197407;STB=0.611466;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00136523;OID=.;OPOS=21982991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:77:77:73:74:0.490066:21:52:40:37:21:53:40:37 chr8 21982997 . A G 326.67 PASS AF=0.493421;AO=43;DP=152;FAO=75;FDP=152;FR=.,HEALED;FRO=77;FSAF=53;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=0.0388344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2275;QD=8.59648;RBI=0.0388376;REFB=-0.0588737;REVB=-0.00049683;RO=77;SAF=21;SAR=22;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348324;STB=0.604456;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.131794;OID=.;OPOS=21982997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:77:77:43:75:0.493421:22:21:40:37:22:53:40:37 chr8 21983030 . C T 638.14 PASS AF=0.457766;AO=164;DP=364;FAO=168;FDP=367;FR=.;FRO=199;FSAF=95;FSAR=73;FSRF=110;FSRR=89;FWDB=0.0114633;FXX=0.00271732;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4056;QD=6.95522;RBI=0.0132662;REFB=-0.0466916;REVB=0.00667713;RO=198;SAF=95;SAR=69;SRF=110;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239635;STB=0.507;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0557792;OID=.;OPOS=21983030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:364:367:198:199:164:168:0.457766:69:95:110:88:73:95:110:89 chr8 21983134 . T C 328.17 PASS AF=0.421525;AO=91;DP=220;FAO=94;FDP=223;FR=.;FRO=129;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=71;FSRR=58;FWDB=-0.00570493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.346;QD=5.8865;RBI=0.00760186;REFB=-0.0107102;REVB=0.00502414;RO=128;SAF=40;SAR=51;SRF=70;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11211;STB=0.55982;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0134475;OID=.;OPOS=21983134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:223:128:129:91:94:0.421525:51:40:70:58:52:42:71:58 chr8 21984650 . A G 743.35 PASS AF=0.473552;AO=215;DP=456;FAO=188;FDP=397;FR=.;FRO=209;FSAF=94;FSAR=94;FSRF=112;FSRR=97;FWDB=-0.100039;FXX=0.00749981;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.2665;QD=7.48972;RBI=0.177461;REFB=0.00375393;REVB=-0.146577;RO=241;SAF=111;SAR=104;SRF=127;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102871;STB=0.51889;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.00585685;OID=.;OPOS=21984650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:456:397:241:209:215:188:0.473552:104:111:127:114:94:94:112:97 chr8 21986647 . T C 717.92 PASS AF=0.494253;AO=172;DP=348;FAO=172;FDP=348;FR=.;FRO=176;FSAF=77;FSAR=95;FSRF=83;FSRR=93;FWDB=-0.0158985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=307.364;QD=8.25198;RBI=0.0219335;REFB=0.00121472;REVB=0.0151102;RO=176;SAF=77;SAR=95;SRF=83;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222409;STB=0.512197;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.00121724;OID=.;OPOS=21986647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:348:348:176:176:172:172:0.494253:95:77:83:93:95:77:83:93 chr8 30916085 . T C 1866.97 PASS AF=1;AO=198;DP=202;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397568;FXX=0.0197035;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.546;QD=37.5269;RBI=0.0399459;REFB=0.00807221;REVB=-0.00388152;RO=0;SAF=98;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31872e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.95606e-05;OID=.;OPOS=30916085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:72:202:199:0:0:198:199:1:100:98:0:0:100:99:0:0 chr8 30922346 . C T 3776.82 PASS AF=1;AO=443;DP=446;FAO=392;FDP=392;FR=.;FRO=0;FSAF=231;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00722354;FXX=0.0199995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=384.857;QD=38.539;RBI=0.00968933;REFB=0;REVB=0.00645782;RO=0;SAF=267;SAR=176;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62547e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88174e-07;OID=.;OPOS=30922346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:446:392:0:0:443:392:1:176:267:0:0:161:231:0:0 chr8 30924557 . C T 746.46 PASS AF=0.477041;AO=187;DP=393;FAO=187;FDP=392;FR=.;FRO=205;FSAF=82;FSAR=105;FSRF=91;FSRR=114;FWDB=-0.0237928;FXX=0.00254446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.744;QD=7.61695;RBI=0.0238307;REFB=-0.0359893;REVB=0.00134466;RO=205;SAF=82;SAR=105;SRF=91;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00521067;STB=0.502865;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0400989;OID=.;OPOS=30924557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:393:392:205:205:187:187:0.477041:105:82:91:114:105:82:91:114 chr8 30933859 . C T 324.93 PASS AF=0.454545;AO=82;DP=184;FAO=85;FDP=187;FR=.;FRO=102;FSAF=30;FSAR=55;FSRF=60;FSRR=42;FWDB=-0.0346937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.717;QD=6.95036;RBI=0.0415218;REFB=-0.00998966;REVB=0.0228124;RO=102;SAF=30;SAR=52;SRF=60;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222905;STB=0.62974;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0110944;OID=.;OPOS=30933859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:187:102:102:82:85:0.454545:52:30:60:42:55:30:60:42 chr8 30941317 . T C 214.86 PASS AF=0.510638;AO=48;DP=94;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0399005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4758;QD=9.14284;RBI=0.0437918;REFB=-0.00735116;REVB=0.0180463;RO=46;SAF=10;SAR=38;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251551;STB=0.640385;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00744552;OID=.;OPOS=30941317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:46:46:48:48:0.510638:38:10:20:26:38:10:20:26 chr8 30973957 . G T 854.98 PASS AF=0.5025;AO=242;DP=477;FAO=201;FDP=400;FR=.;FRO=199;FSAF=117;FSAR=84;FSRF=101;FSRR=98;FWDB=0.00822543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.772;QD=8.54984;RBI=0.0168872;REFB=-0.0154616;REVB=-0.0147485;RO=235;SAF=140;SAR=102;SRF=121;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581843;STB=0.537642;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0166288;OID=.;OPOS=30973957;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:477:400:235:199:242:201:0.5025:102:140:121:114:84:117:101:98 chr8 30977696 . A G 330.47 PASS AF=0.450777;AO=87;DP=193;FAO=87;FDP=193;FR=.;FRO=106;FSAF=55;FSAR=32;FSRF=58;FSRR=48;FWDB=-0.0448651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.729;QD=6.84905;RBI=0.0450872;REFB=0.00130755;REVB=-0.00446975;RO=106;SAF=55;SAR=32;SRF=58;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879465;STB=0.548891;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.00201667;OID=.;OPOS=30977696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:106:106:87:87:0.450777:32:55:58:48:32:55:58:48 chr8 30977717 . T C 502.11 PASS AF=0.543147;AO=107;DP=197;FAO=107;FDP=197;FR=.;FRO=90;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=55;FSRR=35;FWDB=0.0101084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.172;QD=10.1951;RBI=0.0388846;REFB=-0.000604245;REVB=-0.0375477;RO=90;SAF=58;SAR=49;SRF=55;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585861;STB=0.531938;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000357479;OID=.;OPOS=30977717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:90:90:107:107:0.543147:49:58:55:35:49:58:55:35 chr8 30999122 . C T 558.86 PASS AF=0.415;AO=210;DP=485;FAO=166;FDP=400;FR=.;FRO=234;FSAF=97;FSAR=69;FSRF=118;FSRR=116;FWDB=0.00613086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.495;QD=5.5886;RBI=0.014928;REFB=-0.00228365;REVB=0.0136109;RO=275;SAF=123;SAR=87;SRF=136;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942687;STB=0.547432;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00262219;OID=.;OPOS=30999122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:485:400:275:234:210:166:0.415:87:123:136:139:69:97:118:116 chr8 30999123 . G A 1182.92 PASS AF=0.585;AO=275;DP=485;FAO=234;FDP=400;FR=.;FRO=166;FSAF=118;FSAR=116;FSRF=97;FSRR=69;FWDB=0.0221364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.908;QD=11.8292;RBI=0.0246355;REFB=0.00630144;REVB=0.0108114;RO=210;SAF=136;SAR=139;SRF=123;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728649;STB=0.533245;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00463127;OID=.;OPOS=30999123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:485:400:210:166:275:234:0.585:139:136:123:87:116:118:97:69 chr8 30999280 . G T 600.96 PASS AF=0.49481;AO=143;DP=291;FAO=143;FDP=289;FR=.;FRO=146;FSAF=64;FSAR=79;FSRF=66;FSRR=80;FWDB=-0.0110093;FXX=0.00687262;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.068;QD=8.31773;RBI=0.0156094;REFB=-0.00950219;REVB=-0.0110656;RO=146;SAF=64;SAR=79;SRF=66;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00418848;STB=0.502298;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00983791;OID=.;OPOS=30999280;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:289:146:146:143:143:0.49481:79:64:66:80:79:64:66:80 chr8 31000243 . T C 119.8 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0288673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.799;QD=7.60641;RBI=0.0308081;REFB=0.000450475;REVB=0.010762;RO=34;SAF=13;SAR=16;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00688244;STB=0.503873;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.000326791;OID=.;OPOS=31000243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:16:13:15:19:16:13:15:19 chr8 31005017 . T TC 3829.33 PASS AF=1;AO=419;DP=423;FAO=398;FDP=398;FR=.;FRO=0;FSAF=189;FSAR=209;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00208853;FXX=0.00499988;HRUN=0;LEN=1;MLLD=103.605;QD=38.4858;RBI=0.0248338;REFB=0;REVB=-0.0247458;RO=0;SAF=200;SAR=219;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-2.63953e-05;OID=.;OPOS=31005018;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:419:423:398:398:0:189:209:0:0:99:0:200:219:0:0 chr8 31024654 . T C 634.36 PASS AF=0.476048;AO=159;DP=334;FAO=159;FDP=334;FR=.;FRO=175;FSAF=72;FSAR=87;FSRF=82;FSRR=93;FWDB=-0.0040969;FXX=0.00298499;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5026;QD=7.5971;RBI=0.00506577;REFB=-0.0395512;REVB=-0.00297949;RO=175;SAF=72;SAR=87;SRF=82;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015096;STB=0.508308;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0432518;OID=.;OPOS=31024654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:334:175:175:159:159:0.476048:87:72:82:93:87:72:82:93 chr8 61732521 . A G 282.93 PASS AF=0.481013;AO=61;DP=147;FAO=76;FDP=158;FR=.;FRO=82;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=-0.0131398;FXX=0.0365831;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.103;QD=7.16285;RBI=0.120598;REFB=-0.0419616;REVB=0.11988;RO=82;SAF=46;SAR=15;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254439;STB=0.53671;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0476406;OID=.;OPOS=61732521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:158:82:82:61:76:0.481013:15:46:44:38:30:46:44:38 chr8 61754397 . T C 892.21 PASS AF=0.5125;AO=234;DP=454;FAO=205;FDP=400;FR=.;FRO=195;FSAF=99;FSAR=106;FSRF=88;FSRR=107;FWDB=0.00786035;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.4154;QD=8.92214;RBI=0.037923;REFB=0.00559246;REVB=0.0370995;RO=220;SAF=116;SAR=118;SRF=100;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365795;STB=0.51546;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00532946;OID=.;OPOS=61754397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:454:400:220:195:234:205:0.5125:118:116:100:120:106:99:88:107 chr8 61765419 . G A 801.3 PASS AF=0.501326;AO=189;DP=377;FAO=189;FDP=377;FR=.;FRO=188;FSAF=75;FSAR=114;FSRF=85;FSRR=103;FWDB=0.00601488;FXX=0.00264543;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.033;QD=8.50184;RBI=0.0281165;REFB=-0.0144946;REVB=0.0274656;RO=188;SAF=75;SAR=114;SRF=85;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519527;STB=0.528463;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0154255;OID=.;OPOS=61765419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:377:377:188:188:189:189:0.501326:114:75:85:103:114:75:85:103 chr8 63976677 . C T 843.4 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00884517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=406.436;QD=37.4845;RBI=0.0143219;REFB=-0.0621151;REVB=0.0112641;RO=1;SAF=88;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310768;STB=0.666617;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.000103473;OID=.;OPOS=63976677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:90:90:1:1:89:89:0.988889:1:88:0:1:1:88:0:1 chr8 63976754 . A G 869.66 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4945;QD=38.6516;RBI=0.0736497;REFB=0;REVB=0.0698666;RO=0;SAF=88;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000721298;OID=.;OPOS=63976754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:41:90:90:0:0:90:90:1:2:88:0:0:2:88:0:0 chr8 72211834 . A C 651.06 PASS AF=0.459459;AO=170;DP=370;FAO=170;FDP=370;FR=.;FRO=200;FSAF=76;FSAR=94;FSRF=90;FSRR=110;FWDB=0.00435204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.076;QD=7.03849;RBI=0.0153076;REFB=-0.00232853;REVB=-0.0146759;RO=200;SAF=76;SAR=94;SRF=90;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0029123;STB=0.501607;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00276423;OID=.;OPOS=72211834;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:370:370:200:200:170:170:0.459459:94:76:90:110:94:76:90:110 chr8 118819578 . C T 520.91 PASS AF=0.477941;AO=126;DP=271;FAO=130;FDP=272;FR=.;FRO=142;FSAF=42;FSAR=88;FSRF=49;FSRR=93;FWDB=-0.000481503;FXX=0.007299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.419;QD=7.66039;RBI=0.00411759;REFB=0.000443058;REVB=0.00408934;RO=144;SAF=38;SAR=88;SRF=51;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586268;STB=0.513002;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.00045;OID=.;OPOS=118819578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:272:144:142:126:130:0.477941:88:38:51:93:88:42:49:93 chr8 118847782 . G A 2115.73 PASS AF=1;AO=221;DP=221;FAO=221;FDP=221;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00540244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7035;QD=38.2938;RBI=0.0200159;REFB=0;REVB=0.019273;RO=0;SAF=122;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50833e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46112e-05;OID=.;OPOS=118847782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:221:221:0:0:221:221:1:99:122:0:0:99:122:0:0 chr8 126056215 . G GC 2480.8 PASS AF=1;AO=258;DP=258;FAO=258;FDP=258;FR=.;FRO=0;FSAF=151;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0481449;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=218.236;QD=38.4621;RBI=0.054442;REFB=0;REVB=0.0254165;RO=0;SAF=151;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25292e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-1.89459e-05;OID=.;OPOS=126056216;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:258:258:258:258:0:151:107:0:0:99:0:151:107:0:0 chr8 144992900 . G A 782.14 PASS AF=0.4825;AO=280;DP=582;FAO=193;FDP=400;FR=.;FRO=207;FSAF=84;FSAR=109;FSRF=91;FSRR=116;FWDB=0.042903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0713;QD=7.8214;RBI=0.0703835;REFB=0.0184054;REVB=0.0557958;RO=302;SAF=131;SAR=149;SRF=135;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198179;STB=0.502304;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.0195062;OID=.;OPOS=144992900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:582:400:302:207:280:193:0.4825:149:131:135:167:109:84:91:116 chr8 144995964 . G A 482.62 PASS AF=0.472656;AO=121;DP=259;FAO=121;FDP=256;FR=.;FRO=135;FSAF=57;FSAR=64;FSRF=71;FSRR=64;FWDB=0.0120844;FXX=0.0115826;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8308;QD=7.54097;RBI=0.0149149;REFB=0.00222019;REVB=0.00874185;RO=134;SAF=57;SAR=64;SRF=70;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489226;STB=0.528921;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.00235834;OID=.;OPOS=144995964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:256:134:135:121:121:0.472656:64:57:70:64:64:57:71:64 chr8 144997836 . C G 51.4 PASS AF=0.38;AO=18;DP=49;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.12937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8167;QD=4.11176;RBI=0.139905;REFB=-0.033601;REVB=0.0532613;RO=24;SAF=0;SAR=18;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.809174;STB=0.817719;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.163581;OID=.;OPOS=144997836;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:49:50:24:31:18:19:0.38:18:0:9:15:18:1:9:22 chr8 144997839 . GGC CGG,G 343.1 PASS AF=0.266667,0.711111;AO=7,16;DP=42;FAO=12,32;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=0,5;FSAR=12,27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0860763,0.231582;FXX=0.062487;HRUN=3,3;LEN=3,2;MLLD=96.1397,27.379;QD=30.4978;RBI=0.118808,0.24437;REFB=-0.102577,-0.118831;REVB=-0.0818912,0.0780145;RO=10;SAF=0,0;SAR=7,16;SRF=7;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.796581,-0.848521;STB=0.5,0.509085;STBP=1,0.646;TYPE=mnp,del;VARB=0.0736919,0.0706709;OID=.,.;OPOS=144997839,144997840;OREF=GGC,GC;OALT=CGG,-;OMAPALT=CGG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:42:45:10:1:7,16:12,32:0.266667,0.711111:7,16:0,0:7:3:12,27:0,5:0:1 chr8 145004546 . G A 2071.32 PASS AF=1;AO=215;DP=215;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0892486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.8;QD=38.3577;RBI=0.109079;REFB=0;REVB=0.0627124;RO=0;SAF=91;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75412e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214573;OID=.;OPOS=145004546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:98:215:216:0:0:215:216:1:124:91:0:0:125:91:0:0 chr8 145009104 . G A 24.05 PASS AF=0.156352;AO=48;DP=307;FAO=48;FDP=307;FR=.;FRO=259;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=122;FSRR=137;FWDB=0.0068431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.499;QD=0.313404;RBI=0.0189073;REFB=0.00032819;REVB=0.0176255;RO=259;SAF=26;SAR=22;SRF=122;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909352;STB=0.55938;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.00183738;OID=.;OPOS=145009104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:307:307:259:259:48:48:0.156352:22:26:122:137:22:26:122:137 chr9 6610326 . C T 713 PASS AF=0.4625;AO=185;DP=400;FAO=185;FDP=400;FR=.;FRO=215;FSAF=95;FSAR=90;FSRF=111;FSRR=104;FWDB=0.0276382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2598;QD=7.12996;RBI=0.0383159;REFB=-0.0114763;REVB=-0.0265375;RO=215;SAF=95;SAR=90;SRF=111;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00269824;STB=0.501488;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0138359;OID=.;OPOS=6610326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:400:400:215:215:185:185:0.4625:90:95:111:104:90:95:111:104 chr9 6645251 . C T 543.52 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127775;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=480.336;QD=38.142;RBI=0.0158486;REFB=0;REVB=0.00937625;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88594e-05;OID=.;OPOS=6645251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr9 32974372 . C T 3285.46 PASS AF=1;AO=335;DP=335;FAO=343;FDP=343;FR=.;FRO=0;FSAF=166;FSAR=177;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0026694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=391.916;QD=38.3144;RBI=0.0784948;REFB=0;REVB=0.0784494;RO=0;SAF=166;SAR=169;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03141e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89303e-05;OID=.;OPOS=32974372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:335:343:0:0:335:343:1:169:166:0:0:177:166:0:0 chr9 32986030 . TAAAAAAAAAAC TAAAAAAAAAC,TAAAAAAAAACA 1768.2 PASS AF=0.872521,0.127479;AO=155,83;DP=368;FAO=308,45;FDP=353;FR=.;FRO=0;FSAF=190,29;FSAR=118,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236134,-0.103899;FXX=0.0407598;HRUN=10,10;LEN=1,2;MLLD=8.9191,6.87871;QD=20.0363;RBI=0.0971521,0.104082;REFB=0,0;REVB=0.0942387,-0.00617655;RO=14;SAF=95,55;SAR=60,28;SRF=7;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0185995,0.0485291;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0227908,0.0360817;OID=.,.;OPOS=32986031,32986040;OREF=A,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=TAAAAAAAAAC,TAAAAAAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.872521,0.127479:155,83:368:308,45:353:0:190,29:118,16:0:0:22:14:95,55:60,28:7:7 chr9 34500821 . G A 363.32 PASS AF=0.447005;AO=97;DP=217;FAO=97;FDP=217;FR=.;FRO=120;FSAF=49;FSAR=48;FSRF=48;FSRR=72;FWDB=0.00900248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.174;QD=6.6972;RBI=0.0350503;REFB=-0.012161;REVB=0.0338744;RO=120;SAF=49;SAR=48;SRF=48;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104776;STB=0.558075;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0144326;OID=.;OPOS=34500821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:120:120:97:97:0.447005:48:49:48:72:48:49:48:72 chr9 35074917 . T C 187.09 PASS AF=0.327511;AO=75;DP=229;FAO=75;FDP=229;FR=.;FRO=154;FSAF=66;FSAR=9;FSRF=83;FSRR=71;FWDB=-0.00283701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.059;QD=3.2679;RBI=0.0307054;REFB=-0.00641063;REVB=-0.030574;RO=154;SAF=66;SAR=9;SRF=83;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505649;STB=0.797369;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00901452;OID=.;OPOS=35074917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:154:154:75:75:0.327511:9:66:83:71:9:66:83:71 chr9 36276857 . A G 978.5 PASS AF=0.535;AO=222;DP=421;FAO=214;FDP=400;FR=.;FRO=186;FSAF=97;FSAR=117;FSRF=88;FSRR=98;FWDB=-0.0270442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.594;QD=9.78496;RBI=0.0429254;REFB=-0.0127515;REVB=-0.0333347;RO=199;SAF=100;SAR=122;SRF=96;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279088;STB=0.509293;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.010882;OID=.;OPOS=36276857;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:421:400:199:186:222:214:0.535:122:100:96:103:117:97:88:98 chr9 71650752 . A G 471.97 PASS AF=1;AO=41;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.095854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7349;QD=38.5285;RBI=0.0976502;REFB=0;REVB=0.0186435;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133281;OID=.;OPOS=71650752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:49:49:0:0:41:49:1:20:21:0:0:28:21:0:0 chr9 71668197 . T C 682.47 PASS AF=0.498462;AO=162;DP=321;FAO=162;FDP=325;FR=.;FRO=163;FSAF=79;FSAR=83;FSRF=76;FSRR=87;FWDB=0.0077328;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=127.924;QD=8.39962;RBI=0.0388472;REFB=-3.1563e-05;REVB=-0.0380698;RO=159;SAF=79;SAR=83;SRF=75;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144491;STB=0.510742;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-5.41009e-05;OID=.;OPOS=71668197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:325:159:163:162:162:0.498462:83:79:75:84:83:79:76:87 chr9 71687440 . C T 22.82 PASS AF=0.188679;AO=20;DP=106;FAO=20;FDP=106;FR=.;FRO=86;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.000931625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=422.681;QD=0.861015;RBI=0.0126915;REFB=-0.001596;REVB=0.0126572;RO=86;SAF=9;SAR=11;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926251;STB=0.559263;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0066732;OID=.;OPOS=71687440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:106:106:86:86:20:20:0.188679:11:9:45:41:11:9:45:41 chr9 94485928 . C T 2109.36 PASS AF=0.982609;AO=226;DP=230;FAO=226;FDP=230;FR=.;FRO=4;FSAF=129;FSAR=97;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0120709;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.896;QD=36.6846;RBI=0.0583095;REFB=-0.106321;REVB=0.0570464;RO=0;SAF=129;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38713e-08;STB=0.505683;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.000103974;OID=.;OPOS=94485928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:69:230:230:0:4:226:226:0.982609:97:129:0:0:97:129:1:3 chr9 94486321 . C T 689.99 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7656;QD=37.8075;RBI=0.0552649;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=73;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435848;OID=.;OPOS=94486321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:73:73:0:0:73:73:1:0:73:0:0:0:73:0:0 chr9 94486688 . G A 3853.69 PASS AF=1;AO=489;DP=489;FAO=400;FDP=400;FR=.;FRO=0;FSAF=205;FSAR=195;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.707;QD=38.5369;RBI=0.0786528;REFB=0;REVB=0.0651425;RO=0;SAF=250;SAR=239;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.70546e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.29721e-05;OID=.;OPOS=94486688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:489:400:0:0:489:400:1:239:250:0:0:195:205:0:0 chr9 94495608 . T C 624.02 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00640711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2679;QD=37.8195;RBI=0.056529;REFB=0;REVB=0.0561647;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112188;OID=.;OPOS=94495608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:64:66:0:0:64:66:1:37:27:0:0:39:27:0:0 chr9 94518328 . C T 491.43 PASS AF=0.489627;AO=118;DP=243;FAO=118;FDP=241;FR=.;FRO=123;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=57;FSRR=66;FWDB=0.0654193;FXX=0.0122946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2123;QD=8.15658;RBI=0.0785295;REFB=-0.0306226;REVB=-0.0434418;RO=119;SAF=61;SAR=57;SRF=57;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347033;STB=0.527299;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0323064;OID=.;OPOS=94518328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:241:119:123:118:118:0.489627:57:61:57:62:57:61:57:66 chr9 98209594 . G A 411.25 PASS AF=0.539877;AO=88;DP=163;FAO=88;FDP=163;FR=.;FRO=75;FSAF=88;FSAR=0;FSRF=75;FSRR=0;FWDB=0.00505965;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=385.119;QD=10.0921;RBI=0.00505965;REFB=-0.0106696;REVB=0;RO=74;SAF=88;SAR=0;SRF=74;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00834863;OID=.;OPOS=98209594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:74:75:88:88:0.539877:0:88:74:0:0:88:75:0 chr9 98211572 . T A 378.14 PASS AF=0.562044;AO=77;DP=137;FAO=77;FDP=137;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0212324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.851;QD=11.0406;RBI=0.0296098;REFB=-0.0230626;REVB=0.020638;RO=59;SAF=37;SAR=40;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357154;STB=0.515831;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0167236;OID=.;OPOS=98211572;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:59:60:77:77:0.562044:40:37:31:28:40:37:31:29 chr9 98221861 . T C 394.74 PASS AF=0.484694;AO=78;DP=179;FAO=95;FDP=196;FR=.;FRO=101;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=43;FSRR=58;FWDB=0.0341116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.212;QD=8.0559;RBI=0.0342215;REFB=-0.014024;REVB=-0.00274123;RO=101;SAF=26;SAR=52;SRF=43;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101008;STB=0.502476;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0146803;OID=.;OPOS=98221861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:196:101:101:78:95:0.484694:52:26:43:58:55:40:43:58 chr9 98229389 . C G 581.2 PASS AF=0.491228;AO=140;DP=285;FAO=140;FDP=285;FR=.;FRO=145;FSAF=86;FSAR=54;FSRF=96;FSRR=49;FWDB=-0.00317488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7057;QD=8.15722;RBI=0.0726489;REFB=0.0293004;REVB=-0.0725795;RO=145;SAF=86;SAR=54;SRF=96;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473212;STB=0.525952;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.0309551;OID=.;OPOS=98229389;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:285:145:145:140:140:0.491228:54:86:96:49:54:86:96:49 chr9 98239147 . A G 481.16 PASS AF=0.435065;AO=134;DP=308;FAO=134;FDP=308;FR=.;FRO=174;FSAF=56;FSAR=78;FSRF=84;FSRR=90;FWDB=0.0840745;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=67.7469;QD=6.24878;RBI=0.0846196;REFB=-0.0203741;REVB=-0.0095901;RO=174;SAF=56;SAR=78;SRF=84;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669273;STB=0.537184;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0279248;OID=.;OPOS=98239147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:308:174:174:134:134:0.435065:78:56:84:90:78:56:84:90 chr9 101908915 . G A 247.3 PASS AF=0.487395;AO=58;DP=120;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=45;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.038772;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.056;QD=8.31254;RBI=0.0389052;REFB=0.00156428;REVB=-0.00321733;RO=62;SAF=13;SAR=45;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284589;STB=0.653695;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00125009;OID=.;OPOS=101908915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:62:61:58:58:0.487395:45:13:30:32:45:13:29:32 chr9 111670707 . T C 3381.12 PASS AF=1;AO=354;DP=355;FAO=354;FDP=354;FR=.;FRO=0;FSAF=179;FSAR=175;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269045;FXX=0.00561782;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.005;QD=38.2047;RBI=0.0323406;REFB=-0.0212116;REVB=0.0179461;RO=1;SAF=179;SAR=175;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00265816;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40268e-05;OID=.;OPOS=111670707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:355:354:1:0:354:354:1:175:179:1:0:175:179:0:0 chr9 130578404 . A G 122 PASS AF=0.432432;AO=31;DP=73;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=1;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=37;FWDB=-0.0154707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.981;QD=6.59462;RBI=0.0225443;REFB=-0.0236378;REVB=-0.0163983;RO=42;SAF=1;SAR=30;SRF=5;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386421;STB=0.732081;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0245743;OID=.;OPOS=130578404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:42:42:31:32:0.432432:30:1:5:37:31:1:5:37 chr9 137619195 . C T 1888.28 PASS AF=1;AO=198;DP=199;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154323;FXX=0.00502487;HRUN=2;LEN=1;MLLD=450.815;QD=38.147;RBI=0.0314088;REFB=-0.0616214;REVB=0.0273561;RO=1;SAF=97;SAR=101;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00469235;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18005e-05;OID=.;OPOS=137619195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:81:199:198:1:0:198:198:1:101:97:0:1:101:97:0:0 chr9 137620474 . C T 1065.31 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410771;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.148;QD=38.0466;RBI=0.103721;REFB=0;REVB=0.09524;RO=0;SAF=54;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000812311;OID=.;OPOS=137620474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:51:113:112:0:0:112:112:1:58:54:0:0:58:54:0:0 chr9 137623555 . T C 979.82 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=102;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151259;FXX=0.0555504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6443;QD=38.4244;RBI=0.0151259;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=102;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.30708e-05;OID=.;OPOS=137623555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:46:103:102:0:0:102:102:1:0:102:0:0:0:102:0:0 chr9 137623601 . C G 1758.34 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.123198;FXX=0.00540511;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9215;QD=38.2249;RBI=0.141198;REFB=0;REVB=-0.0689872;RO=0;SAF=103;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.13156e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000661168;OID=.;OPOS=137623601;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:83:183:184:0:0:183:184:1:80:103:0:0:81:103:0:0 chr9 137650033 . G A 303.02 PASS AF=0.528;AO=65;DP=125;FAO=66;FDP=125;FR=.;FRO=59;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.0782528;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.7191;QD=9.6967;RBI=0.093813;REFB=0.00588445;REVB=0.0517435;RO=59;SAF=38;SAR=27;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00768093;STB=0.508455;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.00394878;OID=.;OPOS=137650033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:59:59:65:66:0.528:27:38:35:24:28:38:35:24 chr9 137653750 . G A 271.08 PASS AF=0.465753;AO=68;DP=147;FAO=68;FDP=146;FR=.;FRO=78;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=0.00801365;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.156;QD=7.42695;RBI=0.00825496;REFB=-0.023907;REVB=0.00198138;RO=78;SAF=40;SAR=28;SRF=46;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00149962;STB=0.500832;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0278893;OID=.;OPOS=137653750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:78:78:68:68:0.465753:28:40:46:32:28:40:46:32 chr9 137659005 . A T 121.4 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0212654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.85;QD=6.1466;RBI=0.0239505;REFB=-0.0121107;REVB=-0.0110188;RO=46;SAF=14;SAR=19;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100714;STB=0.557064;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0153277;OID=.;OPOS=137659005;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:19:14:24:22:19:14:24:22 chr9 137660194 . G T 270.53 PASS AF=0.47482;AO=66;DP=139;FAO=66;FDP=139;FR=.;FRO=73;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=46;FSRR=27;FWDB=-0.000413664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.527;QD=7.78501;RBI=0.00895974;REFB=-0.00981806;REVB=0.00895018;RO=73;SAF=38;SAR=28;SRF=46;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532929;STB=0.529482;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0107958;OID=.;OPOS=137660194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:73:73:66:66:0.47482:28:38:46:27:28:38:46:27 chr9 137672012 . C T 188.83 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=0.00726641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.566;QD=7.70733;RBI=0.0156877;REFB=-0.00521517;REVB=0.0139034;RO=52;SAF=18;SAR=28;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247141;STB=0.637419;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00891857;OID=.;OPOS=137672012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:52:46:46:0.469388:28:18:34:18:28:18:34:18 chr9 137677921 . C T 242.06 PASS AF=0.5;AO=55;DP=110;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=0.0165537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.907;QD=8.80225;RBI=0.0170642;REFB=-0.025368;REVB=-0.00414292;RO=55;SAF=26;SAR=29;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133377;STB=0.573503;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0251664;OID=.;OPOS=137677921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:55:55:55:0.5:29:26:18:37:29:26:18:37 chr9 137681100 . C T 188.81 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0366233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9565;QD=10.4897;RBI=0.0382328;REFB=0.00341478;REVB=-0.0109766;RO=33;SAF=24;SAR=15;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208919;STB=0.615325;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00366071;OID=.;OPOS=137681100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:15:24:12:21:15:24:12:21 chr9 137686906 . C T 2095.86 PASS AF=1;AO=218;DP=218;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00337664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=388.145;QD=38.4562;RBI=0.0249;REFB=0;REVB=0.02467;RO=0;SAF=113;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.16688e-06;OID=.;OPOS=137686906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:218:218:0:0:218:218:1:105:113:0:0:105:113:0:0 chr9 137687038 . A G 703.81 PASS AF=1;AO=47;DP=71;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0704332;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.2023;QD=38.0436;RBI=0.227355;REFB=0;REVB=0.21617;RO=0;SAF=38;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012494;OID=.;OPOS=137687038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:71:74:0:0:47:74:1:9:38:0:0:32:42:0:0 chr9 137688624 . A G 345.18 PASS AF=0.559055;AO=62;DP=117;FAO=71;FDP=127;FR=.;FRO=56;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0462848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.34;QD=10.8717;RBI=0.0506497;REFB=-0.0303121;REVB=-0.0205698;RO=55;SAF=30;SAR=32;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00954758;STB=0.529718;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0248995;OID=.;OPOS=137688624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:127:55:56:62:71:0.559055:32:30:26:29:32:39:27:29 chr9 137688657 . A G 334.97 PASS AF=0.556452;AO=69;DP=124;FAO=69;FDP=124;FR=.;FRO=55;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0113141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6102;QD=10.8055;RBI=0.0137576;REFB=-0.0104278;REVB=0.00782714;RO=55;SAF=37;SAR=32;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368503;STB=0.520144;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00718427;OID=.;OPOS=137688657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:55:55:69:69:0.556452:32:37:27:28:32:37:27:28 chr9 137688780 . GCCTGTCCCCTCCAAAACCCA G 636.62 PASS AF=1;AO=67;DP=71;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00842729;FXX=0.0563301;HRUN=2;LEN=20;MLLD=801.229;QD=38.007;RBI=0.00900727;REFB=0;REVB=0.00317989;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.68776e-06;OID=.;OPOS=137688781;OREF=CCTGTCCCCTCCAAAACCCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:67:71:67:67:0:31:36:0:0:30:0:31:36:0:0 chr9 137688863 . G A 184.56 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0288354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.723;QD=9.5874;RBI=0.0368568;REFB=-0.0285344;REVB=0.0229551;RO=37;SAF=19;SAR=21;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607824;STB=0.533621;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.022015;OID=.;OPOS=137688863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:21:19:15:22:21:19:15:22 chr9 137702065 . A C 747.16 PASS AF=0.569288;AO=152;DP=267;FAO=152;FDP=267;FR=.;FRO=115;FSAF=76;FSAR=76;FSRF=63;FSRR=52;FWDB=-0.0157504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1895;QD=11.1933;RBI=0.0459085;REFB=0.0474569;REVB=-0.0431221;RO=115;SAF=76;SAR=76;SRF=63;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379675;STB=0.520597;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.0385346;OID=.;OPOS=137702065;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:115:115:152:152:0.569288:76:76:63:52:76:76:63:52 chr9 137702197 . G A 697.29 PASS AF=0.537367;AO=151;DP=281;FAO=151;FDP=281;FR=.;FRO=130;FSAF=74;FSAR=77;FSRF=62;FSRR=68;FWDB=0.0182895;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=327.864;QD=9.9258;RBI=0.0266012;REFB=0.0240482;REVB=0.0193162;RO=130;SAF=74;SAR=77;SRF=62;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011164;STB=0.506083;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.00398373;OID=.;OPOS=137702197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:281:130:130:151:151:0.537367:77:74:62:68:77:74:62:68 chr9 137702200 . G C 441.08 PASS AF=0.435714;AO=122;DP=281;FAO=122;FDP=280;FR=.;FRO=158;FSAF=61;FSAR=61;FSRF=75;FSRR=83;FWDB=0.00502791;FXX=0.00355859;HRUN=6;LEN=1;MLLD=292.343;QD=6.30114;RBI=0.00652865;REFB=-8.36373e-06;REVB=-0.00416454;RO=155;SAF=61;SAR=61;SRF=75;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162632;STB=0.514283;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=2.23542e-06;OID=.;OPOS=137702200;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:280:155:158:122:122:0.435714:61:61:75:80:61:61:75:83 chr9 137702209 . G A 2665.31 PASS AF=1;AO=280;DP=281;FAO=280;FDP=280;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00174967;FXX=0.00355859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.234;QD=38.0759;RBI=0.0524093;REFB=-0.0415966;REVB=0.0523801;RO=1;SAF=135;SAR=145;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00351921;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225991;OID=.;OPOS=137702209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:281:280:1:0:280:280:1:145:135:1:0:145:135:0:0 chr9 137702226 . T A 690.12 PASS AF=0.539855;AO=149;DP=277;FAO=149;FDP=276;FR=.;FRO=127;FSAF=70;FSAR=79;FSRF=62;FSRR=65;FWDB=0.0339469;FXX=0.00360998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.196;QD=10.0017;RBI=0.0339612;REFB=-0.0304877;REVB=-0.000987727;RO=127;SAF=70;SAR=79;SRF=62;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155711;STB=0.508483;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0256033;OID=.;OPOS=137702226;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:276:127:127:149:149:0.539855:79:70:62:65:79:70:62:65 chr9 137708803 . A G 760.79 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0687669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.176;QD=36.6648;RBI=0.0752549;REFB=-0.0724519;REVB=0.0305682;RO=0;SAF=52;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508195;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000408306;OID=.;OPOS=137708803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:83:83:0:1:82:82:0.987952:30:52:0:0:30:52:0:1 chr9 137710961 . G A 84.72 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.111582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.885;QD=11.6852;RBI=0.111648;REFB=0.00405448;REVB=-0.00384104;RO=13;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152971;STB=0.586102;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00372759;OID=.;OPOS=137710961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:29:29:13:13:16:16:0.551724:8:8:4:9:8:8:4:9 chr9 137711997 . G A,C 3683.77 PASS AF=0.475,0.5225;AO=233,253;DP=487;FAO=190,209;FDP=400;FR=.;FRO=1;FSAF=93,111;FSAR=97,98;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0193181,0.0408909;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=103.531,41.3532;QD=36.8377;RBI=0.0617191,0.123879;REFB=-0.136487,0.0300721;REVB=-0.0586179,-0.116935;RO=0;SAF=114,133;SAR=119,120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.12516e-08,-5.31684e-08;STB=0.502564,0.502538;STBP=0.525,0.297;TYPE=snp,snp;VARB=0.00517229,0.0125306;OID=.,.;OPOS=137711997,137711997;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:487:400:0:1:233,253:190,209:0.475,0.5225:119,120:114,133:0:0:97,98:93,111:0:1 chr9 137714027 . T C 736.1 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00662189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.069;QD=38.239;RBI=0.0395364;REFB=0;REVB=0.0389779;RO=0;SAF=48;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.97137e-05;OID=.;OPOS=137714027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:35:74:77:0:0:74:77:1:26:48:0:0:29:48:0:0 chr9 137717610 . T C 953.37 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.166502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.63;QD=38.52;RBI=0.166701;REFB=0;REVB=0.00814941;RO=0;SAF=23;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295481;OID=.;OPOS=137717610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:45:86:99:0:0:86:99:1:63:23:0:0:63:36:0:0 chr10 18789724 . T G 652.83 PASS AF=0.529412;AO=144;DP=272;FAO=144;FDP=272;FR=.;FRO=128;FSAF=78;FSAR=66;FSRF=74;FSRR=54;FWDB=-0.0074822;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.19;QD=9.60042;RBI=0.020897;REFB=0.0110728;REVB=0.0195116;RO=128;SAF=78;SAR=66;SRF=74;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317576;STB=0.517324;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.0101507;OID=.;OPOS=18789724;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:128:128:144:144:0.529412:66:78:74:54:66:78:74:54 chr10 18803338 . A G 809.43 PASS AF=0.49;AO=205;DP=421;FAO=196;FDP=400;FR=.;FRO=204;FSAF=100;FSAR=96;FSRF=104;FSRR=100;FWDB=-0.0177581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.7574;QD=8.09429;RBI=0.0434638;REFB=0.0165877;REVB=-0.0396705;RO=216;SAF=106;SAR=99;SRF=108;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159735;STB=0.500204;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=-0.0166698;OID=.;OPOS=18803338;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:421:400:216:204:205:196:0.49:99:106:108:108:96:100:104:100 chr10 18828663 . G T 206.88 PASS AF=0.480392;AO=48;DP=101;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=41;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=0.00570946;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1501;QD=8.11299;RBI=0.00907913;REFB=-0.0121451;REVB=0.00705922;RO=51;SAF=41;SAR=7;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223691;STB=0.624562;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00386097;OID=.;OPOS=18828663;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:51:53:48:49:0.480392:7:41:36:15:8:41:36:17 chr10 43606687 . A G 3523.45 PASS AF=1;AO=367;DP=369;FAO=366;FDP=366;FR=.;FRO=0;FSAF=179;FSAR=187;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00534231;FXX=0.00812986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.939;QD=38.5076;RBI=0.028326;REFB=0;REVB=0.0278177;RO=0;SAF=179;SAR=188;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.05726e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.6686e-06;OID=.;OPOS=43606687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:369:366:0:0:367:366:1:188:179:0:0:187:179:0:0 chr10 50822192 . G C 356.77 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00816121;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=73.2391;QD=33.1882;RBI=0.0105925;REFB=-0.0421557;REVB=0.00675248;RO=2;SAF=40;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228917;STB=0.512189;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00181605;OID=.;OPOS=50822192;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:43:43:2:2:41:41:0.953488:1:40:2:0:1:40:2:0 chr10 50822226 . T G 392.42 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.789;QD=37.3735;RBI=0.0301774;REFB=0;REVB=0.0167965;RO=0;SAF=41;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87275e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.50527e-06;OID=.;OPOS=50822226;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:42:42:0:0:42:42:1:1:41:0:0:1:41:0:0 chr10 50824117 . G A 202.63 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0187014;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.249;QD=10.3912;RBI=0.050735;REFB=-0.019301;REVB=0.0471624;RO=37;SAF=21;SAR=21;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114584;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.015627;OID=.;OPOS=50824117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:37:36:42:42:0.538462:21:21:18:19:21:21:18:18 chr10 50824619 . G A 664.05 PASS AF=0.487879;AO=161;DP=330;FAO=161;FDP=330;FR=.;FRO=169;FSAF=80;FSAR=81;FSRF=89;FSRR=80;FWDB=-0.0208359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0004;QD=8.04911;RBI=0.0242847;REFB=-0.000917397;REVB=0.0124745;RO=169;SAF=80;SAR=81;SRF=89;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277263;STB=0.515223;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.000911906;OID=.;OPOS=50824619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:330:169:169:161:161:0.487879:81:80:89:80:81:80:89:80 chr10 50828506 . G A 1965.04 PASS AF=0.972727;AO=214;DP=220;FAO=214;FDP=220;FR=.;FRO=6;FSAF=199;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0043796;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=315.19;QD=35.728;RBI=0.00625458;REFB=-0.0494232;REVB=0.0044653;RO=6;SAF=199;SAR=15;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157623;STB=0.583324;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000113196;OID=.;OPOS=50828506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:52:220:220:6:6:214:214:0.972727:15:199:0:6:15:199:0:6 chr10 50856652 . G A 2989.82 PASS AF=1;AO=312;DP=313;FAO=312;FDP=312;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=185;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00827998;FXX=0.00319479;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.821;QD=38.331;RBI=0.0152051;REFB=0;REVB=0.0127529;RO=0;SAF=127;SAR=185;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.23563e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46058e-05;OID=.;OPOS=50856652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:313:312:0:0:312:312:1:185:127:0:0:185:127:0:0 chr10 50863147 . T C 2308.2 PASS AF=1;AO=239;DP=240;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.123;QD=38.3103;RBI=0.0841151;REFB=0;REVB=-0.0816105;RO=0;SAF=124;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166858;OID=.;OPOS=50863147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:240:241:0:0:239:241:1:115:124:0:0:116:125:0:0 chr10 55566406 . T G 1240.67 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.266;QD=38.4705;RBI=0.0338821;REFB=0;REVB=0.0233256;RO=0;SAF=61;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.10063e-05;OID=.;OPOS=55566406;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:58:127:129:0:0:127:129:1:66:61:0:0:66:63:0:0 chr10 55591313 . G A 1325.81 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.817;QD=38.4293;RBI=0.0419445;REFB=0;REVB=0.0144498;RO=0;SAF=17;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.11861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112394;OID=.;OPOS=55591313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:62:138:138:0:0:138:138:1:121:17:0:0:121:17:0:0 chr10 55626625 . G A 625.53 PASS AF=0.498316;AO=147;DP=297;FAO=148;FDP=297;FR=.;FRO=149;FSAF=71;FSAR=77;FSRF=64;FSRR=85;FWDB=-0.0123204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7186;QD=8.42465;RBI=0.0778426;REFB=0.0221059;REVB=0.0768614;RO=149;SAF=71;SAR=76;SRF=64;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492275;STB=0.525274;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.0208933;OID=.;OPOS=55626625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:297:149:149:147:148:0.498316:76:71:64:85:77:71:64:85 chr10 55892600 . T TAC 95.97 PASS AF=0.254386;AO=58;DP=283;FAO=58;FDP=228;FR=.;FRO=170;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=102;FSRR=68;FWDB=-0.0247991;FXX=0.146062;HRUN=1;LEN=2;MLLD=137.583;QD=1.68366;RBI=0.0280638;REFB=-0.0536777;REVB=0.013137;RO=189;SAF=19;SAR=39;SRF=110;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318454;STB=0.698837;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.111154;OID=.;OPOS=55892601;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.254386:58:283:58:228:170:19:39:102:68:95:189:19:39:110:79 chr10 55943184 . T C 620.54 PASS AF=0.465116;AO=160;DP=345;FAO=160;FDP=344;FR=.;FRO=184;FSAF=89;FSAR=71;FSRF=108;FSRR=76;FWDB=-0.0258948;FXX=0.00289847;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.298;QD=7.21555;RBI=0.0330014;REFB=-0.0140581;REVB=-0.0204586;RO=184;SAF=89;SAR=71;SRF=108;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302939;STB=0.516695;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0164561;OID=.;OPOS=55943184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:344:184:184:160:160:0.465116:71:89:108:76:71:89:108:76 chr10 55949151 . G A 682.1 PASS AF=0.482759;AO=168;DP=348;FAO=168;FDP=348;FR=.;FRO=180;FSAF=78;FSAR=90;FSRF=93;FSRR=87;FWDB=0.00258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.574;QD=7.84027;RBI=0.0319135;REFB=-0.00604495;REVB=-0.0318091;RO=179;SAF=78;SAR=90;SRF=93;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051943;STB=0.527124;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00720465;OID=.;OPOS=55949151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:348:348:179:180:168:168:0.482759:90:78:93:86:90:78:93:87 chr10 55955444 . T G 677.21 PASS AF=0.506452;AO=157;DP=310;FAO=157;FDP=310;FR=.;FRO=153;FSAF=68;FSAR=89;FSRF=86;FSRR=67;FWDB=-0.000281346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.406;QD=8.73821;RBI=0.0071079;REFB=-0.0248719;REVB=-0.00710233;RO=153;SAF=68;SAR=89;SRF=86;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116355;STB=0.5637;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0245937;OID=.;OPOS=55955444;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:310:153:153:157:157:0.506452:89:68:86:67:89:68:86:67 chr10 56076975 . A C 3853.67 PASS AF=1;AO=454;DP=455;FAO=400;FDP=400;FR=.;FRO=0;FSAF=213;FSAR=187;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.708;QD=38.5367;RBI=0.0594586;REFB=0;REVB=0.0565979;RO=0;SAF=243;SAR=211;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38646e-05;OID=.;OPOS=56076975;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:455:400:0:0:454:400:1:211:243:0:0:187:213:0:0 chr10 56077209 . G A 3083.62 PASS AF=1;AO=320;DP=320;FAO=320;FDP=320;FR=.;FRO=0;FSAF=165;FSAR=155;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00413159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=405.347;QD=38.5452;RBI=0.0142288;REFB=0;REVB=0.0136158;RO=0;SAF=165;SAR=155;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32419e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05456e-06;OID=.;OPOS=56077209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:320:320:0:0:320:320:1:155:165:0:0:155:165:0:0 chr10 56089263 . G A 773.4 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0287;QD=38.6697;RBI=0.0331548;REFB=0;REVB=0.0312664;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341097;OID=.;OPOS=56089263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:36:80:80:0:0:80:80:1:37:43:0:0:37:43:0:0 chr10 56423968 . A C 322.48 PASS AF=0.470588;AO=80;DP=171;FAO=80;FDP=170;FR=.;FRO=90;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=-0.00225329;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.288;QD=7.5878;RBI=0.0047575;REFB=-0.0045103;REVB=-0.00419004;RO=90;SAF=36;SAR=44;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267569;STB=0.514807;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00516479;OID=.;OPOS=56423968;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:90:90:80:80:0.470588:44:36:43:47:44:36:43:47 chr10 73199588 . C T 829.16 PASS AF=0.496241;AO=198;DP=399;FAO=198;FDP=399;FR=.;FRO=201;FSAF=103;FSAR=95;FSRF=92;FSRR=109;FWDB=0.00514964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=381.23;QD=8.31239;RBI=0.0137846;REFB=-0.0118019;REVB=0.0127865;RO=198;SAF=103;SAR=95;SRF=89;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645019;STB=0.531448;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0119879;OID=.;OPOS=73199588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:399:399:198:201:198:198:0.496241:95:103:89:109:95:103:92:109 chr10 73199595 . C T 821.81 PASS AF=0.494975;AO=197;DP=398;FAO=197;FDP=398;FR=.;FRO=201;FSAF=102;FSAR=95;FSRF=92;FSRR=109;FWDB=0.00973349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1222;QD=8.25936;RBI=0.013456;REFB=-0.0338375;REVB=0.009291;RO=201;SAF=102;SAR=95;SRF=92;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553031;STB=0.530299;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0346588;OID=.;OPOS=73199595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:398:398:201:201:197:197:0.494975:95:102:92:109:95:102:92:109 chr10 73270906 . T C 315.19 PASS AF=0.457627;AO=81;DP=179;FAO=81;FDP=177;FR=.;FRO=96;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=0.00238255;FXX=0.0111726;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.967;QD=7.12287;RBI=0.0244829;REFB=-0.00211818;REVB=-0.0243667;RO=95;SAF=39;SAR=42;SRF=44;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178787;STB=0.512581;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00235271;OID=.;OPOS=73270906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:177:95:96:81:81:0.457627:42:39:44:51:42:39:44:52 chr10 73270982 . G A 320.9 PASS AF=0.456044;AO=83;DP=182;FAO=83;FDP=182;FR=.;FRO=99;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=0.0423668;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.077;QD=7.0528;RBI=0.0463228;REFB=-0.00781839;REVB=-0.0187312;RO=99;SAF=39;SAR=44;SRF=46;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00515176;STB=0.502857;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0284762;OID=.;OPOS=73270982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:99:99:83:83:0.456044:44:39:46:53:44:39:46:53 chr10 73270995 . A G 315.51 PASS AF=0.453039;AO=82;DP=181;FAO=82;FDP=181;FR=.;FRO=99;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=-0.00575879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=352.885;QD=6.97263;RBI=0.00708348;REFB=0.00331416;REVB=-0.00412456;RO=99;SAF=38;SAR=44;SRF=46;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00122005;STB=0.500677;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=-0.00460294;OID=.;OPOS=73270995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:99:99:82:82:0.453039:44:38:46:53:44:38:46:53 chr10 73326757 . C T 627.16 PASS AF=0.604061;AO=119;DP=197;FAO=119;FDP=197;FR=.;FRO=78;FSAF=41;FSAR=78;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=0.011086;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.34;QD=12.7342;RBI=0.0112898;REFB=-0.0245688;REVB=-0.00213532;RO=75;SAF=41;SAR=78;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432366;STB=0.522852;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0157883;OID=.;OPOS=73326757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:75:78:119:119:0.604061:78:41:30:45:78:41:31:47 chr10 73406504 . T C 290.01 PASS AF=0.482759;AO=70;DP=145;FAO=70;FDP=145;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.00258297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.602;QD=8.00038;RBI=0.00434454;REFB=0.00379193;REVB=0.00349332;RO=75;SAF=26;SAR=44;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142563;STB=0.578924;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00482324;OID=.;OPOS=73406504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:75:75:70:70:0.482759:44:26:39:36:44:26:39:36 chr10 73434906 . G A 213.64 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0248782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.45;QD=8.63202;RBI=0.0334882;REFB=0.0110493;REVB=-0.0224172;RO=50;SAF=22;SAR=27;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101361;STB=0.505616;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.0111812;OID=.;OPOS=73434906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:50:49:49:0.494949:27:22:23:27:27:22:23:27 chr10 73455201 . T C 316.24 PASS AF=0.567568;AO=63;DP=111;FAO=63;FDP=111;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0264254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.92;QD=11.3959;RBI=0.0312089;REFB=-0.00215479;REVB=-0.016604;RO=48;SAF=27;SAR=36;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073637;STB=0.540247;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00127578;OID=.;OPOS=73455201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:48:48:63:63:0.567568:36:27:25:23:36:27:25:23 chr10 73455273 . T C 765.37 PASS AF=0.564748;AO=157;DP=278;FAO=157;FDP=278;FR=.;FRO=121;FSAF=76;FSAR=81;FSRF=69;FSRR=52;FWDB=-0.0110304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.36;QD=11.0125;RBI=0.0230179;REFB=-0.0168825;REVB=-0.0202028;RO=121;SAF=76;SAR=81;SRF=69;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690132;STB=0.53745;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0142038;OID=.;OPOS=73455273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:278:121:121:157:157:0.564748:81:76:69:52:81:76:69:52 chr10 73455308 . T C 744.11 PASS AF=0.555556;AO=155;DP=280;FAO=155;FDP=279;FR=.;FRO=124;FSAF=75;FSAR=80;FSRF=69;FSRR=55;FWDB=0.0227732;FXX=0.0035713;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.597;QD=10.6682;RBI=0.023116;REFB=-0.0293307;REVB=0.00396619;RO=123;SAF=75;SAR=80;SRF=68;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561149;STB=0.53222;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0113188;OID=.;OPOS=73455308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:279:123:124:155:155:0.555556:80:75:68:55:80:75:69:55 chr10 73466709 . T C 256.77 PASS AF=0.508772;AO=58;DP=115;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.00786061;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.218;QD=9.00956;RBI=0.0219628;REFB=-0.0219438;REVB=-0.0205079;RO=56;SAF=30;SAR=28;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062991;STB=0.534731;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.023784;OID=.;OPOS=73466709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:56:56:58:58:0.508772:28:30:25:31:28:30:25:31 chr10 73483756 . T C 619.54 PASS AF=0.5;AO=145;DP=291;FAO=146;FDP=292;FR=.;FRO=146;FSAF=68;FSAR=78;FSRF=79;FSRR=67;FWDB=0.00112501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.869;QD=8.48685;RBI=0.0142368;REFB=-0.001715;REVB=-0.0141923;RO=146;SAF=67;SAR=78;SRF=79;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072277;STB=0.537648;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00157823;OID=.;OPOS=73483756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:292:146:146:145:146:0.5:78:67:79:67:78:68:79:67 chr10 73484996 . T C 382.16 PASS AF=0.491892;AO=91;DP=185;FAO=91;FDP=185;FR=.;FRO=94;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=0.0135293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.153;QD=8.26294;RBI=0.0344207;REFB=-0.00230047;REVB=-0.0316503;RO=94;SAF=43;SAR=48;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044991;STB=0.524772;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0023861;OID=.;OPOS=73484996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:94:94:91:91:0.491892:48:43:49:45:48:43:49:45 chr10 73492079 . A G 440.29 PASS AF=0.413249;AO=131;DP=315;FAO=131;FDP=317;FR=.;FRO=186;FSAF=69;FSAR=62;FSRF=99;FSRR=87;FWDB=-0.00276799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.7174;QD=5.55569;RBI=0.04151;REFB=0.00200098;REVB=-0.0414177;RO=184;SAF=69;SAR=62;SRF=99;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119043;STB=0.503261;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.00309205;OID=.;OPOS=73492079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:317:184:186:131:131:0.413249:62:69:99:85:62:69:99:87 chr10 73498355 . G A 452.93 PASS AF=0.490909;AO=108;DP=220;FAO=108;FDP=220;FR=.;FRO=112;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=53;FSRR=59;FWDB=0.0593922;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0031;QD=8.235;RBI=0.0595985;REFB=-0.00213427;REVB=-0.0049539;RO=112;SAF=53;SAR=55;SRF=53;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016232;STB=0.508927;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00219619;OID=.;OPOS=73498355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:112:112:108:108:0.490909:55:53:53:59:55:53:53:59 chr10 73501556 . G A 491.96 PASS AF=0.572254;AO=99;DP=173;FAO=99;FDP=173;FR=.;FRO=74;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.0126343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1826;QD=11.3747;RBI=0.0472625;REFB=-0.0318901;REVB=0.0455425;RO=74;SAF=50;SAR=49;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385693;STB=0.520968;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.024278;OID=.;OPOS=73501556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:74:74:99:99:0.572254:49:50:41:33:49:50:41:33 chr10 73537388 . T C 29.49 PASS AF=0.5;AO=4;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0227884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.607;QD=11.7975;RBI=0.0324073;REFB=-0.0074407;REVB=-0.0230418;RO=5;SAF=1;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15474;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0117332;OID=.;OPOS=73537388;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:10:10:5:5:4:5:0.5:3:1:2:3:3:2:2:3 chr10 73537614 . G A 178.78 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=99;FAO=45;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0335063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6486;QD=7.22337;RBI=0.0337182;REFB=-0.0335136;REVB=0.00377395;RO=54;SAF=26;SAR=19;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946506;STB=0.552917;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0410795;OID=.;OPOS=73537614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:54:45:45:0.454545:19:26:26:28:19:26:26:28 chr10 73544086 . G A 331.66 PASS AF=0.484848;AO=80;DP=165;FAO=80;FDP=165;FR=.;FRO=85;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=40;FSRR=45;FWDB=-0.00753828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.983;QD=8.04026;RBI=0.0317886;REFB=0.00751846;REVB=0.0308819;RO=85;SAF=35;SAR=45;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312261;STB=0.517237;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00826492;OID=.;OPOS=73544086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:85:85:80:80:0.484848:45:35:40:45:45:35:40:45 chr10 73550117 . C G 518.38 PASS AF=0.522727;AO=115;DP=220;FAO=115;FDP=220;FR=.;FRO=105;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=44;FSRR=61;FWDB=0.00414999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.585;QD=9.42514;RBI=0.00473623;REFB=-0.0169812;REVB=0.00228242;RO=105;SAF=53;SAR=62;SRF=44;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368437;STB=0.520143;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0164274;OID=.;OPOS=73550117;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:105:105:115:115:0.522727:62:53:44:61:62:53:44:61 chr10 73550969 . G A 845.79 PASS AF=0.5;AO=207;DP=414;FAO=200;FDP=400;FR=.;FRO=200;FSAF=102;FSAR=98;FSRF=106;FSRR=94;FWDB=0.013634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8012;QD=8.45794;RBI=0.0686778;REFB=0.00326242;REVB=0.0673109;RO=207;SAF=106;SAR=101;SRF=108;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00883198;STB=0.510007;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.00301808;OID=.;OPOS=73550969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:414:400:207:200:207:200:0.5:101:106:108:99:98:102:106:94 chr10 73553517 . TC CT 439.19 PASS AF=0.705882;AO=70;DP=102;FAO=72;FDP=102;FR=.;FRO=30;FSAF=0;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=30;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=34.7363;QD=17.2233;RBI=0.19562;REFB=-0.180188;REVB=0.19562;RO=31;SAF=0;SAR=70;SRF=0;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0640912;OID=.;OPOS=73553517;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:102:102:31:30:70:72:0.705882:70:0:0:31:72:0:0:30 chr10 73558030 . G A 836.4 PASS AF=0.528409;AO=186;DP=353;FAO=186;FDP=352;FR=.;FRO=166;FSAF=111;FSAR=75;FSRF=92;FSRR=74;FWDB=-0.108347;FXX=0.00283278;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.771;QD=9.50451;RBI=0.108531;REFB=-0.0358588;REVB=0.00630742;RO=166;SAF=111;SAR=75;SRF=92;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379166;STB=0.520682;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.032138;OID=.;OPOS=73558030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:353:352:166:166:186:186:0.528409:75:111:92:74:75:111:92:74 chr10 73558852 . A G 757.59 PASS AF=0.477387;AO=186;DP=395;FAO=190;FDP=398;FR=.;FRO=208;FSAF=77;FSAR=113;FSRF=95;FSRR=113;FWDB=-0.013968;FXX=0.0025062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=396.019;QD=7.61393;RBI=0.0244389;REFB=-0.0115577;REVB=-0.0200538;RO=207;SAF=75;SAR=111;SRF=95;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547193;STB=0.527604;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0119845;OID=.;OPOS=73558852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:395:398:207:208:186:190:0.477387:111:75:95:112:113:77:95:113 chr10 73558886 . G A 756.18 PASS AF=0.475;AO=190;DP=401;FAO=190;FDP=400;FR=.;FRO=210;FSAF=75;FSAR=115;FSRF=96;FSRR=114;FWDB=0.0250169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.426;QD=7.56175;RBI=0.0250308;REFB=-0.0197965;REVB=0.0008327;RO=211;SAF=75;SAR=115;SRF=97;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640091;STB=0.533791;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0143635;OID=.;OPOS=73558886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:401:400:211:210:190:190:0.475:115:75:97:114:115:75:96:114 chr10 73558952 . C T 709.48 PASS AF=0.465649;AO=183;DP=393;FAO=183;FDP=393;FR=.;FRO=210;FSAF=65;FSAR=118;FSRF=95;FSRR=115;FWDB=0.00443743;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.088;QD=7.22119;RBI=0.00759162;REFB=-0.00884409;REVB=0.0061597;RO=210;SAF=65;SAR=118;SRF=95;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099414;STB=0.55488;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0154041;OID=.;OPOS=73558952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:393:393:210:210:183:183:0.465649:118:65:95:115:118:65:95:115 chr10 73562744 . G A 321.64 PASS AF=0.530769;AO=69;DP=128;FAO=69;FDP=130;FR=.;FRO=61;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0178304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.191;QD=9.89673;RBI=0.0224824;REFB=-0.0193271;REVB=0.0136943;RO=59;SAF=35;SAR=34;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559619;STB=0.522614;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0161656;OID=.;OPOS=73562744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:59:61:69:69:0.530769:34:35:26:33:34:35:28:33 chr10 73570334 . G A 88.48 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0395797;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.933;QD=19.6622;RBI=0.039586;REFB=-0.0621304;REVB=-0.000707573;RO=5;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030782;STB=0.517215;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.026902;OID=.;OPOS=73570334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:18:18:5:5:13:13:0.722222:6:7:3:2:6:7:3:2 chr10 75843100 . T A 830 PASS AF=0.496241;AO=281;DP=548;FAO=198;FDP=399;FR=.;FRO=201;FSAF=84;FSAR=114;FSRF=106;FSRR=95;FWDB=-0.00349666;FXX=0.00249994;HRUN=2;LEN=1;MLLD=341.861;QD=8.32083;RBI=0.00373743;REFB=-0.0183967;REVB=0.00131977;RO=266;SAF=125;SAR=156;SRF=140;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728393;STB=0.55232;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0200472;OID=.;OPOS=75843100;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:548:399:266:201:281:198:0.496241:156:125:140:126:114:84:106:95 chr10 75865065 . G A 3374.36 PASS AF=1;AO=352;DP=352;FAO=352;FDP=352;FR=.;FRO=0;FSAF=169;FSAR=183;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.631;QD=38.345;RBI=0.0687519;REFB=0;REVB=0.0618692;RO=0;SAF=169;SAR=183;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152254;OID=.;OPOS=75865065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:352:352:0:0:352:352:1:183:169:0:0:183:169:0:0 chr10 75871735 . C G 1388.08 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00362342;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.542;QD=38.2919;RBI=0.0260739;REFB=0;REVB=0.0258209;RO=0;SAF=71;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01112e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87474e-05;OID=.;OPOS=75871735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:66:146:145:0:0:145:145:1:74:71:0:0:74:71:0:0 chr10 75873892 . C T 2841.34 PASS AF=1;AO=295;DP=296;FAO=296;FDP=296;FR=.;FRO=0;FSAF=155;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.802;QD=38.3965;RBI=0.0771718;REFB=0;REVB=0.0739568;RO=0;SAF=154;SAR=141;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141671;OID=.;OPOS=75873892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:296:296:0:0:295:296:1:141:154:0:0:141:155:0:0 chr10 75874192 . T C 1465.86 PASS AF=0.913706;AO=176;DP=197;FAO=180;FDP=197;FR=.;FRO=17;FSAF=175;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=0.163505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.513;QD=29.7637;RBI=0.163716;REFB=-0.26832;REVB=0.0083003;RO=13;SAF=171;SAR=5;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541377;STB=0.523688;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0176578;OID=.;OPOS=75874192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:197:197:13:17:176:180:0.913706:5:171:12:1:5:175:16:1 chr10 88445385 . G C 3226.36 PASS AF=1;AO=335;DP=336;FAO=336;FDP=336;FR=.;FRO=0;FSAF=179;FSAR=157;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.489;QD=38.4091;RBI=0.0281822;REFB=0;REVB=0.00881936;RO=0;SAF=178;SAR=157;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03646e-05;OID=.;OPOS=88445385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:336:336:0:0:335:336:1:157:178:0:0:157:179:0:0 chr10 121435955 . A C 1065.07 PASS AF=0.571053;AO=216;DP=383;FAO=217;FDP=380;FR=.;FRO=163;FSAF=124;FSAR=93;FSRF=83;FSRR=80;FWDB=-0.0164015;FXX=0.0155436;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9564;QD=11.2113;RBI=0.0235126;REFB=-0.00373488;REVB=-0.0168474;RO=152;SAF=123;SAR=93;SRF=77;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486005;STB=0.527035;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00261431;OID=.;OPOS=121435955;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:383:380:152:163:216:217:0.571053:93:123:77:75:93:124:83:80 chr10 121436362 . A G 458.06 PASS AF=0.509709;AO=105;DP=206;FAO=105;FDP=206;FR=.;FRO=101;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=54;FSRR=47;FWDB=0.00466711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.437;QD=8.89435;RBI=0.0236133;REFB=0.00489287;REVB=0.0231475;RO=101;SAF=48;SAR=57;SRF=54;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693394;STB=0.538027;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.00526642;OID=.;OPOS=121436362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:101:101:105:105:0.509709:57:48:54:47:57:48:54:47 chr11 2592649 . A G 268.41 PASS AF=0.5;AO=62;DP=124;FAO=62;FDP=124;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=43;FWDB=-0.0480091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5172;QD=8.65835;RBI=0.0697579;REFB=-0.00811145;REVB=-0.0506092;RO=62;SAF=26;SAR=36;SRF=19;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107323;STB=0.559045;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00725225;OID=.;OPOS=2592649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:62:62:62:62:0.5:36:26:19:43:36:26:19:43 chr11 2797320 . A G 49.53 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=376.566;QD=33.022;RBI=0.0672082;REFB=0;REVB=0.0373612;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000786738;OID=.;OPOS=2797320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr11 2869188 . C T 167.34 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=-0.0341623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.604;QD=7.96853;RBI=0.0342297;REFB=-0.0265808;REVB=0.00214661;RO=44;SAF=28;SAR=12;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309548;STB=0.517233;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0315852;OID=.;OPOS=2869188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:12:28:32:12:12:28:32:12 chr11 5248243 . A G 3270.61 PASS AF=1;AO=341;DP=341;FAO=341;FDP=341;FR=.;FRO=0;FSAF=163;FSAR=178;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0875701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.342;QD=38.3649;RBI=0.098316;REFB=0;REVB=0.0446936;RO=0;SAF=163;SAR=178;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.85252e-05;OID=.;OPOS=5248243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:341:341:0:0:341:341:1:178:163:0:0:178:163:0:0 chr11 17515833 . A G 1566.66 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=432.353;QD=38.2111;RBI=0.0209441;REFB=0;REVB=0.0123928;RO=0;SAF=87;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39719e-05;OID=.;OPOS=17515833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:74:164:164:0:0:164:164:1:77:87:0:0:77:87:0:0 chr11 17519742 . C G 1959.63 PASS AF=1;AO=206;DP=207;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314006;FXX=0.00483068;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0459;QD=38.0512;RBI=0.031527;REFB=-0.0136547;REVB=0.00281944;RO=1;SAF=88;SAR=118;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00401993;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310343;OID=.;OPOS=17519742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:84:207:206:1:0:206:206:1:118:88:0:1:118:88:0:0 chr11 17522638 . G A 463.89 PASS AF=0.484979;AO=112;DP=233;FAO=113;FDP=233;FR=.;FRO=120;FSAF=54;FSAR=59;FSRF=68;FSRR=52;FWDB=0.0469544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3186;QD=7.96371;RBI=0.0475824;REFB=-0.00352316;REVB=0.00770506;RO=119;SAF=53;SAR=59;SRF=67;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838912;STB=0.545626;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00379265;OID=.;OPOS=17522638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:119:120:112:113:0.484979:59:53:67:52:59:54:68:52 chr11 17523474 . G A 343.67 PASS AF=0.48;AO=84;DP=175;FAO=84;FDP=175;FR=.;FRO=91;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=57;FSRR=34;FWDB=-0.00291719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=359.804;QD=7.85524;RBI=0.00752017;REFB=-0.0223993;REVB=-0.00693131;RO=91;SAF=47;SAR=37;SRF=57;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644771;STB=0.535552;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0246755;OID=.;OPOS=17523474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:91:91:84:84:0.48:37:47:57:34:37:47:57:34 chr11 17531146 . G A 267.5 PASS AF=0.5625;AO=54;DP=96;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=46;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=4;FWDB=-0.0193162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4651;QD=11.146;RBI=0.0972376;REFB=0.0294766;REVB=0.0952997;RO=42;SAF=46;SAR=8;SRF=38;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900448;STB=0.549003;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.0220223;OID=.;OPOS=17531146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:42:42:54:54:0.5625:8:46:38:4:8:46:38:4 chr11 17542439 . T C 714.99 PASS AF=0.524752;AO=158;DP=304;FAO=159;FDP=303;FR=.;FRO=144;FSAF=84;FSAR=75;FSRF=74;FSRR=70;FWDB=0.0159068;FXX=0.0194168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.108;QD=9.43887;RBI=0.0231302;REFB=-0.0243338;REVB=0.0167923;RO=144;SAF=84;SAR=74;SRF=74;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155503;STB=0.506866;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0219016;OID=.;OPOS=17542439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:303:144:144:158:159:0.524752:74:84:74:70:75:84:74:70 chr11 17542872 . G C 468.38 PASS AF=0.485106;AO=114;DP=235;FAO=114;FDP=235;FR=.;FRO=121;FSAF=62;FSAR=52;FSRF=48;FSRR=73;FWDB=-0.00526942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=357.249;QD=7.97238;RBI=0.0342115;REFB=-0.00666698;REVB=-0.0338033;RO=121;SAF=62;SAR=52;SRF=48;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137014;STB=0.57534;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00616492;OID=.;OPOS=17542872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:121:121:114:114:0.485106:52:62:48:73:52:62:48:73 chr11 22647366 . G A 182.45 PASS AF=0.433628;AO=49;DP=113;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.0278633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4957;QD=6.45824;RBI=0.0482603;REFB=-0.00288142;REVB=0.0394042;RO=63;SAF=25;SAR=24;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00227752;STB=0.503071;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00392542;OID=.;OPOS=22647366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:63:64:49:49:0.433628:24:25:32:31:24:25:33:31 chr11 31812215 . A C 74.24 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0393454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4086;QD=5.9392;RBI=0.0419703;REFB=-0.0197499;REVB=-0.0146098;RO=30;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189117;STB=0.60859;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0319709;OID=.;OPOS=31812215;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:50:50:30:30:20:20:0.4:11:9:19:11:11:9:19:11 chr11 32456694 . C A 31.88 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.000895024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.699;QD=15.9406;RBI=0.00573646;REFB=0.0403362;REVB=-0.0056662;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116878;STB=0.57112;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-0.019222;OID=.;OPOS=32456694;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:1:2:4:1:1:2 chr11 36595600 . A G 700.1 PASS AF=0.507837;AO=162;DP=319;FAO=162;FDP=319;FR=.;FRO=157;FSAF=79;FSAR=83;FSRF=78;FSRR=79;FWDB=-0.00842887;FXX=0.00623034;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0042;QD=8.77874;RBI=0.0143965;REFB=-0.0121691;REVB=-0.0116711;RO=157;SAF=79;SAR=83;SRF=78;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00824129;STB=0.50451;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0109737;OID=.;OPOS=36595600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:319:157:157:162:162:0.507837:83:79:78:79:83:79:78:79 chr11 36597734 . A G 907.14 PASS AF=0.523077;AO=204;DP=391;FAO=204;FDP=390;FR=.;FRO=186;FSAF=118;FSAR=86;FSRF=99;FSRR=87;FWDB=0.00154567;FXX=0.00510191;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.823;QD=9.30403;RBI=0.046518;REFB=-0.0131843;REVB=-0.0464923;RO=186;SAF=118;SAR=86;SRF=99;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410813;STB=0.522416;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00939582;OID=.;OPOS=36597734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:391:390:186:186:204:204:0.523077:86:118:99:87:86:118:99:87 chr11 47354787 . C T 654.99 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0319466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=414.256;QD=36.3882;RBI=0.0339854;REFB=0.0224923;REVB=-0.011594;RO=1;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119714;STB=0.506327;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000283901;OID=.;OPOS=47354787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:72:72:1:1:71:71:0.986111:39:32:0:1:39:32:0:1 chr11 47361084 . T C 509.51 PASS AF=0.495902;AO=121;DP=244;FAO=121;FDP=244;FR=.;FRO=123;FSAF=120;FSAR=1;FSRF=122;FSRR=1;FWDB=-0.00211717;FXX=0.00408147;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3536;QD=8.35263;RBI=0.00899652;REFB=-0.0320382;REVB=0.00874386;RO=118;SAF=120;SAR=1;SRF=117;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00573233;STB=0.502074;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0364934;OID=.;OPOS=47361084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:118:123:121:121:0.495902:1:120:117:1:1:120:122:1 chr11 47364762 . A G 1374.19 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.371;QD=38.172;RBI=0.0406222;REFB=0;REVB=0.0334292;RO=0;SAF=67;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7598e-05;OID=.;OPOS=47364762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:65:144:144:0:0:143:144:1:76:67:0:0:77:67:0:0 chr11 47369443 . G A 367.73 PASS AF=0.509091;AO=84;DP=165;FAO=84;FDP=165;FR=.;FRO=81;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=0.00403586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=381.488;QD=8.91458;RBI=0.00703405;REFB=-0.00925735;REVB=-0.00576104;RO=81;SAF=42;SAR=42;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00551459;STB=0.50303;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00909966;OID=.;OPOS=47369443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:81:81:84:84:0.509091:42:42:41:40:42:42:41:40 chr11 47370041 . T C 475.21 PASS AF=0.522167;AO=106;DP=203;FAO=106;FDP=203;FR=.;FRO=97;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=0.0640701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.441;QD=9.3638;RBI=0.0641746;REFB=-0.0256089;REVB=-0.00366127;RO=97;SAF=50;SAR=56;SRF=48;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202441;STB=0.51108;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0217097;OID=.;OPOS=47370041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:97:97:106:106:0.522167:56:50:48:49:56:50:48:49 chr11 47371484 . AG A 411.15 PASS AF=0.497487;AO=97;DP=200;FAO=99;FDP=199;FR=.;FRO=100;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=38;FSRR=62;FWDB=0.129442;FXX=0.00499975;HRUN=4;LEN=1;MLLD=27.5107;QD=8.26433;RBI=0.251476;REFB=0.0414584;REVB=0.215603;RO=97;SAF=55;SAR=42;SRF=38;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158646;STB=0.592604;STBP=0.011;TYPE=del;VARB=-0.0347992;OID=.;OPOS=47371485;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.497487:97:200:99:199:100:56:43:38:62:99:97:55:42:38:59 chr11 47459469 . G A 227.45 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00955972;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.335;QD=9.37958;RBI=0.01014;REFB=-0.0217784;REVB=-0.00338102;RO=47;SAF=27;SAR=23;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631502;STB=0.53486;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0224557;OID=.;OPOS=47459469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:47:50:50:0.515464:23:27:22:25:23:27:22:25 chr11 47460306 . A G 183.22 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=19;FWDB=-0.00362579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1982;QD=14.3701;RBI=0.0171526;REFB=-0.0283262;REVB=-0.016765;RO=19;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308222;STB=0.666579;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00866778;OID=.;OPOS=47460306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:51:51:19:19:32:32:0.627451:19:13:0:19:19:13:0:19 chr11 47463220 . C T 368.14 PASS AF=0.494318;AO=87;DP=176;FAO=87;FDP=176;FR=.;FRO=89;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=-0.00474384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.165;QD=8.36671;RBI=0.00819431;REFB=0.0180715;REVB=-0.00668152;RO=89;SAF=41;SAR=46;SRF=48;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624638;STB=0.534387;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.0188866;OID=.;OPOS=47463220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:89:89:87:87:0.494318:46:41:48:41:46:41:48:41 chr11 47469439 . A G 379.05 PASS AF=0.494444;AO=89;DP=180;FAO=89;FDP=180;FR=.;FRO=91;FSAF=56;FSAR=33;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=-0.0419182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.974;QD=8.42332;RBI=0.0428024;REFB=-0.0113281;REVB=-0.00865514;RO=91;SAF=56;SAR=33;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117473;STB=0.564764;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0148233;OID=.;OPOS=47469439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:91:91:89:89:0.494444:33:56:46:45:33:56:46:45 chr11 47469483 . C T 188.19 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0170654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.5;QD=8.00805;RBI=0.0193426;REFB=-0.0190317;REVB=-0.0091054;RO=49;SAF=28;SAR=17;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889231;STB=0.549536;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0215279;OID=.;OPOS=47469483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:45:45:0.478723:17:28:26:23:17:28:26:23 chr11 47469717 . G A 770.75 PASS AF=0.536741;AO=167;DP=313;FAO=168;FDP=313;FR=.;FRO=145;FSAF=85;FSAR=83;FSRF=72;FSRR=73;FWDB=-0.00976064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.749;QD=9.84978;RBI=0.0217103;REFB=-0.00242951;REVB=-0.0193925;RO=145;SAF=84;SAR=83;SRF=72;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00549441;STB=0.504355;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00210957;OID=.;OPOS=47469717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:313:145:145:167:168:0.536741:83:84:72:73:83:85:72:73 chr11 57379170 . A G 1770.66 PASS AF=1;AO=185;DP=185;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000866721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.489;QD=38.2845;RBI=0.0521053;REFB=0;REVB=0.0520981;RO=0;SAF=120;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.42175e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60814e-05;OID=.;OPOS=57379170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:84:185:185:0:0:185:185:1:65:120:0:0:65:120:0:0 chr11 57381989 . G A 438.44 PASS AF=0.472103;AO=110;DP=233;FAO=110;FDP=233;FR=.;FRO=123;FSAF=57;FSAR=53;FSRF=54;FSRR=69;FWDB=-0.0143107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4748;QD=7.52695;RBI=0.014315;REFB=-0.0362733;REVB=-0.00034824;RO=123;SAF=57;SAR=53;SRF=54;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756174;STB=0.541708;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0414861;OID=.;OPOS=57381989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:123:123:110:110:0.472103:53:57:54:69:53:57:54:69 chr11 61724514 . C T 1277.96 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.554;QD=38.1481;RBI=0.0421038;REFB=0;REVB=0.0381154;RO=0;SAF=61;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.72667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75519e-05;OID=.;OPOS=61724514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:60:134:134:0:0:134:134:1:73:61:0:0:73:61:0:0 chr11 61724583 . T G 1289.45 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=425.33;QD=38.206;RBI=0.0331463;REFB=0;REVB=0.0176402;RO=0;SAF=60;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67788e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36159e-05;OID=.;OPOS=61724583;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:61:135:135:0:0:135:135:1:75:60:0:0:75:60:0:0 chr11 61725599 . A ATCCTCCTCC 1777 PASS AF=0.786744;AO=247;DP=381;FAO=273;FDP=347;FR=.;FRO=74;FSAF=99;FSAR=174;FSRF=72;FSRR=2;FWDB=-0.0286206;FXX=0.0844305;HRUN=1;LEN=9;MLLD=253.366;QD=20.4841;RBI=0.0394374;REFB=-0.117114;REVB=0.0271324;RO=104;SAF=77;SAR=170;SRF=102;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368663;STB=0.630666;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0277446;OID=.;OPOS=61725600;OREF=-;OALT=TCCTCCTCC;OMAPALT=ATCCTCCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.786744:247:381:273:347:74:99:174:72:2:74:104:77:170:102:2 chr11 61730183 . C T 485.87 PASS AF=0.506787;AO=112;DP=223;FAO=112;FDP=221;FR=.;FRO=109;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=61;FSRR=48;FWDB=-0.00655308;FXX=0.00896821;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.721;QD=8.79396;RBI=0.0179416;REFB=-0.0197737;REVB=-0.016702;RO=109;SAF=59;SAR=53;SRF=61;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296801;STB=0.516273;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0196563;OID=.;OPOS=61730183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:221:109:109:112:112:0.506787:53:59:61:48:53:59:61:48 chr11 61730234 . T C 486.1 PASS AF=0.511521;AO=111;DP=217;FAO=111;FDP=217;FR=.;FRO=106;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=57;FSRR=49;FWDB=0.0805985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.901;QD=8.96045;RBI=0.0827473;REFB=0.00211108;REVB=0.0187351;RO=106;SAF=58;SAR=53;SRF=57;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135956;STB=0.50745;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.00144843;OID=.;OPOS=61730234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:106:106:111:111:0.511521:53:58:57:49:53:58:57:49 chr11 61730553 . T C 770.4 PASS AF=0.529595;AO=170;DP=321;FAO=170;FDP=321;FR=.;FRO=151;FSAF=86;FSAR=84;FSRF=69;FSRR=82;FWDB=-0.0321164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.7181;QD=9.59998;RBI=0.0572822;REFB=0.00700867;REVB=0.047432;RO=151;SAF=86;SAR=84;SRF=69;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421946;STB=0.523004;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.00648028;OID=.;OPOS=61730553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:321:151:151:170:170:0.529595:84:86:69:82:84:86:69:82 chr11 61731534 . G T 2806.84 PASS AF=1;AO=293;DP=293;FAO=293;FDP=293;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=163;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00633068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=422.046;QD=38.3187;RBI=0.0371295;REFB=0;REVB=0.0365858;RO=0;SAF=130;SAR=163;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91607e-06;OID=.;OPOS=61731534;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:293:293:0:0:293:293:1:163:130:0:0:163:130:0:0 chr11 64572018 . T C 1003.16 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00920372;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.184;QD=38.2157;RBI=0.0116054;REFB=0;REVB=0.00706942;RO=0;SAF=49;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.64005e-05;OID=.;OPOS=64572018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:47:106:105:0:0:105:105:1:56:49:0:0:56:49:0:0 chr11 64572557 . A G 1242.06 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.9;QD=38.5135;RBI=0.0526519;REFB=0;REVB=0.0286914;RO=0;SAF=69;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199061;OID=.;OPOS=64572557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:58:129:129:0:0:129:129:1:60:69:0:0:60:69:0:0 chr11 64577620 . G C 110.57 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.004193;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=334.162;QD=27.6436;RBI=0.004193;REFB=0.00836975;REVB=0;RO=2;SAF=14;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000884233;OID=.;OPOS=64577620;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:16:16:2:2:14:14:0.875:0:14:2:0:0:14:2:0 chr11 71146577 . G A 535.48 PASS AF=0.472028;AO=135;DP=286;FAO=135;FDP=286;FR=.;FRO=151;FSAF=73;FSAR=62;FSRF=82;FSRR=69;FWDB=0.0180659;FXX=0.0034842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5581;QD=7.48919;RBI=0.0245747;REFB=-0.0260167;REVB=0.0166595;RO=151;SAF=73;SAR=62;SRF=82;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00222372;STB=0.501225;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0292967;OID=.;OPOS=71146577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:286:151:151:135:135:0.472028:62:73:82:69:62:73:82:69 chr11 71146691 . A G 530.08 PASS AF=0.479853;AO=131;DP=272;FAO=131;FDP=273;FR=.;FRO=142;FSAF=66;FSAR=65;FSRF=72;FSRR=70;FWDB=-0.047374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.757;QD=7.76678;RBI=0.0485552;REFB=-0.0100376;REVB=0.0106449;RO=141;SAF=66;SAR=65;SRF=72;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0064264;STB=0.501678;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.010967;OID=.;OPOS=71146691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:273:141:142:131:131:0.479853:65:66:72:69:65:66:72:70 chr11 71152461 . A G 661.29 PASS AF=0.474286;AO=166;DP=350;FAO=166;FDP=350;FR=.;FRO=184;FSAF=80;FSAR=86;FSRF=84;FSRR=100;FWDB=-0.0490401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0913;QD=7.55761;RBI=0.0501791;REFB=-0.0230155;REVB=0.010631;RO=184;SAF=80;SAR=86;SRF=84;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243257;STB=0.513385;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0247938;OID=.;OPOS=71152461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:350:350:184:184:166:166:0.474286:86:80:84:100:86:80:84:100 chr11 71155153 . A G 446.5 PASS AF=0.446097;AO=120;DP=269;FAO=120;FDP=269;FR=.;FRO=149;FSAF=62;FSAR=58;FSRF=70;FSRR=79;FWDB=0.00389131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.342;QD=6.63937;RBI=0.0289278;REFB=-0.0146908;REVB=-0.0286649;RO=149;SAF=62;SAR=58;SRF=70;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468042;STB=0.52594;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0204596;OID=.;OPOS=71155153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:269:149:149:120:120:0.446097:58:62:70:79:58:62:70:79 chr11 71155171 . C T 454.76 PASS AF=0.449814;AO=121;DP=269;FAO=121;FDP=269;FR=.;FRO=148;FSAF=62;FSAR=59;FSRF=69;FSRR=79;FWDB=0.0408184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.525;QD=6.76219;RBI=0.0416626;REFB=-0.0185866;REVB=0.00834473;RO=148;SAF=62;SAR=59;SRF=69;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458456;STB=0.525387;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0249172;OID=.;OPOS=71155171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:269:148:148:121:121:0.449814:59:62:69:79:59:62:69:79 chr11 76885779 . G A 575.99 PASS AF=0.484536;AO=141;DP=294;FAO=141;FDP=291;FR=.;FRO=150;FSAF=57;FSAR=84;FSRF=89;FSRR=61;FWDB=0.0297558;FXX=0.0135589;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8057;QD=7.91741;RBI=0.036487;REFB=-0.0221315;REVB=0.0211162;RO=145;SAF=57;SAR=84;SRF=85;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168232;STB=0.597385;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0265443;OID=.;OPOS=76885779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:291:145:150:141:141:0.484536:84:57:85:60:84:57:89:61 chr11 76894235 . G C 595.45 PASS AF=0.489796;AO=144;DP=294;FAO=144;FDP=294;FR=.;FRO=150;FSAF=84;FSAR=60;FSRF=75;FSRR=75;FWDB=-0.00202049;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.337;QD=8.10135;RBI=0.0786858;REFB=-0.00182256;REVB=0.0786599;RO=150;SAF=84;SAR=60;SRF=75;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784269;STB=0.543097;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00167403;OID=.;OPOS=76894235;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:294:150:150:144:144:0.489796:60:84:75:75:60:84:75:75 chr11 76895770 . GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 50 PASS AO=90;DP=179;LEN=22;RO=89;SAF=54;SAR=45;SRF=36;SRR=44;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=76895771;OREF=GGAGGCGGGGACACCAGGGCCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:179:89:90:45:54:36:44 chr11 76901273 . C T 207.19 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=70;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=30;FWDB=0.0221511;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.102;QD=11.8393;RBI=0.0226041;REFB=-0.0357172;REVB=-0.00450258;RO=20;SAF=1;SAR=35;SRF=0;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207097;STB=0.638837;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0230495;OID=.;OPOS=76901273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:20:30:36:40:0.571429:35:1:0:20:39:1:0:30 chr11 76901623 . T TGCTGGGGCCTGGAGC 50 PASS AO=31;DP=135;LEN=15;RO=104;SAF=28;SAR=18;SRF=42;SRR=47;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=76901624;OREF=-;OALT=GCTGGGGCCTGGAGC;OMAPALT=TGCTGGGGCCTGGAGC GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:135:104:31:18:28:42:47 chr11 76901648 . C G 148.07 PASS AF=0.372093;AO=48;DP=129;FAO=48;FDP=129;FR=.;FRO=81;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=0.0158092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7562;QD=4.59118;RBI=0.0996458;REFB=-0.0142836;REVB=-0.0983837;RO=81;SAF=29;SAR=19;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123287;STB=0.570275;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0243718;OID=.;OPOS=76901648;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:81:81:48:48:0.372093:19:29:40:41:19:29:40:41 chr11 76901927 . C T 333.21 PASS AF=0.453125;AO=87;DP=192;FAO=87;FDP=192;FR=.;FRO=105;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=54;FSRR=51;FWDB=0.0172676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.889;QD=6.9419;RBI=0.030235;REFB=-0.00243298;REVB=0.0248191;RO=105;SAF=44;SAR=43;SRF=54;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00841783;STB=0.50467;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00304667;OID=.;OPOS=76901927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:105:105:87:87:0.453125:43:44:54:51:43:44:54:51 chr11 76902024 . G A 272.47 PASS AF=0.423077;AO=77;DP=182;FAO=77;FDP=182;FR=.;FRO=105;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=52;FSRR=53;FWDB=0.00360758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=397.086;QD=5.98841;RBI=0.0237806;REFB=-0.0105535;REVB=-0.0235053;RO=105;SAF=34;SAR=43;SRF=52;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557355;STB=0.531161;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0160227;OID=.;OPOS=76902024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:105:105:77:77:0.423077:43:34:52:53:43:34:52:53 chr11 76909427 . A G 128.59 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=96;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.000558581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.22;QD=5.3578;RBI=0.0115068;REFB=-0.0132735;REVB=-0.0114933;RO=58;SAF=26;SAR=12;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170309;STB=0.59712;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0272742;OID=.;OPOS=76909427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:58:58:38:38:0.395833:12:26:31:27:12:26:31:27 chr11 76910766 . C T 422.37 PASS AF=0.531792;AO=92;DP=173;FAO=92;FDP=173;FR=.;FRO=81;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.0211068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.922;QD=9.76575;RBI=0.0225389;REFB=-0.0213579;REVB=0.00790599;RO=81;SAF=47;SAR=45;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00654922;STB=0.503583;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0203612;OID=.;OPOS=76910766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:81:81:92:92:0.531792:45:47:42:39:45:47:42:39 chr11 76912636 . A T 539.45 PASS AF=0.475352;AO=135;DP=284;FAO=135;FDP=284;FR=.;FRO=149;FSAF=70;FSAR=65;FSRF=73;FSRR=76;FWDB=-0.00732592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4116;QD=7.59786;RBI=0.0274389;REFB=-0.0165888;REVB=0.0264429;RO=149;SAF=70;SAR=65;SRF=73;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272323;STB=0.514999;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0178248;OID=.;OPOS=76912636;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:284:149:149:135:135:0.475352:65:70:73:76:65:70:73:76 chr11 76917220 . A G 359.19 PASS AF=0.512658;AO=81;DP=158;FAO=81;FDP=158;FR=.;FRO=77;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=-0.00297506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.1651;QD=9.09345;RBI=0.0178453;REFB=-0.0276604;REVB=-0.0175956;RO=77;SAF=44;SAR=37;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442288;STB=0.524296;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0260577;OID=.;OPOS=76917220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:77:77:81:81:0.512658:37:44:38:39:37:44:38:39 chr11 76918322 . T C 376.25 PASS AF=0.484043;AO=91;DP=188;FAO=91;FDP=188;FR=.;FRO=97;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=-0.0109271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0254;QD=8.00536;RBI=0.0448335;REFB=-0.0281768;REVB=-0.0434815;RO=97;SAF=45;SAR=46;SRF=48;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000318026;STB=0.500175;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0279807;OID=.;OPOS=76918322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:97:97:91:91:0.484043:46:45:48:49:46:45:48:49 chr11 76918497 . G A 650 PASS AF=0.510204;AO=150;DP=292;FAO=150;FDP=294;FR=.;FRO=144;FSAF=58;FSAR=92;FSRF=68;FSRR=76;FWDB=0.0797537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8103;QD=8.84347;RBI=0.104562;REFB=0.000322098;REVB=-0.0676209;RO=142;SAF=58;SAR=92;SRF=68;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845127;STB=0.543301;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.000253191;OID=.;OPOS=76918497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:294:142:144:150:150:0.510204:92:58:68:74:92:58:68:76 chr11 76919468 . A T 465.28 PASS AF=0.471774;AO=117;DP=256;FAO=117;FDP=248;FR=.;FRO=131;FSAF=68;FSAR=49;FSRF=69;FSRR=62;FWDB=-0.0112234;FXX=0.0312488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8715;QD=7.50459;RBI=0.0117333;REFB=-0.0373848;REVB=-0.00342129;RO=128;SAF=68;SAR=49;SRF=67;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556469;STB=0.529271;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0339287;OID=.;OPOS=76919468;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:248:128:131:117:117:0.471774:49:68:67:61:49:68:69:62 chr11 76919478 . C A 503.47 PASS AF=0.484252;AO=123;DP=254;FAO=123;FDP=254;FR=.;FRO=131;FSAF=68;FSAR=55;FSRF=69;FSRR=62;FWDB=-0.021889;FXX=0.00392141;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.49;QD=7.92869;RBI=0.0264195;REFB=-0.026429;REVB=0.0147939;RO=131;SAF=68;SAR=55;SRF=69;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246895;STB=0.513586;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0273645;OID=.;OPOS=76919478;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:131:131:123:123:0.484252:55:68:69:62:55:68:69:62 chr11 76919865 . T A 117.55 PASS AF=0.276018;AO=61;DP=221;FAO=61;FDP=221;FR=.;FRO=160;FSAF=3;FSAR=58;FSRF=91;FSRR=69;FWDB=-0.0103044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6266;QD=2.12755;RBI=0.0171745;REFB=-0.00589038;REVB=-0.0137399;RO=160;SAF=3;SAR=58;SRF=91;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.723722;STB=0.934521;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0140692;OID=.;OPOS=76919865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:160:160:61:61:0.276018:58:3:91:69:58:3:91:69 chr11 76922946 . G A 831.27 PASS AF=0.525424;AO=186;DP=354;FAO=186;FDP=354;FR=.;FRO=168;FSAF=94;FSAR=92;FSRF=82;FSRR=86;FWDB=0.0321106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.526;QD=9.39288;RBI=0.0322165;REFB=-0.0157791;REVB=0.00261058;RO=168;SAF=94;SAR=92;SRF=82;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150345;STB=0.5082;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0120185;OID=.;OPOS=76922946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:354:168:168:186:186:0.525424:92:94:82:86:92:94:82:86 chr11 76923017 . G A 815.28 PASS AF=0.515235;AO=186;DP=361;FAO=186;FDP=361;FR=.;FRO=175;FSAF=91;FSAR=95;FSRF=82;FSRR=93;FWDB=0.00995668;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=348.955;QD=9.03358;RBI=0.0186231;REFB=-0.00905724;REVB=0.015738;RO=175;SAF=91;SAR=95;SRF=82;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183639;STB=0.510031;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00900376;OID=.;OPOS=76923017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:361:361:175:175:186:186:0.515235:95:91:82:93:95:91:82:93 chr11 108098459 . TAA T 3826.24 PASS AF=1;AO=732;DP=735;FAO=398;FDP=398;FR=.;FRO=0;FSAF=211;FSAR=187;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178062;FXX=0.00499988;HRUN=2;LEN=2;MLLD=152.743;QD=38.4547;RBI=0.0203923;REFB=0;REVB=0.00993904;RO=0;SAF=366;SAR=366;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-2.71073e-06;OID=.;OPOS=108098460;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:732:735:398:398:0:211:187:0:0:99:0:366:366:0:0 chr11 108098592 . T C 512.69 PASS AF=0.472527;AO=128;DP=273;FAO=129;FDP=273;FR=.;FRO=144;FSAF=60;FSAR=69;FSRF=78;FSRR=66;FWDB=-0.00546059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.502;QD=7.51196;RBI=0.0153578;REFB=-0.00892395;REVB=0.0143543;RO=144;SAF=59;SAR=69;SRF=78;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774556;STB=0.540341;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0114573;OID=.;OPOS=108098592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:144:144:128:129:0.472527:69:59:78:66:69:60:78:66 chr11 108100014 . A G 747.55 PASS AF=0.5;AO=177;DP=354;FAO=177;FDP=354;FR=.;FRO=177;FSAF=90;FSAR=87;FSRF=84;FSRR=93;FWDB=0.0120963;FXX=0.00281682;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.423;QD=8.44691;RBI=0.0194573;REFB=-0.0139371;REVB=0.0152402;RO=177;SAF=89;SAR=88;SRF=84;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257829;STB=0.516942;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0142188;OID=.;OPOS=108100014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:354:177:177:177:177:0.5:88:89:84:93:87:90:84:93 chr11 108129657 . A G 3695.71 PASS AF=1;AO=385;DP=385;FAO=385;FDP=385;FR=.;FRO=0;FSAF=217;FSAR=168;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00457927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.828;QD=38.3969;RBI=0.0155172;REFB=0;REVB=-0.0148261;RO=0;SAF=217;SAR=168;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.61712e-06;OID=.;OPOS=108129657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:385:385:0:0:385:385:1:168:217:0:0:168:217:0:0 chr11 108143182 . C T 2496.45 PASS AF=1;AO=259;DP=259;FAO=259;FDP=259;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028481;FXX=0.00384601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.536;QD=38.5552;RBI=0.0299773;REFB=0;REVB=0.00935258;RO=0;SAF=126;SAR=133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45256e-05;OID=.;OPOS=108143182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:259:259:0:0:259:259:1:133:126:0:0:133:126:0:0 chr11 108151707 . T A,TA 2275.04 PASS AF=0,1;AO=73,127;DP=248;FAO=0,245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=0,126;FSAR=0,119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373553,0.112768;FXX=0.00809684;HRUN=10,2;LEN=1,1;MLLD=26.8456,32.1571;QD=37.1435;RBI=0.0966794,0.115166;REFB=0,0;REVB=0.0891711,0.0233798;RO=3;SAF=53,54;SAR=20,73;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0260236,-0.0256637;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0161778,0.000538616;OID=.,.;OPOS=108151707,108151708;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:99:248:245:3:0:73,127:0,245:0,1:20,73:53,54:3:0:0,119:0,126:0:0 chr11 108183167 . A G 1855.38 PASS AF=1;AO=194;DP=194;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.241;QD=38.2552;RBI=0.039389;REFB=0;REVB=0.0324757;RO=0;SAF=89;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40669e-05;OID=.;OPOS=108183167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:88:194:194:0:0:194:194:1:105:89:0:0:105:89:0:0 chr11 108225483 . C T 1599.56 PASS AF=1;AO=160;DP=178;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0083891;FXX=0.016853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.643;QD=36.5613;RBI=0.0589281;REFB=0;REVB=0.0583279;RO=0;SAF=85;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193315;OID=.;OPOS=108225483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:77:178:175:0:0:160:175:1:75:85:0:0:90:85:0:0 chr11 118015832 . G A 3477.35 PASS AF=1;AO=364;DP=366;FAO=364;FDP=364;FR=.;FRO=0;FSAF=205;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187242;FXX=0.00546433;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.261;QD=38.2127;RBI=0.0188006;REFB=-0.019975;REVB=0.00169328;RO=1;SAF=205;SAR=159;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00232205;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25424e-05;OID=.;OPOS=118015832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:366:364:1:0:364:364:1:159:205:1:0:159:205:0:0 chr11 118016068 . C T 882.27 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6878;QD=37.9473;RBI=0.0284414;REFB=0;REVB=0.00411986;RO=0;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233;OID=.;OPOS=118016068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:42:93:93:0:0:93:93:1:49:44:0:0:49:44:0:0 chr11 118959331 . G A 750.43 PASS AF=0.518293;AO=170;DP=328;FAO=170;FDP=328;FR=.;FRO=158;FSAF=89;FSAR=81;FSRF=69;FSRR=89;FWDB=0.0497051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6547;QD=9.15158;RBI=0.049961;REFB=-0.00309104;REVB=-0.00504962;RO=158;SAF=89;SAR=81;SRF=69;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764479;STB=0.541745;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00301185;OID=.;OPOS=118959331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:328:158:158:170:170:0.518293:81:89:69:89:81:89:69:89 chr11 118962230 . G T 243.56 PASS AF=0.538462;AO=46;DP=106;FAO=56;FDP=104;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0546358;FXX=0.0280348;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.5646;QD=9.36769;RBI=0.061957;REFB=-0.0797674;REVB=0.0292165;RO=40;SAF=18;SAR=28;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13582;STB=0.557672;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0444413;OID=.;OPOS=118962230;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:104:40:48:46:56:0.538462:28:18:22:18:28:28:30:18 chr11 118962816 . C A 497.71 PASS AF=0.5;AO=117;DP=234;FAO=117;FDP=234;FR=.;FRO=117;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=61;FSRR=56;FWDB=0.00453223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.824;QD=8.50788;RBI=0.00818151;REFB=-0.00134218;REVB=0.00681146;RO=117;SAF=56;SAR=61;SRF=61;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389237;STB=0.521364;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00186267;OID=.;OPOS=118962816;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:117:117:117:117:0.5:61:56:61:56:61:56:61:56 chr11 123524411 . G A 72.37 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=2;FWDB=0.0240493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.139;QD=6.2933;RBI=0.0264763;REFB=-0.0282652;REVB=0.0110737;RO=27;SAF=16;SAR=3;SRF=25;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188;STB=0.605818;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0313856;OID=.;OPOS=123524411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:46:46:27:27:19:19:0.413043:3:16:25:2:3:16:25:2 chr12 2558186 . G A 584.08 PASS AF=0.507519;AO=135;DP=267;FAO=135;FDP=266;FR=.;FRO=131;FSAF=68;FSAR=67;FSRF=72;FSRR=59;FWDB=-0.00252453;FXX=0.00746241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.372;QD=8.78314;RBI=0.0242188;REFB=-0.0133501;REVB=-0.0240868;RO=127;SAF=68;SAR=67;SRF=71;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490734;STB=0.522618;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0429048;OID=.;OPOS=2558186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:266:127:131:135:135:0.507519:67:68:71:56:67:68:72:59 chr12 2558298 . G A 607.61 PASS AF=0.521073;AO=136;DP=261;FAO=136;FDP=261;FR=.;FRO=125;FSAF=67;FSAR=69;FSRF=67;FSRR=58;FWDB=-0.00935875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.742;QD=9.31195;RBI=0.00957781;REFB=-0.0210978;REVB=0.00203674;RO=122;SAF=67;SAR=69;SRF=66;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418381;STB=0.520752;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00643534;OID=.;OPOS=2558298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:261:122:125:136:136:0.521073:69:67:66:56:69:67:67:58 chr12 2558300 . T C 607.61 PASS AF=0.521073;AO=136;DP=261;FAO=136;FDP=261;FR=.;FRO=125;FSAF=67;FSAR=69;FSRF=67;FSRR=58;FWDB=-0.0166168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.27;QD=9.31195;RBI=0.0169282;REFB=0.00367635;REVB=0.0032318;RO=125;SAF=67;SAR=69;SRF=67;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379719;STB=0.520752;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.00445705;OID=.;OPOS=2558300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:261:125:125:136:136:0.521073:69:67:67:58:69:67:67:58 chr12 2602307 . C G 325.22 PASS AF=0.481707;AO=79;DP=164;FAO=79;FDP=164;FR=.;FRO=85;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.0100535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.846;QD=7.93224;RBI=0.0104438;REFB=-0.00909194;REVB=-0.00282846;RO=85;SAF=38;SAR=41;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123079;STB=0.506797;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00628628;OID=.;OPOS=2602307;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:85:85:79:79:0.481707:41:38:42:43:41:38:42:43 chr12 2690702 . G A 1313.46 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.576;QD=38.3493;RBI=0.0902165;REFB=0;REVB=0.0881385;RO=0;SAF=68;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120766;OID=.;OPOS=2690702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:62:137:137:0:0:137:137:1:69:68:0:0:69:68:0:0 chr12 2760965 . GA G 209.73 PASS AF=0.5;AO=47;DP=97;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.131868;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.6288;QD=8.73865;RBI=0.183713;REFB=-0.040466;REVB=-0.127912;RO=48;SAF=31;SAR=16;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114463;STB=0.567135;STBP=0.228;TYPE=del;VARB=0.0335376;OID=.;OPOS=2760966;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:47:97:48:96:48:32:16:26:22:99:48:31:16:26:22 chr12 2760970 . G A 201.21 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=0.0360926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.393;QD=8.38377;RBI=0.0362104;REFB=0.00684033;REVB=-0.00291904;RO=49;SAF=25;SAR=22;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113017;STB=0.562558;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00643545;OID=.;OPOS=2760970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:49:47:47:0.489583:22:25:32:17:22:25:32:17 chr12 2788879 . G A 318.98 PASS AF=0.584906;AO=62;DP=106;FAO=62;FDP=106;FR=.;FRO=44;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.00083721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.618;QD=12.037;RBI=0.0196038;REFB=-0.0057536;REVB=0.0195859;RO=44;SAF=34;SAR=28;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139943;STB=0.576247;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00579096;OID=.;OPOS=2788879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:44:44:62:62:0.584906:28:34:16:28:28:34:16:28 chr12 2791130 . C T 365.05 PASS AF=0.530201;AO=79;DP=149;FAO=79;FDP=149;FR=.;FRO=70;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=-0.00287405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=332.497;QD=9.80003;RBI=0.00468557;REFB=-0.0154108;REVB=0.00370059;RO=70;SAF=36;SAR=43;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483808;STB=0.52649;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0118237;OID=.;OPOS=2791130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:70:70:79:79:0.530201:43:36:28:42:43:36:28:42 chr12 2791132 . A G 355.44 PASS AF=0.52349;AO=78;DP=149;FAO=78;FDP=149;FR=.;FRO=71;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.0100376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.82;QD=9.54189;RBI=0.0233753;REFB=-0.00530208;REVB=-0.0211104;RO=71;SAF=35;SAR=43;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355029;STB=0.519464;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00590986;OID=.;OPOS=2791132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:71:71:78:78:0.52349:43:35:29:42:43:35:29:42 chr12 2791205 . A G 1459.5 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.993;QD=38.1568;RBI=0.0278905;REFB=0;REVB=-0.00329475;RO=0;SAF=66;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67317e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01895e-05;OID=.;OPOS=2791205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:69:153:153:0:0:153:153:1:87:66:0:0:87:66:0:0 chr12 2794791 . T G 564.07 PASS AF=0.553991;AO=118;DP=213;FAO=118;FDP=213;FR=.;FRO=95;FSAF=59;FSAR=59;FSRF=52;FSRR=43;FWDB=0.00697646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=399.606;QD=10.5928;RBI=0.00888966;REFB=-0.00687058;REVB=0.00550954;RO=95;SAF=59;SAR=59;SRF=52;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388061;STB=0.521123;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00549826;OID=.;OPOS=2794791;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:95:95:118:118:0.553991:59:59:52:43:59:59:52:43 chr12 22005258 . G T 437.97 PASS AF=0.454902;AO=115;DP=254;FAO=116;FDP=255;FR=.;FRO=139;FSAF=68;FSAR=48;FSRF=68;FSRR=71;FWDB=-0.0109836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.898;QD=6.87006;RBI=0.0132419;REFB=-0.0123459;REVB=0.00739659;RO=139;SAF=67;SAR=48;SRF=68;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093212;STB=0.553479;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0160675;OID=.;OPOS=22005258;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:255:139:139:115:116:0.454902:48:67:68:71:48:68:68:71 chr12 22063115 . A G 1951.62 PASS AF=1;AO=204;DP=204;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.418;QD=38.267;RBI=0.0420781;REFB=0;REVB=0.04021;RO=0;SAF=99;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.07288e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.83508e-06;OID=.;OPOS=22063115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:92:204:204:0:0:204:204:1:105:99:0:0:105:99:0:0 chr12 22063337 . A G 872.24 PASS AF=0.736264;AO=133;DP=190;FAO=134;FDP=182;FR=.;FRO=48;FSAF=46;FSAR=88;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.05572;FXX=0.047118;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0865;QD=19.1701;RBI=0.0582831;REFB=0.0137956;REVB=0.0170939;RO=0;SAF=46;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.572806;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00332046;OID=.;OPOS=22063337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:190:182:0:48:133:134:0.736264:87:46:0:0:88:46:29:19 chr12 22063737 . G T 1710.84 PASS AF=1;AO=178;DP=178;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7739;QD=38.4458;RBI=0.0618807;REFB=0;REVB=0.0609355;RO=0;SAF=77;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201523;OID=.;OPOS=22063737;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:80:178:178:0:0:178:178:1:101:77:0:0:101:77:0:0 chr12 22063749 . T C 1710.84 PASS AF=1;AO=178;DP=178;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00316737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=383.891;QD=38.4458;RBI=0.00917411;REFB=0;REVB=-0.00861;RO=0;SAF=77;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.43519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.10144e-06;OID=.;OPOS=22063749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:80:178:178:0:0:178:178:1:101:77:0:0:101:77:0:0 chr12 22068849 . G T 2394.94 PASS AF=1;AO=250;DP=251;FAO=250;FDP=250;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.139962;FXX=0.00398391;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9724;QD=38.3191;RBI=0.142297;REFB=0;REVB=0.0256741;RO=0;SAF=119;SAR=131;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000331946;OID=.;OPOS=22068849;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:251:250:0:0:250:250:1:131:119:0:0:131:119:0:0 chr12 22078838 . T G 3095.59 PASS AF=1;AO=323;DP=323;FAO=323;FDP=323;FR=.;FRO=0;FSAF=180;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.046906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.164;QD=38.3355;RBI=0.0585937;REFB=0;REVB=-0.0351148;RO=0;SAF=180;SAR=143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3031e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144851;OID=.;OPOS=22078838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:323:323:0:0:323:323:1:143:180:0:0:143:180:0:0 chr12 25368462 . C T 3815.72 PASS AF=1;AO=426;DP=428;FAO=398;FDP=398;FR=.;FRO=0;FSAF=195;FSAR=203;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376489;FXX=0.00499988;HRUN=3;LEN=1;MLLD=356.544;QD=38.3489;RBI=0.0377479;REFB=-0.0237681;REVB=-0.00273231;RO=0;SAF=209;SAR=217;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74662e-05;OID=.;OPOS=25368462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:428:398:0:0:426:398:1:217:209:0:0:203:195:0:0 chr12 32974245 . C T 968.64 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.668;QD=37.9858;RBI=0.0199193;REFB=0;REVB=0.0161246;RO=0;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30315e-06;OID=.;OPOS=32974245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:46:102:102:0:0:102:102:1:54:48:0:0:54:48:0:0 chr12 40619082 . G A 1181.74 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.254;QD=38.1207;RBI=0.0354165;REFB=0;REVB=0.0328503;RO=0;SAF=67;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52623e-05;OID=.;OPOS=40619082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:56:124:124:0:0:124:124:1:57:67:0:0:57:67:0:0 chr12 40619301 . G A 3801.94 PASS AF=1;AO=518;DP=519;FAO=396;FDP=396;FR=.;FRO=0;FSAF=201;FSAR=195;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105916;FXX=0.00999975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=396.009;QD=38.4034;RBI=0.0109551;REFB=0.0353521;REVB=0.0027985;RO=1;SAF=266;SAR=252;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00179174;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.8256e-05;OID=.;OPOS=40619301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:519:396:1:0:518:396:1:252:266:1:0:195:201:0:0 chr12 40631791 . T C 832.3 PASS AF=0.553797;AO=175;DP=317;FAO=175;FDP=316;FR=.;FRO=141;FSAF=98;FSAR=77;FSRF=66;FSRR=75;FWDB=0.0139399;FXX=0.00315447;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.016;QD=10.5355;RBI=0.016771;REFB=-0.0334556;REVB=-0.00932446;RO=140;SAF=98;SAR=77;SRF=66;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072803;STB=0.541196;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0268868;OID=.;OPOS=40631791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:316:140:141:175:175:0.553797:77:98:66:74:77:98:66:75 chr12 40645257 . C A 965.71 PASS AF=0.532663;AO=307;DP=599;FAO=212;FDP=398;FR=.;FRO=186;FSAF=99;FSAR=113;FSRF=84;FSRR=102;FWDB=-0.0151869;FXX=0.00499988;HRUN=4;LEN=1;MLLD=399.175;QD=9.70561;RBI=0.0191814;REFB=-0.00235634;REVB=-0.0117168;RO=291;SAF=146;SAR=161;SRF=142;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110811;STB=0.50722;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0021543;OID=.;OPOS=40645257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:599:398:291:186:307:212:0.532663:161:146:142:149:113:99:84:102 chr12 40657771 . C G 510.9 PASS AF=0.569061;AO=101;DP=179;FAO=103;FDP=181;FR=.;FRO=78;FSAF=42;FSAR=61;FSRF=40;FSRR=38;FWDB=-0.00953089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=373.449;QD=11.2906;RBI=0.00958368;REFB=0.00110975;REVB=-0.00100454;RO=78;SAF=42;SAR=59;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786996;STB=0.546061;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.000771943;OID=.;OPOS=40657771;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:181:78:78:101:103:0.569061:59:42:40:38:61:42:40:38 chr12 40681142 . C CT 441.82 PASS AF=0.504902;AO=102;DP=207;FAO=103;FDP=204;FR=.;FRO=101;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=51;FSRR=50;FWDB=-0.155496;FXX=0.0144921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.7537;QD=8.66321;RBI=0.161794;REFB=0.0257387;REVB=-0.0447013;RO=102;SAF=46;SAR=56;SRF=50;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358845;STB=0.52416;STBP=0.528;TYPE=ins;VARB=-0.0292353;OID=.;OPOS=40681143;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.504902:102:207:103:204:101:47:56:51:50:99:102:46:56:50:52 chr12 40688695 . T C 589.08 PASS AF=0.45481;AO=156;DP=343;FAO=156;FDP=343;FR=.;FRO=187;FSAF=73;FSAR=83;FSRF=93;FSRR=94;FWDB=-0.0210549;FXX=0.00290689;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.725;QD=6.86969;RBI=0.0214599;REFB=-0.000140406;REVB=-0.00414932;RO=187;SAF=73;SAR=83;SRF=93;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02904;STB=0.516047;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.000156097;OID=.;OPOS=40688695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:343:343:187:187:156:156:0.45481:83:73:93:94:83:73:93:94 chr12 40702846 . A T 544.52 PASS AF=0.493197;AO=126;DP=275;FAO=145;FDP=294;FR=.;FRO=149;FSAF=77;FSAR=68;FSRF=74;FSRR=75;FWDB=-0.0353544;FXX=0.00338972;HRUN=6;LEN=1;MLLD=31.0133;QD=7.40842;RBI=0.105208;REFB=-0.0513901;REVB=-0.0990898;RO=146;SAF=62;SAR=64;SRF=73;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771385;STB=0.517456;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0531096;OID=.;OPOS=40702846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:294:146:149:126:145:0.493197:64:62:73:73:68:77:74:75 chr12 40703087 . C CGT 151.09 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0149968;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=2;MLLD=59.9451;QD=6.49853;RBI=0.0393657;REFB=-0.101763;REVB=-0.0363972;RO=52;SAF=19;SAR=21;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525054;STB=0.534326;STBP=0.593;TYPE=ins;VARB=0.175135;OID=.;OPOS=40703088;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.430108:40:96:40:93:53:19:21:22:31:99:52:19:21:22:30 chr12 40713759 . T C 377.22 PASS AF=0.411765;AO=112;DP=272;FAO=112;FDP=272;FR=.;FRO=160;FSAF=57;FSAR=55;FSRF=96;FSRR=64;FWDB=-0.00498898;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=412.433;QD=5.54742;RBI=0.00858767;REFB=-0.00886544;REVB=0.00698986;RO=160;SAF=57;SAR=55;SRF=96;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962089;STB=0.553682;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0118534;OID=.;OPOS=40713759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:160:160:112:112:0.411765:55:57:96:64:55:57:96:64 chr12 40713834 . C A 821.57 PASS AF=0.503916;AO=193;DP=383;FAO=193;FDP=383;FR=.;FRO=190;FSAF=96;FSAR=97;FSRF=82;FSRR=108;FWDB=0.0145445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.216;QD=8.58037;RBI=0.0148652;REFB=-0.0148885;REVB=-0.00307129;RO=190;SAF=96;SAR=97;SRF=82;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597229;STB=0.532666;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0176473;OID=.;OPOS=40713834;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:383:383:190:190:193:193:0.503916:97:96:82:108:97:96:82:108 chr12 40713873 . A G 765.05 PASS AF=0.488189;AO=186;DP=381;FAO=186;FDP=381;FR=.;FRO=195;FSAF=93;FSAR=93;FSRF=83;FSRR=112;FWDB=0.000831986;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=412.598;QD=8.03205;RBI=0.00908344;REFB=0.00418848;REVB=0.00904526;RO=192;SAF=93;SAR=93;SRF=83;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627388;STB=0.538054;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00521207;OID=.;OPOS=40713873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:381:381:192:195:186:186:0.488189:93:93:83:109:93:93:83:112 chr12 40713901 . T A 831.95 PASS AF=0.507895;AO=193;DP=380;FAO=193;FDP=380;FR=.;FRO=187;FSAF=95;FSAR=98;FSRF=79;FSRR=108;FWDB=-0.00340148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2067;QD=8.75741;RBI=0.0287619;REFB=-0.0227426;REVB=-0.0285601;RO=187;SAF=95;SAR=98;SRF=79;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628939;STB=0.534375;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0205005;OID=.;OPOS=40713901;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:380:380:187:187:193:193:0.507895:98:95:79:108:98:95:79:108 chr12 40716015 . C T 404.42 PASS AF=0.578571;AO=79;DP=140;FAO=81;FDP=140;FR=.;FRO=59;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.000560236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.278;QD=11.5548;RBI=0.00712;REFB=-0.0163536;REVB=-0.00709792;RO=59;SAF=43;SAR=36;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00152687;STB=0.50487;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0123746;OID=.;OPOS=40716015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:59:59:79:81:0.578571:36:43:32:27:38:43:32:27 chr12 40716260 . T C 966.71 PASS AF=0.5325;AO=408;DP=811;FAO=213;FDP=400;FR=.;FRO=187;FSAF=115;FSAR=98;FSRF=93;FSRR=94;FWDB=-0.00562628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.634;QD=9.66708;RBI=0.0118543;REFB=-0.0125723;REVB=0.0104341;RO=402;SAF=219;SAR=189;SRF=211;SRR=191;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108528;STB=0.519968;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00918032;OID=.;OPOS=40716260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:811:400:402:187:408:213:0.5325:189:219:211:191:98:115:93:94 chr12 40742254 . G A 496.99 PASS AF=0.469925;AO=123;DP=264;FAO=125;FDP=266;FR=.;FRO=141;FSAF=56;FSAR=69;FSRF=64;FSRR=77;FWDB=-0.0028637;FXX=0.00746241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=377.006;QD=7.47358;RBI=0.0213575;REFB=-0.00126048;REVB=0.0211646;RO=139;SAF=56;SAR=67;SRF=64;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00498646;STB=0.503159;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00137467;OID=.;OPOS=40742254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:266:139:141:123:125:0.469925:67:56:64:75:69:56:64:77 chr12 40757114 . A ACATG 2621.18 PASS AF=1;AO=279;DP=294;FAO=279;FDP=279;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0094444;FXX=0.0510187;HRUN=1;LEN=4;MLLD=388.53;QD=37.5796;RBI=0.0193259;REFB=-0.0625229;REVB=0.016861;RO=3;SAF=139;SAR=140;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101786;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000108168;OID=.;OPOS=40757115;OREF=-;OALT=CATG;OMAPALT=ACATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:279:294:279:279:0:139:140:0:0:99:3:139:140:3:0 chr12 40758652 . T C 762.02 PASS AF=0.542763;AO=164;DP=304;FAO=165;FDP=304;FR=.;FRO=139;FSAF=79;FSAR=86;FSRF=76;FSRR=63;FWDB=0.0499954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.381;QD=10.0266;RBI=0.0528902;REFB=-0.0136077;REVB=0.0172578;RO=139;SAF=79;SAR=85;SRF=76;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05477;STB=0.531051;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00999239;OID=.;OPOS=40758652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:304:139:139:164:165:0.542763:85:79:76:63:86:79:76:63 chr12 48367976 . C T 472.25 PASS AF=0.519608;AO=106;DP=204;FAO=106;FDP=204;FR=.;FRO=98;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=39;FSRR=59;FWDB=0.00706015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=318.582;QD=9.25987;RBI=0.00711263;REFB=-0.0233502;REVB=-0.000862431;RO=98;SAF=46;SAR=60;SRF=39;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323116;STB=0.517682;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0225114;OID=.;OPOS=48367976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:98:98:106:106:0.519608:60:46:39:59:60:46:39:59 chr12 48369716 . C G 666.22 PASS AF=0.506536;AO=154;DP=305;FAO=155;FDP=306;FR=.;FRO=151;FSAF=67;FSAR=88;FSRF=79;FSRR=72;FWDB=-0.00281324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=383.273;QD=8.7087;RBI=0.0281428;REFB=-0.00975468;REVB=-0.0280019;RO=151;SAF=66;SAR=88;SRF=79;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860919;STB=0.54514;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00960978;OID=.;OPOS=48369716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:306:151:151:154:155:0.506536:88:66:79:72:88:67:79:72 chr12 48374826 . T G 286.64 PASS AF=0.485714;AO=67;DP=141;FAO=68;FDP=140;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=39;FSRR=33;FWDB=0.000526022;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1885;QD=8.18966;RBI=0.00766358;REFB=-0.0106824;REVB=-0.00764551;RO=72;SAF=31;SAR=36;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739119;STB=0.536513;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0138781;OID=.;OPOS=48374826;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:72:72:67:68:0.485714:36:31:39:33:36:32:39:33 chr12 48375568 . A G 227.37 PASS AF=0.466667;AO=56;DP=120;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0415858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.077;QD=7.57912;RBI=0.0417486;REFB=-0.0129367;REVB=-0.0036838;RO=64;SAF=26;SAR=30;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193383;STB=0.510749;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0147049;OID=.;OPOS=48375568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:64:64:56:56:0.466667:30:26:31:33:30:26:31:33 chr12 48375965 . C T 162.99 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00854569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.253;QD=12.3011;RBI=0.019876;REFB=-0.0162226;REVB=0.0179451;RO=22;SAF=21;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108447;STB=0.55996;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00886618;OID=.;OPOS=48375965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:22:22:31:31:0.584906:10:21:12:10:10:21:12:10 chr12 48375975 . A G 162.99 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0042899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.493;QD=12.3009;RBI=0.00610996;REFB=-0.0111861;REVB=-0.00435068;RO=22;SAF=21;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108447;STB=0.55996;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0181156;OID=.;OPOS=48375975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:22:22:31:31:0.584906:10:21:12:10:10:21:12:10 chr12 48376291 . G A 201.34 PASS AF=0.383234;AO=64;DP=167;FAO=64;FDP=167;FR=.;FRO=103;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=53;FSRR=50;FWDB=0.00802544;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.251;QD=4.82246;RBI=0.053916;REFB=-0.0207088;REVB=0.0533153;RO=103;SAF=35;SAR=29;SRF=53;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353993;STB=0.520024;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0370316;OID=.;OPOS=48376291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:103:103:64:64:0.383234:29:35:53:50:29:35:53:50 chr12 48379810 . G A 682.25 PASS AF=0.542751;AO=146;DP=269;FAO=146;FDP=269;FR=.;FRO=123;FSAF=78;FSAR=68;FSRF=68;FSRR=55;FWDB=-0.0269517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.441;QD=10.145;RBI=0.0335787;REFB=-0.0165447;REVB=0.0200283;RO=123;SAF=78;SAR=68;SRF=68;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157072;STB=0.508553;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0142933;OID=.;OPOS=48379810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:269:123:123:146:146:0.542751:68:78:68:55:68:78:68:55 chr12 48388995 . TC T 455.84 PASS AF=0.497696;AO=104;DP=220;FAO=108;FDP=217;FR=.;FRO=109;FSAF=62;FSAR=46;FSRF=56;FSRR=53;FWDB=0.00905252;FXX=0.0136357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.044;QD=8.4025;RBI=0.00921144;REFB=0.00236887;REVB=0.00170366;RO=109;SAF=61;SAR=43;SRF=56;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687814;STB=0.530688;STBP=0.377;TYPE=del;VARB=-0.0020997;OID=.;OPOS=48388996;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.497696:104:220:108:217:109:62:46:56:53:99:109:61:43:56:53 chr12 48389023 . C T 461.1 PASS AF=0.493274;AO=109;DP=222;FAO=110;FDP=223;FR=.;FRO=113;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=65;FSRR=48;FWDB=0.0359682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.524;QD=8.27092;RBI=0.0361248;REFB=-0.00313548;REVB=0.00335916;RO=113;SAF=56;SAR=53;SRF=65;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570448;STB=0.533556;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.003794;OID=.;OPOS=48389023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:223:113:113:109:110:0.493274:53:56:65:48:54:56:65:48 chr12 48389643 . A C 1816.31 PASS AF=1;AO=192;DP=193;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022068;FXX=0.00518108;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.283;QD=37.8397;RBI=0.0480264;REFB=-0.0354596;REVB=0.0426561;RO=1;SAF=85;SAR=107;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00556958;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174058;OID=.;OPOS=48389643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:78:193:192:1:0:192:192:1:107:85:1:0:107:85:0:0 chr12 48391416 . G T 353.28 PASS AF=0.55814;AO=67;DP=129;FAO=72;FDP=129;FR=.;FRO=57;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0243058;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=140.172;QD=10.9543;RBI=0.0244334;REFB=0.00489984;REVB=0.00249386;RO=37;SAF=36;SAR=31;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128774;STB=0.500648;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.0033814;OID=.;OPOS=48391416;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:37:57:67:72:0.55814:31:36:27:10:34:38:30:27 chr12 48398002 . G C 210.68 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00526625;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=436.801;QD=36.6392;RBI=0.011878;REFB=0;REVB=0.0106468;RO=0;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.6234e-06;OID=.;OPOS=48398002;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:23:23:0:0:23:23:1:6:17:0:0:6:17:0:0 chr12 48398080 . T A 210.93 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0953399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.831;QD=36.6835;RBI=0.0960632;REFB=0;REVB=0.0117661;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177136;OID=.;OPOS=48398080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:22:23:0:0:22:23:1:6:16:0:0:6:17:0:0 chr12 56435920 . C G 626.09 PASS AF=0.526515;AO=139;DP=258;FAO=139;FDP=264;FR=.;FRO=125;FSAF=63;FSAR=76;FSRF=66;FSRR=59;FWDB=-0.00479209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.854;QD=9.48622;RBI=0.0424887;REFB=-0.0534651;REVB=-0.0422176;RO=119;SAF=63;SAR=76;SRF=66;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857814;STB=0.535469;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0511766;OID=.;OPOS=56435920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:264:119:125:139:139:0.526515:76:63:66:53:76:63:66:59 chr12 56435929 . C G 510.98 PASS AF=0.477444;AO=127;DP=266;FAO=127;FDP=266;FR=.;FRO=139;FSAF=67;FSAR=60;FSRF=63;FSRR=76;FWDB=0.0102784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1067;QD=7.68392;RBI=0.0207176;REFB=-0.00162401;REVB=-0.0179882;RO=139;SAF=67;SAR=60;SRF=63;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704301;STB=0.538783;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00146095;OID=.;OPOS=56435929;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:266:139:139:127:127:0.477444:60:67:63:76:60:67:63:76 chr12 88453608 . C T 2452.97 PASS AF=1;AO=257;DP=258;FAO=257;FDP=257;FR=.;FRO=0;FSAF=148;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339966;FXX=0.00387582;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1117;QD=38.1785;RBI=0.0914882;REFB=-0.0359787;REVB=-0.0849372;RO=1;SAF=148;SAR=109;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00321026;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105015;OID=.;OPOS=88453608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:258:257:1:0:257:257:1:109:148:1:0:109:148:0:0 chr12 88473049 . C T 796.93 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.638;QD=37.9489;RBI=0.0509316;REFB=0;REVB=0.049125;RO=0;SAF=30;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84988e-05;OID=.;OPOS=88473049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:38:84:84:0:0:84:84:1:54:30:0:0:54:30:0:0 chr12 88478316 . TA T 1551.73 PASS AF=1;AO=182;DP=197;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0661935;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=16.3038;QD=31.5072;RBI=0.0866319;REFB=0;REVB=0.0558883;RO=7;SAF=85;SAR=97;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275423;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00130456;OID=.;OPOS=88478317;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:182:197:197:197:0:94:103:0:0:71:7:85:97:6:1 chr12 88483272 . TA T 1532.6 PASS AF=1;AO=193;DP=221;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.067406;FXX=0.00452468;HRUN=8;LEN=1;MLLD=12.9258;QD=27.8655;RBI=0.0676906;REFB=0.026376;REVB=0.00620044;RO=6;SAF=103;SAR=90;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115363;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000277912;OID=.;OPOS=88483273;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:193:221:220:220:0:114:106:0:0:63:6:103:90:2:4 chr12 88505078 . T C 2347.75 PASS AF=1;AO=249;DP=253;FAO=249;FDP=249;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100607;FXX=0.0158097;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.1653;QD=37.7148;RBI=0.0535602;REFB=-0.0816182;REVB=-0.0526068;RO=0;SAF=128;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305598;OID=.;OPOS=88505078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:95:253:249:0:0:249:249:1:121:128:0:0:121:128:0:0 chr12 88522823 . A AC 2170.08 PASS AF=1;AO=225;DP=229;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123844;FXX=0.00877155;HRUN=0;LEN=1;MLLD=403.295;QD=38.4084;RBI=0.0232186;REFB=0;REVB=-0.0196401;RO=1;SAF=111;SAR=114;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00427359;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-3.38596e-05;OID=.;OPOS=88522824;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:225:229:226:226:0:111:115:0:0:99:1:111:114:1:0 chr12 102150878 . G C 503.94 PASS AF=0.486056;AO=122;DP=251;FAO=122;FDP=251;FR=.;FRO=129;FSAF=71;FSAR=51;FSRF=69;FSRR=60;FWDB=0.00813966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=371.099;QD=8.03093;RBI=0.00986923;REFB=-0.0138704;REVB=0.005581;RO=129;SAF=71;SAR=51;SRF=69;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448132;STB=0.524661;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0148951;OID=.;OPOS=102150878;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:129:129:122:122:0.486056:51:71:69:60:51:71:69:60 chr12 102151113 . A G 338.35 PASS AF=0.513514;AO=76;DP=148;FAO=76;FDP=148;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.00734324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.929;QD=9.14469;RBI=0.0363778;REFB=-0.0194782;REVB=0.035629;RO=72;SAF=33;SAR=43;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464161;STB=0.525514;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0187889;OID=.;OPOS=102151113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:72:72:76:76:0.513514:43:33:35:37:43:33:35:37 chr12 102158763 . T C 529.78 PASS AF=0.52968;AO=116;DP=219;FAO=116;FDP=219;FR=.;FRO=103;FSAF=60;FSAR=56;FSRF=54;FSRR=49;FWDB=0.0364955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.634;QD=9.67631;RBI=0.036504;REFB=-0.0090555;REVB=-0.000787559;RO=103;SAF=60;SAR=56;SRF=54;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00605983;STB=0.503311;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00818424;OID=.;OPOS=102158763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:103:103:116:116:0.52968:56:60:54:49:56:60:54:49 chr12 103237468 . G C 2019.5 PASS AF=1;AO=210;DP=211;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000517205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.495;QD=38.2843;RBI=0.0277996;REFB=0;REVB=-0.0277948;RO=0;SAF=97;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86378e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.28614e-05;OID=.;OPOS=103237468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:95:211:211:0:0:210:211:1:113:97:0:0:114:97:0:0 chr12 103240630 . C A 1024.71 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.555;QD=38.3071;RBI=0.0263214;REFB=0;REVB=0.000750867;RO=0;SAF=49;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3296e-05;OID=.;OPOS=103240630;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:48:106:107:0:0:106:107:1:57:49:0:0:58:49:0:0 chr12 103248924 . C T 2698.96 PASS AF=1;AO=281;DP=282;FAO=282;FDP=282;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00292126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.217;QD=38.2831;RBI=0.00815498;REFB=0;REVB=0.00761379;RO=0;SAF=130;SAR=151;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.32667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66058e-06;OID=.;OPOS=103248924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:282:282:0:0:281:282:1:151:130:0:0:151:131:0:0 chr12 103271193 . G A 3797.22 PASS AF=1;AO=523;DP=525;FAO=398;FDP=398;FR=.;FRO=0;FSAF=229;FSAR=169;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117139;FXX=0.00499988;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.395;QD=38.163;RBI=0.0194034;REFB=-0.0307934;REVB=-0.0154686;RO=2;SAF=306;SAR=217;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00311056;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2751e-05;OID=.;OPOS=103271193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:525:398:2:0:523:398:1:217:306:2:0:169:229:0:0 chr12 109994870 . A T 416.63 PASS AF=0.441406;AO=112;DP=255;FAO=113;FDP=256;FR=.;FRO=143;FSAF=26;FSAR=87;FSRF=42;FSRR=101;FWDB=-0.0487841;FXX=0.015384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.305;QD=6.5099;RBI=0.0497016;REFB=-0.0125772;REVB=-0.00950584;RO=133;SAF=25;SAR=87;SRF=32;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241944;STB=0.547566;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0160203;OID=.;OPOS=109994870;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:256:133:143:112:113:0.441406:87:25:32:101:87:26:42:101 chr12 111350999 . G A 352.34 PASS AF=0.51634;AO=79;DP=153;FAO=79;FDP=153;FR=.;FRO=74;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=0.0124988;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=306.697;QD=9.21147;RBI=0.0165747;REFB=-0.00337217;REVB=-0.0108857;RO=73;SAF=44;SAR=35;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115605;STB=0.5666;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00306524;OID=.;OPOS=111350999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:73:74:79:79:0.51634:35:44:31:42:35:44:31:43 chr12 111926255 . T G 250.05 PASS AF=0.420118;AO=71;DP=169;FAO=71;FDP=169;FR=.;FRO=98;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=42;FSRR=56;FWDB=0.00966468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.397;QD=5.91826;RBI=0.0197978;REFB=-0.0214912;REVB=0.0172785;RO=98;SAF=29;SAR=42;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214597;STB=0.512016;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0295039;OID=.;OPOS=111926255;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:98:98:71:71:0.420118:42:29:42:56:42:29:42:56 chr12 112036753 . GGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC GGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC,GGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,GGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT 115.68 PASS AF=0.153846,0,0.846154;AO=5,4,4;DP=13;FAO=2,0,11;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,10;FSAR=2,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.123984,0.264818,0.232352;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=3,1,1;MLLD=69.1863,121.871,147.255;QD=35.5945;RBI=0.128992,0.270589,0.242824;REFB=0,0,0;REVB=-0.0355954,0.0555865,0.0705402;RO=0;SAF=3,4,3;SAR=2,0,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0231807,0,0.00592289;OID=.,.,.;OPOS=112036754,112036779,112036779;OREF=GCT,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=GGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGC,GGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,GGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.153846,0,0.846154:5,4,4:13:2,0,11:13:0:0,0,10:2,0,1:0:0:7:0:3,4,3:2,0,1:0:0 chr12 112036782 . T C 88.36 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0534554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0797;QD=19.6352;RBI=0.0665578;REFB=-0.153373;REVB=-0.0396542;RO=5;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030782;STB=0.517215;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0756339;OID=.;OPOS=112036782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:18:18:5:5:13:13:0.722222:6:7:3:2:6:7:3:2 chr12 112036797 . C T 16.77 PASS AF=0.263158;AO=4;DP=18;FAO=5;FDP=19;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0529215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0988;QD=3.53082;RBI=0.0589257;REFB=-0.0651394;REVB=0.0259144;RO=14;SAF=2;SAR=2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.574168;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.160568;OID=.;OPOS=112036797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:18:19:14:14:4:5:0.263158:2:2:7:7:2:3:7:7 chr12 112036929 . G A 327.37 PASS AF=0.60396;AO=61;DP=101;FAO=61;FDP=101;FR=.;FRO=40;FSAF=42;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=1;FWDB=0.0228192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2391;QD=12.9649;RBI=0.052757;REFB=-0.0181317;REVB=0.0475666;RO=40;SAF=42;SAR=19;SRF=39;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273869;STB=0.646871;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.012656;OID=.;OPOS=112036929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:40:40:61:61:0.60396:19:42:39:1:19:42:39:1 chr12 112037000 . G C 388.9 PASS AF=0.590551;AO=75;DP=127;FAO=75;FDP=127;FR=.;FRO=52;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=13;FWDB=0.0732997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3684;QD=12.249;RBI=0.0752831;REFB=-0.0671293;REVB=-0.0171665;RO=52;SAF=42;SAR=33;SRF=39;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148451;STB=0.580436;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0364949;OID=.;OPOS=112037000;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:52:52:75:75:0.590551:33:42:39:13:33:42:39:13 chr12 112915434 . C T 386.39 PASS AF=0.521212;AO=86;DP=165;FAO=86;FDP=165;FR=.;FRO=79;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.0116248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0377;QD=9.36696;RBI=0.0258105;REFB=-0.0171152;REVB=0.0230444;RO=79;SAF=34;SAR=52;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656011;STB=0.535996;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0164245;OID=.;OPOS=112915434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:79:79:86:86:0.521212:52:34:37:42:52:34:37:42 chr12 114793240 . C T 1761.16 PASS AF=1;AO=184;DP=185;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206874;FXX=0.00540511;HRUN=2;LEN=1;MLLD=311.951;QD=38.2861;RBI=0.0221483;REFB=0;REVB=0.00791057;RO=0;SAF=96;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.00578e-06;OID=.;OPOS=114793240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:83:185:184:0:0:184:184:1:88:96:0:0:88:96:0:0 chr12 114832510 . C A 2125.09 PASS AF=1;AO=221;DP=223;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220566;FXX=0.00892817;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5681;QD=38.29;RBI=0.0271917;REFB=0;REVB=-0.0159028;RO=0;SAF=87;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63472e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105197;OID=.;OPOS=114832510;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:223:222:0:0:221:222:1:134:87:0:0:134:88:0:0 chr13 20762956 . A G 2384.63 PASS AF=1;AO=248;DP=248;FAO=248;FDP=248;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.609;QD=38.4618;RBI=0.0521122;REFB=0;REVB=-0.0322688;RO=0;SAF=129;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.52677e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.04765e-05;OID=.;OPOS=20762956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:248:248:0:0:248:248:1:119:129:0:0:119:129:0:0 chr13 48919358 . T G 1530.83 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.6313;QD=38.5116;RBI=0.0300758;REFB=0;REVB=-0.0122799;RO=0;SAF=73;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40066e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147532;OID=.;OPOS=48919358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:72:159:159:0:0:158:159:1:85:73:0:0:86:73:0:0 chr13 48947469 . G T 2127.98 PASS AF=1;AO=224;DP=225;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362534;FXX=0.00444425;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4457;QD=37.9997;RBI=0.0743326;REFB=0.0472872;REVB=-0.0648924;RO=1;SAF=92;SAR=132;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00515109;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000536949;OID=.;OPOS=48947469;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:92:225:224:1:0:224:224:1:132:92:1:0:132:92:0:0 chr13 49033747 . G A 2513.67 PASS AF=1;AO=262;DP=263;FAO=264;FDP=264;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213318;FXX=0.0112355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6493;QD=38.0859;RBI=0.0214104;REFB=-0.00887181;REVB=0.00183311;RO=0;SAF=134;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159405;OID=.;OPOS=49033747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:263:264:0:0:262:264:1:128:134:0:0:130:134:0:0 chr13 52511362 . C G 659.51 PASS AF=0.458886;AO=173;DP=377;FAO=173;FDP=377;FR=.;FRO=204;FSAF=91;FSAR=82;FSRF=101;FSRR=103;FWDB=0.0112111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.122;QD=6.99743;RBI=0.0123826;REFB=0.00289777;REVB=0.00525743;RO=204;SAF=91;SAR=82;SRF=101;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303367;STB=0.516742;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.00358743;OID=.;OPOS=52511362;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:377:377:204:204:173:173:0.458886:82:91:101:103:82:91:101:103 chr13 52511606 . G A 818.78 PASS AF=0.5;AO=194;DP=388;FAO=194;FDP=388;FR=.;FRO=194;FSAF=93;FSAR=101;FSRF=98;FSRR=96;FWDB=0.0490059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3902;QD=8.44098;RBI=0.0564825;REFB=-0.0180164;REVB=0.0280837;RO=194;SAF=93;SAR=101;SRF=98;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235482;STB=0.512893;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0183328;OID=.;OPOS=52511606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:388:388:194:194:194:194:0.5:101:93:98:96:101:93:98:96 chr13 52515354 . A G 512.56 PASS AF=0.5;AO=120;DP=240;FAO=120;FDP=240;FR=.;FRO=120;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=68;FSRR=52;FWDB=-0.00334077;FXX=0.00414921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.406;QD=8.5426;RBI=0.0212816;REFB=0.000257973;REVB=-0.0210177;RO=120;SAF=58;SAR=62;SRF=68;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075815;STB=0.54159;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.000321109;OID=.;OPOS=52515354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:120:120:120:120:0.5:62:58:68:52:62:58:68:52 chr13 52520435 . C T 331.05 PASS AF=0.468927;AO=83;DP=177;FAO=83;FDP=177;FR=.;FRO=94;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=55;FSRR=39;FWDB=-0.00903044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.64;QD=7.48128;RBI=0.0311227;REFB=-0.0168396;REVB=-0.0297838;RO=94;SAF=44;SAR=39;SRF=55;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531837;STB=0.529405;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0204001;OID=.;OPOS=52520435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:94:94:83:83:0.468927:39:44:55:39:39:44:55:39 chr13 52520704 . C A 565.3 PASS AF=0.494505;AO=135;DP=274;FAO=135;FDP=273;FR=.;FRO=138;FSAF=54;FSAR=81;FSRF=61;FSRR=77;FWDB=0.0219176;FXX=0.0036495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.35;QD=8.28278;RBI=0.022026;REFB=-0.0103873;REVB=-0.00218233;RO=138;SAF=54;SAR=81;SRF=61;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399324;STB=0.521933;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00973191;OID=.;OPOS=52520704;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:273:138:138:135:135:0.494505:81:54:61:77:81:54:61:77 chr13 52523808 . C T 522.75 PASS AF=0.494024;AO=124;DP=251;FAO=124;FDP=251;FR=.;FRO=127;FSAF=55;FSAR=69;FSRF=64;FSRR=63;FWDB=0.0163021;FXX=0.0039681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=388.61;QD=8.33061;RBI=0.0163414;REFB=-0.00296834;REVB=0.0011324;RO=127;SAF=55;SAR=69;SRF=64;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559356;STB=0.53073;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0031628;OID=.;OPOS=52523808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:127:127:124:124:0.494024:69:55:64:63:69:55:64:63 chr13 52544805 . C G 462.62 PASS AF=0.507177;AO=106;DP=210;FAO=106;FDP=209;FR=.;FRO=103;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=53;FSRR=50;FWDB=-0.0317066;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6682;QD=8.85395;RBI=0.0341911;REFB=-0.0156538;REVB=-0.0127956;RO=103;SAF=47;SAR=59;SRF=53;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642182;STB=0.535238;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0147729;OID=.;OPOS=52544805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:209:103:103:106:106:0.507177:59:47:53:50:59:47:53:50 chr13 52548140 . A C 860.65 PASS AF=0.508861;AO=200;DP=396;FAO=201;FDP=395;FR=.;FRO=194;FSAF=98;FSAR=103;FSRF=100;FSRR=94;FWDB=-0.0146938;FXX=0.00252519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.794;QD=8.71542;RBI=0.0593421;REFB=-0.00541238;REVB=0.0574941;RO=193;SAF=97;SAR=103;SRF=100;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297616;STB=0.513701;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00554521;OID=.;OPOS=52548140;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:396:395:193:194:200:201:0.508861:103:97:100:93:103:98:100:94 chr13 110813523 . C T 578.45 PASS AF=0.507576;AO=134;DP=264;FAO=134;FDP=264;FR=.;FRO=130;FSAF=58;FSAR=76;FSRF=55;FSRR=75;FWDB=0.0086345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.998;QD=8.76432;RBI=0.0335949;REFB=-0.031508;REVB=0.0324664;RO=129;SAF=58;SAR=76;SRF=54;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130069;STB=0.5049;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0288526;OID=.;OPOS=110813523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:264:129:130:134:134:0.507576:76:58:54:75:76:58:55:75 chr13 110813532 . G A 587.72 PASS AF=0.511364;AO=135;DP=264;FAO=135;FDP=264;FR=.;FRO=129;FSAF=59;FSAR=76;FSRF=54;FSRR=75;FWDB=0.0113571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.128;QD=8.90487;RBI=0.0288174;REFB=-0.0248836;REVB=-0.0264851;RO=129;SAF=59;SAR=76;SRF=54;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167587;STB=0.509172;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0287818;OID=.;OPOS=110813532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:264:264:129:129:135:135:0.511364:76:59:54:75:76:59:54:75 chr13 110813709 . G A 614.77 PASS AF=0.514706;AO=140;DP=272;FAO=140;FDP=272;FR=.;FRO=132;FSAF=62;FSAR=78;FSRF=70;FSRR=62;FWDB=0.0245159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.382;QD=9.04074;RBI=0.0278662;REFB=-0.0434018;REVB=-0.0132475;RO=132;SAF=62;SAR=78;SRF=70;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778137;STB=0.542574;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0344389;OID=.;OPOS=110813709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:132:132:140:140:0.514706:78:62:70:62:78:62:70:62 chr13 110817171 . G C 626.25 PASS AF=0.440204;AO=172;DP=393;FAO=173;FDP=393;FR=.;FRO=220;FSAF=147;FSAR=26;FSRF=167;FSRR=53;FWDB=0.0014473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.3945;QD=6.37408;RBI=0.00989674;REFB=0.00950891;REVB=0.00979034;RO=219;SAF=146;SAR=26;SRF=166;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155613;STB=0.587186;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0114472;OID=.;OPOS=110817171;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:393:393:219:220:172:173:0.440204:26:146:166:53:26:147:167:53 chr13 110819457 . A G 3853.67 PASS AF=1;AO=477;DP=477;FAO=400;FDP=400;FR=.;FRO=0;FSAF=183;FSAR=217;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.346;QD=38.5367;RBI=0.0414888;REFB=0;REVB=0.0243306;RO=0;SAF=222;SAR=255;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.01061e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01114e-05;OID=.;OPOS=110819457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:477:400:0:0:477:400:1:255:222:0:0:217:183:0:0 chr13 110819460 . G A 3843.79 PASS AF=1;AO=477;DP=478;FAO=399;FDP=399;FR=.;FRO=0;FSAF=182;FSAR=217;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397167;FXX=0.00249994;HRUN=1;LEN=1;MLLD=377.11;QD=38.5342;RBI=0.046114;REFB=0;REVB=0.0234326;RO=0;SAF=221;SAR=256;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.01242e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84932e-05;OID=.;OPOS=110819460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:478:399:0:0:477:399:1:256:221:0:0:217:182:0:0 chr13 110819586 . G A 2721.59 PASS AF=1;AO=284;DP=284;FAO=284;FDP=284;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=250;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.114;QD=38.3323;RBI=0.0342313;REFB=0;REVB=0.0167615;RO=0;SAF=34;SAR=250;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99645e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.92673e-05;OID=.;OPOS=110819586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:284:284:0:0:284:284:1:250:34:0:0:250:34:0:0 chr13 110839550 . T G 2432.85 PASS AF=1;AO=254;DP=254;FAO=254;FDP=254;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.453;QD=38.3126;RBI=0.11376;REFB=0;REVB=-0.0511431;RO=0;SAF=130;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132524;OID=.;OPOS=110839550;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:254:254:0:0:254:254:1:124:130:0:0:124:130:0:0 chr13 110850770 . T C 2192.12 PASS AF=1;AO=228;DP=228;FAO=228;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.334;QD=38.4582;RBI=0.0152411;REFB=0;REVB=0.00782672;RO=0;SAF=119;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48415e-05;OID=.;OPOS=110850770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:228:228:0:0:228:228:1:109:119:0:0:109:119:0:0 chr13 110850842 . A G 445.47 PASS AF=0.482301;AO=107;DP=224;FAO=109;FDP=226;FR=.;FRO=117;FSAF=55;FSAR=54;FSRF=61;FSRR=56;FWDB=-0.0636453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.596;QD=7.88447;RBI=0.0636484;REFB=-0.0108802;REVB=0.000632225;RO=117;SAF=54;SAR=53;SRF=61;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158186;STB=0.508688;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0114621;OID=.;OPOS=110850842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:226:117:117:107:109:0.482301:53:54:61:56:54:55:61:56 chr13 110859069 . G C 1790.19 PASS AF=1;AO=191;DP=193;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250044;FXX=0.0103622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.816;QD=37.4908;RBI=0.0254637;REFB=0.0444126;REVB=0.00481412;RO=2;SAF=114;SAR=77;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00198514;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00156113;OID=.;OPOS=110859069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:69:193:191:2:0:191:191:1:77:114:1:1:77:114:0:0 chr13 110859622 . A T 3069.15 PASS AF=1;AO=320;DP=320;FAO=320;FDP=320;FR=.;FRO=0;FSAF=181;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204451;FXX=0.00311517;HRUN=1;LEN=1;MLLD=392.054;QD=38.3644;RBI=0.0212683;REFB=0;REVB=-0.00586009;RO=0;SAF=181;SAR=139;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37915e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.00388e-06;OID=.;OPOS=110859622;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:320:320:0:0:320:320:1:139:181:0:0:139:181:0:0 chr13 110859690 . A G 3179.87 PASS AF=1;AO=330;DP=330;FAO=330;FDP=330;FR=.;FRO=0;FSAF=176;FSAR=154;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.551;QD=38.5439;RBI=0.037588;REFB=0;REVB=-0.00189343;RO=0;SAF=176;SAR=154;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24846e-05;OID=.;OPOS=110859690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:330:330:0:0:330:330:1:154:176:0:0:154:176:0:0 chr13 110862268 . A C 1538.41 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00161535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=308.999;QD=38.2213;RBI=0.0193205;REFB=0;REVB=0.0192528;RO=0;SAF=71;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05365e-05;OID=.;OPOS=110862268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:73:161:161:0:0:161:161:1:90:71:0:0:90:71:0:0 chr13 110862303 . G A 1545.83 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.889;QD=38.1686;RBI=0.0370394;REFB=0;REVB=-0.0281375;RO=0;SAF=69;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.68652e-05;OID=.;OPOS=110862303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:73:162:162:0:0:162:162:1:93:69:0:0:93:69:0:0 chr13 110895092 . A G 3703.95 PASS AF=1;AO=387;DP=388;FAO=387;FDP=387;FR=.;FRO=0;FSAF=218;FSAR=169;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00513951;FXX=0.00257725;HRUN=4;LEN=1;MLLD=420.023;QD=38.2838;RBI=0.00622281;REFB=-0.035713;REVB=-0.0035084;RO=1;SAF=218;SAR=169;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0021842;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98277e-06;OID=.;OPOS=110895092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:388:387:1:0:387:387:1:169:218:1:0:169:218:0:0 chr13 110959356 . C G 451.3 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0150968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.527;QD=32.8215;RBI=0.0151308;REFB=0.00508503;REVB=0.00101369;RO=3;SAF=26;SAR=26;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170972;STB=0.509087;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-6.5516e-05;OID=.;OPOS=110959356;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:55:55:3:3:52:52:0.945455:26:26:1:2:26:26:1:2 chr14 21769193 . C A 516.06 PASS AF=0.477612;AO=128;DP=268;FAO=128;FDP=268;FR=.;FRO=140;FSAF=65;FSAR=63;FSRF=68;FSRR=72;FWDB=0.0168182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.55;QD=7.70244;RBI=0.0232194;REFB=-0.0436298;REVB=-0.0160091;RO=140;SAF=65;SAR=63;SRF=68;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209565;STB=0.511541;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0502818;OID=.;OPOS=21769193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:268:140:140:128:128:0.477612:63:65:68:72:63:65:68:72 chr14 21770730 . A G 2757.29 PASS AF=1;AO=287;DP=287;FAO=287;FDP=287;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.508;QD=38.4291;RBI=0.0141319;REFB=0;REVB=0.000656157;RO=0;SAF=139;SAR=148;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.24979e-06;OID=.;OPOS=21770730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:287:287:0:0:287:287:1:148:139:0:0:148:139:0:0 chr14 21778588 . G A 1518.72 PASS AF=1;AO=161;DP=162;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0021456;FXX=0.00617246;HRUN=4;LEN=1;MLLD=380.913;QD=37.7321;RBI=0.0254046;REFB=-0.0143142;REVB=0.0253138;RO=1;SAF=107;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0044266;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44437e-05;OID=.;OPOS=21778588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:64:162:161:1:0:161:161:1:54:107:1:0:54:107:0:0 chr14 21778717 . AAAT A 1476.99 PASS AF=0.964706;AO=161;DP=170;FAO=164;FDP=170;FR=.;FRO=6;FSAF=91;FSAR=73;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0739004;FXX=0.034089;HRUN=4;LEN=3;MLLD=294.262;QD=34.7526;RBI=0.0796857;REFB=-0.147994;REVB=0.0298083;RO=0;SAF=89;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.328205;SSEP=0;SSSB=3.2938e-08;STB=0.515956;STBP=0.038;TYPE=del;VARB=0.00262982;OID=.;OPOS=21778718;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.964706:161:170:164:170:6:91:73:6:0:33:0:89:72:0:0 chr14 21778792 . T C 2308.2 PASS AF=1;AO=240;DP=240;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=403.957;QD=38.3104;RBI=0.0199659;REFB=0;REVB=0.00966325;RO=0;SAF=103;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01061e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05655e-05;OID=.;OPOS=21778792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:240:241:0:0:240:241:1:137:103:0:0:138:103:0:0 chr14 23790864 . G A 678.4 PASS AF=0.486726;AO=165;DP=340;FAO=165;FDP=339;FR=.;FRO=174;FSAF=79;FSAR=86;FSRF=98;FSRR=76;FWDB=0.0266144;FXX=0.00294109;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8587;QD=8.0047;RBI=0.0645329;REFB=-0.00113238;REVB=0.0587892;RO=174;SAF=79;SAR=86;SRF=98;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787888;STB=0.54325;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00135283;OID=.;OPOS=23790864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:340:339:174:174:165:165:0.486726:86:79:98:76:86:79:98:76 chr14 23853629 . T C 864.24 PASS AF=0.505;AO=229;DP=465;FAO=202;FDP=400;FR=.;FRO=198;FSAF=98;FSAR=104;FSRF=105;FSRR=93;FWDB=-0.00615173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.659;QD=8.64236;RBI=0.0122344;REFB=-0.014562;REVB=-0.0105753;RO=236;SAF=113;SAR=116;SRF=124;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296095;STB=0.522339;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0145144;OID=.;OPOS=23853629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:465:400:236:198:229:202:0.505:116:113:124:112:104:98:105:93 chr14 23854324 . A G 764.95 PASS AF=0.4775;AO=240;DP=508;FAO=191;FDP=400;FR=.;FRO=209;FSAF=101;FSAR=90;FSRF=102;FSRR=107;FWDB=-0.0056025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=347.701;QD=7.64945;RBI=0.012626;REFB=-0.000169807;REVB=-0.0113149;RO=268;SAF=132;SAR=108;SRF=129;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660469;STB=0.521312;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.000179306;OID=.;OPOS=23854324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:508:400:268:209:240:191:0.4775:108:132:129:139:90:101:102:107 chr14 23854352 . A T 513.17 PASS AF=0.412214;AO=138;DP=472;FAO=162;FDP=393;FR=.,HEALED;FRO=231;FSAF=68;FSAR=94;FSRF=106;FSRR=125;FWDB=0.0298837;FXX=0.0174996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=28.0561;QD=5.22308;RBI=0.0339209;REFB=0.00808739;REVB=-0.0160498;RO=139;SAF=72;SAR=66;SRF=75;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163538;STB=0.523423;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.00938756;OID=.;OPOS=23854352;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:472:393:139:231:138:162:0.412214:66:72:75:64:94:68:106:125 chr14 23855569 . A G 460.25 PASS AF=0.466135;AO=117;DP=251;FAO=117;FDP=251;FR=.;FRO=134;FSAF=63;FSAR=54;FSRF=61;FSRR=73;FWDB=0.0244829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.001;QD=7.33458;RBI=0.0299974;REFB=-0.0355292;REVB=-0.017333;RO=132;SAF=63;SAR=54;SRF=61;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733107;STB=0.544389;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0379456;OID=.;OPOS=23855569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:132:134:117:117:0.466135:54:63:61:71:54:63:61:73 chr14 23855849 . C T 237.33 PASS AF=0.417178;AO=68;DP=163;FAO=68;FDP=163;FR=.;FRO=95;FSAF=60;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=45;FWDB=0.0246015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.656;QD=5.82403;RBI=0.0340337;REFB=-0.00948844;REVB=-0.0235172;RO=94;SAF=60;SAR=8;SRF=49;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.4979;STB=0.783152;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0504293;OID=.;OPOS=23855849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:94:95:68:68:0.417178:8:60:49:45:8:60:50:45 chr14 23861811 . A G 252.22 PASS AF=0.454545;AO=65;DP=143;FAO=65;FDP=143;FR=.;FRO=78;FSAF=63;FSAR=2;FSRF=72;FSRR=6;FWDB=-0.0245937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.575;QD=7.05519;RBI=0.0250111;REFB=-0.0305767;REVB=0.00455038;RO=78;SAF=63;SAR=2;SRF=72;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264553;STB=0.651104;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0349502;OID=.;OPOS=23861811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:78:78:65:65:0.454545:2:63:72:6:2:63:72:6 chr14 23865885 . G A 822.32 PASS AF=0.542945;AO=177;DP=326;FAO=177;FDP=326;FR=.;FRO=149;FSAF=93;FSAR=84;FSRF=93;FSRR=56;FWDB=0.0278576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7671;QD=10.0899;RBI=0.0503558;REFB=-0.0223305;REVB=0.0419482;RO=149;SAF=93;SAR=84;SRF=93;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836154;STB=0.545449;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0207237;OID=.;OPOS=23865885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:326:149:149:177:177:0.542945:84:93:93:56:84:93:93:56 chr14 23866713 . A G 745.21 PASS AF=0.491803;AO=180;DP=365;FAO=180;FDP=366;FR=.;FRO=186;FSAF=103;FSAR=77;FSRF=87;FSRR=99;FWDB=-0.0181796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=385.952;QD=8.14435;RBI=0.0183035;REFB=-0.0139982;REVB=-0.0021262;RO=185;SAF=103;SAR=77;SRF=86;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997075;STB=0.553386;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0143578;OID=.;OPOS=23866713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:365:366:185:186:180:180:0.491803:77:103:86:99:77:103:87:99 chr14 23868214 . C T 911.09 PASS AF=0.5175;AO=216;DP=424;FAO=207;FDP=400;FR=.;FRO=193;FSAF=103;FSAR=104;FSRF=93;FSRR=100;FWDB=-0.00870554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.05;QD=9.1109;RBI=0.0253437;REFB=-0.0273248;REVB=0.0238016;RO=208;SAF=107;SAR=109;SRF=101;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00879247;STB=0.507585;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0242784;OID=.;OPOS=23868214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:424:400:208:193:216:207:0.5175:109:107:101:107:104:103:93:100 chr14 23868285 . G A 864.23 PASS AF=0.505;AO=216;DP=427;FAO=202;FDP=400;FR=.;FRO=198;FSAF=100;FSAR=102;FSRF=92;FSRR=106;FWDB=0.00224184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.087;QD=8.64228;RBI=0.0104143;REFB=-0.0314147;REVB=0.0101702;RO=211;SAF=105;SAR=111;SRF=101;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00672817;STB=0.515054;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0327062;OID=.;OPOS=23868285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:427:400:211:198:216:202:0.505:111:105:101:110:102:100:92:106 chr14 23872666 . T C 296.8 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6485;QD=37.0999;RBI=0.0194408;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=32;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440934;OID=.;OPOS=23872666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:32:32:0:0:32:32:1:0:32:0:0:0:32:0:0 chr14 23874117 . T C 415.14 PASS AF=0.46875;AO=105;DP=224;FAO=105;FDP=224;FR=.;FRO=119;FSAF=38;FSAR=67;FSRF=51;FSRR=68;FWDB=0.0168994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.307;QD=7.41321;RBI=0.0178554;REFB=-0.0177005;REVB=0.00576416;RO=118;SAF=38;SAR=67;SRF=50;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628211;STB=0.537539;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0193938;OID=.;OPOS=23874117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:118:119:105:105:0.46875:67:38:50:68:67:38:51:68 chr14 23874523 . C T 892.22 PASS AF=0.5125;AO=217;DP=423;FAO=205;FDP=400;FR=.;FRO=195;FSAF=102;FSAR=103;FSRF=94;FSRR=101;FWDB=-0.00748519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0771;QD=8.92216;RBI=0.0124604;REFB=0.00654846;REVB=-0.00996156;RO=206;SAF=105;SAR=112;SRF=101;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00572913;STB=0.507561;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.00682441;OID=.;OPOS=23874523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:423:400:206:195:217:205:0.5125:112:105:101:105:103:102:94:101 chr14 23883184 . C T 463.32 PASS AF=0.522843;AO=103;DP=197;FAO=103;FDP=197;FR=.;FRO=94;FSAF=61;FSAR=42;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=0.0240448;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=317.212;QD=9.40751;RBI=0.0348267;REFB=-0.0108626;REVB=0.0251942;RO=94;SAF=61;SAR=42;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724921;STB=0.539707;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00893838;OID=.;OPOS=23883184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:94:94:103:103:0.522843:42:61:48:46:42:61:48:46 chr14 23886264 . C T 473.91 PASS AF=0.479508;AO=117;DP=244;FAO=117;FDP=244;FR=.;FRO=127;FSAF=57;FSAR=60;FSRF=67;FSRR=60;FWDB=0.00148416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1395;QD=7.76906;RBI=0.0338481;REFB=-0.0257426;REVB=0.0338155;RO=127;SAF=57;SAR=60;SRF=67;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038137;STB=0.521005;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0280634;OID=.;OPOS=23886264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:127:127:117:117:0.479508:60:57:67:60:60:57:67:60 chr14 23892888 . A G 476.18 PASS AF=0.549451;AO=100;DP=181;FAO=100;FDP=182;FR=.;FRO=82;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=-0.0651178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8652;QD=10.4656;RBI=0.164119;REFB=-0.00193061;REVB=-0.150647;RO=81;SAF=52;SAR=48;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190987;STB=0.512999;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.000168658;OID=.;OPOS=23892888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:81:82:100:100:0.549451:48:52:44:37:48:52:45:37 chr14 23899027 . C T 360.96 PASS AF=0.448598;AO=96;DP=214;FAO=96;FDP=214;FR=.;FRO=118;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=61;FSRR=57;FWDB=-0.0132679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.144;QD=6.74692;RBI=0.0213438;REFB=-0.0285697;REVB=-0.0167189;RO=117;SAF=46;SAR=50;SRF=60;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333323;STB=0.520829;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0371436;OID=.;OPOS=23899027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:117:118:96:96:0.448598:50:46:60:57:50:46:61:57 chr14 51054598 . A G 424.69 PASS AF=0.481481;AO=104;DP=216;FAO=104;FDP=216;FR=.;FRO=112;FSAF=43;FSAR=61;FSRF=65;FSRR=47;FWDB=-0.0445718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.913;QD=7.86471;RBI=0.0470158;REFB=-0.020582;REVB=0.0149613;RO=112;SAF=43;SAR=61;SRF=65;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157016;STB=0.586522;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0174044;OID=.;OPOS=51054598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:112:112:104:104:0.481481:61:43:65:47:61:43:65:47 chr14 51057727 . G A 2217.29 PASS AF=1;AO=230;DP=230;FAO=230;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.528;QD=38.5616;RBI=0.0261799;REFB=0;REVB=0.0170123;RO=0;SAF=113;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54855e-05;OID=.;OPOS=51057727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:230:230:0:0:230:230:1:117:113:0:0:117:113:0:0 chr14 51058234 . G T 3757.41 PASS AF=1;AO=390;DP=390;FAO=390;FDP=390;FR=.;FRO=0;FSAF=199;FSAR=191;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.744;QD=38.5375;RBI=0.0451208;REFB=0;REVB=0.0107006;RO=0;SAF=199;SAR=191;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91517e-05;OID=.;OPOS=51058234;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:390:390:0:0:390:390:1:191:199:0:0:191:199:0:0 chr14 51062357 . G A 409.02 PASS AF=0.5;AO=95;DP=190;FAO=95;FDP=190;FR=.;FRO=95;FSAF=19;FSAR=76;FSRF=22;FSRR=73;FWDB=0.0102867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.519;QD=8.61099;RBI=0.0317619;REFB=0.00138991;REVB=0.03005;RO=95;SAF=19;SAR=76;SRF=22;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434782;STB=0.523956;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.00140841;OID=.;OPOS=51062357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:95:95:95:95:0.5:76:19:22:73:76:19:22:73 chr14 73664853 . G T 3741.88 PASS AF=1;AO=460;DP=464;FAO=396;FDP=396;FR=.;FRO=0;FSAF=202;FSAR=194;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00595111;FXX=0.00999975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=359.932;QD=37.7967;RBI=0.0156959;REFB=-0.0464198;REVB=0.014524;RO=4;SAF=236;SAR=224;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00390277;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126511;OID=.;OPOS=73664853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:464:396:4:0:460:396:1:224:236:3:1:194:202:0:0 chr14 88852031 . A G 1518.72 PASS AF=1;AO=161;DP=162;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257385;FXX=0.00617246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=322.129;QD=37.7321;RBI=0.0818;REFB=0.0487318;REVB=-0.0776452;RO=1;SAF=97;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00737651;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.82598e-05;OID=.;OPOS=88852031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:64:162:161:1:0:161:161:1:64:97:0:1:64:97:0:0 chr14 88852279 . TG T 1147.2 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228684;FXX=0.00833264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.0647;QD=38.5615;RBI=0.110383;REFB=0;REVB=-0.107988;RO=0;SAF=56;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.289157;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00107357;OID=.;OPOS=88852280;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:119:120:119:119:0:56:63:0:0:54:0:56:63:0:0 chr14 88895669 . T G 2568.75 PASS AF=1;AO=273;DP=277;FAO=273;FDP=273;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000982412;FXX=0.0144399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1306;QD=37.6374;RBI=0.0247659;REFB=0.0180801;REVB=-0.0247464;RO=3;SAF=147;SAR=126;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0096299;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00349001;OID=.;OPOS=88895669;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:97:277:273:3:0:273:273:1:126:147:3:0:126:147:0:0 chr15 28090173 . C T 302.09 PASS AF=0.477419;AO=74;DP=155;FAO=74;FDP=155;FR=.;FRO=81;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.00247707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=356.364;QD=7.79594;RBI=0.00676414;REFB=0.00155647;REVB=-0.00629426;RO=81;SAF=34;SAR=40;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067494;STB=0.537324;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.00170916;OID=.;OPOS=28090173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:81:81:74:74:0.477419:40:34:43:38:40:34:43:38 chr15 28096538 . A G 226.6 PASS AF=0.416667;AO=65;DP=156;FAO=65;FDP=156;FR=.;FRO=91;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=0.000143341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1832;QD=5.81023;RBI=0.0267517;REFB=-0.00828498;REVB=-0.0267513;RO=91;SAF=25;SAR=40;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940892;STB=0.552829;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0114684;OID=.;OPOS=28096538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:91:91:65:65:0.416667:40:25:43:48:40:25:43:48 chr15 28116275 . G C 1449.61 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.639;QD=38.1476;RBI=0.0469997;REFB=0;REVB=0.0299434;RO=0;SAF=74;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85335e-05;OID=.;OPOS=28116275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:69:152:152:0:0:152:152:1:78:74:0:0:78:74:0:0 chr15 28211921 . G A 673.07 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00229486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.318;QD=37.9194;RBI=0.0194865;REFB=0;REVB=0.0193509;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12283e-05;OID=.;OPOS=28211921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:71:71:0:0:71:71:1:32:39:0:0:32:39:0:0 chr15 28231793 . T C 3815.64 PASS AF=1;AO=427;DP=431;FAO=396;FDP=396;FR=.;FRO=0;FSAF=233;FSAR=163;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117649;FXX=0.00999975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.106;QD=38.5418;RBI=0.031259;REFB=0;REVB=0.0289606;RO=0;SAF=252;SAR=175;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20506e-06;OID=.;OPOS=28231793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:431:396:0:0:427:396:1:175:252:0:0:163:233:0:0 chr15 28235773 . C T 2691.57 PASS AF=1;AO=282;DP=283;FAO=281;FDP=281;FR=.;FRO=0;FSAF=154;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00316317;FXX=0.00706689;HRUN=2;LEN=1;MLLD=313.915;QD=38.3141;RBI=0.0252703;REFB=0;REVB=0.0250715;RO=0;SAF=155;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.81965e-06;OID=.;OPOS=28235773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:283:281:0:0:282:281:1:127:155:0:0:127:154:0:0 chr15 35084215 . C G 689.14 PASS AF=0.507937;AO=160;DP=315;FAO=160;FDP=315;FR=.;FRO=155;FSAF=91;FSAR=69;FSRF=87;FSRR=68;FWDB=0.0304568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.022;QD=8.75095;RBI=0.0695466;REFB=-0.0143327;REVB=-0.0625229;RO=155;SAF=91;SAR=69;SRF=87;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00682829;STB=0.503737;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0166625;OID=.;OPOS=35084215;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:315:155:155:160:160:0.507937:69:91:87:68:69:91:87:68 chr15 42652099 . T C 918.79 PASS AF=0.522727;AO=207;DP=396;FAO=207;FDP=396;FR=.;FRO=189;FSAF=93;FSAR=114;FSRF=93;FSRR=96;FWDB=-0.0990436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3452;QD=9.28066;RBI=0.100634;REFB=-0.0275583;REVB=0.0178225;RO=189;SAF=93;SAR=114;SRF=93;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376627;STB=0.520546;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0248302;OID=.;OPOS=42652099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:396:396:189:189:207:207:0.522727:114:93:93:96:114:93:93:96 chr15 42680058 . T C 321.66 PASS AF=0.530769;AO=69;DP=130;FAO=69;FDP=130;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.0761574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0005;QD=9.89719;RBI=0.0763723;REFB=-0.0227731;REVB=-0.00572499;RO=61;SAF=31;SAR=38;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485364;STB=0.526606;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0196262;OID=.;OPOS=42680058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:61:61:69:69:0.530769:38:31:24:37:38:31:24:37 chr15 42681199 . G A 533.32 PASS AF=0.51046;AO=121;DP=238;FAO=122;FDP=239;FR=.;FRO=117;FSAF=121;FSAR=1;FSRF=116;FSRR=1;FWDB=0.00874229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=356.258;QD=8.92579;RBI=0.0632868;REFB=0.0182241;REVB=0.0626801;RO=117;SAF=120;SAR=1;SRF=116;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00766044;STB=0.505218;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.0174968;OID=.;OPOS=42681199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:239:117:117:121:122:0.51046:1:120:116:1:1:121:116:1 chr15 42694944 . T C 2549.22 PASS AF=1;AO=266;DP=267;FAO=267;FDP=267;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020739;FXX=0.0037312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.036;QD=38.1905;RBI=0.0455455;REFB=0.00339712;REVB=0.0405498;RO=1;SAF=134;SAR=132;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00354483;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03515e-05;OID=.;OPOS=42694944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:267:267:1:0:266:267:1:132:134:1:0:132:135:0:0 chr15 42703406 . T C 611.23 PASS AF=0.468468;AO=156;DP=330;FAO=156;FDP=333;FR=.;FRO=177;FSAF=75;FSAR=81;FSRF=90;FSRR=87;FWDB=-0.0128631;FXX=0.00299392;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.017;QD=7.34214;RBI=0.0377106;REFB=-0.0438534;REVB=-0.035449;RO=173;SAF=75;SAR=81;SRF=90;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376855;STB=0.514729;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0502008;OID=.;OPOS=42703406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:333:173:177:156:156:0.468468:81:75:90:83:81:75:90:87 chr15 48720526 . G C 3695.7 PASS AF=1;AO=385;DP=385;FAO=385;FDP=385;FR=.;FRO=0;FSAF=191;FSAR=194;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7319;QD=38.3968;RBI=0.0187472;REFB=0;REVB=-0.0115478;RO=0;SAF=191;SAR=194;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.59427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83696e-06;OID=.;OPOS=48720526;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:385:385:0:0:385:385:1:194:191:0:0:194:191:0:0 chr15 48755180 . C A 774.11 PASS AF=0.531056;AO=169;DP=320;FAO=171;FDP=322;FR=.;FRO=151;FSAF=95;FSAR=76;FSRF=79;FSRR=72;FWDB=-0.0370787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=348.44;QD=9.61626;RBI=0.0372008;REFB=0.00962163;REVB=0.00301094;RO=151;SAF=93;SAR=76;SRF=79;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236331;STB=0.515319;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00866957;OID=.;OPOS=48755180;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:322:151:151:169:171:0.531056:76:93:79:72:76:95:79:72 chr15 48807637 . C T 2317.7 PASS AF=1;AO=243;DP=243;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454777;FXX=0.00819639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2338;QD=38.309;RBI=0.0813356;REFB=0;REVB=0.0674333;RO=0;SAF=118;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221237;OID=.;OPOS=48807637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:243:242:0:0:243:242:1:125:118:0:0:124:118:0:0 chr15 63340647 . A G 186.04 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.127875;FXX=0.0908678;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.487;QD=37.2088;RBI=0.129586;REFB=0;REVB=-0.0209908;RO=0;SAF=2;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00330094;OID=.;OPOS=63340647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:20:20:0:0:20:20:1:18:2:0:0:18:2:0:0 chr15 63351840 . C A 818.45 PASS AF=0.4925;AO=209;DP=416;FAO=197;FDP=400;FR=.;FRO=203;FSAF=112;FSAR=85;FSRF=116;FSRR=87;FWDB=-0.0230081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7339;QD=8.18454;RBI=0.023323;REFB=-0.00323703;REVB=-0.0038196;RO=207;SAF=117;SAR=92;SRF=118;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00945933;STB=0.501501;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00335753;OID=.;OPOS=63351840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:416:400:207:203:209:197:0.4925:92:117:118:89:85:112:116:87 chr15 67358478 . G A 199.54 PASS AF=0.458716;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=109;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=44;FSRF=7;FSRR=52;FWDB=0.0492462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9408;QD=7.32245;RBI=0.0504725;REFB=-0.0572915;REVB=0.0110581;RO=59;SAF=6;SAR=44;SRF=7;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00312482;STB=0.501741;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0714442;OID=.;OPOS=67358478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:59:59:50:50:0.458716:44:6:7:52:44:6:7:52 chr15 67457335 . A G 3825.37 PASS AF=1;AO=425;DP=426;FAO=399;FDP=399;FR=.;FRO=0;FSAF=176;FSAR=223;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277793;FXX=0.00249994;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.814;QD=38.3496;RBI=0.0295758;REFB=-0.0559316;REVB=-0.0101507;RO=1;SAF=189;SAR=236;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00201834;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21465e-06;OID=.;OPOS=67457335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:426:399:1:0:425:399:1:236:189:0:1:223:176:0:0 chr15 67457485 . G C 754.76 PASS AF=0.475;AO=193;DP=405;FAO=190;FDP=400;FR=.;FRO=210;FSAF=104;FSAR=86;FSRF=119;FSRR=91;FWDB=-0.127021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8905;QD=7.54762;RBI=0.160638;REFB=-0.00190068;REVB=-0.098338;RO=212;SAF=106;SAR=87;SRF=121;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207516;STB=0.510242;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00141638;OID=.;OPOS=67457485;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:405:400:212:210:193:190:0.475:87:106:121:91:86:104:119:91 chr15 67457698 . A G 337.89 PASS AF=0.520833;AO=75;DP=144;FAO=75;FDP=144;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=54;FSRF=14;FSRR=55;FWDB=-0.020168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=358.904;QD=9.38581;RBI=0.0208464;REFB=0.00956667;REVB=-0.00527465;RO=69;SAF=21;SAR=54;SRF=14;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873264;STB=0.547727;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00855389;OID=.;OPOS=67457698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:69:69:75:75:0.520833:54:21:14:55:54:21:14:55 chr15 72103859 . ACAG A 93.58 PASS AF=0.340206;AO=33;DP=98;FAO=33;FDP=97;FR=.;FRO=64;FSAF=0;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=64;FWDB=0;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=3;MLLD=267.328;QD=3.85906;RBI=0.00245258;REFB=-0.0244132;REVB=-0.00245258;RO=62;SAF=0;SAR=33;SRF=0;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0484266;OID=.;OPOS=72103860;OREF=CAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.340206:33:98:33:97:64:0:33:0:64:93:62:0:33:0:62 chr15 72105928 . AC A 3727.7 PASS AF=1;AO=525;DP=537;FAO=395;FDP=395;FR=.;FRO=0;FSAF=180;FSAR=215;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0968398;FXX=0.0124997;HRUN=5;LEN=1;MLLD=29.5358;QD=37.7489;RBI=0.0968402;REFB=0;REVB=-0.000250968;RO=4;SAF=237;SAR=288;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000707918;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000367814;OID=.;OPOS=72105929;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:525:537:395:395:0:180:215:0:0:99:4:237:288:2:2 chr15 72637795 . T C 2432.85 PASS AF=1;AO=250;DP=254;FAO=254;FDP=254;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00444615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.943;QD=38.3125;RBI=0.013941;REFB=0;REVB=0.013213;RO=0;SAF=124;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.10589e-06;OID=.;OPOS=72637795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:254:254:0:0:250:254:1:126:124:0:0:128:126:0:0 chr15 72638892 . T C 3844.17 PASS AF=1;AO=588;DP=588;FAO=399;FDP=399;FR=.;FRO=0;FSAF=195;FSAR=204;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263525;FXX=0.00249994;HRUN=1;LEN=1;MLLD=346.413;QD=38.5381;RBI=0.026438;REFB=0;REVB=-0.00212454;RO=0;SAF=294;SAR=294;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25362e-05;OID=.;OPOS=72638892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:588:399:0:0:588:399:1:294:294:0:0:204:195:0:0 chr15 73614834 . T C 1087.56 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250224;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.774;QD=38.1601;RBI=0.0350065;REFB=0;REVB=0.0244814;RO=0;SAF=69;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241171;OID=.;OPOS=73614834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:51:114:114:0:0:114:114:1:45:69:0:0:45:69:0:0 chr15 73660154 . T C 371.18 PASS AF=0.494382;AO=86;DP=176;FAO=88;FDP=178;FR=.;FRO=90;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=0.0168347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.258;QD=8.34112;RBI=0.0183476;REFB=-0.0039801;REVB=0.00729571;RO=90;SAF=36;SAR=50;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245051;STB=0.512393;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00396083;OID=.;OPOS=73660154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:178:90:90:86:88:0.494382:50:36:40:50:51:37:40:50 chr15 89864316 . G GCTAC 217.13 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0146109;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=444.275;QD=10.0992;RBI=0.021689;REFB=-0.00801354;REVB=-0.0160291;RO=40;SAF=24;SAR=22;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877621;STB=0.548301;STBP=0.379;TYPE=ins;VARB=0.00801113;OID=.;OPOS=89864317;OREF=-;OALT=CTAC;OMAPALT=GCTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.534884:46:86:46:86:40:24:22:25:15:99:40:24:22:25:15 chr15 89876827 . T TTGC 104.21 PASS AF=0.293413;AO=42;DP=180;FAO=49;FDP=167;FR=.;FRO=118;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=85;FSRR=33;FWDB=0.00111385;FXX=0.0824131;HRUN=2;LEN=3;MLLD=154.907;QD=2.49606;RBI=0.0245555;REFB=-0.0470654;REVB=-0.0245303;RO=134;SAF=18;SAR=24;SRF=99;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382751;STB=0.649391;STBP=0.024;TYPE=ins;VARB=0.12595;OID=.;OPOS=89876828;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=TTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.293413:42:180:49:167:118:25:24:85:33:99:134:18:24:99:35 chr16 223706 . A G 1447.22 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.761;QD=38.5926;RBI=0.0134155;REFB=0;REVB=0.00181041;RO=0;SAF=74;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63421e-05;OID=.;OPOS=223706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:68:149:150:0:0:149:150:1:75:74:0:0:76:74:0:0 chr16 223735 . A G 1353.4 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0616759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.853;QD=38.124;RBI=0.065663;REFB=0;REVB=0.0225325;RO=0;SAF=71;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105623;OID=.;OPOS=223735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:64:142:142:0:0:142:142:1:71:71:0:0:71:71:0:0 chr16 2133901 . C T 183.4 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=33;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=1;FWDB=0.0122246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=439.182;QD=10.3324;RBI=0.0366937;REFB=-0.0134108;REVB=0.0345975;RO=33;SAF=33;SAR=5;SRF=32;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223864;STB=0.621364;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0125607;OID=.;OPOS=2133901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:5:33:32:1:5:33:32:1 chr16 2138197 . TAGTG T 161.2 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00306343;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=349.777;QD=10.0751;RBI=0.00365163;REFB=-0.0272849;REVB=0.00198742;RO=30;SAF=15;SAR=19;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078158;STB=0.543332;STBP=0.505;TYPE=del;VARB=0.0226844;OID=.;OPOS=2138198;OREF=AGTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.53125:34:64:34:64:30:15:19:16:14:99:30:15:19:16:14 chr16 2160494 . C T 708.25 PASS AF=0.524917;AO=158;DP=302;FAO=158;FDP=301;FR=.;FRO=143;FSAF=67;FSAR=91;FSRF=65;FSRR=78;FWDB=-0.0116535;FXX=0.00331115;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.859;QD=9.41194;RBI=0.0135583;REFB=0.00152454;REVB=-0.00692988;RO=140;SAF=67;SAR=91;SRF=62;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165315;STB=0.514761;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.00105672;OID=.;OPOS=2160494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:301:140:143:158:158:0.524917:91:67:62:78:91:67:65:78 chr16 8900241 . G A 514.21 PASS AF=0.482759;AO=123;DP=258;FAO=126;FDP=261;FR=.;FRO=135;FSAF=74;FSAR=52;FSRF=56;FSRR=79;FWDB=0.0687789;FXX=0.00381665;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6293;QD=7.88055;RBI=0.0702694;REFB=-0.0495652;REVB=-0.0143961;RO=134;SAF=72;SAR=51;SRF=55;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165278;STB=0.589144;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0516154;OID=.;OPOS=8900241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:261:134:135:123:126:0.482759:51:72:55:79:52:74:56:79 chr16 15811023 . C T 1242.06 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.073;QD=38.5136;RBI=0.0550432;REFB=0;REVB=0.0206681;RO=0;SAF=72;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323563;OID=.;OPOS=15811023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:58:129:129:0:0:129:129:1:57:72:0:0:57:72:0:0 chr16 15811062 . C T 1205.36 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00368606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.832;QD=38.2654;RBI=0.0164272;REFB=0;REVB=0.0160083;RO=0;SAF=68;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39088e-05;OID=.;OPOS=15811062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:57:125:126:0:0:125:126:1:57:68:0:0:57:69:0:0 chr16 15813211 . G T 3622.49 PASS AF=1;AO=378;DP=385;FAO=377;FDP=377;FR=.;FRO=0;FSAF=171;FSAR=206;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238642;FXX=0.0233155;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.612;QD=38.4349;RBI=0.0279239;REFB=0;REVB=0.0144998;RO=0;SAF=172;SAR=206;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.80406e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.41555e-05;OID=.;OPOS=15813211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:385:377:0:0:378:377:1:206:172:0:0:206:171:0:0 chr16 15818141 . A C 3623.6 PASS AF=1;AO=377;DP=377;FAO=377;FDP=377;FR=.;FRO=0;FSAF=212;FSAR=165;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.675;QD=38.4466;RBI=0.0662753;REFB=0;REVB=-0.0652065;RO=0;SAF=212;SAR=165;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86606e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.64232e-05;OID=.;OPOS=15818141;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:377:377:0:0:377:377:1:165:212:0:0:165:212:0:0 chr16 15838940 . G C 238.17 PASS AF=0.514563;AO=51;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=13;FWDB=0.000626117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=369.078;QD=9.24922;RBI=0.24511;REFB=0.00370695;REVB=0.245109;RO=51;SAF=34;SAR=17;SRF=37;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612948;STB=0.55353;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00388526;OID=.;OPOS=15838940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:51:50:51:53:0.514563:17:34:37:14:19:34:37:13 chr16 15843899 . G A 593.89 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00641196;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.161;QD=37.7073;RBI=0.00641196;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=63;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87865e-06;OID=.;OPOS=15843899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:63:63:0:0:63:63:1:0:63:0:0:0:63:0:0 chr16 15843965 . G A 223.06 PASS AF=0.534091;AO=58;DP=106;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=37;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.049144;FXX=0.169795;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.9993;QD=10.1391;RBI=0.0711513;REFB=0.0049947;REVB=0.0514526;RO=48;SAF=37;SAR=21;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837028;STB=0.594812;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00302683;OID=.;OPOS=15843965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:88:48:41:58:47:0.534091:21:37:26:22:10:37:26:15 chr16 15872609 . A G 375.61 PASS AF=0.553957;AO=77;DP=140;FAO=77;FDP=139;FR=.;FRO=62;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=-0.00305264;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=493.978;QD=10.8089;RBI=0.00366248;REFB=0.00105306;REVB=-0.00202365;RO=62;SAF=33;SAR=44;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484146;STB=0.52642;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.000842868;OID=.;OPOS=15872609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:62:62:77:77:0.553957:44:33:23:39:44:33:23:39 chr16 15917197 . G A 720.36 PASS AF=0.481081;AO=178;DP=370;FAO=178;FDP=370;FR=.;FRO=192;FSAF=98;FSAR=80;FSRF=103;FSRR=89;FWDB=0.0213965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.96;QD=7.78772;RBI=0.0598699;REFB=-0.0124042;REVB=0.055916;RO=192;SAF=98;SAR=80;SRF=103;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134333;STB=0.507382;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0131434;OID=.;OPOS=15917197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:370:370:192:192:178:178:0.481081:80:98:103:89:80:98:103:89 chr16 57921752 . A G 1674.41 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00728341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.213;QD=38.2723;RBI=0.0972369;REFB=0;REVB=0.0969637;RO=0;SAF=80;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56058e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122844;OID=.;OPOS=57921752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:79:175:175:0:0:175:175:1:95:80:0:0:95:80:0:0 chr16 57937856 . G C 263.4 PASS AF=0.464789;AO=66;DP=142;FAO=66;FDP=142;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.00111327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8202;QD=7.41979;RBI=0.0110188;REFB=0.0221734;REVB=0.0109624;RO=76;SAF=30;SAR=36;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692826;STB=0.53845;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.0250203;OID=.;OPOS=57937856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:76:76:66:66:0.464789:36:30:40:36:36:30:40:36 chr16 57937895 . G A 255.22 PASS AF=0.457746;AO=65;DP=142;FAO=65;FDP=142;FR=.;FRO=77;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.0101956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4704;QD=7.18921;RBI=0.0125308;REFB=0.0146836;REVB=0.00728509;RO=77;SAF=30;SAR=35;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439385;STB=0.524422;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.0177133;OID=.;OPOS=57937895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:77:77:65:65:0.457746:35:30:39:38:35:30:39:38 chr16 57946973 . A G 637.3 PASS AF=0.5;AO=149;DP=299;FAO=150;FDP=300;FR=.;FRO=150;FSAF=67;FSAR=83;FSRF=68;FSRR=82;FWDB=-0.0124469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.764;QD=8.49727;RBI=0.0126298;REFB=-0.00401055;REVB=-0.00214138;RO=150;SAF=66;SAR=83;SRF=68;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0096092;STB=0.503369;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00425693;OID=.;OPOS=57946973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:300:150:150:149:150:0.5:83:66:68:82:83:67:68:82 chr16 57949224 . G T 220.9 PASS AF=0.452381;AO=57;DP=126;FAO=57;FDP=126;FR=.;FRO=69;FSAF=54;FSAR=3;FSRF=65;FSRR=4;FWDB=-0.0132366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.578;QD=7.0128;RBI=0.0265;REFB=-0.0264475;REVB=0.0229574;RO=69;SAF=54;SAR=3;SRF=65;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025563;STB=0.514281;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0352594;OID=.;OPOS=57949224;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:69:69:57:57:0.452381:3:54:65:4:3:54:65:4 chr16 57949251 . G A 204.66 PASS AF=0.436508;AO=55;DP=126;FAO=55;FDP=126;FR=.;FRO=71;FSAF=51;FSAR=4;FSRF=67;FSRR=4;FWDB=0.0354892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0245;QD=6.49709;RBI=0.0357072;REFB=0.0175334;REVB=0.00394034;RO=71;SAF=51;SAR=4;SRF=67;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654379;STB=0.536351;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.0253975;OID=.;OPOS=57949251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:71:71:55:55:0.436508:4:51:67:4:4:51:67:4 chr16 57957198 . G T 126.66 PASS AF=0.842105;AO=15;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.9414;QD=26.665;RBI=0.0397571;REFB=-0.141734;REVB=0.0397571;RO=3;SAF=0;SAR=15;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0232428;OID=.;OPOS=57957198;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:3:3:15:16:0.842105:15:0:0:3:16:0:0:3 chr16 57996932 . G A 349.03 PASS AF=0.503145;AO=80;DP=160;FAO=80;FDP=159;FR=.;FRO=79;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=-0.000771881;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.283;QD=8.78054;RBI=0.0337778;REFB=-0.0177604;REVB=0.033769;RO=77;SAF=36;SAR=44;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00409439;STB=0.502856;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0180683;OID=.;OPOS=57996932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:77:79:80:80:0.503145:44:36:35:42:44:36:36:43 chr16 57996960 . C T 1530.84 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.014;QD=38.5116;RBI=0.127314;REFB=0;REVB=0.119034;RO=0;SAF=72;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000702302;OID=.;OPOS=57996960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:72:159:159:0:0:159:159:1:87:72:0:0:87:72:0:0 chr16 81124152 . A G 623.33 PASS AF=0.43609;AO=206;DP=459;FAO=174;FDP=399;FR=.;FRO=225;FSAF=86;FSAR=88;FSRF=117;FSRR=108;FWDB=0.0460831;FXX=0.00249994;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.617;QD=6.24888;RBI=0.0468722;REFB=-2.19004e-05;REVB=-0.00856431;RO=253;SAF=107;SAR=99;SRF=130;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0055759;STB=0.514514;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.000116303;OID=.;OPOS=81124152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:459:399:253:225:206:174:0.43609:99:107:130:123:88:86:117:108 chr16 89590667 . T C 1087.56 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124872;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=406.661;QD=38.1601;RBI=0.0158926;REFB=0;REVB=-0.00983076;RO=0;SAF=113;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24574e-06;OID=.;OPOS=89590667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:51:115:114:0:0:114:114:1:1:113:0:0:1:113:0:0 chr16 89597221 . A G 857.03 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=341.865;QD=38.518;RBI=0.0411959;REFB=0;REVB=0.0324299;RO=0;SAF=61;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37712e-05;OID=.;OPOS=89597221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:40:89:89:0:0:89:89:1:28:61:0:0:28:61:0:0 chr16 89805261 . A G 475.17 PASS AF=0.470588;AO=120;DP=255;FAO=120;FDP=255;FR=.;FRO=135;FSAF=51;FSAR=69;FSRF=64;FSRR=71;FWDB=-0.0114936;FXX=0.0039061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.049;QD=7.45366;RBI=0.034744;REFB=-0.0134172;REVB=-0.0327878;RO=134;SAF=51;SAR=69;SRF=63;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438405;STB=0.526364;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0165517;OID=.;OPOS=89805261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:134:135:120:120:0.470588:69:51:63:71:69:51:64:71 chr16 89836507 . T C 3853.67 PASS AF=1;AO=411;DP=411;FAO=400;FDP=400;FR=.;FRO=0;FSAF=183;FSAR=217;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.442;QD=38.5367;RBI=0.0212235;REFB=0;REVB=-0.00524334;RO=0;SAF=189;SAR=222;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35048e-05;OID=.;OPOS=89836507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:411:400:0:0:411:400:1:222:189:0:0:217:183:0:0 chr16 89838086 . C A 998.16 PASS AF=0.54;AO=233;DP=432;FAO=216;FDP=400;FR=.;FRO=184;FSAF=105;FSAR=111;FSRF=99;FSRR=85;FWDB=0.042469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3274;QD=9.98158;RBI=0.0440324;REFB=-0.0066178;REVB=-0.011629;RO=198;SAF=115;SAR=118;SRF=105;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310313;STB=0.523873;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00591151;OID=.;OPOS=89838086;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:432:400:198:184:233:216:0.54:118:115:105:93:111:105:99:85 chr16 89849480 . C T 254.97 PASS AF=0.434783;AO=69;DP=144;FAO=70;FDP=161;FR=.;FRO=91;FSAF=65;FSAR=5;FSRF=60;FSRR=31;FWDB=0.00834741;FXX=0.00617246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2352;QD=6.3346;RBI=0.110653;REFB=-0.0360035;REVB=-0.110338;RO=72;SAF=65;SAR=4;SRF=60;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309462;STB=0.789098;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0807403;OID=.;OPOS=89849480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:161:72:91:69:70:0.434783:4:65:60:12:5:65:60:31 chr16 89986154 . G A 380.19 PASS AF=0.518293;AO=83;DP=162;FAO=85;FDP=164;FR=.;FRO=79;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=43;FWDB=0.132294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2409;QD=9.27298;RBI=0.150718;REFB=-0.0113672;REVB=0.0722091;RO=79;SAF=42;SAR=41;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446685;STB=0.52981;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0119786;OID=.;OPOS=89986154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:164:79:79:83:85:0.518293:41:42:36:43:41:44:36:43 chr17 2573652 . C T 1530.84 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.621;QD=38.5116;RBI=0.0482035;REFB=0;REVB=-0.0403095;RO=0;SAF=87;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.496e-05;OID=.;OPOS=2573652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:72:159:159:0:0:159:159:1:72:87:0:0:72:87:0:0 chr17 2585113 . C T 660.44 PASS AF=0.522968;AO=147;DP=283;FAO=148;FDP=283;FR=.;FRO=135;FSAF=56;FSAR=92;FSRF=69;FSRR=66;FWDB=0.0065181;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.362;QD=9.33489;RBI=0.0101292;REFB=-0.0145185;REVB=-0.00775338;RO=135;SAF=56;SAR=91;SRF=69;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117061;STB=0.565157;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0154565;OID=.;OPOS=2585113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:283:135:135:147:148:0.522968:91:56:69:66:92:56:69:66 chr17 3397702 . C T 523.01 PASS AF=0.510638;AO=120;DP=232;FAO=120;FDP=235;FR=.;FRO=115;FSAF=69;FSAR=51;FSRF=60;FSRR=55;FWDB=-0.0121798;FXX=0.00423711;HRUN=5;LEN=1;MLLD=79.7134;QD=8.90226;RBI=0.0258994;REFB=-0.0291043;REVB=0.0228568;RO=112;SAF=69;SAR=51;SRF=57;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590088;STB=0.526448;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0263607;OID=.;OPOS=3397702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:235:112:115:120:120:0.510638:51:69:57:55:51:69:60:55 chr17 3558417 . C G 3846.72 PASS AF=1;AO=531;DP=531;FAO=400;FDP=400;FR=.;FRO=0;FSAF=213;FSAR=187;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000103913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.933;QD=38.4672;RBI=0.0424105;REFB=0;REVB=0.0424104;RO=0;SAF=267;SAR=264;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.83809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.87147e-06;OID=.;OPOS=3558417;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:531:400:0:0:531:400:1:264:267:0:0:187:213:0:0 chr17 3561396 . C T 2989.37 PASS AF=1;AO=312;DP=312;FAO=312;FDP=312;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=180;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00802185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=382.847;QD=38.3253;RBI=0.0330568;REFB=0;REVB=0.0320687;RO=0;SAF=132;SAR=180;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33187e-05;OID=.;OPOS=3561396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:312:312:0:0:312:312:1:180:132:0:0:180:132:0:0 chr17 3563339 . C T 1298.81 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176325;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7587;QD=37.9215;RBI=0.0334352;REFB=-0.10563;REVB=0.0284078;RO=1;SAF=53;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00562645;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000810418;OID=.;OPOS=3563339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:53:138:137:1:0:137:137:1:84:53:0:1:84:53:0:0 chr17 4805186 . C A 155.08 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=0;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=53;FWDB=0;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=492.353;QD=6.59904;RBI=0.00200821;REFB=0.0061158;REVB=-0.00200821;RO=49;SAF=0;SAR=41;SRF=0;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00821559;OID=.;OPOS=4805186;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:53:41:41:0.43617:41:0:0:49:41:0:0:53 chr17 6330068 . T C 151.54 PASS AF=0.522388;AO=31;DP=63;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0034974;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.273;QD=9.04735;RBI=0.00469289;REFB=-0.0423421;REVB=-0.00312912;RO=28;SAF=13;SAR=18;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697192;STB=0.536606;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0375855;OID=.;OPOS=6330068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:67:28:32:31:35:0.522388:18:13:14:14:18:17:18:14 chr17 6330109 . G A 511.38 PASS AF=0.554974;AO=106;DP=191;FAO=106;FDP=191;FR=.;FRO=85;FSAF=42;FSAR=64;FSRF=28;FSRR=57;FWDB=-0.0109981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.038;QD=10.7096;RBI=0.0411709;REFB=-0.0279836;REVB=0.0396748;RO=85;SAF=42;SAR=64;SRF=28;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057859;STB=0.531473;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0162815;OID=.;OPOS=6330109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:85:85:106:106:0.554974:64:42:28:57:64:42:28:57 chr17 6330153 . C T 408.38 PASS AF=0.574468;AO=81;DP=138;FAO=81;FDP=141;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=59;FWDB=0.0372975;FXX=0.0342442;HRUN=6;LEN=1;MLLD=91.0512;QD=11.5853;RBI=0.084721;REFB=-0.0600052;REVB=0.0760693;RO=57;SAF=18;SAR=63;SRF=1;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264611;STB=0.647186;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00570873;OID=.;OPOS=6330153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:141:57:60:81:81:0.574468:63:18:1:56:63:18:1:59 chr17 6331593 . T C 381.68 PASS AF=0.477157;AO=92;DP=195;FAO=94;FDP=197;FR=.;FRO=103;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=57;FSRR=46;FWDB=0.0416085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.788;QD=7.74976;RBI=0.0443957;REFB=-0.0153524;REVB=-0.0154825;RO=101;SAF=43;SAR=49;SRF=56;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824;STB=0.538976;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0170157;OID=.;OPOS=6331593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:197:101:103:92:94:0.477157:49:43:56:45:49:45:57:46 chr17 6331803 . T C 322.21 PASS AF=0.481481;AO=78;DP=162;FAO=78;FDP=162;FR=.;FRO=84;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=0.0109228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4208;QD=7.95591;RBI=0.0130765;REFB=-0.0302077;REVB=-0.00718943;RO=84;SAF=39;SAR=39;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447053;STB=0.524685;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0323739;OID=.;OPOS=6331803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:84:84:78:78:0.481481:39:39:46:38:39:39:46:38 chr17 6331836 . T G 319.16 PASS AF=0.478528;AO=78;DP=163;FAO=78;FDP=163;FR=.;FRO=85;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=-0.0127725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.406;QD=7.83212;RBI=0.0466408;REFB=-0.00420144;REVB=-0.0448579;RO=85;SAF=39;SAR=39;SRF=46;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388545;STB=0.521467;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00461762;OID=.;OPOS=6331836;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:85:85:78:78:0.478528:39:39:46:39:39:39:46:39 chr17 6337247 . C G 530.79 PASS AF=0.471831;AO=134;DP=284;FAO=134;FDP=284;FR=.;FRO=150;FSAF=70;FSAR=64;FSRF=66;FSRR=84;FWDB=-0.0120166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.029;QD=7.47597;RBI=0.0190171;REFB=0.00889541;REVB=0.0147394;RO=150;SAF=70;SAR=64;SRF=66;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788188;STB=0.543426;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.010442;OID=.;OPOS=6337247;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:284:150:150:134:134:0.471831:64:70:66:84:64:70:66:84 chr17 7579472 . G C 1189.59 PASS AF=0.977444;AO=130;DP=133;FAO=130;FDP=133;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0149926;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=284.309;QD=35.7771;RBI=0.0154132;REFB=-0.0690181;REVB=0.00357606;RO=3;SAF=60;SAR=70;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00552909;STB=0.50291;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.000431801;OID=.;OPOS=7579472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:36:133:133:3:3:130:130:0.977444:70:60:1:2:70:60:1:2 chr17 7579669 . T C 285.03 PASS AF=0.341693;AO=109;DP=319;FAO=109;FDP=319;FR=.;FRO=210;FSAF=0;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=210;FWDB=0;FXX=0.00931648;HRUN=1;LEN=1;MLLD=429.504;QD=3.5741;RBI=0.00145416;REFB=-0.00464859;REVB=-0.00145416;RO=208;SAF=0;SAR=109;SRF=0;SRR=208;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0324653;OID=.;OPOS=7579669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:319:208:210:109:109:0.341693:109:0:0:208:109:0:0:210 chr17 7579672 . AG TT 283.96 PASS AF=0.341693;AO=109;DP=320;FAO=109;FDP=319;FR=.;FRO=210;FSAF=0;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=210;FWDB=0;FXX=0.00931648;HRUN=1;LEN=2;MLLD=140.652;QD=3.56067;RBI=0.0136928;REFB=-0.00903735;REVB=-0.0136928;RO=210;SAF=0;SAR=109;SRF=0;SRR=210;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0180069;OID=.;OPOS=7579672;OREF=AG;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:319:210:210:109:109:0.341693:109:0:0:210:109:0:0:210 chr17 7579678 . CC TT 281.32 PASS AF=0.339564;AO=109;DP=321;FAO=109;FDP=321;FR=.;FRO=212;FSAF=0;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=212;FWDB=0;FXX=0.00310549;HRUN=4;LEN=2;MLLD=372.025;QD=3.50548;RBI=0.0169749;REFB=0.00125321;REVB=0.0169749;RO=212;SAF=0;SAR=109;SRF=0;SRR=212;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.0113632;OID=.;OPOS=7579678;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:321:212:212:109:109:0.339564:109:0:0:212:109:0:0:212 chr17 7579681 . G C 281.35 PASS AF=0.339564;AO=109;DP=322;FAO=109;FDP=321;FR=.;FRO=212;FSAF=0;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=212;FWDB=0;FXX=0.00310549;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.636;QD=3.50593;RBI=0.00759044;REFB=0.000780442;REVB=0.00759044;RO=211;SAF=0;SAR=109;SRF=0;SRR=211;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00247584;OID=.;OPOS=7579681;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:321:211:212:109:109:0.339564:109:0:0:211:109:0:0:212 chr17 7579801 . G C 375.7 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213503;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=112.261;QD=38.5338;RBI=0.0213503;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=39;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.89929e-05;OID=.;OPOS=7579801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:39:39:0:0:39:39:1:0:39:0:0:0:39:0:0 chr17 7919636 . G A 149.18 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.00821592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.452;QD=6.34822;RBI=0.146621;REFB=0.0155317;REVB=0.146391;RO=54;SAF=11;SAR=29;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193923;STB=0.609918;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.0305411;OID=.;OPOS=7919636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:54:40:40:0.425532:29:11:24:30:29:11:24:30 chr17 11511412 . A G 3058.43 PASS AF=1;AO=318;DP=318;FAO=318;FDP=318;FR=.;FRO=0;FSAF=157;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5013;QD=38.4708;RBI=0.0337363;REFB=0;REVB=-0.0289157;RO=0;SAF=157;SAR=161;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.6709e-05;OID=.;OPOS=11511412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:318:318:0:0:318:318:1:161:157:0:0:161:157:0:0 chr17 11511457 . C T 664.1 PASS AF=0.5;AO=156;DP=314;FAO=157;FDP=314;FR=.;FRO=157;FSAF=72;FSAR=85;FSRF=81;FSRR=76;FWDB=-0.0056067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=408.266;QD=8.45987;RBI=0.0110806;REFB=-0.00465287;REVB=0.00955738;RO=157;SAF=71;SAR=85;SRF=81;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055759;STB=0.528719;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00476089;OID=.;OPOS=11511457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:314:157:157:156:157:0.5:85:71:81:76:85:72:81:76 chr17 11523082 . A G 3797.23 PASS AF=1;AO=521;DP=524;FAO=398;FDP=398;FR=.;FRO=0;FSAF=201;FSAR=197;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00450965;FXX=0.00499988;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.622;QD=38.1631;RBI=0.013687;REFB=0.0457656;REVB=-0.0129227;RO=2;SAF=267;SAR=254;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00374476;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.11799e-05;OID=.;OPOS=11523082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:524:398:2:0:521:398:1:254:267:0:2:197:201:0:0 chr17 11583089 . T C 3853.67 PASS AF=1;AO=429;DP=429;FAO=400;FDP=400;FR=.;FRO=0;FSAF=176;FSAR=224;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.312;QD=38.5367;RBI=0.0224444;REFB=0;REVB=0.0195414;RO=0;SAF=189;SAR=240;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31538e-06;OID=.;OPOS=11583089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:429:400:0:0:429:400:1:240:189:0:0:224:176:0:0 chr17 11622953 . G A 2101.81 PASS AF=1;AO=218;DP=220;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550986;FXX=0.0090905;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.877;QD=38.5654;RBI=0.0726338;REFB=0;REVB=0.0473267;RO=0;SAF=117;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212912;OID=.;OPOS=11622953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:220:218:0:0:218:218:1:101:117:0:0:101:117:0:0 chr17 11648332 . C T 2407.64 PASS AF=1;AO=254;DP=257;FAO=253;FDP=253;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=158;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.18647;FXX=0.0416651;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.499;QD=38.0654;RBI=0.18757;REFB=0;REVB=0.0202886;RO=1;SAF=86;SAR=168;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00551057;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000705918;OID=.;OPOS=11648332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:257:253:1:0:254:253:1:168:86:1:0:158:95:0:0 chr17 11651057 . A G 379.92 PASS AF=0.438819;AO=104;DP=237;FAO=104;FDP=237;FR=.;FRO=133;FSAF=50;FSAR=54;FSRF=63;FSRR=70;FWDB=-0.0348899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4146;QD=6.4121;RBI=0.0450005;REFB=-0.0245332;REVB=-0.0284207;RO=133;SAF=50;SAR=54;SRF=63;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00716749;STB=0.503982;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0311311;OID=.;OPOS=11651057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:133:133:104:104:0.438819:54:50:63:70:54:50:63:70 chr17 11660722 . G T 2123.2 PASS AF=1;AO=222;DP=222;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.496;QD=38.2558;RBI=0.0335296;REFB=0;REVB=0.0288419;RO=0;SAF=120;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46205e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12373e-05;OID=.;OPOS=11660722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:222:222:0:0:222:222:1:102:120:0:0:102:120:0:0 chr17 11666674 . T C 87.38 PASS AF=0.281879;AO=42;DP=149;FAO=42;FDP=149;FR=.;FRO=107;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=51;FSRR=56;FWDB=0.00107309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=380.866;QD=2.3459;RBI=0.00592154;REFB=-0.00949444;REVB=-0.0058235;RO=106;SAF=22;SAR=20;SRF=51;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517975;STB=0.533828;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0247392;OID=.;OPOS=11666674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:149:149:106:107:42:42:0.281879:20:22:51:55:20:22:51:56 chr17 11687521 . G T 296.07 PASS AF=0.404545;AO=89;DP=220;FAO=89;FDP=220;FR=.;FRO=131;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=63;FSRR=68;FWDB=-0.0036414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7027;QD=5.38303;RBI=0.0170996;REFB=0.0104718;REVB=0.0167073;RO=131;SAF=38;SAR=51;SRF=63;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579446;STB=0.532506;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.015327;OID=.;OPOS=11687521;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:131:131:89:89:0.404545:51:38:63:68:51:38:63:68 chr17 11737938 . G A 1965.68 PASS AF=1;AO=204;DP=207;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239021;FXX=0.00938923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3633;QD=37.264;RBI=0.0245843;REFB=-0.0995207;REVB=-0.00575127;RO=1;SAF=110;SAR=94;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00431076;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137829;OID=.;OPOS=11737938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:77:207:211:1:0:204:211:1:94:110:1:0:101:110:0:0 chr17 11737941 . C T 2029.26 PASS AF=1;AO=211;DP=211;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00947941;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.943;QD=38.2879;RBI=0.0133569;REFB=0;REVB=-0.00941002;RO=0;SAF=111;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94609e-08;OID=.;OPOS=11737941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:96:211:212:0:0:211:212:1:100:111:0:0:101:111:0:0 chr17 11757556 . C G 542.77 PASS AF=0.514644;AO=123;DP=239;FAO=123;FDP=239;FR=.;FRO=116;FSAF=60;FSAR=63;FSRF=57;FSRR=59;FWDB=-0.00923989;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.1129;QD=9.08408;RBI=0.0130027;REFB=0.0288195;REVB=-0.00914844;RO=115;SAF=60;SAR=63;SRF=57;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693073;STB=0.501736;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.0267766;OID=.;OPOS=11757556;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:115:116:123:123:0.514644:63:60:57:58:63:60:57:59 chr17 11778240 . G A 550.91 PASS AF=0.546729;AO=117;DP=214;FAO=117;FDP=214;FR=.;FRO=97;FSAF=55;FSAR=62;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=0.00933705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=353.571;QD=10.2974;RBI=0.00964869;REFB=-0.0122153;REVB=-0.00243243;RO=97;SAF=55;SAR=62;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463329;STB=0.525251;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0106272;OID=.;OPOS=11778240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:97:97:117:117:0.546729:62:55:51:46:62:55:51:46 chr17 11806266 . T C 916.37 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.714;QD=38.1819;RBI=0.0675965;REFB=0;REVB=0.050527;RO=0;SAF=49;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000548799;OID=.;OPOS=11806266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:43:96:96:0:0:96:96:1:47:49:0:0:47:49:0:0 chr17 11833287 . A G 469.52 PASS AF=0.433775;AO=130;DP=301;FAO=131;FDP=302;FR=.;FRO=171;FSAF=81;FSAR=50;FSRF=84;FSRR=87;FWDB=0.0236962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.826;QD=6.21886;RBI=0.0245193;REFB=-0.00548628;REVB=0.00629951;RO=171;SAF=80;SAR=50;SRF=84;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129424;STB=0.573566;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00819149;OID=.;OPOS=11833287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:302:171:171:130:131:0.433775:50:80:84:87:50:81:84:87 chr17 11833365 . G A 83.39 PASS AF=0.409091;AO=20;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0287919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.743;QD=5.05401;RBI=0.0328477;REFB=-0.0166243;REVB=-0.0158112;RO=34;SAF=8;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109787;STB=0.510197;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.023558;OID=.;OPOS=11833365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:66:66:34:39:20:27:0.409091:12:8:17:17:12:15:21:18 chr17 11835331 . G A 388.54 PASS AF=0.514793;AO=87;DP=170;FAO=87;FDP=169;FR=.;FRO=82;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.00701887;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6492;QD=9.1963;RBI=0.0460238;REFB=0.00808116;REVB=0.0454854;RO=83;SAF=44;SAR=43;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318851;STB=0.520528;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=-0.00723206;OID=.;OPOS=11835331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:83:82:87:87:0.514793:43:44:39:44:43:44:38:44 chr17 15162389 . T C 696.03 PASS AF=0.4575;AO=189;DP=411;FAO=183;FDP=400;FR=.;FRO=217;FSAF=95;FSAR=88;FSRF=113;FSRR=104;FWDB=-0.000801366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.638;QD=6.96032;RBI=0.0217775;REFB=-0.0104705;REVB=-0.0217628;RO=222;SAF=98;SAR=91;SRF=116;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00392694;STB=0.500876;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0124577;OID=.;OPOS=15162389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:411:400:222:217:189:183:0.4575:91:98:116:106:88:95:113:104 chr17 17696531 . G C 457.46 PASS AF=0.478814;AO=113;DP=236;FAO=113;FDP=236;FR=.;FRO=123;FSAF=58;FSAR=55;FSRF=66;FSRR=57;FWDB=-0.0222315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3485;QD=7.75361;RBI=0.0363764;REFB=0.00160733;REVB=-0.0287924;RO=122;SAF=58;SAR=55;SRF=66;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261548;STB=0.512164;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.00210773;OID=.;OPOS=17696531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:122:123:113:113:0.478814:55:58:66:56:55:58:66:57 chr17 17696755 . C A 543.17 PASS AF=0.512397;AO=124;DP=242;FAO=124;FDP=242;FR=.;FRO=118;FSAF=66;FSAR=58;FSRF=56;FSRR=62;FWDB=0.000106602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.637;QD=8.97801;RBI=0.0484029;REFB=-0.0240007;REVB=0.0484028;RO=118;SAF=66;SAR=58;SRF=56;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513815;STB=0.528136;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.019675;OID=.;OPOS=17696755;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:118:118:124:124:0.512397:58:66:56:62:58:66:56:62 chr17 17698254 . G A 291.76 PASS AF=0.49635;AO=68;DP=137;FAO=68;FDP=137;FR=.;FRO=69;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.0141365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=413.735;QD=8.51844;RBI=0.0145024;REFB=-0.000385841;REVB=0.00323722;RO=69;SAF=38;SAR=30;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474291;STB=0.526171;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000399626;OID=.;OPOS=17698254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:69:69:68:68:0.49635:30:38:35:34:30:38:35:34 chr17 17700573 . T C 244.03 PASS AF=0.387255;AO=69;DP=234;FAO=79;FDP=204;FR=.;FRO=125;FSAF=52;FSAR=27;FSRF=64;FSRR=61;FWDB=-0.00182163;FXX=0.139235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.4;QD=4.78494;RBI=0.00701054;REFB=0.0120911;REVB=-0.00676973;RO=93;SAF=46;SAR=23;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955316;STB=0.593645;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.0193342;OID=.;OPOS=17700573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:204:93:125:69:79:0.387255:23:46:54:39:27:52:64:61 chr17 17700792 . C T 418.85 PASS AF=0.5;AO=98;DP=196;FAO=98;FDP=196;FR=.;FRO=98;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=0.0068832;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=263.875;QD=8.54801;RBI=0.019357;REFB=-0.000259257;REVB=-0.0180919;RO=98;SAF=50;SAR=48;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278429;STB=0.5153;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.000244541;OID=.;OPOS=17700792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:98:98:98:98:0.5:48:50:47:51:48:50:47:51 chr17 29422306 . G C 95.93 PASS AF=0.408451;AO=22;DP=67;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0261727;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.302;QD=5.40443;RBI=0.0302801;REFB=-0.0131183;REVB=-0.0152274;RO=35;SAF=5;SAR=17;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252826;STB=0.530467;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0220957;OID=.;OPOS=29422306;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:67:71:35:42:22:29:0.408451:17:5:15:20:18:11:18:24 chr17 29508424 . A T 14.26 PASS AF=0.207317;AO=14;DP=78;FAO=17;FDP=82;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=44;FSRR=21;FWDB=-0.0862226;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=25.0278;QD=0.69542;RBI=0.248635;REFB=-0.0447064;REVB=0.233206;RO=64;SAF=14;SAR=0;SRF=43;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.687547;STB=0.587593;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.211267;OID=.;OPOS=29508424;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:78:82:64:65:14:17:0.207317:0:14:43:21:4:13:44:21 chr17 29508775 . G A 2990.23 PASS AF=1;AO=315;DP=317;FAO=315;FDP=315;FR=.;FRO=0;FSAF=189;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409441;FXX=0.00630895;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.884;QD=37.9711;RBI=0.0442639;REFB=-0.143714;REVB=0.0168189;RO=2;SAF=189;SAR=126;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00125342;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190929;OID=.;OPOS=29508775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:317:315:2:0:315:315:1:126:189:1:1:126:189:0:0 chr17 29546175 . T C 2278.08 PASS AF=1;AO=243;DP=246;FAO=243;FDP=243;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148839;FXX=0.0121946;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.898;QD=37.4992;RBI=0.0290221;REFB=-0.0315594;REVB=-0.0249149;RO=3;SAF=137;SAR=106;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00544075;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297253;OID=.;OPOS=29546175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:84:246:243:3:0:243:243:1:106:137:1:2:106:137:0:0 chr17 29663623 . TTT AAA,TAA 446.09 PASS AF=0.289062,0.375;AO=36,41;DP=128;FAO=37,48;FDP=128;FR=.;FRO=43;FSAF=36,42;FSAR=1,6;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.00934325,0.0205648;FXX=0;HRUN=11,11;LEN=3,2;MLLD=54.824,34.7907;QD=13.9403;RBI=0.0685781,0.103217;REFB=-0.00761159,-0.0287571;REVB=-0.0679387,-0.101147;RO=9;SAF=35,36;SAR=1,5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.685743,0.356932;STB=0.883899,0.648708;STBP=0.001,0.021;TYPE=mnp,mnp;VARB=-0.00534934,0.0393613;OID=.,.;OPOS=29663623,29663624;OREF=TTT,TT;OALT=AAA,AA;OMAPALT=AAA,TAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:128:128:9:43:36,41:37,48:0.289062,0.375:1,5:35,36:2:7:1,6:36,42:30:13 chr17 29670190 . C G 1449.61 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.393;QD=38.1476;RBI=0.0657841;REFB=0;REVB=0.0394393;RO=0;SAF=94;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86819e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394184;OID=.;OPOS=29670190;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:69:152:152:0:0:152:152:1:58:94:0:0:58:94:0:0 chr17 29679246 . G A 2375.09 PASS AF=1;AO=247;DP=247;FAO=247;FDP=247;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237864;FXX=0.0040321;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8216;QD=38.463;RBI=0.0355289;REFB=0;REVB=0.0263915;RO=0;SAF=118;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.5734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.71362e-05;OID=.;OPOS=29679246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:247:247:0:0:247:247:1:129:118:0:0:129:118:0:0 chr17 37814080 . G A 687.72 PASS AF=0.501548;AO=162;DP=323;FAO=162;FDP=323;FR=.;FRO=161;FSAF=88;FSAR=74;FSRF=77;FSRR=84;FWDB=0.0205557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.18;QD=8.51663;RBI=0.0571243;REFB=-0.0182983;REVB=0.0532977;RO=161;SAF=88;SAR=74;SRF=77;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591963;STB=0.532431;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0167372;OID=.;OPOS=37814080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:323:161:161:162:162:0.501548:74:88:77:84:74:88:77:84 chr17 39742492 . G C 3853.68 PASS AF=1;AO=561;DP=562;FAO=400;FDP=400;FR=.;FRO=0;FSAF=191;FSAR=209;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283925;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.822;QD=38.5368;RBI=0.0526071;REFB=0;REVB=0.0442875;RO=1;SAF=275;SAR=286;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00173343;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76403e-05;OID=.;OPOS=39742492;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:562:400:1:0:561:400:1:286:275:1:0:209:191:0:0 chr17 39742718 . A G 2848.53 PASS AF=1;AO=297;DP=297;FAO=297;FDP=297;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=158;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028877;FXX=0.0132886;HRUN=1;LEN=1;MLLD=366.62;QD=38.3641;RBI=0.0307684;REFB=0;REVB=0.0106215;RO=0;SAF=139;SAR=158;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.24322e-05;OID=.;OPOS=39742718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:297:297:0:0:297:297:1:158:139:0:0:158:139:0:0 chr17 39742894 . G A 1282.36 PASS AF=1;AO=134;DP=136;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458174;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.754;QD=38.2794;RBI=0.0491705;REFB=0;REVB=-0.0178467;RO=0;SAF=1;SAR=133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17569e-06;OID=.;OPOS=39742894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:61:136:134:0:0:134:134:1:133:1:0:0:133:1:0:0 chr17 39742898 . GC AT 1301.32 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.162191;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=142.325;QD=38.2742;RBI=0.164721;REFB=0;REVB=0.0287622;RO=0;SAF=1;SAR=135;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000429797;OID=.;OPOS=39742898;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:61:136:136:0:0:136:136:1:135:1:0:0:135:1:0:0 chr17 39912145 . T A 2551.62 PASS AF=1;AO=265;DP=265;FAO=266;FDP=266;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00223017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.746;QD=38.3703;RBI=0.0418143;REFB=0;REVB=-0.0417548;RO=0;SAF=146;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.04444e-05;OID=.;OPOS=39912145;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:265:266:0:0:265:266:1:119:146:0:0:119:147:0:0 chr17 39923614 . A G 2108.38 PASS AF=1;AO=219;DP=219;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=219;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=458.065;QD=38.5093;RBI=0.0257458;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=219;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81994e-06;OID=.;OPOS=39923614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:219:219:0:0:219:219:1:0:219:0:0:0:219:0:0 chr17 39925925 . A G 1511.29 PASS AF=1;AO=160;DP=161;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0023847;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1018;QD=37.7823;RBI=0.0141764;REFB=-0.031516;REVB=-0.0139744;RO=1;SAF=57;SAR=103;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0045975;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112941;OID=.;OPOS=39925925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:64:161:160:1:0:160:160:1:103:57:0:1:103:57:0:0 chr17 44049329 . C T 198.54 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0643782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.58;QD=11.0301;RBI=0.0644223;REFB=0.00233247;REVB=-0.00238434;RO=32;SAF=12;SAR=28;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411859;STB=0.522716;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.000564205;OID=.;OPOS=44049329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:28:12:11:21:28:12:11:21 chr17 44051846 . A G 1058.16 PASS AF=0.555;AO=247;DP=456;FAO=222;FDP=400;FR=.;FRO=178;FSAF=101;FSAR=121;FSRF=85;FSRR=93;FWDB=-0.000589398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=395.035;QD=10.5816;RBI=0.00169808;REFB=-0.00650768;REVB=-0.00159251;RO=207;SAF=114;SAR=133;SRF=103;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030342;STB=0.510108;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00526117;OID=.;OPOS=44051846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:456:400:207:178:247:222:0.555:133:114:103:104:121:101:85:93 chr17 44055638 . T A 526.28 PASS AF=0.444099;AO=143;DP=322;FAO=143;FDP=322;FR=.;FRO=179;FSAF=130;FSAR=13;FSRF=93;FSRR=86;FWDB=-0.00518376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.059;QD=6.53762;RBI=0.0171792;REFB=-0.00537958;REVB=0.0163785;RO=179;SAF=130;SAR=13;SRF=93;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.557391;STB=0.816103;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00348086;OID=.;OPOS=44055638;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:322:179:179:143:143:0.444099:13:130:93:86:13:130:93:86 chr17 44055647 . A T 1108.21 PASS AF=0.5675;AO=231;DP=413;FAO=227;FDP=400;FR=.;FRO=173;FSAF=126;FSAR=101;FSRF=90;FSRR=83;FWDB=-0.0895645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2666;QD=11.0821;RBI=0.107814;REFB=0.0217249;REVB=0.0600164;RO=182;SAF=129;SAR=102;SRF=94;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344016;STB=0.515199;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.0167255;OID=.;OPOS=44055647;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:413:400:182:173:231:227:0.5675:102:129:94:88:101:126:90:83 chr17 44060775 . C T 227.77 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=0.135916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3855;QD=11.3886;RBI=0.137793;REFB=-0.0330791;REVB=-0.0226652;RO=35;SAF=17;SAR=28;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286101;STB=0.656779;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0246478;OID=.;OPOS=44060775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:35:45:45:0.5625:28:17:26:9:28:17:26:9 chr17 44061023 . G A 485.45 PASS AF=0.504464;AO=112;DP=223;FAO=113;FDP=224;FR=.;FRO=111;FSAF=53;FSAR=60;FSRF=48;FSRR=63;FWDB=0.00223149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.227;QD=8.66874;RBI=0.0369458;REFB=-0.0162866;REVB=0.0368783;RO=111;SAF=53;SAR=59;SRF=48;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371816;STB=0.518241;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0137926;OID=.;OPOS=44061023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:224:111:111:112:113:0.504464:59:53:48:63:60:53:48:63 chr17 44061036 . T C 489.06 PASS AF=0.506726;AO=113;DP=219;FAO=113;FDP=223;FR=.;FRO=110;FSAF=53;FSAR=60;FSRF=47;FSRR=63;FWDB=-0.00739032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.493;QD=8.77244;RBI=0.05175;REFB=-0.00488478;REVB=-0.0512196;RO=106;SAF=53;SAR=60;SRF=47;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022778;STB=0.520725;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0280359;OID=.;OPOS=44061036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:223:106:110:113:113:0.506726:60:53:47:59:60:53:47:63 chr17 44061278 . C T 595.24 PASS AF=0.457478;AO=156;DP=341;FAO=156;FDP=341;FR=.;FRO=185;FSAF=67;FSAR=89;FSRF=92;FSRR=93;FWDB=0.0498649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.758;QD=6.98223;RBI=0.0499552;REFB=-0.0165578;REVB=0.00300193;RO=185;SAF=67;SAR=89;SRF=92;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672156;STB=0.537137;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0173602;OID=.;OPOS=44061278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:341:341:185:185:156:156:0.457478:89:67:92:93:89:67:92:93 chr17 44064334 . T C 393.61 PASS AF=0.5;AO=92;DP=184;FAO=92;FDP=184;FR=.;FRO=92;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=-0.0327717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.474;QD=8.55676;RBI=0.0331022;REFB=0.0146495;REVB=0.0046658;RO=92;SAF=49;SAR=43;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198208;STB=0.510898;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.0146781;OID=.;OPOS=44064334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:92:92:92:92:0.5:43:49:47:45:43:49:47:45 chr17 44067400 . T C 299.43 PASS AF=0.463415;AO=76;DP=164;FAO=76;FDP=164;FR=.;FRO=88;FSAF=3;FSAR=73;FSRF=3;FSRR=85;FWDB=-0.0436869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7337;QD=7.30319;RBI=0.106534;REFB=0.00237007;REVB=-0.0971642;RO=88;SAF=3;SAR=73;SRF=3;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357273;STB=0.519732;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.00390927;OID=.;OPOS=44067400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:88:88:76:76:0.463415:73:3:3:85:73:3:3:85 chr17 44068924 . G A 226.71 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=1;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=47;FWDB=-0.0609244;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4637;QD=9.34875;RBI=0.061521;REFB=-0.0265794;REVB=0.00854681;RO=47;SAF=1;SAR=49;SRF=0;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302574;STB=0.662024;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0218472;OID=.;OPOS=44068924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:47:47:50:50:0.515464:49:1:0:47:49:1:0:47 chr17 44071294 . T C 727.8 PASS AF=0.577075;AO=146;DP=253;FAO=146;FDP=253;FR=.;FRO=107;FSAF=75;FSAR=71;FSRF=55;FSRR=52;FWDB=0.0130216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.587;QD=11.5067;RBI=0.0132984;REFB=-0.00763324;REVB=0.00269889;RO=106;SAF=75;SAR=71;SRF=54;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00331162;STB=0.500135;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00554962;OID=.;OPOS=44071294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:106:107:146:146:0.577075:71:75:54:52:71:75:55:52 chr17 44073889 . A G 78.37 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=0;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=27;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=398.645;QD=6.67016;RBI=0.00208885;REFB=-0.0154866;REVB=0.00208885;RO=27;SAF=0;SAR=20;SRF=0;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0218736;OID=.;OPOS=44073889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:47:47:27:27:20:20:0.425532:20:0:0:27:20:0:0:27 chr17 44073973 . T C 623.39 PASS AF=0.471642;AO=158;DP=335;FAO=158;FDP=335;FR=.;FRO=177;FSAF=85;FSAR=73;FSRF=99;FSRR=78;FWDB=-0.0157598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.2;QD=7.44348;RBI=0.0254906;REFB=-0.00309699;REVB=-0.020035;RO=177;SAF=85;SAR=73;SRF=99;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206366;STB=0.511363;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00321537;OID=.;OPOS=44073973;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:335:335:177:177:158:158:0.471642:73:85:99:78:73:85:99:78 chr17 48263021 . C T 195.16 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9758;QD=37.1733;RBI=0.0515779;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=21;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201497;OID=.;OPOS=48263021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:21:21:0:0:21:21:1:0:21:0:0:0:21:0:0 chr17 48265426 . A G 1844.42 PASS AF=1;AO=193;DP=193;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00915751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.9117;QD=38.2263;RBI=0.00974868;REFB=0;REVB=-0.00334316;RO=0;SAF=108;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.26493e-05;OID=.;OPOS=48265426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:87:193:193:0:0:193:193:1:85:108:0:0:85:108:0:0 chr17 48265495 . T C 1874.68 PASS AF=1;AO=195;DP=197;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166783;FXX=0.0151508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.507;QD=38.4549;RBI=0.0343878;REFB=0;REVB=0.0300725;RO=0;SAF=105;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47789e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74629e-05;OID=.;OPOS=48265495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:88:197:195:0:0:195:195:1:90:105:0:0:90:105:0:0 chr17 48266669 . G C 916.37 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0751443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.784;QD=38.1819;RBI=0.0762333;REFB=0;REVB=0.0128399;RO=0;SAF=50;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233089;OID=.;OPOS=48266669;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:43:96:96:0:0:96:96:1:46:50:0:0:46:50:0:0 chr17 48267585 . A C 876.4 PASS AF=0.516796;AO=197;DP=384;FAO=200;FDP=387;FR=.;FRO=187;FSAF=93;FSAR=107;FSRF=81;FSRR=106;FWDB=0.00630157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=380.588;QD=9.05843;RBI=0.013397;REFB=-0.00296314;REVB=-0.0118224;RO=187;SAF=91;SAR=106;SRF=81;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258568;STB=0.515495;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00255954;OID=.;OPOS=48267585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:384:387:187:187:197:200:0.516796:106:91:81:106:107:93:81:106 chr17 48268223 . A G 2219.41 PASS AF=1;AO=180;DP=232;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.474;QD=38.2657;RBI=0.0375531;REFB=0;REVB=0.0236148;RO=0;SAF=98;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.26076e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8046e-05;OID=.;OPOS=48268223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:232:232:0:0:180:232:1:82:98:0:0:134:98:0:0 chr17 48269302 . G A 3797.23 PASS AF=1;AO=424;DP=426;FAO=398;FDP=398;FR=.;FRO=0;FSAF=207;FSAR=191;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0793651;FXX=0.00499988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.352;QD=38.1631;RBI=0.0801071;REFB=-0.0814092;REVB=-0.0108779;RO=2;SAF=221;SAR=203;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000190642;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.86944e-05;OID=.;OPOS=48269302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:426:398:2:0:424:398:1:203:221:1:1:191:207:0:0 chr17 48271433 . A G 3835.11 PASS AF=1;AO=398;DP=398;FAO=400;FDP=400;FR=.;FRO=0;FSAF=238;FSAR=162;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.773;QD=38.3511;RBI=0.0449701;REFB=0;REVB=-0.0433161;RO=0;SAF=237;SAR=161;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.80393e-05;OID=.;OPOS=48271433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:398:400:0:0:398:400:1:161:237:0:0:162:238:0:0 chr17 48272055 . C T 195.71 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00303801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.61;QD=39.1419;RBI=0.00303801;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=20;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.87082e-05;OID=.;OPOS=48272055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:20:20:0:0:20:20:1:0:20:0:0:0:20:0:0 chr17 48273464 . T C 178.85 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0144142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.865;QD=10.3679;RBI=0.052617;REFB=-0.00184078;REVB=-0.0506042;RO=32;SAF=18;SAR=19;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897989;STB=0.549622;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.000347586;OID=.;OPOS=48273464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:19:18:19:13:19:18:19:13 chr17 48273903 . A C 862.54 PASS AF=0.514286;AO=198;DP=385;FAO=198;FDP=385;FR=.;FRO=187;FSAF=111;FSAR=87;FSRF=83;FSRR=104;FWDB=-0.00494703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.236;QD=8.96147;RBI=0.00511317;REFB=-0.0265992;REVB=-0.00129284;RO=187;SAF=111;SAR=87;SRF=83;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103904;STB=0.556758;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.025853;OID=.;OPOS=48273903;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:385:385:187:187:198:198:0.514286:87:111:83:104:87:111:83:104 chr17 48274268 . C T 901.64 PASS AF=0.515;AO=336;DP=636;FAO=206;FDP=400;FR=.;FRO=194;FSAF=106;FSAR=100;FSRF=103;FSRR=91;FWDB=0.015115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=391.824;QD=9.01637;RBI=0.0164199;REFB=-0.00635352;REVB=-0.00641494;RO=300;SAF=183;SAR=153;SRF=168;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134362;STB=0.507947;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00603909;OID=.;OPOS=48274268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:636:400:300:194:336:206:0.515:153:183:168:132:100:106:103:91 chr17 48274291 . T G 3853.67 PASS AF=1;AO=643;DP=643;FAO=400;FDP=400;FR=.;FRO=0;FSAF=205;FSAR=195;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00917965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.638;QD=38.5367;RBI=0.058393;REFB=0;REVB=-0.0576669;RO=0;SAF=351;SAR=292;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.68824e-05;OID=.;OPOS=48274291;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:643:400:0:0:643:400:1:292:351:0:0:195:205:0:0 chr17 48274309 . T C 3660.52 PASS AF=1;AO=632;DP=643;FAO=394;FDP=394;FR=.;FRO=0;FSAF=204;FSAR=190;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022094;FXX=0.0149996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.756;QD=37.1626;RBI=0.0288843;REFB=0.0101626;REVB=-0.0186052;RO=9;SAF=345;SAR=287;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147379;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126089;OID=.;OPOS=48274309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:643:394:9:0:632:394:1:287:345:0:9:190:204:0:0 chr17 48275489 . A G 2614.35 PASS AF=1;AO=273;DP=273;FAO=273;FDP=273;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00857672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.722;QD=38.3056;RBI=0.0300616;REFB=0;REVB=0.0288122;RO=0;SAF=145;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39775e-05;OID=.;OPOS=48275489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:273:273:0:0:273:273:1:128:145:0:0:128:145:0:0 chr17 48277059 . AGCCCCAGGCCCCAGGCCCCAG A 301.95 PASS AF=1;AO=28;DP=37;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0055962;FXX=0.224944;HRUN=1;LEN=21;MLLD=271.723;QD=38.9609;RBI=0.0478548;REFB=0;REVB=0.0475265;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=7.37855e-05;OID=.;OPOS=48277060;OREF=GCCCCAGGCCCCAGGCCCCAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:37:31:31:0:13:18:0:0:14:0:11:17:0:0 chr17 72277879 . A G 670.66 PASS AF=0.563265;AO=138;DP=246;FAO=138;FDP=245;FR=.;FRO=107;FSAF=57;FSAR=81;FSRF=73;FSRR=34;FWDB=-0.0357751;FXX=0.00406488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.826;QD=10.9496;RBI=0.0371802;REFB=-0.0215118;REVB=-0.0101246;RO=108;SAF=57;SAR=81;SRF=73;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210492;STB=0.616313;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0113227;OID=.;OPOS=72277879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:245:108:107:138:138:0.563265:81:57:73:35:81:57:73:34 chr17 72281367 . A G 2344.93 PASS AF=1;AO=243;DP=244;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=148;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00614539;FXX=0.00404842;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.173;QD=38.1289;RBI=0.039313;REFB=-0.0960253;REVB=0.0388297;RO=1;SAF=145;SAR=98;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00483878;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10605e-05;OID=.;OPOS=72281367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:244:246:1:0:243:246:1:98:145:0:1:98:148:0:0 chr17 72285906 . G A 265.21 PASS AF=0.474453;AO=65;DP=137;FAO=65;FDP=137;FR=.;FRO=72;FSAF=63;FSAR=2;FSRF=71;FSRR=1;FWDB=0.0618672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.6857;QD=7.74333;RBI=0.142757;REFB=0.0362769;REVB=0.128655;RO=71;SAF=63;SAR=2;SRF=70;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155223;STB=0.586411;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.0373739;OID=.;OPOS=72285906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:71:72:65:65:0.474453:2:63:70:1:2:63:71:1 chr17 72295966 . C T 873.53 PASS AF=0.5075;AO=264;DP=519;FAO=203;FDP=400;FR=.;FRO=197;FSAF=106;FSAR=97;FSRF=98;FSRR=99;FWDB=-0.0132959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=400.683;QD=8.73527;RBI=0.0145694;REFB=-0.0149013;REVB=0.00595701;RO=255;SAF=140;SAR=124;SRF=131;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149503;STB=0.512177;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0152121;OID=.;OPOS=72295966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:519:400:255:197:264:203:0.5075:124:140:131:124:97:106:98:99 chr17 72301432 . A G 911.08 PASS AF=0.5175;AO=301;DP=605;FAO=207;FDP=400;FR=.;FRO=193;FSAF=113;FSAR=94;FSRF=101;FSRR=92;FWDB=0.00179641;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.949;QD=9.11083;RBI=0.0070923;REFB=0.0117835;REVB=-0.00686103;RO=304;SAF=164;SAR=137;SRF=169;SRR=135;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102624;STB=0.510963;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.0108831;OID=.;OPOS=72301432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:605:400:304:193:301:207:0.5175:137:164:169:135:94:113:101:92 chr17 72305534 . C T 1000.76 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.723;QD=38.1243;RBI=0.0588676;REFB=0;REVB=0.0419319;RO=0;SAF=46;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230555;OID=.;OPOS=72305534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:47:105:105:0:0:105:105:1:59:46:0:0:59:46:0:0 chr17 72306116 . CCT C 3098.17 PASS AF=1;AO=327;DP=330;FAO=329;FDP=329;FR=.;FRO=0;FSAF=179;FSAR=150;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426667;FXX=0.00903587;HRUN=2;LEN=2;MLLD=282.595;QD=37.6677;RBI=0.0625384;REFB=-0.0131791;REVB=-0.0457231;RO=0;SAF=178;SAR=149;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.41196e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.45008e-05;OID=.;OPOS=72306117;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:327:330:329:329:0:179:150:0:0:99:0:178:149:0:0 chr17 72308319 . G A 1738.75 PASS AF=1;AO=182;DP=183;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110319;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9268;QD=38.2142;RBI=0.0357668;REFB=0;REVB=0.0340229;RO=0;SAF=84;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1362e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119726;OID=.;OPOS=72308319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:82:183:182:0:0:182:182:1:98:84:0:0:98:84:0:0 chr17 72308403 . G A 810.73 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115819;FXX=0.0116266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.4858;QD=38.1521;RBI=0.115819;REFB=0;REVB=0;RO=1;SAF=85;SAR=0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.901111;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000871112;OID=.;OPOS=72308403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:38:86:85:1:0:85:85:1:0:85:0:1:0:85:0:0 chr17 72308410 . C T 1181.74 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0812;QD=38.1206;RBI=0.0596247;REFB=0;REVB=0.030696;RO=0;SAF=85;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444099;OID=.;OPOS=72308410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:56:124:124:0:0:124:124:1:39:85:0:0:39:85:0:0 chr17 72308447 . G A 1254.7 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0866074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6511;QD=38.6063;RBI=0.0872888;REFB=0;REVB=0.0108857;RO=0;SAF=85;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449295;OID=.;OPOS=72308447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:59:130:130:0:0:130:130:1:45:85:0:0:45:85:0:0 chr17 73720900 . A G 2336.6 PASS AF=1;AO=242;DP=244;FAO=244;FDP=244;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8637;QD=38.3049;RBI=0.105535;REFB=0;REVB=0.104695;RO=0;SAF=129;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207296;OID=.;OPOS=73720900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:244:244:0:0:242:244:1:113:129:0:0:114:130:0:0 chr17 73729660 . G A 738.78 PASS AF=0.47;AO=262;DP=558;FAO=188;FDP=400;FR=.;FRO=212;FSAF=90;FSAR=98;FSRF=98;FSRR=114;FWDB=-0.00486761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.255;QD=7.38782;RBI=0.00491189;REFB=-0.00915737;REVB=0.000658074;RO=296;SAF=122;SAR=140;SRF=144;SRR=152;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201611;STB=0.508745;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0102702;OID=.;OPOS=73729660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:558:400:296:212:262:188:0.47:140:122:144:152:98:90:98:114 chr17 73746146 . T C 953.28 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.669;QD=38.5166;RBI=0.0180314;REFB=0;REVB=-0.0103104;RO=0;SAF=49;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.7754e-05;OID=.;OPOS=73746146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:45:99:99:0:0:99:99:1:50:49:0:0:50:49:0:0 chr17 73746370 . T C 673.06 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00304409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.485;QD=37.9188;RBI=0.0194538;REFB=0;REVB=0.0192141;RO=0;SAF=45;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9994e-05;OID=.;OPOS=73746370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:71:71:0:0:71:71:1:26:45:0:0:26:45:0:0 chr17 73746427 . A G 786.12 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00410548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1795;QD=37.8853;RBI=0.0306882;REFB=0;REVB=-0.0304124;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000230018;OID=.;OPOS=73746427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:37:83:83:0:0:83:83:1:38:45:0:0:38:45:0:0 chr17 73750859 . C G 2059.4 PASS AF=1;AO=215;DP=215;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.645;QD=38.3143;RBI=0.0259801;REFB=0;REVB=-0.0196816;RO=0;SAF=108;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110536;OID=.;OPOS=73750859;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:97:215:215:0:0:215:215:1:107:108:0:0:107:108:0:0 chr17 73751990 . T A 1319.33 PASS AF=1;AO=137;DP=139;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0750449;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.597;QD=38.5204;RBI=0.0758899;REFB=0;REVB=0.011293;RO=0;SAF=67;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3587e-05;OID=.;OPOS=73751990;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:62:139:137:0:0:137:137:1:70:67:0:0:70:67:0:0 chr17 73752999 . C G 1024.72 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.021;QD=38.3072;RBI=0.041521;REFB=0;REVB=-0.0368353;RO=0;SAF=59;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.55437e-05;OID=.;OPOS=73752999;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:48:107:107:0:0:107:107:1:48:59:0:0:48:59:0:0 chr17 73753503 . T C 1835.85 PASS AF=1;AO=192;DP=192;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167533;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.382;QD=38.2468;RBI=0.0192432;REFB=0;REVB=0.00946704;RO=0;SAF=105;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0787e-05;OID=.;OPOS=73753503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:87:192:192:0:0:192:192:1:87:105:0:0:87:105:0:0 chr17 73753661 . C T 195.08 PASS AF=0.425197;AO=54;DP=127;FAO=54;FDP=127;FR=.;FRO=73;FSAF=1;FSAR=53;FSRF=3;FSRR=70;FWDB=-0.0268259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.653;QD=6.14414;RBI=0.0292247;REFB=0.00371667;REVB=0.0115952;RO=73;SAF=1;SAR=53;SRF=3;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230545;STB=0.632774;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.00464723;OID=.;OPOS=73753661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:73:73:54:54:0.425197:53:1:3:70:53:1:3:70 chr17 78011842 . G A 543.95 PASS AF=0.480287;AO=134;DP=279;FAO=134;FDP=279;FR=.;FRO=145;FSAF=82;FSAR=52;FSRF=88;FSRR=57;FWDB=0.0139126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0388;QD=7.79851;RBI=0.0274107;REFB=-0.0316976;REVB=-0.0236175;RO=145;SAF=82;SAR=52;SRF=88;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00500723;STB=0.502756;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0343985;OID=.;OPOS=78011842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:279:145:145:134:134:0.480287:52:82:88:57:52:82:88:57 chr17 78013724 . G C 1062.18 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.804;QD=38.6249;RBI=0.0387298;REFB=0;REVB=0.0252998;RO=0;SAF=86;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178081;OID=.;OPOS=78013724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:50:110:110:0:0:109:110:1:23:86:0:0:24:86:0:0 chr17 78023722 . C T 253.35 PASS AF=0.433962;AO=69;DP=159;FAO=69;FDP=159;FR=.;FRO=90;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=0.0153651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2283;QD=6.37366;RBI=0.0245814;REFB=-0.00269859;REVB=-0.0191874;RO=90;SAF=40;SAR=29;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816634;STB=0.545609;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00348283;OID=.;OPOS=78023722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:90:90:69:69:0.433962:29:40:45:45:29:40:45:45 chr17 78055758 . T G 370.41 PASS AF=0.47644;AO=91;DP=191;FAO=91;FDP=191;FR=.;FRO=100;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=55;FSRR=45;FWDB=-0.00110045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.975;QD=7.75732;RBI=0.0180617;REFB=-0.00690392;REVB=0.0180281;RO=100;SAF=39;SAR=52;SRF=55;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115368;STB=0.563704;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0105977;OID=.;OPOS=78055758;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:100:100:91:91:0.47644:52:39:55:45:52:39:55:45 chr17 78058432 . G A 460.89 PASS AF=0.541436;AO=98;DP=181;FAO=98;FDP=181;FR=.;FRO=83;FSAF=64;FSAR=34;FSRF=67;FSRR=16;FWDB=0.00680726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.544;QD=10.1855;RBI=0.017522;REFB=-0.00824858;REVB=0.0161456;RO=83;SAF=64;SAR=34;SRF=67;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150927;STB=0.581902;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00430732;OID=.;OPOS=78058432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:83:83:98:98:0.541436:34:64:67:16:34:64:67:16 chr17 78061353 . G A 3436.5 PASS AF=1;AO=360;DP=365;FAO=367;FDP=367;FR=.;FRO=0;FSAF=190;FSAR=177;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.157091;FXX=0.0134405;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8302;QD=37.455;RBI=0.17485;REFB=-0.165363;REVB=0.07678;RO=3;SAF=183;SAR=177;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00775693;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116198;OID=.;OPOS=78061353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:365:367:3:0:360:367:1:177:183:3:0:177:190:0:0 chr17 78069097 . G A 151.91 PASS AF=0.533333;AO=31;DP=59;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0306375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.091;QD=10.1275;RBI=0.0322363;REFB=-0.0154119;REVB=0.0100262;RO=28;SAF=16;SAR=15;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105002;STB=0.564276;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0145654;OID=.;OPOS=78069097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:28:28:31:32:0.533333:15:16:11:17:15:17:11:17 chr17 78071052 . T C 1987.24 PASS AF=1;AO=207;DP=207;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.13;QD=38.4007;RBI=0.0260742;REFB=0;REVB=0.00685292;RO=0;SAF=98;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36127e-05;OID=.;OPOS=78071052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:94:207:207:0:0:207:207:1:109:98:0:0:109:98:0:0 chr17 78073355 . A G 3357.68 PASS AF=1;AO=352;DP=354;FAO=352;FDP=352;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=219;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063994;FXX=0.00564956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6147;QD=38.1555;RBI=0.0644874;REFB=-0.0226975;REVB=-0.00796238;RO=1;SAF=133;SAR=219;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00357397;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160694;OID=.;OPOS=78073355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:354:352:1:0:352:352:1:219:133:1:0:219:133:0:0 chr17 78073562 . A G 796.92 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.452;QD=37.9488;RBI=0.0334639;REFB=0;REVB=0.0164853;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.40719e-05;OID=.;OPOS=78073562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:38:84:84:0:0:84:84:1:47:37:0:0:47:37:0:0 chr17 78073589 . T C 808.34 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.462;QD=38.0393;RBI=0.0267631;REFB=0;REVB=0.0211392;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17465e-06;OID=.;OPOS=78073589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:38:85:85:0:0:85:85:1:48:37:0:0:48:37:0:0 chr17 78078709 . T C 531.51 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=349.641;QD=37.9648;RBI=0.0110828;REFB=0;REVB=0.00208468;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90357e-05;OID=.;OPOS=78078709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr17 78079544 . C G 2592.71 PASS AF=1;AO=269;DP=270;FAO=269;FDP=269;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339909;FXX=0.00370357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3199;QD=38.5533;RBI=0.0386548;REFB=0;REVB=0.0184069;RO=0;SAF=132;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151574;OID=.;OPOS=78079544;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:270:269:0:0:269:269:1:137:132:0:0:137:132:0:0 chr17 78079597 . A G 2589.67 PASS AF=1;AO=267;DP=268;FAO=269;FDP=269;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.499;QD=38.5081;RBI=0.0288194;REFB=0;REVB=0.0187273;RO=0;SAF=127;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.69724e-06;OID=.;OPOS=78079597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:268:269:0:0:267:269:1:140:127:0:0:140:129:0:0 chr17 78079669 . G A 2589.67 PASS AF=1;AO=269;DP=269;FAO=269;FDP=269;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.618;QD=38.5081;RBI=0.0245279;REFB=0;REVB=0.0182706;RO=0;SAF=126;SAR=143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14649e-05;OID=.;OPOS=78079669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:269:269:0:0:269:269:1:143:126:0:0:143:126:0:0 chr17 78081526 . A AGCAGCGG 50 PASS AO=255;DP=502;LEN=7;RO=247;SAF=244;SAR=121;SRF=16;SRR=121;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=78081527;OREF=-;OALT=GCAGCGG;OMAPALT=AGCAGCGG GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:502:247:255:121:244:16:121 chr17 78081551 . T C 3807.91 PASS AF=0.965;AO=305;DP=414;FAO=386;FDP=400;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=236;FSAR=150;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.282;QD=38.0791;RBI=0.10068;REFB=0;REVB=0.000703653;RO=0;SAF=149;SAR=156;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157907;OID=.;OPOS=78081551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:69:414:400:0:0:305:386:0.965:156:149:0:0:150:236:0:0 chr17 78081707 . G A 1921.27 PASS AF=1;AO=202;DP=202;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129553;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.072;QD=38.2343;RBI=0.0610876;REFB=0;REVB=0.059698;RO=0;SAF=123;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35659e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24531e-05;OID=.;OPOS=78081707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:91:202:201:0:0:202:201:1:79:123:0:0:78:123:0:0 chr17 78082504 . G A 3751.73 PASS AF=1;AO=391;DP=393;FAO=391;FDP=391;FR=.;FRO=0;FSAF=205;FSAR=186;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00870781;FXX=0.00761402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.66;QD=38.3809;RBI=0.0201263;REFB=0;REVB=0.018145;RO=0;SAF=205;SAR=186;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.85384e-06;OID=.;OPOS=78082504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:393:391:0:0:391:391:1:186:205:0:0:186:205:0:0 chr17 78084507 . G C 604.62 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.563;QD=37.7884;RBI=0.0685257;REFB=0;REVB=0.0305831;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111161;OID=.;OPOS=78084507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:64:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr17 78084688 . C A 1193.22 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00123694;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.771;QD=38.183;RBI=0.0289755;REFB=0;REVB=0.0289491;RO=0;SAF=73;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51562e-05;OID=.;OPOS=78084688;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:56:125:125:0:0:125:125:1:52:73:0:0:52:73:0:0 chr17 78086846 . A G 388.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.578;QD=38.8318;RBI=0.0290439;REFB=0;REVB=0.0120816;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.05922e-05;OID=.;OPOS=78086846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr17 78087041 . G A 117.37 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00905289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.451;QD=7.33573;RBI=0.0158033;REFB=-0.0213796;REVB=0.0129534;RO=35;SAF=12;SAR=17;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708212;STB=0.53995;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0270832;OID=.;OPOS=78087041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:17:12:17:18:17:12:17:18 chr17 78087109 . A G 604.62 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.667;QD=37.7884;RBI=0.0416879;REFB=0;REVB=-0.00551395;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127865;OID=.;OPOS=78087109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:64:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr17 78087260 . C T 270.08 PASS AF=0.568421;AO=54;DP=95;FAO=54;FDP=95;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00318674;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=351.083;QD=11.3717;RBI=0.0202315;REFB=0.000249506;REVB=0.019979;RO=41;SAF=28;SAR=26;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434224;STB=0.523764;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00015284;OID=.;OPOS=78087260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:41:41:54:54:0.568421:26:28:19:22:26:28:19:22 chr17 78090928 . G A 1856.6 PASS AF=1;AO=191;DP=197;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00344968;FXX=0.0301492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.336;QD=38.4787;RBI=0.00816716;REFB=0;REVB=-0.00740285;RO=0;SAF=104;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.79267e-05;OID=.;OPOS=78090928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:87:197:193:0:0:191:193:1:87:104:0:0:88:105:0:0 chr17 78090932 . T C 425.72 PASS AF=0.502538;AO=98;DP=201;FAO=99;FDP=197;FR=.;FRO=98;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=58;FSRR=40;FWDB=-0.0202143;FXX=0.0247512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.87;QD=8.64401;RBI=0.0278604;REFB=0.00107506;REVB=-0.0191724;RO=96;SAF=46;SAR=52;SRF=58;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121016;STB=0.563011;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00107318;OID=.;OPOS=78090932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:197:96:98:98:99:0.502538:52:46:58:38:53:46:58:40 chr17 78091405 . G A 2083.49 PASS AF=1;AO=217;DP=217;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.135;QD=38.4054;RBI=0.0346101;REFB=0;REVB=0.010137;RO=0;SAF=120;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14277e-05;OID=.;OPOS=78091405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:98:217:217:0:0:217:217:1:97:120:0:0:97:120:0:0 chr17 78092063 . G A 340.72 PASS AF=0.5;AO=79;DP=158;FAO=79;FDP=158;FR=.;FRO=79;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=0.0364354;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=316.085;QD=8.62587;RBI=0.0397341;REFB=-0.0116199;REVB=0.015851;RO=79;SAF=43;SAR=36;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115999;STB=0.506385;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0117539;OID=.;OPOS=78092063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:79:79:79:79:0.5:36:43:44:35:36:43:44:35 chr18 21124945 . C G 504.09 PASS AF=0.48062;AO=124;DP=258;FAO=124;FDP=258;FR=.;FRO=134;FSAF=58;FSAR=66;FSRF=67;FSRR=67;FWDB=0.0494013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.056;QD=7.81535;RBI=0.050375;REFB=-0.0195647;REVB=-0.00985631;RO=134;SAF=58;SAR=66;SRF=67;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304872;STB=0.516785;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.021634;OID=.;OPOS=21124945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:134:134:124:124:0.48062:66:58:67:67:66:58:67:67 chr18 21148863 . A G 584.52 PASS AF=0.472669;AO=147;DP=311;FAO=147;FDP=311;FR=.;FRO=164;FSAF=85;FSAR=62;FSRF=94;FSRR=70;FWDB=0.00995302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.658;QD=7.51789;RBI=0.01499;REFB=-0.0175276;REVB=-0.0112088;RO=164;SAF=85;SAR=62;SRF=94;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00496119;STB=0.502733;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0186659;OID=.;OPOS=21148863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:311:164:164:147:147:0.472669:62:85:94:70:62:85:94:70 chr18 28649042 . T C 565.78 PASS AF=0.485915;AO=138;DP=284;FAO=138;FDP=284;FR=.;FRO=146;FSAF=79;FSAR=59;FSRF=70;FSRR=76;FWDB=-0.023202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.364;QD=7.96866;RBI=0.0234042;REFB=0.0150252;REVB=0.00306988;RO=146;SAF=79;SAR=59;SRF=70;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875661;STB=0.548153;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.023171;OID=.;OPOS=28649042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:284:146:146:138:138:0.485915:59:79:70:76:59:79:70:76 chr18 28649166 . A G 326.49 PASS AF=0.459016;AO=84;DP=183;FAO=84;FDP=183;FR=.;FRO=99;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=51;FSRR=48;FWDB=0.00349834;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=328.516;QD=7.13641;RBI=0.00406199;REFB=-0.00729149;REVB=0.00206431;RO=99;SAF=31;SAR=53;SRF=51;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146315;STB=0.58123;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00898317;OID=.;OPOS=28649166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:99:99:84:84:0.459016:53:31:51:48:53:31:51:48 chr18 28666526 . T TTAA 3815.54 PASS AF=1;AO=487;DP=498;FAO=396;FDP=396;FR=.;FRO=0;FSAF=181;FSAR=215;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433353;FXX=0.00999975;HRUN=2;LEN=3;MLLD=389.847;QD=38.5408;RBI=0.0434672;REFB=0;REVB=0.00338413;RO=4;SAF=220;SAR=267;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00860002;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=7.63495e-06;OID=.;OPOS=28666527;OREF=-;OALT=TAA;OMAPALT=TTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:487:498:396:396:0:181:215:0:0:99:4:220:267:4:0 chr18 29104564 . C A 866.79 PASS AF=0.506266;AO=289;DP=586;FAO=202;FDP=399;FR=.;FRO=197;FSAF=117;FSAR=85;FSRF=104;FSRR=93;FWDB=0.00249868;FXX=0.00249994;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7934;QD=8.68967;RBI=0.0405467;REFB=-0.0380614;REVB=-0.0404696;RO=293;SAF=154;SAR=135;SRF=150;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193082;STB=0.52576;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.038571;OID=.;OPOS=29104564;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:586:399:293:197:289:202:0.506266:135:154:150:143:85:117:104:93 chr18 29122715 . C T 380.05 PASS AF=0.511905;AO=85;DP=168;FAO=86;FDP=168;FR=.;FRO=82;FSAF=82;FSAR=4;FSRF=81;FSRR=1;FWDB=0.0153353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.611;QD=9.04876;RBI=0.0199308;REFB=-0.0321988;REVB=0.0127305;RO=82;SAF=82;SAR=3;SRF=81;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182404;STB=0.613915;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0267767;OID=.;OPOS=29122715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:82:82:85:86:0.511905:3:82:81:1:4:82:81:1 chr18 29122799 . G A 612.22 PASS AF=0.475309;AO=151;DP=321;FAO=154;FDP=324;FR=.;FRO=170;FSAF=78;FSAR=76;FSRF=82;FSRR=88;FWDB=0.00753142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=379.375;QD=7.55832;RBI=0.0088912;REFB=-0.0105713;REVB=-0.00472558;RO=169;SAF=75;SAR=76;SRF=81;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166834;STB=0.512663;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0115227;OID=.;OPOS=29122799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:324:169:170:151:154:0.475309:76:75:81:88:76:78:82:88 chr18 29126670 . T C 864.23 PASS AF=0.505;AO=225;DP=464;FAO=202;FDP=400;FR=.;FRO=198;FSAF=109;FSAR=93;FSRF=108;FSRR=90;FWDB=-0.0257113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=397.81;QD=8.64232;RBI=0.0257167;REFB=-0.0208057;REVB=-0.000525041;RO=237;SAF=122;SAR=103;SRF=128;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00201338;STB=0.502915;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0204097;OID=.;OPOS=29126670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:464:400:237:198:225:202:0.505:103:122:128:109:93:109:108:90 chr18 77513721 . T C 3288.09 PASS AF=1;AO=343;DP=343;FAO=343;FDP=343;FR=.;FRO=0;FSAF=169;FSAR=174;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.84;QD=38.345;RBI=0.107463;REFB=0;REVB=0.106464;RO=0;SAF=169;SAR=174;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.47694e-05;OID=.;OPOS=77513721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:343:343:0:0:343:343:1:174:169:0:0:174:169:0:0 chr19 10916684 . C T 433.71 PASS AF=0.537572;AO=93;DP=178;FAO=93;FDP=173;FR=.;FRO=80;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.014523;FXX=0.0280883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.346;QD=10.028;RBI=0.0147028;REFB=-0.0178591;REVB=-0.00229285;RO=80;SAF=39;SAR=54;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372093;STB=0.520346;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0148218;OID=.;OPOS=10916684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:173:80:80:93:93:0.537572:54:39:37:43:54:39:37:43 chr19 10939792 . T C 168.24 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=0;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=38;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.01;QD=8.85465;RBI=0.010604;REFB=-0.0102067;REVB=0.010604;RO=38;SAF=0;SAR=38;SRF=0;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0102447;OID=.;OPOS=10939792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:38:0:0:38:38:0:0:38 chr19 16591464 . G A 658.16 PASS AF=0.527076;AO=146;DP=277;FAO=146;FDP=277;FR=.;FRO=131;FSAF=81;FSAR=65;FSRF=62;FSRR=69;FWDB=0.00462236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.581;QD=9.50416;RBI=0.00462999;REFB=-0.0313616;REVB=-0.000265712;RO=131;SAF=81;SAR=65;SRF=62;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708488;STB=0.538681;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0306011;OID=.;OPOS=16591464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:277:131:131:146:146:0.527076:65:81:62:69:65:81:62:69 chr19 16593415 . G A 416.68 PASS AF=0.604651;AO=78;DP=129;FAO=78;FDP=129;FR=.;FRO=51;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.0110825;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.153;QD=12.9204;RBI=0.013066;REFB=-0.00285533;REVB=0.00692093;RO=51;SAF=41;SAR=37;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060266;STB=0.532685;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00197216;OID=.;OPOS=16593415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:51:51:78:78:0.604651:37:41:31:20:37:41:31:20 chr19 16593573 . G A 688.11 PASS AF=0.491124;AO=166;DP=338;FAO=166;FDP=338;FR=.;FRO=172;FSAF=75;FSAR=91;FSRF=89;FSRR=83;FWDB=0.00239901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=477.782;QD=8.1433;RBI=0.0202169;REFB=-0.00323771;REVB=0.020074;RO=172;SAF=75;SAR=91;SRF=89;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610285;STB=0.533491;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00363609;OID=.;OPOS=16593573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:338:338:172:172:166:166:0.491124:91:75:89:83:91:75:89:83 chr19 16601154 . T C 499.39 PASS AF=0.513636;AO=113;DP=220;FAO=113;FDP=220;FR=.;FRO=107;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=56;FSRR=51;FWDB=-0.0153474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=315.872;QD=9.07989;RBI=0.0153756;REFB=-0.0146372;REVB=0.000931007;RO=107;SAF=51;SAR=62;SRF=56;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641088;STB=0.535123;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0138212;OID=.;OPOS=16601154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:107:107:113:113:0.513636:62:51:56:51:62:51:56:51 chr19 16601168 . G A 464 PASS AF=0.497717;AO=109;DP=219;FAO=109;FDP=219;FR=.;FRO=110;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=50;FSRR=60;FWDB=-0.0318562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.059;QD=8.47479;RBI=0.0476121;REFB=-0.0237506;REVB=-0.035385;RO=110;SAF=56;SAR=53;SRF=50;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054097;STB=0.529712;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.025758;OID=.;OPOS=16601168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:110:110:109:109:0.497717:53:56:50:60:53:56:50:60 chr19 16601194 . C T 473.16 PASS AF=0.502283;AO=110;DP=219;FAO=110;FDP=219;FR=.;FRO=109;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=56;FSRR=53;FWDB=0.00669128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0447;QD=8.64225;RBI=0.028273;REFB=-0.00747611;REVB=0.0274698;RO=109;SAF=50;SAR=60;SRF=56;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538345;STB=0.529553;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00795075;OID=.;OPOS=16601194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:109:109:110:110:0.502283:60:50:56:53:60:50:56:53 chr19 16606742 . G C 2974.67 PASS AF=1;AO=308;DP=308;FAO=309;FDP=309;FR=.;FRO=0;FSAF=163;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1539;QD=38.507;RBI=0.120556;REFB=0;REVB=0.120044;RO=0;SAF=163;SAR=145;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316403;OID=.;OPOS=16606742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:308:309:0:0:308:309:1:145:163:0:0:146:163:0:0 chr19 16606766 . G C 2987.35 PASS AF=1;AO=309;DP=309;FAO=310;FDP=310;FR=.;FRO=0;FSAF=163;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.996;QD=38.5465;RBI=0.0910381;REFB=0;REVB=0.0887344;RO=0;SAF=162;SAR=147;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241604;OID=.;OPOS=16606766;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:309:310:0:0:309:310:1:147:162:0:0:147:163:0:0 chr19 38933120 . G A 218.68 PASS AF=0.708333;AO=34;DP=48;FAO=34;FDP=48;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0136097;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.956;QD=18.2234;RBI=0.0404276;REFB=-0.00401487;REVB=-0.0380679;RO=14;SAF=18;SAR=16;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139529;STB=0.575639;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00182411;OID=.;OPOS=38933120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:48:48:14:14:34:34:0.708333:16:18:11:3:16:18:11:3 chr19 38934316 . G A 540.3 PASS AF=0.5125;AO=123;DP=239;FAO=123;FDP=240;FR=.;FRO=117;FSAF=56;FSAR=67;FSRF=69;FSRR=48;FWDB=0.0230894;FXX=0.00414921;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.183;QD=9.00495;RBI=0.0303852;REFB=0.0111813;REVB=0.0197519;RO=116;SAF=56;SAR=67;SRF=68;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115721;STB=0.565295;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.0130675;OID=.;OPOS=38934316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:240:116:117:123:123:0.5125:67:56:68:48:67:56:69:48 chr19 38935280 . A G 165.9 PASS AF=0.487179;AO=39;DP=81;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0162736;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3864;QD=8.50743;RBI=0.0219387;REFB=-0.0302681;REVB=-0.0147132;RO=42;SAF=28;SAR=11;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107168;STB=0.569067;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0312803;OID=.;OPOS=38935280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:78:42:40:39:38:0.487179:11:28:26:16:10:28:25:15 chr19 38939408 . T C 2609.1 PASS AF=1;AO=271;DP=272;FAO=273;FDP=273;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.096;QD=38.2286;RBI=0.0280551;REFB=0;REVB=0.0158293;RO=0;SAF=133;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98309e-05;OID=.;OPOS=38939408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:272:273:0:0:271:273:1:138:133:0:0:139:134:0:0 chr19 38939505 . T C 1346.22 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=429.364;QD=38.1905;RBI=0.023037;REFB=0;REVB=0.0156302;RO=0;SAF=71;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.29942e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78906e-05;OID=.;OPOS=38939505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:64:140:141:0:0:140:141:1:69:71:0:0:69:72:0:0 chr19 38943728 . G A 219.53 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0406995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3946;QD=10.3308;RBI=0.111333;REFB=-0.00566912;REVB=0.103627;RO=39;SAF=31;SAR=15;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00684759;STB=0.503771;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00802723;OID=.;OPOS=38943728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:39:46:46:0.541176:15:31:26:13:15:31:26:13 chr19 38945851 . T C 1277.96 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00505842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.93;QD=38.1481;RBI=0.0133887;REFB=0;REVB=0.0123963;RO=0;SAF=75;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34773e-06;OID=.;OPOS=38945851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:60:134:134:0:0:134:134:1:59:75:0:0:59:75:0:0 chr19 38946182 . G A 404.78 PASS AF=0.523256;AO=89;DP=171;FAO=90;FDP=172;FR=.;FRO=82;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=0.0225509;FXX=0.022726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.466;QD=9.41353;RBI=0.0329523;REFB=-0.0143546;REVB=0.0240272;RO=81;SAF=46;SAR=43;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00929399;STB=0.505297;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0128118;OID=.;OPOS=38946182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:81:82:89:90:0.523256:43:46:41:40:44:46:41:41 chr19 38946215 . G C 444.99 PASS AF=0.533333;AO=96;DP=180;FAO=96;FDP=180;FR=.;FRO=84;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=-0.0218981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.577;QD=9.8887;RBI=0.0219817;REFB=-0.0468371;REVB=0.00191559;RO=84;SAF=46;SAR=50;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00762948;STB=0.504172;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0418396;OID=.;OPOS=38946215;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:84:84:96:96:0.533333:50:46:41:43:50:46:41:43 chr19 38948963 . C G 614.01 PASS AF=0.493289;AO=147;DP=298;FAO=147;FDP=298;FR=.;FRO=151;FSAF=73;FSAR=74;FSRF=73;FSRR=78;FWDB=0.0275769;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.567;QD=8.24167;RBI=0.0292744;REFB=0.00401488;REVB=0.00982396;RO=150;SAF=73;SAR=74;SRF=73;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00914284;STB=0.506666;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.00420095;OID=.;OPOS=38948963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:298:150:151:147:147:0.493289:74:73:73:77:74:73:73:78 chr19 38949729 . T G 901.59 PASS AF=0.561562;AO=187;DP=333;FAO=187;FDP=333;FR=.;FRO=146;FSAF=115;FSAR=72;FSRF=81;FSRR=65;FWDB=-0.0235787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4685;QD=10.8298;RBI=0.076494;REFB=0.0192841;REVB=-0.0727693;RO=146;SAF=115;SAR=72;SRF=81;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506463;STB=0.527502;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.0149799;OID=.;OPOS=38949729;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:333:146:146:187:187:0.561562:72:115:81:65:72:115:81:65 chr19 38949904 . C T 968.68 PASS AF=0.5325;AO=295;DP=577;FAO=213;FDP=400;FR=.;FRO=187;FSAF=125;FSAR=88;FSRF=102;FSRR=85;FWDB=-0.0265463;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.7997;QD=9.68676;RBI=0.0346714;REFB=-0.00355875;REVB=-0.0223025;RO=278;SAF=162;SAR=133;SRF=148;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150412;STB=0.519817;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00403455;OID=.;OPOS=38949904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:577:400:278:187:295:213:0.5325:133:162:148:130:88:125:102:85 chr19 38956803 . G A 513.52 PASS AF=0.506383;AO=118;DP=235;FAO=119;FDP=235;FR=.;FRO=116;FSAF=56;FSAR=63;FSRF=53;FSRR=63;FWDB=0.0492246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.052;QD=8.74081;RBI=0.0504367;REFB=0.0161514;REVB=-0.0109908;RO=116;SAF=55;SAR=63;SRF=53;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00836295;STB=0.506786;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.0145427;OID=.;OPOS=38956803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:116:116:118:119:0.506383:63:55:53:63:63:56:53:63 chr19 38956839 . C T 491.06 PASS AF=0.493671;AO=117;DP=237;FAO=117;FDP=237;FR=.;FRO=120;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=56;FSRR=64;FWDB=-0.00293738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3644;QD=8.28794;RBI=0.00636914;REFB=-0.0167681;REVB=0.00565135;RO=120;SAF=53;SAR=64;SRF=56;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126943;STB=0.506976;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0187922;OID=.;OPOS=38956839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:120:120:117:117:0.493671:64:53:56:64:64:53:56:64 chr19 38959680 . C T 831.2 PASS AF=0.533724;AO=182;DP=341;FAO=182;FDP=341;FR=.;FRO=159;FSAF=78;FSAR=104;FSRF=70;FSRR=89;FWDB=0.00351743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.412;QD=9.75012;RBI=0.0305466;REFB=-0.0192148;REVB=0.0303434;RO=159;SAF=78;SAR=104;SRF=70;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101867;STB=0.50555;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0163693;OID=.;OPOS=38959680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:341:341:159:159:182:182:0.533724:104:78:70:89:104:78:70:89 chr19 38990336 . C T 373.74 PASS AF=0.465686;AO=95;DP=204;FAO=95;FDP=204;FR=.;FRO=109;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=55;FSRR=54;FWDB=-0.00873444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.811;QD=7.32814;RBI=0.0172402;REFB=0.00158998;REVB=-0.0148639;RO=109;SAF=44;SAR=51;SRF=55;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401029;STB=0.52218;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.0019143;OID=.;OPOS=38990336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:109:109:95:95:0.465686:51:44:55:54:51:44:55:54 chr19 38990345 . C T 376.3 PASS AF=0.46798;AO=95;DP=203;FAO=95;FDP=203;FR=.;FRO=108;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=54;FSRR=54;FWDB=0.00422655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.647;QD=7.41474;RBI=0.0214101;REFB=0.000610945;REVB=-0.0209888;RO=108;SAF=44;SAR=51;SRF=54;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035538;STB=0.519647;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.000517634;OID=.;OPOS=38990345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:108:108:95:95:0.46798:51:44:54:54:51:44:54:54 chr19 38990676 . C A 229.75 PASS AF=0.35;AO=84;DP=243;FAO=84;FDP=240;FR=.;FRO=156;FSAF=81;FSAR=3;FSRF=91;FSRR=65;FWDB=0.045532;FXX=0.0123452;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.993;QD=3.82915;RBI=0.0697922;REFB=-0.00523794;REVB=-0.052894;RO=148;SAF=81;SAR=3;SRF=91;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.680117;STB=0.914209;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0386474;OID=.;OPOS=38990676;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:240:148:156:84:84:0.35:3:81:91:57:3:81:91:65 chr19 38991640 . C G 683.89 PASS AF=0.48415;AO=168;DP=347;FAO=168;FDP=347;FR=.;FRO=179;FSAF=84;FSAR=84;FSRF=79;FSRR=100;FWDB=-0.0340618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=363.759;QD=7.88349;RBI=0.0341349;REFB=-0.0243116;REVB=-0.00223384;RO=179;SAF=84;SAR=84;SRF=79;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550963;STB=0.530256;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0275304;OID=.;OPOS=38991640;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:347:347:179:179:168:168:0.48415:84:84:79:100:84:84:79:100 chr19 38993547 . C T 610.86 PASS AF=0.503521;AO=143;DP=284;FAO=143;FDP=284;FR=.;FRO=141;FSAF=69;FSAR=74;FSRF=69;FSRR=72;FWDB=-0.0269655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6605;QD=8.60364;RBI=0.0567349;REFB=-0.0479126;REVB=0.049917;RO=141;SAF=69;SAR=74;SRF=69;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00620664;STB=0.503401;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0473072;OID=.;OPOS=38993547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:284:141:141:143:143:0.503521:74:69:69:72:74:69:69:72 chr19 38994910 . G A 784.1 PASS AF=0.511299;AO=181;DP=354;FAO=181;FDP=354;FR=.;FRO=173;FSAF=98;FSAR=83;FSRF=87;FSRR=86;FWDB=0.00210106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=437.237;QD=8.85988;RBI=0.00268067;REFB=0.000553334;REVB=-0.00166479;RO=173;SAF=98;SAR=83;SRF=87;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345801;STB=0.518906;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.000514881;OID=.;OPOS=38994910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:354:354:173:173:181:181:0.511299:83:98:87:86:83:98:87:86 chr19 38995438 . T C 673.27 PASS AF=0.52069;AO=151;DP=290;FAO=151;FDP=290;FR=.;FRO=139;FSAF=79;FSAR=72;FSRF=73;FSRR=66;FWDB=-0.0683407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.048;QD=9.28646;RBI=0.0684158;REFB=-0.0217516;REVB=0.00320491;RO=139;SAF=79;SAR=72;SRF=73;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00175943;STB=0.500961;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0240152;OID=.;OPOS=38995438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:290:139:139:151:151:0.52069:72:79:73:66:72:79:73:66 chr19 38995510 . T C 664.32 PASS AF=0.522807;AO=149;DP=285;FAO=149;FDP=285;FR=.;FRO=136;FSAF=74;FSAR=75;FSRF=70;FSRR=66;FWDB=0.0101471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.957;QD=9.32375;RBI=0.011827;REFB=-0.0172692;REVB=0.00607581;RO=136;SAF=74;SAR=75;SRF=70;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157781;STB=0.508617;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0156126;OID=.;OPOS=38995510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:285:136:136:149:149:0.522807:75:74:70:66:75:74:70:66 chr19 38995975 . G A 225.05 PASS AF=0.432624;AO=61;DP=141;FAO=61;FDP=141;FR=.;FRO=80;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=50;FSRR=30;FWDB=-0.0112436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.71;QD=6.38434;RBI=0.0114383;REFB=-0.0068632;REVB=0.00210142;RO=80;SAF=43;SAR=18;SRF=50;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929571;STB=0.552149;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00889299;OID=.;OPOS=38995975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:80:80:61:61:0.432624:18:43:50:30:18:43:50:30 chr19 38996990 . T C 605.85 PASS AF=0.43;AO=215;DP=521;FAO=172;FDP=400;FR=.;FRO=228;FSAF=66;FSAR=106;FSRF=89;FSRR=139;FWDB=-0.0315733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.494;QD=6.0585;RBI=0.031644;REFB=0.00193108;REVB=0.00211504;RO=272;SAF=83;SAR=132;SRF=94;SRR=178;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435987;STB=0.503987;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=-0.0118315;OID=.;OPOS=38996990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:521:400:272:228:215:172:0.43:132:83:94:178:106:66:89:139 chr19 38997076 . C T 1339.6 PASS AF=0.481959;AO=187;DP=388;FAO=187;FDP=388;FR=.,HEALED;FRO=133;FSAF=63;FSAR=124;FSRF=5;FSRR=128;FWDB=-0.0146308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.978;QD=13.8104;RBI=0.0287393;REFB=0.0112455;REVB=-0.0247363;RO=139;SAF=63;SAR=124;SRF=11;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249615;STB=0.653105;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00540646;OID=.;OPOS=38997076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:388:388:139:133:187:187:0.481959:124:63:11:128:124:63:5:128 chr19 38997459 . G C 485.05 PASS AF=0.516588;AO=109;DP=212;FAO=109;FDP=211;FR=.;FRO=102;FSAF=62;FSAR=47;FSRF=56;FSRR=46;FWDB=0.011162;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.371;QD=9.1953;RBI=0.0275205;REFB=-0.0058036;REVB=0.0251553;RO=102;SAF=62;SAR=47;SRF=56;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177493;STB=0.509722;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00511372;OID=.;OPOS=38997459;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:211:102:102:109:109:0.516588:47:62:56:46:47:62:56:46 chr19 38997609 . T A 181.08 PASS AF=0.40458;AO=53;DP=132;FAO=53;FDP=131;FR=.;FRO=78;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=-0.0100073;FXX=0.0296274;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.29;QD=5.52922;RBI=0.11192;REFB=-0.0138948;REVB=-0.111472;RO=75;SAF=32;SAR=21;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104332;STB=0.508695;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0212251;OID=.;OPOS=38997609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:75:78:53:53:0.40458:21:32:46:29:21:32:46:32 chr19 38997635 . A C 215.47 PASS AF=0.430657;AO=59;DP=137;FAO=59;FDP=137;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=32;FWDB=-0.00830841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.093;QD=6.29112;RBI=0.0360373;REFB=-0.0175258;REVB=0.0350665;RO=77;SAF=33;SAR=26;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258648;STB=0.517635;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0231947;OID=.;OPOS=38997635;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:77:78:59:59:0.430657:26:33:45:32:26:33:46:32 chr19 38997679 . G T 213.93 PASS AF=0.427536;AO=59;DP=138;FAO=59;FDP=138;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=0.0482812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.893;QD=6.20072;RBI=0.0494344;REFB=-0.0280805;REVB=0.0106155;RO=79;SAF=33;SAR=26;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00244581;STB=0.501369;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0348823;OID=.;OPOS=38997679;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:79:79:59:59:0.427536:26:33:44:35:26:33:44:35 chr19 39002725 . A G 686.89 PASS AF=0.506329;AO=160;DP=316;FAO=160;FDP=316;FR=.;FRO=156;FSAF=78;FSAR=82;FSRF=62;FSRR=94;FWDB=0.00797163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.486;QD=8.69484;RBI=0.010487;REFB=-0.0106969;REVB=-0.00681397;RO=156;SAF=78;SAR=82;SRF=62;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815197;STB=0.544583;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0118058;OID=.;OPOS=39002725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:316:156:156:160:160:0.506329:82:78:62:94:82:78:62:94 chr19 39010023 . C T 197.38 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0557857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.193;QD=8.67622;RBI=0.0562153;REFB=-0.0289193;REVB=-0.00693708;RO=46;SAF=19;SAR=26;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716594;STB=0.539775;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0284151;OID=.;OPOS=39010023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:46:45:45:0.494505:26:19:23:23:26:19:23:23 chr19 39018280 . C T 598.84 PASS AF=0.48505;AO=146;DP=301;FAO=146;FDP=301;FR=.;FRO=155;FSAF=85;FSAR=61;FSRF=81;FSRR=74;FWDB=-0.00943243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.445;QD=7.95802;RBI=0.0103019;REFB=-0.0215513;REVB=0.00414234;RO=155;SAF=85;SAR=61;SRF=81;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567746;STB=0.531221;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0231734;OID=.;OPOS=39018280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:301:301:155:155:146:146:0.48505:61:85:81:74:61:85:81:74 chr19 39034322 . G A 47.84 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00279464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=326.685;QD=11.2563;RBI=0.0048961;REFB=-0.0220378;REVB=0.00402018;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163174;STB=0.594396;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0151458;OID=.;OPOS=39034322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:17:17:8:8:9:9:0.529412:4:5:6:2:4:5:6:2 chr19 39034612 . G A 328.55 PASS AF=0.513889;AO=74;DP=144;FAO=74;FDP=144;FR=.;FRO=70;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.070369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.188;QD=9.12641;RBI=0.0704041;REFB=-0.013354;REVB=-0.00222104;RO=70;SAF=38;SAR=36;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513491;STB=0.528209;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0123302;OID=.;OPOS=39034612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:70:70:74:74:0.513889:36:38:40:30:36:38:40:30 chr19 42373298 . G A 378.47 PASS AF=0.65;AO=65;DP=100;FAO=65;FDP=100;FR=.;FRO=35;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=2;FWDB=0.00747619;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=307.349;QD=15.139;RBI=0.0228462;REFB=0.000309494;REVB=0.0215883;RO=35;SAF=42;SAR=23;SRF=33;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226823;STB=0.621589;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00018368;OID=.;OPOS=42373298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:35:35:65:65:0.65:23:42:33:2:23:42:33:2 chr19 46269076 . G A 1397.56 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.459;QD=38.2895;RBI=0.0620996;REFB=0;REVB=0.0357632;RO=0;SAF=77;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96699e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95894e-05;OID=.;OPOS=46269076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:66:146:146:0:0:146:146:1:69:77:0:0:69:77:0:0 chr19 46269313 . G C 3770.14 PASS AF=1;AO=464;DP=467;FAO=397;FDP=397;FR=.;FRO=0;FSAF=213;FSAR=184;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106321;FXX=0.00749981;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.597;QD=37.9863;RBI=0.0134212;REFB=0.0173861;REVB=-0.00819063;RO=2;SAF=256;SAR=208;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00042843;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.46072e-05;OID=.;OPOS=46269313;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:467:397:2:0:464:397:1:208:256:1:1:184:213:0:0 chr19 46271177 . G T 375.71 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00194238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=510.194;QD=38.5341;RBI=0.00194238;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=39;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7965e-06;OID=.;OPOS=46271177;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:39:39:0:0:39:39:1:0:39:0:0:0:39:0:0 chr19 54627039 . GCACA G 276.63 PASS AF=0.455128;AO=71;DP=160;FAO=71;FDP=156;FR=.;FRO=85;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=-0.0125489;FXX=0.0249984;HRUN=1;LEN=4;MLLD=261.77;QD=7.093;RBI=0.0482135;REFB=-0.0343929;REVB=-0.0465518;RO=84;SAF=39;SAR=32;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483069;STB=0.530171;STBP=0.507;TYPE=del;VARB=0.0383929;OID=.;OPOS=54627040;OREF=CACA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.455128:71:160:71:156:85:39:32:42:43:99:84:39:32:42:42 chr19 54627097 . T C 1505.97 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00342549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.628;QD=38.3686;RBI=0.00582374;REFB=0;REVB=0.00470977;RO=0;SAF=78;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.6866e-06;OID=.;OPOS=54627097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:71:157:157:0:0:157:157:1:79:78:0:0:79:78:0:0 chr19 54631630 . C T 90 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.00462717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1614;QD=7.99959;RBI=0.0340325;REFB=-0.0362477;REVB=0.0337165;RO=24;SAF=5;SAR=16;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152592;STB=0.508662;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0432345;OID=.;OPOS=54631630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:45:45:24:24:21:21:0.466667:16:5:6:18:16:5:6:18 chr19 54631880 . T C 573.72 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.076;QD=37.6212;RBI=0.0226649;REFB=0;REVB=-0.0226649;RO=0;SAF=0;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.88539e-05;OID=.;OPOS=54631880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:59:61:0:0:59:61:1:59:0:0:0:61:0:0:0 chr19 54632423 . T C 1064.29 PASS AF=0.881579;AO=134;DP=152;FAO=134;FDP=152;FR=.;FRO=18;FSAF=63;FSAR=71;FSRF=17;FSRR=1;FWDB=0.0180052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1409;QD=28.0078;RBI=0.0384687;REFB=0.0061457;REVB=-0.0339949;RO=18;SAF=63;SAR=71;SRF=17;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105911;STB=0.555982;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00975101;OID=.;OPOS=54632423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:152:152:18:18:134:134:0.881579:71:63:17:1:71:63:17:1 chr19 55644325 . A C 2508.14 PASS AF=1;AO=260;DP=260;FAO=262;FDP=262;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.113358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6376;QD=38.2922;RBI=0.114121;REFB=0;REVB=0.0131754;RO=0;SAF=122;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000282691;OID=.;OPOS=55644325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:260:262:0:0:260:262:1:138:122:0:0:138:124:0:0 chr19 55665584 . A C 3440.4 PASS AF=1;AO=357;DP=359;FAO=359;FDP=359;FR=.;FRO=0;FSAF=205;FSAR=154;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161273;FXX=0.0027777;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.964;QD=38.3332;RBI=0.0235685;REFB=0.0212138;REVB=-0.0171868;RO=1;SAF=205;SAR=152;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00312885;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55073e-05;OID=.;OPOS=55665584;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:359:359:1:0:357:359:1:152:205:0:1:154:205:0:0 chr20 10633237 . G A 127.86 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.0338538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.072;QD=6.81907;RBI=0.0338827;REFB=-0.0126165;REVB=0.00140131;RO=42;SAF=13;SAR=20;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089984;STB=0.550532;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0181729;OID=.;OPOS=10633237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:20:13:13:29:20:13:13:29 chr20 10639385 . A G 169.11 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.026546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0202;QD=7.12058;RBI=0.0498661;REFB=-0.043076;REVB=0.042213;RO=52;SAF=21;SAR=22;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640506;STB=0.535803;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0527628;OID=.;OPOS=10639385;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:52:52:43:43:0.452632:22:21:22:30:22:21:22:30 chr20 10653739 . G A 368.75 PASS AF=0.5;AO=86;DP=174;FAO=86;FDP=172;FR=.;FRO=86;FSAF=0;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=86;FWDB=0;FXX=0.0114936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.951;QD=8.57558;RBI=0.0355151;REFB=-0.00478939;REVB=0.0355151;RO=86;SAF=0;SAR=86;SRF=0;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00507499;OID=.;OPOS=10653739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:172:86:86:86:86:0.5:86:0:0:86:86:0:0:86 chr20 34022387 . A C 108.68 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0362621;FXX=0.0487745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5302;QD=5.57323;RBI=0.0567557;REFB=-0.0407569;REVB=-0.0436609;RO=46;SAF=14;SAR=17;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509382;STB=0.535632;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.056491;OID=.;OPOS=34022387;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:47:31:31:0.397436:17:14:23:23:17:14:24:23 chr20 34025756 . A G 645.97 PASS AF=0.493631;AO=155;DP=314;FAO=155;FDP=314;FR=.;FRO=159;FSAF=83;FSAR=72;FSRF=85;FSRR=74;FWDB=0.00219493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.326;QD=8.22893;RBI=0.0094943;REFB=-0.00294962;REVB=0.0092371;RO=159;SAF=83;SAR=72;SRF=85;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000827937;STB=0.500454;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00343667;OID=.;OPOS=34025756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:314:159:159:155:155:0.493631:72:83:85:74:72:83:85:74 chr20 43251767 . G A 354.33 PASS AF=0.497006;AO=83;DP=167;FAO=83;FDP=167;FR=.;FRO=84;FSAF=13;FSAR=70;FSRF=8;FSRR=76;FWDB=0.13623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.688;QD=8.48708;RBI=0.136446;REFB=-0.0179766;REVB=0.00766835;RO=84;SAF=13;SAR=70;SRF=8;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116407;STB=0.563525;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0197546;OID=.;OPOS=43251767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:84:84:83:83:0.497006:70:13:8:76:70:13:8:76 chr20 43252915 . T C 509.08 PASS AF=0.475655;AO=127;DP=267;FAO=127;FDP=267;FR=.;FRO=140;FSAF=72;FSAR=55;FSRF=70;FSRR=70;FWDB=0.023589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.384;QD=7.62664;RBI=0.0600189;REFB=-0.026138;REVB=0.055189;RO=140;SAF=72;SAR=55;SRF=70;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642106;STB=0.53539;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0231;OID=.;OPOS=43252915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:140:140:127:127:0.475655:55:72:70:70:55:72:70:70 chr20 43255220 . T C 571.1 PASS AF=0.550459;AO=120;DP=218;FAO=120;FDP=218;FR=.;FRO=98;FSAF=62;FSAR=58;FSRF=57;FSRR=41;FWDB=0.0031418;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=384.573;QD=10.479;RBI=0.00762998;REFB=-0.0105821;REVB=0.0069531;RO=98;SAF=62;SAR=58;SRF=57;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538043;STB=0.52929;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00871341;OID=.;OPOS=43255220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:98:98:120:120:0.550459:58:62:57:41:58:62:57:41 chr20 43264927 . C T 915.48 PASS AF=0.953704;AO=103;DP=108;FAO=103;FDP=108;FR=.;FRO=5;FSAF=77;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0350562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=362.495;QD=33.9066;RBI=0.035264;REFB=0.042329;REVB=0.00382283;RO=5;SAF=77;SAR=26;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829397;STB=0.543851;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0014306;OID=.;OPOS=43264927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:108:108:5:5:103:103:0.953704:26:77:0:5:26:77:0:5 chr20 50407162 . T C 844.54 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.109;QD=38.3881;RBI=0.0373381;REFB=0;REVB=0.0023349;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23379e-05;OID=.;OPOS=50407162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:40:88:88:0:0:88:88:1:45:43:0:0:45:43:0:0 chr20 50407502 . A C 3844.18 PASS AF=1;AO=403;DP=404;FAO=399;FDP=399;FR=.;FRO=0;FSAF=207;FSAR=192;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00404495;FXX=0.00249994;HRUN=1;LEN=1;MLLD=495.878;QD=38.5382;RBI=0.0243905;REFB=0;REVB=0.0240527;RO=0;SAF=209;SAR=194;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18328e-05;OID=.;OPOS=50407502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:404:399:0:0:403:399:1:194:209:0:0:192:207:0:0 chr20 50408482 . A G 1103.51 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00373681;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4683;QD=38.3829;RBI=0.00399162;REFB=0;REVB=0.0014033;RO=0;SAF=113;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104151;OID=.;OPOS=50408482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:52:117:115:0:0:115:115:1:2:113:0:0:2:113:0:0 chr21 27326859 . G A 797.34 PASS AF=0.524927;AO=179;DP=341;FAO=179;FDP=341;FR=.;FRO=162;FSAF=85;FSAR=94;FSRF=100;FSRR=62;FWDB=0.0664076;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=67.4089;QD=9.35291;RBI=0.0685623;REFB=0.0104919;REVB=-0.0170534;RO=156;SAF=85;SAR=94;SRF=98;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1306;STB=0.567366;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00360268;OID=.;OPOS=27326859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:341:341:156:162:179:179:0.524927:94:85:98:58:94:85:100:62 chr21 27348372 . A G 516.96 PASS AF=0.533333;AO=112;DP=210;FAO=112;FDP=210;FR=.;FRO=98;FSAF=60;FSAR=52;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=0.073709;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.958;QD=9.84684;RBI=0.0740404;REFB=-0.0492142;REVB=0.00699765;RO=96;SAF=60;SAR=52;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566556;STB=0.526221;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00574566;OID=.;OPOS=27348372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:96:98:112:112:0.533333:52:60:45:51:52:60:47:51 chr21 27348447 . A G 540.18 PASS AF=0.553922;AO=113;DP=204;FAO=113;FDP=204;FR=.;FRO=91;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=39;FSRR=52;FWDB=-0.00944821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.634;QD=10.5917;RBI=0.0109275;REFB=0.00941153;REVB=-0.00549016;RO=91;SAF=61;SAR=52;SRF=39;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909888;STB=0.549541;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.0100313;OID=.;OPOS=27348447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:91:91:113:113:0.553922:52:61:39:52:52:61:39:52 chr21 27348460 . T G 542.05 PASS AF=0.557214;AO=112;DP=201;FAO=112;FDP=201;FR=.;FRO=89;FSAF=60;FSAR=52;FSRF=37;FSRR=52;FWDB=0.00248973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=367.702;QD=10.7871;RBI=0.00468091;REFB=0.0121385;REVB=0.00396385;RO=88;SAF=60;SAR=52;SRF=36;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102116;STB=0.552986;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.010369;OID=.;OPOS=27348460;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:88:89:112:112:0.557214:52:60:36:52:52:60:37:52 chr21 35821821 . T C 2596.9 PASS AF=1;AO=271;DP=271;FAO=271;FDP=271;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0089667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.091;QD=38.3307;RBI=0.0135318;REFB=0;REVB=0.0101345;RO=0;SAF=136;SAR=135;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05895e-07;OID=.;OPOS=35821821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:271:271:0:0:271:271:1:135:136:0:0:135:136:0:0 chr21 45712290 . G A 686.3 PASS AF=0.518395;AO=155;DP=299;FAO=155;FDP=299;FR=.;FRO=144;FSAF=80;FSAR=75;FSRF=69;FSRR=75;FWDB=-0.0100159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.966;QD=9.18123;RBI=0.0300112;REFB=-0.0413385;REVB=0.0282905;RO=144;SAF=80;SAR=75;SRF=69;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325705;STB=0.517797;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0377412;OID=.;OPOS=45712290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:299:144:144:155:155:0.518395:75:80:69:75:75:80:69:75 chr22 30038152 . A C 459.46 PASS AF=0.538043;AO=98;DP=183;FAO=99;FDP=184;FR=.;FRO=85;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=39;FSRR=46;FWDB=-0.0243055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.944;QD=9.98824;RBI=0.0251721;REFB=-0.000776438;REVB=0.00654816;RO=85;SAF=46;SAR=52;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00901661;STB=0.502704;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.000655902;OID=.;OPOS=30038152;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:85:85:98:99:0.538043:52:46:39:46:53:46:39:46 chr22 30077361 . G A 3806.12 PASS AF=1;AO=499;DP=501;FAO=399;FDP=399;FR=.;FRO=0;FSAF=204;FSAR=195;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252864;FXX=0.00249994;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.721;QD=38.1566;RBI=0.140931;REFB=0;REVB=0.138644;RO=0;SAF=256;SAR=243;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191499;OID=.;OPOS=30077361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:501:399:0:0:499:399:1:243:256:0:0:195:204:0:0 chr22 32871383 . T G 643.93 PASS AF=0.523636;AO=144;DP=276;FAO=144;FDP=275;FR=.;FRO=131;FSAF=75;FSAR=69;FSRF=54;FSRR=77;FWDB=-0.00142145;FXX=0.00362306;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.477;QD=9.3662;RBI=0.0096098;REFB=-0.0267669;REVB=-0.00950409;RO=131;SAF=75;SAR=69;SRF=54;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945301;STB=0.551602;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0207761;OID=.;OPOS=32871383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:275:131:131:144:144:0.523636:69:75:54:77:69:75:54:77 chr22 32871442 . C A 621.88 PASS AF=0.518382;AO=129;DP=260;FAO=141;FDP=272;FR=.;FRO=131;FSAF=71;FSAR=70;FSRF=53;FSRR=78;FWDB=-0.00935405;FXX=0.007299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=388.27;QD=9.14534;RBI=0.0279764;REFB=-0.0198928;REVB=0.0263663;RO=131;SAF=71;SAR=58;SRF=53;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133279;STB=0.547627;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0208549;OID=.;OPOS=32871442;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:272:131:131:129:141:0.518382:58:71:53:78:70:71:53:78 chr22 32875190 . G A 3567.3 PASS AF=1;AO=372;DP=373;FAO=372;FDP=372;FR=.;FRO=0;FSAF=177;FSAR=195;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0061307;FXX=0.00268089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.242;QD=38.3581;RBI=0.0391786;REFB=0;REVB=0.038696;RO=0;SAF=177;SAR=195;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75532e-05;OID=.;OPOS=32875190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:373:372:0:0:372:372:1:195:177:0:0:195:177:0:0 chr22 32886998 . T C 3078.53 PASS AF=1;AO=323;DP=324;FAO=323;FDP=323;FR=.;FRO=0;FSAF=164;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00456995;FXX=0.00308632;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.183;QD=38.1242;RBI=0.0196574;REFB=0.0214785;REVB=-0.0191188;RO=1;SAF=164;SAR=159;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00299083;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.21754e-06;OID=.;OPOS=32886998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:324:323:1:0:323:323:1:159:164:0:1:159:164:0:0 chr22 32887149 . TC T,TT 3275.58 PASS AF=0.997041,0;AO=123,213;DP=337;FAO=337,0;FDP=338;FR=.;FRO=1;FSAF=163,0;FSAR=174,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00554943,-0.0118159;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=336.688,319.169;QD=38.7643;RBI=0.0944066,0.120577;REFB=-0.142281,-0.0832249;REVB=-0.0942433,-0.119997;RO=0;SAF=123,39;SAR=0,174;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.501433,0.5;STBP=0.509,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000551991,0;OID=.,.;OPOS=32887150,32887150;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.997041,0:123,213:337:337,0:338:1:163,0:174,0:0:1:99:0:123,39:0,174:0:0 chr22 51063987 . G C 1326.75 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018114;FXX=0.00704176;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.7126;QD=37.6383;RBI=0.018114;REFB=-0.0847374;REVB=0;RO=1;SAF=141;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497733;OID=.;OPOS=51063987;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:55:142:141:1:0:141:141:1:0:141:1:0:0:141:0:0 chr22 51064039 . G C 243.11 PASS AF=0.542553;AO=51;DP=94;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=46;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=5;FWDB=-0.00264646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.399;QD=10.3451;RBI=0.0336871;REFB=-0.0224112;REVB=0.033583;RO=43;SAF=46;SAR=5;SRF=38;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412008;STB=0.522718;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0177888;OID=.;OPOS=51064039;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:43:43:51:51:0.542553:5:46:38:5:5:46:38:5 chr22 51064141 . G A 998.01 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361762;FXX=0.00934492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.015;QD=37.6609;RBI=0.0991424;REFB=-0.103849;REVB=0.0923066;RO=0;SAF=78;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79767e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406472;OID=.;OPOS=51064141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:40:107:106:0:0:106:106:1:28:78:0:0:28:78:0:0 chrX 9711595 . G C 2390.59 PASS AF=1;AO=248;DP=250;FAO=248;FDP=248;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00217909;FXX=0.00799968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.617;QD=38.5578;RBI=0.00402872;REFB=0;REVB=0.00338853;RO=0;SAF=137;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73423e-06;OID=.;OPOS=9711595;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:250:248:0:0:248:248:1:111:137:0:0:111:137:0:0 chrX 31165667 . AAAAG A 50 PASS AO=47;DP=97;LEN=4;RO=50;SAF=37;SAR=15;SRF=23;SRR=22;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=31165668;OREF=AAAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:97:50:47:15:37:23:22 chrX 31224684 . A G 1538.41 PASS AF=1;AO=161;DP=161;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.747;QD=38.2213;RBI=0.0162577;REFB=0;REVB=-0.0055764;RO=0;SAF=78;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37083e-05;OID=.;OPOS=31224684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:73:161:161:0:0:161:161:1:83:78:0:0:83:78:0:0 chrX 31496350 . C T 1844.42 PASS AF=1;AO=193;DP=193;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=426.864;QD=38.2263;RBI=0.0392942;REFB=0;REVB=-0.00308205;RO=0;SAF=84;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11549e-05;OID=.;OPOS=31496350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:87:193:193:0:0:193:193:1:109:84:0:0:109:84:0:0 chrX 31854782 . G C 2043.68 PASS AF=1;AO=215;DP=216;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124228;FXX=0.00462942;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.931;QD=38.022;RBI=0.0399011;REFB=-0.0570408;REVB=0.037918;RO=1;SAF=104;SAR=111;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00427294;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.06416e-05;OID=.;OPOS=31854782;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:88:216:215:1:0:215:215:1:111:104:0:1:111:104:0:0 chrX 31986430 . C A 970.53 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325112;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6284;QD=38.0601;RBI=0.0388433;REFB=0;REVB=0.0212561;RO=0;SAF=60;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363198;OID=.;OPOS=31986430;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:46:104:102:0:0:104:102:1:44:60:0:0:42:60:0:0 chrX 32305879 . A AAT,AT 291.92 PASS AF=0.69697,0;AO=33,13;DP=70;FAO=46,0;FDP=66;FR=.;FRO=20;FSAF=3,0;FSAR=43,0;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0368497,-0.0468806;FXX=0.0294074;HRUN=5,1;LEN=2,1;MLLD=283.978,277.506;QD=17.6923;RBI=0.0562766,0.0643419;REFB=-0.0482888,-0.0423286;REVB=0.0425341,0.0440691;RO=23;SAF=1,2;SAR=32,11;SRF=17;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.773281,-0.610859;STB=0.842941,0.5;STBP=0,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00978192,0;OID=.,.;OPOS=32305880,32305880;OREF=-,-;OALT=AT,T;OMAPALT=AAT,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.69697,0:33,13:70:46,0:66:20:3,0:43,0:15:5:51:23:1,2:32,11:17:6 chrX 32503194 . T C 1518.01 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.502;QD=38.4307;RBI=0.0516309;REFB=0;REVB=0.0361374;RO=0;SAF=78;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.31173e-05;OID=.;OPOS=32503194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:71:157:158:0:0:157:158:1:79:78:0:0:79:79:0:0 chrX 32563263 . A G 568.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.159;QD=38.5247;RBI=0.0290594;REFB=0;REVB=0.0244675;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94063e-05;OID=.;OPOS=32563263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chrX 32591811 . A G 976.92 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00130211;FXX=0.0188661;HRUN=2;LEN=1;MLLD=490.17;QD=37.5739;RBI=0.00435014;REFB=-0.15083;REVB=-0.00415069;RO=0;SAF=48;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46417e-05;OID=.;OPOS=32591811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:39:106:104:0:0:104:104:1:56:48:0:0:56:48:0:0 chrX 32591931 . T C 1528.58 PASS AF=1;AO=162;DP=163;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401243;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.081;QD=37.7427;RBI=0.0418658;REFB=-0.0278904;REVB=0.0119492;RO=1;SAF=93;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00684624;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.62647e-05;OID=.;OPOS=32591931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:64:163:162:1:0:162:162:1:69:93:0:1:69:93:0:0 chrX 38132628 . A G 1391.29 PASS AF=1;AO=147;DP=155;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00805197;FXX=0.0576886;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.57;QD=37.8581;RBI=0.010827;REFB=-0.0122486;REVB=0.0072381;RO=1;SAF=69;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684296;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21384e-05;OID=.;OPOS=38132628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:58:155:147:1:0:147:147:1:78:69:1:0:78:69:0:0 chrX 38160695 . C T 735.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5743;QD=38.2331;RBI=0.040856;REFB=0;REVB=-0.0359457;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175894;OID=.;OPOS=38160695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:35:77:77:0:0:77:77:1:36:41:0:0:36:41:0:0 chrX 38240577 . C CT,T 234.25 PASS AF=0.810811,0.189189;AO=34,19;DP=83;FAO=60,14;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34,12;FSAR=26,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0913758,-0.0139493;FXX=0.108421;HRUN=10,1;LEN=1,1;MLLD=6.05661,259.717;QD=12.6623;RBI=0.338147,0.0346249;REFB=0.0239239,-0.00460805;REVB=0.325567,0.0316907;RO=19;SAF=19,15;SAR=15,4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0133947,0.233619;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0585801,0.0234699;OID=.,.;OPOS=38240578,38240577;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:83:74:19:0:34,19:60,14:0.810811,0.189189:15,4:19,15:11:8:26,2:34,12:0:0 chrX 70339498 . C T 2554.39 PASS AF=1;AO=272;DP=275;FAO=272;FDP=272;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394897;FXX=0.0109087;HRUN=4;LEN=1;MLLD=345.043;QD=37.5645;RBI=0.0430639;REFB=-0.00230412;REVB=0.0171773;RO=2;SAF=129;SAR=143;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00662134;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56798e-05;OID=.;OPOS=70339498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:96:275:272:2:0:272:272:1:143:129:0:2:143:129:0:0 chrX 70341119 . A C 685.77 PASS AF=0.817391;AO=94;DP=115;FAO=94;FDP=115;FR=.;FRO=21;FSAF=94;FSAR=0;FSRF=21;FSRR=0;FWDB=-0.0182174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9256;QD=23.8527;RBI=0.0182174;REFB=-0.00741652;REVB=0;RO=21;SAF=94;SAR=0;SRF=21;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00291262;OID=.;OPOS=70341119;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:115:115:21:21:94:94:0.817391:0:94:21:0:0:94:21:0 chrX 70341122 . T C 686.54 PASS AF=0.817391;AO=94;DP=114;FAO=94;FDP=115;FR=.;FRO=21;FSAF=94;FSAR=0;FSRF=21;FSRR=0;FWDB=-0.0245009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.037;QD=23.8795;RBI=0.0245009;REFB=0.00358278;REVB=0;RO=7;SAF=94;SAR=0;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00573389;OID=.;OPOS=70341122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:114:115:7:21:94:94:0.817391:0:94:7:0:0:94:21:0 chrX 70341169 . A C 2008.59 PASS AF=1;AO=208;DP=208;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.108894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6415;QD=38.4418;RBI=0.110109;REFB=0;REVB=0.0163102;RO=0;SAF=107;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91844e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000313838;OID=.;OPOS=70341169;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:94:208:209:0:0:208:209:1:101:107:0:0:101:108:0:0 chrX 70344763 . G T 763.82 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000797247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.891;QD=38.1911;RBI=0.00630968;REFB=0;REVB=-0.00625911;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.37376e-06;OID=.;OPOS=70344763;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:36:69:80:0:0:69:80:1:33:36:0:0:39:41:0:0 chrX 70349947 . A C 735.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=377.287;QD=38.2331;RBI=0.0187806;REFB=0;REVB=0.00638095;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14493e-05;OID=.;OPOS=70349947;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:35:77:77:0:0:77:77:1:39:38:0:0:39:38:0:0 chrX 70352628 . C T 201.65 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0606847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.305;QD=36.6635;RBI=0.0632096;REFB=0;REVB=0.0176869;RO=0;SAF=1;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62339e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021394;OID=.;OPOS=70352628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:22:22:0:0:22:22:1:21:1:0:0:21:1:0:0 chrX 70352632 . T C 201.65 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0408352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3327;QD=36.6635;RBI=0.0469703;REFB=0;REVB=0.0232099;RO=0;SAF=1;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62339e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000737673;OID=.;OPOS=70352632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:22:22:0:0:22:22:1:21:1:0:0:21:1:0:0 chrX 70352637 . T C 220.87 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5901;QD=36.8114;RBI=0.0511069;REFB=0;REVB=0.00727455;RO=0;SAF=1;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.66402e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00215053;OID=.;OPOS=70352637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:24:24:0:0:24:24:1:23:1:0:0:23:1:0:0 chrX 70352647 . T C 220.87 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.102;QD=36.8114;RBI=0.0519409;REFB=0;REVB=0.0351258;RO=0;SAF=1;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.66402e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00258845;OID=.;OPOS=70352647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:24:24:0:0:24:24:1:23:1:0:0:23:1:0:0 chrX 70361967 . G A 472.27 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297396;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.889;QD=37.7813;RBI=0.0642049;REFB=0;REVB=0.0569018;RO=0;SAF=6;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84987e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104496;OID=.;OPOS=70361967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:51:50:0:0:50:50:1:44:6:0:0:44:6:0:0 chrX 70604041 . T G 1775.09 PASS AF=1;AO=187;DP=191;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112413;FXX=0.015706;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5481;QD=37.7679;RBI=0.112556;REFB=0;REVB=0.00568228;RO=1;SAF=79;SAR=108;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598913;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000845497;OID=.;OPOS=70604041;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:79:191:188:1:0:187:188:1:108:79:1:0:108:80:0:0 chrX 77298857 . G A 2212.96 PASS AF=1;AO=228;DP=228;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000384133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=383.73;QD=38.3197;RBI=0.07022;REFB=0;REVB=0.070219;RO=0;SAF=107;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27387e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41883e-05;OID=.;OPOS=77298857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:228:231:0:0:228:231:1:121:107:0:0:124:107:0:0 chrX 85236836 . A T 34.53 PASS AF=0.265625;AO=9;DP=58;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.0627516;FXX=0.0153822;HRUN=16;LEN=1;MLLD=125.359;QD=2.15807;RBI=0.0628515;REFB=-0.0312784;REVB=0.003542;RO=48;SAF=0;SAR=9;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.759091;STB=0.832049;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.495995;OID=.;OPOS=85236836;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:58:64:48:47:9:17:0.265625:9:0:33:15:14:3:30:17 chrX 85282415 . G A 865.21 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.582;QD=38.0312;RBI=0.0326301;REFB=0;REVB=0.0305586;RO=0;SAF=54;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.44729e-05;OID=.;OPOS=85282415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:41:91:91:0:0:91:91:1:37:54:0:0:37:54:0:0 chrX 100609547 . G A 1062.18 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0873913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8419;QD=38.6248;RBI=0.0876121;REFB=0;REVB=-0.00621553;RO=0;SAF=63;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00069013;OID=.;OPOS=100609547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:50:110:110:0:0:110:110:1:47:63:0:0:47:63:0:0 chrX 149826503 . G A 1639.74 PASS AF=1;AO=169;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.395;QD=38.5821;RBI=0.0199888;REFB=0;REVB=0.00513713;RO=0;SAF=81;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92609e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.44675e-05;OID=.;OPOS=149826503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:77:170:170:0:0:169:170:1:88:81:0:0:89:81:0:0 chrX 153994596 . G T 968.65 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00757024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.852;QD=37.9863;RBI=0.0457765;REFB=0;REVB=0.0451462;RO=0;SAF=43;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49258e-05;OID=.;OPOS=153994596;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:46:102:102:0:0:102:102:1:59:43:0:0:59:43:0:0 chrX 154005148 . G A 590.77 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0505158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.581;QD=36.3551;RBI=0.0505446;REFB=-0.042349;REVB=-0.00170634;RO=1;SAF=4;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00780917;STB=0.504131;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00330705;OID=.;OPOS=154005148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:65:65:1:1:64:64:0.984615:60:4:0:1:60:4:0:1 chrX 154158201 . T G 1406.01 PASS AF=0.957576;AO=158;DP=165;FAO=158;FDP=165;FR=.;FRO=7;FSAF=70;FSAR=88;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.111455;FXX=0.00602373;HRUN=7;LEN=1;MLLD=46.0232;QD=34.0851;RBI=0.111771;REFB=-0.185889;REVB=0.00839307;RO=0;SAF=70;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42551e-08;STB=0.505511;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00688878;OID=.;OPOS=154158201;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:165:165:0:7:158:158:0.957576:88:70:0:0:88:70:4:3