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C A 508.92 PASS AF=0.469091;AO=129;DP=278;FAO=129;FDP=275;FR=.;FRO=146;FSAF=74;FSAR=55;FSRF=71;FSRR=75;FWDB=0.0100077;FXX=0.010791;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.367;QD=7.40243;RBI=0.010702;REFB=-0.0362359;REVB=-0.00379193;RO=149;SAF=74;SAR=55;SRF=71;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948482;STB=0.546739;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.040968;OID=.;OPOS=35251219;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:275:149:146:129:129:0.469091:55:74:71:78:55:74:71:75 chr1 35251229 . G A 489.36 PASS AF=0.451389;AO=130;DP=287;FAO=130;FDP=288;FR=.;FRO=158;FSAF=74;FSAR=56;FSRF=71;FSRR=87;FWDB=0.0188213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4667;QD=6.79659;RBI=0.0739376;REFB=-0.0519112;REVB=-0.0715019;RO=156;SAF=74;SAR=56;SRF=71;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112713;STB=0.565812;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0542102;OID=.;OPOS=35251229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:288:156:158:130:130:0.451389:56:74:71:85:56:74:71:87 chr1 40556922 . T C 1313.46 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.078988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0734;QD=38.3492;RBI=0.102748;REFB=0;REVB=-0.0657122;RO=0;SAF=85;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76369e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12341e-05;OID=.;OPOS=40556922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:62:137:137:0:0:137:137:1:52:85:0:0:52:85:0:0 chr1 41284366 . G C 577.36 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5494;QD=37.8596;RBI=0.0629326;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=60;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000589678;OID=.;OPOS=41284366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:60:61:0:0:60:61:1:0:60:0:0:0:61:0:0 chr1 41284406 . A G 552.33 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000807509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=430.023;QD=36.2184;RBI=0.000807509;REFB=-0.0067499;REVB=0;RO=1;SAF=60;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55164e-05;OID=.;OPOS=41284406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:61:61:1:1:60:60:0.983607:0:60:1:0:0:60:1:0 chr1 41285087 . T C 3626.72 PASS AF=1;AO=379;DP=380;FAO=380;FDP=380;FR=.;FRO=0;FSAF=168;FSAR=212;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0819821;FXX=0.0129867;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.701;QD=38.176;RBI=0.0835194;REFB=-0.026164;REVB=0.0159505;RO=1;SAF=167;SAR=212;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00284901;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.87068e-05;OID=.;OPOS=41285087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:380:380:1:0:379:380:1:212:167:1:0:212:168:0:0 chr1 41288105 . G C 113.37 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0139717;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=101.752;QD=19.7161;RBI=0.0139717;REFB=-0.013952;REVB=0;RO=6;SAF=17;SAR=0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00446765;OID=.;OPOS=41288105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:23:23:6:6:17:17:0.73913:0:17:6:0:0:17:6:0 chr1 41296828 . T G 641.39 PASS AF=0.503356;AO=150;DP=298;FAO=150;FDP=298;FR=.;FRO=148;FSAF=73;FSAR=77;FSRF=84;FSRR=64;FWDB=-0.00468996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.134;QD=8.6092;RBI=0.0187144;REFB=-0.0348569;REVB=-0.0181172;RO=147;SAF=73;SAR=77;SRF=84;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765081;STB=0.540116;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0397484;OID=.;OPOS=41296828;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:298:147:148:150:150:0.503356:77:73:84:63:77:73:84:64 chr1 41298652 . T C 1448.37 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.249;QD=38.115;RBI=0.0357175;REFB=0;REVB=-0.00591082;RO=0;SAF=96;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.34064e-05;OID=.;OPOS=41298652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:69:151:152:0:0:151:152:1:55:96:0:0:56:96:0:0 chr1 68896644 . G A 621.25 PASS AF=0.515152;AO=46;DP=265;FAO=136;FDP=264;FR=.,HEALED;FRO=128;FSAF=73;FSAR=63;FSRF=66;FSRR=62;FWDB=0.0063673;FXX=0.00377344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4112;QD=9.41284;RBI=0.104262;REFB=-0.0417093;REVB=-0.104067;RO=65;SAF=15;SAR=31;SRF=12;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181047;STB=0.510288;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.038376;OID=.;OPOS=68896644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:264:65:128:46:136:0.515152:31:15:12:53:63:73:66:62 chr1 94463366 . G C 592.47 PASS AF=0.501805;AO=138;DP=276;FAO=139;FDP=277;FR=.;FRO=138;FSAF=66;FSAR=73;FSRF=62;FSRR=76;FWDB=-0.0483156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.766;QD=8.55558;RBI=0.0499062;REFB=-0.00414569;REVB=-0.0124993;RO=138;SAF=66;SAR=72;SRF=62;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265144;STB=0.512773;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00453999;OID=.;OPOS=94463366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:277:138:138:138:139:0.501805:72:66:62:76:73:66:62:76 chr1 94466659 . A G 193.16 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=31;FWDB=-0.0339106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.744;QD=10.8824;RBI=0.034384;REFB=-0.0731984;REVB=0.00568643;RO=32;SAF=2;SAR=37;SRF=1;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092532;STB=0.550584;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0598775;OID=.;OPOS=94466659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:37:2:1:31:37:2:1:31 chr1 94471075 . A G 2374.65 PASS AF=1;AO=250;DP=251;FAO=250;FDP=250;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351388;FXX=0.00793619;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5524;QD=37.9945;RBI=0.100662;REFB=-0.0274072;REVB=0.0943294;RO=1;SAF=132;SAR=118;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0040226;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262269;OID=.;OPOS=94471075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:251:250:1:0:250:250:1:118:132:0:1:118:132:0:0 chr1 94471154 . C T 427.13 PASS AF=0.483721;AO=101;DP=212;FAO=104;FDP=215;FR=.;FRO=111;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=45;FSRR=66;FWDB=-0.0279689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.98;QD=7.94658;RBI=0.0288837;REFB=0.00481756;REVB=0.00721167;RO=111;SAF=46;SAR=55;SRF=45;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481251;STB=0.519392;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.00493417;OID=.;OPOS=94471154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:215:111:111:101:104:0.483721:55:46:45:66:58:46:45:66 chr1 94474328 . T C 58.55 PASS AF=0.248175;AO=34;DP=137;FAO=34;FDP=137;FR=.;FRO=103;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=45;FSRR=58;FWDB=0.0131101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.587;QD=1.70943;RBI=0.0132084;REFB=-0.00697626;REVB=0.0016088;RO=103;SAF=18;SAR=16;SRF=45;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114921;STB=0.569191;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0223646;OID=.;OPOS=94474328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:137:137:103:103:34:34:0.248175:16:18:45:58:16:18:45:58 chr1 94476388 . C G 355.76 PASS AF=0.50625;AO=81;DP=160;FAO=81;FDP=160;FR=.;FRO=79;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=0.0730965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.139;QD=8.89387;RBI=0.0732208;REFB=-0.0286841;REVB=0.00426621;RO=76;SAF=37;SAR=44;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498226;STB=0.518284;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0276115;OID=.;OPOS=94476388;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:76:79:81:81:0.50625:44:37:39:37:44:37:39:40 chr1 94480037 . C T 731.9 PASS AF=0.489011;AO=178;DP=364;FAO=178;FDP=364;FR=.;FRO=186;FSAF=83;FSAR=95;FSRF=104;FSRR=82;FWDB=-0.0165123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5786;QD=8.04286;RBI=0.0169068;REFB=0.0072962;REVB=0.00363111;RO=186;SAF=83;SAR=95;SRF=104;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086313;STB=0.547351;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00762971;OID=.;OPOS=94480037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:364:364:186:186:178:178:0.489011:95:83:104:82:95:83:104:82 chr1 94495930 . T C 2831.83 PASS AF=1;AO=297;DP=299;FAO=297;FDP=297;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=173;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039787;FXX=0.00668874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4207;QD=38.1391;RBI=0.041957;REFB=0.00486;REVB=-0.0133186;RO=1;SAF=124;SAR=173;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00274895;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18217e-05;OID=.;OPOS=94495930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:299:297:1:0:297:297:1:173:124:0:1:173:124:0:0 chr1 94512565 . C T 574.26 PASS AF=0.494585;AO=137;DP=277;FAO=137;FDP=277;FR=.;FRO=140;FSAF=83;FSAR=54;FSRF=78;FSRR=62;FWDB=-0.0250147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.951;QD=8.29259;RBI=0.0374492;REFB=-0.0329982;REVB=-0.0278695;RO=140;SAF=83;SAR=54;SRF=78;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463972;STB=0.525485;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0307543;OID=.;OPOS=94512565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:277:140:140:137:137:0.494585:54:83:78:62:54:83:78:62 chr1 94578548 . T C 3671.68 PASS AF=1;AO=498;DP=520;FAO=381;FDP=381;FR=.;FRO=0;FSAF=196;FSAR=185;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0845071;FXX=0.0474988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.427;QD=38.5478;RBI=0.0898697;REFB=0;REVB=0.0305795;RO=0;SAF=259;SAR=239;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.50767e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226634;OID=.;OPOS=94578548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:520:381:0:0:498:381:1:239:259:0:0:185:196:0:0 chr1 100661993 . A C 14.44 PASS AF=0.183333;AO=14;DP=52;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.0700985;FXX=0.0769112;HRUN=28;LEN=1;MLLD=75.6039;QD=0.96265;RBI=0.0711143;REFB=0.0168564;REVB=-0.0119764;RO=37;SAF=14;SAR=0;SRF=31;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.717975;STB=0.821786;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0824024;OID=.;OPOS=100661993;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:52:60:37:49:14:11:0.183333:0:14:31:6:1:10:31:18 chr1 100671866 . T A 592.82 PASS AF=0.763636;AO=89;DP=127;FAO=126;FDP=165;FR=.;FRO=39;FSAF=103;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.000600061;FXX=0.00602373;HRUN=6;LEN=1;MLLD=39.6127;QD=14.3715;RBI=0.0194198;REFB=-0.0581812;REVB=0.0194105;RO=27;SAF=86;SAR=3;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378745;STB=0.588977;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00247815;OID=.;OPOS=100671866;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:127:165:27:39:89:126:0.763636:3:86:21:6:23:103:22:17 chr1 100672060 . T C 2569.07 PASS AF=1;AO=270;DP=271;FAO=270;FDP=270;FR=.;FRO=0;FSAF=163;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-9.74898e-05;FXX=0.0036899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.215;QD=38.0603;RBI=0.0150821;REFB=-0.0429629;REVB=0.0150818;RO=1;SAF=163;SAR=107;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00291631;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77887e-05;OID=.;OPOS=100672060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:271:270:1:0:270:270:1:107:163:1:0:107:163:0:0 chr1 100684342 . A T 25.9 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0669275;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=60.1495;QD=2.40971;RBI=0.0675104;REFB=7.79169e-05;REVB=-0.00885259;RO=16;SAF=11;SAR=1;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.517443;STB=0.926071;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0395893;OID=.;OPOS=100684342;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:41:43:16:31:12:12:0.27907:1:11:9:7:1:11:9:22 chr1 103343470 . G A 379.71 PASS AF=0.460094;AO=98;DP=213;FAO=98;FDP=213;FR=.;FRO=115;FSAF=63;FSAR=35;FSRF=65;FSRR=50;FWDB=-0.00195104;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.327;QD=7.13067;RBI=0.12052;REFB=-0.00687921;REVB=-0.120504;RO=114;SAF=63;SAR=35;SRF=64;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837566;STB=0.544475;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0065324;OID=.;OPOS=103343470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:114:115:98:98:0.460094:35:63:64:50:35:63:65:50 chr1 103354138 . A G 709.28 PASS AF=0.464467;AO=187;DP=407;FAO=183;FDP=394;FR=.;FRO=211;FSAF=101;FSAR=82;FSRF=117;FSRR=94;FWDB=-0.00893374;FXX=0.0149996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.202;QD=7.20082;RBI=0.147981;REFB=-0.00176108;REVB=0.147711;RO=210;SAF=103;SAR=84;SRF=115;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00308964;STB=0.501402;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00211651;OID=.;OPOS=103354138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:407:394:210:211:187:183:0.464467:84:103:115:95:82:101:117:94 chr1 103354428 . A G 353.88 PASS AF=0.512821;AO=80;DP=156;FAO=80;FDP=156;FR=.;FRO=76;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=22;FSRR=54;FWDB=0.00270379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.102;QD=9.07374;RBI=0.00995391;REFB=-0.0137348;REVB=0.00957966;RO=76;SAF=31;SAR=49;SRF=22;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939552;STB=0.551456;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0135161;OID=.;OPOS=103354428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:76:76:80:80:0.512821:49:31:22:54:49:31:22:54 chr1 103354939 . C CTG 127.55 PASS AF=0.328947;AO=46;DP=162;FAO=50;FDP=152;FR=.;FRO=102;FSAF=10;FSAR=40;FSRF=69;FSRR=33;FWDB=-0.0521481;FXX=0.0440224;HRUN=1;LEN=2;MLLD=86.0884;QD=3.35658;RBI=0.0693404;REFB=-0.084505;REVB=0.0457019;RO=100;SAF=10;SAR=36;SRF=74;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.575713;STB=0.812218;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.196119;OID=.;OPOS=103354940;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.328947:46:162:50:152:102:10:40:69:33:99:100:10:36:74:26 chr1 103405892 . G A 622.79 PASS AF=0.524528;AO=139;DP=265;FAO=139;FDP=265;FR=.;FRO=126;FSAF=83;FSAR=56;FSRF=74;FSRR=52;FWDB=0.00807135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3862;QD=9.40052;RBI=0.0261997;REFB=-0.0125315;REVB=-0.0249254;RO=126;SAF=83;SAR=56;SRF=74;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886485;STB=0.504843;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0130357;OID=.;OPOS=103405892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:265:126:126:139:139:0.524528:56:83:74:52:56:83:74:52 chr1 103427844 . T A 3815.72 PASS AF=1;AO=436;DP=438;FAO=398;FDP=398;FR=.;FRO=0;FSAF=210;FSAR=188;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00586067;FXX=0.00499988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7803;QD=38.349;RBI=0.0722088;REFB=-0.0242502;REVB=-0.0719705;RO=0;SAF=231;SAR=205;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.59738e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.61719e-05;OID=.;OPOS=103427844;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:438:398:0:0:436:398:1:205:231:0:0:188:210:0:0 chr1 103444679 . T G 2381.92 PASS AF=1;AO=249;DP=250;FAO=249;FDP=249;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0986685;FXX=0.00399984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.284;QD=38.2637;RBI=0.098688;REFB=0.0811487;REVB=-0.00195774;RO=1;SAF=109;SAR=140;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00339274;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.58539e-06;OID=.;OPOS=103444679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:250:249:1:0:249:249:1:140:109:0:1:140:109:0:0 chr1 103449598 . G C 2307.87 PASS AF=1;AO=240;DP=240;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0783891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.237;QD=38.3049;RBI=0.108351;REFB=0;REVB=0.0747999;RO=0;SAF=127;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91009e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503914;OID=.;OPOS=103449598;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:240:241:0:0:240:241:1:113:127:0:0:114:127:0:0 chr1 103455217 . C T 3651.57 PASS AF=1;AO=379;DP=379;FAO=379;FDP=379;FR=.;FRO=0;FSAF=175;FSAR=204;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315936;FXX=0.00263151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.782;QD=38.539;RBI=0.0342913;REFB=0;REVB=-0.0133318;RO=0;SAF=175;SAR=204;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110015;OID=.;OPOS=103455217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:379:379:0:0:379:379:1:204:175:0:0:204:175:0:0 chr1 103461508 . T A 1954.68 PASS AF=0.860544;AO=253;DP=294;FAO=253;FDP=294;FR=.;FRO=41;FSAF=175;FSAR=78;FSRF=41;FSRR=0;FWDB=-0.0139155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.751;QD=26.5943;RBI=0.0208431;REFB=-0.185716;REVB=0.0155175;RO=41;SAF=175;SAR=78;SRF=41;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995524;STB=0.552426;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00243272;OID=.;OPOS=103461508;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:294:294:41:41:253:253:0.860544:78:175:41:0:78:175:41:0 chr1 103463976 . G T 2217.27 PASS AF=1;AO=229;DP=229;FAO=230;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.486;QD=38.5612;RBI=0.0349932;REFB=0;REVB=-0.0289897;RO=0;SAF=93;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16797e-05;OID=.;OPOS=103463976;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:229:230:0:0:229:230:1:136:93:0:0:137:93:0:0 chr1 103467615 . C T 2468.51 PASS AF=1;AO=257;DP=257;FAO=257;FDP=257;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00707161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.213;QD=38.4204;RBI=0.00799414;REFB=0;REVB=-0.00372807;RO=0;SAF=125;SAR=132;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31875e-06;OID=.;OPOS=103467615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:257:257:0:0:257:257:1:132:125:0:0:132:125:0:0 chr1 103483514 . C T 1353.4 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.492;QD=38.1239;RBI=0.0236857;REFB=0;REVB=-0.00467348;RO=0;SAF=68;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.99912e-05;OID=.;OPOS=103483514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:64:142:142:0:0:142:142:1:74:68:0:0:74:68:0:0 chr1 116243877 . G A 673.29 PASS AF=0.503185;AO=157;DP=314;FAO=158;FDP=314;FR=.;FRO=156;FSAF=86;FSAR=72;FSRF=75;FSRR=81;FWDB=0.010982;FXX=0.0031745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6594;QD=8.57697;RBI=0.0351245;REFB=-0.0165012;REVB=-0.0333636;RO=156;SAF=85;SAR=72;SRF=75;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552476;STB=0.531632;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0161591;OID=.;OPOS=116243877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:314:156:156:157:158:0.503185:72:85:75:81:72:86:75:81 chr1 116247790 . G A 2916.25 PASS AF=1;AO=310;DP=313;FAO=310;FDP=310;FR=.;FRO=0;FSAF=172;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220769;FXX=0.00958436;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.155;QD=37.6291;RBI=0.0279531;REFB=0.0129531;REVB=-0.017146;RO=3;SAF=172;SAR=138;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00409681;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.05132e-05;OID=.;OPOS=116247790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:313:310:3:0:310:310:1:138:172:1:2:138:172:0:0 chr1 116247826 . T C 626.04 PASS AF=0.491803;AO=150;DP=306;FAO=150;FDP=305;FR=.;FRO=155;FSAF=81;FSAR=69;FSRF=82;FSRR=73;FWDB=-0.0425999;FXX=0.0129446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.802;QD=8.21039;RBI=0.0427426;REFB=-0.0141323;REVB=-0.00348958;RO=155;SAF=81;SAR=69;SRF=82;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010209;STB=0.505604;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0145447;OID=.;OPOS=116247826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:305:155:155:150:150:0.491803:69:81:82:73:69:81:82:73 chr1 116283343 . A G 3114.09 PASS AF=1;AO=326;DP=327;FAO=326;FDP=326;FR=.;FRO=0;FSAF=161;FSAR=165;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230316;FXX=0.00305801;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.228;QD=38.2097;RBI=0.0232191;REFB=-0.0183045;REVB=0.0029453;RO=1;SAF=161;SAR=165;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00288249;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.30929e-05;OID=.;OPOS=116283343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:327:326:1:0:326:326:1:165:161:0:1:165:161:0:0 chr1 116310967 . T C 523.3 PASS AF=0.546798;AO=112;DP=204;FAO=111;FDP=203;FR=.;FRO=92;FSAF=79;FSAR=32;FSRF=53;FSRR=39;FWDB=0.0285648;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.793;QD=10.3112;RBI=0.0309716;REFB=-0.0151554;REVB=0.0119705;RO=92;SAF=79;SAR=33;SRF=53;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121264;STB=0.570413;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00850568;OID=.;OPOS=116310967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:203:92:92:112:111:0.546798:33:79:53:39:32:79:53:39 chr1 155205669 . G T 2529.09 PASS AF=1;AO=264;DP=264;FAO=264;FDP=264;FR=.;FRO=0;FSAF=148;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.611;QD=38.3196;RBI=0.0183637;REFB=0;REVB=0.0111063;RO=0;SAF=148;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.94457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.48006e-06;OID=.;OPOS=155205669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:264:264:0:0:264:264:1:116:148:0:0:116:148:0:0 chr1 156104292 . G A 435.67 PASS AF=0.488372;AO=105;DP=215;FAO=105;FDP=215;FR=.;FRO=110;FSAF=101;FSAR=4;FSRF=105;FSRR=5;FWDB=-0.00986186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.708;QD=8.10548;RBI=0.0143362;REFB=0.00799011;REVB=-0.0104052;RO=110;SAF=101;SAR=4;SRF=105;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443707;STB=0.524519;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.00758028;OID=.;OPOS=156104292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:110:110:105:105:0.488372:4:101:105:5:4:101:105:5 chr1 156107534 . C T 467.39 PASS AF=0.468254;AO=111;DP=245;FAO=118;FDP=252;FR=.;FRO=134;FSAF=60;FSAR=58;FSRF=54;FSRR=80;FWDB=0.0778877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6791;QD=7.41893;RBI=0.0983064;REFB=-0.0610568;REVB=0.0599804;RO=134;SAF=60;SAR=51;SRF=54;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135213;STB=0.555994;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0692373;OID=.;OPOS=156107534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:252:134:134:111:118:0.468254:51:60:54:80:58:60:54:80 chr1 156128220 . T C 355.05 PASS AF=0.478022;AO=87;DP=182;FAO=87;FDP=182;FR=.;FRO=95;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=52;FSRR=43;FWDB=0.0324884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.127;QD=7.80322;RBI=0.0402338;REFB=-0.0250585;REVB=-0.0237332;RO=95;SAF=46;SAR=41;SRF=52;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176922;STB=0.509767;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0275071;OID=.;OPOS=156128220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:95:95:87:87:0.478022:41:46:52:43:41:46:52:43 chr1 156146218 . C T 473.39 PASS AF=0.511848;AO=109;DP=213;FAO=108;FDP=211;FR=.;FRO=103;FSAF=71;FSAR=37;FSRF=55;FSRR=48;FWDB=-0.0184252;FXX=0.0186038;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.807;QD=8.9743;RBI=0.0240824;REFB=-0.0193145;REVB=-0.0155072;RO=102;SAF=70;SAR=39;SRF=52;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122062;STB=0.564165;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0228415;OID=.;OPOS=156146218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:211:102:103:109:108:0.511848:39:70:52:50:37:71:55:48 chr1 161276376 . G A 444.43 PASS AF=0.43617;AO=123;DP=282;FAO=123;FDP=282;FR=.;FRO=159;FSAF=46;FSAR=77;FSRF=64;FSRR=95;FWDB=0.0260943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.015;QD=6.304;RBI=0.0336711;REFB=-0.0258685;REVB=0.0212797;RO=155;SAF=46;SAR=77;SRF=61;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208654;STB=0.517028;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0344701;OID=.;OPOS=161276376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:282:155:159:123:123:0.43617:77:46:61:94:77:46:64:95 chr1 161276434 . A G 1036.56 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.214489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=381.448;QD=38.3911;RBI=0.215579;REFB=0;REVB=-0.0216493;RO=0;SAF=3;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.53715e-05;OID=.;OPOS=161276434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:49:108:108:0:0:107:108:1:104:3:0:0:104:4:0:0 chr1 171076966 . G A 330.16 PASS AF=0.432773;AO=68;DP=203;FAO=103;FDP=238;FR=.;FRO=135;FSAF=63;FSAR=40;FSRF=93;FSRR=42;FWDB=0.0261808;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.176;QD=5.54888;RBI=0.0276723;REFB=-0.0166755;REVB=0.00896238;RO=135;SAF=30;SAR=38;SRF=93;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282556;STB=0.547072;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0177924;OID=.;OPOS=171076966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:238:135:135:68:103:0.432773:38:30:93:42:40:63:93:42 chr1 171077372 . C G 103.21 PASS AF=0.33945;AO=37;DP=109;FAO=37;FDP=109;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=0.0288468;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=322.657;QD=3.7874;RBI=0.0351256;REFB=-0.00131124;REVB=-0.0200416;RO=72;SAF=17;SAR=20;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173076;STB=0.509995;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00296199;OID=.;OPOS=171077372;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:72:72:37:37:0.33945:20:17:32:40:20:17:32:40 chr1 197297540 . A T 290.12 PASS AF=0.420561;AO=54;DP=178;FAO=90;FDP=214;FR=.;FRO=124;FSAF=31;FSAR=59;FSRF=53;FSRR=71;FWDB=-0.0301587;FXX=0.02283;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.392;QD=5.42276;RBI=0.0391149;REFB=-0.0115788;REVB=0.0249083;RO=124;SAF=22;SAR=32;SRF=53;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246356;STB=0.551513;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0131116;OID=.;OPOS=197297540;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:214:124:124:54:90:0.420561:32:22:53:71:59:31:53:71 chr1 197316435 . T C 663.89 PASS AF=0.526882;AO=147;DP=279;FAO=147;FDP=279;FR=.;FRO=132;FSAF=70;FSAR=77;FSRF=67;FSRR=65;FWDB=0.121106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.069;QD=9.51818;RBI=0.121127;REFB=0.00566363;REVB=-0.00225067;RO=132;SAF=70;SAR=77;SRF=67;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272215;STB=0.51486;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.00466179;OID=.;OPOS=197316435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:279:132:132:147:147:0.526882:77:70:67:65:77:70:67:65 chr1 197325908 . T G 294.88 PASS AF=0.450292;AO=77;DP=171;FAO=77;FDP=171;FR=.;FRO=94;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=-0.00318997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0878;QD=6.89775;RBI=0.0041885;REFB=-0.0289848;REVB=-0.00271434;RO=94;SAF=34;SAR=43;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686317;STB=0.538146;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0355973;OID=.;OPOS=197325908;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:94:94:77:77:0.450292:43:34:48:46:43:34:48:46 chr1 197390368 . A G 3655.6 PASS AF=1;AO=381;DP=381;FAO=381;FDP=381;FR=.;FRO=0;FSAF=202;FSAR=179;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.902;QD=38.379;RBI=0.086336;REFB=0;REVB=0.0699272;RO=0;SAF=202;SAR=179;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.67544e-05;OID=.;OPOS=197390368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:381:381:0:0:381:381:1:179:202:0:0:179:202:0:0 chr1 197397206 . A G 265.92 PASS AF=0.517544;AO=59;DP=114;FAO=59;FDP=114;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0169118;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.886;QD=9.33052;RBI=0.0196352;REFB=-0.0281534;REVB=0.00997663;RO=55;SAF=22;SAR=37;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107043;STB=0.55903;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0217678;OID=.;OPOS=197397206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:55:55:59:59:0.517544:37:22:27:28:37:22:27:28 chr1 197404770 . G T 272.23 PASS AF=0.508333;AO=61;DP=120;FAO=61;FDP=120;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=40;FWDB=-0.0599588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1642;QD=9.07429;RBI=0.0714322;REFB=0.0169698;REVB=-0.0388266;RO=59;SAF=29;SAR=32;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138517;STB=0.576135;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.019192;OID=.;OPOS=197404770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:59:59:61:61:0.508333:32:29:19:40:32:29:19:40 chr1 197446702 . G T 573.23 PASS AF=0.552995;AO=120;DP=217;FAO=120;FDP=217;FR=.;FRO=97;FSAF=54;FSAR=66;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=-0.0501484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1811;QD=10.5665;RBI=0.0598546;REFB=0.0134013;REVB=-0.0326758;RO=97;SAF=54;SAR=66;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623942;STB=0.533975;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.0114062;OID=.;OPOS=197446702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:97:97:120:120:0.552995:66:54:51:46:66:54:51:46 chr1 201331068 . A G 150.34 PASS AF=0.364964;AO=50;DP=137;FAO=50;FDP=137;FR=.;FRO=87;FSAF=12;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=57;FWDB=-0.0275032;FXX=0.0143875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7719;QD=4.3896;RBI=0.043168;REFB=-0.0310268;REVB=0.0332723;RO=65;SAF=12;SAR=38;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226676;STB=0.583298;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0570855;OID=.;OPOS=201331068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:65:87:50:50:0.364964:38:12:28:37:38:12:30:57 chr1 201334382 . G A 1863.45 PASS AF=1;AO=196;DP=197;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=181;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133472;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1862;QD=38.0296;RBI=0.0956091;REFB=-0.0370826;REVB=-0.0946729;RO=1;SAF=181;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00262426;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114022;OID=.;OPOS=201334382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:80:197:196:1:0:196:196:1:15:181:1:0:15:181:0:0 chr1 201334795 . C T 320.21 PASS AF=0.467836;AO=80;DP=171;FAO=80;FDP=171;FR=.;FRO=91;FSAF=6;FSAR=74;FSRF=7;FSRR=84;FWDB=0.0167146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.453;QD=7.49032;RBI=0.0174302;REFB=-0.0370076;REVB=-0.00494306;RO=91;SAF=6;SAR=74;SRF=7;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00661508;STB=0.503664;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0416763;OID=.;OPOS=201334795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:91:91:80:80:0.467836:74:6:7:84:74:6:7:84 chr1 201335899 . C T 1860.21 PASS AF=1;AO=200;DP=203;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00890897;FXX=0.0147776;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.1891;QD=37.2043;RBI=0.0222205;REFB=-0.14411;REVB=0.0203564;RO=1;SAF=114;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00550607;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000770304;OID=.;OPOS=201335899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:65:203:200:1:0:200:200:1:86:114:0:1:86:114:0:0 chr1 201338896 . T C 2868.85 PASS AF=1;AO=298;DP=299;FAO=298;FDP=298;FR=.;FRO=0;FSAF=148;FSAR=150;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0623008;FXX=0.00334437;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.613;QD=38.508;RBI=0.0805338;REFB=0;REVB=0.0510324;RO=0;SAF=148;SAR=150;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82755e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104094;OID=.;OPOS=201338896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:299:298:0:0:298:298:1:150:148:0:0:150:148:0:0 chr1 201341175 . CAGAAG C 868.71 PASS AF=1;AO=90;DP=96;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00204596;FXX=0.0520779;HRUN=1;LEN=5;MLLD=298.807;QD=38.1849;RBI=0.18983;REFB=0;REVB=0.189819;RO=0;SAF=84;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000326521;OID=.;OPOS=201341176;OREF=AGAAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:90:96:91:91:0:84:7:0:0:41:0:84:6:0:0 chr1 209788514 . G A 316.38 PASS AF=0.507042;AO=71;DP=141;FAO=72;FDP=142;FR=.;FRO=70;FSAF=63;FSAR=9;FSRF=50;FSRR=20;FWDB=0.0151871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=375.276;QD=8.91222;RBI=0.0166403;REFB=-0.0107345;REVB=0.0068008;RO=70;SAF=62;SAR=9;SRF=50;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251683;STB=0.642359;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00872806;OID=.;OPOS=209788514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:70:70:71:72:0.507042:9:62:50:20:9:63:50:20 chr1 209788703 . T C 78.37 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0761196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.556;QD=6.67012;RBI=0.0787476;REFB=0.00403828;REVB=-0.0201737;RO=27;SAF=16;SAR=4;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135275;STB=0.578229;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.00344454;OID=.;OPOS=209788703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:47:47:27:27:20:20:0.425532:4:16:19:8:4:16:19:8 chr1 209799253 . A G 524.9 PASS AF=0.471429;AO=132;DP=280;FAO=132;FDP=280;FR=.;FRO=148;FSAF=63;FSAR=69;FSRF=72;FSRR=76;FWDB=-0.0911271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.566;QD=7.49862;RBI=0.0914546;REFB=-0.0416653;REVB=-0.00773354;RO=148;SAF=63;SAR=69;SRF=72;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00884764;STB=0.504877;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0460696;OID=.;OPOS=209799253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:148:148:132:132:0.471429:69:63:72:76:69:63:72:76 chr1 209804095 . G A 221.74 PASS AF=0.534091;AO=44;DP=85;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.00712639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.673;QD=10.079;RBI=0.0275944;REFB=-0.027919;REVB=-0.0266583;RO=41;SAF=18;SAR=26;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846052;STB=0.561917;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0206933;OID=.;OPOS=209804095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:41:41:44:47:0.534091:26:18:13:28:26:21:13:28 chr1 209805895 . C G 581.81 PASS AF=0.538462;AO=126;DP=235;FAO=126;FDP=234;FR=.;FRO=108;FSAF=40;FSAR=86;FSRF=31;FSRR=77;FWDB=0.00181193;FXX=0.00847422;HRUN=5;LEN=1;MLLD=327.614;QD=9.94544;RBI=0.00192532;REFB=0.0128715;REVB=-0.000650978;RO=108;SAF=40;SAR=86;SRF=31;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300889;STB=0.516392;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.0114324;OID=.;OPOS=209805895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:234:108:108:126:126:0.538462:86:40:31:77:86:40:31:77 chr1 209811886 . T G 429.08 PASS AF=0.452;AO=112;DP=249;FAO=113;FDP=250;FR=.;FRO=137;FSAF=68;FSAR=45;FSRF=81;FSRR=56;FWDB=0.0351503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.692;QD=6.86533;RBI=0.0375416;REFB=-0.00703725;REVB=0.0131846;RO=137;SAF=67;SAR=45;SRF=81;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00718871;STB=0.506003;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00850819;OID=.;OPOS=209811886;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:250:137:137:112:113:0.452:45:67:81:56:45:68:81:56 chr1 215844373 . C T 674.27 PASS AF=0.506452;AO=159;DP=314;FAO=157;FDP=310;FR=.;FRO=153;FSAF=88;FSAR=69;FSRF=82;FSRR=71;FWDB=0.00467677;FXX=0.0127384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.073;QD=8.70021;RBI=0.0155701;REFB=-0.00236153;REVB=0.0148511;RO=155;SAF=90;SAR=69;SRF=84;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220424;STB=0.512265;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0023429;OID=.;OPOS=215844373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:314:310:155:153:159:157:0.506452:69:90:84:71:69:88:82:71 chr1 215848587 . T C 550.95 PASS AF=0.523404;AO=123;DP=235;FAO=123;FDP=235;FR=.;FRO=112;FSAF=67;FSAR=56;FSRF=60;FSRR=52;FWDB=0.0177982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.855;QD=9.37784;RBI=0.0552813;REFB=-0.0212105;REVB=0.0523378;RO=112;SAF=67;SAR=56;SRF=60;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00790277;STB=0.50432;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0190978;OID=.;OPOS=215848587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:112:112:123:123:0.523404:56:67:60:52:56:67:60:52 chr1 215848641 . T C 2263.82 PASS AF=1;AO=236;DP=236;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.956;QD=38.3699;RBI=0.0539113;REFB=0;REVB=0.0194282;RO=0;SAF=126;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.11848e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82585e-05;OID=.;OPOS=215848641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:236:236:0:0:236:236:1:110:126:0:0:110:126:0:0 chr1 215914826 . T C 174.09 PASS AF=0.322727;AO=71;DP=220;FAO=71;FDP=220;FR=.;FRO=149;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=67;FSRR=82;FWDB=0.0441359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.571;QD=3.16519;RBI=0.0445596;REFB=-0.00587991;REVB=-0.00612977;RO=149;SAF=36;SAR=35;SRF=67;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674269;STB=0.538815;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0149338;OID=.;OPOS=215914826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:149:149:71:71:0.322727:35:36:67:82:35:36:67:82 chr1 215916563 . G A 557.59 PASS AF=0.468647;AO=142;DP=303;FAO=142;FDP=303;FR=.;FRO=161;FSAF=74;FSAR=68;FSRF=84;FSRR=77;FWDB=0.00140073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=351.743;QD=7.3609;RBI=0.0268411;REFB=-0.00529216;REVB=0.0268046;RO=160;SAF=74;SAR=68;SRF=84;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00373008;STB=0.500326;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00607076;OID=.;OPOS=215916563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:303:160:161:142:142:0.468647:68:74:84:76:68:74:84:77 chr1 215960167 . T G 426.23 PASS AF=0.495098;AO=101;DP=204;FAO=101;FDP=204;FR=.;FRO=103;FSAF=40;FSAR=61;FSRF=46;FSRR=57;FWDB=-0.0043657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.765;QD=8.35735;RBI=0.0232856;REFB=-0.014929;REVB=-0.0228727;RO=103;SAF=40;SAR=61;SRF=46;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479488;STB=0.526384;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0152109;OID=.;OPOS=215960167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:103:103:101:101:0.495098:61:40:46:57:61:40:46:57 chr1 216172380 . A G 515.49 PASS AF=0.484496;AO=125;DP=267;FAO=125;FDP=258;FR=.;FRO=133;FSAF=64;FSAR=61;FSRF=73;FSRR=60;FWDB=-0.0149087;FXX=0.037312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.991;QD=7.99202;RBI=0.0210541;REFB=-0.00720637;REVB=-0.0148663;RO=128;SAF=64;SAR=61;SRF=71;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393921;STB=0.519033;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0069503;OID=.;OPOS=216172380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:258:128:133:125:125:0.484496:61:64:71:57:61:64:73:60 chr1 216219781 . A G 407.82 PASS AF=0.492386;AO=97;DP=197;FAO=97;FDP=197;FR=.;FRO=100;FSAF=69;FSAR=28;FSRF=65;FSRR=35;FWDB=-0.00914062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4894;QD=8.28055;RBI=0.0527847;REFB=-0.0485167;REVB=0.0519872;RO=100;SAF=69;SAR=28;SRF=65;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665799;STB=0.536725;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0482827;OID=.;OPOS=216219781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:100:100:97:97:0.492386:28:69:65:35:28:69:65:35 chr1 216258251 . T C 706.85 PASS AF=0.530612;AO=156;DP=294;FAO=156;FDP=294;FR=.;FRO=138;FSAF=83;FSAR=73;FSRF=82;FSRR=56;FWDB=-0.025705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.223;QD=9.61696;RBI=0.0261473;REFB=-0.0322571;REVB=0.00478923;RO=137;SAF=83;SAR=73;SRF=82;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575131;STB=0.5294;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0297772;OID=.;OPOS=216258251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:294:137:138:156:156:0.530612:73:83:82:55:73:83:82:56 chr1 216348764 . C T 3276.12 PASS AF=1;AO=340;DP=340;FAO=340;FDP=340;FR=.;FRO=0;FSAF=165;FSAR=175;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.129514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4647;QD=38.5426;RBI=0.130017;REFB=0;REVB=-0.0114247;RO=0;SAF=165;SAR=175;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000291621;OID=.;OPOS=216348764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:340:340:0:0:340:340:1:175:165:0:0:175:165:0:0 chr1 216592003 . T C 2646.59 PASS AF=1;AO=274;DP=276;FAO=277;FDP=277;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=146;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000442023;FXX=0.0071682;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.657;QD=38.2178;RBI=0.0164085;REFB=0.0190929;REVB=0.0164026;RO=1;SAF=129;SAR=145;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00368194;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.88117e-05;OID=.;OPOS=216592003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:276:277:1:0:274:277:1:145:129:1:0:146:131:0:0 chr1 216595306 . C T 1866.32 PASS AF=1;AO=201;DP=204;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126947;FXX=0.0441155;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.699;QD=38.2835;RBI=0.013705;REFB=0;REVB=0.00516433;RO=0;SAF=82;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145907;OID=.;OPOS=216595306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:88:204:195:0:0:201:195:1:119:82:0:0:119:76:0:0 chr1 227069677 . T C 455.45 PASS AF=0.526316;AO=100;DP=190;FAO=100;FDP=190;FR=.;FRO=90;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=0.020045;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.721;QD=9.58837;RBI=0.0344511;REFB=0.0168861;REVB=-0.0280193;RO=90;SAF=52;SAR=48;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269383;STB=0.51474;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.0155428;OID=.;OPOS=227069677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:90:90:100:100:0.526316:48:52:44:46:48:52:44:46 chr1 227069737 . C T 446.81 PASS AF=0.536313;AO=96;DP=179;FAO=96;FDP=179;FR=.;FRO=83;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=32;FSRR=51;FWDB=-0.0276085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4048;QD=9.98455;RBI=0.0440335;REFB=-0.058958;REVB=-0.0343033;RO=82;SAF=38;SAR=58;SRF=32;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0049323;STB=0.504998;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0505835;OID=.;OPOS=227069737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:82:83:96:96:0.536313:58:38:32:50:58:38:32:51 chr1 227071364 . G A 458.61 PASS AF=0.523077;AO=101;DP=194;FAO=102;FDP=195;FR=.;FRO=93;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=0.00890329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.779;QD=9.40743;RBI=0.0232663;REFB=0.00246506;REVB=0.0214954;RO=93;SAF=54;SAR=47;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538944;STB=0.531555;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.00174411;OID=.;OPOS=227071364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:93:93:101:102:0.523077:47:54:44:49:47:55:44:49 chr1 227071377 . T C 513.71 PASS AF=0.541872;AO=110;DP=203;FAO=110;FDP=203;FR=.;FRO=93;FSAF=55;FSAR=55;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=0.0174649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.731;QD=10.1224;RBI=0.0282804;REFB=0.00205302;REVB=-0.0222431;RO=93;SAF=55;SAR=55;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225704;STB=0.512313;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.00164821;OID=.;OPOS=227071377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:93:93:110:110:0.541872:55:55:44:49:55:55:44:49 chr1 227071525 . C T 351.6 PASS AF=0.553846;AO=72;DP=130;FAO=72;FDP=130;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=65;FSRF=3;FSRR=55;FWDB=0.05982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6163;QD=10.8183;RBI=0.0600646;REFB=-0.0787372;REVB=-0.00541523;RO=58;SAF=7;SAR=65;SRF=3;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11771;STB=0.563743;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0783367;OID=.;OPOS=227071525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:58:58:72:72:0.553846:65:7:3:55:65:7:3:55 chr1 227073410 . G C 258.96 PASS AF=0.447368;AO=67;DP=151;FAO=68;FDP=152;FR=.;FRO=84;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=49;FSRR=35;FWDB=0.0218394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.138;QD=6.81473;RBI=0.0218646;REFB=-0.029835;REVB=-0.00104918;RO=84;SAF=37;SAR=30;SRF=49;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315108;STB=0.52192;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0379982;OID=.;OPOS=227073410;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:84:84:67:68:0.447368:30:37:49:35:31:37:49:35 chr1 236882303 . T C 2200.48 PASS AF=1;AO=230;DP=232;FAO=230;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119565;FXX=0.00862032;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.9;QD=38.2692;RBI=0.0137256;REFB=0;REVB=0.00674044;RO=0;SAF=110;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23044e-05;OID=.;OPOS=236882303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:232:230:0:0:230:230:1:120:110:0:0:120:110:0:0 chr1 236883421 . C T 1639.65 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0875654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.757;QD=38.5801;RBI=0.091707;REFB=0;REVB=0.0272483;RO=0;SAF=68;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.09061e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000211358;OID=.;OPOS=236883421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:77:170:170:0:0:170:170:1:102:68:0:0:102:68:0:0 chr1 236902594 . C G 3663.53 PASS AF=1;AO=384;DP=386;FAO=385;FDP=385;FR=.;FRO=0;FSAF=178;FSAR=207;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00749605;FXX=0.00516783;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.04;QD=38.0627;RBI=0.0261065;REFB=-0.0086652;REVB=-0.0250072;RO=0;SAF=177;SAR=207;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.2494e-06;OID=.;OPOS=236902594;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:386:385:0:0:384:385:1:207:177:0:0:207:178:0:0 chr1 236902865 . A C 1229.55 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0364826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.956;QD=38.4236;RBI=0.0379183;REFB=0;REVB=0.0103354;RO=0;SAF=65;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.15301e-05;OID=.;OPOS=236902865;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:58:128:128:0:0:128:128:1:63:65:0:0:63:65:0:0 chr1 237617757 . C T 3483.47 PASS AF=1;AO=366;DP=368;FAO=366;FDP=366;FR=.;FRO=0;FSAF=205;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0658022;FXX=0.00543463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.138;QD=38.0707;RBI=0.0701886;REFB=0.000700126;REVB=0.0244238;RO=2;SAF=205;SAR=161;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000632539;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.27327e-05;OID=.;OPOS=237617757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:368:366:2:0:366:366:1:161:205:1:1:161:205:0:0 chr1 237711644 . T C 1587.25 PASS AF=1;AO=167;DP=168;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055623;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0489;QD=38.0181;RBI=0.0827777;REFB=-0.00751527;REVB=0.0613044;RO=1;SAF=92;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514511;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533267;OID=.;OPOS=237711644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:67:168:167:1:0:167:167:1:75:92:1:0:75:92:0:0 chr1 237711797 . A G 1890.98 PASS AF=1;AO=197;DP=197;FAO=197;FDP=197;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8165;QD=38.3955;RBI=0.0352189;REFB=0;REVB=0.0297741;RO=0;SAF=114;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179949;OID=.;OPOS=237711797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:89:197:197:0:0:197:197:1:83:114:0:0:83:114:0:0 chr1 237730124 . A G 1733.49 PASS AF=1;AO=177;DP=178;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.356;QD=38.522;RBI=0.0482427;REFB=0;REVB=0.0256362;RO=0;SAF=60;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.01043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114173;OID=.;OPOS=237730124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:81:178:180:0:0:177:180:1:117:60:0:0:118:62:0:0 chr1 237732395 . G A 2315.04 PASS AF=1;AO=242;DP=242;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=206;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00572822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4543;QD=38.2651;RBI=0.0157034;REFB=0;REVB=-0.0146214;RO=0;SAF=206;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.56814e-05;OID=.;OPOS=237732395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:242:242:0:0:242:242:1:36:206:0:0:36:206:0:0 chr1 237765470 . A T 2959.24 PASS AF=1;AO=304;DP=307;FAO=309;FDP=309;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=178;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0566664;FXX=0.0032257;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.422;QD=38.3073;RBI=0.0604203;REFB=0.0154429;REVB=0.0209651;RO=1;SAF=129;SAR=175;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00368302;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.2696e-05;OID=.;OPOS=237765470;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:307:309:1:0:304:309:1:175:129:1:0:178:131:0:0 chr1 237788826 . C G 422.34 PASS AF=0.497487;AO=99;DP=199;FAO=99;FDP=199;FR=.;FRO=100;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=-0.000155222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9955;QD=8.48932;RBI=0.0127767;REFB=-0.0261534;REVB=-0.0127758;RO=99;SAF=54;SAR=45;SRF=54;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502762;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0262403;OID=.;OPOS=237788826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:99:100:99:99:0.497487:45:54:54:45:45:54:54:46 chr1 237788844 . T C 1928.52 PASS AF=1;AO=199;DP=200;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.687;QD=38.5703;RBI=0.0213217;REFB=0;REVB=0.0081981;RO=0;SAF=107;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10234e-05;OID=.;OPOS=237788844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:90:200:200:0:0:199:200:1:92:107:0:0:93:107:0:0 chr1 237788862 . T C 1895.84 PASS AF=1;AO=200;DP=201;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108042;FXX=0.00497488;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.287;QD=37.9168;RBI=0.0490759;REFB=0.00634085;REVB=0.0478719;RO=1;SAF=107;SAR=93;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00509396;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27515e-05;OID=.;OPOS=237788862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:81:201:200:1:0:200:200:1:93:107:0:1:93:107:0:0 chr1 237796837 . G A 2058.51 PASS AF=0.962185;AO=228;DP=238;FAO=229;FDP=238;FR=.;FRO=9;FSAF=113;FSAR=116;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0155769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6365;QD=34.5968;RBI=0.0201259;REFB=0.00908118;REVB=-0.0127441;RO=9;SAF=113;SAR=115;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00369868;STB=0.501853;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.00428506;OID=.;OPOS=237796837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:41:238:238:9:9:228:229:0.962185:115:113:4:5:116:113:4:5 chr1 237801770 . T C 1903.27 PASS AF=1;AO=201;DP=202;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0862022;FXX=0.00495025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0237;QD=37.8761;RBI=0.0991779;REFB=-0.0516897;REVB=0.0490453;RO=1;SAF=89;SAR=112;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00423389;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000669814;OID=.;OPOS=237801770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:82:202:201:1:0:201:201:1:112:89:0:1:112:89:0:0 chr1 237814783 . C T 107.76 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4337;QD=35.9196;RBI=0.0259427;REFB=0;REVB=0.0168476;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144414;OID=.;OPOS=237814783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr1 237817784 . A G 2982.31 PASS AF=1;AO=312;DP=314;FAO=313;FDP=313;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=181;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225706;FXX=0.00318461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.457;QD=38.1126;RBI=0.0485298;REFB=-0.0597233;REVB=0.0429617;RO=1;SAF=132;SAR=180;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00264264;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109377;OID=.;OPOS=237817784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:314:313:1:0:312:313:1:180:132:0:1:181:132:0:0 chr1 237824332 . G A 1899.37 PASS AF=1;AO=189;DP=189;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416539;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=393.844;QD=38.3711;RBI=0.0461809;REFB=0;REVB=-0.0199406;RO=0;SAF=91;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43893e-06;OID=.;OPOS=237824332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:90:189:198:0:0:189:198:1:98:91:0:0:102:96:0:0 chr1 237831103 . C A 1229.56 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00620682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.465;QD=38.4237;RBI=0.034563;REFB=0;REVB=-0.0340011;RO=0;SAF=62;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.47024e-05;OID=.;OPOS=237831103;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:58:128:128:0:0:128:128:1:66:62:0:0:66:62:0:0 chr1 237863718 . T G 2027.31 PASS AF=1;AO=211;DP=211;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.3;QD=38.2512;RBI=0.0515114;REFB=0;REVB=0.00341219;RO=0;SAF=140;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.26087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18704e-05;OID=.;OPOS=237863718;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:96:211:212:0:0:211:212:1:71:140:0:0:71:141:0:0 chr1 237881770 . C T 2648.84 PASS AF=1;AO=276;DP=276;FAO=276;FDP=276;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=154;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0025167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.915;QD=38.3889;RBI=0.0104922;REFB=0;REVB=-0.0101859;RO=0;SAF=122;SAR=154;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.51991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.19822e-05;OID=.;OPOS=237881770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:276:276:0:0:276:276:1:154:122:0:0:154:122:0:0 chr1 237890437 . C T 1674.42 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00989282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.767;QD=38.2724;RBI=0.00999878;REFB=0;REVB=0.0014518;RO=0;SAF=86;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.52135e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86996e-05;OID=.;OPOS=237890437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:79:175:175:0:0:175:175:1:89:86:0:0:89:86:0:0 chr1 237893674 . C T 3226.36 PASS AF=1;AO=336;DP=336;FAO=336;FDP=336;FR=.;FRO=0;FSAF=173;FSAR=163;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00110329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.845;QD=38.4091;RBI=0.00416076;REFB=0;REVB=0.00401182;RO=0;SAF=173;SAR=163;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02225e-07;OID=.;OPOS=237893674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:336:336:0:0:336:336:1:163:173:0:0:163:173:0:0 chr1 237923053 . C T 1903.35 PASS AF=1;AO=198;DP=198;FAO=198;FDP=198;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=412.771;QD=38.4515;RBI=0.0248943;REFB=0;REVB=0.00750454;RO=0;SAF=86;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39404e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35814e-05;OID=.;OPOS=237923053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:90:198:198:0:0:198:198:1:112:86:0:0:112:86:0:0 chr1 237946964 . T C 749.65 PASS AF=0.498599;AO=178;DP=357;FAO=178;FDP=357;FR=.;FRO=179;FSAF=94;FSAR=84;FSRF=107;FSRR=72;FWDB=0.0306382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.9689;QD=8.39938;RBI=0.0415132;REFB=-0.0189621;REVB=-0.0280116;RO=179;SAF=94;SAR=84;SRF=107;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642678;STB=0.535181;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0192518;OID=.;OPOS=237946964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:357:357:179:179:178:178:0.498599:84:94:107:72:84:94:107:72 chr1 237951451 . A G 515.19 PASS AF=0.457627;AO=135;DP=295;FAO=135;FDP=295;FR=.;FRO=160;FSAF=74;FSAR=61;FSRF=84;FSRR=76;FWDB=0.0405163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8008;QD=6.98556;RBI=0.0409425;REFB=-0.0291208;REVB=0.00589203;RO=159;SAF=74;SAR=61;SRF=84;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195633;STB=0.51264;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0366808;OID=.;OPOS=237951451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:295:159:160:135:135:0.457627:61:74:84:75:61:74:84:76 chr1 237957146 . G A 552.94 PASS AF=0.465574;AO=142;DP=305;FAO=142;FDP=305;FR=.;FRO=163;FSAF=60;FSAR=82;FSRF=73;FSRR=90;FWDB=-0.0249468;FXX=0.00326787;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.787;QD=7.25171;RBI=0.0263744;REFB=-0.00322995;REVB=0.00855962;RO=162;SAF=60;SAR=82;SRF=73;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276583;STB=0.513802;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00351344;OID=.;OPOS=237957146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:305:162:163:142:142:0.465574:82:60:73:89:82:60:73:90 chr1 237957161 . A G 565.98 PASS AF=0.469055;AO=144;DP=307;FAO=144;FDP=307;FR=.;FRO=163;FSAF=58;FSAR=86;FSRF=72;FSRR=91;FWDB=0.0234727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0187;QD=7.37438;RBI=0.0239002;REFB=-0.0277476;REVB=0.00450005;RO=163;SAF=58;SAR=86;SRF=72;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038629;STB=0.521306;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0304836;OID=.;OPOS=237957161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:307:163:163:144:144:0.469055:86:58:72:91:86:58:72:91 chr1 237957309 . A C 327.28 PASS AF=0.503356;AO=75;DP=149;FAO=75;FDP=149;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=24;FSRR=50;FWDB=-0.066075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.501;QD=8.78602;RBI=0.0661558;REFB=-0.01503;REVB=0.00326935;RO=74;SAF=30;SAR=45;SRF=24;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723815;STB=0.539762;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0162092;OID=.;OPOS=237957309;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:74:74:75:75:0.503356:45:30:24:50:45:30:24:50 chr1 237965094 . G T 182.53 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=117;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=46;FSAR=4;FSRF=46;FSRR=21;FWDB=-0.0148811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1044;QD=6.24036;RBI=0.0567058;REFB=-0.00509211;REVB=0.0547183;RO=67;SAF=46;SAR=4;SRF=46;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444549;STB=0.757442;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00723559;OID=.;OPOS=237965094;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:67:67:50:50:0.42735:4:46:46:21:4:46:46:21 chr1 237965131 . G A 184.37 PASS AF=0.394366;AO=56;DP=142;FAO=56;FDP=142;FR=.;FRO=86;FSAF=46;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.0293162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7293;QD=5.19337;RBI=0.101953;REFB=-0.0280439;REVB=-0.0976469;RO=86;SAF=46;SAR=10;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384858;STB=0.720428;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0491673;OID=.;OPOS=237965131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:86:86:56:56:0.394366:10:46:45:41:10:46:45:41 chr1 237969638 . A G 328.85 PASS AF=0.484663;AO=82;DP=168;FAO=79;FDP=163;FR=.;FRO=84;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=51;FSRR=33;FWDB=0.017903;FXX=0.0297601;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.259;QD=8.06984;RBI=0.0775315;REFB=-0.0207069;REVB=0.0754362;RO=83;SAF=50;SAR=32;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299386;STB=0.514178;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0229544;OID=.;OPOS=237969638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:163:83:84:82:79:0.484663:32:50:48:35:29:50:51:33 chr2 3623540 . A G 1528.72 PASS AF=1;AO=130;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=75;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=374.236;QD=38.7017;RBI=0.0981575;REFB=0;REVB=0.096714;RO=0;SAF=75;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47499e-05;OID=.;OPOS=3623540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:72:158:158:0:0:130:158:1:55:75:0:0:83:75:0:0 chr2 3628383 . C A 3740.42 PASS AF=1;AO=398;DP=407;FAO=390;FDP=390;FR=.;FRO=0;FSAF=204;FSAR=186;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0792884;FXX=0.0249994;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5213;QD=38.3633;RBI=0.0922395;REFB=-0.031725;REVB=-0.0471324;RO=0;SAF=207;SAR=191;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000574995;OID=.;OPOS=3628383;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:407:390:0:0:398:390:1:191:207:0:0:186:204:0:0 chr2 39233500 . G A 1409.72 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0910485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.481;QD=38.3596;RBI=0.115078;REFB=0;REVB=0.0703781;RO=0;SAF=131;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.73564e-05;OID=.;OPOS=39233500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:66:147:147:0:0:147:147:1:16:131:0:0:16:131:0:0 chr2 39281730 . G C 2604.97 PASS AF=1;AO=272;DP=273;FAO=272;FDP=272;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0616734;FXX=0.00366287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.556;QD=38.3084;RBI=0.103372;REFB=0;REVB=0.082959;RO=0;SAF=121;SAR=151;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70472e-05;OID=.;OPOS=39281730;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:273:272:0:0:272:272:1:151:121:0:0:151:121:0:0 chr2 71709120 . G A 498.69 PASS AF=0.395;AO=171;DP=435;FAO=158;FDP=400;FR=.;FRO=242;FSAF=76;FSAR=82;FSRF=101;FSRR=141;FWDB=0.0253704;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=87.8154;QD=4.98687;RBI=0.031047;REFB=0.0137783;REVB=0.0178957;RO=256;SAF=81;SAR=90;SRF=102;SRR=154;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814029;STB=0.538677;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.0253718;OID=.;OPOS=71709120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:435:400:256:242:171:158:0.395:90:81:102:154:82:76:101:141 chr2 71742892 . T C 301.79 PASS AF=0.430769;AO=84;DP=195;FAO=84;FDP=195;FR=.;FRO=111;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=50;FSRR=61;FWDB=-0.000283512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.614;QD=6.19056;RBI=0.016406;REFB=0.00508893;REVB=0.0164035;RO=107;SAF=43;SAR=41;SRF=50;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448864;STB=0.534935;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.0061737;OID=.;OPOS=71742892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:107:111:84:84:0.430769:41:43:50:57:41:43:50:61 chr2 71743242 . G A 349.89 PASS AF=0.586207;AO=68;DP=116;FAO=68;FDP=116;FR=.;FRO=48;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00290817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.682;QD=12.0653;RBI=0.00610449;REFB=-0.0182947;REVB=-0.00536725;RO=48;SAF=40;SAR=28;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362397;STB=0.519745;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0117497;OID=.;OPOS=71743242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:48:48:68:68:0.586207:28:40:26:22:28:40:26:22 chr2 71748088 . C T 715.4 PASS AF=0.515823;AO=163;DP=317;FAO=163;FDP=316;FR=.;FRO=153;FSAF=74;FSAR=89;FSRF=67;FSRR=86;FWDB=0.0240636;FXX=0.00315447;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.837;QD=9.05569;RBI=0.0240904;REFB=-0.00550481;REVB=-0.00113535;RO=153;SAF=74;SAR=89;SRF=67;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014388;STB=0.507862;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00354416;OID=.;OPOS=71748088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:317:316:153:153:163:163:0.515823:89:74:67:86:89:74:67:86 chr2 71762232 . C T 365.79 PASS AF=0.47619;AO=90;DP=189;FAO=90;FDP=189;FR=.;FRO=99;FSAF=57;FSAR=33;FSRF=50;FSRR=49;FWDB=0.0500547;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=112.541;QD=7.74165;RBI=0.0602037;REFB=-0.0137726;REVB=0.0334516;RO=99;SAF=57;SAR=33;SRF=50;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1259;STB=0.569637;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0114396;OID=.;OPOS=71762232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:99:99:90:90:0.47619:33:57:50:49:33:57:50:49 chr2 71780117 . C G 241.05 PASS AF=0.487179;AO=57;DP=117;FAO=57;FDP=117;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=0.0351545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.825;QD=8.24104;RBI=0.0397554;REFB=-0.0414011;REVB=0.018565;RO=60;SAF=21;SAR=36;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184362;STB=0.510201;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0451381;OID=.;OPOS=71780117;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:60:60:57:57:0.487179:36:21:21:39:36:21:21:39 chr2 71780215 . T C 253.02 PASS AF=0.513761;AO=56;DP=109;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=39;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=-0.00382397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.922;QD=9.28524;RBI=0.00528271;REFB=-0.0252371;REVB=0.00364477;RO=53;SAF=17;SAR=39;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00175781;STB=0.500969;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0412049;OID=.;OPOS=71780215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:53:53:56:56:0.513761:39:17:16:37:39:17:16:37 chr2 71780248 . C T 294.79 PASS AF=0.48951;AO=70;DP=144;FAO=70;FDP=143;FR=.;FRO=73;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.0121762;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.459;QD=8.24593;RBI=0.0285503;REFB=-0.0161052;REVB=-0.0258237;RO=73;SAF=34;SAR=36;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00687798;STB=0.503797;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0163081;OID=.;OPOS=71780248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:73:73:70:70:0.48951:36:34:36:37:36:34:36:37 chr2 71795152 . A T 1160.96 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9702;QD=38.0642;RBI=0.118857;REFB=0;REVB=0.116359;RO=0;SAF=65;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574829;OID=.;OPOS=71795152;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:55:122:122:0:0:122:122:1:57:65:0:0:57:65:0:0 chr2 71825677 . C T 3180.75 PASS AF=0.982906;AO=344;DP=351;FAO=345;FDP=351;FR=.;FRO=6;FSAF=181;FSAR=164;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0139358;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=57.6272;QD=36.2478;RBI=0.014906;REFB=-0.0726598;REVB=-0.00529001;RO=2;SAF=181;SAR=163;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000289375;STB=0.50613;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.000750938;OID=.;OPOS=71825677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:351:351:2:6:344:345:0.982906:163:181:1:1:164:181:1:5 chr2 71829821 . G T 279.43 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.887;QD=38.5422;RBI=0.0542779;REFB=0;REVB=0.0477724;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298024;OID=.;OPOS=71829821;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr2 71838597 . C A 2796.88 PASS AF=1;AO=292;DP=292;FAO=292;FDP=292;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=169;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=376.337;QD=38.3134;RBI=0.0205643;REFB=0;REVB=-0.00629607;RO=0;SAF=123;SAR=169;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35481e-06;OID=.;OPOS=71838597;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:292:292:0:0:292:292:1:169:123:0:0:169:123:0:0 chr2 71871039 . A G 1127.11 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00478099;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0468;QD=37.5704;RBI=0.0648938;REFB=-0.0517405;REVB=-0.0647175;RO=1;SAF=118;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00400931;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92848e-05;OID=.;OPOS=71871039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:46:121:120:1:0:120:120:1:2:118:1:0:2:118:0:0 chr2 71891361 . C T 2012.87 PASS AF=0.85342;AO=264;DP=309;FAO=262;FDP=307;FR=.;FRO=45;FSAF=156;FSAR=106;FSRF=45;FSRR=0;FWDB=0.00443253;FXX=0.00647228;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.241;QD=26.2263;RBI=0.00582646;REFB=-0.0747193;REVB=0.00378157;RO=1;SAF=158;SAR=106;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00300806;STB=0.563021;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00139149;OID=.;OPOS=71891361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:309:307:1:45:264:262:0.85342:106:158:1:0:106:156:45:0 chr2 71906171 . T C 2897.64 PASS AF=1;AO=304;DP=305;FAO=304;FDP=304;FR=.;FRO=0;FSAF=173;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00201529;FXX=0.00327858;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.582;QD=38.1269;RBI=0.0224691;REFB=-0.0117877;REVB=-0.0223785;RO=1;SAF=173;SAR=131;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.003627;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299355;OID=.;OPOS=71906171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:305:304:1:0:304:304:1:131:173:0:1:131:173:0:0 chr2 96943433 . G C 825.01 PASS AF=0.5;AO=195;DP=390;FAO=195;FDP=390;FR=.;FRO=195;FSAF=96;FSAR=99;FSRF=76;FSRR=119;FWDB=0.00360832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.554;QD=8.46162;RBI=0.00661198;REFB=0.00174031;REVB=-0.0055406;RO=195;SAF=96;SAR=99;SRF=76;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093924;STB=0.55137;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00175878;OID=.;OPOS=96943433;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:390:390:195:195:195:195:0.5:99:96:76:119:99:96:76:119 chr2 112656372 . A T 164.56 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=36;FSAR=0;FSRF=35;FSRR=0;FWDB=-0.056405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6815;QD=9.27072;RBI=0.056405;REFB=0.035603;REVB=0;RO=35;SAF=36;SAR=0;SRF=35;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.036175;OID=.;OPOS=112656372;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:0:36:35:0:0:36:35:0 chr2 112725684 . A ATGTGTG,G 1984.84 PASS AF=0.453083,0.340483;AO=186,141;DP=443;FAO=169,127;FDP=373;FR=.;FRO=77;FSAF=149,2;FSAR=20,125;FSRF=60;FSRR=17;FWDB=0.0113357,0.0176196;FXX=0.0674983;HRUN=1,1;LEN=6,1;MLLD=118.586,69.4059;QD=21.2851;RBI=0.0123236,0.0902783;REFB=-0.0303623,-0.0344807;REVB=0.00483452,0.0885421;RO=84;SAF=164,2;SAR=22,139;SRF=67;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.106381,-0.846625;STB=0.568752,0.96455;STBP=0.035,0;TYPE=ins,snp;VARB=0.01205,0.0246405;OID=.,.;OPOS=112725685,112725684;OREF=-,A;OALT=TGTGTG,G;OMAPALT=ATGTGTG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:443:373:84:77:186,141:169,127:0.453083,0.340483:22,139:164,2:67:17:20,125:149,2:60:17 chr2 112751928 . G A 3083.98 PASS AF=1;AO=303;DP=304;FAO=324;FDP=324;FR=.;FRO=0;FSAF=171;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301904;FXX=0.00307683;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.048;QD=38.0739;RBI=0.0830082;REFB=-0.00907438;REVB=0.0773234;RO=1;SAF=171;SAR=132;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00278116;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07443e-05;OID=.;OPOS=112751928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:304:324:1:0:303:324:1:132:171:1:0:153:171:0:0 chr2 112755001 . A G 3846.59 PASS AF=1;AO=427;DP=429;FAO=400;FDP=400;FR=.;FRO=0;FSAF=216;FSAR=184;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1339;QD=38.4659;RBI=0.0374998;REFB=0;REVB=0.0239635;RO=0;SAF=231;SAR=196;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.74569e-06;OID=.;OPOS=112755001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:429:400:0:0:427:400:1:196:231:0:0:184:216:0:0 chr2 112765973 . A G 1759.13 PASS AF=1;AO=184;DP=184;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=183;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0582819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.95;QD=38.242;RBI=0.0611645;REFB=0;REVB=0.0185558;RO=0;SAF=1;SAR=183;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61055e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00023899;OID=.;OPOS=112765973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:83:184:184:0:0:184:184:1:183:1:0:0:183:1:0:0 chr2 112776979 . C A 396.45 PASS AF=0.489691;AO=95;DP=194;FAO=95;FDP=194;FR=.;FRO=99;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=54;FSRR=45;FWDB=-0.0334425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.735;QD=8.17429;RBI=0.0336011;REFB=-0.0505923;REVB=0.00326067;RO=99;SAF=49;SAR=46;SRF=54;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275468;STB=0.515165;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.049599;OID=.;OPOS=112776979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:99:99:95:95:0.489691:46:49:54:45:46:49:54:45 chr2 112785891 . C T 188.46 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0134469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=343.571;QD=8.28393;RBI=0.0139412;REFB=-0.0273099;REVB=0.00367947;RO=47;SAF=26;SAR=18;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157338;STB=0.50875;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0283943;OID=.;OPOS=112785891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:47:44:44:0.483516:18:26:27:20:18:26:27:20 chr2 112786049 . G A 274.85 PASS AF=0.436047;AO=74;DP=171;FAO=75;FDP=172;FR=.;FRO=97;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=-0.0112534;FXX=0.0114936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9403;QD=6.39175;RBI=0.0132257;REFB=-0.0167133;REVB=0.00694851;RO=95;SAF=36;SAR=38;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342093;STB=0.522415;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.021903;OID=.;OPOS=112786049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:95:97:74:75:0.436047:38:36:43:52:38:37:44:53 chr2 112786357 . G A 771.85 PASS AF=0.508523;AO=179;DP=352;FAO=179;FDP=352;FR=.;FRO=173;FSAF=78;FSAR=101;FSRF=94;FSRR=79;FWDB=-0.010312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.95;QD=8.77098;RBI=0.0167796;REFB=0.00113812;REVB=0.0132369;RO=173;SAF=78;SAR=101;SRF=94;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969417;STB=0.553031;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00101571;OID=.;OPOS=112786357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:352:352:173:173:179:179:0.508523:101:78:94:79:101:78:94:79 chr2 167060449 . A T 1403.03 PASS AF=0.980645;AO=152;DP=155;FAO=152;FDP=155;FR=.;FRO=3;FSAF=89;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-9.17631e-05;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=299.825;QD=36.2072;RBI=0.0174988;REFB=-0.024157;REVB=-0.0174986;RO=3;SAF=89;SAR=63;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00307823;STB=0.501619;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=1.9545e-05;OID=.;OPOS=167060449;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:45:155:155:3:3:152:152:0.980645:63:89:2:1:63:89:2:1 chr2 167090042 . G A 1024.94 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.939;QD=38.3153;RBI=0.0444066;REFB=0;REVB=0.0121481;RO=0;SAF=52;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.93858e-05;OID=.;OPOS=167090042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:48:106:107:0:0:106:107:1:54:52:0:0:54:53:0:0 chr2 167099158 . A G 2895.36 PASS AF=1;AO=301;DP=302;FAO=302;FDP=302;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=175;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241581;FXX=0.00657873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.734;QD=38.3492;RBI=0.0476156;REFB=0;REVB=0.0410321;RO=0;SAF=126;SAR=175;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39115e-06;OID=.;OPOS=167099158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:302:302:0:0:301:302:1:175:126:0:0:175:127:0:0 chr2 167137119 . G A 3828.27 PASS AF=1;AO=311;DP=441;FAO=396;FDP=396;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=178;FSAR=218;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353477;FXX=0.00999975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.78;QD=38.6694;RBI=0.0572073;REFB=0;REVB=0.0449801;RO=0;SAF=185;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255866;OID=.;OPOS=167137119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:441:396:0:0:311:396:1:126:185:0:0:218:178:0:0 chr2 167144974 . A T 1634.62 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00155488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.746;QD=38.2367;RBI=0.0349708;REFB=0;REVB=-0.0349362;RO=0;SAF=81;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.62531e-05;OID=.;OPOS=167144974;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:77:171:171:0:0:171:171:1:90:81:0:0:90:81:0:0 chr2 167144995 . T C 1639.74 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.169;QD=38.5821;RBI=0.0586568;REFB=0;REVB=0.00417609;RO=0;SAF=80;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.86729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96619e-05;OID=.;OPOS=167144995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:77:170:170:0:0:170:170:1:90:80:0:0:90:80:0:0 chr2 167145142 . A G 1409.72 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00134497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.632;QD=38.3596;RBI=0.0255468;REFB=0;REVB=0.0255113;RO=0;SAF=92;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58604e-05;OID=.;OPOS=167145142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:66:147:147:0:0:146:147:1:54:92:0:0:54:93:0:0 chr2 167149693 . G A 1119.03 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231338;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.345;QD=37.9333;RBI=0.0629261;REFB=-0.0888424;REVB=0.0585194;RO=1;SAF=65;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00887722;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573261;OID=.;OPOS=167149693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:45:119:118:1:0:118:118:1:53:65:0:1:53:65:0:0 chr2 167162277 . G A 3676.09 PASS AF=1;AO=381;DP=381;FAO=383;FDP=383;FR=.;FRO=0;FSAF=208;FSAR=175;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061464;FXX=0.00519467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9323;QD=38.3926;RBI=0.0699327;REFB=0;REVB=-0.033358;RO=0;SAF=207;SAR=174;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.32033e-05;OID=.;OPOS=167162277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:381:383:0:0:381:383:1:174:207:0:0:175:208:0:0 chr2 167163043 . T C 1363.27 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5164;QD=38.1336;RBI=0.0835379;REFB=0;REVB=0.0547322;RO=0;SAF=87;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.32469e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490468;OID=.;OPOS=167163043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:65:143:143:0:0:143:143:1:56:87:0:0:56:87:0:0 chr2 167168093 . C T 2770.43 PASS AF=1;AO=290;DP=290;FAO=289;FDP=289;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=171;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013709;FXX=0.00687262;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.619;QD=38.3451;RBI=0.0327677;REFB=0;REVB=0.0297621;RO=0;SAF=118;SAR=172;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65073e-06;OID=.;OPOS=167168093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:290:289:0:0:290:289:1:172:118:0:0:171:118:0:0 chr2 175624118 . A T 123.04 PASS AF=0.378641;AO=38;DP=99;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=39;FSAR=0;FSRF=64;FSRR=0;FWDB=-0.0288684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7119;QD=4.77833;RBI=0.0288684;REFB=-0.144614;REVB=0;RO=61;SAF=38;SAR=0;SRF=61;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0355826;OID=.;OPOS=175624118;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:103:61:64:38:39:0.378641:0:38:61:0:0:39:64:0 chr2 182413238 . C T 677.25 PASS AF=0.610577;AO=127;DP=208;FAO=127;FDP=208;FR=.;FRO=81;FSAF=66;FSAR=61;FSRF=52;FSRR=29;FWDB=-0.0111681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.185;QD=13.024;RBI=0.027559;REFB=-0.0232894;REVB=0.0251947;RO=81;SAF=66;SAR=61;SRF=52;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088672;STB=0.547869;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00487184;OID=.;OPOS=182413238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:81:81:127:127:0.610577:61:66:52:29:61:66:52:29 chr2 182413259 . A G 227.87 PASS AF=0.375;AO=75;DP=208;FAO=75;FDP=200;FR=.;FRO=125;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=64;FSRR=61;FWDB=-0.000145798;FXX=0.0521302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.929;QD=4.55746;RBI=0.0272114;REFB=0.000413129;REVB=0.027211;RO=133;SAF=46;SAR=29;SRF=64;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150406;STB=0.564785;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00091751;OID=.;OPOS=182413259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:200:133:125:75:75:0.375:29:46:64:69:29:46:64:61 chr2 182413602 . A T 405.37 PASS AF=0.470046;AO=102;DP=217;FAO=102;FDP=217;FR=.;FRO=115;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=49;FSRR=66;FWDB=-0.0692729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.2646;QD=7.47233;RBI=0.0970749;REFB=-0.00182337;REVB=0.0680059;RO=115;SAF=43;SAR=59;SRF=49;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00444062;STB=0.502453;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0020524;OID=.;OPOS=182413602;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:115:115:102:102:0.470046:59:43:49:66:59:43:49:66 chr2 182414358 . T C 911.09 PASS AF=0.5175;AO=250;DP=484;FAO=207;FDP=400;FR=.;FRO=193;FSAF=102;FSAR=105;FSRF=82;FSRR=111;FWDB=-0.0281817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4303;QD=9.11092;RBI=0.0283792;REFB=-0.00456079;REVB=-0.0033423;RO=233;SAF=125;SAR=125;SRF=104;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474483;STB=0.532788;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0045284;OID=.;OPOS=182414358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:484:400:233:193:250:207:0.5175:125:125:104:129:105:102:82:111 chr2 182521578 . G A 291.21 PASS AF=0.47651;AO=69;DP=147;FAO=71;FDP=149;FR=.;FRO=78;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=-0.0132408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.235;QD=7.81768;RBI=0.0538519;REFB=0.00892702;REVB=0.0521987;RO=78;SAF=42;SAR=27;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442872;STB=0.514782;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.00892488;OID=.;OPOS=182521578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:78:78:69:71:0.47651:27:42:44:34:29:42:44:34 chr2 189854746 . G A 469.49 PASS AF=0.434783;AO=126;DP=295;FAO=130;FDP=299;FR=.;FRO=169;FSAF=79;FSAR=51;FSRF=103;FSRR=66;FWDB=0.0763202;FXX=0.00333322;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.67;QD=6.28086;RBI=0.0767745;REFB=0.0130562;REVB=0.00833956;RO=168;SAF=75;SAR=51;SRF=102;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127271;STB=0.501052;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.0165813;OID=.;OPOS=189854746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:299:168:169:126:130:0.434783:51:75:102:66:51:79:103:66 chr2 189859073 . T A 261.23 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=95;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=41;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.000264133;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=312.554;QD=10.9992;RBI=0.00581157;REFB=-0.00690281;REVB=0.00580557;RO=42;SAF=41;SAR=12;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15966;STB=0.588079;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00454044;OID=.;OPOS=189859073;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:42:42:53:53:0.557895:12:41:26:16:12:41:26:16 chr2 189860792 . T C 42.81 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0168107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.742;QD=4.50605;RBI=0.0177924;REFB=-0.0128422;REVB=-0.00582826;RO=25;SAF=9;SAR=4;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242723;STB=0.645339;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0340839;OID=.;OPOS=189860792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:38:38:25:25:13:13:0.342105:4:9:12:13:4:9:12:13 chr2 189860996 . G A 67.24 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0445915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4267;QD=11.2059;RBI=0.0455828;REFB=-0.0471561;REVB=-0.00945446;RO=11;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201895;STB=0.615207;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0601432;OID=.;OPOS=189860996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:24:24:11:11:13:13:0.541667:5:8:4:7:5:8:4:7 chr2 189861012 . ATATGTATATC A 12.1 PASS AF=0.210526;AO=4;DP=26;FAO=4;FDP=19;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0079661;FXX=0.269127;HRUN=1;LEN=10;MLLD=123.545;QD=2.54658;RBI=0.144129;REFB=-0.0424835;REVB=-0.143909;RO=11;SAF=1;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485919;STB=0.728556;STBP=0.364;TYPE=del;VARB=0.150348;OID=.;OPOS=189861013;OREF=TATGTATATC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.210526:4:26:4:19:15:1:3:8:7:12:11:1:3:8:3 chr2 189861031 . T C 126.95 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.137789;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0862;QD=19.5313;RBI=0.151682;REFB=-0.0606533;REVB=0.0634153;RO=7;SAF=11;SAR=8;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210713;STB=0.61588;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0333604;OID=.;OPOS=189861031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:26:26:7:7:19:19:0.730769:8:11:1:6:8:11:1:6 chr2 189862352 . G A 447.26 PASS AF=0.507389;AO=103;DP=203;FAO=103;FDP=203;FR=.;FRO=100;FSAF=40;FSAR=63;FSRF=48;FSRR=52;FWDB=-0.0700001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.136;QD=8.81294;RBI=0.0902721;REFB=-0.00134335;REVB=-0.0570004;RO=96;SAF=40;SAR=63;SRF=48;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1008;STB=0.546521;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00056534;OID=.;OPOS=189862352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:96:100:103:103:0.507389:63:40:48:48:63:40:48:52 chr2 189863389 . C T 622.48 PASS AF=0.487097;AO=151;DP=310;FAO=151;FDP=310;FR=.;FRO=159;FSAF=90;FSAR=61;FSRF=71;FSRR=88;FWDB=-0.00390875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.719;QD=8.03197;RBI=0.00412242;REFB=0.00531028;REVB=0.00130997;RO=159;SAF=90;SAR=61;SRF=71;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14053;STB=0.577236;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00651145;OID=.;OPOS=189863389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:310:159:159:151:151:0.487097:61:90:71:88:61:90:71:88 chr2 189864080 . G A 350.81 PASS AF=0.461538;AO=90;DP=195;FAO=90;FDP=195;FR=.;FRO=105;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=71;FSRR=34;FWDB=-0.0398693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.694;QD=7.19616;RBI=0.0571441;REFB=0.00667728;REVB=-0.0409376;RO=102;SAF=54;SAR=36;SRF=68;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678402;STB=0.543469;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00806119;OID=.;OPOS=189864080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:102:105:90:90:0.461538:36:54:68:34:36:54:71:34 chr2 189866199 . T A 1730.97 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=402.88;QD=38.2534;RBI=0.0506547;REFB=0;REVB=0.0460732;RO=0;SAF=45;SAR=135;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11243e-05;OID=.;OPOS=189866199;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:82:180:181:0:0:180:181:1:135:45:0:0:135:46:0:0 chr2 189866342 . AC A 398.44 PASS AF=0.494737;AO=91;DP=190;FAO=94;FDP=190;FR=.;FRO=96;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=34;FSRR=62;FWDB=-0.00395303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.108;QD=8.38811;RBI=0.0499503;REFB=0.0150029;REVB=-0.0497937;RO=92;SAF=42;SAR=49;SRF=30;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126168;STB=0.558212;STBP=0.129;TYPE=del;VARB=-0.0115159;OID=.;OPOS=189866343;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.494737:91:190:94:190:96:44:50:34:62:99:92:42:49:30:62 chr2 189867844 . T A 590.45 PASS AF=0.470219;AO=153;DP=325;FAO=150;FDP=319;FR=.;FRO=169;FSAF=72;FSAR=78;FSRF=74;FSRR=95;FWDB=0.128047;FXX=0.018461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6994;QD=7.40376;RBI=0.138567;REFB=0.0211013;REVB=-0.0529596;RO=172;SAF=75;SAR=78;SRF=77;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409073;STB=0.522393;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.0238648;OID=.;OPOS=189867844;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:319:172:169:153:150:0.470219:78:75:77:95:78:72:74:95 chr2 189867882 . C T 353.6 PASS AF=0.437229;AO=103;DP=236;FAO=101;FDP=231;FR=.;FRO=130;FSAF=25;FSAR=76;FSRF=32;FSRR=98;FWDB=0.0698312;FXX=0.0253154;HRUN=6;LEN=1;MLLD=50.7209;QD=6.12296;RBI=0.0706124;REFB=-0.0312042;REVB=0.010475;RO=131;SAF=27;SAR=76;SRF=35;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00653831;STB=0.501036;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0535851;OID=.;OPOS=189867882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:231:131:130:103:101:0.437229:76:27:35:96:76:25:32:98 chr2 189868381 . G A 419.66 PASS AF=0.438931;AO=115;DP=262;FAO=115;FDP=262;FR=.;FRO=147;FSAF=69;FSAR=46;FSRF=82;FSRR=65;FWDB=-0.0102914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.774;QD=6.40702;RBI=0.0113038;REFB=-0.018316;REVB=-0.00467573;RO=147;SAF=69;SAR=46;SRF=82;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439209;STB=0.524405;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0218151;OID=.;OPOS=189868381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:147:147:115:115:0.438931:46:69:82:65:46:69:82:65 chr2 189868410 . C T 419.53 PASS AF=0.438931;AO=115;DP=262;FAO=115;FDP=262;FR=.;FRO=147;FSAF=68;FSAR=47;FSRF=82;FSRR=65;FWDB=-0.0776746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0274;QD=6.40499;RBI=0.0783607;REFB=-0.0290324;REVB=-0.0103463;RO=147;SAF=68;SAR=47;SRF=82;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347271;STB=0.519293;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.035963;OID=.;OPOS=189868410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:147:147:115:115:0.438931:47:68:82:65:47:68:82:65 chr2 189875421 . T G 2306.19 PASS AF=1;AO=241;DP=241;FAO=241;FDP=241;FR=.;FRO=0;FSAF=167;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00102757;FXX=0.00413206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.151;QD=38.2771;RBI=0.00723595;REFB=0;REVB=0.00716262;RO=0;SAF=167;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43175e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1207e-06;OID=.;OPOS=189875421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:241:241:0:0:241:241:1:74:167:0:0:74:167:0:0 chr2 189899572 . T C 2297.9 PASS AF=1;AO=240;DP=242;FAO=242;FDP=242;FR=.;FRO=0;FSAF=198;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567468;FXX=0.00411506;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.678;QD=37.9817;RBI=0.0658027;REFB=-0.0425729;REVB=0.0333137;RO=1;SAF=196;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00242573;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308592;OID=.;OPOS=189899572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:242:242:1:0:240:242:1:44:196:1:0:44:198:0:0 chr2 189904203 . A G 592.78 PASS AF=0.483333;AO=145;DP=300;FAO=145;FDP=300;FR=.;FRO=155;FSAF=91;FSAR=54;FSRF=87;FSRR=68;FWDB=-0.0056422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=349.254;QD=7.90375;RBI=0.0369648;REFB=0.00234816;REVB=0.0365317;RO=155;SAF=91;SAR=54;SRF=87;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653305;STB=0.535961;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.00242102;OID=.;OPOS=189904203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:300:155:155:145:145:0.483333:54:91:87:68:54:91:87:68 chr2 189904233 . T G 592.78 PASS AF=0.483333;AO=144;DP=300;FAO=145;FDP=300;FR=.;FRO=155;FSAF=91;FSAR=54;FSRF=84;FSRR=71;FWDB=0.00280919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.465;QD=7.90375;RBI=0.0112874;REFB=-0.00535852;REVB=0.0109323;RO=155;SAF=91;SAR=53;SRF=84;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886938;STB=0.546212;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0212326;OID=.;OPOS=189904233;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:300:155:155:144:145:0.483333:53:91:84:71:54:91:84:71 chr2 189907937 . A G 2071.32 PASS AF=1;AO=216;DP=216;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.091383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8247;QD=38.3577;RBI=0.101294;REFB=0;REVB=0.0436984;RO=0;SAF=108;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00048738;OID=.;OPOS=189907937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:98:216:216:0:0:216:216:1:108:108:0:0:108:108:0:0 chr2 189918337 . T C 2604.21 PASS AF=1;AO=271;DP=271;FAO=272;FDP=272;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=183;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0949;QD=38.2972;RBI=0.0726028;REFB=0;REVB=0.051215;RO=0;SAF=88;SAR=183;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.27243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306707;OID=.;OPOS=189918337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:271:272:0:0:271:272:1:183:88:0:0:183:89:0:0 chr2 189923104 . A G 2817.84 PASS AF=1;AO=294;DP=294;FAO=294;FDP=294;FR=.;FRO=0;FSAF=174;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.515;QD=38.338;RBI=0.0481058;REFB=0;REVB=0.0393754;RO=0;SAF=174;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.56006e-06;OID=.;OPOS=189923104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:294:294:0:0:294:294:1:120:174:0:0:120:174:0:0 chr2 189927506 . C G 2350.53 PASS AF=1;AO=245;DP=246;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00700058;FXX=0.00406488;HRUN=3;LEN=1;MLLD=380.058;QD=38.376;RBI=0.00925435;REFB=0;REVB=0.00605268;RO=0;SAF=146;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.8691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95804e-06;OID=.;OPOS=189927506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:246:245:0:0:245:245:1:99:146:0:0:99:146:0:0 chr2 189932831 . T C 2293.33 PASS AF=1;AO=238;DP=238;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00577843;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.618;QD=38.5433;RBI=0.0301411;REFB=0;REVB=0.029582;RO=0;SAF=110;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.01168e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139202;OID=.;OPOS=189932831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:238:238:0:0:238:238:1:128:110:0:0:128:110:0:0 chr2 189948651 . G T 317.84 PASS AF=0.470238;AO=80;DP=169;FAO=79;FDP=168;FR=.;FRO=89;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=-0.0134671;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.182;QD=7.56753;RBI=0.0156618;REFB=-0.00090778;REVB=0.00799573;RO=88;SAF=42;SAR=38;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00215852;STB=0.507858;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00127474;OID=.;OPOS=189948651;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:88:89:80:79:0.470238:38:42:46:42:37:42:46:43 chr2 189948696 . G A 316.31 PASS AF=0.467456;AO=80;DP=170;FAO=79;FDP=169;FR=.;FRO=90;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=-0.00206077;FXX=0.00588201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.093;QD=7.48668;RBI=0.00877904;REFB=0.00379456;REVB=-0.00853374;RO=90;SAF=39;SAR=41;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225874;STB=0.509285;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.00408722;OID=.;OPOS=189948696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:90:90:80:79:0.467456:41:39:46:44:40:39:46:44 chr2 189949759 . C T 185.53 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=41;FSAR=0;FSRF=40;FSRR=0;FWDB=-0.0112375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=385.579;QD=9.1622;RBI=0.0112375;REFB=-0.0221302;REVB=0;RO=40;SAF=41;SAR=0;SRF=40;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0218963;OID=.;OPOS=189949759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:0:41:40:0:0:41:40:0 chr2 189949786 . TG AT 193.59 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=41;FSAR=1;FSRF=39;FSRR=0;FWDB=-0.000360199;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=2;MLLD=266.664;QD=9.55988;RBI=0.00470937;REFB=-0.00276354;REVB=0.00469558;RO=39;SAF=41;SAR=1;SRF=39;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3003;STB=0.661103;STBP=0.772;TYPE=mnp;VARB=0.00261145;OID=.;OPOS=189949786;OREF=TG;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:39:39:42:42:0.518519:1:41:39:0:1:41:39:0 chr2 189950556 . G A 740.01 PASS AF=0.544218;AO=157;DP=297;FAO=160;FDP=294;FR=.;FRO=134;FSAF=62;FSAR=98;FSRF=57;FSRR=77;FWDB=-0.143043;FXX=0.0101007;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.651;QD=10.0682;RBI=0.143377;REFB=0.00241958;REVB=0.00978121;RO=134;SAF=59;SAR=98;SRF=57;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440958;STB=0.518033;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.00208228;OID=.;OPOS=189950556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:294:134:134:157:160:0.544218:98:59:57:77:98:62:57:77 chr2 189953285 . A AAATG 2337.8 PASS AF=1;AO=238;DP=255;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0087808;FXX=0.0159994;HRUN=3;LEN=4;MLLD=198.995;QD=38.013;RBI=0.0246338;REFB=-0.00514196;REVB=0.0230157;RO=17;SAF=130;SAR=108;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431572;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.86186e-05;OID=.;OPOS=189953286;OREF=-;OALT=AATG;OMAPALT=AAATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:238:255:246:246:0:137:109:0:0:99:17:130:108:15:2 chr2 189953508 . C T 567.43 PASS AF=0.507752;AO=131;DP=258;FAO=131;FDP=258;FR=.;FRO=127;FSAF=71;FSAR=60;FSRF=61;FSRR=66;FWDB=-0.0125389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.68;QD=8.79733;RBI=0.0153202;REFB=0.013827;REVB=-0.00880256;RO=127;SAF=71;SAR=60;SRF=61;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055508;STB=0.530412;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.0128226;OID=.;OPOS=189953508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:127:127:131:131:0.507752:60:71:61:66:60:71:61:66 chr2 189953551 . G A 562.12 PASS AF=0.507812;AO=130;DP=256;FAO=130;FDP=256;FR=.;FRO=126;FSAF=69;FSAR=61;FSRF=59;FSRR=67;FWDB=-0.0096028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.821;QD=8.78314;RBI=0.00961182;REFB=0.0068;REVB=0.000416284;RO=126;SAF=69;SAR=61;SRF=59;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561573;STB=0.530765;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.0177715;OID=.;OPOS=189953551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:256:256:126:126:130:130:0.507812:61:69:59:67:61:69:59:67 chr2 189964747 . G T 572.85 PASS AF=0.539474;AO=123;DP=229;FAO=123;FDP=228;FR=.;FRO=105;FSAF=74;FSAR=49;FSRF=67;FSRR=38;FWDB=-0.0758344;FXX=0.00436662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.029;QD=10.0499;RBI=0.0867091;REFB=0.0190506;REVB=0.0420428;RO=106;SAF=74;SAR=49;SRF=67;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271214;STB=0.517642;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.0154995;OID=.;OPOS=189964747;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:228:106:105:123:123:0.539474:49:74:67:39:49:74:67:38 chr2 189964891 . A G 733.85 PASS AF=0.517028;AO=167;DP=324;FAO=167;FDP=323;FR=.;FRO=156;FSAF=96;FSAR=71;FSRF=94;FSRR=62;FWDB=-0.0265045;FXX=0.00615366;HRUN=5;LEN=1;MLLD=190.498;QD=9.08797;RBI=0.0285932;REFB=-0.0126914;REVB=0.0107275;RO=154;SAF=96;SAR=71;SRF=92;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203387;STB=0.513747;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0123431;OID=.;OPOS=189964891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:323:154:156:167:167:0.517028:71:96:92:62:71:96:94:62 chr2 189974958 . G T 3043.65 PASS AF=1;AO=316;DP=317;FAO=318;FDP=318;FR=.;FRO=0;FSAF=171;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.08219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6651;QD=38.2849;RBI=0.0894717;REFB=0;REVB=0.0353552;RO=1;SAF=169;SAR=147;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00281429;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011236;OID=.;OPOS=189974958;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:317:318:1:0:316:318:1:147:169:1:0:147:171:0:0 chr2 191111045 . A G 355.81 PASS AF=0.519737;AO=79;DP=152;FAO=79;FDP=152;FR=.;FRO=73;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=-0.00661858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=391.943;QD=9.3634;RBI=0.00662574;REFB=0.00687299;REVB=-0.000307923;RO=73;SAF=34;SAR=45;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297;STB=0.51629;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.00638821;OID=.;OPOS=191111045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:73:73:79:79:0.519737:45:34:29:44:45:34:29:44 chr2 191161622 . T C 2087.19 PASS AF=1;AO=217;DP=217;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054686;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.492;QD=38.4736;RBI=0.0581553;REFB=0;REVB=-0.0197858;RO=0;SAF=95;SAR=122;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47675e-05;OID=.;OPOS=191161622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:98:217:217:0:0:217:217:1:122:95:0:0:122:95:0:0 chr2 191184475 . A G 1552.47 PASS AF=1;AO=162;DP=162;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00978005;FXX=0.0240949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.582;QD=38.3325;RBI=0.0187716;REFB=0;REVB=0.0160226;RO=0;SAF=44;SAR=118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54336e-06;OID=.;OPOS=191184475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:73:162:162:0:0:162:162:1:118:44:0:0:118:44:0:0 chr2 220283259 . A G 883.87 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00102797;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.009;QD=38.0159;RBI=0.0470266;REFB=0;REVB=-0.0470153;RO=0;SAF=42;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000584793;OID=.;OPOS=220283259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:42:94:93:0:0:93:93:1:51:42:0:0:51:42:0:0 chr2 220283277 . T C 844.54 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.005654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.892;QD=38.3881;RBI=0.00896416;REFB=0;REVB=-0.00695618;RO=0;SAF=36;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.4798e-06;OID=.;OPOS=220283277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:40:88:88:0:0:88:88:1:52:36:0:0:52:36:0:0 chr2 220283826 . T G 615.95 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00887776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=429.124;QD=37.9049;RBI=0.00889697;REFB=0;REVB=-0.000584459;RO=0;SAF=19;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.25329e-06;OID=.;OPOS=220283826;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:65:65:0:0:64:65:1:45:19:0:0:46:19:0:0 chr2 220284779 . C T 842.98 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.1;QD=38.3172;RBI=0.0552027;REFB=0;REVB=-0.0468133;RO=0;SAF=74;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.26992e-05;OID=.;OPOS=220284779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:40:88:88:0:0:88:88:1:14:74:0:0:14:74:0:0 chr2 220284876 . C T 806.53 PASS AF=0.501319;AO=189;DP=378;FAO=190;FDP=379;FR=.;FRO=189;FSAF=80;FSAR=110;FSRF=87;FSRR=102;FWDB=0.0130024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.358;QD=8.5122;RBI=0.0273184;REFB=-0.0320974;REVB=-0.0240256;RO=189;SAF=79;SAR=110;SRF=87;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394156;STB=0.519953;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0295997;OID=.;OPOS=220284876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:378:379:189:189:189:190:0.501319:110:79:87:102:110:80:87:102 chr2 223096709 . G C 2014.42 PASS AF=1;AO=215;DP=218;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00405461;FXX=0.0137608;HRUN=7;LEN=1;MLLD=327.865;QD=37.4777;RBI=0.0116076;REFB=-0.0542658;REVB=0.0108764;RO=3;SAF=118;SAR=97;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119565;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32446e-05;OID=.;OPOS=223096709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:72:218:215:3:0:215:215:1:97:118:3:0:97:118:0:0 chr2 223161624 . A G 1622.67 PASS AF=1;AO=169;DP=180;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019153;FXX=0.0607701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.719;QD=38.1804;RBI=0.0239436;REFB=0;REVB=-0.0143687;RO=0;SAF=84;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.58155e-05;OID=.;OPOS=223161624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:77:180:170:0:0:169:170:1:85:84:0:0:85:85:0:0 chr2 223161889 . A G 830.15 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0796793;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.45;QD=36.8957;RBI=0.0928279;REFB=-0.0204314;REVB=0.0476259;RO=1;SAF=45;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104156;STB=0.505493;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00142365;OID=.;OPOS=223161889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:32:91:90:1:1:89:89:0.988889:44:45:1:0:44:45:1:0 chr2 223162024 . T G 978.46 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=375.469;QD=37.9984;RBI=0.0498304;REFB=0;REVB=0.0341691;RO=0;SAF=45;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.38956e-05;OID=.;OPOS=223162024;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:46:103:103:0:0:103:103:1:58:45:0:0:58:45:0:0 chr3 14180552 . A G 723.81 PASS AF=0.466165;AO=192;DP=409;FAO=186;FDP=399;FR=.;FRO=213;FSAF=100;FSAR=86;FSRF=100;FSRR=113;FWDB=-0.00472619;FXX=0.00249994;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9671;QD=7.25623;RBI=0.0958366;REFB=-0.0144029;REVB=-0.09572;RO=217;SAF=103;SAR=89;SRF=102;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640108;STB=0.536384;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.015675;OID=.;OPOS=14180552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:409:399:217:213:192:186:0.466165:89:103:102:115:86:100:100:113 chr3 14180633 . C T 563.08 PASS AF=0.419847;AO=165;DP=394;FAO=165;FDP=393;FR=.;FRO=228;FSAF=74;FSAR=91;FSRF=106;FSRR=122;FWDB=0.0320106;FXX=0.00253801;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.458;QD=5.73104;RBI=0.0786393;REFB=-0.00793014;REVB=0.0718294;RO=211;SAF=74;SAR=91;SRF=90;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225204;STB=0.509612;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0106587;OID=.;OPOS=14180633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:394:393:211:228:165:165:0.419847:91:74:90:121:91:74:106:122 chr3 30713126 . T A 530.12 PASS AF=0.48855;AO=128;DP=262;FAO=128;FDP=262;FR=.;FRO=134;FSAF=66;FSAR=62;FSRF=64;FSRR=70;FWDB=0.00562497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.526;QD=8.09337;RBI=0.0174796;REFB=-0.00483976;REVB=-0.0165498;RO=133;SAF=66;SAR=62;SRF=64;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031915;STB=0.519434;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00470589;OID=.;OPOS=30713126;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:133:134:128:128:0.48855:62:66:64:69:62:66:64:70 chr3 38592406 . A G 1749.67 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00357509;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5184;QD=38.244;RBI=0.0474245;REFB=0;REVB=0.0472895;RO=0;SAF=80;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.13156e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149881;OID=.;OPOS=38592406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:83:183:183:0:0:183:183:1:103:80:0:0:103:80:0:0 chr3 38618080 . A G 117.63 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.00738581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9791;QD=5.0054;RBI=0.108934;REFB=0.0108042;REVB=-0.108684;RO=58;SAF=29;SAR=7;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347955;STB=0.701156;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0171476;OID=.;OPOS=38618080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:58:58:36:36:0.382979:7:29:31:27:7:29:31:27 chr3 38622467 . T C 461 PASS AF=0.5;AO=108;DP=216;FAO=108;FDP=216;FR=.;FRO=108;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=48;FSRR=60;FWDB=0.00366924;FXX=0.00460808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9524;QD=8.53699;RBI=0.0156295;REFB=0.029846;REVB=0.0151927;RO=108;SAF=54;SAR=54;SRF=48;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505881;STB=0.527773;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.0313256;OID=.;OPOS=38622467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:108:108:108:108:0.5:54:54:48:60:54:54:48:60 chr3 38622868 . G A 755.12 PASS AF=0.561151;AO=156;DP=278;FAO=156;FDP=278;FR=.;FRO=122;FSAF=85;FSAR=71;FSRF=54;FSRR=68;FWDB=-0.0290916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6483;QD=10.8651;RBI=0.0372656;REFB=-0.0256647;REVB=0.0232896;RO=122;SAF=85;SAR=71;SRF=54;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826166;STB=0.544866;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0205485;OID=.;OPOS=38622868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:278:122:122:156:156:0.561151:71:85:54:68:71:85:54:68 chr3 38674712 . T C 2636.91 PASS AF=1;AO=275;DP=275;FAO=275;FDP=275;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=178;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00863727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.094;QD=38.355;RBI=0.0140333;REFB=0;REVB=-0.0110603;RO=0;SAF=97;SAR=178;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14314e-06;OID=.;OPOS=38674712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:275:275:0:0:275:275:1:178:97:0:0:178:97:0:0 chr3 48602523 . G GGGC 1769.74 PASS AF=1;AO=183;DP=194;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=187;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230271;FXX=0.0309262;HRUN=2;LEN=3;MLLD=379.403;QD=37.6541;RBI=0.0255075;REFB=0.00443169;REVB=0.0109721;RO=5;SAF=1;SAR=182;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128989;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-7.87867e-07;OID=.;OPOS=48602524;OREF=-;OALT=GGC;OMAPALT=GGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:183:194:188:188:0:1:187:0:0:76:5:1:182:0:5 chr3 48604016 . C G 1057.48 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0811;QD=38.1073;RBI=0.0723218;REFB=0;REVB=-0.0723218;RO=0;SAF=0;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000393475;OID=.;OPOS=48604016;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:50:111:111:0:0:111:111:1:111:0:0:0:111:0:0:0 chr3 48625266 . T C 2962.17 PASS AF=1;AO=308;DP=308;FAO=308;FDP=308;FR=.;FRO=0;FSAF=155;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.732;QD=38.4698;RBI=0.0241213;REFB=0;REVB=-0.0140853;RO=0;SAF=155;SAR=153;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58392e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.58591e-05;OID=.;OPOS=48625266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:308:308:0:0:308:308:1:153:155:0:0:153:155:0:0 chr3 63967900 . A G 349.99 PASS AF=0.463542;AO=89;DP=192;FAO=89;FDP=192;FR=.;FRO=103;FSAF=57;FSAR=32;FSRF=65;FSRR=38;FWDB=-0.00142234;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=370.095;QD=7.29154;RBI=0.00215527;REFB=-0.0196044;REVB=0.0016193;RO=103;SAF=57;SAR=32;SRF=65;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00983624;STB=0.505446;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0223986;OID=.;OPOS=63967900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:103:103:89:89:0.463542:32:57:65:38:32:57:65:38 chr3 63981635 . C T 466.24 PASS AF=0.461538;AO=119;DP=259;FAO=120;FDP=260;FR=.;FRO=140;FSAF=60;FSAR=60;FSRF=71;FSRR=69;FWDB=-0.0206111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.728;QD=7.17284;RBI=0.0804071;REFB=-0.0492864;REVB=0.0777205;RO=140;SAF=60;SAR=59;SRF=71;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00287563;STB=0.503846;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.064326;OID=.;OPOS=63981635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:260:140:140:119:120:0.461538:59:60:71:69:60:60:71:69 chr3 63982082 . G A 2807.47 PASS AF=1;AO=281;DP=282;FAO=294;FDP=294;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=162;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226067;FXX=0.00675653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.318;QD=38.1968;RBI=0.028084;REFB=-0.0456077;REVB=0.0166628;RO=1;SAF=119;SAR=162;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00399032;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81914e-05;OID=.;OPOS=63982082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:282:294:1:0:281:294:1:162:119:1:0:162:132:0:0 chr3 81643167 . T C 2027.41 PASS AF=1;AO=213;DP=213;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254742;FXX=0.00469462;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.9527;QD=38.253;RBI=0.0613192;REFB=0;REVB=0.0557773;RO=0;SAF=111;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.66758e-05;OID=.;OPOS=81643167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:96:213:212:0:0:213:212:1:102:111:0:0:101:111:0:0 chr3 81698130 . T C 190.55 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.09299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.654;QD=7.85789;RBI=0.09345;REFB=0.00707272;REVB=-0.00926104;RO=51;SAF=19;SAR=27;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553976;STB=0.530851;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.00926063;OID=.;OPOS=81698130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:51:46:46:0.474227:27:19:24:27:27:19:24:27 chr3 123411589 . G A 2623.79 PASS AF=1;AO=277;DP=281;FAO=278;FDP=278;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026071;FXX=0.0141839;HRUN=2;LEN=1;MLLD=340.339;QD=37.7523;RBI=0.048173;REFB=-0.0843944;REVB=-0.0405086;RO=0;SAF=119;SAR=158;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83446e-05;OID=.;OPOS=123411589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:281:278:0:0:277:278:1:158:119:0:0:159:119:0:0 chr3 123418913 . G A 1653.13 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344328;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.553;QD=38.2228;RBI=0.0346872;REFB=0;REVB=0.00419307;RO=0;SAF=93;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.66898e-05;OID=.;OPOS=123418913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:78:173:173:0:0:173:173:1:80:93:0:0:80:93:0:0 chr3 123440967 . G A 1413.55 PASS AF=1;AO=150;DP=152;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0741804;FXX=0.013157;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.728;QD=37.6946;RBI=0.0742559;REFB=0.0161083;REVB=-0.0033478;RO=1;SAF=93;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00827125;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132432;OID=.;OPOS=123440967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:59:152:150:1:0:150:150:1:57:93:0:1:57:93:0:0 chr3 123444785 . A T 404.35 PASS AF=0.485149;AO=98;DP=205;FAO=98;FDP=202;FR=.;FRO=104;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=50;FSRR=54;FWDB=0.00480842;FXX=0.0146334;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.695;QD=8.00685;RBI=0.0061043;REFB=-0.0106026;REVB=0.00376053;RO=104;SAF=49;SAR=49;SRF=50;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017969;STB=0.509899;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0125112;OID=.;OPOS=123444785;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:202:104:104:98:98:0.485149:49:49:50:54:49:49:50:54 chr3 123451773 . G C 1660.55 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149104;FXX=0.0225976;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.131;QD=38.3943;RBI=0.0350732;REFB=0;REVB=0.0317461;RO=0;SAF=70;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.26119e-06;OID=.;OPOS=123451773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:78:172:173:0:0:172:173:1:102:70:0:0:103:70:0:0 chr3 123452838 . G A 813.59 PASS AF=0.977778;AO=120;DP=126;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0026576;FXX=0.285692;HRUN=4;LEN=1;MLLD=373.191;QD=36.1596;RBI=0.00637654;REFB=-0.00435438;REVB=0.00579633;RO=2;SAF=79;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118734;STB=0.506249;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=6.50605e-05;OID=.;OPOS=123452838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:126:90:2:2:120:88:0.977778:41:79:2:0:9:79:2:0 chr3 129247551 . A G 701.75 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.241;QD=36.9342;RBI=0.0780549;REFB=-0.0801962;REVB=0.0749881;RO=1;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116825;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585003;OID=.;OPOS=129247551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:76:76:1:0:75:76:1:40:35:0:1:41:35:0:0 chr3 129251263 . C T 1258.88 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00209017;FXX=0.0437924;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.298;QD=38.4391;RBI=0.00209017;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=131;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.83622e-05;OID=.;OPOS=129251263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:59:132:131:0:0:131:131:1:0:131:0:0:0:131:0:0 chr4 994452 . C T 2757.15 PASS AF=1;AO=287;DP=287;FAO=287;FDP=287;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=156;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00868255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4079;QD=38.4272;RBI=0.0186826;REFB=0;REVB=-0.0165425;RO=0;SAF=131;SAR=156;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.33235e-05;OID=.;OPOS=994452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:287:287:0:0:287:287:1:156:131:0:0:156:131:0:0 chr4 1795557 . T C 769.12 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.705;QD=37.9811;RBI=0.0370124;REFB=0;REVB=-0.00323557;RO=0;SAF=50;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18617e-05;OID=.;OPOS=1795557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:37:81:81:0:0:81:81:1:31:50:0:0:31:50:0:0 chr4 1801511 . C T 711.61 PASS AF=0.551471;AO=150;DP=272;FAO=150;FDP=272;FR=.;FRO=122;FSAF=108;FSAR=42;FSRF=93;FSRR=29;FWDB=-0.0154095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.489;QD=10.4648;RBI=0.0180154;REFB=-0.0324154;REVB=0.00933288;RO=122;SAF=108;SAR=42;SRF=93;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044245;STB=0.524019;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0219993;OID=.;OPOS=1801511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:272:122:122:150:150:0.551471:42:108:93:29:42:108:93:29 chr4 1806704 . G C,GGC 313.98 PASS AF=0,0.952381;AO=9,26;DP=45;FAO=0,40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=0,40;FSAR=0,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0448562,0.185167;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=12.9407,42.6294;QD=29.9024;RBI=0.0448562,0.185167;REFB=-0.0720394,-0.222501;REVB=0,0;RO=10;SAF=9,26;SAR=0,0;SRF=10;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0867251;OID=.,.;OPOS=1806704,1806705;OREF=G,-;OALT=C,GC;OMAPALT=C,GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:6:45:42:10:2:9,26:0,40:0,0.952381:0,0:9,26:10:0:0,0:0,40:2:0 chr4 1807894 . G A 940.79 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00699148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4889;QD=38.3996;RBI=0.0523979;REFB=0;REVB=0.0519294;RO=0;SAF=70;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284835;OID=.;OPOS=1807894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:44:98:98:0:0:98:98:1:28:70:0:0:28:70:0:0 chr4 2822467 . G T 361.77 PASS AF=0.471204;AO=88;DP=189;FAO=90;FDP=191;FR=.;FRO=101;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=54;FSRR=47;FWDB=-0.00548086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.502;QD=7.57629;RBI=0.0056087;REFB=-0.0188851;REVB=0.00119065;RO=101;SAF=41;SAR=47;SRF=54;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663541;STB=0.530048;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0182865;OID=.;OPOS=2822467;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:191:101:101:88:90:0.471204:47:41:54:47:47:43:54:47 chr4 2826400 . T C 243 PASS AF=0.491379;AO=57;DP=116;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=57;FSAR=0;FSRF=59;FSRR=0;FWDB=-0.0193839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5873;QD=8.37939;RBI=0.0193839;REFB=-0.0688446;REVB=0;RO=59;SAF=57;SAR=0;SRF=59;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0708903;OID=.;OPOS=2826400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:59:59:57:57:0.491379:0:57:59:0:0:57:59:0 chr4 2831348 . C G 30.96 PASS AF=0.214286;AO=21;DP=88;FAO=21;FDP=98;FR=.;FRO=77;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=48;FWDB=0.0283984;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=72.2587;QD=1.26386;RBI=0.0582153;REFB=-0.0316727;REVB=0.0508188;RO=67;SAF=14;SAR=7;SRF=20;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433583;STB=0.718757;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00647916;OID=.;OPOS=2831348;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:88:98:67:77:21:21:0.214286:7:14:20:47:7:14:29:48 chr4 2831383 . T G 194.83 PASS AF=0.518519;AO=41;DP=80;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0067824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.779;QD=9.62113;RBI=0.13229;REFB=-0.0304103;REVB=-0.132116;RO=38;SAF=25;SAR=16;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209153;STB=0.612906;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0190096;OID=.;OPOS=2831383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:38:39:41:42:0.518519:16:25:14:24:17:25:14:25 chr4 2834814 . A C 376.58 PASS AF=0.553191;AO=78;DP=141;FAO=78;FDP=141;FR=.;FRO=63;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.0193405;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.939;QD=10.6831;RBI=0.0251993;REFB=-0.017097;REVB=0.016154;RO=62;SAF=44;SAR=34;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270541;STB=0.510565;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0117245;OID=.;OPOS=2834814;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:62:63:78:78:0.553191:34:44:37:25:34:44:37:26 chr4 3465073 . G T 64.45 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0106237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0131;QD=25.7797;RBI=0.0106237;REFB=-0.123044;REVB=0;RO=2;SAF=8;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0536299;OID=.;OPOS=3465073;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:10:10:2:2:8:8:0.8:0:8:2:0:0:8:2:0 chr4 3475252 . T C 929.66 PASS AF=0.790419;AO=132;DP=167;FAO=132;FDP=167;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=127;FSRF=35;FSRR=0;FWDB=-0.0167312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0859;QD=22.2673;RBI=0.0429369;REFB=-0.00445268;REVB=0.0395429;RO=35;SAF=5;SAR=127;SRF=35;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.713878;STB=0.888806;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00101018;OID=.;OPOS=3475252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:167:167:35:35:132:132:0.790419:127:5:35:0:127:5:35:0 chr4 3487237 . A G 1012.6 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=377.465;QD=38.2113;RBI=0.0187561;REFB=0;REVB=-0.0108733;RO=0;SAF=82;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92245e-06;OID=.;OPOS=3487237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:48:106:106:0:0:106:106:1:24:82:0:0:24:82:0:0 chr4 3487498 . AC CA 444.48 PASS AF=0.971429;AO=46;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=2;MLLD=24.2015;QD=25.3986;RBI=0.127202;REFB=-0.129719;REVB=0.127202;RO=4;SAF=0;SAR=46;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0753919;OID=.;OPOS=3487498;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:70:70:4:2:46:68:0.971429:46:0:0:4:68:0:0:2 chr4 3494600 . A G 366.78 PASS AF=0.515723;AO=81;DP=158;FAO=82;FDP=159;FR=.;FRO=77;FSAF=56;FSAR=26;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=-0.0203588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.894;QD=9.22706;RBI=0.0368003;REFB=0.00231086;REVB=0.0306559;RO=77;SAF=56;SAR=25;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810777;STB=0.539378;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.00230723;OID=.;OPOS=3494600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:77:77:81:82:0.515723:25:56:47:30:26:56:47:30 chr4 3494826 . A C 512.52 PASS AF=0.528037;AO=112;DP=215;FAO=113;FDP=214;FR=.;FRO=101;FSAF=67;FSAR=46;FSRF=54;FSRR=47;FWDB=0.0152004;FXX=0.00925883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.013;QD=9.57984;RBI=0.0241066;REFB=-0.028438;REVB=0.0187104;RO=102;SAF=66;SAR=46;SRF=55;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446415;STB=0.52818;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0303262;OID=.;OPOS=3494826;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:214:102:101:112:113:0.528037:46:66:55:47:46:67:54:47 chr4 3494847 . G A 196.36 PASS AF=0.35;AO=61;DP=209;FAO=70;FDP=200;FR=.;FRO=130;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=76;FSRR=54;FWDB=-0.026961;FXX=0.0521302;HRUN=5;LEN=1;MLLD=165.282;QD=3.92712;RBI=0.0269651;REFB=-0.0311109;REVB=0.000471363;RO=18;SAF=32;SAR=29;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104631;STB=0.518163;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0274915;OID=.;OPOS=3494847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:200:18:130:61:70:0.35:29:32:5:13:31:39:76:54 chr4 3494898 . C T 355.05 PASS AF=0.478022;AO=87;DP=182;FAO=87;FDP=182;FR=.;FRO=95;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=46;FSRR=49;FWDB=0.0537414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.505;QD=7.80324;RBI=0.0542025;REFB=-0.0120179;REVB=-0.00705527;RO=95;SAF=39;SAR=48;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341902;STB=0.518882;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0148279;OID=.;OPOS=3494898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:95:95:87:87:0.478022:48:39:46:49:48:39:46:49 chr4 3495295 . C T 421.73 PASS AF=0.510638;AO=96;DP=188;FAO=96;FDP=188;FR=.;FRO=92;FSAF=34;FSAR=62;FSRF=38;FSRR=54;FWDB=0.107779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.97;QD=8.973;RBI=0.108132;REFB=-0.0196661;REVB=-0.00872536;RO=90;SAF=34;SAR=62;SRF=36;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435469;STB=0.530916;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.017518;OID=.;OPOS=3495295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:90:92:96:96:0.510638:62:34:36:54:62:34:38:54 chr4 15982230 . T A 220.16 PASS AF=0.825397;AO=39;DP=58;FAO=52;FDP=63;FR=.;FRO=11;FSAF=47;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0322071;FXX=0.0156226;HRUN=24;LEN=1;MLLD=19.0414;QD=13.9784;RBI=0.0327695;REFB=-0.0565652;REVB=-0.00604504;RO=17;SAF=39;SAR=0;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.862564;STB=0.61034;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0439411;OID=.;OPOS=15982230;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:58:63:17:11:39:52:0.825397:0:39:13:4:5:47:7:4 chr4 15994019 . G A 668.8 PASS AF=0.494083;AO=135;DP=306;FAO=167;FDP=338;FR=.;FRO=171;FSAF=92;FSAR=75;FSRF=97;FSRR=74;FWDB=0.0448353;FXX=0.0202893;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.058;QD=7.91481;RBI=0.0510184;REFB=-0.0792825;REVB=-0.0243449;RO=135;SAF=64;SAR=71;SRF=94;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201469;STB=0.508373;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0383952;OID=.;OPOS=15994019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:338:135:171:135:167:0.494083:71:64:94:41:75:92:97:74 chr4 16002050 . T C 3250.95 PASS AF=1;AO=338;DP=338;FAO=338;FDP=338;FR=.;FRO=0;FSAF=197;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=354.831;QD=38.4728;RBI=0.0426726;REFB=0;REVB=0.00956802;RO=0;SAF=197;SAR=141;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.12364e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60568e-05;OID=.;OPOS=16002050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:338:338:0:0:338:338:1:141:197:0:0:141:197:0:0 chr4 16024885 . A G 338.28 PASS AF=0.443902;AO=91;DP=205;FAO=91;FDP=205;FR=.;FRO=114;FSAF=57;FSAR=34;FSRF=77;FSRR=37;FWDB=-0.00161853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.046;QD=6.60059;RBI=0.0438991;REFB=-0.00759132;REVB=0.0438692;RO=114;SAF=57;SAR=34;SRF=77;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533322;STB=0.529576;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0102747;OID=.;OPOS=16024885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:114:114:91:91:0.443902:34:57:77:37:34:57:77:37 chr4 16025837 . C T 639.64 PASS AF=0.52381;AO=142;DP=271;FAO=143;FDP=273;FR=.;FRO=130;FSAF=94;FSAR=49;FSRF=88;FSRR=42;FWDB=-0.00413719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.86;QD=9.37199;RBI=0.0542631;REFB=-0.0577335;REVB=-0.0541051;RO=124;SAF=94;SAR=48;SRF=83;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00706858;STB=0.510415;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0512678;OID=.;OPOS=16025837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:273:124:130:142:143:0.52381:48:94:83:41:49:94:88:42 chr4 16037352 . C T 478.49 PASS AF=0.566474;AO=96;DP=171;FAO=98;FDP=173;FR=.;FRO=75;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.0402066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.345;QD=11.0633;RBI=0.0424851;REFB=-0.0296667;REVB=0.0137262;RO=51;SAF=43;SAR=53;SRF=8;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194394;STB=0.505335;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.022262;OID=.;OPOS=16037352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:173:51:75:96:98:0.566474:53:43:8:43:55:43:32:43 chr4 88929470 . CGG CGC,CG 381.79 PASS AF=0.290698,0.523256;AO=25,41;DP=86;FAO=25,45;FDP=86;FR=.;FRO=16;FSAF=25,45;FSAR=0,0;FSRF=16;FSRR=0;FWDB=-0.0199044,-0.0927684;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=122.78,16.1547;QD=17.7576;RBI=0.0199044,0.0927684;REFB=-0.086073,-0.145194;REVB=0,0;RO=19;SAF=25,41;SAR=0,0;SRF=19;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0450802,0.100851;OID=.,.;OPOS=88929472,88929471;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CGC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.290698,0.523256:25,41:86:25,45:86:16:25,45:0,0:16:0:75:19:25,41:0,0:19:0 chr4 114302547 . T C 806.97 PASS AF=0.579137;AO=161;DP=278;FAO=161;FDP=278;FR=.;FRO=117;FSAF=81;FSAR=80;FSRF=51;FSRR=66;FWDB=0.0351984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1036;QD=11.611;RBI=0.0354868;REFB=0.011425;REVB=-0.00451524;RO=116;SAF=81;SAR=80;SRF=50;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557163;STB=0.528273;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0101421;OID=.;OPOS=114302547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:278:116:117:161:161:0.579137:80:81:50:66:80:81:51:66 chr4 120079159 . A G 3816 PASS AF=1;AO=412;DP=415;FAO=398;FDP=398;FR=.;FRO=0;FSAF=171;FSAR=227;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284192;FXX=0.00499988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.235;QD=38.3518;RBI=0.0935348;REFB=-0.050415;REVB=0.0891129;RO=1;SAF=176;SAR=236;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00201818;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74987e-05;OID=.;OPOS=120079159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:415:398:1:0:412:398:1:236:176:0:1:227:171:0:0 chr4 120106982 . T C 535.21 PASS AF=0.524229;AO=118;DP=227;FAO=119;FDP=227;FR=.;FRO=108;FSAF=75;FSAR=44;FSRF=68;FSRR=40;FWDB=0.029902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.6792;QD=9.43099;RBI=0.0391516;REFB=-0.042833;REVB=-0.0252728;RO=108;SAF=74;SAR=44;SRF=68;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00234691;STB=0.500318;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0350709;OID=.;OPOS=120106982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:108:108:118:119:0.524229:44:74:68:40:44:75:68:40 chr4 146576418 . G C 234.4 PASS AF=0.414634;AO=68;DP=165;FAO=68;FDP=164;FR=.;FRO=96;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=0.00265234;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.933;QD=5.71712;RBI=0.0252166;REFB=-0.0178672;REVB=0.0250767;RO=84;SAF=34;SAR=34;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354521;STB=0.518287;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0259841;OID=.;OPOS=146576418;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:84:96:68:68:0.414634:34:34:45:39:34:34:45:51 chr4 190862155 . T G 451.07 PASS AF=0.5;AO=105;DP=230;FAO=105;FDP=210;FR=.;FRO=105;FSAF=31;FSAR=74;FSRF=50;FSRR=55;FWDB=0.00407902;FXX=0.0869527;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.745;QD=8.5918;RBI=0.0424404;REFB=-0.0153363;REVB=-0.0422439;RO=99;SAF=31;SAR=74;SRF=44;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147627;STB=0.5998;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0204435;OID=.;OPOS=190862155;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:210:99:105:105:105:0.5:74:31:44:55:74:31:50:55 chr4 190862182 . C T 539.16 PASS AF=0.521739;AO=120;DP=230;FAO=120;FDP=230;FR=.;FRO=110;FSAF=44;FSAR=76;FSRF=53;FSRR=57;FWDB=0.00196958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=377.204;QD=9.37676;RBI=0.00291721;REFB=-0.000178339;REVB=-0.00215195;RO=106;SAF=44;SAR=76;SRF=49;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860325;STB=0.557462;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.000172256;OID=.;OPOS=190862182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:106:110:120:120:0.521739:76:44:49:57:76:44:53:57 chr4 190876195 . C T 501.12 PASS AF=0.515982;AO=113;DP=219;FAO=113;FDP=219;FR=.;FRO=106;FSAF=47;FSAR=66;FSRF=46;FSRR=60;FWDB=-0.0655857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.231;QD=9.15279;RBI=0.065605;REFB=-0.0198684;REVB=0.00159307;RO=106;SAF=47;SAR=66;SRF=46;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163476;STB=0.508954;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0183031;OID=.;OPOS=190876195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:106:106:113:113:0.515982:66:47:46:60:66:47:46:60 chr4 190884225 . T TTTC 347.48 PASS AF=0.431718;AO=93;DP=229;FAO=98;FDP=227;FR=.;FRO=129;FSAF=38;FSAR=60;FSRF=56;FSRR=73;FWDB=0.00366485;FXX=0.00438577;HRUN=4;LEN=3;MLLD=280.839;QD=6.12303;RBI=0.00687436;REFB=0.0096339;REVB=0.00581599;RO=131;SAF=36;SAR=57;SRF=56;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439722;STB=0.527393;STBP=0.497;TYPE=ins;VARB=-0.0131832;OID=.;OPOS=190884226;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431718:93:229:98:227:129:38:60:56:73:99:131:36:57:56:75 chr5 13701327 . A G 3539.71 PASS AF=1;AO=367;DP=368;FAO=368;FDP=368;FR=.;FRO=0;FSAF=188;FSAR=180;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3766;QD=38.4751;RBI=0.0814863;REFB=0;REVB=-0.0566155;RO=0;SAF=187;SAR=180;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.05606e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16486e-06;OID=.;OPOS=13701327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:368:368:0:0:367:368:1:180:187:0:0:180:188:0:0 chr5 13701525 . T C 3374.36 PASS AF=1;AO=352;DP=352;FAO=352;FDP=352;FR=.;FRO=0;FSAF=155;FSAR=197;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.255;QD=38.345;RBI=0.0490042;REFB=0;REVB=0.00805266;RO=0;SAF=155;SAR=197;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012149;OID=.;OPOS=13701525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:352:352:0:0:352:352:1:197:155:0:0:197:155:0:0 chr5 13701536 . T C 3276.44 PASS AF=1;AO=338;DP=338;FAO=340;FDP=340;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=197;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=412.444;QD=38.5463;RBI=0.0719444;REFB=0;REVB=0.0556402;RO=0;SAF=142;SAR=196;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05577e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32042e-05;OID=.;OPOS=13701536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:338:340:0:0:338:340:1:196:142:0:0:197:143:0:0 chr5 13714740 . G A 3564.9 PASS AF=1;AO=368;DP=370;FAO=370;FDP=370;FR=.;FRO=0;FSAF=165;FSAR=205;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=395.634;QD=38.5394;RBI=0.0188218;REFB=0;REVB=-0.0137756;RO=0;SAF=164;SAR=204;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.27699e-06;OID=.;OPOS=13714740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:370:370:0:0:368:370:1:204:164:0:0:205:165:0:0 chr5 13719022 . T G 1940.65 PASS AF=1;AO=203;DP=203;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00243703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.541;QD=38.2395;RBI=0.0276138;REFB=0;REVB=-0.0275061;RO=0;SAF=93;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.32347e-05;OID=.;OPOS=13719022;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:92:203:203:0:0:203:203:1:110:93:0:0:110:93:0:0 chr5 13719089 . G A 1930.73 PASS AF=1;AO=202;DP=202;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0375738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.544;QD=38.2322;RBI=0.0381841;REFB=0;REVB=-0.0067999;RO=0;SAF=91;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19097e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.92894e-05;OID=.;OPOS=13719089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:91:202:202:0:0:202:202:1:111:91:0:0:111:91:0:0 chr5 13769257 . T A 256.06 PASS AF=0.4375;AO=68;DP=241;FAO=70;FDP=160;FR=.;FRO=90;FSAF=6;FSAR=64;FSRF=16;FSRR=74;FWDB=0.0244325;FXX=0.338829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=389.478;QD=6.4015;RBI=0.0249593;REFB=0.0083483;REVB=-0.00510128;RO=171;SAF=4;SAR=64;SRF=98;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.70834;STB=0.629652;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.0107228;OID=.;OPOS=13769257;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:160:171:90:68:70:0.4375:64:4:98:73:64:6:16:74 chr5 13810149 . G A 704.65 PASS AF=0.484594;AO=173;DP=357;FAO=173;FDP=357;FR=.;FRO=184;FSAF=92;FSAR=81;FSRF=96;FSRR=88;FWDB=0.0142133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.562;QD=7.89522;RBI=0.0426095;REFB=0.0110851;REVB=-0.0401691;RO=184;SAF=92;SAR=81;SRF=96;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00946444;STB=0.505198;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.0119646;OID=.;OPOS=13810149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:357:357:184:184:173:173:0.484594:81:92:96:88:81:92:96:88 chr5 13810441 . G A 68.18 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0297228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.1672;QD=8.523;RBI=0.0304948;REFB=-0.0126884;REVB=0.00681832;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058016;STB=0.533289;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0160061;OID=.;OPOS=13810441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:32:32:17:17:15:15:0.46875:7:8:8:9:7:8:8:9 chr5 13811775 . T C 664.43 PASS AF=0.5;AO=157;DP=316;FAO=157;FDP=314;FR=.;FRO=157;FSAF=66;FSAR=91;FSRF=68;FSRR=89;FWDB=0.0370976;FXX=0.00632891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9086;QD=8.46403;RBI=0.0374546;REFB=0.00813202;REVB=-0.00515852;RO=158;SAF=66;SAR=91;SRF=68;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00936857;STB=0.506521;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.00800905;OID=.;OPOS=13811775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:314:158:157:157:157:0.5:91:66:68:90:91:66:68:89 chr5 13814682 . T C 426.42 PASS AF=0.460251;AO=110;DP=239;FAO=110;FDP=239;FR=.;FRO=129;FSAF=64;FSAR=46;FSRF=66;FSRR=63;FWDB=-0.0104858;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=326.052;QD=7.1367;RBI=0.0124278;REFB=-0.0147436;REVB=0.00667065;RO=126;SAF=64;SAR=46;SRF=66;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569708;STB=0.538431;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.015589;OID=.;OPOS=13814682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:126:129:110:110:0.460251:46:64:66:60:46:64:66:63 chr5 13829608 . G A 608.64 PASS AF=0.468278;AO=155;DP=331;FAO=155;FDP=331;FR=.;FRO=176;FSAF=85;FSAR=70;FSRF=103;FSRR=73;FWDB=-0.0255676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6787;QD=7.35517;RBI=0.0694311;REFB=0.00745343;REVB=-0.0645521;RO=176;SAF=85;SAR=70;SRF=103;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360312;STB=0.519847;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00906744;OID=.;OPOS=13829608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:331:176:176:155:155:0.468278:70:85:103:73:70:85:103:73 chr5 13829799 . G A 779.76 PASS AF=0.508427;AO=181;DP=355;FAO=181;FDP=356;FR=.;FRO=175;FSAF=51;FSAR=130;FSRF=56;FSRR=119;FWDB=-0.0541363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.005;QD=8.76139;RBI=0.0545155;REFB=-0.0192597;REVB=-0.00641885;RO=174;SAF=51;SAR=130;SRF=55;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372749;STB=0.522753;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0175142;OID=.;OPOS=13829799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:355:356:174:175:181:181:0.508427:130:51:55:119:130:51:56:119 chr5 13842052 . A T 526.36 PASS AF=0.552764;AO=109;DP=198;FAO=110;FDP=199;FR=.;FRO=89;FSAF=15;FSAR=95;FSRF=17;FSRR=72;FWDB=-0.00741377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.309;QD=10.5802;RBI=0.236039;REFB=0.20766;REVB=-0.235922;RO=89;SAF=15;SAR=94;SRF=17;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859772;STB=0.548232;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.0602186;OID=.;OPOS=13842052;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:89:89:109:110:0.552764:94:15:17:72:95:15:17:72 chr5 13845045 . G A 250.22 PASS AF=0.463235;AO=62;DP=136;FAO=63;FDP=136;FR=.;FRO=73;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=-0.0115478;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.465;QD=7.35936;RBI=0.0206832;REFB=-0.0117;REVB=-0.0171593;RO=73;SAF=39;SAR=23;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213174;STB=0.621138;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0134723;OID=.;OPOS=13845045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:73:73:62:63:0.463235:23:39:30:43:23:40:30:43 chr5 13845107 . A G 231.2 PASS AF=0.464;AO=58;DP=125;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=45;FWDB=0.027319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.726;QD=7.3985;RBI=0.0399994;REFB=-0.00120295;REVB=-0.0292169;RO=67;SAF=34;SAR=24;SRF=22;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24489;STB=0.635727;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00132967;OID=.;OPOS=13845107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:67:67:58:58:0.464:24:34:22:45:24:34:22:45 chr5 13850651 . T C 757.48 PASS AF=0.549828;AO=160;DP=291;FAO=160;FDP=291;FR=.;FRO=131;FSAF=93;FSAR=67;FSRF=70;FSRR=61;FWDB=0.0449428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0763;QD=10.4121;RBI=0.0519949;REFB=-0.0232835;REVB=0.026146;RO=131;SAF=93;SAR=67;SRF=70;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039574;STB=0.521531;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0186317;OID=.;OPOS=13850651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:291:131:131:160:160:0.549828:67:93:70:61:67:93:70:61 chr5 13850739 . T A 490.28 PASS AF=0.447458;AO=132;DP=295;FAO=132;FDP=295;FR=.;FRO=163;FSAF=70;FSAR=62;FSRF=92;FSRR=71;FWDB=-0.00119542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=353.135;QD=6.64779;RBI=0.00167562;REFB=-0.0127917;REVB=0.00117417;RO=163;SAF=70;SAR=62;SRF=92;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342468;STB=0.51896;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0159357;OID=.;OPOS=13850739;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:295:163:163:132:132:0.447458:62:70:92:71:62:70:92:71 chr5 13850750 . A G 752.84 PASS AF=0.547945;AO=160;DP=292;FAO=160;FDP=292;FR=.;FRO=132;FSAF=89;FSAR=71;FSRF=70;FSRR=62;FWDB=-0.00189035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.873;QD=10.3129;RBI=0.0111142;REFB=-0.00586066;REVB=0.0109523;RO=132;SAF=89;SAR=71;SRF=70;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217742;STB=0.511847;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00854829;OID=.;OPOS=13850750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:292:132:132:160:160:0.547945:71:89:70:62:71:89:70:62 chr5 13859743 . G T 179.84 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.0781515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8312;QD=7.05262;RBI=0.0852846;REFB=-0.00747533;REVB=-0.0341439;RO=55;SAF=17;SAR=29;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621286;STB=0.507343;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0114541;OID=.;OPOS=13859743;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:56:46:46:0.45098:29:17:20:35:29:17:20:36 chr5 13859807 . G T 769.12 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.137;QD=37.9812;RBI=0.049633;REFB=0;REVB=-0.0412409;RO=0;SAF=8;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.61185e-05;OID=.;OPOS=13859807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:37:81:81:0:0:81:81:1:73:8:0:0:73:8:0:0 chr5 13864728 . C A 578.4 PASS AF=0.470968;AO=146;DP=310;FAO=146;FDP=310;FR=.;FRO=164;FSAF=79;FSAR=67;FSRF=81;FSRR=83;FWDB=-0.00966623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=428.146;QD=7.46326;RBI=0.0235025;REFB=-0.0051063;REVB=-0.0214227;RO=164;SAF=79;SAR=67;SRF=81;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454197;STB=0.52503;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00545334;OID=.;OPOS=13864728;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:310:310:164:164:146:146:0.470968:67:79:81:83:67:79:81:83 chr5 13865980 . T C 460.49 PASS AF=0.5;AO=108;DP=216;FAO=108;FDP=216;FR=.;FRO=108;FSAF=44;FSAR=64;FSRF=61;FSRR=47;FWDB=0.00174531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.758;QD=8.52754;RBI=0.0200808;REFB=-0.0181049;REVB=0.0200048;RO=108;SAF=44;SAR=64;SRF=61;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143978;STB=0.579096;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0219272;OID=.;OPOS=13865980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:216:108:108:108:108:0.5:64:44:61:47:64:44:61:47 chr5 13866450 . A G 571.58 PASS AF=0.457317;AO=150;DP=328;FAO=150;FDP=328;FR=.;FRO=178;FSAF=80;FSAR=70;FSRF=95;FSRR=83;FWDB=-0.0231915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.553;QD=6.97043;RBI=0.0546848;REFB=-0.0354629;REVB=0.0495235;RO=178;SAF=80;SAR=70;SRF=95;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000369598;STB=0.500204;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0412284;OID=.;OPOS=13866450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:328:178:178:150:150:0.457317:70:80:95:83:70:80:95:83 chr5 13867819 . C T 509 PASS AF=0.513274;AO=116;DP=226;FAO=116;FDP=226;FR=.;FRO=110;FSAF=56;FSAR=60;FSRF=57;FSRR=53;FWDB=0.00101353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.836;QD=9.00879;RBI=0.00392902;REFB=-0.00376236;REVB=0.00379605;RO=110;SAF=56;SAR=60;SRF=57;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314731;STB=0.517238;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00369134;OID=.;OPOS=13867819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:226:110:110:116:116:0.513274:60:56:57:53:60:56:57:53 chr5 13882841 . A G 691.58 PASS AF=0.5;AO=165;DP=329;FAO=163;FDP=326;FR=.;FRO=163;FSAF=72;FSAR=91;FSRF=67;FSRR=96;FWDB=0.0840979;FXX=0.00911826;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8643;QD=8.48561;RBI=0.119246;REFB=-0.0147875;REVB=0.0845405;RO=163;SAF=72;SAR=93;SRF=66;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291432;STB=0.515603;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0177368;OID=.;OPOS=13882841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:326:163:163:165:163:0.5:93:72:66:97:91:72:67:96 chr5 13886259 . A G 246.1 PASS AF=0.446927;AO=66;DP=166;FAO=80;FDP=179;FR=.;FRO=99;FSAF=3;FSAR=77;FSRF=53;FSRR=46;FWDB=0.15896;FXX=0.00555525;HRUN=19;LEN=1;MLLD=57.5877;QD=5.49952;RBI=0.160074;REFB=-0.00390731;REVB=-0.0188481;RO=99;SAF=2;SAR=64;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.75863;STB=0.921032;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00838761;OID=.;OPOS=13886259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:179:99:99:66:80:0.446927:64:2:53:46:77:3:53:46 chr5 13894894 . T A 2870.52 PASS AF=1;AO=298;DP=299;FAO=302;FDP=302;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=157;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403428;FXX=0.00983574;HRUN=5;LEN=1;MLLD=53.3571;QD=38.0202;RBI=0.0444873;REFB=-0.0130883;REVB=0.0187504;RO=1;SAF=145;SAR=153;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00310711;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256235;OID=.;OPOS=13894894;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:299:302:1:0:298:302:1:153:145:0:1:157:145:0:0 chr5 13900295 . A G 62.41 PASS AF=0.293706;AO=72;DP=143;FAO=42;FDP=143;FR=.;FRO=101;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=51;FSRR=50;FWDB=-0.113014;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=17.1457;QD=1.74586;RBI=0.119712;REFB=-0.0949215;REVB=-0.0394816;RO=71;SAF=36;SAR=36;SRF=47;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146353;STB=0.698081;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.163182;OID=.;OPOS=13900295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:143:143:71:101:72:42:0.293706:36:36:47:24:10:32:51:50 chr5 13917111 . A G 465.16 PASS AF=0.512077;AO=106;DP=207;FAO=106;FDP=207;FR=.;FRO=101;FSAF=67;FSAR=39;FSRF=60;FSRR=41;FWDB=0.0211645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2937;QD=8.98854;RBI=0.0358444;REFB=-0.0603791;REVB=0.028929;RO=100;SAF=67;SAR=39;SRF=60;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302548;STB=0.519729;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0578701;OID=.;OPOS=13917111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:100:101:106:106:0.512077:39:67:60:40:39:67:60:41 chr5 13919255 . T G 377.17 PASS AF=0.5;AO=88;DP=176;FAO=88;FDP=176;FR=.;FRO=88;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=-0.0250637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=311.466;QD=8.57213;RBI=0.0360602;REFB=-0.0178846;REVB=-0.0259258;RO=88;SAF=40;SAR=48;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0178735;OID=.;OPOS=13919255;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:88:88:88:88:0.5:48:40:40:48:48:40:40:48 chr5 13944512 . A C 2048.71 PASS AF=1;AO=215;DP=216;FAO=216;FDP=216;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0089002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9424;QD=37.939;RBI=0.0295738;REFB=0;REVB=0.0282027;RO=0;SAF=81;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363481;OID=.;OPOS=13944512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:92:216:216:0:0:215:216:1:134:81:0:0:134:82:0:0 chr5 37007629 . T C 418.3 PASS AF=0.516484;AO=94;DP=182;FAO=94;FDP=182;FR=.;FRO=88;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=0.0174134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.827;QD=9.19343;RBI=0.0180919;REFB=-0.0175389;REVB=-0.00490819;RO=88;SAF=49;SAR=45;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488004;STB=0.526753;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0170821;OID=.;OPOS=37007629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:88:88:94:94:0.516484:45:49:41:47:45:49:41:47 chr5 112162854 . T C 554.5 PASS AF=0.51004;AO=127;DP=251;FAO=127;FDP=249;FR=.;FRO=122;FSAF=45;FSAR=82;FSRF=53;FSRR=69;FWDB=0.00829422;FXX=0.00796781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.721;QD=8.90761;RBI=0.0242878;REFB=-0.00571292;REVB=0.0228277;RO=123;SAF=45;SAR=82;SRF=53;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732486;STB=0.541831;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00528302;OID=.;OPOS=112162854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:249:123:122:127:127:0.51004:82:45:53:70:82:45:53:69 chr5 112175770 . G A 664.39 PASS AF=0.556452;AO=137;DP=246;FAO=138;FDP=248;FR=.;FRO=110;FSAF=70;FSAR=68;FSRF=57;FSRR=53;FWDB=-0.0204777;FXX=0.0040159;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.507;QD=10.716;RBI=0.0350873;REFB=0.0105278;REVB=0.0284918;RO=109;SAF=69;SAR=68;SRF=56;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00824016;STB=0.504851;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.00985547;OID=.;OPOS=112175770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:248:109:110:137:138:0.556452:68:69:56:53:68:70:57:53 chr5 112176325 . G A 558.56 PASS AF=0.555024;AO=116;DP=209;FAO=116;FDP=209;FR=.;FRO=93;FSAF=45;FSAR=71;FSRF=35;FSRR=58;FWDB=-0.00810214;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.028;QD=10.6901;RBI=0.0404124;REFB=-0.014064;REVB=0.0395919;RO=93;SAF=45;SAR=71;SRF=35;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00999673;STB=0.505441;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0120941;OID=.;OPOS=112176325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:93:93:116:116:0.555024:71:45:35:58:71:45:35:58 chr5 112176559 . T G 436.82 PASS AF=0.481982;AO=107;DP=222;FAO=107;FDP=222;FR=.;FRO=115;FSAF=26;FSAR=81;FSRF=31;FSRR=84;FWDB=0.0212075;FXX=0.0044841;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8769;QD=7.87066;RBI=0.0337602;REFB=-0.02688;REVB=-0.0262678;RO=115;SAF=26;SAR=81;SRF=31;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332606;STB=0.518353;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0285141;OID=.;OPOS=112176559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:115:115:107:107:0.481982:81:26:31:84:81:26:31:84 chr5 112176756 . T A 688.85 PASS AF=0.491124;AO=166;DP=339;FAO=166;FDP=338;FR=.;FRO=172;FSAF=90;FSAR=76;FSRF=80;FSRR=92;FWDB=-0.0158004;FXX=0.00294977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0877;QD=8.15208;RBI=0.0495192;REFB=0.00875648;REVB=-0.0469308;RO=172;SAF=90;SAR=76;SRF=80;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071486;STB=0.539225;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00952954;OID=.;OPOS=112176756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:339:338:172:172:166:166:0.491124:76:90:80:92:76:90:80:92 chr5 112177171 . G A 550.22 PASS AF=0.459807;AO=143;DP=311;FAO=143;FDP=311;FR=.;FRO=168;FSAF=77;FSAR=66;FSRF=83;FSRR=85;FWDB=-0.00823153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.311;QD=7.07677;RBI=0.0089766;REFB=-0.0166743;REVB=-0.00358067;RO=168;SAF=77;SAR=66;SRF=83;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435314;STB=0.524042;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0182663;OID=.;OPOS=112177171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:311:168:168:143:143:0.459807:66:77:83:85:66:77:83:85 chr5 149776232 . C T 3583.71 PASS AF=1;AO=371;DP=372;FAO=373;FDP=373;FR=.;FRO=0;FSAF=187;FSAR=186;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00546485;FXX=0.00797851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.798;QD=38.4312;RBI=0.036843;REFB=0;REVB=0.0364354;RO=0;SAF=186;SAR=185;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95122e-06;OID=.;OPOS=149776232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:372:373:0:0:371:373:1:185:186:0:0:186:187:0:0 chr5 149776355 . G C 74 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0222508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.155;QD=15.5782;RBI=0.0247582;REFB=0.00603271;REVB=-0.0108568;RO=7;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892086;STB=0.550377;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.003805;OID=.;OPOS=149776355;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:7:7:12:12:0.631579:5:7:5:2:5:7:5:2 chr5 155771579 . T C 217.52 PASS AF=0.445312;AO=57;DP=128;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=48;FSRR=23;FWDB=0.0211799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.68;QD=6.79744;RBI=0.0216708;REFB=0.00704151;REVB=-0.00458663;RO=70;SAF=29;SAR=28;SRF=48;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176262;STB=0.593091;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.011687;OID=.;OPOS=155771579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:70:71:57:57:0.445312:28:29:48:22:28:29:48:23 chr5 172660523 . T A 163.27 PASS AF=0.35119;AO=62;DP=208;FAO=59;FDP=168;FR=.;FRO=109;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=67;FSRR=42;FWDB=-0.0611887;FXX=0.232866;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.815;QD=3.88737;RBI=0.0622309;REFB=-0.0332203;REVB=-0.0113417;RO=140;SAF=30;SAR=32;SRF=56;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100834;STB=0.622076;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00270217;OID=.;OPOS=172660523;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:168:140:109:62:59:0.35119:32:30:56:84:34:25:67:42 chr5 172662024 . T C 80.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0065842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=387.443;QD=10.3386;RBI=0.152664;REFB=-0.0119522;REVB=0.152522;RO=15;SAF=13;SAR=3;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172224;STB=0.509791;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0116316;OID=.;OPOS=172662024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:31:31:15:15:16:16:0.516129:3:13:12:3:3:13:12:3 chr5 176720766 . A G 543.57 PASS AF=0.466443;AO=139;DP=298;FAO=139;FDP=298;FR=.;FRO=159;FSAF=61;FSAR=78;FSRF=80;FSRR=79;FWDB=0.00197072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.251;QD=7.29622;RBI=0.0115955;REFB=-0.0389289;REVB=-0.0114268;RO=159;SAF=61;SAR=78;SRF=80;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625729;STB=0.534527;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0388222;OID=.;OPOS=176720766;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:298:159:159:139:139:0.466443:78:61:80:79:78:61:80:79 chr5 176721198 . T C 1481.93 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.228;QD=38.2434;RBI=0.0337188;REFB=0;REVB=0.0201504;RO=0;SAF=71;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53711e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07144e-05;OID=.;OPOS=176721198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:70:155:155:0:0:155:155:1:84:71:0:0:84:71:0:0 chr5 176721272 . G C 1008.05 PASS AF=0.5425;AO=251;DP=478;FAO=217;FDP=400;FR=.;FRO=183;FSAF=109;FSAR=108;FSRF=89;FSRR=94;FWDB=-0.00811575;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.086;QD=10.0805;RBI=0.00844015;REFB=-0.00631288;REVB=0.00231748;RO=227;SAF=131;SAR=120;SRF=113;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210345;STB=0.507303;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00545937;OID=.;OPOS=176721272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:478:400:227:183:251:217:0.5425:120:131:113:114:108:109:89:94 chr6 7542253 . G A 289.64 PASS AF=0.57;AO=57;DP=100;FAO=57;FDP=100;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0379399;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=173.899;QD=11.5855;RBI=0.0383804;REFB=0.00839833;REVB=0.00579835;RO=43;SAF=24;SAR=33;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00197436;STB=0.50108;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.00749131;OID=.;OPOS=7542253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:43:43:57:57:0.57:33:24:18:25:33:24:18:25 chr6 7556063 . C T 387.75 PASS AF=0.497297;AO=87;DP=180;FAO=92;FDP=185;FR=.;FRO=93;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=52;FSRR=41;FWDB=0.0874552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1609;QD=8.38381;RBI=0.144279;REFB=-0.0229296;REVB=0.114752;RO=93;SAF=50;SAR=37;SRF=52;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148767;STB=0.503105;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0242417;OID=.;OPOS=7556063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:185:93:93:87:92:0.497297:37:50:52:41:40:52:52:41 chr6 7563983 . T G 1054.31 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.546;QD=37.9932;RBI=0.0567309;REFB=0;REVB=0.0258405;RO=0;SAF=44;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619135;OID=.;OPOS=7563983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:50:110:111:0:0:110:111:1:66:44:0:0:67:44:0:0 chr6 7572262 . A G 1061.84 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.847;QD=37.9228;RBI=0.0389305;REFB=0;REVB=-0.0120999;RO=0;SAF=62;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67537e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49541e-05;OID=.;OPOS=7572262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:50:108:112:0:0:108:112:1:46:62:0:0:46:66:0:0 chr6 7577079 . G A 2291.31 PASS AF=1;AO=239;DP=239;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497926;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.358;QD=38.5094;RBI=0.0690868;REFB=0;REVB=0.0478924;RO=0;SAF=130;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148392;OID=.;OPOS=7577079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:239:238:0:0:239:238:1:109:130:0:0:108:130:0:0 chr6 7578646 . CTTTTTT C 26 PASS AO=46;DP=291;LEN=6;RO=245;SAF=116;SAR=42;SRF=40;SRR=93;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=7578647;OREF=TTTTTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:291:245:46:42:116:40:93 chr6 7578819 . T G 2111.42 PASS AF=1;AO=220;DP=220;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00489035;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.547;QD=38.5648;RBI=0.0469247;REFB=0;REVB=0.0466692;RO=0;SAF=99;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05396e-05;OID=.;OPOS=7578819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:220:219:0:0:220:219:1:121:99:0:0:121:98:0:0 chr6 7578823 . G A 2111.43 PASS AF=1;AO=220;DP=220;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120981;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.736;QD=38.5648;RBI=0.0122105;REFB=0;REVB=0.00165242;RO=0;SAF=99;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.43828e-06;OID=.;OPOS=7578823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:220:219:0:0:220:219:1:121:99:0:0:121:98:0:0 chr6 7584617 . C T 2640.79 PASS AF=0.972973;AO=288;DP=309;FAO=288;FDP=296;FR=.;FRO=8;FSAF=188;FSAR=100;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00858985;FXX=0.0451598;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.829;QD=35.6864;RBI=0.0209391;REFB=-0.00695984;REVB=0.019096;RO=8;SAF=188;SAR=100;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156961;STB=0.508238;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=5.43054e-06;OID=.;OPOS=7584617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:68:309:296:8:8:288:288:0.972973:100:188:3:5:100:188:3:5 chr6 7585967 . G C 1643.81 PASS AF=0.953846;AO=186;DP=195;FAO=186;FDP=195;FR=.;FRO=9;FSAF=120;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.00644893;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.741;QD=33.7191;RBI=0.0256041;REFB=-0.0456106;REVB=0.0247786;RO=0;SAF=120;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33995e-08;STB=0.531911;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00030285;OID=.;OPOS=7585967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:195:195:0:9:186:186:0.953846:66:120:0:0:66:120:0:9 chr6 16326611 . C A 100.71 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.0103658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=394.375;QD=7.19374;RBI=0.0104752;REFB=-0.0191775;REVB=0.0015105;RO=31;SAF=13;SAR=12;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254191;STB=0.642443;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0219467;OID=.;OPOS=16326611;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:12:13:24:7:12:13:24:7 chr6 16327615 . A G 86.41 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.0234574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.715;QD=8.03772;RBI=0.0401527;REFB=-0.110606;REVB=0.0325882;RO=23;SAF=5;SAR=15;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101713;STB=0.557323;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.105202;OID=.;OPOS=16327615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:43:43:23:23:20:20:0.465116:15:5:4:19:15:5:4:19 chr6 26091336 . T C 632.44 PASS AF=0.487342;AO=154;DP=316;FAO=154;FDP=316;FR=.;FRO=162;FSAF=70;FSAR=84;FSRF=79;FSRR=83;FWDB=0.00981237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.636;QD=8.00559;RBI=0.0377293;REFB=-0.00792027;REVB=0.036431;RO=162;SAF=70;SAR=84;SRF=79;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310555;STB=0.51706;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00827833;OID=.;OPOS=26091336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:316:162:162:154:154:0.487342:84:70:79:83:84:70:79:83 chr6 26094367 . G A 2865.91 PASS AF=1;AO=298;DP=298;FAO=298;FDP=298;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=173;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.100146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.829;QD=38.4686;RBI=0.10833;REFB=0;REVB=0.0413055;RO=0;SAF=125;SAR=173;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.92932e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.19143e-05;OID=.;OPOS=26094367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:298:298:0:0:298:298:1:173:125:0:0:173:125:0:0 chr6 31978687 . C T 339.21 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6735;QD=37.69;RBI=0.0566968;REFB=0;REVB=0.0566968;RO=0;SAF=0;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109905;OID=.;OPOS=31978687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:36:36:0:0:36:36:1:36:0:0:0:36:0:0:0 chr6 31978746 . G A 342.01 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5645;QD=38.0009;RBI=0.00942708;REFB=0;REVB=-0.00942708;RO=0;SAF=0;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000995188;OID=.;OPOS=31978746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:36:36:0:0:36:36:1:36:0:0:0:36:0:0:0 chr6 32011358 . A G 37.69 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=25;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1644;QD=4.07446;RBI=0.0277488;REFB=0.00935873;REVB=-0.0277488;RO=25;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0366176;OID=.;OPOS=32011358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:37:37:25:25:12:12:0.324324:12:0:0:25:12:0:0:25 chr6 32020613 . A G 167.09 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=27;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0342443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1922;QD=12.8534;RBI=0.0343616;REFB=-0.00205188;REVB=0.00283773;RO=21;SAF=27;SAR=4;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.445782;STB=0.749808;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00221352;OID=.;OPOS=32020613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:52:52:21:21:31:31:0.596154:4:27:9:12:4:27:9:12 chr6 32026107 . C T 1934.56 PASS AF=0.976852;AO=211;DP=226;FAO=211;FDP=216;FR=.;FRO=5;FSAF=141;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0353109;FXX=0.0442458;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.1;QD=35.8252;RBI=0.0430779;REFB=-0.0426273;REVB=0.0246748;RO=0;SAF=141;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.29109e-08;STB=0.51724;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00137312;OID=.;OPOS=32026107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:55:226:216:0:5:211:211:0.976852:70:141:0:0:70:141:0:5 chr6 32029205 . G A 237.41 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=107;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=-0.022679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.186;QD=8.87528;RBI=0.0251206;REFB=-0.0339281;REVB=0.0108031;RO=53;SAF=33;SAR=21;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654101;STB=0.536058;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0214584;OID=.;OPOS=32029205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:53:54:54:0.504673:21:33:36:17:21:33:36:17 chr6 32029226 . A G 931.11 PASS AF=1;AO=90;DP=99;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0984744;FXX=0.0673012;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.794;QD=38.3963;RBI=0.100824;REFB=0;REVB=0.0216418;RO=0;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028207;OID=.;OPOS=32029226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:44:99:97:0:0:90:97:1:40:50:0:0:40:57:0:0 chr6 32029415 . T C 204.66 PASS AF=0.471698;AO=50;DP=106;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=45;FSAR=5;FSRF=54;FSRR=2;FWDB=-0.00226972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.196;QD=7.72303;RBI=0.0343447;REFB=-0.00249687;REVB=-0.0342696;RO=56;SAF=45;SAR=5;SRF=54;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203706;STB=0.611075;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00287027;OID=.;OPOS=32029415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:56:56:50:50:0.471698:5:45:54:2:5:45:54:2 chr6 32032743 . G A 475.15 PASS AF=0.460674;AO=118;DP=262;FAO=123;FDP=267;FR=.;FRO=144;FSAF=41;FSAR=82;FSRF=48;FSRR=96;FWDB=-0.00351845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.197;QD=7.11834;RBI=0.0291037;REFB=-0.00215187;REVB=-0.0288903;RO=144;SAF=36;SAR=82;SRF=48;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325447;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00240996;OID=.;OPOS=32032743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:267:144:144:118:123:0.460674:82:36:48:96:82:41:48:96 chr6 32035694 . C T 222.57 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=45;FSAR=2;FSRF=40;FSRR=1;FWDB=0.0469613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6282;QD=10.117;RBI=0.0814092;REFB=-0.0583397;REVB=0.0664988;RO=40;SAF=45;SAR=2;SRF=40;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28713;STB=0.557355;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0536521;OID=.;OPOS=32035694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:41:47:47:0.534091:2:45:40:0:2:45:40:1 chr6 32050067 . T C 605.29 PASS AF=0.48366;AO=148;DP=309;FAO=148;FDP=306;FR=.;FRO=158;FSAF=82;FSAR=66;FSRF=86;FSRR=72;FWDB=-0.0124328;FXX=0.0129028;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.011;QD=7.91227;RBI=0.0124335;REFB=-0.0168351;REVB=0.000129869;RO=154;SAF=82;SAR=66;SRF=86;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00412455;STB=0.505088;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0171094;OID=.;OPOS=32050067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:306:154:158:148:148:0.48366:66:82:86:68:66:82:86:72 chr6 32064726 . T C 136.29 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=28;FWDB=0.108172;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3716;QD=8.65323;RBI=0.128817;REFB=-0.078889;REVB=-0.0699471;RO=28;SAF=5;SAR=26;SRF=4;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297874;STB=0.535692;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0844237;OID=.;OPOS=32064726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:28:32:31:31:0.492063:26:5:4:24:26:5:4:28 chr6 33136638 . G A 149.12 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=0;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=36;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.011;QD=8.52135;RBI=0.0305462;REFB=0.0232501;REVB=-0.0305462;RO=36;SAF=0;SAR=34;SRF=0;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0229879;OID=.;OPOS=33136638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:34:0:0:36:34:0:0:36 chr6 33138677 . G A 456.76 PASS AF=0.469388;AO=115;DP=218;FAO=115;FDP=245;FR=.;FRO=130;FSAF=33;FSAR=82;FSRF=73;FSRR=57;FWDB=-0.0217304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.64;QD=7.45734;RBI=0.061261;REFB=-0.0274365;REVB=-0.0572774;RO=103;SAF=33;SAR=82;SRF=46;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155691;STB=0.654539;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0337502;OID=.;OPOS=33138677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:245:103:130:115:115:0.469388:82:33:46:57:82:33:73:57 chr6 33139328 . C T 783.07 PASS AF=0.558219;AO=162;DP=295;FAO=163;FDP=292;FR=.;FRO=129;FSAF=68;FSAR=95;FSRF=51;FSRR=78;FWDB=-0.0179638;FXX=0.0168344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.63;QD=10.727;RBI=0.0184399;REFB=-0.0082197;REVB=0.00416356;RO=119;SAF=67;SAR=95;SRF=41;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562583;STB=0.509947;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0066554;OID=.;OPOS=33139328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:292:119:129:162:163:0.558219:95:67:41:78:95:68:51:78 chr6 33141161 . A G 372.46 PASS AF=0.505952;AO=42;DP=180;FAO=85;FDP=168;FR=.;FRO=83;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.0182384;FXX=0.066663;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.475;QD=8.8681;RBI=0.0841904;REFB=-0.0231158;REVB=-0.0821912;RO=75;SAF=39;SAR=3;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.672954;STB=0.505493;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0242578;OID=.;OPOS=33141161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:168:75:83:42:85:0.505952:3:39:32:43:46:39:39:44 chr6 33144373 . G A 213.23 PASS AF=0.637931;AO=37;DP=58;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.00152988;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.665;QD=14.7057;RBI=0.0239207;REFB=0.0137075;REVB=0.0238717;RO=21;SAF=28;SAR=9;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00464566;STB=0.502537;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.0138402;OID=.;OPOS=33144373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:58:58:21:21:37:37:0.637931:9:28:16:5:9:28:16:5 chr6 33145369 . C A 158.61 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=34;FSAR=0;FSRF=31;FSRR=0;FWDB=0.0140855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=380.081;QD=9.76048;RBI=0.0140855;REFB=-0.000496207;REVB=0;RO=31;SAF=34;SAR=0;SRF=31;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463088;OID=.;OPOS=33145369;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:0:34:31:0:0:34:31:0 chr6 33152835 . A T 319.84 PASS AF=0.789474;AO=45;DP=57;FAO=45;FDP=57;FR=.;FRO=12;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0.0172751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.535;QD=22.445;RBI=0.0215538;REFB=-0.00394384;REVB=0.0128894;RO=12;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278459;STB=0.649932;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00273847;OID=.;OPOS=33152835;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:57:57:12:12:45:45:0.789474:14:31:0:12:14:31:0:12 chr6 33153528 . C T 356.06 PASS AF=0.461929;AO=91;DP=196;FAO=91;FDP=197;FR=.;FRO=106;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=50;FSRR=56;FWDB=-0.00562393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4799;QD=7.22968;RBI=0.0261733;REFB=-0.0334967;REVB=-0.025562;RO=105;SAF=45;SAR=46;SRF=50;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177351;STB=0.512274;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0280773;OID=.;OPOS=33153528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:197:105:106:91:91:0.461929:46:45:50:55:46:45:50:56 chr6 35477025 . C G 414.85 PASS AF=0.513661;AO=94;DP=183;FAO=94;FDP=183;FR=.;FRO=89;FSAF=0;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=89;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.184;QD=9.06779;RBI=0.0384239;REFB=-0.00652729;REVB=0.0384239;RO=88;SAF=0;SAR=94;SRF=0;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.012029;OID=.;OPOS=35477025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:88:89:94:94:0.513661:94:0:0:88:94:0:0:89 chr6 35477032 . A G 414.85 PASS AF=0.513661;AO=94;DP=183;FAO=94;FDP=183;FR=.;FRO=89;FSAF=0;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=89;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=394.26;QD=9.06781;RBI=0.00717332;REFB=0.00393065;REVB=0.00717332;RO=89;SAF=0;SAR=94;SRF=0;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0061422;OID=.;OPOS=35477032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:89:89:94:94:0.513661:94:0:0:89:94:0:0:89 chr6 35479574 . G C 387.65 PASS AF=0.494624;AO=90;DP=184;FAO=92;FDP=186;FR=.;FRO=94;FSAF=35;FSAR=57;FSRF=32;FSRR=62;FWDB=-0.12962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.451;QD=8.33654;RBI=0.130078;REFB=0.0026795;REVB=0.0109075;RO=94;SAF=34;SAR=56;SRF=32;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037241;STB=0.521664;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.00293652;OID=.;OPOS=35479574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:186:94:94:90:92:0.494624:56:34:32:62:57:35:32:62 chr6 42666061 . T C 2083.84 PASS AF=1;AO=216;DP=216;FAO=217;FDP=217;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0898171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.249;QD=38.4119;RBI=0.0918137;REFB=0;REVB=-0.0190429;RO=0;SAF=127;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228337;OID=.;OPOS=42666061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:98:216:217:0:0:216:217:1:89:127:0:0:89:128:0:0 chr6 42666145 . C T 3853.67 PASS AF=1;AO=526;DP=526;FAO=400;FDP=400;FR=.;FRO=0;FSAF=237;FSAR=163;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0628581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5058;QD=38.5367;RBI=0.0740739;REFB=0;REVB=0.0391893;RO=0;SAF=297;SAR=229;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.29021e-05;OID=.;OPOS=42666145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:526:400:0:0:526:400:1:229:297:0:0:163:237:0:0 chr6 42666164 . G C 3853.67 PASS AF=1;AO=518;DP=520;FAO=400;FDP=400;FR=.;FRO=0;FSAF=232;FSAR=168;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.238;QD=38.5367;RBI=0.0306445;REFB=0;REVB=-0.00146755;RO=0;SAF=291;SAR=227;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.49337e-05;OID=.;OPOS=42666164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:520:400:0:0:518:400:1:227:291:0:0:168:232:0:0 chr6 42689755 . A G 1574.93 PASS AF=1;AO=166;DP=167;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190811;FXX=0.00598767;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7541;QD=37.9502;RBI=0.0568017;REFB=-0.00265967;REVB=0.0535009;RO=1;SAF=76;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00622069;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037992;OID=.;OPOS=42689755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:66:167:166:1:0:166:166:1:90:76:1:0:90:76:0:0 chr6 49403282 . T C 628.2 PASS AF=0.481366;AO=155;DP=322;FAO=155;FDP=322;FR=.;FRO=167;FSAF=70;FSAR=85;FSRF=70;FSRR=97;FWDB=-0.00222183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.436;QD=7.80376;RBI=0.0108892;REFB=-0.00657558;REVB=0.0106601;RO=167;SAF=70;SAR=85;SRF=70;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310118;STB=0.517043;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00645137;OID=.;OPOS=49403282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:322:167:167:155:155:0.481366:85:70:70:97:85:70:70:97 chr6 49425521 . C T 852.79 PASS AF=0.513089;AO=196;DP=382;FAO=196;FDP=382;FR=.;FRO=186;FSAF=100;FSAR=96;FSRF=113;FSRR=73;FWDB=-0.00832787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.308;QD=8.92973;RBI=0.00977808;REFB=0.000297733;REVB=-0.00512419;RO=184;SAF=100;SAR=96;SRF=113;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924616;STB=0.547494;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.000319172;OID=.;OPOS=49425521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:382:382:184:186:196:196:0.513089:96:100:113:71:96:100:113:73 chr6 51586771 . G A 3853.67 PASS AF=1;AO=445;DP=446;FAO=400;FDP=400;FR=.;FRO=0;FSAF=205;FSAR=195;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.473;QD=38.5367;RBI=0.0575849;REFB=0;REVB=-0.0181589;RO=0;SAF=233;SAR=212;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44911e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60355e-05;OID=.;OPOS=51586771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:446:400:0:0:445:400:1:212:233:0:0:195:205:0:0 chr6 51613177 . C T 1767.26 PASS AF=1;AO=186;DP=187;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00953485;FXX=0.00534731;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.5392;QD=38.0056;RBI=0.0445083;REFB=-0.0079318;REVB=0.043475;RO=1;SAF=96;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0049342;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248849;OID=.;OPOS=51613177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:75:187:186:1:0:186:186:1:90:96:1:0:90:96:0:0 chr6 51618170 . T G 1568.89 PASS AF=1;AO=147;DP=156;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00743952;FXX=0.033706;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.267;QD=36.4858;RBI=0.0372778;REFB=-0.127935;REVB=0.0365279;RO=2;SAF=106;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226294;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0365e-05;OID=.;OPOS=51618170;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:63:156:172:2:0:147:172:1:41:106:0:2:57:115:0:0 chr6 51640751 . C G 2276.47 PASS AF=1;AO=237;DP=239;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103148;FXX=0.00833299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3656;QD=38.26;RBI=0.111679;REFB=-0.0281231;REVB=0.04281;RO=1;SAF=102;SAR=135;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00351736;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000579861;OID=.;OPOS=51640751;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:98:239:238:1:0:237:238:1:135:102:0:1:135:103:0:0 chr6 51712492 . A T 689.31 PASS AF=0.5;AO=163;DP=326;FAO=163;FDP=326;FR=.;FRO=163;FSAF=83;FSAR=80;FSRF=82;FSRR=81;FWDB=-0.00684332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=379.313;QD=8.45775;RBI=0.0103388;REFB=-0.0123257;REVB=-0.00774981;RO=163;SAF=83;SAR=80;SRF=82;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00559909;STB=0.503068;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0121982;OID=.;OPOS=51712492;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:326:163:163:163:163:0.5:80:83:82:81:80:83:82:81 chr6 51720838 . T C 476.03 PASS AF=0.447552;AO=128;DP=286;FAO=128;FDP=286;FR=.;FRO=158;FSAF=64;FSAR=64;FSRF=75;FSRR=83;FWDB=-0.00527519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.936;QD=6.65779;RBI=0.0059445;REFB=-0.0049316;REVB=0.00274033;RO=158;SAF=64;SAR=64;SRF=75;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252479;STB=0.513984;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00577717;OID=.;OPOS=51720838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:286:158:158:128:128:0.447552:64:64:75:83:64:64:75:83 chr6 51720872 . A G 486.72 PASS AF=0.454225;AO=128;DP=284;FAO=129;FDP=284;FR=.;FRO=155;FSAF=61;FSAR=68;FSRF=73;FSRR=82;FWDB=0.034967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2537;QD=6.85523;RBI=0.0814451;REFB=0.0409814;REVB=0.0735569;RO=155;SAF=60;SAR=68;SRF=74;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00860734;STB=0.50104;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.0481194;OID=.;OPOS=51720872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:284:155:155:128:129:0.454225:68:60:74:81:68:61:73:82 chr6 51732628 . G A 220.02 PASS AF=0.426573;AO=61;DP=143;FAO=61;FDP=143;FR=.;FRO=82;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=-0.0171212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.344;QD=6.15432;RBI=0.0257372;REFB=0.0201634;REVB=0.0192163;RO=82;SAF=26;SAR=35;SRF=33;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250205;STB=0.513999;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.0276953;OID=.;OPOS=51732628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:82:82:61:61:0.426573:35:26:33:49:35:26:33:49 chr6 51732807 . C T 800.46 PASS AF=0.497396;AO=191;DP=384;FAO=191;FDP=384;FR=.;FRO=193;FSAF=107;FSAR=84;FSRF=102;FSRR=91;FWDB=0.0072788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.313;QD=8.33814;RBI=0.0104832;REFB=-0.00891377;REVB=-0.00754436;RO=193;SAF=107;SAR=84;SRF=102;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293994;STB=0.516109;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00805979;OID=.;OPOS=51732807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:384:384:193:193:191:191:0.497396:84:107:102:91:84:107:102:91 chr6 51750563 . A T 676.92 PASS AF=0.524306;AO=151;DP=288;FAO=151;FDP=288;FR=.;FRO=137;FSAF=85;FSAR=66;FSRF=78;FSRR=59;FWDB=0.0208185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4967;QD=9.40161;RBI=0.0626142;REFB=-0.0291463;REVB=0.059052;RO=137;SAF=85;SAR=66;SRF=78;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569558;STB=0.50311;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.026435;OID=.;OPOS=51750563;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:288:288:137:137:151:151:0.524306:66:85:78:59:66:85:78:59 chr6 51875250 . A C 3659.31 PASS AF=1;AO=388;DP=394;FAO=389;FDP=389;FR=.;FRO=0;FSAF=201;FSAR=188;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178556;FXX=0.01269;HRUN=2;LEN=1;MLLD=407.089;QD=37.6279;RBI=0.0227675;REFB=-0.081826;REVB=0.0141257;RO=4;SAF=200;SAR=188;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00944729;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036416;OID=.;OPOS=51875250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:394:389:4:0:388:389:1:188:200:4:0:188:201:0:0 chr6 51890823 . G A 1784.03 PASS AF=1;AO=110;DP=184;FAO=184;FDP=184;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=104;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00938741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.719;QD=38.7833;RBI=0.140712;REFB=0;REVB=0.140399;RO=0;SAF=104;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187709;OID=.;OPOS=51890823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:83:184:184:0:0:110:184:1:6:104:0:0:80:104:0:0 chr6 51891011 . T C 1568.71 PASS AF=1;AO=164;DP=165;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0623191;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0767;QD=38.2611;RBI=0.0629545;REFB=0;REVB=0.00892228;RO=0;SAF=16;SAR=148;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45778e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192902;OID=.;OPOS=51891011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:74:165:164:0:0:164:164:1:148:16:0:0:148:16:0:0 chr6 51914898 . T C 1930.73 PASS AF=1;AO=202;DP=202;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00255325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.026;QD=38.2322;RBI=0.020308;REFB=0;REVB=-0.0201469;RO=0;SAF=99;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.85395e-06;OID=.;OPOS=51914898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:91:202:202:0:0:202:202:1:103:99:0:0:103:99:0:0 chr6 51914956 . G A 1820.91 PASS AF=1;AO=190;DP=191;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427442;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.133;QD=38.1342;RBI=0.101038;REFB=0;REVB=0.0915513;RO=0;SAF=82;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240458;OID=.;OPOS=51914956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:86:191:191:0:0:190:191:1:108:82:0:0:108:83:0:0 chr6 51924774 . A G 1951.61 PASS AF=1;AO=204;DP=204;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3749;QD=38.2669;RBI=0.0788119;REFB=0;REVB=0.0720272;RO=0;SAF=100;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145198;OID=.;OPOS=51924774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:92:204:204:0:0:204:204:1:104:100:0:0:104:100:0:0 chr6 51935747 . C T 2080.68 PASS AF=1;AO=217;DP=219;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160776;FXX=0.004566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=348.812;QD=38.1776;RBI=0.0166791;REFB=-0.0314039;REVB=-0.00443869;RO=1;SAF=128;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00532314;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66098e-06;OID=.;OPOS=51935747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:90:219:218:1:0:217:218:1:89:128:0:1:89:129:0:0 chr6 64498055 . T A 421.73 PASS AF=0.510638;AO=98;DP=191;FAO=96;FDP=188;FR=.;FRO=92;FSAF=33;FSAR=63;FSRF=35;FSRR=57;FWDB=0.075421;FXX=0.0208322;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.282;QD=8.97291;RBI=0.0761205;REFB=-0.0121116;REVB=-0.0102957;RO=92;SAF=35;SAR=63;SRF=35;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222316;STB=0.519647;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.011036;OID=.;OPOS=64498055;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:188:92:92:98:96:0.510638:63:35:35:57:63:33:35:57 chr6 64694354 . C T 424.56 PASS AF=0.535294;AO=91;DP=171;FAO=91;FDP=170;FR=.;FRO=79;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.0276449;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.56;QD=9.98959;RBI=0.034273;REFB=-0.0148312;REVB=0.0202584;RO=79;SAF=49;SAR=42;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596152;STB=0.532602;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0150145;OID=.;OPOS=64694354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:170:79:79:91:91:0.535294:42:49:37:42:42:49:37:42 chr6 65016977 . TGA T 402.39 PASS AF=0.473451;AO=86;DP=225;FAO=107;FDP=226;FR=.;FRO=119;FSAF=90;FSAR=17;FSRF=114;FSRR=5;FWDB=-0.0655726;FXX=0.178175;HRUN=1;LEN=2;MLLD=106.653;QD=7.12194;RBI=0.0777463;REFB=-0.09861;REVB=0.04177;RO=107;SAF=86;SAR=0;SRF=101;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.822284;STB=0.636544;STBP=0.028;TYPE=del;VARB=0.116052;OID=.;OPOS=65016978;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473451:86:225:107:226:119:90:17:114:5:99:107:86:0:101:6 chr6 65098515 . T C 915.1 PASS AF=0.527132;AO=204;DP=387;FAO=204;FDP=387;FR=.;FRO=183;FSAF=106;FSAR=98;FSRF=99;FSRR=84;FWDB=-0.016674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.888;QD=9.45843;RBI=0.0410538;REFB=0.0104895;REVB=0.0375152;RO=182;SAF=106;SAR=98;SRF=98;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163484;STB=0.510131;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.00942102;OID=.;OPOS=65098515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:387:387:182:183:204:204:0.527132:98:106:98:84:98:106:99:84 chr6 65098768 . A G 453.74 PASS AF=0.545455;AO=96;DP=176;FAO=96;FDP=176;FR=.;FRO=80;FSAF=37;FSAR=59;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.0024855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.365;QD=10.3123;RBI=0.130753;REFB=-0.0311805;REVB=0.13073;RO=79;SAF=37;SAR=59;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603793;STB=0.536356;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0291079;OID=.;OPOS=65098768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:79:80:96:96:0.545455:59:37:36:43:59:37:37:43 chr6 65149185 . T A 810.48 PASS AF=0.51831;AO=184;DP=357;FAO=184;FDP=355;FR=.;FRO=171;FSAF=87;FSAR=97;FSRF=77;FSRR=94;FWDB=0.0099193;FXX=0.00560208;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.7535;QD=9.13215;RBI=0.0224274;REFB=-0.0257113;REVB=0.0201146;RO=171;SAF=87;SAR=97;SRF=77;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199618;STB=0.510898;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0249318;OID=.;OPOS=65149185;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:357:355:171:171:184:184:0.51831:97:87:77:94:97:87:77:94 chr6 65336143 . G A 2810.4 PASS AF=0.954955;AO=314;DP=331;FAO=318;FDP=333;FR=.;FRO=15;FSAF=154;FSAR=164;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0358981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9018;QD=33.7586;RBI=0.0775291;REFB=0.0249869;REVB=-0.0687174;RO=15;SAF=154;SAR=160;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268721;STB=0.514222;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0400488;OID=.;OPOS=65336143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:45:331:333:15:15:314:318:0.954955:160:154:12:3:164:154:12:3 chr6 65611952 . T TATTA 1786.19 PASS AF=1;AO=185;DP=191;FAO=187;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146642;FXX=0.0157886;HRUN=0;LEN=4;MLLD=418.095;QD=38.2072;RBI=0.024664;REFB=0.0058015;REVB=-0.0198312;RO=2;SAF=106;SAR=79;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00151796;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-1.80159e-05;OID=.;OPOS=65611953;OREF=-;OALT=ATTA;OMAPALT=TATTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:185:191:187:187:0:106:81:0:0:76:2:106:79:1:1 chr6 65622463 . A G 2273.08 PASS AF=1;AO=238;DP=239;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=200;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0683875;FXX=0.00418393;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.2158;QD=38.203;RBI=0.069791;REFB=-0.0531505;REVB=0.0139258;RO=1;SAF=200;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123742;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.91772e-05;OID=.;OPOS=65622463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:98:239:238:1:0:238:238:1:38:200:0:1:38:200:0:0 chr6 65622662 . G C 2760.09 PASS AF=1;AO=287;DP=288;FAO=287;FDP=287;FR=.;FRO=0;FSAF=128;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423722;FXX=0.0034721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.379;QD=38.4682;RBI=0.122448;REFB=0;REVB=0.114883;RO=0;SAF=128;SAR=159;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.17388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19025e-05;OID=.;OPOS=65622662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:288:287:0:0:287:287:1:159:128:0:0:159:128:0:0 chr6 65767634 . G A 138.69 PASS AF=0.373418;AO=43;DP=141;FAO=59;FDP=158;FR=.;FRO=99;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=51;FSRR=48;FWDB=0.00089238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5165;QD=3.51104;RBI=0.0278124;REFB=-0.00197775;REVB=-0.027798;RO=71;SAF=30;SAR=13;SRF=44;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962263;STB=0.504184;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00368838;OID=.;OPOS=65767634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:158:71:99:43:59:0.373418:13:30:44:27:29:30:51:48 chr6 66005857 . T A 932.86 PASS AF=0.52381;AO=211;DP=404;FAO=209;FDP=399;FR=.;FRO=190;FSAF=98;FSAR=111;FSRF=97;FSRR=93;FWDB=0.0130124;FXX=0.00249994;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.832;QD=9.35202;RBI=0.0131914;REFB=0.00349055;REVB=-0.00216582;RO=192;SAF=100;SAR=111;SRF=98;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031899;STB=0.519848;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.00298251;OID=.;OPOS=66005857;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:404:399:192:190:211:209:0.52381:111:100:98:94:111:98:97:93 chr6 66005888 . C T 756.19 PASS AF=0.475;AO=193;DP=406;FAO=190;FDP=400;FR=.;FRO=210;FSAF=96;FSAR=94;FSRF=97;FSRR=113;FWDB=-0.00346747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.756;QD=7.56189;RBI=0.0333849;REFB=-0.0272848;REVB=-0.0332043;RO=212;SAF=98;SAR=95;SRF=99;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388225;STB=0.522752;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0286183;OID=.;OPOS=66005888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:406:400:212:210:193:190:0.475:95:98:99:113:94:96:97:113 chr6 66005970 . G A 438.44 PASS AF=0.472103;AO=110;DP=233;FAO=110;FDP=233;FR=.;FRO=123;FSAF=47;FSAR=63;FSRF=60;FSRR=63;FWDB=-0.0135893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.72;QD=7.52685;RBI=0.0480051;REFB=-0.0173092;REVB=-0.0460415;RO=122;SAF=47;SAR=63;SRF=60;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621838;STB=0.532332;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0244546;OID=.;OPOS=66005970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:122:123:110:110:0.472103:63:47:60:62:63:47:60:63 chr6 66112409 . A G 301.43 PASS AF=0.480263;AO=73;DP=152;FAO=73;FDP=152;FR=.;FRO=79;FSAF=64;FSAR=9;FSRF=63;FSRR=16;FWDB=0.00296414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.796;QD=7.93231;RBI=0.0440095;REFB=-0.0191074;REVB=-0.0439096;RO=79;SAF=64;SAR=9;SRF=63;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149066;STB=0.583278;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.01965;OID=.;OPOS=66112409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:79:79:73:73:0.480263:9:64:63:16:9:64:63:16 chr6 66204945 . G A 416.83 PASS AF=0.576389;AO=83;DP=144;FAO=83;FDP=144;FR=.;FRO=61;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.00538735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.778;QD=11.5785;RBI=0.116436;REFB=0.0054236;REVB=-0.116311;RO=60;SAF=51;SAR=32;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779597;STB=0.54648;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00366389;OID=.;OPOS=66204945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:60:61:83:83:0.576389:32:51:31:29:32:51:31:30 chr6 70944257 . T C 749.12 PASS AF=0.489247;AO=182;DP=372;FAO=182;FDP=372;FR=.;FRO=190;FSAF=84;FSAR=98;FSRF=99;FSRR=91;FWDB=-0.00927979;FXX=0.00268089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.013;QD=8.05504;RBI=0.0136773;REFB=-0.0301095;REVB=0.0100476;RO=189;SAF=84;SAR=98;SRF=99;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578822;STB=0.530431;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0345095;OID=.;OPOS=70944257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:372:372:189:190:182:182:0.489247:98:84:99:90:98:84:99:91 chr6 70950345 . TCAAA T 32.19 PASS AF=0.5;AO=6;DP=14;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=4;MLLD=22.3828;QD=7.15361;RBI=0.188695;REFB=-0.193291;REVB=-0.188695;RO=2;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.151135;OID=.;OPOS=70950346;OREF=CAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:6:14:9:18:9:0:9:0:9:32:2:0:6:0:2 chr6 70961745 . A G 2344.43 PASS AF=1;AO=246;DP=247;FAO=246;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=182;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172566;FXX=0.00404842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2129;QD=38.1209;RBI=0.0303706;REFB=-0.0399779;REVB=0.0249917;RO=1;SAF=182;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00738877;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294655;OID=.;OPOS=70961745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:247:246:1:0:246:246:1:64:182:0:1:64:182:0:0 chr6 70961833 . T C 3263.06 PASS AF=1;AO=334;DP=338;FAO=348;FDP=348;FR=.;FRO=0;FSAF=167;FSAR=181;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174492;FXX=0.0279322;HRUN=1;LEN=1;MLLD=347.958;QD=37.5064;RBI=0.0196464;REFB=-0.0203128;REVB=0.00902796;RO=2;SAF=161;SAR=173;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0002043;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103221;OID=.;OPOS=70961833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:338:348:2:0:334:348:1:173:161:1:1:181:167:0:0 chr6 70963156 . T G 1280 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568795;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8825;QD=38.2089;RBI=0.0677216;REFB=0;REVB=-0.0367552;RO=0;SAF=49;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106201;OID=.;OPOS=70963156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:61:135:134:0:0:134:134:1:85:49:0:0:85:49:0:0 chr6 70963232 . A G 1301.32 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.133;QD=38.2743;RBI=0.0295809;REFB=0;REVB=0.0172496;RO=0;SAF=50;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.20822e-06;OID=.;OPOS=70963232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:61:136:136:0:0:136:136:1:86:50:0:0:86:50:0:0 chr6 70963247 . T C 287.7 PASS AF=0.496296;AO=67;DP=137;FAO=67;FDP=135;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=0.00261366;FXX=0.0145975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.761;QD=8.52451;RBI=0.0156827;REFB=-0.00642906;REVB=0.0154633;RO=68;SAF=25;SAR=42;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00536168;STB=0.502958;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00493898;OID=.;OPOS=70963247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:135:68:68:67:67:0.496296:42:25:25:43:42:25:25:43 chr6 70976303 . A T 192.17 PASS AF=0.421053;AO=52;DP=130;FAO=56;FDP=133;FR=.;FRO=77;FSAF=42;FSAR=14;FSRF=54;FSRR=23;FWDB=0.0718445;FXX=0.00746213;HRUN=6;LEN=1;MLLD=38.6239;QD=5.77962;RBI=0.0908214;REFB=0.00874327;REVB=0.0555599;RO=77;SAF=38;SAR=14;SRF=54;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387334;STB=0.536219;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.0081043;OID=.;OPOS=70976303;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:133:77:77:52:56:0.421053:14:38:54:23:14:42:54:23 chr6 70981794 . A G 255.8 PASS AF=0.647059;AO=44;DP=68;FAO=44;FDP=68;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00701808;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.753;QD=15.0468;RBI=0.00738187;REFB=-0.00651337;REVB=0.0022888;RO=24;SAF=13;SAR=31;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203094;STB=0.610896;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00234023;OID=.;OPOS=70981794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:68:68:24:24:44:44:0.647059:31:13:14:10:31:13:14:10 chr6 70983644 . TAATA T,TAATAAATAAATA 1070.37 PASS AF=0.630058,0.225434;AO=107,36;DP=170;FAO=109,39;FDP=173;FR=.;FRO=25;FSAF=53,17;FSAR=56,22;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.01504,-0.033711;FXX=0.0057468;HRUN=2,3;LEN=4,8;MLLD=202.045,53.4791;QD=24.7485;RBI=0.0408465,0.0343639;REFB=0.000286501,-0.0448148;REVB=0.0379768,-0.00666687;RO=6;SAF=51,16;SAR=56,20;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0526305,-0.146951;STB=0.550961,0.624544;STBP=0.015,0.015;TYPE=del,ins;VARB=0.00425659,-0.0044061;OID=.,.;OPOS=70983645,70983645;OREF=AATA,-;OALT=-,AATAAATA;OMAPALT=T,TAATAAATAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.630058,0.225434:107,36:170:109,39:173:25:53,17:56,22:19:6:72:6:51,16:56,20:6:0 chr6 70984436 . A G 645.28 PASS AF=0.489028;AO=156;DP=321;FAO=156;FDP=319;FR=.;FRO=163;FSAF=75;FSAR=81;FSRF=62;FSRR=101;FWDB=0.0139584;FXX=0.00623034;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.53;QD=8.09132;RBI=0.0192304;REFB=0.0186898;REVB=0.0132277;RO=159;SAF=75;SAR=81;SRF=60;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958131;STB=0.551575;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.0228627;OID=.;OPOS=70984436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:319:159:163:156:156:0.489028:81:75:60:99:81:75:62:101 chr6 70990670 . G A 559.26 PASS AF=0.46732;AO=143;DP=306;FAO=143;FDP=306;FR=.;FRO=163;FSAF=87;FSAR=56;FSRF=103;FSRR=60;FWDB=-0.00785413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9058;QD=7.31055;RBI=0.0346163;REFB=0.0267001;REVB=-0.0337135;RO=163;SAF=87;SAR=56;SRF=103;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239783;STB=0.513214;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.0307029;OID=.;OPOS=70990670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:306:163:163:143:143:0.46732:56:87:103:60:56:87:103:60 chr6 71012575 . T C 261.82 PASS AF=0.368421;AO=87;DP=244;FAO=91;FDP=247;FR=.;FRO=156;FSAF=8;FSAR=83;FSRF=91;FSRR=65;FWDB=-0.0168505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=377.438;QD=4.23996;RBI=0.0238122;REFB=-0.00565129;REVB=-0.0168251;RO=156;SAF=4;SAR=83;SRF=91;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.740398;STB=0.873962;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00934883;OID=.;OPOS=71012575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:247:156:156:87:91:0.368421:83:4:91:65:83:8:91:65 chr6 80837239 . A G 444.03 PASS AF=0.419355;AO=125;DP=328;FAO=130;FDP=310;FR=.;FRO=180;FSAF=65;FSAR=65;FSRF=101;FSRR=79;FWDB=0.106701;FXX=0.0548764;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.29;QD=5.72941;RBI=0.109382;REFB=-0.0460197;REVB=-0.0240691;RO=154;SAF=65;SAR=60;SRF=98;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11697;STB=0.535478;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0347916;OID=.;OPOS=80837239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:328:310:154:180:125:130:0.419355:60:65:98:56:65:65:101:79 chr6 80837253 . G T 614.41 PASS AF=0.519737;AO=94;DP=248;FAO=158;FDP=304;FR=.;FRO=146;FSAF=51;FSAR=107;FSRF=52;FSRR=94;FWDB=0.0965167;FXX=0.0129866;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.643;QD=8.08429;RBI=0.105632;REFB=-0.0970653;REVB=0.0429272;RO=147;SAF=19;SAR=75;SRF=53;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223367;STB=0.518097;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0204201;OID=.;OPOS=80837253;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:304:147:146:94:158:0.519737:75:19:53:94:107:51:52:94 chr6 80982701 . G A 799.54 PASS AF=0.554455;AO=168;DP=303;FAO=168;FDP=303;FR=.;FRO=135;FSAF=92;FSAR=76;FSRF=71;FSRR=64;FWDB=-0.0544179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.593;QD=10.555;RBI=0.0904658;REFB=-0.0302091;REVB=-0.0722686;RO=135;SAF=92;SAR=76;SRF=71;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179129;STB=0.509734;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0232707;OID=.;OPOS=80982701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:303:135:135:168:168:0.554455:76:92:71:64:76:92:71:64 chr6 116950734 . G A 652.24 PASS AF=0.490625;AO=157;DP=320;FAO=157;FDP=320;FR=.;FRO=163;FSAF=91;FSAR=66;FSRF=79;FSRR=84;FWDB=-0.00991685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9274;QD=8.15303;RBI=0.0374333;REFB=-0.0163294;REVB=-0.0360958;RO=163;SAF=91;SAR=66;SRF=79;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889486;STB=0.548848;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0162667;OID=.;OPOS=116950734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:320:163:163:157:157:0.490625:66:91:79:84:66:91:79:84 chr6 116950833 . T C 589.75 PASS AF=0.425;AO=245;DP=562;FAO=170;FDP=400;FR=.;FRO=230;FSAF=93;FSAR=77;FSRF=104;FSRR=126;FWDB=0.0417848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4144;QD=5.89747;RBI=0.0460557;REFB=-0.0240711;REVB=0.0193689;RO=317;SAF=119;SAR=126;SRF=139;SRR=178;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482351;STB=0.554475;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.033885;OID=.;OPOS=116950833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:562:400:317:230:245:170:0.425:126:119:139:178:77:93:104:126 chr6 143784031 . AT A 2249.21 PASS AF=1;AO=219;DP=342;FAO=349;FDP=349;FR=.;FRO=0;FSAF=191;FSAR=158;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0531368;FXX=0.0141239;HRUN=8;LEN=1;MLLD=12.6038;QD=25.7789;RBI=0.107005;REFB=0;REVB=0.0928794;RO=22;SAF=96;SAR=123;SRF=0;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779675;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000585477;OID=.;OPOS=143784032;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:219:342:349:349:0:191:158:0:0:95:22:96:123:0:22 chr6 143789181 . A T 2409.05 PASS AF=1;AO=198;DP=255;FAO=253;FDP=253;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=103;FSAR=150;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02063;FXX=0.00784283;HRUN=5;LEN=1;MLLD=371.464;QD=38.0878;RBI=0.0232865;REFB=0;REVB=0.010801;RO=0;SAF=101;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049598;OID=.;OPOS=143789181;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:255:253:0:0:198:253:1:97:101:0:0:150:103:0:0 chr6 143792675 . T C 959.03 PASS AF=0.53;AO=304;DP=597;FAO=212;FDP=400;FR=.;FRO=188;FSAF=117;FSAR=95;FSRF=98;FSRR=90;FWDB=0.038896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.378;QD=9.59025;RBI=0.0391345;REFB=-0.007502;REVB=0.00431331;RO=292;SAF=160;SAR=144;SRF=149;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144242;STB=0.514498;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00608359;OID=.;OPOS=143792675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:597:400:292:188:304:212:0.53:144:160:149:143:95:117:98:90 chr7 21582917 . C T 18.54 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.00713095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=360.749;QD=3.22495;RBI=0.0242624;REFB=-0.00321844;REVB=0.0231909;RO=17;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227996;STB=0.642457;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0090693;OID=.;OPOS=21582917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:23:23:17:17:6:6:0.26087:2:4:14:3:2:4:14:3 chr7 21582963 . GA TT 1030.43 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00891738;FXX=0.0183469;HRUN=2;LEN=2;MLLD=236.303;QD=38.5209;RBI=0.0946389;REFB=0;REVB=0.0942179;RO=0;SAF=60;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71637e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000150438;OID=.;OPOS=21582963;OREF=GA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:48:109:107:0:0:107:107:1:47:60:0:0:47:60:0:0 chr7 21584820 . A G 2934.1 PASS AF=1;AO=307;DP=308;FAO=307;FDP=307;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=181;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0452519;FXX=0.00324665;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.7972;QD=38.2293;RBI=0.0614527;REFB=-0.0256206;REVB=0.0415776;RO=1;SAF=126;SAR=181;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00262805;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33171e-05;OID=.;OPOS=21584820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:308:307:1:0:307:307:1:181:126:0:1:181:126:0:0 chr7 21599233 . C T 2657.51 PASS AF=1;AO=276;DP=278;FAO=276;FDP=276;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=228;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218821;FXX=0.0107523;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.087;QD=38.5146;RBI=0.0533918;REFB=0;REVB=0.0487017;RO=0;SAF=48;SAR=228;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52395e-05;OID=.;OPOS=21599233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:278:276:0:0:276:276:1:228:48:0:0:228:48:0:0 chr7 21611399 . G C 500.4 PASS AF=0.47191;AO=126;DP=267;FAO=126;FDP=267;FR=.;FRO=141;FSAF=52;FSAR=74;FSRF=74;FSRR=67;FWDB=-0.0178821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0736;QD=7.49655;RBI=0.06518;REFB=-0.00719916;REVB=-0.062679;RO=141;SAF=52;SAR=74;SRF=74;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108377;STB=0.559789;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00871724;OID=.;OPOS=21611399;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:141:141:126:126:0.47191:74:52:74:67:74:52:74:67 chr7 21628197 . A G 350.67 PASS AF=0.436364;AO=96;DP=220;FAO=96;FDP=220;FR=.;FRO=124;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=61;FSRR=63;FWDB=0.0144338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.092;QD=6.37585;RBI=0.0148398;REFB=-0.0144848;REVB=-0.00344728;RO=124;SAF=53;SAR=43;SRF=61;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611517;STB=0.534023;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0198461;OID=.;OPOS=21628197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:124:124:96:96:0.436364:43:53:61:63:43:53:61:63 chr7 21628237 . C T 2089.3 PASS AF=1;AO=214;DP=214;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0830551;FXX=0.00904936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.792;QD=38.1608;RBI=0.0844903;REFB=0;REVB=-0.0155068;RO=0;SAF=106;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70016e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001027;OID=.;OPOS=21628237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:214:219:0:0:214:219:1:108:106:0:0:108:111:0:0 chr7 21628242 . C G 340.62 PASS AF=0.429864;AO=95;DP=221;FAO=95;FDP=221;FR=.;FRO=126;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=60;FSRR=66;FWDB=0.0126407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.104;QD=6.16507;RBI=0.013199;REFB=-0.0262959;REVB=-0.00379841;RO=126;SAF=53;SAR=42;SRF=60;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838047;STB=0.546695;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0332528;OID=.;OPOS=21628242;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:221:126:126:95:95:0.429864:42:53:60:66:42:53:60:66 chr7 21630982 . A G 809.03 PASS AF=1;AO=81;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105968;FXX=0.0543419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3394;QD=37.197;RBI=0.0675287;REFB=0;REVB=0.0666921;RO=0;SAF=58;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0036555;OID=.;OPOS=21630982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:37:86:87:0:0:81:87:1:23:58:0:0:29:58:0:0 chr7 21640405 . A G 3058.43 PASS AF=1;AO=318;DP=318;FAO=318;FDP=318;FR=.;FRO=0;FSAF=160;FSAR=158;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0596255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.019;QD=38.4708;RBI=0.0637592;REFB=0;REVB=0.0225841;RO=0;SAF=160;SAR=158;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.66974e-05;OID=.;OPOS=21640405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:318:318:0:0:318:318:1:158:160:0:0:158:160:0:0 chr7 21640618 . C G 730.15 PASS AF=0.4675;AO=275;DP=599;FAO=187;FDP=400;FR=.;FRO=213;FSAF=104;FSAR=83;FSRF=89;FSRR=124;FWDB=0.0149491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.203;QD=7.30148;RBI=0.0283075;REFB=-0.0261021;REVB=-0.0240383;RO=324;SAF=127;SAR=148;SRF=139;SRR=185;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324939;STB=0.573354;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0251864;OID=.;OPOS=21640618;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:599:400:324:213:275:187:0.4675:148:127:139:185:83:104:89:124 chr7 21641218 . G A 3769.34 PASS AF=1;AO=480;DP=483;FAO=397;FDP=397;FR=.;FRO=0;FSAF=193;FSAR=204;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0639725;FXX=0.00749981;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0449;QD=37.9782;RBI=0.104774;REFB=-0.0177855;REVB=-0.0829761;RO=3;SAF=234;SAR=246;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00608079;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195859;OID=.;OPOS=21641218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:483:397:3:0:480:397:1:246:234:3:0:204:193:0:0 chr7 21654602 . C T 2625.34 PASS AF=1;AO=273;DP=274;FAO=274;FDP=274;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=151;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0089613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.896;QD=38.3262;RBI=0.0972861;REFB=0;REVB=-0.0968725;RO=0;SAF=123;SAR=150;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187113;OID=.;OPOS=21654602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:274:274:0:0:273:274:1:150:123:0:0:151:123:0:0 chr7 21658855 . A G 768.38 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.012;QD=38.419;RBI=0.0310209;REFB=0;REVB=-0.00718753;RO=0;SAF=6;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58445e-05;OID=.;OPOS=21658855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:36:79:80:0:0:79:80:1:73:6:0:0:74:6:0:0 chr7 21659554 . A ATTAAT 846.7 PASS AF=0.96875;AO=92;DP=100;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0437371;FXX=0.0303;HRUN=2;LEN=5;MLLD=188.688;QD=35.2792;RBI=0.046525;REFB=-0.105867;REVB=-0.0158632;RO=4;SAF=44;SAR=48;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021458;STB=0.505715;STBP=0.497;TYPE=ins;VARB=0.00167828;OID=.;OPOS=21659555;OREF=-;OALT=TTAAT;OMAPALT=ATTAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.96875:92:100:93:96:3:45:48:2:1:22:4:44:48:3:1 chr7 21744039 . T G 526.9 PASS AF=0.466667;AO=113;DP=326;FAO=154;FDP=330;FR=.;FRO=176;FSAF=78;FSAR=76;FSRF=87;FSRR=89;FWDB=0.0198699;FXX=0.0265479;HRUN=9;LEN=1;MLLD=51.6558;QD=6.38662;RBI=0.0427955;REFB=-0.00695575;REVB=0.0379031;RO=106;SAF=54;SAR=59;SRF=39;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097962;STB=0.506493;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00458992;OID=.;OPOS=21744039;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:326:330:106:176:113:154:0.466667:59:54:39:67:76:78:87:89 chr7 21745061 . A G 521.78 PASS AF=0.46831;AO=130;DP=281;FAO=133;FDP=284;FR=.;FRO=151;FSAF=67;FSAR=66;FSRF=63;FSRR=88;FWDB=0.0728083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0896;QD=7.34895;RBI=0.0964712;REFB=-0.00469801;REVB=0.0632902;RO=151;SAF=64;SAR=66;SRF=63;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732229;STB=0.545977;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00577547;OID=.;OPOS=21745061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:284:151:151:130:133:0.46831:66:64:63:88:66:67:63:88 chr7 21765452 . C T 2415.74 PASS AF=1;AO=252;DP=252;FAO=253;FDP=253;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6384;QD=38.1935;RBI=0.0603718;REFB=0;REVB=-0.0582305;RO=0;SAF=108;SAR=144;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000235085;OID=.;OPOS=21765452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:252:253:0:0:252:253:1:144:108:0:0:144:109:0:0 chr7 21775153 . A C 2627.39 PASS AF=1;AO=274;DP=275;FAO=274;FDP=274;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00885345;FXX=0.00363623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.257;QD=38.3561;RBI=0.0437975;REFB=0;REVB=0.0428934;RO=0;SAF=126;SAR=148;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22673e-05;OID=.;OPOS=21775153;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:275:274:0:0:274:274:1:148:126:0:0:148:126:0:0 chr7 21775210 . A G 2772.42 PASS AF=1;AO=289;DP=290;FAO=289;FDP=289;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=171;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00760186;FXX=0.0203383;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.369;QD=38.3725;RBI=0.0356008;REFB=0;REVB=0.0347797;RO=0;SAF=118;SAR=171;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.54671e-05;OID=.;OPOS=21775210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:290:289:0:0:289:289:1:171:118:0:0:171:118:0:0 chr7 21775443 . G A 2893.48 PASS AF=1;AO=300;DP=301;FAO=302;FDP=302;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=187;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0842675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.084;QD=38.3242;RBI=0.0905296;REFB=0;REVB=-0.0330846;RO=0;SAF=114;SAR=186;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00754e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.38709e-05;OID=.;OPOS=21775443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:301:302:0:0:300:302:1:186:114:0:0:187:115:0:0 chr7 21778449 . C T 1723.34 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0660156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0889;QD=38.5105;RBI=0.0795086;REFB=0;REVB=-0.044312;RO=0;SAF=79;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101722;OID=.;OPOS=21778449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:81:179:179:0:0:179:179:1:100:79:0:0:100:79:0:0 chr7 21779278 . A G 3698.06 PASS AF=1;AO=386;DP=386;FAO=385;FDP=385;FR=.;FRO=0;FSAF=173;FSAR=212;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232256;FXX=0.00259061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.791;QD=38.4214;RBI=0.0315923;REFB=0;REVB=0.021416;RO=0;SAF=174;SAR=212;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19676e-05;OID=.;OPOS=21779278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:386:385:0:0:386:385:1:212:174:0:0:212:173:0:0 chr7 21847457 . A G 410.86 PASS AF=0.492147;AO=93;DP=192;FAO=94;FDP=191;FR=.;FRO=97;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=58;FSRR=39;FWDB=0.00817513;FXX=0.0947822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.591;QD=8.60433;RBI=0.0510315;REFB=-0.0291625;REVB=0.0503724;RO=91;SAF=40;SAR=53;SRF=52;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127224;STB=0.581755;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0274761;OID=.;OPOS=21847457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:91:97:93:94:0.492147:53:40:52:39:53:41:58:39 chr7 21856151 . G A 686.12 PASS AF=0.53169;AO=151;DP=284;FAO=151;FDP=284;FR=.;FRO=133;FSAF=78;FSAR=73;FSRF=56;FSRR=77;FWDB=0.0163947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.915;QD=9.66361;RBI=0.0282038;REFB=0.00198413;REVB=-0.0229493;RO=133;SAF=78;SAR=73;SRF=56;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818765;STB=0.544636;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.00144395;OID=.;OPOS=21856151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:284:133:133:151:151:0.53169:73:78:56:77:73:78:56:77 chr7 21893993 . G T 336.57 PASS AF=0.462366;AO=86;DP=186;FAO=86;FDP=186;FR=.;FRO=100;FSAF=29;FSAR=57;FSRF=45;FSRR=55;FWDB=0.0792052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.964;QD=7.2381;RBI=0.0793269;REFB=-0.00516177;REVB=0.00439168;RO=100;SAF=29;SAR=57;SRF=45;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116975;STB=0.564946;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00501917;OID=.;OPOS=21893993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:100:100:86:86:0.462366:57:29:45:55:57:29:45:55 chr7 21901566 . T C 1353.86 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109898;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.941;QD=38.137;RBI=0.120816;REFB=0;REVB=-0.0501898;RO=0;SAF=69;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268941;OID=.;OPOS=21901566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:64:143:142:0:0:143:142:1:74:69:0:0:73:69:0:0 chr7 21907458 . A G 3010.32 PASS AF=1;AO=314;DP=314;FAO=314;FDP=314;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=170;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3766;QD=38.348;RBI=0.103292;REFB=0;REVB=0.101686;RO=0;SAF=144;SAR=170;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176433;OID=.;OPOS=21907458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:314:314:0:0:314:314:1:170:144:0:0:170:144:0:0 chr7 21923867 . C G 356.39 PASS AF=0.5;AO=82;DP=166;FAO=83;FDP=166;FR=.;FRO=83;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=0.0129183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0782;QD=8.58763;RBI=0.0350493;REFB=-0.0352367;REVB=-0.0325817;RO=83;SAF=41;SAR=41;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165079;STB=0.512044;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0328855;OID=.;OPOS=21923867;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:83:83:82:83:0.5:41:41:43:40:42:41:43:40 chr7 21924014 . A G 1481.92 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0340266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.262;QD=38.243;RBI=0.0493977;REFB=0;REVB=0.0358095;RO=0;SAF=91;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62214e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83965e-06;OID=.;OPOS=21924014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:70:155:155:0:0:155:155:1:64:91:0:0:64:91:0:0 chr7 21932044 . C T 2729.3 PASS AF=1;AO=286;DP=287;FAO=286;FDP=286;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0698912;FXX=0.0034842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.956;QD=38.1721;RBI=0.0718699;REFB=-0.0102623;REVB=0.0167483;RO=1;SAF=133;SAR=153;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00357209;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133778;OID=.;OPOS=21932044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:287:286:1:0:286:286:1:153:133:1:0:153:133:0:0 chr7 33136983 . G A 3506.42 PASS AF=1;AO=349;DP=350;FAO=365;FDP=365;FR=.;FRO=0;FSAF=189;FSAR=176;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00329145;FXX=0.00815195;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5302;QD=38.4265;RBI=0.0366365;REFB=0;REVB=-0.0364884;RO=0;SAF=178;SAR=171;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.41821e-05;OID=.;OPOS=33136983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:350:365:0:0:349:365:1:171:178:0:0:176:189:0:0 chr7 33148712 . A G 46.73 PASS AF=0.25;AO=22;DP=107;FAO=25;FDP=100;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=2;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=0.0326973;FXX=0.137919;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.569;QD=1.86905;RBI=0.0525676;REFB=-0.000487706;REVB=-0.0411611;RO=75;SAF=22;SAR=0;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.758716;STB=0.855231;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00161521;OID=.;OPOS=33148712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:107:100:75:75:22:25:0.25:0:22:43:32:2:23:43:32 chr7 37903904 . C T 3398.02 PASS AF=1;AO=244;DP=352;FAO=352;FDP=352;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=236;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.291301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5205;QD=38.6138;RBI=0.293365;REFB=0;REVB=0.0347376;RO=0;SAF=128;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.71315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000709948;OID=.;OPOS=37903904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:352:352:0:0:244:352:1:116:128:0:0:116:236:0:0 chr7 37907304 . T C 1530.51 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.716;QD=38.5033;RBI=0.033363;REFB=0;REVB=0.024954;RO=0;SAF=81;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30759e-05;OID=.;OPOS=37907304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:72:159:159:0:0:159:159:1:78:81:0:0:78:81:0:0 chr7 37916455 . A G 521.63 PASS AF=0.479554;AO=127;DP=267;FAO=129;FDP=269;FR=.;FRO=140;FSAF=60;FSAR=69;FSRF=69;FSRR=71;FWDB=0.00511303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.462;QD=7.75661;RBI=0.0393931;REFB=-0.00331942;REVB=0.0390599;RO=139;SAF=58;SAR=69;SRF=68;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309826;STB=0.514477;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00370776;OID=.;OPOS=37916455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:269:139:140:127:129:0.479554:69:58:68:71:69:60:69:71 chr7 37923849 . G A 1518.32 PASS AF=1;AO=158;DP=158;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0672924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1793;QD=38.4386;RBI=0.0707093;REFB=0;REVB=-0.0217149;RO=0;SAF=75;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38974e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000446611;OID=.;OPOS=37923849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:71:158:158:0:0:158:158:1:83:75:0:0:83:75:0:0 chr7 37924737 . T G 2184.33 PASS AF=1;AO=230;DP=231;FAO=230;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=140;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170609;FXX=0.00432882;HRUN=4;LEN=1;MLLD=371.782;QD=37.9884;RBI=0.0200158;REFB=-0.0110728;REVB=0.0104669;RO=1;SAF=140;SAR=90;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00526542;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58803e-05;OID=.;OPOS=37924737;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:95:231:230:1:0:230:230:1:90:140:0:1:90:140:0:0 chr7 37927779 . T G 1541.92 PASS AF=1;AO=163;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0799276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.204;QD=37.6077;RBI=0.0831928;REFB=-0.0660113;REVB=-0.0230785;RO=1;SAF=74;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00638715;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247961;OID=.;OPOS=37927779;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:67:164:164:1:0:163:164:1:89:74:1:0:89:75:0:0 chr7 65551931 . T C 1181.74 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00286371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=352.175;QD=38.1207;RBI=0.0175258;REFB=0;REVB=0.0172902;RO=0;SAF=60;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47389e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.42778e-06;OID=.;OPOS=65551931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:56:124:124:0:0:124:124:1:64:60:0:0:64:60:0:0 chr7 65554352 . C T 3282.56 PASS AF=1;AO=344;DP=345;FAO=344;FDP=344;FR=.;FRO=0;FSAF=189;FSAR=155;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022307;FXX=0.00289847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.454;QD=38.1693;RBI=0.0736356;REFB=-0.0410203;REVB=0.0701755;RO=1;SAF=189;SAR=155;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00251774;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05415e-05;OID=.;OPOS=65554352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:345:344:1:0:344:344:1:155:189:1:0:155:189:0:0 chr7 73467650 . CTGTG C 1101.99 PASS AF=1;AO=90;DP=129;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.132048;FXX=0.212314;HRUN=1;LEN=4;MLLD=166.898;QD=38.3301;RBI=0.149585;REFB=0;REVB=0.0702786;RO=0;SAF=15;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00029619;OID=.;OPOS=73467651;OREF=TGTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:90:129:115:115:0:18:97:0:0:52:0:15:75:0:0 chr7 73470714 . G A 136.37 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.00852034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.153;QD=5.92911;RBI=0.0107388;REFB=0.00373566;REVB=0.00653654;RO=54;SAF=18;SAR=20;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273344;STB=0.515456;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.00511743;OID=.;OPOS=73470714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:54:38:38:0.413043:20:18:27:27:20:18:27:27 chr7 73472050 . C T 180.58 PASS AF=0.611111;AO=32;DP=53;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.154648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.623;QD=13.3762;RBI=0.15469;REFB=-0.00751358;REVB=-0.00361073;RO=21;SAF=12;SAR=20;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148384;STB=0.585822;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00670779;OID=.;OPOS=73472050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:53:54:21:21:32:33:0.611111:20:12:4:17:20:13:4:17 chr7 91630620 . G T 360.03 PASS AF=0.383117;AO=118;DP=308;FAO=118;FDP=308;FR=.;FRO=190;FSAF=55;FSAR=63;FSRF=90;FSRR=100;FWDB=-0.0105992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.414;QD=4.67577;RBI=0.0161849;REFB=0.000378146;REVB=0.0122314;RO=189;SAF=55;SAR=63;SRF=90;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110803;STB=0.504695;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.000397642;OID=.;OPOS=91630620;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:308:189:190:118:118:0.383117:63:55:90:99:63:55:90:100 chr7 91632306 . C T 3825.43 PASS AF=1;AO=446;DP=447;FAO=399;FDP=399;FR=.;FRO=0;FSAF=188;FSAR=211;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117285;FXX=0.00249994;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.515;QD=38.3501;RBI=0.0273752;REFB=-0.0360906;REVB=0.0247355;RO=0;SAF=211;SAR=235;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7194e-05;OID=.;OPOS=91632306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:447:399:0:0:446:399:1:235:211:0:0:211:188:0:0 chr7 91641928 . A G 554.36 PASS AF=0.475862;AO=138;DP=290;FAO=138;FDP=290;FR=.;FRO=152;FSAF=55;FSAR=83;FSRF=72;FSRR=80;FWDB=0.0223272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.717;QD=7.64639;RBI=0.0230991;REFB=-0.0328046;REVB=0.00592131;RO=152;SAF=55;SAR=83;SRF=72;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732847;STB=0.540392;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.038626;OID=.;OPOS=91641928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:290:152:152:138:138:0.475862:83:55:72:80:83:55:72:80 chr7 91652178 . A AAAC 426.45 PASS AF=0.431655;AO=111;DP=299;FAO=120;FDP=278;FR=.;FRO=158;FSAF=48;FSAR=72;FSRF=66;FSRR=92;FWDB=0.0116764;FXX=0.0035841;HRUN=3;LEN=3;MLLD=311.467;QD=6.13594;RBI=0.0144236;REFB=0.0217514;REVB=0.0084677;RO=179;SAF=48;SAR=63;SRF=85;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470121;STB=0.510446;STBP=0.794;TYPE=ins;VARB=-0.0263308;OID=.;OPOS=91652179;OREF=-;OALT=AAC;OMAPALT=AAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431655:111:299:120:278:158:48:72:66:92:99:179:48:63:85:94 chr7 91667692 . T G 582.86 PASS AF=0.533613;AO=126;DP=238;FAO=127;FDP=238;FR=.;FRO=111;FSAF=47;FSAR=80;FSRF=49;FSRR=62;FWDB=0.0164527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.54;QD=9.7959;RBI=0.0198215;REFB=-0.0200616;REVB=0.0110544;RO=111;SAF=47;SAR=79;SRF=49;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616019;STB=0.535037;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0166424;OID=.;OPOS=91667692;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:111:111:126:127:0.533613:79:47:49:62:80:47:49:62 chr7 91674302 . G A 474.69 PASS AF=0.55;AO=99;DP=180;FAO=99;FDP=180;FR=.;FRO=81;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.0170384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5001;QD=10.5486;RBI=0.0579951;REFB=-0.0650691;REVB=-0.0554358;RO=80;SAF=45;SAR=54;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476675;STB=0.52887;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0518347;OID=.;OPOS=91674302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:80:81:99:99:0.55:54:45:41:39:54:45:42:39 chr7 91690457 . A G 716.56 PASS AF=0.521036;AO=160;DP=308;FAO=161;FDP=309;FR=.;FRO=148;FSAF=89;FSAR=72;FSRF=72;FSRR=76;FWDB=0.0348703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.264;QD=9.27586;RBI=0.044088;REFB=-0.00720849;REVB=0.026978;RO=148;SAF=88;SAR=72;SRF=72;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560711;STB=0.531897;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00703169;OID=.;OPOS=91690457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:309:148:148:160:161:0.521036:72:88:72:76:72:89:72:76 chr7 91691601 . C T 367.53 PASS AF=0.440529;AO=100;DP=227;FAO=100;FDP=227;FR=.;FRO=127;FSAF=35;FSAR=65;FSRF=51;FSRR=76;FWDB=0.0124358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=361.428;QD=6.47632;RBI=0.0156888;REFB=-0.0189632;REVB=0.00956495;RO=126;SAF=35;SAR=65;SRF=51;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591163;STB=0.53111;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0230403;OID=.;OPOS=91691601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:126:127:100:100:0.440529:65:35:51:75:65:35:51:76 chr7 91694743 . A G 425.43 PASS AF=0.542169;AO=90;DP=165;FAO=90;FDP=166;FR=.;FRO=76;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=26;FSRR=50;FWDB=-0.0569158;FXX=0.0119041;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.5062;QD=10.2513;RBI=0.103209;REFB=-0.0106986;REVB=-0.0860972;RO=75;SAF=34;SAR=56;SRF=26;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277588;STB=0.517515;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0077569;OID=.;OPOS=91694743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:166:75:76:90:90:0.542169:56:34:26:49:56:34:26:50 chr7 91707197 . C T 516.61 PASS AF=0.504202;AO=118;DP=235;FAO=120;FDP=238;FR=.;FRO=118;FSAF=61;FSAR=59;FSRF=60;FSRR=58;FWDB=0.00252898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.24;QD=8.68245;RBI=0.0324113;REFB=-0.0223377;REVB=-0.0323125;RO=117;SAF=61;SAR=57;SRF=60;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00374971;STB=0.50007;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0227677;OID=.;OPOS=91707197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:238:117:118:118:120:0.504202:57:61:60:57:59:61:60:58 chr7 91711791 . A G 262.32 PASS AF=0.427586;AO=57;DP=158;FAO=62;FDP=145;FR=.,HEALED;FRO=76;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.0257825;FXX=0.0937441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8845;QD=7.23653;RBI=0.045914;REFB=-0.0328075;REVB=-0.0379916;RO=60;SAF=33;SAR=24;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273494;STB=0.55213;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0407554;OID=.;OPOS=91711791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:145:60:76:57:62:0.427586:24:33:33:27:26:36:37:39 chr7 91712698 . A G 855.2 PASS AF=0.548193;AO=182;DP=332;FAO=182;FDP=332;FR=.;FRO=150;FSAF=116;FSAR=66;FSRF=88;FSRR=62;FWDB=0.0069035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.031;QD=10.3036;RBI=0.0133546;REFB=-0.0270211;REVB=0.0114318;RO=150;SAF=116;SAR=66;SRF=88;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449131;STB=0.524439;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0236851;OID=.;OPOS=91712698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:332:150:150:182:182:0.548193:66:116:88:62:66:116:88:62 chr7 91713017 . A T 605.41 PASS AF=0.623016;AO=55;DP=170;FAO=157;FDP=252;FR=.;FRO=95;FSAF=105;FSAR=52;FSRF=68;FSRR=27;FWDB=-0.00769628;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=65.5163;QD=9.6097;RBI=0.0897105;REFB=-0.0298862;REVB=0.0893798;RO=97;SAF=44;SAR=11;SRF=71;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109155;STB=0.520268;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00442735;OID=.;OPOS=91713017;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:252:97:95:55:157:0.623016:11:44:71:26:52:105:68:27 chr7 91713972 . C T 200.44 PASS AF=0.471154;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=38;FSRF=15;FSRR=40;FWDB=-0.0338344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.006;QD=7.70918;RBI=0.0338513;REFB=-0.0191135;REVB=0.00106971;RO=55;SAF=11;SAR=38;SRF=15;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630443;STB=0.535196;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0204649;OID=.;OPOS=91713972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:55:55:49:49:0.471154:38:11:15:40:38:11:15:40 chr7 91714911 . C T 3500.93 PASS AF=1;AO=363;DP=367;FAO=367;FDP=367;FR=.;FRO=0;FSAF=179;FSAR=188;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00114196;FXX=0.00810789;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.528;QD=38.1573;RBI=0.0422653;REFB=-0.0447747;REVB=0.0422499;RO=2;SAF=179;SAR=184;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00530125;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153703;OID=.;OPOS=91714911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:367:367:2:0:363:367:1:184:179:2:0:188:179:0:0 chr7 91715662 . C T 752.28 PASS AF=0.576336;AO=151;DP=262;FAO=151;FDP=262;FR=.;FRO=111;FSAF=74;FSAR=77;FSRF=52;FSRR=59;FWDB=0.000999347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.709;QD=11.4852;RBI=0.030683;REFB=-0.0406796;REVB=0.0306668;RO=111;SAF=74;SAR=77;SRF=52;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168913;STB=0.509156;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0306696;OID=.;OPOS=91715662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:111:111:151:151:0.576336:77:74:52:59:77:74:52:59 chr7 91726927 . A C 507.87 PASS AF=0.536585;AO=110;DP=205;FAO=110;FDP=205;FR=.;FRO=95;FSAF=69;FSAR=41;FSRF=66;FSRR=29;FWDB=-0.0185407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.401;QD=9.90969;RBI=0.0194679;REFB=-0.016806;REVB=0.00593666;RO=95;SAF=69;SAR=41;SRF=66;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623915;STB=0.534003;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0141476;OID=.;OPOS=91726927;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:95:95:110:110:0.536585:41:69:66:29:41:69:66:29 chr7 91727385 . G A 301.25 PASS AF=0.493056;AO=71;DP=144;FAO=71;FDP=144;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=20;FSRR=53;FWDB=-0.0334018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.102;QD=8.36797;RBI=0.0337722;REFB=0.000764142;REVB=-0.00498809;RO=73;SAF=30;SAR=41;SRF=20;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14391;STB=0.579034;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00101641;OID=.;OPOS=91727385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:73:73:71:71:0.493056:41:30:20:53:41:30:20:53 chr7 94027034 . C A 105.66 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00301192;FXX=0.0526223;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.864;QD=7.82693;RBI=0.0112959;REFB=0.00140192;REVB=-0.0108869;RO=29;SAF=16;SAR=9;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544296;STB=0.530781;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.00133902;OID=.;OPOS=94027034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:54:29:29:25:25:0.462963:9:16:17:12:9:16:17:12 chr7 94039032 . C T 495.55 PASS AF=0.497872;AO=117;DP=236;FAO=117;FDP=235;FR=.;FRO=118;FSAF=70;FSAR=47;FSRF=69;FSRR=49;FWDB=-0.000604618;FXX=0.00423711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.795;QD=8.4348;RBI=0.0255611;REFB=-0.0131311;REVB=0.025554;RO=118;SAF=70;SAR=47;SRF=69;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128441;STB=0.507054;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0122735;OID=.;OPOS=94039032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:235:118:118:117:117:0.497872:47:70:69:49:47:70:69:49 chr7 94039900 . C T 420.7 PASS AF=0.472973;AO=105;DP=222;FAO=105;FDP=222;FR=.;FRO=117;FSAF=59;FSAR=46;FSRF=65;FSRR=52;FWDB=-0.0629566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.669;QD=7.58022;RBI=0.063357;REFB=-0.00369073;REVB=-0.00711209;RO=117;SAF=59;SAR=46;SRF=65;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00615116;STB=0.503395;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00408496;OID=.;OPOS=94039900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:117:117:105:105:0.472973:46:59:65:52:46:59:65:52 chr7 94040133 . T A 768.02 PASS AF=0.519403;AO=174;DP=335;FAO=174;FDP=335;FR=.;FRO=161;FSAF=92;FSAR=82;FSRF=81;FSRR=80;FWDB=0.0657574;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=52.5651;QD=9.17041;RBI=0.0670363;REFB=0.0469848;REVB=-0.0130315;RO=161;SAF=92;SAR=82;SRF=81;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225961;STB=0.51234;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.0431783;OID=.;OPOS=94040133;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:335:335:161:161:174:174:0.519403:82:92:81:80:82:92:81:80 chr7 94043239 . C G 446.5 PASS AF=0.446097;AO=120;DP=269;FAO=120;FDP=269;FR=.;FRO=149;FSAF=44;FSAR=76;FSRF=63;FSRR=86;FWDB=0.0128477;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=322.417;QD=6.63938;RBI=0.0219027;REFB=0.00353536;REVB=0.0177388;RO=149;SAF=44;SAR=76;SRF=63;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592624;STB=0.532891;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.00447993;OID=.;OPOS=94043239;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:269:149:149:120:120:0.446097:76:44:63:86:76:44:63:86 chr7 94043274 . A G 421.46 PASS AF=0.432234;AO=118;DP=273;FAO=118;FDP=273;FR=.;FRO=155;FSAF=41;FSAR=77;FSRF=64;FSRR=91;FWDB=-0.0579334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.524;QD=6.17517;RBI=0.0607679;REFB=-0.0168804;REVB=0.0183429;RO=155;SAF=41;SAR=77;SRF=64;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717508;STB=0.539965;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0209907;OID=.;OPOS=94043274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:155:155:118:118:0.432234:77:41:64:91:77:41:64:91 chr7 95775859 . A C 68.48 PASS AF=0.219081;AO=47;DP=277;FAO=62;FDP=283;FR=.;FRO=221;FSAF=3;FSAR=59;FSRF=128;FSRR=93;FWDB=0.0302605;FXX=0.0566648;HRUN=14;LEN=1;MLLD=68.6113;QD=0.967859;RBI=0.0333547;REFB=-0.00707897;REVB=-0.0140301;RO=212;SAF=3;SAR=44;SRF=130;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.696468;STB=0.944135;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.032781;OID=.;OPOS=95775859;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:277:283:212:221:47:62:0.219081:44:3:130:82:59:3:128:93 chr7 95818878 . A T 70.36 PASS AF=0.346154;AO=16;DP=80;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=1;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=-0.0193991;FXX=0.0249969;HRUN=18;LEN=1;MLLD=40.0637;QD=3.60841;RBI=0.210003;REFB=0.0635962;REVB=0.209105;RO=57;SAF=0;SAR=16;SRF=15;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.709404;STB=0.869899;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.115862;OID=.;OPOS=95818878;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:80:78:57:51:16:27:0.346154:16:0:15:42:26:1:15:36 chr7 95838331 . A C 564.48 PASS AF=0.476351;AO=141;DP=296;FAO=141;FDP=296;FR=.;FRO=155;FSAF=87;FSAR=54;FSRF=97;FSRR=58;FWDB=0.00745423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.49;QD=7.62804;RBI=0.0328645;REFB=-0.00557971;REVB=0.0320079;RO=155;SAF=87;SAR=54;SRF=97;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886104;STB=0.504877;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00633318;OID=.;OPOS=95838331;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:296:155:155:141:141:0.476351:54:87:97:58:54:87:97:58 chr7 95864108 . T C 3633.05 PASS AF=1;AO=385;DP=389;FAO=385;FDP=385;FR=.;FRO=0;FSAF=192;FSAR=193;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0515109;FXX=0.0102825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4686;QD=37.746;RBI=0.0677805;REFB=0.0193692;REVB=-0.0440547;RO=4;SAF=192;SAR=193;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978612;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000331856;OID=.;OPOS=95864108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:389:385:4:0:385:385:1:193:192:0:4:193:192:0:0 chr7 107545799 . T C 1505.07 PASS AF=1;AO=157;DP=158;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00191282;FXX=0.00632871;HRUN=4;LEN=1;MLLD=76.8306;QD=38.3457;RBI=0.00505021;REFB=0;REVB=0.00467394;RO=0;SAF=86;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7965e-05;OID=.;OPOS=107545799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:71:158:157:0:0:157:157:1:71:86:0:0:71:86:0:0 chr7 107559722 . A T 305.58 PASS AF=0.427885;AO=75;DP=194;FAO=89;FDP=208;FR=.;FRO=119;FSAF=27;FSAR=62;FSRF=53;FSRR=66;FWDB=0.0132555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.229;QD=5.87655;RBI=0.0175296;REFB=0.0129645;REVB=-0.0114708;RO=89;SAF=21;SAR=54;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174445;STB=0.589333;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0210662;OID=.;OPOS=107559722;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:208:89:119:75:89:0.427885:54:21:39:50:62:27:53:66 chr7 128034629 . C T 388.31 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2018;QD=38.831;RBI=0.0746275;REFB=0;REVB=-0.0714335;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104372;OID=.;OPOS=128034629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr7 143017807 . G T 1967.19 PASS AF=1;AO=210;DP=213;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00583079;FXX=0.0186038;HRUN=3;LEN=1;MLLD=368.897;QD=37.2926;RBI=0.0072514;REFB=-0.078718;REVB=0.00431101;RO=1;SAF=132;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0035955;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.90752e-05;OID=.;OPOS=143017807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:75:213:211:1:0:210:211:1:78:132:1:0:79:132:0:0 chr7 143036318 . G A 245.54 PASS AF=0.437086;AO=66;DP=151;FAO=66;FDP=151;FR=.;FRO=85;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=53;FWDB=0.00494136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=358.8;QD=6.50439;RBI=0.0114385;REFB=-0.0083219;REVB=-0.0103162;RO=85;SAF=32;SAR=34;SRF=32;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110017;STB=0.561272;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0129371;OID=.;OPOS=143036318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:85:85:66:66:0.437086:34:32:32:53:34:32:32:53 chr7 143036337 . C T 247.18 PASS AF=0.437908;AO=66;DP=153;FAO=67;FDP=153;FR=.;FRO=86;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=54;FWDB=-0.0234821;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=362.744;QD=6.46233;RBI=0.0234876;REFB=0.00153493;REVB=-0.00050881;RO=87;SAF=32;SAR=34;SRF=32;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119944;STB=0.559731;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00235572;OID=.;OPOS=143036337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:87:86:66:67:0.437908:34:32:32:55:35:32:32:54 chr7 143036548 . T A 440.29 PASS AF=0.595745;AO=84;DP=141;FAO=84;FDP=141;FR=.;FRO=57;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.00342539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.147;QD=12.4905;RBI=0.00539033;REFB=-0.0199872;REVB=0.00416202;RO=57;SAF=40;SAR=44;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503626;STB=0.52734;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0136822;OID=.;OPOS=143036548;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:57:57:84:84:0.595745:44:40:31:26:44:40:31:26 chr7 143042552 . G A 390.84 PASS AF=0.489474;AO=93;DP=190;FAO=93;FDP=190;FR=.;FRO=97;FSAF=83;FSAR=10;FSRF=63;FSRR=34;FWDB=-0.00486735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=339.517;QD=8.22821;RBI=0.107705;REFB=0.00900196;REVB=0.107595;RO=97;SAF=83;SAR=10;SRF=63;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381128;STB=0.714341;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00730682;OID=.;OPOS=143042552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:97:97:93:93:0.489474:10:83:63:34:10:83:63:34 chr7 143042837 . C T 274.06 PASS AF=0.463087;AO=69;DP=148;FAO=69;FDP=149;FR=.;FRO=80;FSAF=47;FSAR=22;FSRF=57;FSRR=23;FWDB=-0.0115258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=338.204;QD=7.35717;RBI=0.0217495;REFB=-0.00130124;REVB=0.0184445;RO=79;SAF=47;SAR=22;SRF=56;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311116;STB=0.51964;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00146675;OID=.;OPOS=143042837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:79:80:69:69:0.463087:22:47:56:23:22:47:57:23 chr7 143043240 . C T 499.42 PASS AF=0.485944;AO=121;DP=249;FAO=121;FDP=249;FR=.;FRO=128;FSAF=62;FSAR=59;FSRF=67;FSRR=61;FWDB=0.029299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9916;QD=8.0228;RBI=0.0421319;REFB=-0.0162331;REVB=0.0302764;RO=127;SAF=62;SAR=59;SRF=67;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141331;STB=0.50568;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0206435;OID=.;OPOS=143043240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:127:128:121:121:0.485944:59:62:67:60:59:62:67:61 chr7 143043377 . C G 473.68 PASS AF=0.533679;AO=103;DP=193;FAO=103;FDP=193;FR=.;FRO=90;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=35;FSRR=55;FWDB=0.00238722;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=313.655;QD=9.81727;RBI=0.00547086;REFB=0.00855961;REVB=0.00492255;RO=90;SAF=43;SAR=60;SRF=35;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251984;STB=0.513764;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.00754171;OID=.;OPOS=143043377;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:90:90:103:103:0.533679:60:43:35:55:60:43:35:55 chr7 143043607 . G C 292.73 PASS AF=0.473684;AO=72;DP=152;FAO=72;FDP=152;FR=.;FRO=80;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=54;FWDB=-0.00104992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=407.923;QD=7.70343;RBI=0.0125573;REFB=0.00066734;REVB=-0.0125134;RO=79;SAF=37;SAR=35;SRF=26;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174441;STB=0.598919;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.000601927;OID=.;OPOS=143043607;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:79:80:72:72:0.473684:35:37:26:53:35:37:26:54 chr7 150644428 . C A 121 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0415663;FXX=0.0617208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.795;QD=6.36825;RBI=0.0513391;REFB=-0.0399483;REVB=-0.0301321;RO=43;SAF=19;SAR=13;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222239;STB=0.6312;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0815157;OID=.;OPOS=150644428;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:76:43:44:32:32:0.421053:13:19:16:27:13:19:16:28 chr7 150647969 . CC TG 374.19 PASS AF=0.532895;AO=81;DP=153;FAO=81;FDP=152;FR=.;FRO=71;FSAF=54;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=0.0102726;FXX=0.00653552;HRUN=3;LEN=2;MLLD=306.19;QD=9.84696;RBI=0.0390813;REFB=-0.0315578;REVB=0.0377071;RO=71;SAF=54;SAR=27;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701015;STB=0.538452;STBP=0.368;TYPE=mnp;VARB=0.0292284;OID=.;OPOS=150647969;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:71:71:81:81:0.532895:27:54:42:29:27:54:42:29 chr7 150648198 . A G 293.76 PASS AF=0.5;AO=68;DP=136;FAO=68;FDP=136;FR=.;FRO=68;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=0.0434722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.575;QD=8.63989;RBI=0.0548186;REFB=0.00805966;REVB=0.0333953;RO=68;SAF=32;SAR=36;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672537;STB=0.537042;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.00668353;OID=.;OPOS=150648198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:68:68:68:68:0.5:36:32:27:41:36:32:27:41 chr7 150648789 . T C 720.86 PASS AF=0.475066;AO=181;DP=381;FAO=181;FDP=381;FR=.;FRO=200;FSAF=84;FSAR=97;FSRF=85;FSRR=115;FWDB=-0.00423213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.303;QD=7.56806;RBI=0.00804311;REFB=-0.00808962;REVB=-0.00683964;RO=200;SAF=84;SAR=97;SRF=85;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376202;STB=0.520684;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00810199;OID=.;OPOS=150648789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:381:381:200:200:181:181:0.475066:97:84:85:115:97:84:85:115 chr7 150654622 . A AG 2912.66 PASS AF=1;AO=299;DP=312;FAO=309;FDP=309;FR=.;FRO=0;FSAF=169;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.262254;FXX=0.00643066;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.9159;QD=37.7043;RBI=0.26423;REFB=0;REVB=0.0322588;RO=13;SAF=159;SAR=140;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374055;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00148269;OID=.;OPOS=150654623;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:299:312:309:309:0:169:140:0:0:99:13:159:140:13:0 chr7 151265714 . C T 328.31 PASS AF=0.436893;AO=90;DP=206;FAO=90;FDP=206;FR=.;FRO=116;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=58;FSRR=58;FWDB=0.0243692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.647;QD=6.37496;RBI=0.0277458;REFB=-0.00153031;REVB=-0.0132654;RO=116;SAF=42;SAR=48;SRF=58;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337866;STB=0.518803;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00219646;OID=.;OPOS=151265714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:116:116:90:90:0.436893:48:42:58:58:48:42:58:58 chr7 151292395 . A AT 2240.73 PASS AF=1;AO=235;DP=248;FAO=240;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=127;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288282;FXX=0.0204073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.937;QD=37.3455;RBI=0.0569488;REFB=0.034674;REVB=-0.0491131;RO=7;SAF=126;SAR=109;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00195252;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000460122;OID=.;OPOS=151292396;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:235:248:240:240:0:127:113:0:0:82:7:126:109:4:3 chr8 11614575 . A G 3132.82 PASS AF=1;AO=310;DP=311;FAO=327;FDP=327;FR=.;FRO=0;FSAF=192;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.452;QD=38.322;RBI=0.0542338;REFB=0;REVB=-0.0106161;RO=0;SAF=176;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1294e-05;OID=.;OPOS=11614575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:311:327:0:0:310:327:1:134:176:0:0:135:192:0:0 chr8 21974504 . A AC 42.1 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0297088;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=25.8253;QD=15.3087;RBI=0.0297088;REFB=-0.074178;REVB=0;RO=8;SAF=8;SAR=0;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.224768;OID=.;OPOS=21974505;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.727273:8:16:8:11:3:8:0:3:0:14:8:8:0:8:0 chr8 21984488 . G A 62.1 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=13;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4666;QD=16.5598;RBI=0.060639;REFB=-0.0866736;REVB=0.060639;RO=5;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0488815;OID=.;OPOS=21984488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:15:5:5:8:10:0.666667:8:0:0:5:10:0:0:5 chr8 21984513 . C T 18.76 PASS AF=0.294118;AO=5;DP=16;FAO=5;FDP=17;FR=.;FRO=12;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.213;QD=4.4138;RBI=0.00625056;REFB=-0.108138;REVB=0.00625056;RO=11;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0121631;OID=.;OPOS=21984513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:16:17:11:12:5:5:0.294118:5:0:0:11:5:0:0:12 chr8 21984650 . A G 859.33 PASS AF=0.509091;AO=196;DP=368;FAO=196;FDP=385;FR=.;FRO=189;FSAF=107;FSAR=89;FSRF=100;FSRR=89;FWDB=-0.0985975;FXX=0.0253158;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.2814;QD=8.92812;RBI=0.141;REFB=-0.0585474;REVB=-0.100795;RO=172;SAF=107;SAR=89;SRF=86;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395671;STB=0.508313;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0429258;OID=.;OPOS=21984650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:368:385:172:189:196:196:0.509091:89:107:86:86:89:107:100:89 chr8 21984945 . C T 349.18 PASS AF=0.411765;AO=103;DP=251;FAO=105;FDP=255;FR=.;FRO=150;FSAF=53;FSAR=52;FSRF=73;FSRR=77;FWDB=0.0581651;FXX=0.0039061;HRUN=5;LEN=1;MLLD=92.1132;QD=5.4774;RBI=0.0760276;REFB=-0.0116079;REVB=-0.0489593;RO=148;SAF=51;SAR=52;SRF=71;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162555;STB=0.510641;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0178912;OID=.;OPOS=21984945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:255:148:150:103:105:0.411765:52:51:71:77:52:53:73:77 chr8 30916085 . T C 2009.34 PASS AF=1;AO=212;DP=213;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0579493;FXX=0.00469462;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.519;QD=37.912;RBI=0.0593363;REFB=-0.0655696;REVB=-0.0127543;RO=1;SAF=111;SAR=101;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00469358;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06266e-06;OID=.;OPOS=30916085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:87:213:212:1:0:212:212:1:101:111:0:1:101:111:0:0 chr8 30921935 . G A 1826.87 PASS AF=1;AO=191;DP=193;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275519;FXX=0.0102559;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.693;QD=37.8626;RBI=0.0277899;REFB=-0.0482372;REVB=-0.0036298;RO=1;SAF=93;SAR=98;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00483457;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.16505e-05;OID=.;OPOS=30921935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:78:193:193:1:0:191:193:1:98:93:0:1:98:95:0:0 chr8 30921970 . A T 1853.43 PASS AF=1;AO=180;DP=180;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259951;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.274;QD=38.0192;RBI=0.0398872;REFB=0;REVB=0.0302529;RO=0;SAF=89;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74013e-06;OID=.;OPOS=30921970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:88:180:195:0:0:180:195:1:91:89:0:0:103:92:0:0 chr8 30922346 . C T 3501.51 PASS AF=1;AO=363;DP=366;FAO=364;FDP=364;FR=.;FRO=0;FSAF=234;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000539027;FXX=0.0108693;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.334;QD=38.4781;RBI=0.0229904;REFB=0;REVB=-0.022984;RO=0;SAF=233;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00547e-05;OID=.;OPOS=30922346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:366:364:0:0:363:364:1:130:233:0:0:130:234:0:0 chr8 30924557 . C T 3251.59 PASS AF=1;AO=339;DP=341;FAO=339;FDP=339;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=233;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208315;FXX=0.00586493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.279;QD=38.3669;RBI=0.0669697;REFB=0;REVB=0.0636474;RO=0;SAF=106;SAR=233;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.35022e-05;OID=.;OPOS=30924557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:341:339:0:0:339:339:1:233:106:0:0:233:106:0:0 chr8 30925751 . T A 3492.64 PASS AF=1;AO=260;DP=416;FAO=388;FDP=388;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=161;FSAR=227;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.166363;FXX=0.0299992;HRUN=5;LEN=1;MLLD=30.2253;QD=36.0066;RBI=0.19642;REFB=-0.0637921;REVB=0.104422;RO=58;SAF=119;SAR=141;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740168;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162411;OID=.;OPOS=30925751;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:416:388:58:0:260:388:1:141:119:39:19:227:161:0:0 chr8 30933816 . CTTTTTTTTT C 50 PASS AO=29;DP=165;LEN=9;RO=136;SAF=43;SAR=48;SRF=46;SRR=28;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=30933817;OREF=TTTTTTTTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:165:136:29:48:43:46:28 chr8 30946403 . C A 3741.17 PASS AF=1;AO=392;DP=393;FAO=392;FDP=392;FR=.;FRO=0;FSAF=227;FSAR=165;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.109105;FXX=0.00254446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.111;QD=38.1752;RBI=0.118714;REFB=-0.0251169;REVB=-0.0467878;RO=1;SAF=227;SAR=165;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00288362;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000207347;OID=.;OPOS=30946403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:393:392:1:0:392:392:1:165:227:0:1:165:227:0:0 chr8 30948164 . C A 2046.7 PASS AF=1;AO=213;DP=214;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0736815;FXX=0.00925883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.13;QD=38.2561;RBI=0.0736861;REFB=0;REVB=0.000822309;RO=0;SAF=113;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31732e-05;OID=.;OPOS=30948164;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:97:214:214:0:0:213:214:1:100:113:0:0:101:113:0:0 chr8 31005017 . T TC 3822.47 PASS AF=1;AO=412;DP=419;FAO=398;FDP=398;FR=.;FRO=0;FSAF=211;FSAR=187;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196914;FXX=0.00499988;HRUN=0;LEN=1;MLLD=120.306;QD=38.4168;RBI=0.0198449;REFB=0;REVB=0.00246394;RO=3;SAF=220;SAR=192;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00183961;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.91585e-05;OID=.;OPOS=31005018;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:412:419:398:398:0:211:187:0:0:99:3:220:192:2:1 chr8 61732521 . A G 960.74 PASS AF=1;AO=96;DP=101;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116906;FXX=0.0545405;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.08;QD=36.9514;RBI=0.114215;REFB=-0.0176064;REVB=0.113615;RO=1;SAF=74;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210635;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243072;OID=.;OPOS=61732521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:42:101:104:1:0:96:104:1:22:74:0:1:30:74:0:0 chr8 63978658 . TA T 2679.76 PASS AF=1;AO=309;DP=378;FAO=375;FDP=375;FR=.;FRO=0;FSAF=170;FSAR=205;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0495647;FXX=0.0079363;HRUN=8;LEN=1;MLLD=13.7018;QD=28.5841;RBI=0.0585195;REFB=0;REVB=-0.0311106;RO=14;SAF=144;SAR=165;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264604;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.67827e-06;OID=.;OPOS=63978659;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:309:378:375:375:0:170:205:0:0:99:14:144:165:11:3 chr8 72127563 . G A 404.59 PASS AF=0.45;AO=107;DP=245;FAO=108;FDP=240;FR=.;FRO=132;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=56;FSRR=76;FWDB=-0.00546884;FXX=0.0322568;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.655;QD=6.74309;RBI=0.0197387;REFB=0.022412;REVB=0.018966;RO=111;SAF=47;SAR=60;SRF=42;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576874;STB=0.50613;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.0286573;OID=.;OPOS=72127563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:240:111:132:107:108:0.45:60:47:42:69:61:47:56:76 chr8 72127764 . C A 475.61 PASS AF=0.509009;AO=108;DP=221;FAO=113;FDP=222;FR=.;FRO=109;FSAF=54;FSAR=59;FSRF=51;FSRR=58;FWDB=-0.0330713;FXX=0.0176983;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.333;QD=8.56955;RBI=0.0330904;REFB=0.00990247;REVB=0.00112519;RO=101;SAF=50;SAR=58;SRF=49;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019647;STB=0.504914;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=-0.00895916;OID=.;OPOS=72127764;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:222:101:109:108:113:0.509009:58:50:49:52:59:54:51:58 chr8 72211834 . A C 756.4 PASS AF=0.514881;AO=173;DP=336;FAO=173;FDP=336;FR=.;FRO=163;FSAF=81;FSAR=92;FSRF=80;FSRR=83;FWDB=0.0136944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.606;QD=9.00477;RBI=0.0137303;REFB=0.000337734;REVB=0.000992954;RO=163;SAF=81;SAR=92;SRF=80;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201034;STB=0.510986;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.000313454;OID=.;OPOS=72211834;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:336:336:163:163:173:173:0.514881:92:81:80:83:92:81:80:83 chr8 118819578 . C T 453.71 PASS AF=0.497674;AO=103;DP=211;FAO=107;FDP=215;FR=.;FRO=108;FSAF=5;FSAR=102;FSRF=23;FSRR=85;FWDB=-0.0239873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=381.256;QD=8.44117;RBI=0.0240602;REFB=0.0129749;REVB=-0.001871;RO=107;SAF=1;SAR=102;SRF=22;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.729993;STB=0.753298;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0115777;OID=.;OPOS=118819578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:215:107:108:103:107:0.497674:102:1:22:85:102:5:23:85 chr8 118832020 . G A 522.52 PASS AF=0.469965;AO=130;DP=260;FAO=133;FDP=283;FR=.;FRO=150;FSAF=63;FSAR=70;FSRF=74;FSRR=76;FWDB=-0.0682934;FXX=0.0104891;HRUN=6;LEN=1;MLLD=51.4222;QD=7.38538;RBI=0.0694847;REFB=-0.0418355;REVB=-0.0128117;RO=130;SAF=60;SAR=70;SRF=61;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0070479;STB=0.510431;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.032637;OID=.;OPOS=118832020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:283:130:150:130:133:0.469965:70:60:61:69:70:63:74:76 chr8 126056215 . G GC 2442.66 PASS AF=1;AO=259;DP=262;FAO=259;FDP=259;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138466;FXX=0.0114499;HRUN=0;LEN=1;MLLD=205.869;QD=37.7245;RBI=0.0431057;REFB=-0.0461872;REVB=0.0408212;RO=2;SAF=145;SAR=114;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00828924;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000232332;OID=.;OPOS=126056216;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:259:262:259:259:0:145:114:0:0:99:2:145:114:0:2 chr8 126068886 . T C 389.87 PASS AF=0.5;AO=91;DP=182;FAO=91;FDP=182;FR=.;FRO=91;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=-0.0132483;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.319;QD=8.56862;RBI=0.0155634;REFB=-0.0180977;REVB=0.008167;RO=91;SAF=42;SAR=49;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100412;STB=0.505521;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0180358;OID=.;OPOS=126068886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:91:91:91:91:0.5:49:42:43:48:49:42:43:48 chr8 126079772 . A T 363.22 PASS AF=0.388571;AO=92;DP=285;FAO=136;FDP=350;FR=.;FRO=214;FSAF=57;FSAR=79;FSRF=113;FSRR=101;FWDB=-0.00263007;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=34.1603;QD=4.15108;RBI=0.0405939;REFB=-0.0477607;REVB=0.0405086;RO=178;SAF=31;SAR=61;SRF=82;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150289;STB=0.566896;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0356517;OID=.;OPOS=126079772;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:350:178:214:92:136:0.388571:61:31:82:96:79:57:113:101 chr8 126085586 . G A 514.35 PASS AF=0.471014;AO=130;DP=276;FAO=130;FDP=276;FR=.;FRO=146;FSAF=57;FSAR=73;FSRF=63;FSRR=83;FWDB=-0.00277489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.7;QD=7.45436;RBI=0.015693;REFB=-0.00612999;REVB=-0.0154458;RO=146;SAF=57;SAR=73;SRF=63;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00678132;STB=0.503738;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00712258;OID=.;OPOS=126085586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:146:146:130:130:0.471014:73:57:63:83:73:57:63:83 chr8 144990335 . G A 1053.8 PASS AF=1;AO=110;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9096;QD=37.3028;RBI=0.201354;REFB=0;REVB=0.198544;RO=3;SAF=99;SAR=11;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113318;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118298;OID=.;OPOS=144990335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:50:113:113:3:0:110:113:1:11:99:0:3:14:99:0:0 chr8 144990528 . A G 1698.72 PASS AF=1;AO=82;DP=177;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.688;QD=38.389;RBI=0.0726579;REFB=0;REVB=0.0566655;RO=0;SAF=4;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.17267e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32189e-05;OID=.;OPOS=144990528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:80:177:177:0:0:82:177:1:78:4:0:0:100:77:0:0 chr8 144991176 . T C 2319.47 PASS AF=1;AO=198;DP=240;FAO=239;FDP=239;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=193;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0992438;FXX=0.00416649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.65;QD=38.8196;RBI=0.104761;REFB=0;REVB=-0.0335476;RO=0;SAF=4;SAR=194;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61432e-05;OID=.;OPOS=144991176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:240:239:0:0:198:239:1:194:4:0:0:193:46:0:0 chr8 144992103 . T C 2788.65 PASS AF=1;AO=292;DP=292;FAO=291;FDP=291;FR=.;FRO=0;FSAF=166;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282287;FXX=0.0168913;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.185;QD=38.332;RBI=0.0317396;REFB=0;REVB=0.01451;RO=0;SAF=166;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76673e-05;OID=.;OPOS=144992103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:292:291:0:0:292:291:1:126:166:0:0:125:166:0:0 chr8 144992361 . T C 1313.47 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00809283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.369;QD=38.3494;RBI=0.063114;REFB=0;REVB=0.062593;RO=0;SAF=55;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153683;OID=.;OPOS=144992361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:62:137:137:0:0:137:137:1:82:55:0:0:82:55:0:0 chr8 144992862 . A G 1252.85 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00751631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=479.039;QD=38.5493;RBI=0.0121307;REFB=0;REVB=0.00952148;RO=0;SAF=65;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.05633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59383e-05;OID=.;OPOS=144992862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:59:129:130:0:0:129:130:1:64:65:0:0:64:66:0:0 chr8 144995736 . G A 1598.06 PASS AF=1;AO=169;DP=171;FAO=169;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00735332;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.967;QD=37.8238;RBI=0.083822;REFB=0.0133129;REVB=0.0834988;RO=1;SAF=118;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00401669;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110804;OID=.;OPOS=144995736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:68:171:169:1:0:169:169:1:51:118:1:0:51:118:0:0 chr8 144996029 . A G 2614.35 PASS AF=1;AO=273;DP=273;FAO=273;FDP=273;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.245;QD=38.3055;RBI=0.0169181;REFB=0;REVB=-0.00134071;RO=0;SAF=126;SAR=147;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57047e-05;OID=.;OPOS=144996029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:273:273:0:0:273:273:1:147:126:0:0:147:126:0:0 chr8 144996407 . GT G,GG 2477.34 PASS AF=1,0;AO=57,195;DP=252;FAO=253,0;FDP=253;FR=.;FRO=0;FSAF=81,0;FSAR=172,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352951,-0.0696201;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=230.59,207.278;QD=39.1674;RBI=0.063039,0.11453;REFB=0,0;REVB=-0.0522319,-0.0909404;RO=0;SAF=31,50;SAR=26,145;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.19358e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=6.72998e-05,0;OID=.,.;OPOS=144996408,144996408;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:57,195:252:253,0:253:0:81,0:172,0:0:0:99:0:31,50:26,145:0:0 chr8 144996598 . G A 1547.47 PASS AF=1;AO=161;DP=163;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.147467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.459;QD=37.7431;RBI=0.153424;REFB=0;REVB=0.0423383;RO=1;SAF=16;SAR=145;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288043;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434295;OID=.;OPOS=144996598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:73:163:164:1:0:161:164:1:145:16:1:0:145:19:0:0 chr8 144996635 . G A 1381.04 PASS AF=1;AO=147;DP=149;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0134219;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.489;QD=37.5793;RBI=0.00463364;REFB=0.0536163;REVB=-0.00463364;RO=2;SAF=0;SAR=147;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.04157e-05;OID=.;OPOS=144996635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:50:149:147:2:0:147:147:1:147:0:0:2:147:0:0:0 chr8 144997656 . C T 3270.42 PASS AF=1;AO=338;DP=340;FAO=342;FDP=342;FR=.;FRO=0;FSAF=175;FSAR=167;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.070873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.454;QD=38.2506;RBI=0.0790402;REFB=0;REVB=-0.0349909;RO=1;SAF=172;SAR=166;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00276572;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.67197e-05;OID=.;OPOS=144997656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:340:342:1:0:338:342:1:166:172:1:0:167:175:0:0 chr8 144997839 . GGC CGG,G 369.66 PASS AF=0.645833,0.354167;AO=10,10;DP=48;FAO=31,17;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2;FSAR=31,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101138,0.102932;FXX=0.111091;HRUN=3,3;LEN=3,2;MLLD=67.6824,22.0719;QD=30.8047;RBI=0.0455326,0.107698;REFB=0,0;REVB=-0.0443952,-0.0316812;RO=4;SAF=0,0;SAR=10,10;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.836524,-0.836524;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.0651245,0.0773179;OID=.,.;OPOS=144997839,144997840;OREF=GGC,GC;OALT=CGG,-;OMAPALT=CGG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:49:48:48:4:0:10,10:31,17:0.645833,0.354167:10,10:0,0:4:0:31,15:0,2:0:0 chr8 144997927 . G A 2486.89 PASS AF=1;AO=258;DP=260;FAO=258;FDP=258;FR=.;FRO=0;FSAF=214;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185229;FXX=0.00769201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.855;QD=38.5564;RBI=0.151194;REFB=0;REVB=0.150055;RO=0;SAF=214;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02446e-05;OID=.;OPOS=144997927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:260:258:0:0:258:258:1:44:214:0:0:44:214:0:0 chr8 144998169 . C T 1590.06 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.507;QD=38.3148;RBI=0.0322402;REFB=0;REVB=0.0254526;RO=0;SAF=98;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1686e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95867e-05;OID=.;OPOS=144998169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:75:166:166:0:0:166:166:1:68:98:0:0:68:98:0:0 chr8 144998190 . A G 1589.35 PASS AF=1;AO=165;DP=165;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0807455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0946;QD=38.2975;RBI=0.0827517;REFB=0;REVB=0.0181112;RO=0;SAF=95;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17501e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355166;OID=.;OPOS=144998190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:75:165:166:0:0:165:166:1:70:95:0:0:70:96:0:0 chr8 145000056 . T C 254.95 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00192113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6965;QD=37.771;RBI=0.122464;REFB=0;REVB=0.122449;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00293509;OID=.;OPOS=145000056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr8 145001031 . T C 220.97 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0481933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.37;QD=33.9956;RBI=0.0494623;REFB=-0.0369441;REVB=0.0111323;RO=1;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026521;STB=0.514274;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00238469;OID=.;OPOS=145001031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:26:26:1:1:25:25:0.961538:17:8:0:1:17:8:0:1 chr8 145001509 . T C 1442.2 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6719;QD=38.2041;RBI=0.0593434;REFB=0;REVB=0.0367042;RO=0;SAF=65;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370197;OID=.;OPOS=145001509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:68:151:151:0:0:150:151:1:85:65:0:0:85:66:0:0 chr8 145001784 . A G 953.27 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.22;QD=38.5158;RBI=0.112217;REFB=0;REVB=-0.111197;RO=0;SAF=55;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155675;OID=.;OPOS=145001784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:45:99:99:0:0:99:99:1:44:55:0:0:44:55:0:0 chr8 145003777 . G A 568.24 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0335;QD=38.5248;RBI=0.0372007;REFB=0;REVB=0.0144707;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510329;OID=.;OPOS=145003777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr8 145004546 . G A 1975.07 PASS AF=1;AO=206;DP=206;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=156;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.679;QD=38.3508;RBI=0.105777;REFB=0;REVB=0.0301765;RO=0;SAF=50;SAR=156;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311829;OID=.;OPOS=145004546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:93:206:206:0:0:206:206:1:156:50:0:0:156:50:0:0 chr8 145005688 . A AC 1495.22 PASS AF=1;AO=162;DP=185;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.205623;FXX=0.0217379;HRUN=5;LEN=1;MLLD=18.4136;QD=33.2272;RBI=0.213914;REFB=-0.0013085;REVB=0.0589801;RO=9;SAF=76;SAR=86;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248193;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00118208;OID=.;OPOS=145005689;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:162:185:180:180:0:85:95:0:0:63:9:76:86:2:7 chr8 145006790 . T C 857.29 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=95;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0203234;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.817;QD=36.8728;RBI=0.0353738;REFB=0.0600915;REVB=0.0289528;RO=1;SAF=34;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0082444;STB=0.504273;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-7.41331e-05;OID=.;OPOS=145006790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:95:93:1:1:91:92:0.989247:57:34:0:1:58:34:0:1 chr8 145007187 . G A 1493.82 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.0738;QD=38.303;RBI=0.0207503;REFB=0;REVB=-0.0149889;RO=0;SAF=85;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.99165e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129145;OID=.;OPOS=145007187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:70:156:156:0:0:156:156:1:71:85:0:0:71:85:0:0 chr8 145008342 . C A 2356.81 PASS AF=1;AO=247;DP=248;FAO=247;FDP=247;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00263099;FXX=0.0040321;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.431;QD=38.167;RBI=0.00265524;REFB=-0.0328523;REVB=-0.000357992;RO=1;SAF=122;SAR=125;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00389108;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08424e-05;OID=.;OPOS=145008342;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:248:247:1:0:247:247:1:125:122:1:0:125:122:0:0 chr8 145008443 . A T 1037.05 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.424;QD=38.4091;RBI=0.0203221;REFB=0;REVB=-0.00158585;RO=0;SAF=37;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99016e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7958e-05;OID=.;OPOS=145008443;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:49:108:108:0:0:108:108:1:71:37:0:0:71:37:0:0 chr8 145008560 . A G 760.77 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.051;QD=38.5197;RBI=0.0525054;REFB=0;REVB=0.0421728;RO=0;SAF=3;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.13887e-05;OID=.;OPOS=145008560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:36:79:79:0:0:79:79:1:76:3:0:0:76:3:0:0 chr8 145008931 . G C 991.92 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.125589;FXX=0.0095229;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.8435;QD=38.1507;RBI=0.133218;REFB=0;REVB=-0.0444356;RO=0;SAF=54;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0012162;OID=.;OPOS=145008931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:47:104:104:0:0:104:104:1:50:54:0:0:50:54:0:0 chr8 145009593 . A C 327.32 PASS AF=0.906977;AO=39;DP=43;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0.104145;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8569;QD=30.4485;RBI=0.00478019;REFB=0.0127345;REVB=0.00478019;RO=4;SAF=0;SAR=39;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0792353;OID=.;OPOS=145009593;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:43:43:4:4:39:39:0.906977:39:0:0:4:39:0:0:4 chr8 145011204 . A G 2203.47 PASS AF=1;AO=231;DP=232;FAO=232;FDP=232;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026372;FXX=0.00854664;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.607;QD=37.9908;RBI=0.0530452;REFB=-0.0307719;REVB=0.0460251;RO=0;SAF=107;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19508e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.41672e-05;OID=.;OPOS=145011204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:96:232:232:0:0:231:232:1:124:107:0:0:124:108:0:0 chr8 145012777 . C G 1182.63 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.191994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160;QD=38.1492;RBI=0.192303;REFB=0;REVB=-0.0108909;RO=0;SAF=55;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000876835;OID=.;OPOS=145012777;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:56:121:124:0:0:121:124:1:66:55:0:0:67:57:0:0 chr9 6533010 . C G 3346.23 PASS AF=1;AO=351;DP=352;FAO=351;FDP=351;FR=.;FRO=0;FSAF=176;FSAR=175;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493617;FXX=0.00284083;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.883;QD=38.1337;RBI=0.0512735;REFB=-0.02424;REVB=0.0138707;RO=1;SAF=176;SAR=175;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0027033;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9658e-05;OID=.;OPOS=6533010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:352:351:1:0:351:351:1:175:176:1:0:175:176:0:0 chr9 6610326 . C T 729.76 PASS AF=0.510638;AO=168;DP=329;FAO=168;FDP=329;FR=.;FRO=161;FSAF=105;FSAR=63;FSRF=101;FSRR=60;FWDB=-0.0260014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.568;QD=8.8724;RBI=0.0624562;REFB=-0.0149738;REVB=-0.0567865;RO=161;SAF=105;SAR=63;SRF=101;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00222433;STB=0.501216;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.014699;OID=.;OPOS=6610326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:329:161:161:168:168:0.510638:63:105:101:60:63:105:101:60 chr9 32542204 . A G 418.85 PASS AF=0.5;AO=98;DP=196;FAO=98;FDP=196;FR=.;FRO=98;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=33;FSRR=65;FWDB=-0.0146653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.717;QD=8.54803;RBI=0.0168634;REFB=-0.0112258;REVB=0.0083248;RO=98;SAF=48;SAR=50;SRF=33;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140071;STB=0.576787;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0104625;OID=.;OPOS=32542204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:98:98:98:98:0.5:50:48:33:65:50:48:33:65 chr9 32974372 . C T 2990.79 PASS AF=1;AO=293;DP=293;FAO=312;FDP=312;FR=.;FRO=0;FSAF=155;FSAR=157;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126741;FXX=0.00636922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.867;QD=38.3434;RBI=0.108242;REFB=0;REVB=0.107498;RO=0;SAF=156;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15364e-05;OID=.;OPOS=32974372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:293:312:0:0:293:312:1:137:156:0:0:157:155:0:0 chr9 32986041 . C A 499.94 PASS AF=0.85;AO=57;DP=70;FAO=68;FDP=80;FR=.;FRO=12;FSAF=68;FSAR=0;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=-0.00309254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.004;QD=24.9971;RBI=0.00309254;REFB=0.0662917;REVB=0;RO=11;SAF=57;SAR=0;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.55978e-05;OID=.;OPOS=32986041;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:70:80:11:12:57:68:0.85:0:57:11:0:0:68:12:0 chr9 32986053 . CAAAAAAAAAAAAAAACA AAAAAAAAAAAAAAAACA,C 72.94 PASS AF=0.545455,0.272727;AO=6,3;DP=12;FAO=6,3;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=0,3;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00394342,0.00582273;FXX=0.420831;HRUN=1,15;LEN=1,17;MLLD=82.7588,106.309;QD=26.5232;RBI=0.0309428,0.0192432;REFB=-0.084468,0.0295827;REVB=-0.0306905,0.0183411;RO=2;SAF=0,3;SAR=6,0;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.74993;STB=0.5,0.995982;STBP=1,0.058;TYPE=snp,del;VARB=0.0180545,0.000517139;OID=.,.;OPOS=32986053,32986054;OREF=C,AAAAAAAAAAAAAAACA;OALT=A,-;OMAPALT=AAAAAAAAAAAAAAAACA,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:12:11:2:2:6,3:6,3:0.545455,0.272727:6,0:0,3:0:2:6,0:0,3:0:2 chr9 35074917 . T C 1566.66 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=148;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=358.782;QD=38.2111;RBI=0.0292915;REFB=0;REVB=-0.0151617;RO=0;SAF=148;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45778e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11314e-06;OID=.;OPOS=35074917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:74:164:164:0:0:164:164:1:16:148:0:0:16:148:0:0 chr9 36276857 . A G 3017.93 PASS AF=1;AO=316;DP=317;FAO=316;FDP=316;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=197;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00947557;FXX=0.00315447;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.62;QD=38.2017;RBI=0.0788869;REFB=-0.0161554;REVB=0.0783158;RO=0;SAF=119;SAR=197;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62617e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178068;OID=.;OPOS=36276857;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:317:316:0:0:316:316:1:197:119:0:0:197:119:0:0 chr9 71650752 . A G 397.44 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0909047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5362;QD=36.9714;RBI=0.145524;REFB=0;REVB=0.113638;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00340776;OID=.;OPOS=71650752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:42:43:0:0:42:43:1:25:17:0:0:25:18:0:0 chr9 94485928 . C T 1963.92 PASS AF=0.972727;AO=214;DP=220;FAO=214;FDP=220;FR=.;FRO=6;FSAF=130;FSAR=84;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0447356;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.038;QD=35.7077;RBI=0.0484489;REFB=-0.133141;REVB=0.0186017;RO=6;SAF=130;SAR=84;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00584245;STB=0.503069;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.000206333;OID=.;OPOS=94485928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:51:220:220:6:6:214:214:0.972727:84:130:3:3:84:130:3:3 chr9 94486321 . C T 627.7 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7346;QD=38.0426;RBI=0.0431651;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=66;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038963;OID=.;OPOS=94486321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:66:66:0:0:66:66:1:0:66:0:0:0:66:0:0 chr9 94486688 . G A 949.36 PASS AF=0.5275;AO=261;DP=498;FAO=211;FDP=400;FR=.;FRO=189;FSAF=109;FSAR=102;FSRF=91;FSRR=98;FWDB=0.00476666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.329;QD=9.49355;RBI=0.0113062;REFB=-0.0300984;REVB=-0.0102523;RO=237;SAF=133;SAR=128;SRF=114;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249435;STB=0.516586;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0261417;OID=.;OPOS=94486688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:498:400:237:189:261:211:0.5275:128:133:114:123:102:109:91:98 chr9 94495608 . T C 145.71 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.013441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4407;QD=9.2511;RBI=0.0166774;REFB=-0.0311995;REVB=0.00987295;RO=31;SAF=23;SAR=9;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139796;STB=0.578234;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.016872;OID=.;OPOS=94495608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:9:23:18:13:9:23:18:13 chr9 94518328 . C T 482.07 PASS AF=0.489451;AO=115;DP=236;FAO=116;FDP=237;FR=.;FRO=121;FSAF=67;FSAR=49;FSRF=86;FSRR=35;FWDB=0.0301309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4246;QD=8.13623;RBI=0.0414736;REFB=-0.0297946;REVB=-0.0284989;RO=120;SAF=66;SAR=49;SRF=86;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139115;STB=0.571188;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0121593;OID=.;OPOS=94518328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:237:120:121:115:116:0.489451:49:66:86:34:49:67:86:35 chr9 98209594 . G A 444.85 PASS AF=0.557576;AO=92;DP=165;FAO=92;FDP=165;FR=.;FRO=73;FSAF=92;FSAR=0;FSRF=73;FSRR=0;FWDB=0.000566206;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=359.852;QD=10.7843;RBI=0.000566206;REFB=-0.0282647;REVB=0;RO=73;SAF=92;SAR=0;SRF=73;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0207892;OID=.;OPOS=98209594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:73:73:92:92:0.557576:0:92:73:0:0:92:73:0 chr9 111653574 . C G 1229.56 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.074566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8487;QD=38.4236;RBI=0.101369;REFB=0;REVB=0.0686695;RO=0;SAF=48;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010001;OID=.;OPOS=111653574;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:58:128:128:0:0:127:128:1:79:48:0:0:79:49:0:0 chr9 111670707 . T C 3112.08 PASS AF=0.982353;AO=333;DP=339;FAO=334;FDP=340;FR=.;FRO=6;FSAF=168;FSAR=166;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.048112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.531;QD=36.6127;RBI=0.0600134;REFB=0.00482426;REVB=0.0358727;RO=6;SAF=168;SAR=165;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111012;STB=0.50583;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.000121799;OID=.;OPOS=111670707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:339:340:6:6:333:334:0.982353:165:168:5:1:166:168:5:1 chr9 111688767 . C T 478.59 PASS AF=0.514286;AO=108;DP=210;FAO=108;FDP=210;FR=.;FRO=102;FSAF=65;FSAR=43;FSRF=53;FSRR=49;FWDB=-0.0148241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.073;QD=9.11603;RBI=0.0148313;REFB=-0.0183625;REVB=-0.00046187;RO=102;SAF=65;SAR=43;SRF=53;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747178;STB=0.540973;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0169231;OID=.;OPOS=111688767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:102:102:108:108:0.514286:43:65:53:49:43:65:53:49 chr9 130578404 . A G 250.73 PASS AF=0.504425;AO=56;DP=112;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=50;FSRF=9;FSRR=47;FWDB=0.0603361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.778;QD=8.87539;RBI=0.0633077;REFB=-0.032782;REVB=0.0191683;RO=55;SAF=6;SAR=50;SRF=9;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117726;STB=0.540891;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.026961;OID=.;OPOS=130578404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:55:56:56:57:0.504425:50:6:9:46:50:7:9:47 chr9 130586688 . G A 846.58 PASS AF=0.635983;AO=152;DP=239;FAO=152;FDP=239;FR=.;FRO=87;FSAF=71;FSAR=81;FSRF=79;FSRR=8;FWDB=0.0653826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.809;QD=14.1687;RBI=0.0685824;REFB=0.00779944;REVB=0.0207041;RO=87;SAF=71;SAR=81;SRF=79;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294878;STB=0.65784;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00236621;OID=.;OPOS=130586688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:87:87:152:152:0.635983:81:71:79:8:81:71:79:8 chr9 130587052 . A AGGGAGG 207.87 PASS AF=0.446281;AO=54;DP=123;FAO=54;FDP=121;FR=.;FRO=67;FSAF=54;FSAR=0;FSRF=67;FSRR=0;FWDB=-0.00929915;FXX=0.0162588;HRUN=3;LEN=6;MLLD=378.206;QD=6.87181;RBI=0.00929915;REFB=0.00131372;REVB=0;RO=67;SAF=54;SAR=0;SRF=67;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00159714;OID=.;OPOS=130587053;OREF=-;OALT=GGGAGG;OMAPALT=AGGGAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.446281:54:123:54:121:67:54:0:67:0:99:67:54:0:67:0 chr9 130605385 . C T 623.31 PASS AF=0.501718;AO=146;DP=291;FAO=146;FDP=291;FR=.;FRO=145;FSAF=52;FSAR=94;FSRF=57;FSRR=88;FWDB=-0.0197355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=424.909;QD=8.56776;RBI=0.0197934;REFB=-0.008829;REVB=0.00151359;RO=144;SAF=52;SAR=94;SRF=57;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386768;STB=0.519835;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00828102;OID=.;OPOS=130605385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:291:144:145:146:146:0.501718:94:52:57:87:94:52:57:88 chr9 137592961 . T C 422.35 PASS AF=0.497487;AO=99;DP=199;FAO=99;FDP=199;FR=.;FRO=100;FSAF=36;FSAR=63;FSRF=41;FSRR=59;FWDB=0.00162401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.618;QD=8.48946;RBI=0.00656758;REFB=-0.00890354;REVB=-0.00636362;RO=100;SAF=36;SAR=63;SRF=41;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451136;STB=0.524825;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00710496;OID=.;OPOS=137592961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:100:100:99:99:0.497487:63:36:41:59:63:36:41:59 chr9 137630568 . C T 3378.52 PASS AF=1;AO=356;DP=359;FAO=358;FDP=358;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=212;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015502;FXX=0.0137737;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.158;QD=37.7488;RBI=0.0358577;REFB=-0.0629198;REVB=-0.0323336;RO=3;SAF=146;SAR=210;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00422396;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89235e-05;OID=.;OPOS=137630568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:359:358:3:0:356:358:1:210:146:2:1:212:146:0:0 chr9 137630587 . T C 3491.54 PASS AF=1;AO=364;DP=364;FAO=364;FDP=364;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=218;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.228;QD=38.3686;RBI=0.0568218;REFB=0;REVB=-0.0511422;RO=0;SAF=146;SAR=218;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.34681e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171728;OID=.;OPOS=137630587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:364:364:0:0:364:364:1:218:146:0:0:218:146:0:0 chr9 137659000 . C T 186.07 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.000782177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=420.566;QD=6.95603;RBI=0.00427456;REFB=0.00100387;REVB=-0.00420239;RO=59;SAF=31;SAR=17;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200274;STB=0.5112;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.0014388;OID=.;OPOS=137659000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:59:48:48:0.448598:17:31:37:22:17:31:37:22 chr9 137659005 . A T 186.07 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.048786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.281;QD=6.95603;RBI=0.0487891;REFB=-0.00506104;REVB=0.000543704;RO=59;SAF=31;SAR=17;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200274;STB=0.5112;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00274977;OID=.;OPOS=137659005;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:59:48:48:0.448598:17:31:37:22:17:31:37:22 chr9 137659236 . C T 200.27 PASS AF=0.448276;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=-0.0470258;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.464;QD=6.90592;RBI=0.0516618;REFB=-0.00113734;REVB=-0.0213896;RO=64;SAF=30;SAR=22;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212542;STB=0.618411;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00161208;OID=.;OPOS=137659236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:64:64:52:52:0.448276:22:30:23:41:22:30:23:41 chr9 137660194 . G T 350.42 PASS AF=0.516556;AO=78;DP=151;FAO=78;FDP=151;FR=.;FRO=73;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.00331195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.366;QD=9.28261;RBI=0.00406595;REFB=-0.006292;REVB=0.00235859;RO=73;SAF=44;SAR=34;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100745;STB=0.505531;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00589762;OID=.;OPOS=137660194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:73:73:78:78:0.516556:34:44:42:31:34:44:42:31 chr9 137677921 . C T 115.48 PASS AF=0.350877;AO=40;DP=115;FAO=40;FDP=114;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.00224969;FXX=0.0086949;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.469;QD=4.05176;RBI=0.0114023;REFB=-0.0134373;REVB=-0.0111782;RO=72;SAF=25;SAR=15;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142971;STB=0.582918;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0249738;OID=.;OPOS=137677921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:72:74:40:40:0.350877:15:25:36:36:15:25:37:37 chr9 137677985 . C T 127.35 PASS AF=0.369369;AO=41;DP=111;FAO=41;FDP=111;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.0217791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=377.65;QD=4.58907;RBI=0.0241352;REFB=-0.00370667;REVB=-0.0104008;RO=70;SAF=24;SAR=17;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172353;STB=0.598377;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00732878;OID=.;OPOS=137677985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:70:70:41:41:0.369369:17:24:30:40:17:24:30:40 chr9 137686906 . C T 3719.84 PASS AF=1;AO=387;DP=387;FAO=387;FDP=387;FR=.;FRO=0;FSAF=234;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00152474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=363.528;QD=38.4479;RBI=0.0352281;REFB=0;REVB=0.0351951;RO=0;SAF=234;SAR=153;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03128e-06;OID=.;OPOS=137686906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:387:387:0:0:387:387:1:153:234:0:0:153:234:0:0 chr9 137687038 . A G 664.51 PASS AF=1;AO=30;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00255907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6348;QD=38.5224;RBI=0.119836;REFB=0;REVB=0.119809;RO=0;SAF=27;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000537535;OID=.;OPOS=137687038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:31:69:69:0:0:30:69:1:3:27:0:0:15:54:0:0 chr9 137688624 . A G 333.03 PASS AF=0.5;AO=75;DP=152;FAO=77;FDP=154;FR=.;FRO=77;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=0.0405266;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.485;QD=8.65023;RBI=0.0476607;REFB=-0.0383963;REVB=-0.0250827;RO=77;SAF=46;SAR=29;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153612;STB=0.513732;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0374423;OID=.;OPOS=137688624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:154:77:77:75:77:0.5:29:46:46:31:29:48:46:31 chr9 137688657 . A G 340.27 PASS AF=0.506494;AO=78;DP=154;FAO=78;FDP=154;FR=.;FRO=76;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=45;FSRR=31;FWDB=0.0499902;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.982;QD=8.83806;RBI=0.0760258;REFB=0.003227;REVB=0.0572791;RO=76;SAF=48;SAR=30;SRF=45;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021926;STB=0.512064;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.00202226;OID=.;OPOS=137688657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:76:76:78:78:0.506494:30:48:45:31:30:48:45:31 chr9 137688780 . GCCTGTCCCCTCCAAAACCCA G 735.09 PASS AF=1;AO=76;DP=80;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00699002;FXX=0.0499937;HRUN=2;LEN=20;MLLD=769.49;QD=38.6887;RBI=0.00763122;REFB=0;REVB=-0.00306188;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-3.24471e-06;OID=.;OPOS=137688781;OREF=CCTGTCCCCTCCAAAACCCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:76:80:76:76:0:32:44:0:0:34:0:32:44:0:0 chr9 137688863 . G A 182.01 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.000735856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6191;QD=7.50554;RBI=0.0100291;REFB=-0.0249599;REVB=-0.0100021;RO=52;SAF=14;SAR=31;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992422;STB=0.55553;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0288189;OID=.;OPOS=137688863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:52:45:45:0.463918:31:14:21:31:31:14:21:31 chr9 137702200 . G C 1384.53 PASS AF=0.908602;AO=168;DP=186;FAO=169;FDP=186;FR=.;FRO=17;FSAF=94;FSAR=75;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0367966;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=330.38;QD=29.7748;RBI=0.0392497;REFB=-0.108644;REVB=-0.0136585;RO=13;SAF=93;SAR=75;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620245;STB=0.519382;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.000437931;OID=.;OPOS=137702200;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:186:186:13:17:168:169:0.908602:75:93:13:0:75:94:13:4 chr9 137702209 . G A 686 PASS AF=0.659218;AO=118;DP=179;FAO=118;FDP=179;FR=.;FRO=61;FSAF=62;FSAR=56;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.0736019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5256;QD=15.3295;RBI=0.0937859;REFB=-0.010178;REVB=0.0581254;RO=61;SAF=62;SAR=56;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516979;STB=0.527794;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00531696;OID=.;OPOS=137702209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:61:61:118:118:0.659218:56:62:37:24:56:62:37:24 chr9 137707834 . G A 359.21 PASS AF=0.488636;AO=86;DP=176;FAO=86;FDP=176;FR=.;FRO=90;FSAF=23;FSAR=63;FSRF=24;FSRR=66;FWDB=-0.000941727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=327.524;QD=8.1639;RBI=0.0104809;REFB=-0.0372328;REVB=-0.0104385;RO=89;SAF=23;SAR=63;SRF=24;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00261211;STB=0.500506;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0382248;OID=.;OPOS=137707834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:89:90:86:86:0.488636:63:23:24:65:63:23:24:66 chr9 137708803 . A G 49.53 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0873376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4994;QD=33.0218;RBI=0.113338;REFB=0;REVB=0.0722335;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0196946;OID=.;OPOS=137708803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr9 137708934 . T G 24.08 PASS AF=0.666667;AO=4;DP=6;FAO=4;FDP=6;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0657034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.588;QD=16.0537;RBI=0.0759882;REFB=0.00207864;REVB=-0.0381742;RO=2;SAF=2;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277405;STB=0.66592;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00051439;OID=.;OPOS=137708934;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:6:6:2:2:4:4:0.666667:2:2:2:0:2:2:2:0 chr9 137710961 . G A 243.17 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=419.666;QD=37.4114;RBI=0.0160619;REFB=0;REVB=0.00636613;RO=0;SAF=2;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.21284e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29459e-05;OID=.;OPOS=137710961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:26:26:0:0:26:26:1:24:2:0:0:24:2:0:0 chr9 137711997 . G C 3323.59 PASS AF=1;AO=347;DP=350;FAO=350;FDP=350;FR=.;FRO=0;FSAF=188;FSAR=162;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.15476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0994;QD=37.9839;RBI=0.19539;REFB=0;REVB=-0.119275;RO=3;SAF=185;SAR=162;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00767314;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140034;OID=.;OPOS=137711997;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:350:350:3:0:347:350:1:162:185:3:0:162:188:0:0 chr9 137714027 . T C 543.1 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.185;QD=38.112;RBI=0.0745248;REFB=0;REVB=0.0737651;RO=0;SAF=46;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49011e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95623e-05;OID=.;OPOS=137714027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:55:57:0:0:54:57:1:8:46:0:0:10:47:0:0 chr10 18430167 . G C 182.49 PASS AF=0.7;AO=28;DP=40;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=27;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.00630465;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=188.112;QD=18.249;RBI=0.0453338;REFB=-0.219068;REVB=0.0448932;RO=12;SAF=27;SAR=1;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168805;STB=0.590854;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00716414;OID=.;OPOS=18430167;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:12:12:28:28:0.7:1:27:12:0:1:27:12:0 chr10 43595968 . A G 1658.97 PASS AF=1;AO=175;DP=176;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243557;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.62;QD=37.9193;RBI=0.0915703;REFB=-0.0351116;REVB=0.0882719;RO=1;SAF=95;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00591309;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497232;OID=.;OPOS=43595968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:70:176:175:1:0:175:175:1:80:95:0:1:80:95:0:0 chr10 43604390 . A T 2597.45 PASS AF=1;AO=273;DP=274;FAO=273;FDP=273;FR=.;FRO=0;FSAF=129;FSAR=144;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319927;FXX=0.0036495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.166;QD=38.0579;RBI=0.0550816;REFB=0.00342775;REVB=0.044838;RO=1;SAF=129;SAR=144;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00368186;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07936e-05;OID=.;OPOS=43604390;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:274:273:1:0:273:273:1:144:129:1:0:144:129:0:0 chr10 43612125 . T C 12.41 PASS AF=0.165414;AO=25;DP=120;FAO=22;FDP=133;FR=.;FRO=111;FSAF=22;FSAR=0;FSRF=111;FSRR=0;FWDB=-0.11065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.4568;QD=0.373202;RBI=0.11065;REFB=-0.0590355;REVB=0;RO=95;SAF=25;SAR=0;SRF=95;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.238222;OID=.;OPOS=43612125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:120:133:95:111:25:22:0.165414:0:25:95:0:0:22:111:0 chr10 43612226 . C T 164.77 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=100;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=43;FSAR=0;FSRF=55;FSRR=0;FWDB=0.0225794;FXX=0.0754646;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.06;QD=6.7252;RBI=0.0225794;REFB=0.0234263;REVB=0;RO=44;SAF=43;SAR=0;SRF=44;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0310035;OID=.;OPOS=43612226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:44:55:43:43:0.438776:0:43:44:0:0:43:55:0 chr10 43613843 . G T 748.28 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.247;QD=38.3736;RBI=0.0549548;REFB=0;REVB=0.00861115;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132345;OID=.;OPOS=43613843;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:35:78:78:0:0:78:78:1:35:43:0:0:35:43:0:0 chr10 50822192 . G C 108.99 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0107278;FXX=0.0666222;HRUN=5;LEN=1;MLLD=102.87;QD=31.1401;RBI=0.0548045;REFB=0.00752363;REVB=0.0537443;RO=1;SAF=12;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363094;STB=0.51997;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.000191554;OID=.;OPOS=50822192;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:14:14:1:1:13:13:0.928571:1:12:1:0:1:12:1:0 chr10 50822226 . T G 136.02 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.050389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.536;QD=36.2719;RBI=0.117348;REFB=0;REVB=0.105979;RO=0;SAF=14;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153658;OID=.;OPOS=50822226;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:14:15:0:0:14:15:1:0:14:0:0:1:14:0:0 chr10 50824117 . G A 107.33 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.000757684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.029;QD=6.6047;RBI=0.0473292;REFB=-0.0197224;REVB=0.0473231;RO=37;SAF=12;SAR=16;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803497;STB=0.545423;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0273357;OID=.;OPOS=50824117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:16:12:13:24:16:12:13:24 chr10 50824619 . G A 880.43 PASS AF=0.548387;AO=187;DP=341;FAO=187;FDP=341;FR=.;FRO=154;FSAF=89;FSAR=98;FSRF=77;FSRR=77;FWDB=-0.0226597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4;QD=10.3277;RBI=0.0341904;REFB=0.0241091;REVB=-0.0256031;RO=153;SAF=89;SAR=98;SRF=76;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172415;STB=0.51088;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.0197757;OID=.;OPOS=50824619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:341:341:153:154:187:187:0.548387:98:89:76:77:98:89:77:77 chr10 50828506 . G A 1140.74 PASS AF=0.882716;AO=143;DP=162;FAO=143;FDP=162;FR=.;FRO=19;FSAF=131;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=18;FWDB=-0.0123244;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=235.64;QD=28.1665;RBI=0.0209951;REFB=-0.0253142;REVB=0.0169972;RO=19;SAF=131;SAR=12;SRF=1;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396689;STB=0.712693;STBP=0;TYPE=snp;VARB=9.37167e-05;OID=.;OPOS=50828506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:162:162:19:19:143:143:0.882716:12:131:1:18:12:131:1:18 chr10 50856652 . G A 2533.87 PASS AF=1;AO=262;DP=263;FAO=264;FDP=264;FR=.;FRO=0;FSAF=136;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125553;FXX=0.0149248;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.863;QD=38.392;RBI=0.0301037;REFB=0;REVB=-0.0273605;RO=0;SAF=134;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.37358e-05;OID=.;OPOS=50856652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:263:264:0:0:262:264:1:128:134:0:0:128:136:0:0 chr10 50863147 . T C 510.55 PASS AF=0.520548;AO=114;DP=218;FAO=114;FDP=219;FR=.;FRO=105;FSAF=59;FSAR=55;FSRF=73;FSRR=32;FWDB=0.00271333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3341;QD=9.32518;RBI=0.107792;REFB=-0.0271655;REVB=-0.107758;RO=100;SAF=59;SAR=55;SRF=73;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183974;STB=0.5858;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0244079;OID=.;OPOS=50863147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:219:100:105:114:114:0.520548:55:59:73:27:55:59:73:32 chr10 55568972 . T G 817.68 PASS AF=0.545171;AO=176;DP=322;FAO=175;FDP=321;FR=.;FRO=146;FSAF=79;FSAR=96;FSRF=68;FSRR=78;FWDB=-0.00738638;FXX=0.00310549;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.037;QD=10.1891;RBI=0.00777138;REFB=-0.0313575;REVB=-0.00241572;RO=145;SAF=79;SAR=97;SRF=68;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168411;STB=0.506568;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0264399;OID=.;OPOS=55568972;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:321:145:146:176:175:0.545171:97:79:68:77:96:79:68:78 chr10 55582905 . G T 386.6 PASS AF=0.547297;AO=81;DP=148;FAO=81;FDP=148;FR=.;FRO=67;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.00872462;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=409.936;QD=10.4486;RBI=0.00874371;REFB=0.0154723;REVB=-0.000577513;RO=67;SAF=42;SAR=39;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708807;STB=0.538721;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.0131793;OID=.;OPOS=55582905;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:67:67:81:81:0.547297:39:42:29:38:39:42:29:38 chr10 55591313 . G A 163 PASS AF=0.329897;AO=64;DP=194;FAO=64;FDP=194;FR=.;FRO=130;FSAF=3;FSAR=61;FSRF=45;FSRR=85;FWDB=-0.0204947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.489;QD=3.36073;RBI=0.0204971;REFB=-0.0160997;REVB=0.000310733;RO=130;SAF=3;SAR=61;SRF=45;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.612961;STB=0.869717;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0379313;OID=.;OPOS=55591313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:130:130:64:64:0.329897:61:3:45:85:61:3:45:85 chr10 55892600 . TAC T 461.7 PASS AF=0.517241;AO=92;DP=225;FAO=105;FDP=203;FR=.;FRO=98;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=49;FSRR=49;FWDB=-0.0269835;FXX=0.0937458;HRUN=1;LEN=2;MLLD=134.08;QD=9.09751;RBI=0.0270267;REFB=-0.120381;REVB=0.00152832;RO=96;SAF=44;SAR=48;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00883676;STB=0.511506;STBP=0.746;TYPE=del;VARB=0.0901908;OID=.;OPOS=55892601;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517241:92:225:105:203:98:55:50:49:49:99:96:44:48:45:51 chr10 55892642 . T C 542.21 PASS AF=0.50813;AO=125;DP=245;FAO=125;FDP=246;FR=.;FRO=121;FSAF=61;FSAR=64;FSRF=58;FSRR=63;FWDB=0.0401404;FXX=0.00404842;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.317;QD=8.8164;RBI=0.0416029;REFB=-0.0146742;REVB=0.0109342;RO=120;SAF=61;SAR=64;SRF=58;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00417522;STB=0.504263;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0354631;OID=.;OPOS=55892642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:246:120:121:125:125:0.50813:64:61:58:62:64:61:58:63 chr10 55943184 . T C 568.5 PASS AF=0.487633;AO=138;DP=283;FAO=138;FDP=283;FR=.;FRO=145;FSAF=78;FSAR=60;FSRF=70;FSRR=75;FWDB=-0.0156593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.454;QD=8.03531;RBI=0.0226655;REFB=-0.0198613;REVB=0.0163863;RO=145;SAF=78;SAR=60;SRF=70;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773112;STB=0.542498;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0190564;OID=.;OPOS=55943184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:283:283:145:145:138:138:0.487633:60:78:70:75:60:78:70:75 chr10 56076975 . A C 782.3 PASS AF=0.496021;AO=185;DP=376;FAO=187;FDP=377;FR=.;FRO=190;FSAF=78;FSAR=109;FSRF=69;FSRR=121;FWDB=-0.0460773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.029;QD=8.30027;RBI=0.0634716;REFB=-0.0100148;REVB=0.0436524;RO=190;SAF=78;SAR=107;SRF=69;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055984;STB=0.528219;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0127045;OID=.;OPOS=56076975;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:376:377:190:190:185:187:0.496021:107:78:69:121:109:78:69:121 chr10 56077209 . G A 637.61 PASS AF=0.491961;AO=153;DP=311;FAO=153;FDP=311;FR=.;FRO=158;FSAF=81;FSAR=72;FSRF=80;FSRR=78;FWDB=0.00938548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=336.497;QD=8.20075;RBI=0.0329803;REFB=-0.00789358;REVB=-0.0316167;RO=158;SAF=81;SAR=72;SRF=80;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021408;STB=0.51175;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0079988;OID=.;OPOS=56077209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:311:158:158:153:153:0.491961:72:81:80:78:72:81:80:78 chr10 56089263 . G A 188.72 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0391526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8279;QD=12.7948;RBI=0.0625498;REFB=-0.0241484;REVB=-0.0487806;RO=24;SAF=23;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916152;STB=0.550439;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0145855;OID=.;OPOS=56089263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:59:59:24:24:35:35:0.59322:12:23:13:11:12:23:13:11 chr10 56423968 . A C 1674.42 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00528791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.494;QD=38.2724;RBI=0.00939003;REFB=0;REVB=0.00775956;RO=0;SAF=71;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.72324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53133e-06;OID=.;OPOS=56423968;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:79:175:175:0:0:175:175:1:104:71:0:0:104:71:0:0 chr10 73270906 . T C 1494.73 PASS AF=0.976048;AO=163;DP=175;FAO=163;FDP=167;FR=.;FRO=4;FSAF=74;FSAR=89;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00167451;FXX=0.0457117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.424;QD=35.802;RBI=0.0342652;REFB=0.0236334;REVB=-0.0342243;RO=4;SAF=74;SAR=89;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250227;STB=0.513156;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.000357875;OID=.;OPOS=73270906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:43:175:167:4:4:163:163:0.976048:89:74:4:0:89:74:4:0 chr10 73270982 . G A 1710.79 PASS AF=1;AO=181;DP=182;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286932;FXX=0.0054942;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.349;QD=37.8076;RBI=0.043985;REFB=-0.081593;REVB=-0.0333373;RO=1;SAF=83;SAR=98;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00483349;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225279;OID=.;OPOS=73270982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:73:182:181:1:0:181:181:1:98:83:0:1:98:83:0:0 chr10 73270995 . A G 1731.49 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.987;QD=38.265;RBI=0.0202181;REFB=0;REVB=0.0108608;RO=0;SAF=82;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.45636e-06;OID=.;OPOS=73270995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:82:179:181:0:0:179:181:1:97:82:0:0:99:82:0:0 chr10 73326757 . C T 407.66 PASS AF=0.505376;AO=94;DP=185;FAO=94;FDP=186;FR=.;FRO=92;FSAF=17;FSAR=77;FSRF=22;FSRR=70;FWDB=-0.0157992;FXX=0.00534731;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.119;QD=8.76694;RBI=0.0194673;REFB=-0.0432205;REVB=0.0113737;RO=80;SAF=17;SAR=77;SRF=22;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121521;STB=0.545791;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0423921;OID=.;OPOS=73326757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:80:92:94:94:0.505376:77:17:22:58:77:17:22:70 chr10 73434888 . G C 953.28 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0873053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1817;QD=38.5165;RBI=0.0985806;REFB=0;REVB=-0.0457813;RO=0;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00107296;OID=.;OPOS=73434888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:45:99:99:0:0:99:99:1:48:51:0:0:48:51:0:0 chr10 73455201 . T C 244.41 PASS AF=0.472441;AO=60;DP=127;FAO=60;FDP=127;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=21;FSRR=46;FWDB=-0.0124796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.156;QD=7.69784;RBI=0.0193641;REFB=-0.00593316;REVB=-0.0148063;RO=67;SAF=19;SAR=41;SRF=21;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00355773;STB=0.501973;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00614887;OID=.;OPOS=73455201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:67:67:60:60:0.472441:41:19:21:46:41:19:21:46 chr10 73455273 . T C 867.61 PASS AF=0.558642;AO=181;DP=322;FAO=181;FDP=324;FR=.;FRO=143;FSAF=93;FSAR=88;FSRF=75;FSRR=68;FWDB=-0.00250622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.408;QD=10.7112;RBI=0.0313491;REFB=-0.0417276;REVB=-0.0312488;RO=141;SAF=93;SAR=88;SRF=75;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146249;STB=0.504711;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0325125;OID=.;OPOS=73455273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:324:141:143:181:181:0.558642:88:93:75:66:88:93:75:68 chr10 73455308 . T C 864.74 PASS AF=0.559006;AO=180;DP=322;FAO=180;FDP=322;FR=.;FRO=142;FSAF=90;FSAR=90;FSRF=71;FSRR=71;FWDB=0.0316527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.893;QD=10.742;RBI=0.0399245;REFB=-0.0164982;REVB=0.0243325;RO=142;SAF=90;SAR=90;SRF=71;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00531121;OID=.;OPOS=73455308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:322:142:142:180:180:0.559006:90:90:71:71:90:90:71:71 chr10 73492079 . A G 931.47 PASS AF=0.530928;AO=206;DP=364;FAO=206;FDP=388;FR=.;FRO=182;FSAF=99;FSAR=107;FSRF=95;FSRR=87;FWDB=0.00175746;FXX=0.0177211;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2597;QD=9.60276;RBI=0.104737;REFB=-0.024997;REVB=-0.104722;RO=158;SAF=99;SAR=107;SRF=95;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964277;STB=0.519416;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0195303;OID=.;OPOS=73492079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:364:388:158:182:206:206:0.530928:107:99:95:63:107:99:95:87 chr10 73501556 . G A 468.38 PASS AF=0.485106;AO=114;DP=235;FAO=114;FDP=235;FR=.;FRO=121;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=76;FSRR=45;FWDB=-0.036272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4598;QD=7.97249;RBI=0.055312;REFB=-0.0181617;REVB=0.0417583;RO=121;SAF=58;SAR=56;SRF=76;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112073;STB=0.561582;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0191526;OID=.;OPOS=73501556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:121:121:114:114:0.485106:56:58:76:45:56:58:76:45 chr10 73537358 . G A 22.75 PASS AF=0.5;AO=4;DP=8;FAO=4;FDP=8;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00627512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.505;QD=11.3734;RBI=0.0230719;REFB=0.000807598;REVB=-0.0222021;RO=4;SAF=3;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223593;STB=0.64209;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.0010844;OID=.;OPOS=73537358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:8:8:4:4:4:4:0.5:1:3:2:2:1:3:2:2 chr10 73537388 . T C 22.75 PASS AF=0.5;AO=4;DP=8;FAO=4;FDP=8;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.019878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=338.709;QD=11.3734;RBI=0.0360765;REFB=-0.032231;REVB=0.0301061;RO=4;SAF=3;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223593;STB=0.64209;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0221555;OID=.;OPOS=73537388;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:8:8:4:4:4:4:0.5:1:3:2:2:1:3:2:2 chr10 73544638 . A G 474.96 PASS AF=0.55;AO=99;DP=179;FAO=99;FDP=180;FR=.;FRO=81;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=0.0576359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.982;QD=10.5546;RBI=0.0588019;REFB=-0.0121712;REVB=-0.0116517;RO=80;SAF=48;SAR=51;SRF=39;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00217531;STB=0.504042;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0104789;OID=.;OPOS=73544638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:80:81:99:99:0.55:51:48:39:41:51:48:40:41 chr10 73550969 . G A 3852.76 PASS AF=1;AO=413;DP=413;FAO=400;FDP=400;FR=.;FRO=0;FSAF=196;FSAR=204;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8102;QD=38.5276;RBI=0.0405125;REFB=0;REVB=0.031306;RO=0;SAF=201;SAR=212;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79264e-05;OID=.;OPOS=73550969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:413:400:0:0:413:400:1:212:201:0:0:204:196:0:0 chr10 73553454 . C CCT 21.5 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=27.5224;QD=4.52724;RBI=0.0644277;REFB=-0.037086;REVB=-0.0644277;RO=13;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.109558;OID=.;OPOS=73553455;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:6:19:6:19:13:0:6:0:13:21:13:0:6:0:13 chr10 73558030 . G A 2880.08 PASS AF=1;AO=310;DP=317;FAO=312;FDP=312;FR=.;FRO=0;FSAF=193;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.121168;FXX=0.0188673;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.182;QD=36.9241;RBI=0.121787;REFB=-0.1889;REVB=0.0122636;RO=4;SAF=193;SAR=117;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160235;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000613577;OID=.;OPOS=73558030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:95:317:312:4:0:310:312:1:117:193:0:4:119:193:0:0 chr10 73558128 . G A 463.4 PASS AF=0.514706;AO=103;DP=203;FAO=105;FDP=204;FR=.;FRO=99;FSAF=18;FSAR=87;FSRF=8;FSRR=91;FWDB=-0.00273028;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.195;QD=9.0862;RBI=0.0432949;REFB=-0.0390686;REVB=-0.0432087;RO=99;SAF=16;SAR=87;SRF=8;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141817;STB=0.586155;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0372392;OID=.;OPOS=73558128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:204:99:99:103:105:0.514706:87:16:8:91:87:18:8:91 chr10 73558852 . A G 3606.98 PASS AF=1;AO=377;DP=379;FAO=380;FDP=380;FR=.;FRO=0;FSAF=174;FSAR=206;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195877;FXX=0.00523546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=346.053;QD=37.9682;RBI=0.0197211;REFB=-0.0241097;REVB=0.00228994;RO=2;SAF=174;SAR=203;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000389667;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8864e-05;OID=.;OPOS=73558852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:379:380:2:0:377:380:1:203:174:1:1:206:174:0:0 chr10 73558886 . G A 2897.74 PASS AF=0.915385;AO=348;DP=390;FAO=357;FDP=390;FR=.;FRO=33;FSAF=172;FSAR=185;FSRF=1;FSRR=32;FWDB=0.00439084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.699;QD=29.7204;RBI=0.0302945;REFB=-0.244066;REVB=0.0299746;RO=3;SAF=172;SAR=176;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00262472;STB=0.538358;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00421567;OID=.;OPOS=73558886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:390:390:3:33:348:357:0.915385:176:172:1:2:185:172:1:32 chr10 73558952 . C T 3251.51 PASS AF=0.972678;AO=356;DP=366;FAO=356;FDP=366;FR=.;FRO=10;FSAF=128;FSAR=228;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.00388742;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.331;QD=35.5356;RBI=0.0312318;REFB=-0.0448296;REVB=-0.0309889;RO=7;SAF=128;SAR=228;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197475;STB=0.515887;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000427459;OID=.;OPOS=73558952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:83:366:366:7:10:356:356:0.972678:228:128:6:1:228:128:9:1 chr10 73559227 . C T 349.41 PASS AF=0.386986;AO=111;DP=294;FAO=113;FDP=292;FR=.;FRO=179;FSAF=105;FSAR=8;FSRF=127;FSRR=52;FWDB=0.0171152;FXX=0.0135131;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.892;QD=4.78643;RBI=0.0211943;REFB=-0.0111323;REVB=-0.0125007;RO=183;SAF=103;SAR=8;SRF=127;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.482318;STB=0.772374;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0136702;OID=.;OPOS=73559227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:292:183:179:111:113:0.386986:8:103:127:56:8:105:127:52 chr10 73562744 . G A 1010.23 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0250632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.92;QD=36.7358;RBI=0.0269219;REFB=-0.0654082;REVB=0.00982982;RO=2;SAF=38;SAR=70;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00559376;STB=0.502947;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.000409118;OID=.;OPOS=73562744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:110:110:2:2:108:108:0.981818:70:38:1:1:70:38:1:1 chr10 73570334 . G A 89.69 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0136298;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.781;QD=17.0836;RBI=0.046873;REFB=0.00725179;REVB=-0.0448476;RO=7;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985854;STB=0.555473;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.0055224;OID=.;OPOS=73570334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:21:21:7:7:14:14:0.666667:10:4:3:4:10:4:3:4 chr10 73574843 . G A 978.51 PASS AF=0.535;AO=223;DP=415;FAO=214;FDP=400;FR=.;FRO=186;FSAF=103;FSAR=111;FSRF=84;FSRR=102;FWDB=-0.0306594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4734;QD=9.78511;RBI=0.0644166;REFB=-0.0111945;REVB=0.0566525;RO=191;SAF=109;SAR=114;SRF=84;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041625;STB=0.513841;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0108279;OID=.;OPOS=73574843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:415:400:191:186:223:214:0.535:114:109:84:107:111:103:84:102 chr10 75843100 . T A 1061.21 PASS AF=0.556391;AO=263;DP=485;FAO=222;FDP=399;FR=.;FRO=177;FSAF=107;FSAR=115;FSRF=81;FSRR=96;FWDB=0.0065823;FXX=0.00249994;HRUN=2;LEN=1;MLLD=331.31;QD=10.6387;RBI=0.00943695;REFB=0.0046015;REVB=0.00676235;RO=221;SAF=128;SAR=135;SRF=101;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249774;STB=0.510826;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.00356918;OID=.;OPOS=75843100;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:485:399:221:177:263:222:0.556391:135:128:101:120:115:107:81:96 chr10 75865065 . G A 3379.16 PASS AF=1;AO=349;DP=349;FAO=354;FDP=354;FR=.;FRO=0;FSAF=191;FSAR=163;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00751386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.863;QD=38.1826;RBI=0.033713;REFB=0;REVB=0.032865;RO=0;SAF=191;SAR=158;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100407;OID=.;OPOS=75865065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:349:354:0:0:349:354:1:158:191:0:0:163:191:0:0 chr10 75871735 . C G 1521.26 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383777;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.961;QD=38.5128;RBI=0.0518726;REFB=0;REVB=0.0348986;RO=0;SAF=44;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.79849e-06;OID=.;OPOS=75871735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:71:159:158:0:0:158:158:1:114:44:0:0:114:44:0:0 chr10 75873892 . C T 2865.89 PASS AF=1;AO=297;DP=298;FAO=298;FDP=298;FR=.;FRO=0;FSAF=197;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00733289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.515;QD=38.4683;RBI=0.0863082;REFB=0;REVB=0.0859962;RO=0;SAF=196;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136211;OID=.;OPOS=75873892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:298:298:0:0:297:298:1:101:196:0:0:101:197:0:0 chr10 75874192 . T C,TGC 1626.34 PASS AF=0.542373,0.457627;AO=119,77;DP=210;FAO=96,81;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=90,74;FSAR=6,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0717656,0.102793;FXX=0.110547;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=123.96,119.022;QD=36.7535;RBI=0.0845204,0.105245;REFB=0,0;REVB=0.0446476,0.0225881;RO=9;SAF=112,70;SAR=7,7;SRF=9;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0366538,-0.0570816;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0624769,-0.0274545;OID=.,.;OPOS=75874192,75874193;OREF=T,-;OALT=C,GC;OMAPALT=C,TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:210:177:9:0:119,77:96,81:0.542373,0.457627:7,7:112,70:9:0:6,7:90,74:0:0 chr10 79793688 . C T 59.04 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00909723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4021;QD=8.43467;RBI=0.0123649;REFB=-0.058116;REVB=-0.00837444;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00477241;STB=0.502758;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0687177;OID=.;OPOS=79793688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:28:28:15:15:13:13:0.464286:6:7:8:7:6:7:8:7 chr10 88445385 . G C 840.75 PASS AF=0.540059;AO=182;DP=337;FAO=182;FDP=337;FR=.;FRO=155;FSAF=88;FSAR=94;FSRF=94;FSRR=61;FWDB=-0.0166031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.009;QD=9.97917;RBI=0.0205696;REFB=-0.0239441;REVB=-0.0121428;RO=155;SAF=88;SAR=94;SRF=94;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103677;STB=0.556388;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.020566;OID=.;OPOS=88445385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:337:337:155:155:182:182:0.540059:94:88:94:61:94:88:94:61 chr10 88458996 . TTCTCTC T,TTCTC,TTCTTC 931.77 PASS AF=0.527273,0.454545,0;AO=48,19,23;DP=122;FAO=58,50,0;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=8,3,0;FSAR=50,47,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0131188,-0.0861156,-0.036603;FXX=0.191162;HRUN=3,1,1;LEN=6,2,1;MLLD=90.5723,37.6428,34.651;QD=33.8825;RBI=0.0166668,0.091744,0.0393006;REFB=-0.00939507,-0.00741309,-0.0153343;REVB=0.0102799,0.0316394,0.0143095;RO=3;SAF=8,3,0;SAR=40,16,23;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.147462,-0.301148,-0.869309;STB=0.555535,0.62494,0.5;STBP=0.013,0.004,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0698669,0.0855541,0;OID=.,.,.;OPOS=88458997,88458997,88459000;OREF=TCTCTC,TC,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=T,TTCTC,TTCTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.527273,0.454545,0:48,19,23:122:58,50,0:110:2:8,3,0:50,47,0:2:0:99:3:8,3,0:40,16,23:3:0 chr10 88466465 . C T 328.33 PASS AF=0.4875;AO=78;DP=160;FAO=78;FDP=160;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=51;FSRR=31;FWDB=-0.000361916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=366.828;QD=8.20836;RBI=0.00536549;REFB=-0.0104328;REVB=0.00535327;RO=82;SAF=39;SAR=39;SRF=51;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11342;STB=0.562484;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0103192;OID=.;OPOS=88466465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:82:82:78:78:0.4875:39:39:51:31:39:39:51:31 chr10 88635779 . C A 580.91 PASS AF=0.476974;AO=144;DP=303;FAO=145;FDP=304;FR=.;FRO=159;FSAF=88;FSAR=57;FSRF=100;FSRR=59;FWDB=-0.0296476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8284;QD=7.64352;RBI=0.0775957;REFB=0.0104378;REVB=-0.0717085;RO=159;SAF=87;SAR=57;SRF=100;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248242;STB=0.512138;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.0124491;OID=.;OPOS=88635779;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:304:159:159:144:145:0.476974:57:87:100:59:57:88:100:59 chr10 88683122 . T C 595.45 PASS AF=0.483444;AO=146;DP=302;FAO=146;FDP=302;FR=.;FRO=156;FSAF=57;FSAR=89;FSRF=82;FSRR=74;FWDB=-0.0362902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0707;QD=7.8867;RBI=0.0588089;REFB=-0.00329565;REVB=-0.0462763;RO=156;SAF=57;SAR=89;SRF=82;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129168;STB=0.571082;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00329962;OID=.;OPOS=88683122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:302:156:156:146:146:0.483444:89:57:82:74:89:57:82:74 chr10 121429633 . T C 480.11 PASS AF=0.476;AO=119;DP=250;FAO=119;FDP=250;FR=.;FRO=131;FSAF=57;FSAR=62;FSRF=62;FSRR=69;FWDB=-0.0482843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.901;QD=7.68179;RBI=0.0526738;REFB=-0.0161542;REVB=-0.0210513;RO=131;SAF=57;SAR=62;SRF=62;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00543858;STB=0.502997;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0171058;OID=.;OPOS=121429633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:131:131:119:119:0.476:62:57:62:69:62:57:62:69 chr10 121429762 . C G 1158.44 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=120;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9532;QD=38.6148;RBI=0.110524;REFB=0;REVB=0.110524;RO=0;SAF=0;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000605119;OID=.;OPOS=121429762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:54:120:120:0:0:120:120:1:120:0:0:0:120:0:0:0 chr10 121435955 . A C 3293.25 PASS AF=1;AO=343;DP=346;FAO=343;FDP=343;FR=.;FRO=0;FSAF=169;FSAR=174;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127781;FXX=0.0550949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7834;QD=38.4052;RBI=0.0167204;REFB=0;REVB=0.0107839;RO=0;SAF=169;SAR=174;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000687136;OID=.;OPOS=121435955;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:346:343:0:0:343:343:1:174:169:0:0:174:169:0:0 chr10 121436255 . G GC 63.92 PASS AF=0.246711;AO=65;DP=308;FAO=75;FDP=304;FR=.;FRO=229;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=111;FSRR=118;FWDB=-0.102891;FXX=0.00653573;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.2711;QD=0.84102;RBI=0.204134;REFB=-0.0560834;REVB=0.176307;RO=233;SAF=31;SAR=34;SRF=111;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00067794;STB=0.585738;STBP=0.083;TYPE=ins;VARB=0.109094;OID=.;OPOS=121436256;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.246711:65:308:75:304:229:28:47:111:118:63:233:31:34:111:122 chr10 121436362 . A G 1915.87 PASS AF=1;AO=199;DP=199;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00517883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.098;QD=38.51;RBI=0.0827106;REFB=0;REVB=0.0825484;RO=0;SAF=75;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18718e-05;OID=.;OPOS=121436362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:90:199:199:0:0:199:199:1:124:75:0:0:124:75:0:0 chr11 2869188 . C T 165.06 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=36;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=11;FWDB=-0.0277425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.357;QD=7.76748;RBI=0.0498479;REFB=-0.0242577;REVB=-0.0414145;RO=45;SAF=36;SAR=4;SRF=34;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277942;STB=0.658441;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0235505;OID=.;OPOS=2869188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:4:36:34:11:4:36:34:11 chr11 5248243 . A G 643.73 PASS AF=0.508532;AO=149;DP=293;FAO=149;FDP=293;FR=.;FRO=144;FSAF=68;FSAR=81;FSRF=76;FSRR=68;FWDB=-0.111758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.733;QD=8.78813;RBI=0.112463;REFB=-0.0413487;REVB=0.0125662;RO=144;SAF=68;SAR=81;SRF=76;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641895;STB=0.535139;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0356437;OID=.;OPOS=5248243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:293:144:144:149:149:0.508532:81:68:76:68:81:68:76:68 chr11 17515833 . A G 343.62 PASS AF=0.469945;AO=85;DP=182;FAO=86;FDP=183;FR=.;FRO=97;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=53;FSRR=44;FWDB=0.000773836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=398.06;QD=7.51078;RBI=0.00444355;REFB=-0.0227422;REVB=0.00437565;RO=97;SAF=48;SAR=37;SRF=53;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178861;STB=0.512589;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0256912;OID=.;OPOS=17515833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:183:97:97:85:86:0.469945:37:48:53:44:37:49:53:44 chr11 17517235 . A G 359.19 PASS AF=0.46;AO=92;DP=200;FAO=92;FDP=200;FR=.;FRO=108;FSAF=4;FSAR=88;FSRF=24;FSRR=84;FWDB=-0.108326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.98;QD=7.18388;RBI=0.111332;REFB=-0.0290088;REVB=0.0256944;RO=108;SAF=4;SAR=88;SRF=24;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489356;STB=0.78164;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0283048;OID=.;OPOS=17517235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:108:108:92:92:0.46:88:4:24:84:88:4:24:84 chr11 17519742 . C G 457.01 PASS AF=0.50237;AO=106;DP=211;FAO=106;FDP=211;FR=.;FRO=105;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=48;FSRR=57;FWDB=0.0270524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6076;QD=8.66372;RBI=0.0395328;REFB=-0.0117215;REVB=-0.0288273;RO=105;SAF=47;SAR=59;SRF=48;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125984;STB=0.506917;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.019751;OID=.;OPOS=17519742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:105:105:106:106:0.50237:59:47:48:57:59:47:48:57 chr11 17522638 . G A 494.58 PASS AF=0.553763;AO=103;DP=186;FAO=103;FDP=186;FR=.;FRO=83;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=31;FSRR=52;FWDB=0.0880852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6366;QD=10.6361;RBI=0.0906319;REFB=-0.027437;REVB=-0.0213338;RO=81;SAF=48;SAR=55;SRF=29;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883915;STB=0.541707;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0214636;OID=.;OPOS=17522638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:81:83:103:103:0.553763:55:48:29:52:55:48:31:52 chr11 17548239 . C T 331.1 PASS AF=0.386282;AO=107;DP=277;FAO=107;FDP=277;FR=.;FRO=170;FSAF=36;FSAR=71;FSRF=91;FSRR=79;FWDB=-0.00992413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.774;QD=4.78122;RBI=0.0784838;REFB=-0.0316517;REVB=0.0778538;RO=133;SAF=36;SAR=71;SRF=55;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08342;STB=0.625418;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0554;OID=.;OPOS=17548239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:277:277:133:170:107:107:0.386282:71:36:55:78:71:36:91:79 chr11 31812215 . A C 111.66 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0417704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7531;QD=7.08944;RBI=0.0477455;REFB=-0.032275;REVB=0.0231272;RO=34;SAF=15;SAR=13;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109953;STB=0.568422;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0384953;OID=.;OPOS=31812215;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:35:28:28:0.444444:13:15:22:12:13:15:23:12 chr11 32456462 . G C 17.63 PASS AF=0.363636;AO=4;DP=11;FAO=4;FDP=11;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=0;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0716943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.3502;QD=6.41249;RBI=0.0716943;REFB=-0.0256792;REVB=0;RO=6;SAF=4;SAR=0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.13156;OID=.;OPOS=32456462;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:11:11:6:7:4:4:0.363636:0:4:6:0:0:4:7:0 chr11 36595600 . A G 497.35 PASS AF=0.482213;AO=122;DP=253;FAO=122;FDP=253;FR=.;FRO=131;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=55;FSRR=76;FWDB=0.0142472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9924;QD=7.86323;RBI=0.0143387;REFB=-0.0163018;REVB=-0.00161717;RO=130;SAF=55;SAR=67;SRF=55;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263446;STB=0.516243;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0179651;OID=.;OPOS=36595600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:130:131:122:122:0.482213:67:55:55:75:67:55:55:76 chr11 47361084 . T C 2441.01 PASS AF=1;AO=254;DP=255;FAO=255;FDP=255;FR=.;FRO=0;FSAF=254;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0968709;FXX=0.0267165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4461;QD=38.2903;RBI=0.106737;REFB=0;REVB=0.0448201;RO=0;SAF=253;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33655e-05;OID=.;OPOS=47361084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:255:255:0:0:254:255:1:1:253:0:0:1:254:0:0 chr11 47364762 . A G 986.16 PASS AF=1;AO=103;DP=106;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029456;FXX=0.0282992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0181;QD=38.2975;RBI=0.10049;REFB=0;REVB=0.096076;RO=0;SAF=34;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000903282;OID=.;OPOS=47364762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:47:106:103:0:0:103:103:1:69:34:0:0:69:34:0:0 chr11 47365199 . G A 885.79 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0210504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9233;QD=38.0984;RBI=0.0239184;REFB=0;REVB=-0.0239184;RO=0;SAF=0;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162979;OID=.;OPOS=47365199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:42:95:93:0:0:93:93:1:93:0:0:0:93:0:0:0 chr11 47371484 . AG A 2095.88 PASS AF=1;AO=218;DP=230;FAO=230;FDP=230;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117069;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=28.4218;QD=36.4501;RBI=0.240549;REFB=0;REVB=0.21014;RO=12;SAF=125;SAR=93;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576108;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00238175;OID=.;OPOS=47371485;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:218:230:230:230:0:125:105:0:0:98:12:125:93:0:12 chr11 47460306 . A G 583.84 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.110767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7787;QD=37.667;RBI=0.115439;REFB=0;REVB=-0.0325079;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00174773;OID=.;OPOS=47460306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:62:62:0:0:62:62:1:26:36:0:0:26:36:0:0 chr11 47469439 . A G 1653.57 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112974;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.923;QD=38.2329;RBI=0.0113759;REFB=0;REVB=0.0013339;RO=0;SAF=76;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.96751e-06;OID=.;OPOS=47469439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:78:173:173:0:0:173:173:1:97:76:0:0:97:76:0:0 chr11 47470355 . C T 685.08 PASS AF=0.522034;AO=154;DP=295;FAO=154;FDP=295;FR=.;FRO=141;FSAF=82;FSAR=72;FSRF=76;FSRR=65;FWDB=0.0501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.332;QD=9.28917;RBI=0.0512992;REFB=0.025949;REVB=0.0110272;RO=141;SAF=82;SAR=72;SRF=76;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00574935;STB=0.50314;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=-0.0235962;OID=.;OPOS=47470355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:295:141:141:154:154:0.522034:72:82:76:65:72:82:76:65 chr11 57379170 . A G 1711.01 PASS AF=1;AO=176;DP=177;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.268;QD=38.4496;RBI=0.0756501;REFB=0;REVB=0.070382;RO=0;SAF=118;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91655e-05;OID=.;OPOS=57379170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:80:177:178:0:0:176:178:1:58:118:0:0:59:119:0:0 chr11 61724514 . C T 1101.65 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.565;QD=37.988;RBI=0.103418;REFB=0;REVB=0.102593;RO=0;SAF=61;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435827;OID=.;OPOS=61724514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:52:109:116:0:0:109:116:1:48:61:0:0:55:61:0:0 chr11 61724583 . T G 1133.3 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00124849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=398.583;QD=38.4169;RBI=0.0408351;REFB=0;REVB=0.040816;RO=0;SAF=60;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01596e-05;OID=.;OPOS=61724583;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:53:118:118:0:0:118:118:1:58:60:0:0:58:60:0:0 chr11 61730036 . G A 1180.62 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624854;FXX=0.128562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5002;QD=38.7089;RBI=0.066039;REFB=0;REVB=0.021371;RO=0;SAF=37;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000897791;OID=.;OPOS=61730036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:56:122:122:0:0:121:122:1:84:37:0:0:84:38:0:0 chr11 61731534 . G T 2347.12 PASS AF=1;AO=244;DP=245;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00918411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=363.592;QD=38.3203;RBI=0.0422796;REFB=0;REVB=0.0412701;RO=0;SAF=133;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.85373e-06;OID=.;OPOS=61731534;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:245:245:0:0:244:245:1:111:133:0:0:112:133:0:0 chr11 64572018 . T C 1293.64 PASS AF=1;AO=134;DP=150;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00968562;FXX=0.10666;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2385;QD=38.6161;RBI=0.0291201;REFB=0;REVB=-0.0274621;RO=0;SAF=76;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256363;OID=.;OPOS=64572018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:61:150:134:0:0:134:134:1:58:76:0:0:58:76:0:0 chr11 64572557 . A G 1409.72 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.08;QD=38.3597;RBI=0.0740501;REFB=0;REVB=0.060108;RO=0;SAF=84;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317566;OID=.;OPOS=64572557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:66:147:147:0:0:147:147:1:63:84:0:0:63:84:0:0 chr11 64577620 . G C 107.82 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00571523;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=380.872;QD=35.9384;RBI=0.00571523;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=12;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.42975e-05;OID=.;OPOS=64577620;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:12:12:0:0:12:12:1:0:12:0:0:0:12:0:0 chr11 71146577 . G A 3241.23 PASS AF=1;AO=339;DP=341;FAO=339;FDP=339;FR=.;FRO=0;FSAF=191;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0697474;FXX=0.0286525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.587;QD=38.2446;RBI=0.07005;REFB=0.00259388;REVB=0.0065039;RO=1;SAF=191;SAR=148;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00249138;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106053;OID=.;OPOS=71146577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:341:339:1:0:339:339:1:148:191:1:0:148:191:0:0 chr11 71146691 . A G 2935.69 PASS AF=1;AO=306;DP=309;FAO=306;FDP=306;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=176;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113644;FXX=0.0160767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.228;QD=38.375;RBI=0.114216;REFB=0;REVB=0.0114161;RO=0;SAF=130;SAR=176;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.42906e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23897e-06;OID=.;OPOS=71146691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:309:306:0:0:306:306:1:176:130:0:0:176:130:0:0 chr11 71146837 . C T 253.49 PASS AF=0.54;AO=52;DP=104;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=40;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.000508726;FXX=0.0384578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.495;QD=10.1397;RBI=0.0266722;REFB=-0.0324148;REVB=0.0266674;RO=44;SAF=13;SAR=39;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953575;STB=0.538518;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0312151;OID=.;OPOS=71146837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:100:44:46:52:54:0.54:39:13:15:29:40:14:15:31 chr11 71152461 . A G 3585.79 PASS AF=1;AO=374;DP=376;FAO=375;FDP=375;FR=.;FRO=0;FSAF=171;FSAR=204;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388926;FXX=0.0053049;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7515;QD=38.2484;RBI=0.0642356;REFB=-0.0386621;REVB=0.0511231;RO=1;SAF=170;SAR=204;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00233356;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233429;OID=.;OPOS=71152461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:376:375:1:0:374:375:1:204:170:0:1:204:171:0:0 chr11 71155153 . A G 2404.43 PASS AF=1;AO=251;DP=251;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00683329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.919;QD=38.3176;RBI=0.0645511;REFB=0;REVB=0.0641884;RO=0;SAF=113;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169249;OID=.;OPOS=71155153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:251:251:0:0:251:251:1:138:113:0:0:138:113:0:0 chr11 71155171 . C T 2409.81 PASS AF=1;AO=250;DP=250;FAO=250;FDP=250;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=138;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.222;QD=38.5569;RBI=0.0674893;REFB=0;REVB=0.000309036;RO=0;SAF=112;SAR=138;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103016;OID=.;OPOS=71155171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:250:250:0:0:250:250:1:138:112:0:0:138:112:0:0 chr11 74168411 . A G 764.94 PASS AF=0.4775;AO=233;DP=486;FAO=191;FDP=400;FR=.;FRO=209;FSAF=93;FSAR=98;FSRF=96;FSRR=113;FWDB=-0.0752873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.2556;QD=7.64944;RBI=0.0808377;REFB=0.00154203;REVB=0.0294373;RO=253;SAF=113;SAR=120;SRF=117;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213917;STB=0.51443;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.00186843;OID=.;OPOS=74168411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:486:400:253:209:233:191:0.4775:120:113:117:136:98:93:96:113 chr11 76853783 . T C 230.69 PASS AF=0.422078;AO=65;DP=156;FAO=65;FDP=154;FR=.;FRO=89;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=56;FSRR=33;FWDB=0.00676656;FXX=0.0128197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.795;QD=5.99196;RBI=0.0124666;REFB=-0.0382741;REVB=-0.0104704;RO=88;SAF=39;SAR=26;SRF=55;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269385;STB=0.517706;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0635217;OID=.;OPOS=76853783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:154:88:89:65:65:0.422078:26:39:55:33:26:39:56:33 chr11 76885779 . G A 2661.42 PASS AF=1;AO=277;DP=280;FAO=278;FDP=278;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=162;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230271;FXX=0.0071426;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.737;QD=38.2938;RBI=0.090273;REFB=-0.046973;REVB=0.0872867;RO=1;SAF=116;SAR=161;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0029526;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277047;OID=.;OPOS=76885779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:280:278:1:0:277:278:1:161:116:0:1:162:116:0:0 chr11 76894235 . G C 2592.64 PASS AF=1;AO=267;DP=268;FAO=271;FDP=271;FR=.;FRO=0;FSAF=180;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00309893;FXX=0.0109485;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.815;QD=38.2677;RBI=0.0651927;REFB=0;REVB=0.065119;RO=0;SAF=180;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.2814e-06;OID=.;OPOS=76894235;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:268:271:0:0:267:271:1:87:180:0:0:91:180:0:0 chr11 76895770 . GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 13 PASS AO=83;DP=150;LEN=22;RO=67;SAF=67;SAR=65;SRF=0;SRR=19;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=76895771;OREF=GGAGGCGGGGACACCAGGGCCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:150:67:83:65:67:0:19 chr11 76895772 . G A 62.66 PASS AF=0.304878;AO=23;DP=80;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=0;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=57;FWDB=0;FXX=0.0238067;HRUN=3;LEN=1;MLLD=332.574;QD=3.05637;RBI=0.0396848;REFB=0.00120017;REVB=-0.0396848;RO=57;SAF=0;SAR=23;SRF=0;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0582171;OID=.;OPOS=76895772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:80:82:57:57:23:25:0.304878:23:0:0:57:25:0:0:57 chr11 76895773 . A T 347.47 PASS AF=0.686747;AO=57;DP=80;FAO=57;FDP=83;FR=.;FRO=26;FSAF=0;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=26;FWDB=0;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1059;QD=16.7456;RBI=0.0402811;REFB=-0.0150254;REVB=0.0402811;RO=22;SAF=0;SAR=57;SRF=0;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0121713;OID=.;OPOS=76895773;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:80:83:22:26:57:57:0.686747:57:0:0:22:57:0:0:26 chr11 76895775 . G T 42.78 PASS AF=0.2625;AO=21;DP=80;FAO=21;FDP=80;FR=.;FRO=59;FSAF=0;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=59;FWDB=0;FXX=0.0476134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=390.946;QD=2.13883;RBI=0.0380125;REFB=-0.00383437;REVB=-0.0380125;RO=59;SAF=0;SAR=21;SRF=0;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0232556;OID=.;OPOS=76895775;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:80:80:59:59:21:21:0.2625:21:0:0:59:21:0:0:59 chr11 76895777 . G T 383.24 PASS AF=0.7375;AO=59;DP=80;FAO=59;FDP=80;FR=.;FRO=21;FSAF=0;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=21;FWDB=0;FXX=0.0476134;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.817;QD=19.1621;RBI=0.0390561;REFB=0.009885;REVB=-0.0390561;RO=21;SAF=0;SAR=59;SRF=0;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185173;OID=.;OPOS=76895777;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:80:80:21:21:59:59:0.7375:59:0:0:21:59:0:0:21 chr11 76895779 . G T 189.83 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.159936;HRUN=4;LEN=1;MLLD=452.294;QD=36.1588;RBI=0.00581909;REFB=0;REVB=0.00581909;RO=0;SAF=0;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204528;OID=.;OPOS=76895779;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:21:21:0:0:21:21:1:21:0:0:0:21:0:0:0 chr11 76895781 . A G 175.48 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0.119952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=403.14;QD=31.9062;RBI=0.0438561;REFB=-0.158803;REVB=0.0438561;RO=0;SAF=0;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140877;OID=.;OPOS=76895781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:21:22:0:1:21:21:0.954545:21:0:0:0:21:0:0:1 chr11 76895783 . AC TG 196.79 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.159936;HRUN=1;LEN=2;MLLD=132.643;QD=37.4831;RBI=0.0615312;REFB=0;REVB=0.0615312;RO=0;SAF=0;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000899821;OID=.;OPOS=76895783;OREF=AC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:21:21:0:0:21:21:1:21:0:0:0:21:0:0:0 chr11 76895792 . T G 93.93 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.191;QD=37.5731;RBI=0.0918744;REFB=0;REVB=0.0918744;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0062012;OID=.;OPOS=76895792;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:10:0:0:6:10:1:6:0:0:0:10:0:0:0 chr11 76901273 . C T 615.95 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.712;QD=37.9049;RBI=0.0077409;REFB=0;REVB=0.0077409;RO=0;SAF=0;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43601e-05;OID=.;OPOS=76901273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:65:65:0:0:65:65:1:65:0:0:0:65:0:0:0 chr11 76901623 . T TGCTGGGGCCTGGAGC 874.34 PASS AF=1;AO=79;DP=97;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421187;FXX=0.0515411;HRUN=0;LEN=15;MLLD=293.774;QD=38.0147;RBI=0.0421187;REFB=0;REVB=-1.98128e-34;RO=14;SAF=79;SAR=0;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.889044;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00012289;OID=.;OPOS=76901624;OREF=-;OALT=GCTGGGGCCTGGAGC;OMAPALT=TGCTGGGGCCTGGAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:79:97:92:92:0:92:0:0:0:41:14:79:0:12:2 chr11 76901648 . C G 1642.04 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7034;QD=38.1869;RBI=0.0904516;REFB=0;REVB=-0.0864448;RO=0;SAF=92;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000255695;OID=.;OPOS=76901648;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:78:172:172:0:0:172:172:1:80:92:0:0:80:92:0:0 chr11 76901927 . C T 2121.02 PASS AF=1;AO=220;DP=220;FAO=220;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.46;QD=38.5641;RBI=0.035362;REFB=0;REVB=0.0245649;RO=0;SAF=120;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.10058e-07;OID=.;OPOS=76901927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:220:220:0:0:220:220:1:100:120:0:0:100:120:0:0 chr11 76902024 . G A 1640.64 PASS AF=0.967914;AO=178;DP=187;FAO=181;FDP=187;FR=.;FRO=6;FSAF=69;FSAR=112;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0136685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=319.974;QD=35.0939;RBI=0.0315058;REFB=-0.209177;REVB=-0.0283864;RO=6;SAF=66;SAR=112;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413263;STB=0.520831;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000762389;OID=.;OPOS=76902024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:39:187:187:6:6:178:181:0.967914:112:66:6:0:112:69:6:0 chr11 76909427 . A G 145.52 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=13;FWDB=-0.0033389;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.495;QD=6.69061;RBI=0.00338541;REFB=-0.0233723;REVB=-0.00055922;RO=48;SAF=30;SAR=8;SRF=35;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846295;STB=0.544017;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0362814;OID=.;OPOS=76909427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:48:49:38:38:0.436782:8:30:35:13:8:30:36:13 chr11 76910766 . C T 1770.66 PASS AF=1;AO=184;DP=184;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00720396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.823;QD=38.2845;RBI=0.0503739;REFB=0;REVB=0.0498561;RO=0;SAF=106;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175774;OID=.;OPOS=76910766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:84:184:185:0:0:184:185:1:78:106:0:0:79:106:0:0 chr11 76912636 . A T 2821.59 PASS AF=1;AO=292;DP=300;FAO=293;FDP=293;FR=.;FRO=0;FSAF=122;FSAR=171;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366041;FXX=0.0233326;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5141;QD=38.5201;RBI=0.0496806;REFB=0;REVB=0.0335902;RO=0;SAF=121;SAR=171;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10605e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000231173;OID=.;OPOS=76912636;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:300:293:0:0:292:293:1:171:121:0:0:171:122:0:0 chr11 76917220 . A G 317.78 PASS AF=0.462857;AO=81;DP=175;FAO=81;FDP=175;FR=.;FRO=94;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=39;FSRR=55;FWDB=-0.00990696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.4766;QD=7.2635;RBI=0.0509305;REFB=-0.0509639;REVB=0.0499576;RO=94;SAF=30;SAR=51;SRF=39;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456119;STB=0.525296;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0579115;OID=.;OPOS=76917220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:94:94:81:81:0.462857:51:30:39:55:51:30:39:55 chr11 76918322 . T C 532.98 PASS AF=0.564767;AO=109;DP=193;FAO=109;FDP=193;FR=.;FRO=84;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=0.0400088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1111;QD=11.0463;RBI=0.0448179;REFB=-0.00470021;REVB=-0.0201976;RO=84;SAF=52;SAR=57;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000700534;STB=0.500381;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00373629;OID=.;OPOS=76918322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:84:84:109:109:0.564767:57:52:40:44:57:52:40:44 chr11 76918497 . G A 235.14 PASS AF=0.442857;AO=62;DP=138;FAO=62;FDP=140;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=56;FSRF=17;FSRR=61;FWDB=-0.00671818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0117;QD=6.7183;RBI=0.0930223;REFB=0.00738795;REVB=-0.0927794;RO=76;SAF=6;SAR=56;SRF=17;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26581;STB=0.647179;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.0123223;OID=.;OPOS=76918497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:76:78:62:62:0.442857:56:6:17:59:56:6:17:61 chr11 76919468 . A T 544.28 PASS AF=0.463576;AO=140;DP=327;FAO=140;FDP=302;FR=.;FRO=162;FSAF=73;FSAR=67;FSRF=89;FSRR=73;FWDB=-0.0109975;FXX=0.0764503;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.916;QD=7.20899;RBI=0.0135514;REFB=-0.00673596;REVB=0.0079181;RO=156;SAF=73;SAR=67;SRF=86;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286528;STB=0.51504;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00772899;OID=.;OPOS=76919468;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:327:302:156:162:140:140:0.463576:67:73:86:70:67:73:89:73 chr11 76919478 . C A 682.41 PASS AF=0.498462;AO=162;DP=325;FAO=162;FDP=325;FR=.;FRO=163;FSAF=73;FSAR=89;FSRF=87;FSRR=76;FWDB=0.00542007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.078;QD=8.39887;RBI=0.00604391;REFB=-0.00896485;REVB=0.00267428;RO=162;SAF=73;SAR=89;SRF=86;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733438;STB=0.541749;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0080432;OID=.;OPOS=76919478;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:325:162:163:162:162:0.498462:89:73:86:76:89:73:87:76 chr11 76919865 . T A 184.31 PASS AF=0.322034;AO=76;DP=236;FAO=76;FDP=236;FR=.;FRO=160;FSAF=5;FSAR=71;FSRF=89;FSRR=71;FWDB=0.001528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.869;QD=3.12387;RBI=0.011118;REFB=0.00542312;REVB=-0.0110125;RO=160;SAF=5;SAR=71;SRF=89;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.686288;STB=0.903722;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0104025;OID=.;OPOS=76919865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:160:160:76:76:0.322034:71:5:89:71:71:5:89:71 chr11 76924874 . G A 80.03 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.00332929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.83;QD=6.9592;RBI=0.00541593;REFB=-0.015977;REVB=-0.00427178;RO=26;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273798;STB=0.655174;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0264043;OID=.;OPOS=76924874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:46:46:26:26:20:20:0.434783:11:9:19:7:11:9:19:7 chr11 76925641 . C T 832.16 PASS AF=0.530259;AO=183;DP=346;FAO=184;FDP=347;FR=.;FRO=163;FSAF=123;FSAR=61;FSRF=100;FSRR=63;FWDB=-0.0199987;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=345.038;QD=9.59264;RBI=0.0203735;REFB=-0.0174392;REVB=0.00388981;RO=163;SAF=122;SAR=61;SRF=100;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506655;STB=0.528571;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0151724;OID=.;OPOS=76925641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:347:163:163:183:184:0.530259:61:122:100:63:61:123:100:63 chr11 89017961 . G A 1915.47 PASS AF=1;AO=199;DP=199;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00535144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9102;QD=38.5019;RBI=0.0062702;REFB=0;REVB=-0.00326764;RO=0;SAF=106;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95568e-06;OID=.;OPOS=89017961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:90:199:199:0:0:199:199:1:93:106:0:0:93:106:0:0 chr11 108129657 . A G 854.63 PASS AF=0.555901;AO=179;DP=322;FAO=179;FDP=322;FR=.;FRO=143;FSAF=96;FSAR=83;FSRF=85;FSRR=58;FWDB=0.0092383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.413;QD=10.6165;RBI=0.0230138;REFB=0.00209282;REVB=0.0210781;RO=143;SAF=96;SAR=83;SRF=85;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479532;STB=0.526031;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00166104;OID=.;OPOS=108129657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:322:143:143:179:179:0.555901:83:96:85:58:83:96:85:58 chr11 108143182 . C T 584.29 PASS AF=0.576355;AO=117;DP=203;FAO=117;FDP=203;FR=.;FRO=86;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=52;FSRR=34;FWDB=-0.0311005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9168;QD=11.5132;RBI=0.0346396;REFB=-0.0441729;REVB=-0.0152534;RO=86;SAF=58;SAR=59;SRF=52;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849839;STB=0.546105;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0376173;OID=.;OPOS=108143182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:86:86:117:117:0.576355:59:58:52:34:59:58:52:34 chr11 108150207 . CT C 346.49 PASS AF=0.539007;AO=75;DP=144;FAO=76;FDP=141;FR=.;FRO=65;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.167096;FXX=0.0208319;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.9693;QD=9.82949;RBI=0.17971;REFB=0.0112035;REVB=-0.0661404;RO=64;SAF=39;SAR=36;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299644;STB=0.509611;STBP=0.831;TYPE=del;VARB=-0.00618287;OID=.;OPOS=108150208;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.539007:75:144:76:141:65:39:37:32:33:99:64:39:36:31:33 chr11 108151707 . T A,TA 220.93 PASS AF=0.183673,0.209184;AO=51,33;DP=201;FAO=36,41;FDP=196;FR=.;FRO=119;FSAF=11,18;FSAR=25,23;FSRF=61;FSRR=58;FWDB=-0.0151758,0.0614399;FXX=0.0841082;HRUN=10,2;LEN=1,1;MLLD=44.3197,22.4561;QD=4.50869;RBI=0.0529488,0.0907037;REFB=-0.0576312,-0.0297479;REVB=-0.0507274,-0.0667256;RO=111;SAF=24,14;SAR=27,19;SRF=53;SRR=58;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00815893,-0.0677441;STB=0.663379,0.554782;STBP=0.032,0.414;TYPE=snp,ins;VARB=0.0891112,0.0155386;OID=.,.;OPOS=108151707,108151708;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:46:201:196:111:119:51,33:36,41:0.183673,0.209184:27,19:24,14:53:58:25,23:11,18:61:58 chr11 108175394 . T C 563.07 PASS AF=0.492701;AO=135;DP=274;FAO=135;FDP=274;FR=.;FRO=139;FSAF=66;FSAR=69;FSRF=79;FSRR=60;FWDB=0.0159287;FXX=0.00363623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.138;QD=8.22004;RBI=0.0160186;REFB=-0.023452;REVB=0.00169396;RO=139;SAF=66;SAR=69;SRF=79;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733343;STB=0.54025;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0255632;OID=.;OPOS=108175394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:139:139:135:135:0.492701:69:66:79:60:69:66:79:60 chr11 108175462 . G A 843.25 PASS AF=0.5;AO=210;DP=423;FAO=200;FDP=400;FR=.;FRO=200;FSAF=102;FSAR=98;FSRF=98;FSRR=102;FWDB=0.0158566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=402.197;QD=8.43253;RBI=0.0158598;REFB=-0.0172587;REVB=-0.000319799;RO=213;SAF=105;SAR=105;SRF=106;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00215805;STB=0.509999;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0161592;OID=.;OPOS=108175462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:423:400:213:200:210:200:0.5:105:105:106:107:98:102:98:102 chr11 108183167 . A G 1346.01 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=345.662;QD=38.1846;RBI=0.0512019;REFB=0;REVB=0.0309113;RO=0;SAF=33;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91055e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76254e-05;OID=.;OPOS=108183167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:64:141:141:0:0:141:141:1:108:33:0:0:108:33:0:0 chr11 108225483 . C T 286.08 PASS AF=0.534483;AO=61;DP=117;FAO=62;FDP=116;FR=.;FRO=54;FSAF=44;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=11;FWDB=-0.00525171;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.778;QD=9.86492;RBI=0.0174941;REFB=-0.0273918;REVB=0.0166873;RO=53;SAF=44;SAR=17;SRF=43;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998604;STB=0.551005;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0206101;OID=.;OPOS=108225483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:53:54:61:62:0.534483:17:44:43:10:18:44:43:11 chr11 118016039 . G A 249.48 PASS AF=0.518868;AO=55;DP=106;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0390842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5617;QD=9.4145;RBI=0.0602634;REFB=0.0213341;REVB=-0.0458705;RO=51;SAF=21;SAR=34;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802545;STB=0.544274;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.0201894;OID=.;OPOS=118016039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:51:51:55:55:0.518868:34:21:24:27:34:21:24:27 chr11 118016068 . C T 963.07 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707873;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9237;QD=37.4008;RBI=0.07461;REFB=-0.0782017;REVB=-0.0235754;RO=1;SAF=42;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111632;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011591;OID=.;OPOS=118016068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:38:104:103:1:0:103:103:1:61:42:1:0:61:42:0:0 chr11 118962230 . G T 947.41 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00729146;FXX=0.00917347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.2813;QD=35.0891;RBI=0.0714468;REFB=0;REVB=-0.0710737;RO=0;SAF=58;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0230426;OID=.;OPOS=118962230;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:46:92:108:0:0:92:108:1:34:58:0:0:34:74:0:0 chr11 118962816 . C A 2348.66 PASS AF=1;AO=246;DP=247;FAO=247;FDP=247;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.165;QD=38.0349;RBI=0.0166003;REFB=0;REVB=-0.0108165;RO=1;SAF=114;SAR=132;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00416288;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65302e-05;OID=.;OPOS=118962816;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:247:247:1:0:246:247:1:132:114:1:0:132:115:0:0 chr11 123524411 . G A 392.42 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0676812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.28;QD=37.373;RBI=0.0676812;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=42;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135023;OID=.;OPOS=123524411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:42:42:0:0:42:42:1:0:42:0:0:0:42:0:0 chr12 2614070 . G T 743.39 PASS AF=0.582677;AO=148;DP=254;FAO=148;FDP=254;FR=.;FRO=106;FSAF=80;FSAR=68;FSRF=73;FSRR=33;FWDB=-0.0131014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.3232;QD=11.707;RBI=0.0698207;REFB=0.00237813;REVB=-0.0685804;RO=94;SAF=80;SAR=68;SRF=73;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174178;STB=0.562857;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00161086;OID=.;OPOS=2614070;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:254:94:106:148:148:0.582677:68:80:73:21:68:80:73:33 chr12 2690702 . G A 301.63 PASS AF=0.559633;AO=61;DP=109;FAO=61;FDP=109;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.111969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.525;QD=11.0691;RBI=0.129184;REFB=-0.0584398;REVB=0.0644324;RO=48;SAF=28;SAR=33;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685489;STB=0.537465;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0322438;OID=.;OPOS=2690702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:48:48:61:61:0.559633:33:28:18:30:33:28:18:30 chr12 2694638 . C T 694.74 PASS AF=0.488439;AO=169;DP=346;FAO=169;FDP=346;FR=.;FRO=177;FSAF=92;FSAR=77;FSRF=87;FSRR=90;FWDB=0.00135941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.202;QD=8.0317;RBI=0.0636087;REFB=-0.000275018;REVB=-0.0635942;RO=177;SAF=92;SAR=77;SRF=87;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049396;STB=0.527118;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000162314;OID=.;OPOS=2694638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:346:177:177:169:169:0.488439:77:92:87:90:77:92:87:90 chr12 2716018 . C T 257.59 PASS AF=0.421965;AO=73;DP=173;FAO=73;FDP=173;FR=.;FRO=100;FSAF=25;FSAR=48;FSRF=38;FSRR=62;FWDB=0.0156272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.453;QD=5.95574;RBI=0.0240107;REFB=-0.0454136;REVB=-0.0182292;RO=100;SAF=25;SAR=48;SRF=38;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423524;STB=0.52372;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0532093;OID=.;OPOS=2716018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:100:100:73:73:0.421965:48:25:38:62:48:25:38:62 chr12 2720988 . T C 295.23 PASS AF=0.457831;AO=76;DP=166;FAO=76;FDP=166;FR=.;FRO=90;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=-0.0151212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9421;QD=7.11394;RBI=0.0156195;REFB=-0.0241847;REVB=-0.00391378;RO=89;SAF=38;SAR=38;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273163;STB=0.512045;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0352899;OID=.;OPOS=2720988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:89:90:76:76:0.457831:38:38:47:42:38:38:47:43 chr12 2721137 . C T 810.87 PASS AF=0.51532;AO=185;DP=359;FAO=185;FDP=359;FR=.;FRO=174;FSAF=86;FSAR=99;FSRF=90;FSRR=84;FWDB=0.0503842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4042;QD=9.03475;RBI=0.0775519;REFB=-0.0244592;REVB=-0.0589554;RO=174;SAF=86;SAR=99;SRF=90;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465263;STB=0.525418;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0223685;OID=.;OPOS=2721137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:359:359:174:174:185:185:0.51532:99:86:90:84:99:86:90:84 chr12 2760965 . GA G 285.65 PASS AF=0.587629;AO=53;DP=97;FAO=57;FDP=97;FR=.;FRO=40;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.11457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.5585;QD=11.7792;RBI=0.133313;REFB=-0.0976572;REVB=-0.0681629;RO=40;SAF=31;SAR=22;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949663;STB=0.545092;STBP=0.332;TYPE=del;VARB=0.0631817;OID=.;OPOS=2760966;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.587629:53:97:57:97:40:34:23:28:12:99:40:31:22:28:12 chr12 2760970 . G A 141.9 PASS AF=0.412371;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.00245351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4493;QD=5.85147;RBI=0.00592465;REFB=-0.00233523;REVB=-0.00539276;RO=57;SAF=28;SAR=12;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120558;STB=0.56841;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00338799;OID=.;OPOS=2760970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:57:57:40:40:0.412371:12:28:34:23:12:28:34:23 chr12 2788879 . G A 334.17 PASS AF=0.674699;AO=56;DP=83;FAO=56;FDP=83;FR=.;FRO=27;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00292669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.104;QD=16.1044;RBI=0.0200905;REFB=-0.00608358;REVB=0.0198761;RO=27;SAF=37;SAR=19;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137805;STB=0.574664;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00424419;OID=.;OPOS=2788879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:83:83:27:27:56:56:0.674699:19:37:12:15:19:37:12:15 chr12 2791130 . C T 413.97 PASS AF=0.577465;AO=82;DP=142;FAO=82;FDP=142;FR=.;FRO=60;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.00105269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=310.083;QD=11.6612;RBI=0.00128324;REFB=-0.0117768;REVB=-0.000733855;RO=60;SAF=47;SAR=35;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833258;STB=0.545365;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00764919;OID=.;OPOS=2791130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:60:60:82:82:0.577465:35:47:28:32:35:47:28:32 chr12 2791132 . A G 413.97 PASS AF=0.577465;AO=82;DP=142;FAO=82;FDP=142;FR=.;FRO=60;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0152677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.315;QD=11.6611;RBI=0.0172983;REFB=-0.00523936;REVB=-0.00813195;RO=60;SAF=47;SAR=35;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833258;STB=0.545365;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00494152;OID=.;OPOS=2791132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:60:60:82:82:0.577465:35:47:28:32:35:47:28:32 chr12 2791205 . A G 1374.19 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=327.442;QD=38.172;RBI=0.0408759;REFB=0;REVB=-0.00656045;RO=0;SAF=76;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62211e-05;OID=.;OPOS=2791205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:65:144:144:0:0:144:144:1:68:76:0:0:68:76:0:0 chr12 2794791 . T G 498.05 PASS AF=0.489796;AO=120;DP=245;FAO=120;FDP=245;FR=.;FRO=125;FSAF=79;FSAR=41;FSRF=74;FSRR=51;FWDB=0.0124403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=355.269;QD=8.13146;RBI=0.0138614;REFB=-0.0151075;REVB=-0.00611376;RO=125;SAF=79;SAR=41;SRF=74;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667118;STB=0.536734;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0156635;OID=.;OPOS=2794791;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:125:125:120:120:0.489796:41:79:74:51:41:79:74:51 chr12 7361287 . G A 668.54 PASS AF=0.483776;AO=164;DP=339;FAO=164;FDP=339;FR=.;FRO=175;FSAF=74;FSAR=90;FSRF=81;FSRR=94;FWDB=0.0364729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4881;QD=7.88836;RBI=0.0537508;REFB=0.00168599;REVB=0.0394826;RO=175;SAF=74;SAR=90;SRF=81;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110242;STB=0.506057;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.00152671;OID=.;OPOS=7361287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:339:339:175:175:164:164:0.483776:90:74:81:94:90:74:81:94 chr12 7362204 . G GCTGAGTCGGTGGAGTAATGTGCAGAGTTTGAT 50 PASS AO=99;DP=223;LEN=32;RO=124;SAF=109;SAR=107;SRF=4;SRR=3;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=7362205;OREF=-;OALT=CTGAGTCGGTGGAGTAATGTGCAGAGTTTGAT;OMAPALT=GCTGAGTCGGTGGAGTAATGTGCAGAGTTTGAT GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:223:124:99:107:109:4:3 chr12 22063115 . A G 1726.48 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=179;FDP=179;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0099595;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.871;QD=38.5806;RBI=0.0854372;REFB=0;REVB=0.0848548;RO=0;SAF=84;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2973e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63118e-05;OID=.;OPOS=22063115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:81:179:179:0:0:179:179:1:95:84:0:0:95:84:0:0 chr12 22063337 . A G 210.78 PASS AF=0.31405;AO=37;DP=155;FAO=38;FDP=121;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0450542;FXX=0.224345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8191;QD=6.96781;RBI=0.045081;REFB=-0.0228583;REVB=-0.00155314;RO=29;SAF=10;SAR=27;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192534;STB=0.56163;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0394208;OID=.;OPOS=22063337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:121:29:48:37:38:0.31405:27:10:14:15:28:10:17:31 chr12 22063353 . A C 415.25 PASS AF=0.54717;AO=87;DP=159;FAO=87;FDP=159;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=58;FSRF=20;FSRR=52;FWDB=-0.0490267;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=58.6479;QD=10.4466;RBI=0.114688;REFB=-0.0173273;REVB=0.10368;RO=68;SAF=29;SAR=58;SRF=19;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497812;STB=0.52884;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0270685;OID=.;OPOS=22063353;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:68:72:87:87:0.54717:58:29:19:49:58:29:20:52 chr12 22063737 . G T 1493.82 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0846514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2477;QD=38.303;RBI=0.111781;REFB=0;REVB=0.0730016;RO=0;SAF=57;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.27567e-05;OID=.;OPOS=22063737;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:70:156:156:0:0:156:156:1:99:57:0:0:99:57:0:0 chr12 22063749 . T C 1478.19 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00275338;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.925;QD=38.147;RBI=0.0195994;REFB=0;REVB=-0.019405;RO=0;SAF=54;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.77991e-05;OID=.;OPOS=22063749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:70:154:155:0:0:154:155:1:100:54:0:0:100:55:0:0 chr12 22066017 . G A 188.67 PASS AF=0.485149;AO=22;DP=91;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.00590144;FXX=0.106185;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.313;QD=7.47197;RBI=0.00906877;REFB=-0.00276027;REVB=0.00688591;RO=46;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22514;STB=0.554273;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0079343;OID=.;OPOS=22066017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:101:46:52:22:49:0.485149:10:12:16:30:25:24:20:32 chr12 22068849 . G T 555.43 PASS AF=0.516393;AO=126;DP=244;FAO=126;FDP=244;FR=.;FRO=118;FSAF=50;FSAR=76;FSRF=51;FSRR=67;FWDB=-0.121254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2348;QD=9.10532;RBI=0.121673;REFB=0.0259083;REVB=-0.0100862;RO=118;SAF=50;SAR=76;SRF=51;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323969;STB=0.517736;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.0284132;OID=.;OPOS=22068849;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:118:118:126:126:0.516393:76:50:51:67:76:50:51:67 chr12 22078838 . T G 537.76 PASS AF=0.514768;AO=122;DP=238;FAO=122;FDP=237;FR=.;FRO=115;FSAF=53;FSAR=69;FSRF=40;FSRR=75;FWDB=-0.060002;FXX=0.0042015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8425;QD=9.07613;RBI=0.0722272;REFB=0.00319045;REVB=-0.040206;RO=115;SAF=53;SAR=69;SRF=40;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791059;STB=0.543235;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00377188;OID=.;OPOS=22078838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:237:115:115:122:122:0.514768:69:53:40:75:69:53:40:75 chr12 25368462 . C T 3853.66 PASS AF=1;AO=407;DP=407;FAO=400;FDP=400;FR=.;FRO=0;FSAF=174;FSAR=226;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.811;QD=38.5366;RBI=0.0154315;REFB=0;REVB=-0.00477672;RO=0;SAF=176;SAR=231;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18857e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13476e-06;OID=.;OPOS=25368462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:407:400:0:0:407:400:1:231:176:0:0:226:174:0:0 chr12 32974245 . C T 869.66 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.49;QD=38.6514;RBI=0.0316541;REFB=0;REVB=-0.029443;RO=0;SAF=65;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.55848e-05;OID=.;OPOS=32974245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:41:90:90:0:0:90:90:1:25:65:0:0:25:65:0:0 chr12 40619082 . G A 1074.65 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.995;QD=38.0406;RBI=0.0252807;REFB=0;REVB=-0.0177602;RO=0;SAF=61;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05912e-07;OID=.;OPOS=40619082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:51:113:113:0:0:113:113:1:52:61:0:0:52:61:0:0 chr12 40619301 . G A 3112.87 PASS AF=1;AO=322;DP=323;FAO=326;FDP=326;FR=.;FRO=0;FSAF=181;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00190563;FXX=0.00305801;HRUN=1;LEN=1;MLLD=371.161;QD=38.1947;RBI=0.0150623;REFB=0;REVB=-0.0149413;RO=1;SAF=181;SAR=141;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00337117;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.07636e-06;OID=.;OPOS=40619301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:323:326:1:0:322:326:1:141:181:0:1:145:181:0:0 chr12 40629602 . T G 37.05 PASS AF=0.246575;AO=18;DP=73;FAO=18;FDP=73;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.0189465;FXX=0;HRUN=19;LEN=1;MLLD=85.3043;QD=2.02993;RBI=0.0203181;REFB=0.015839;REVB=-0.00733862;RO=55;SAF=6;SAR=12;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340925;STB=0.707743;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.0246395;OID=.;OPOS=40629602;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:73:73:55:55:18:18:0.246575:12:6:34:21:12:6:34:21 chr12 40629603 . T G 11.62 PASS AF=0.15942;AO=11;DP=69;FAO=11;FDP=69;FR=.;FRO=58;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=0.0327471;FXX=0;HRUN=19;LEN=1;MLLD=74.4553;QD=0.673676;RBI=0.0330599;REFB=0.00299514;REVB=0.00453689;RO=58;SAF=1;SAR=10;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.629104;STB=0.919681;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00466153;OID=.;OPOS=40629603;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:69:69:58:58:11:11:0.15942:10:1:36:22:10:1:36:22 chr12 40629608 . T G 22.14 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.108916;FXX=0;HRUN=19;LEN=1;MLLD=101.429;QD=2.05984;RBI=0.108921;REFB=-0.00430841;REVB=0.0010242;RO=33;SAF=1;SAR=9;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.688838;STB=0.925192;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00708735;OID=.;OPOS=40629608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:43:43:33:33:10:10:0.232558:9:1:24:9:9:1:24:9 chr12 40631791 . T C 1897.25 PASS AF=1;AO=202;DP=204;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00851157;FXX=0.00980344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.866;QD=37.5694;RBI=0.0383558;REFB=-0.0788187;REVB=0.0373994;RO=2;SAF=99;SAR=103;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000185002;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346753;OID=.;OPOS=40631791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:74:204:202:2:0:202:202:1:103:99:1:1:103:99:0:0 chr12 40645257 . C A 901.63 PASS AF=0.515;AO=229;DP=448;FAO=206;FDP=400;FR=.;FRO=194;FSAF=104;FSAR=102;FSRF=88;FSRR=106;FWDB=-0.0236857;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=368.042;QD=9.01627;RBI=0.0240926;REFB=-0.00153207;REVB=-0.004409;RO=219;SAF=114;SAR=115;SRF=102;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287;STB=0.524842;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00150372;OID=.;OPOS=40645257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:448:400:219:194:229:206:0.515:115:114:102:117:102:104:88:106 chr12 40657700 . C G 488.99 PASS AF=0.577381;AO=97;DP=168;FAO=97;FDP=168;FR=.;FRO=71;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=24;FSRR=47;FWDB=-0.00575361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.671;QD=11.6426;RBI=0.053545;REFB=-0.00455066;REVB=-0.053235;RO=71;SAF=51;SAR=46;SRF=24;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145363;STB=0.578893;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00229805;OID=.;OPOS=40657700;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:71:71:97:97:0.577381:46:51:24:47:46:51:24:47 chr12 40702846 . A T 729.16 PASS AF=0.931624;AO=61;DP=83;FAO=109;FDP=117;FR=.;FRO=8;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0523574;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=36.4821;QD=24.9286;RBI=0.0855159;REFB=-0.0980203;REVB=0.0676141;RO=13;SAF=19;SAR=42;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188883;STB=0.518666;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00453888;OID=.;OPOS=40702846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:83:117:13:8:61:109:0.931624:42:19:11:2:57:52:6:2 chr12 40702987 . G A 288.04 PASS AF=0.489209;AO=68;DP=138;FAO=68;FDP=139;FR=.;FRO=71;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=0.0182326;FXX=0.00714235;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.1028;QD=8.28878;RBI=0.0412481;REFB=-0.0104716;REVB=-0.0369997;RO=70;SAF=34;SAR=34;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919617;STB=0.546749;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0110387;OID=.;OPOS=40702987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:70:71:68:68:0.489209:34:34:42:28:34:34:42:29 chr12 40703087 . C CGT 860.27 PASS AF=0.854962;AO=110;DP=139;FAO=112;FDP=131;FR=.;FRO=19;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.154545;FXX=0.0437924;HRUN=1;LEN=2;MLLD=72.6284;QD=26.2678;RBI=0.209286;REFB=-0.19973;REVB=0.141126;RO=27;SAF=50;SAR=60;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922416;STB=0.540847;STBP=0.026;TYPE=ins;VARB=0.049005;OID=.;OPOS=40703088;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.854962:110:139:112:131:19:51:61:14:5:11:27:50:60:19:8 chr12 40713759 . T C 429.69 PASS AF=0.488152;AO=103;DP=211;FAO=103;FDP=211;FR=.;FRO=108;FSAF=71;FSAR=32;FSRF=79;FSRR=29;FWDB=0.0191679;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=388.106;QD=8.14571;RBI=0.0202244;REFB=-0.00238623;REVB=0.00645117;RO=108;SAF=71;SAR=32;SRF=79;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467416;STB=0.525677;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0024129;OID=.;OPOS=40713759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:108:108:103:103:0.488152:32:71:79:29:32:71:79:29 chr12 40713834 . C A 2928.18 PASS AF=1;AO=305;DP=305;FAO=305;FDP=305;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258223;FXX=0.00326787;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.46;QD=38.4024;RBI=0.0285672;REFB=0;REVB=0.0122186;RO=0;SAF=152;SAR=153;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70631e-07;OID=.;OPOS=40713834;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:305:305:0:0:305:305:1:153:152:0:0:153:152:0:0 chr12 40713873 . A G 646.86 PASS AF=0.496774;AO=154;DP=308;FAO=154;FDP=310;FR=.;FRO=156;FSAF=84;FSAR=70;FSRF=64;FSRR=92;FWDB=-0.0131574;FXX=0.00641005;HRUN=8;LEN=1;MLLD=321.894;QD=8.34662;RBI=0.0141029;REFB=-0.00853224;REVB=0.00507705;RO=149;SAF=84;SAR=70;SRF=64;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103947;STB=0.567748;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00822726;OID=.;OPOS=40713873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:310:149:156:154:154:0.496774:70:84:64:85:70:84:64:92 chr12 40716015 . C T 852.31 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=94;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0429589;FXX=0.0315756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.288;QD=37.057;RBI=0.115529;REFB=-0.126042;REVB=0.107245;RO=1;SAF=67;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201575;STB=0.510636;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.000719838;OID=.;OPOS=40716015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:34:94:92:1:1:90:91:0.98913:23:67:0:1:23:68:0:1 chr12 40716260 . T C 818.45 PASS AF=0.4925;AO=339;DP=677;FAO=197;FDP=400;FR=.;FRO=203;FSAF=110;FSAR=87;FSRF=104;FSRR=99;FWDB=0.00937632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.173;QD=8.18454;RBI=0.00959106;REFB=-0.00984812;REVB=0.00201817;RO=337;SAF=180;SAR=159;SRF=176;SRR=161;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797835;STB=0.523566;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0100515;OID=.;OPOS=40716260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:677:400:337:203:339:197:0.4925:159:180:176:161:87:110:104:99 chr12 40757114 . A ACATG 1573.33 PASS AF=0.961749;AO=176;DP=192;FAO=176;FDP=183;FR=.;FRO=7;FSAF=86;FSAR=90;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0150031;FXX=0.0468726;HRUN=1;LEN=4;MLLD=342.313;QD=34.3896;RBI=0.0360818;REFB=-0.0049073;REVB=0.0328147;RO=7;SAF=86;SAR=90;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267973;STB=0.514093;STBP=0.08;TYPE=ins;VARB=0.000111362;OID=.;OPOS=40757115;OREF=-;OALT=CATG;OMAPALT=ACATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.961749:176:192:176:183:7:86:90:6:1:32:7:86:90:6:1 chr12 40757330 . A G 979.57 PASS AF=0.535;AO=244;DP=460;FAO=214;FDP=400;FR=.;FRO=186;FSAF=124;FSAR=90;FSRF=101;FSRR=85;FWDB=0.0126381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2769;QD=9.79568;RBI=0.0154122;REFB=0.00866852;REVB=0.00882122;RO=216;SAF=143;SAR=101;SRF=118;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350938;STB=0.517281;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.00879511;OID=.;OPOS=40757330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:460:400:216:186:244:214:0.535:101:143:118:98:90:124:101:85 chr12 40758652 . T C 2705.21 PASS AF=1;AO=284;DP=285;FAO=284;FDP=284;FR=.;FRO=0;FSAF=149;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276831;FXX=0.00350865;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.892;QD=38.1016;RBI=0.0561686;REFB=-0.0186136;REVB=0.0488729;RO=1;SAF=149;SAR=135;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00318983;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31483e-05;OID=.;OPOS=40758652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:285:284:1:0:284:284:1:135:149:1:0:135:149:0:0 chr12 48374826 . T G 239.89 PASS AF=0.52;AO=47;DP=99;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.066448;FXX=0.0196059;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.2277;QD=9.59581;RBI=0.0776118;REFB=-0.0310565;REVB=-0.040103;RO=48;SAF=18;SAR=29;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712024;STB=0.507779;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.034702;OID=.;OPOS=48374826;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:48:48:47:52:0.52:29:18:22:26:29:23:22:26 chr12 48375568 . A G 434.5 PASS AF=0.592857;AO=83;DP=139;FAO=83;FDP=140;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=0.0127704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.826;QD=12.4142;RBI=0.0152193;REFB=-0.0125001;REVB=0.00827919;RO=56;SAF=35;SAR=48;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773847;STB=0.537299;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00946189;OID=.;OPOS=48375568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:56:57:83:83:0.592857:48:35:18:38:48:35:19:38 chr12 48375965 . C T 154.84 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0147683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.307;QD=9.83138;RBI=0.039819;REFB=-0.0181882;REVB=0.0369791;RO=30;SAF=18;SAR=15;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104641;STB=0.50581;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0142894;OID=.;OPOS=48375965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:15:18:16:14:15:18:16:14 chr12 48375975 . A G 148.53 PASS AF=0.516129;AO=30;DP=60;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.000291375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.84;QD=9.58242;RBI=0.0218876;REFB=-0.00877385;REVB=0.0218857;RO=28;SAF=15;SAR=15;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309414;STB=0.501012;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0129675;OID=.;OPOS=48375975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:28:30:30:32:0.516129:15:15:15:13:15:17:16:14 chr12 48376291 . G A 331.09 PASS AF=0.5;AO=77;DP=154;FAO=77;FDP=154;FR=.;FRO=77;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=0.00090137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.347;QD=8.59972;RBI=0.014296;REFB=-0.0321839;REVB=0.0142675;RO=77;SAF=41;SAR=36;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118512;STB=0.506525;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0324808;OID=.;OPOS=48376291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:77:77:77:77:0.5:36:41:42:35:36:41:42:35 chr12 48389023 . C T 530.16 PASS AF=0.524444;AO=118;DP=225;FAO=118;FDP=225;FR=.;FRO=107;FSAF=64;FSAR=54;FSRF=49;FSRR=58;FWDB=0.0256953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.618;QD=9.42512;RBI=0.0282247;REFB=-0.0014098;REVB=0.0116784;RO=107;SAF=64;SAR=54;SRF=49;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734525;STB=0.540159;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00165095;OID=.;OPOS=48389023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:107:107:118:118:0.524444:54:64:49:58:54:64:49:58 chr12 48389643 . A C 1790.19 PASS AF=1;AO=191;DP=193;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194678;FXX=0.0103622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.525;QD=37.4908;RBI=0.121574;REFB=0.0528289;REVB=0.120005;RO=1;SAF=110;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00430971;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.82417e-05;OID=.;OPOS=48389643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:69:193:191:1:0:191:191:1:81:110:1:0:81:110:0:0 chr12 48398002 . G C 316.55 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00206746;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=408.216;QD=37.2411;RBI=0.0099278;REFB=0;REVB=0.00971014;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5355e-05;OID=.;OPOS=48398002;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr12 48398080 . T A 327.65 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.19;QD=37.4458;RBI=0.125142;REFB=0;REVB=0.0216297;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170597;OID=.;OPOS=48398080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr12 56435929 . C G 259.97 PASS AF=0.424419;AO=73;DP=172;FAO=73;FDP=172;FR=.;FRO=99;FSAF=53;FSAR=20;FSRF=79;FSRR=20;FWDB=-0.00108931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1146;QD=6.04587;RBI=0.00525234;REFB=-0.0397358;REVB=-0.00513814;RO=99;SAF=53;SAR=20;SRF=79;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982948;STB=0.554608;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0508172;OID=.;OPOS=56435929;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:99:99:73:73:0.424419:20:53:79:20:20:53:79:20 chr12 88453608 . C T 1658.45 PASS AF=1;AO=169;DP=169;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678122;FXX=0.00571396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6543;QD=38.1252;RBI=0.111584;REFB=0;REVB=-0.0886144;RO=0;SAF=126;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76967e-06;OID=.;OPOS=88453608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:79:169:174:0:0:169:174:1:43:126:0:0:43:131:0:0 chr12 88473049 . C T 689.99 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9288;QD=37.8074;RBI=0.0129952;REFB=0;REVB=0.00726378;RO=0;SAF=3;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08962e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178436;OID=.;OPOS=88473049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:73:73:0:0:73:73:1:70:3:0:0:70:3:0:0 chr12 88474130 . C T 547.25 PASS AF=0.498069;AO=129;DP=259;FAO=129;FDP=259;FR=.;FRO=130;FSAF=58;FSAR=71;FSRF=77;FSRR=53;FWDB=0.044366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.05;QD=8.45168;RBI=0.0445746;REFB=0.0365041;REVB=0.00430703;RO=130;SAF=58;SAR=71;SRF=77;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13002;STB=0.571307;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0474029;OID=.;OPOS=88474130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:130:130:129:129:0.498069:71:58:77:53:71:58:77:53 chr12 88478316 . TA T 1242.69 PASS AF=1;AO=139;DP=156;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627908;FXX=0.00640985;HRUN=7;LEN=1;MLLD=18.5971;QD=32.0695;RBI=0.182819;REFB=-0.0225196;REVB=0.171698;RO=6;SAF=60;SAR=79;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187639;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00758073;OID=.;OPOS=88478317;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:139:156:155:155:0:70:85:0:0:48:6:60:79:4:2 chr12 88505078 . T C 2089.29 PASS AF=1;AO=222;DP=224;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462705;FXX=0.00892817;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.1422;QD=37.6448;RBI=0.047594;REFB=-0.121011;REVB=0.0111456;RO=0;SAF=144;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77275e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000976277;OID=.;OPOS=88505078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:83:224:222:0:0:222:222:1:78:144:0:0:78:144:0:0 chr12 88522823 . A AC 2053.14 PASS AF=1;AO=214;DP=217;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324668;FXX=0.00925883;HRUN=0;LEN=1;MLLD=354.48;QD=38.3765;RBI=0.0374235;REFB=0;REVB=-0.0186126;RO=1;SAF=125;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00379626;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.45494e-05;OID=.;OPOS=88522824;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:214:217:214:214:0:125:89:0:0:97:1:125:89:1:0 chr12 88532987 . AG AA,GA 327.33 PASS AF=0.43956,0.285714;AO=36,16;DP=92;FAO=40,26;FDP=91;FR=.;FRO=25;FSAF=1,22;FSAR=39,4;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.000804145,0.0550993;FXX=0.0108684;HRUN=1,9;LEN=1,2;MLLD=168.779,30.6073;QD=14.3882;RBI=0.00188537,0.0603125;REFB=0.00359128,-0.0657925;REVB=0.00170528,0.0245289;RO=24;SAF=0,14;SAR=36,2;SRF=11;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.86197,0.517944;STB=0.920953,0.696027;STBP=0,0.02;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00227946,0.0126009;OID=.,.;OPOS=88532988,88532987;OREF=G,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:82:92:91:24:25:36,16:40,26:0.43956,0.285714:36,2:0,14:11:13:39,4:1,22:14:11 chr12 102150878 . G C 552.45 PASS AF=0.508;AO=127;DP=250;FAO=127;FDP=250;FR=.;FRO=123;FSAF=77;FSAR=50;FSRF=74;FSRR=49;FWDB=-0.0130004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.646;QD=8.83911;RBI=0.0151385;REFB=-0.0176681;REVB=-0.00775655;RO=123;SAF=77;SAR=50;SRF=74;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00438961;STB=0.502405;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0170185;OID=.;OPOS=102150878;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:250:250:123:123:127:127:0.508:50:77:74:49:50:77:74:49 chr12 102158763 . T C 277.99 PASS AF=0.42246;AO=79;DP=187;FAO=79;FDP=187;FR=.;FRO=108;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=68;FSRR=40;FWDB=0.0235121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.503;QD=5.94622;RBI=0.0240587;REFB=-0.00675461;REVB=0.00509956;RO=108;SAF=39;SAR=40;SRF=68;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140553;STB=0.578359;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0086584;OID=.;OPOS=102158763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:108:108:79:79:0.42246:40:39:68:40:40:39:68:40 chr12 103234252 . T C 527.35 PASS AF=0.549505;AO=110;DP=201;FAO=111;FDP=202;FR=.;FRO=91;FSAF=48;FSAR=63;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=0.0333328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.966;QD=10.4426;RBI=0.0346725;REFB=-0.0401782;REVB=0.00954484;RO=91;SAF=47;SAR=63;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381422;STB=0.518304;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0291085;OID=.;OPOS=103234252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:91:91:110:111:0.549505:63:47:43:48:63:48:43:48 chr12 103237468 . G C 1639.74 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.583;QD=38.5821;RBI=0.0166623;REFB=0;REVB=0.010503;RO=0;SAF=56;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9392e-05;OID=.;OPOS=103237468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:77:170:170:0:0:170:170:1:114:56:0:0:114:56:0:0 chr12 103246700 . C T 2318.9 PASS AF=0.95941;AO=260;DP=271;FAO=260;FDP=271;FR=.;FRO=11;FSAF=53;FSAR=207;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.0915013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.782;QD=34.2272;RBI=0.091535;REFB=-0.138245;REVB=0.00248567;RO=1;SAF=53;SAR=207;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00890879;STB=0.547005;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00136449;OID=.;OPOS=103246700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:43:271:271:1:11:260:260:0.95941:207:53:1:0:207:53:11:0 chr12 109994870 . A T 1866.91 PASS AF=1;AO=192;DP=192;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=191;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00390432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.241;QD=38.2956;RBI=0.00965108;REFB=0;REVB=-0.00882608;RO=0;SAF=2;SAR=190;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.07095e-06;OID=.;OPOS=109994870;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:88:192:195:0:0:192:195:1:190:2:0:0:191:4:0:0 chr12 110011229 . GC TT 654.26 PASS AF=0.459677;AO=170;DP=371;FAO=171;FDP=372;FR=.;FRO=201;FSAF=83;FSAR=88;FSRF=96;FSRR=105;FWDB=0.0201124;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=301.988;QD=7.03507;RBI=0.0209484;REFB=0.0150254;REVB=-0.00585885;RO=201;SAF=83;SAR=87;SRF=96;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104353;STB=0.504201;STBP=0.885;TYPE=mnp;VARB=-0.0176621;OID=.;OPOS=110011229;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:371:372:201:201:170:171:0.459677:87:83:96:105:88:83:96:105 chr12 111350999 . G A 457.69 PASS AF=0.541899;AO=98;DP=180;FAO=97;FDP=179;FR=.;FRO=82;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=0.00281843;FXX=0.00555525;HRUN=6;LEN=1;MLLD=262.448;QD=10.2276;RBI=0.0147068;REFB=0.000643847;REVB=-0.0144342;RO=82;SAF=45;SAR=53;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169635;STB=0.51148;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.000545071;OID=.;OPOS=111350999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:82:82:98:97:0.541899:53:45:36:46:52:45:36:46 chr12 112036797 . C T 45.25 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=26;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0546957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.863;QD=6.7031;RBI=0.0548413;REFB=-0.0659742;REVB=0.00399339;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493818;STB=0.748034;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.102582;OID=.;OPOS=112036797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:26:27:16:16:10:11:0.407407:7:3:13:3:7:4:13:3 chr12 112036929 . G A 163.9 PASS AF=0.5;AO=36;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=32;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=1;FWDB=-0.00157368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7132;QD=8.85939;RBI=0.0166347;REFB=0.00690857;REVB=0.0165601;RO=37;SAF=32;SAR=4;SRF=36;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238084;STB=0.63904;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00513094;OID=.;OPOS=112036929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:36:37:0.5:4:32:36:1:5:32:36:1 chr12 112037000 . G C 376.62 PASS AF=0.638095;AO=67;DP=105;FAO=67;FDP=105;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=3;FWDB=0.101222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3748;QD=14.3474;RBI=0.101259;REFB=-0.0501873;REVB=0.00275867;RO=38;SAF=31;SAR=36;SRF=35;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302423;STB=0.662717;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0210723;OID=.;OPOS=112037000;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:38:38:67:67:0.638095:36:31:35:3:36:31:35:3 chr12 112893687 . T G 41.21 PASS AF=0.21519;AO=22;DP=140;FAO=34;FDP=158;FR=.;FRO=124;FSAF=30;FSAR=4;FSRF=51;FSRR=73;FWDB=0.0114376;FXX=0.0365831;HRUN=17;LEN=1;MLLD=87.893;QD=1.04332;RBI=0.0243424;REFB=0.00105381;REVB=-0.021488;RO=114;SAF=17;SAR=5;SRF=41;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497711;STB=0.876767;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00951223;OID=.;OPOS=112893687;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:140:158:114:124:22:34:0.21519:5:17:41:73:4:30:51:73 chr12 114793240 . C T 1347.06 PASS AF=1;AO=141;DP=144;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00132205;FXX=0.0208319;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.96;QD=38.2146;RBI=0.00133136;REFB=0;REVB=0.000157184;RO=0;SAF=86;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.65117e-06;OID=.;OPOS=114793240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:64:144:141:0:0:141:141:1:55:86:0:0:55:86:0:0 chr12 114793260 . T C 1741.67 PASS AF=0.979275;AO=188;DP=192;FAO=189;FDP=193;FR=.;FRO=4;FSAF=86;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0627658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.044;QD=36.0967;RBI=0.116357;REFB=-0.198879;REVB=0.0979761;RO=4;SAF=86;SAR=102;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183033;STB=0.509523;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00172012;OID=.;OPOS=114793260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:56:192:193:4:4:188:189:0.979275:102:86:0:4:103:86:0:4 chr12 114832510 . C A 1855.36 PASS AF=1;AO=194;DP=194;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.884;QD=38.2548;RBI=0.0489219;REFB=0;REVB=0.0328397;RO=0;SAF=53;SAR=141;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.66219e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.17069e-05;OID=.;OPOS=114832510;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:88:194:194:0:0:194:194:1:141:53:0:0:141:53:0:0 chr13 20762956 . A G 2493.42 PASS AF=1;AO=259;DP=259;FAO=259;FDP=259;FR=.;FRO=0;FSAF=149;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.155;QD=38.5084;RBI=0.0532966;REFB=0;REVB=-0.0482445;RO=0;SAF=149;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.17842e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.91525e-05;OID=.;OPOS=20762956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:259:259:0:0:259:259:1:110:149:0:0:110:149:0:0 chr13 48919358 . T G 1120.79 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.0704;QD=38.3175;RBI=0.0346098;REFB=0;REVB=0.0114092;RO=0;SAF=48;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133265;OID=.;OPOS=48919358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:53:117:117:0:0:117:117:1:69:48:0:0:69:48:0:0 chr13 48947469 . G T 1956.24 PASS AF=1;AO=207;DP=209;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.106247;FXX=0.00956892;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4563;QD=37.8018;RBI=0.137862;REFB=-0.043848;REVB=-0.0878489;RO=2;SAF=77;SAR=130;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122099;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000519929;OID=.;OPOS=48947469;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:76:209:207:2:0:207:207:1:130:77:2:0:130:77:0:0 chr13 49033747 . G A 2073.81 PASS AF=1;AO=218;DP=219;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00607768;FXX=0.00904936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.905;QD=37.8779;RBI=0.00745131;REFB=-0.034255;REVB=-0.0043109;RO=0;SAF=114;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104086;OID=.;OPOS=49033747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:90:219:219:0:0:218:219:1:104:114:0:0:105:114:0:0 chr13 49051481 . T A 426.9 PASS AF=0.479452;AO=105;DP=219;FAO=105;FDP=219;FR=.;FRO=114;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=55;FSRR=59;FWDB=0.0907217;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=40.4083;QD=7.79724;RBI=0.0950897;REFB=0.00321572;REVB=0.0284889;RO=105;SAF=61;SAR=44;SRF=51;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875769;STB=0.55176;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00638666;OID=.;OPOS=49051481;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:105:114:105:105:0.479452:44:61:51:54:44:61:55:59 chr13 52508979 . C T 378.12 PASS AF=0.525316;AO=83;DP=158;FAO=83;FDP=158;FR=.;FRO=75;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=0.00894076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.013;QD=9.57256;RBI=0.0534524;REFB=-0.0195547;REVB=0.0526994;RO=75;SAF=46;SAR=37;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521631;STB=0.528565;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.018586;OID=.;OPOS=52508979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:75:75:83:83:0.525316:37:46:46:29:37:46:46:29 chr13 52511362 . C G 807.98 PASS AF=0.509537;AO=186;DP=367;FAO=187;FDP=367;FR=.;FRO=180;FSAF=88;FSAR=99;FSRF=82;FSRR=98;FWDB=0.0373438;FXX=0.00271732;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.044;QD=8.80634;RBI=0.0587893;REFB=-0.0173587;REVB=-0.045405;RO=180;SAF=88;SAR=98;SRF=82;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158547;STB=0.507404;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0176969;OID=.;OPOS=52511362;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:367:367:180:180:186:187:0.509537:98:88:82:98:99:88:82:98 chr13 52511606 . G A 788.76 PASS AF=0.5;AO=187;DP=374;FAO=187;FDP=374;FR=.;FRO=187;FSAF=71;FSAR=116;FSRF=72;FSRR=115;FWDB=0.0241333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2894;QD=8.43592;RBI=0.0245407;REFB=-0.0130856;REVB=0.00445313;RO=186;SAF=71;SAR=116;SRF=72;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00715611;STB=0.502834;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0131422;OID=.;OPOS=52511606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:374:374:186:187:187:187:0.5:116:71:72:114:116:71:72:115 chr13 52515354 . A G 452.55 PASS AF=0.493151;AO=99;DP=210;FAO=108;FDP=219;FR=.;FRO=111;FSAF=66;FSAR=42;FSRF=71;FSRR=40;FWDB=0.0335524;FXX=0.00904936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8266;QD=8.26578;RBI=0.036186;REFB=-0.0124833;REVB=0.013552;RO=111;SAF=63;SAR=36;SRF=71;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00339066;STB=0.515312;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0154374;OID=.;OPOS=52515354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:219:111:111:99:108:0.493151:36:63:71:40:42:66:71:40 chr13 52520704 . C A 402.73 PASS AF=0.505435;AO=93;DP=184;FAO=93;FDP=184;FR=.;FRO=91;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=0.00446143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.84;QD=8.75494;RBI=0.00933507;REFB=-0.00786867;REVB=-0.00819995;RO=91;SAF=37;SAR=56;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388198;STB=0.521335;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00861449;OID=.;OPOS=52520704;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:91:91:93:93:0.505435:56:37:40:51:56:37:40:51 chr13 52523808 . C T 641.97 PASS AF=0.532075;AO=141;DP=265;FAO=141;FDP=265;FR=.;FRO=124;FSAF=60;FSAR=81;FSRF=65;FSRR=59;FWDB=0.0247506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.853;QD=9.69015;RBI=0.0264686;REFB=0.00147426;REVB=0.00938055;RO=124;SAF=60;SAR=81;SRF=65;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852934;STB=0.546552;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00132905;OID=.;OPOS=52523808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:265:124:124:141:141:0.532075:81:60:65:59:81:60:65:59 chr13 52544805 . C G 355.43 PASS AF=0.461929;AO=90;DP=196;FAO=91;FDP=197;FR=.;FRO=106;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=58;FSRR=48;FWDB=-0.0100128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3914;QD=7.21687;RBI=0.0773322;REFB=-0.0580421;REVB=-0.0766812;RO=106;SAF=39;SAR=51;SRF=58;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111256;STB=0.557924;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0649047;OID=.;OPOS=52544805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:197:106:106:90:91:0.461929:51:39:58:48:51:40:58:48 chr13 52548140 . A C 552.19 PASS AF=0.454829;AO=146;DP=325;FAO=146;FDP=321;FR=.;FRO=175;FSAF=83;FSAR=63;FSRF=102;FSRR=73;FWDB=-0.0175894;FXX=0.0123073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.578;QD=6.88088;RBI=0.0891449;REFB=-0.000844894;REVB=0.0873924;RO=174;SAF=83;SAR=63;SRF=102;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178156;STB=0.507997;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00107401;OID=.;OPOS=52548140;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:325:321:174:175:146:146:0.454829:63:83:102:72:63:83:102:73 chr13 110813709 . G A 2574.33 PASS AF=1;AO=269;DP=270;FAO=269;FDP=269;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=132;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228586;FXX=0.00370357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.994;QD=38.28;RBI=0.0243479;REFB=-0.0423541;REVB=0.00838482;RO=1;SAF=137;SAR=132;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00346759;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115447;OID=.;OPOS=110813709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:270:269:1:0:269:269:1:132:137:1:0:132:137:0:0 chr13 110819457 . A G 3825.67 PASS AF=1;AO=452;DP=453;FAO=399;FDP=399;FR=.;FRO=0;FSAF=230;FSAR=169;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453438;FXX=0.00249994;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.125;QD=38.3526;RBI=0.056635;REFB=-0.0158115;REVB=0.0339332;RO=1;SAF=264;SAR=188;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00180484;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88327e-05;OID=.;OPOS=110819457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:453:399:1:0:452:399:1:188:264:1:0:169:230:0:0 chr13 110819460 . G A 3798.48 PASS AF=1;AO=450;DP=453;FAO=398;FDP=398;FR=.;FRO=0;FSAF=231;FSAR=167;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319278;FXX=0.00499988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.754;QD=38.1757;RBI=0.0477851;REFB=-0.0777069;REVB=0.0355533;RO=2;SAF=265;SAR=185;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000775345;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68146e-05;OID=.;OPOS=110819460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:453:398:2:0:450:398:1:185:265:1:1:167:231:0:0 chr13 110819586 . G A 2369.3 PASS AF=1;AO=248;DP=249;FAO=248;FDP=248;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=209;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284595;FXX=0.0040159;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.528;QD=38.2145;RBI=0.0580191;REFB=-0.0570459;REVB=0.0505597;RO=1;SAF=39;SAR=209;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00227546;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016584;OID=.;OPOS=110819586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:249:248:1:0:248:248:1:209:39:0:1:209:39:0:0 chr13 110839550 . T G 2468.51 PASS AF=1;AO=257;DP=257;FAO=257;FDP=257;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0792933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.048;QD=38.4205;RBI=0.0858549;REFB=0;REVB=-0.0329186;RO=0;SAF=121;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1573e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126814;OID=.;OPOS=110839550;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:257:257:0:0:257:257:1:136:121:0:0:136:121:0:0 chr13 110850770 . T C 2500.66 PASS AF=1;AO=261;DP=261;FAO=261;FDP=261;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7437;QD=38.3243;RBI=0.0382427;REFB=0;REVB=-0.0353296;RO=0;SAF=131;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.04943e-05;OID=.;OPOS=110850770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:261:261:0:0:261:261:1:130:131:0:0:130:131:0:0 chr13 110850842 . A G 2481.01 PASS AF=1;AO=255;DP=256;FAO=258;FDP=258;FR=.;FRO=0;FSAF=119;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.448;QD=38.4653;RBI=0.0145826;REFB=0;REVB=0.00724559;RO=0;SAF=118;SAR=137;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.24946e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49884e-06;OID=.;OPOS=110850842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:256:258:0:0:255:258:1:137:118:0:0:139:119:0:0 chr13 110859069 . G C 1937.79 PASS AF=1;AO=205;DP=206;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00496093;FXX=0.00970827;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.327;QD=37.9958;RBI=0.0281342;REFB=-0.0308074;REVB=-0.0276933;RO=1;SAF=140;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00339056;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12746e-05;OID=.;OPOS=110859069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:83:206:204:1:0:205:204:1:65:140:1:0:65:139:0:0 chr13 110859622 . A T 2432.85 PASS AF=1;AO=254;DP=254;FAO=254;FDP=254;FR=.;FRO=0;FSAF=143;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=351.31;QD=38.3126;RBI=0.0333971;REFB=0;REVB=-0.03071;RO=0;SAF=143;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18154e-05;OID=.;OPOS=110859622;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:254:254:0:0:254:254:1:111:143:0:0:111:143:0:0 chr13 110859690 . A G 2789.39 PASS AF=1;AO=291;DP=291;FAO=291;FDP=291;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=150;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.604;QD=38.3421;RBI=0.0824757;REFB=0;REVB=0.0507941;RO=0;SAF=141;SAR=150;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020447;OID=.;OPOS=110859690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:291:291:0:0:291:291:1:150:141:0:0:150:141:0:0 chr13 110862268 . A C 1120.96 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.32;QD=38.3235;RBI=0.0428195;REFB=0;REVB=0.0400047;RO=0;SAF=81;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29395e-05;OID=.;OPOS=110862268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:53:117:117:0:0:117:117:1:36:81:0:0:36:81:0:0 chr13 110862303 . G A 1240.28 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014028;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.61;QD=37.5842;RBI=0.0936041;REFB=-0.0579903;REVB=-0.0925469;RO=0;SAF=75;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0020674;OID=.;OPOS=110862303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:51:133:132:0:0:132:132:1:57:75:0:0:57:75:0:0 chr13 110895092 . A G 3347.72 PASS AF=1;AO=351;DP=352;FAO=351;FDP=351;FR=.;FRO=0;FSAF=198;FSAR=153;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173533;FXX=0.00284083;HRUN=4;LEN=1;MLLD=380.104;QD=38.1506;RBI=0.0175322;REFB=-0.0497501;REVB=-0.00249838;RO=1;SAF=198;SAR=153;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00240369;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.57449e-06;OID=.;OPOS=110895092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:352:351:1:0:351:351:1:153:198:1:0:153:198:0:0 chr14 21769193 . C A 595.18 PASS AF=0.507353;AO=137;DP=274;FAO=138;FDP=272;FR=.;FRO=134;FSAF=64;FSAR=74;FSRF=66;FSRR=68;FWDB=-0.0111034;FXX=0.007299;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.074;QD=8.7527;RBI=0.0261948;REFB=-0.0326565;REVB=-0.0237251;RO=134;SAF=64;SAR=73;SRF=66;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229653;STB=0.514216;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0316773;OID=.;OPOS=21769193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:272:134:134:137:138:0.507353:73:64:66:68:74:64:66:68 chr14 21770730 . A G 558.17 PASS AF=0.503876;AO=130;DP=258;FAO=130;FDP=258;FR=.;FRO=128;FSAF=56;FSAR=74;FSRF=51;FSRR=77;FWDB=0.00194007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=320.098;QD=8.65382;RBI=0.0227465;REFB=-0.0185567;REVB=-0.0226636;RO=128;SAF=56;SAR=74;SRF=51;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299795;STB=0.516426;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0191606;OID=.;OPOS=21770730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:128:128:130:130:0.503876:74:56:51:77:74:56:51:77 chr14 21778588 . G A 331.95 PASS AF=0.683544;AO=54;DP=79;FAO=54;FDP=79;FR=.;FRO=25;FSAF=47;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=2;FWDB=0.00815863;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=417.775;QD=16.8077;RBI=0.0653991;REFB=-0.0274801;REVB=0.0648882;RO=25;SAF=47;SAR=7;SRF=23;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681477;STB=0.536679;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0132724;OID=.;OPOS=21778588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:79:79:25:25:54:54:0.683544:7:47:23:2:7:47:23:2 chr14 21778717 . AAAT A 392.75 PASS AF=0.595238;AO=74;DP=126;FAO=75;FDP=126;FR=.;FRO=51;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0358193;FXX=0.0078734;HRUN=4;LEN=3;MLLD=264.499;QD=12.4683;RBI=0.0361442;REFB=-0.0146233;REVB=0.00483528;RO=45;SAF=42;SAR=32;SRF=19;SRR=26;SSEN=0.328205;SSEP=0;SSSB=0.101723;STB=0.549859;STBP=0.204;TYPE=del;VARB=0.0130976;OID=.;OPOS=21778718;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.595238:74:126:75:126:51:43:32:23:28:99:45:42:32:19:26 chr14 21778792 . T C 528.2 PASS AF=0.519824;AO=118;DP=230;FAO=118;FDP=227;FR=.;FRO=109;FSAF=40;FSAR=78;FSRF=50;FSRR=59;FWDB=-0.00126677;FXX=0.0130429;HRUN=3;LEN=1;MLLD=372.014;QD=9.30753;RBI=0.00314577;REFB=-0.0158354;REVB=-0.00287944;RO=111;SAF=40;SAR=78;SRF=50;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105745;STB=0.561589;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0165586;OID=.;OPOS=21778792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:227:111:109:118:118:0.519824:78:40:50:61:78:40:50:59 chr14 23871840 . G T 831.69 PASS AF=0.522346;AO=187;DP=358;FAO=187;FDP=358;FR=.;FRO=171;FSAF=89;FSAR=98;FSRF=84;FSRR=87;FWDB=0.0016586;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=367.28;QD=9.29262;RBI=0.0021736;REFB=0.00131423;REVB=-0.00140484;RO=170;SAF=89;SAR=98;SRF=84;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015892;STB=0.507315;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.00117195;OID=.;OPOS=23871840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:358:358:170:171:187:187:0.522346:98:89:84:86:98:89:84:87 chr14 23883184 . C T 416.41 PASS AF=0.443137;AO=112;DP=255;FAO=113;FDP=255;FR=.;FRO=142;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=67;FSRR=75;FWDB=0.0161785;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.986;QD=6.53185;RBI=0.0345414;REFB=-0.00864073;REVB=0.0305182;RO=140;SAF=50;SAR=62;SRF=67;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324266;STB=0.511499;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0112257;OID=.;OPOS=23883184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:140:142:112:113:0.443137:62:50:67:73:62:51:67:75 chr14 23886264 . C T 444.39 PASS AF=0.504902;AO=103;DP=204;FAO=103;FDP=204;FR=.;FRO=101;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=42;FSRR=59;FWDB=-0.0319918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1111;QD=8.71347;RBI=0.0331571;REFB=-0.0239549;REVB=0.00871337;RO=101;SAF=45;SAR=58;SRF=42;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193496;STB=0.510618;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0233377;OID=.;OPOS=23886264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:101:101:103:103:0.504902:58:45:42:59:58:45:42:59 chr14 23892888 . A G 490.8 PASS AF=0.538462;AO=105;DP=195;FAO=105;FDP=195;FR=.;FRO=90;FSAF=57;FSAR=48;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=-0.0791772;FXX=0.0200995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1954;QD=10.0676;RBI=0.129898;REFB=-0.00634418;REVB=-0.102977;RO=90;SAF=57;SAR=48;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00810193;STB=0.504424;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.000712655;OID=.;OPOS=23892888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:90:90:105:105:0.538462:48:57:48:42:48:57:48:42 chr14 23899027 . C T 265.59 PASS AF=0.431953;AO=72;DP=168;FAO=73;FDP=169;FR=.;FRO=96;FSAF=21;FSAR=52;FSRF=27;FSRR=69;FWDB=-0.00792556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.954;QD=6.28619;RBI=0.0633001;REFB=-0.0444956;REVB=-0.062802;RO=96;SAF=20;SAR=52;SRF=27;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00441474;STB=0.504466;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0621227;OID=.;OPOS=23899027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:96:96:72:73:0.431953:52:20:27:69:52:21:27:69 chr14 23902753 . G A 109.08 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00205796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=323.904;QD=5.66642;RBI=0.0236022;REFB=-0.00399703;REVB=-0.0235123;RO=46;SAF=13;SAR=18;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00680729;STB=0.503873;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00559329;OID=.;OPOS=23902753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:18:13:19:27:18:13:19:27 chr14 51057727 . G A 1745.57 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344343;FXX=0.0108102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.196;QD=38.1546;RBI=0.0344829;REFB=0;REVB=-0.00182975;RO=0;SAF=90;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.05186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.46973e-05;OID=.;OPOS=51057727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:83:183:183:0:0:183:183:1:93:90:0:0:94:89:0:0 chr14 51058234 . G T 3167.22 PASS AF=1;AO=329;DP=329;FAO=329;FDP=329;FR=.;FRO=0;FSAF=155;FSAR=174;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.916;QD=38.5072;RBI=0.0168784;REFB=0;REVB=-0.0110994;RO=0;SAF=155;SAR=174;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19597e-06;OID=.;OPOS=51058234;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:329:329:0:0:329:329:1:174:155:0:0:174:155:0:0 chr14 68196017 . GA AG 325.23 PASS AF=0.71831;AO=32;DP=71;FAO=51;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=50;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.179703;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=71.5517;QD=18.3225;RBI=0.179728;REFB=-0.00926253;REVB=0.00296596;RO=18;SAF=32;SAR=0;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.884577;STB=0.93542;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0635054;OID=.;OPOS=68196017;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:71:71:18:20:32:51:0.71831:0:32:2:16:1:50:5:15 chr14 88852031 . A G 692.87 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.031039;FXX=0.0253133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=393.47;QD=35.9933;RBI=0.0529815;REFB=0.0496233;REVB=-0.0429374;RO=2;SAF=66;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942032;STB=0.549986;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.000170559;OID=.;OPOS=88852031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:78:77:2:2:75:75:0.974026:9:66:0:2:9:66:0:2 chr14 88852188 . G A 264.67 PASS AF=0.504202;AO=60;DP=119;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0135342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.922;QD=8.8965;RBI=0.0188863;REFB=-0.0239585;REVB=0.0131726;RO=57;SAF=28;SAR=32;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372817;STB=0.520756;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0248696;OID=.;OPOS=88852188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:57:59:60:60:0.504202:32:28:29:28:32:28:30:29 chr14 88852279 . TG T 1106.51 PASS AF=1;AO=116;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0531111;FXX=0.00826378;HRUN=4;LEN=1;MLLD=27.3143;QD=36.8837;RBI=0.0628014;REFB=0;REVB=0.0335147;RO=1;SAF=40;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.289157;SSEP=0;SSSB=0.00620844;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000213992;OID=.;OPOS=88852280;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:116:121:120:120:0:41:79:0:0:52:1:40:76:0:1 chr14 88895669 . T G 1934.22 PASS AF=0.944681;AO=221;DP=238;FAO=222;FDP=235;FR=.;FRO=13;FSAF=117;FSAR=105;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=-0.0029679;FXX=0.0329205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8573;QD=32.9229;RBI=0.0247167;REFB=0.00587549;REVB=-0.0245378;RO=13;SAF=116;SAR=105;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504597;STB=0.526313;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0246033;OID=.;OPOS=88895669;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:238:235:13:13:221:222:0.944681:105:116:13:0:105:117:13:0 chr14 88904050 . C CT,T 135.55 PASS AF=0.391304,0.565217;AO=5,13;DP=25;FAO=9,13;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=9,13;FSAR=0,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0376736,-0.060488;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=12.1046,21.1841;QD=23.5744;RBI=0.0376736,0.060488;REFB=-0.134084,-0.0874043;REVB=0,0;RO=7;SAF=5,13;SAR=0,0;SRF=7;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.133025,-0.0138703;OID=.,.;OPOS=88904051,88904050;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:36:25:23:7:1:5,13:9,13:0.391304,0.565217:0,0:5,13:7:0:0,0:9,13:1:0 chr14 94844843 . T G 3039.63 PASS AF=1;AO=321;DP=323;FAO=321;FDP=321;FR=.;FRO=0;FSAF=182;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00876436;FXX=0.00619176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.47;QD=37.877;RBI=0.0559922;REFB=0.0274446;REVB=-0.0553021;RO=1;SAF=182;SAR=139;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00261389;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256974;OID=.;OPOS=94844843;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:323:321:1:0:321:321:1:139:182:1:0:139:182:0:0 chr14 94849151 . G A 214.79 PASS AF=0.398773;AO=65;DP=163;FAO=65;FDP=163;FR=.;FRO=98;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=52;FSRR=46;FWDB=0.0647164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9104;QD=5.27099;RBI=0.0842762;REFB=-0.0128352;REVB=-0.0539839;RO=98;SAF=28;SAR=37;SRF=52;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106815;STB=0.560163;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0193504;OID=.;OPOS=94849151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:98:98:65:65:0.398773:37:28:52:46:37:28:52:46 chr15 28096538 . A G 177.52 PASS AF=0.36875;AO=59;DP=160;FAO=59;FDP=160;FR=.;FRO=101;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=63;FWDB=0.0390977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.883;QD=4.43787;RBI=0.0393309;REFB=0.0105763;REVB=-0.00427737;RO=101;SAF=20;SAR=39;SRF=38;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453038;STB=0.525793;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.0179073;OID=.;OPOS=28096538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:101:101:59:59:0.36875:39:20:38:63:39:20:38:63 chr15 28116275 . G C 1538.97 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.848;QD=38.2352;RBI=0.0567369;REFB=0;REVB=0.0482755;RO=0;SAF=75;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7216e-05;OID=.;OPOS=28116275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:73:159:161:0:0:159:161:1:84:75:0:0:86:75:0:0 chr15 28116282 . T C 309.29 PASS AF=0.47205;AO=72;DP=157;FAO=76;FDP=161;FR=.;FRO=85;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=49;FWDB=-0.0252824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.521;QD=7.68415;RBI=0.0344464;REFB=-0.0357592;REVB=0.0233956;RO=85;SAF=39;SAR=33;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114833;STB=0.547222;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0439916;OID=.;OPOS=28116282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:161:85:85:72:76:0.47205:33:39:36:49:37:39:36:49 chr15 28116947 . A T 86.22 PASS AF=0.251366;AO=41;DP=178;FAO=46;FDP=183;FR=.;FRO=137;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=55;FSRR=82;FWDB=-0.0148968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.1487;QD=1.88464;RBI=0.0888089;REFB=-0.0511539;REVB=0.0875506;RO=130;SAF=20;SAR=21;SRF=51;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121065;STB=0.605126;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0708812;OID=.;OPOS=28116947;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:178:183:130:137:41:46:0.251366:21:20:51:79:21:25:55:82 chr15 28211921 . G A 383.24 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.305;QD=35.6505;RBI=0.0420724;REFB=-0.082732;REVB=0.039505;RO=1;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019159;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000720068;OID=.;OPOS=28211921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:43:43:1:0:42:43:1:24:18:0:1:25:18:0:0 chr15 28231793 . T C 3076.68 PASS AF=1;AO=322;DP=325;FAO=322;FDP=322;FR=.;FRO=0;FSAF=201;FSAR=121;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00314426;FXX=0.0152901;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.957;QD=38.2196;RBI=0.0563028;REFB=-0.00712456;REVB=0.0562149;RO=0;SAF=201;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98301e-06;OID=.;OPOS=28231793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:325:322:0:0:322:322:1:121:201:0:0:121:201:0:0 chr15 28235773 . C T 2263.83 PASS AF=1;AO=236;DP=236;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.377;QD=38.3699;RBI=0.0105827;REFB=0;REVB=0.00165492;RO=0;SAF=125;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.05593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.1599e-06;OID=.;OPOS=28235773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:236:236:0:0:236:236:1:111:125:0:0:111:125:0:0 chr15 48720526 . G C 3110.7 PASS AF=1;AO=328;DP=331;FAO=328;FDP=328;FR=.;FRO=0;FSAF=153;FSAR=175;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00665012;FXX=0.00906317;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8339;QD=37.9353;RBI=0.0116657;REFB=-0.0810166;REVB=0.0095846;RO=1;SAF=153;SAR=175;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00271826;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000555753;OID=.;OPOS=48720526;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:331:328:1:0:328:328:1:175:153:0:1:175:153:0:0 chr15 48807637 . C T 2037.91 PASS AF=1;AO=212;DP=212;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00688596;FXX=0.0230404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8132;QD=38.4511;RBI=0.0207539;REFB=0;REVB=0.0195783;RO=0;SAF=78;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05236e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158776;OID=.;OPOS=48807637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:96:212:212:0:0:212:212:1:134:78:0:0:134:78:0:0 chr15 63351840 . C A 798 PASS AF=0.496104;AO=191;DP=385;FAO=191;FDP=385;FR=.;FRO=194;FSAF=93;FSAR=98;FSRF=103;FSRR=91;FWDB=-0.0573949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4599;QD=8.29088;RBI=0.0588217;REFB=-0.00723299;REVB=0.0128772;RO=194;SAF=93;SAR=98;SRF=103;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404605;STB=0.522167;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00689598;OID=.;OPOS=63351840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:385:385:194:194:191:191:0.496104:98:93:103:91:98:93:103:91 chr15 67457335 . A G 3853.67 PASS AF=1;AO=409;DP=409;FAO=400;FDP=400;FR=.;FRO=0;FSAF=183;FSAR=217;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.193;QD=38.5367;RBI=0.0229599;REFB=0;REVB=0.0128588;RO=0;SAF=189;SAR=220;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.24472e-06;OID=.;OPOS=67457335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:409:400:0:0:409:400:1:220:189:0:0:217:183:0:0 chr15 67457485 . G C 3528.44 PASS AF=1;AO=369;DP=370;FAO=369;FDP=369;FR=.;FRO=0;FSAF=169;FSAR=200;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0978173;FXX=0.00270263;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1427;QD=38.2487;RBI=0.120991;REFB=0.0565878;REVB=-0.0712081;RO=1;SAF=169;SAR=200;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00237999;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00125904;OID=.;OPOS=67457485;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:370:369:1:0:369:369:1:200:169:0:1:200:169:0:0 chr15 72104941 . C T 769.12 PASS AF=0.536977;AO=167;DP=311;FAO=167;FDP=311;FR=.;FRO=144;FSAF=80;FSAR=87;FSRF=70;FSRR=74;FWDB=0.0197321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.321;QD=9.89225;RBI=0.0201383;REFB=0.0250645;REVB=0.00402437;RO=143;SAF=80;SAR=87;SRF=70;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887815;STB=0.503278;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.0208736;OID=.;OPOS=72104941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:311:143:144:167:167:0.536977:87:80:70:73:87:80:70:74 chr15 72105928 . AC A 3794.28 PASS AF=1;AO=553;DP=561;FAO=399;FDP=399;FR=.;FRO=0;FSAF=160;FSAR=239;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605308;FXX=0.00249994;HRUN=5;LEN=1;MLLD=31.4897;QD=38.0378;RBI=0.126707;REFB=0;REVB=-0.111313;RO=1;SAF=222;SAR=331;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00214619;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000160677;OID=.;OPOS=72105929;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:553:561:399:399:0:160:239:0:0:99:1:222:331:1:0 chr15 72637795 . T C 2698.58 PASS AF=1;AO=279;DP=280;FAO=280;FDP=280;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=150;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.409;QD=38.5511;RBI=0.0493927;REFB=0;REVB=0.0181595;RO=0;SAF=130;SAR=149;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18976e-05;OID=.;OPOS=72637795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:280:280:0:0:279:280:1:149:130:0:0:150:130:0:0 chr15 72638892 . T C 3853.67 PASS AF=1;AO=464;DP=465;FAO=400;FDP=400;FR=.;FRO=0;FSAF=193;FSAR=207;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.562;QD=38.5367;RBI=0.0417665;REFB=0;REVB=-0.0109123;RO=0;SAF=226;SAR=238;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16814e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.5399e-05;OID=.;OPOS=72638892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:465:400:0:0:464:400:1:238:226:0:0:207:193:0:0 chr15 73614834 . T C 196.81 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.0252485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.169;QD=9.48473;RBI=0.0254612;REFB=-0.0357914;REVB=-0.00328445;RO=40;SAF=30;SAR=13;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00240374;STB=0.501329;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0328158;OID=.;OPOS=73614834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:13:30:28:12:13:30:28:12 chr15 89859932 . A AC 413.06 PASS AF=0.483254;AO=101;DP=210;FAO=101;FDP=209;FR=.;FRO=108;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=57;FSRR=51;FWDB=0.0291915;FXX=0.00476168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.3519;QD=7.90538;RBI=0.0729376;REFB=0.00226448;REVB=0.0668413;RO=109;SAF=41;SAR=60;SRF=57;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111462;STB=0.563692;STBP=0.095;TYPE=ins;VARB=-0.00155261;OID=.;OPOS=89859933;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.483254:101:210:101:209:108:41:60:57:51:99:109:41:60:57:52 chr15 89863928 . T G 391.56 PASS AF=0.471154;AO=98;DP=208;FAO=98;FDP=208;FR=.;FRO=110;FSAF=64;FSAR=34;FSRF=67;FSRR=43;FWDB=0.0139209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.913;QD=7.52991;RBI=0.0156897;REFB=-0.028202;REVB=0.00723705;RO=109;SAF=64;SAR=34;SRF=67;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397985;STB=0.525256;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0362384;OID=.;OPOS=89863928;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:109:110:98:98:0.471154:34:64:67:42:34:64:67:43 chr15 89864316 . G GCTAC 174.98 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=0.00201168;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=442.584;QD=7.86437;RBI=0.0269137;REFB=-0.00869348;REVB=-0.0268384;RO=47;SAF=30;SAR=12;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139964;STB=0.507809;STBP=0.897;TYPE=ins;VARB=0.0098917;OID=.;OPOS=89864317;OREF=-;OALT=CTAC;OMAPALT=GCTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47191:42:89:42:89:47:30:12:33:14:99:47:30:12:33:14 chr16 223706 . A G 1730.83 PASS AF=1;AO=179;DP=179;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.035;QD=38.2505;RBI=0.0213133;REFB=0;REVB=-0.000536337;RO=0;SAF=94;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.29067e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.71685e-05;OID=.;OPOS=223706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:82:179:181:0:0:179:181:1:85:94:0:0:87:94:0:0 chr16 223735 . A G 1651.95 PASS AF=1;AO=173;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.444;QD=38.1954;RBI=0.0643933;REFB=0;REVB=0.050123;RO=0;SAF=88;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47588e-05;OID=.;OPOS=223735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:78:173:173:0:0:173:173:1:85:88:0:0:85:88:0:0 chr16 2110571 . C G 366.78 PASS AF=0.515723;AO=82;DP=159;FAO=82;FDP=159;FR=.;FRO=77;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=0.00544365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.521;QD=9.22711;RBI=0.00596595;REFB=-0.0267069;REVB=0.00244115;RO=77;SAF=43;SAR=39;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038706;STB=0.521247;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0252362;OID=.;OPOS=2110571;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:77:77:82:82:0.515723:39:43:37:40:39:43:37:40 chr16 2139875 . G A 140.52 PASS AF=0.359375;AO=46;DP=140;FAO=46;FDP=128;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=67;FWDB=0.013288;FXX=0.129243;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5582;QD=4.39137;RBI=0.0773924;REFB=-0.0759518;REVB=-0.0762431;RO=48;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.552218;STB=0.775601;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.014973;OID=.;OPOS=2139875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:128:48:82:46:46:0.359375:16:30:0:48:16:30:15:67 chr16 15811023 . C T 1038.43 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380792;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.653;QD=37.4208;RBI=0.0382313;REFB=-0.0364606;REVB=-0.00340748;RO=1;SAF=56;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840273;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573529;OID=.;OPOS=15811023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:42:112:111:1:0:111:111:1:55:56:1:0:55:56:0:0 chr16 15811062 . C T 1025.23 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00778097;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.247;QD=37.9716;RBI=0.0241199;REFB=0.000546495;REVB=0.0228304;RO=1;SAF=49;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958731;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119188;OID=.;OPOS=15811062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:41:107:108:1:0:106:108:1:57:49:1:0:57:51:0:0 chr16 15813211 . G T 3751.9 PASS AF=1;AO=269;DP=413;FAO=389;FDP=389;FR=.;FRO=0;FSAF=171;FSAR=218;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0754291;FXX=0.0274993;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.567;QD=38.58;RBI=0.075949;REFB=0;REVB=0.00887111;RO=0;SAF=44;SAR=225;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.80579e-05;OID=.;OPOS=15813211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:413:389:0:0:269:389:1:225:44:0:0:218:171:0:0 chr16 15818141 . A C 3057.58 PASS AF=1;AO=321;DP=322;FAO=321;FDP=321;FR=.;FRO=0;FSAF=191;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00497884;FXX=0.00310549;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.187;QD=38.1007;RBI=0.0340197;REFB=-0.0105099;REVB=-0.0336534;RO=1;SAF=191;SAR=130;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00249104;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.47788e-06;OID=.;OPOS=15818141;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:322:321:1:0:321:321:1:130:191:1:0:130:191:0:0 chr16 15818492 . CG C 334.85 PASS AF=0.503145;AO=77;DP=155;FAO=80;FDP=159;FR=.;FRO=79;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.00560895;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=26.4921;QD=8.42378;RBI=0.0884318;REFB=0.0289632;REVB=0.0882537;RO=77;SAF=45;SAR=32;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480824;STB=0.515509;STBP=0.694;TYPE=del;VARB=-0.0288508;OID=.;OPOS=15818493;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.503145:77:155:80:159:79:45:35:42:37:99:77:45:32:41:36 chr16 15838940 . G C 162.84 PASS AF=0.44;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=41;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=0.0104546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=378.126;QD=6.5137;RBI=0.0532285;REFB=-0.0119855;REVB=-0.0521917;RO=56;SAF=41;SAR=3;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.506115;STB=0.793836;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0105896;OID=.;OPOS=15838940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:56:56:44:44:0.44:3:41:37:19:3:41:37:19 chr16 15843899 . G A 488.27 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00121008;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.998;QD=37.5591;RBI=0.00121008;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=52;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.30227e-06;OID=.;OPOS=15843899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:52:52:0:0:52:52:1:0:52:0:0:0:52:0:0 chr16 15865472 . G A 818.46 PASS AF=0.4925;AO=206;DP=424;FAO=197;FDP=400;FR=.;FRO=203;FSAF=118;FSAR=79;FSRF=112;FSRR=91;FWDB=0.0176563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.926;QD=8.18463;RBI=0.0247881;REFB=0.00117702;REVB=-0.0173984;RO=218;SAF=124;SAR=82;SRF=119;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054105;STB=0.524716;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.00123214;OID=.;OPOS=15865472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:424:400:218:203:206:197:0.4925:82:124:119:99:79:118:112:91 chr16 15917197 . G A 605 PASS AF=0.489933;AO=146;DP=298;FAO=146;FDP=298;FR=.;FRO=152;FSAF=62;FSAR=84;FSRF=70;FSRR=82;FWDB=0.0197636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.326;QD=8.12078;RBI=0.0450941;REFB=-0.0312781;REVB=0.0405324;RO=152;SAF=62;SAR=84;SRF=70;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338827;STB=0.518613;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0326795;OID=.;OPOS=15917197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:298:152:152:146:146:0.489933:84:62:70:82:84:62:70:82 chr16 57921752 . A G 303.82 PASS AF=0.576923;AO=60;DP=104;FAO=60;FDP=104;FR=.;FRO=44;FSAF=42;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=7;FWDB=-0.0150027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.08;QD=11.6853;RBI=0.101605;REFB=-0.039033;REVB=0.100491;RO=44;SAF=42;SAR=18;SRF=37;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138682;STB=0.57522;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0314325;OID=.;OPOS=57921752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:44:44:60:60:0.576923:18:42:37:7:18:42:37:7 chr16 57937856 . G C 576.97 PASS AF=0.561905;AO=117;DP=210;FAO=118;FDP=210;FR=.;FRO=92;FSAF=44;FSAR=74;FSRF=38;FSRR=54;FWDB=-0.0201651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5072;QD=10.9899;RBI=0.0321948;REFB=0.0271884;REVB=-0.0250972;RO=91;SAF=43;SAR=74;SRF=37;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334524;STB=0.518629;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.0194045;OID=.;OPOS=57937856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:91:92:117:118:0.561905:74:43:37:54:74:44:38:54 chr16 57937895 . G A 514.31 PASS AF=0.536232;AO=110;DP=209;FAO=111;FDP=207;FR=.;FRO=96;FSAF=40;FSAR=71;FSRF=38;FSRR=58;FWDB=0.0201827;FXX=0.00956892;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1192;QD=9.93829;RBI=0.0436341;REFB=-0.0118301;REVB=-0.0386858;RO=96;SAF=40;SAR=70;SRF=38;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293938;STB=0.517664;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0100361;OID=.;OPOS=57937895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:207:96:96:110:111:0.536232:70:40:38:58:71:40:38:58 chr16 57946937 . A T 507.38 PASS AF=0.5;AO=119;DP=238;FAO=119;FDP=238;FR=.;FRO=119;FSAF=54;FSAR=65;FSRF=62;FSRR=57;FWDB=-0.0123793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.491;QD=8.52738;RBI=0.0473229;REFB=-0.0375909;REVB=0.045675;RO=119;SAF=54;SAR=65;SRF=62;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613715;STB=0.533686;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0410347;OID=.;OPOS=57946937;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:119:119:119:119:0.5:65:54:62:57:65:54:62:57 chr16 57946973 . A G 499.25 PASS AF=0.465455;AO=128;DP=275;FAO=128;FDP=275;FR=.;FRO=147;FSAF=52;FSAR=76;FSRF=53;FSRR=94;FWDB=0.000709822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.731;QD=7.26179;RBI=0.0135639;REFB=0.00393643;REVB=0.0135453;RO=146;SAF=52;SAR=76;SRF=52;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507119;STB=0.525561;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.00495315;OID=.;OPOS=57946973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:275:146:147:128:128:0.465455:76:52:52:94:76:52:53:94 chr16 57951394 . T G 681.35 PASS AF=0.485465;AO=167;DP=344;FAO=167;FDP=344;FR=.;FRO=177;FSAF=77;FSAR=90;FSRF=86;FSRR=91;FWDB=0.157505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4232;QD=7.92261;RBI=0.163888;REFB=0.0271651;REVB=-0.0452924;RO=174;SAF=77;SAR=90;SRF=84;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202414;STB=0.51281;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.0292843;OID=.;OPOS=57951394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:344:344:174:177:167:167:0.485465:90:77:84:90:90:77:86:91 chr16 57954448 . A G 1046.16 PASS AF=0.5525;AO=238;DP=432;FAO=221;FDP=400;FR=.;FRO=179;FSAF=106;FSAR=115;FSRF=89;FSRR=90;FWDB=0.0389446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.3294;QD=10.4616;RBI=0.0456307;REFB=-0.089764;REVB=0.0237798;RO=194;SAF=115;SAR=123;SRF=97;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139084;STB=0.507869;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0703149;OID=.;OPOS=57954448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:432:400:194:179:238:221:0.5525:123:115:97:97:115:106:89:90 chr16 57974240 . G A 1403.09 PASS AF=0.974522;AO=153;DP=157;FAO=153;FDP=157;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0336314;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=375.241;QD=35.7475;RBI=0.0348646;REFB=-0.151476;REVB=-0.00919073;RO=1;SAF=22;SAR=131;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00361802;STB=0.507518;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=5.32206e-05;OID=.;OPOS=57974240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:40:157:157:1:4:153:153:0.974522:131:22:0:1:131:22:0:4 chr16 57996932 . G A 1878.82 PASS AF=1;AO=196;DP=196;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.347;QD=38.3432;RBI=0.0550129;REFB=0;REVB=0.0519886;RO=0;SAF=89;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.44382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54906e-05;OID=.;OPOS=57996932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:89:196:196:0:0:196:196:1:107:89:0:0:107:89:0:0 chr16 57996960 . C T 1860.09 PASS AF=1;AO=194;DP=194;FAO=194;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498276;FXX=0.0102036;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8704;QD=38.3524;RBI=0.170416;REFB=0;REVB=0.162969;RO=0;SAF=87;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619135;OID=.;OPOS=57996960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:88:194:194:0:0:194:194:1:107:87:0:0:107:87:0:0 chr16 89590667 . T C 333.68 PASS AF=0.52518;AO=73;DP=142;FAO=73;FDP=139;FR=.;FRO=66;FSAF=70;FSAR=3;FSRF=64;FSRR=2;FWDB=0.00255833;FXX=0.0211253;HRUN=1;LEN=1;MLLD=357.895;QD=9.60225;RBI=0.03239;REFB=0.00155521;REVB=0.0322888;RO=66;SAF=70;SAR=3;SRF=64;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633548;STB=0.534566;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.00127313;OID=.;OPOS=89590667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:139:66:66:73:73:0.52518:3:70:64:2:3:70:64:2 chr16 89597221 . A G 154.94 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=28;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=0;FWDB=0.0147333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=320.826;QD=9.83739;RBI=0.0559634;REFB=0.0115664;REVB=0.0539892;RO=30;SAF=28;SAR=5;SRF=30;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323443;STB=0.674344;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.00925061;OID=.;OPOS=89597221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:5:28:30:0:5:28:30:0 chr16 89805261 . A G 1999.61 PASS AF=1;AO=208;DP=208;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.918;QD=38.454;RBI=0.0344545;REFB=0;REVB=0.0195491;RO=0;SAF=106;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24114e-05;OID=.;OPOS=89805261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:94:208:208:0:0:208:208:1:102:106:0:0:102:106:0:0 chr16 89806347 . A T 442 PASS AF=0.466667;AO=112;DP=240;FAO=112;FDP=240;FR=.;FRO=128;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=64;FSRR=64;FWDB=-0.0163591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8769;QD=7.36669;RBI=0.0455797;REFB=-0.00591847;REVB=0.0425428;RO=128;SAF=53;SAR=59;SRF=64;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258959;STB=0.514302;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00698516;OID=.;OPOS=89806347;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:128:128:112:112:0.466667:59:53:64:64:59:53:64:64 chr16 89836323 . C T 968.74 PASS AF=0.5325;AO=341;DP=635;FAO=213;FDP=400;FR=.;FRO=187;FSAF=120;FSAR=93;FSRF=105;FSRR=82;FWDB=-0.00844217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=358.319;QD=9.68743;RBI=0.0106611;REFB=-0.0267039;REVB=0.00651073;RO=294;SAF=181;SAR=160;SRF=160;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114897;STB=0.500894;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0228459;OID=.;OPOS=89836323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:635:400:294:187:341:213:0.5325:160:181:160:134:93:120:105:82 chr16 89836507 . T C 3527.33 PASS AF=1;AO=366;DP=367;FAO=367;FDP=367;FR=.;FRO=0;FSAF=170;FSAR=197;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.563;QD=38.445;RBI=0.0406647;REFB=0;REVB=-0.0271051;RO=0;SAF=169;SAR=197;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96767e-06;OID=.;OPOS=89836507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:367:367:0:0:366:367:1:197:169:0:0:197:170:0:0 chr16 89838078 . A G 760.52 PASS AF=0.488127;AO=185;DP=379;FAO=185;FDP=379;FR=.;FRO=194;FSAF=87;FSAR=98;FSRF=88;FSRR=106;FWDB=0.018315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.741;QD=8.0266;RBI=0.0202161;REFB=0.0044322;REVB=-0.00855882;RO=194;SAF=87;SAR=98;SRF=88;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156142;STB=0.508567;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.00477366;OID=.;OPOS=89838078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:379:379:194:194:185:185:0.488127:98:87:88:106:98:87:88:106 chr16 89845194 . A G 543.45 PASS AF=0.55665;AO=113;DP=203;FAO=113;FDP=203;FR=.;FRO=90;FSAF=58;FSAR=55;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=0.0356114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.224;QD=10.7084;RBI=0.0359447;REFB=-0.0296506;REVB=-0.00488414;RO=90;SAF=58;SAR=55;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198596;STB=0.510811;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0243594;OID=.;OPOS=89845194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:90:90:113:113:0.55665:55:58:44:46:55:58:44:46 chr16 89849480 . C T 1087.56 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144548;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5237;QD=38.1602;RBI=0.11515;REFB=0;REVB=0.11424;RO=0;SAF=112;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000786213;OID=.;OPOS=89849480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:51:115:114:0:0:114:114:1:2:112:0:0:2:112:0:0 chr16 89866043 . T C 586.12 PASS AF=0.515504;AO=133;DP=258;FAO=133;FDP=258;FR=.;FRO=125;FSAF=66;FSAR=67;FSRF=61;FSRR=64;FWDB=0.0340213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6775;QD=9.0871;RBI=0.0497697;REFB=-0.0294931;REVB=0.0363259;RO=125;SAF=66;SAR=67;SRF=61;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0072976;STB=0.503992;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0291018;OID=.;OPOS=89866043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:125:125:133:133:0.515504:67:66:61:64:67:66:61:64 chr16 89869761 . T C 2258.92 PASS AF=1;AO=236;DP=242;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401563;FXX=0.0247924;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.743;QD=38.2867;RBI=0.0404506;REFB=0;REVB=-0.00487026;RO=0;SAF=107;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.14375e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03855e-05;OID=.;OPOS=89869761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:242:236:0:0:236:236:1:129:107:0:0:129:107:0:0 chr16 89874628 . C T 408.47 PASS AF=0.465517;AO=96;DP=220;FAO=108;FDP=232;FR=.;FRO=124;FSAF=62;FSAR=46;FSRF=78;FSRR=46;FWDB=0.0141026;FXX=0.00429166;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.988;QD=7.04251;RBI=0.04838;REFB=-0.0173493;REVB=0.046279;RO=124;SAF=50;SAR=46;SRF=78;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110593;STB=0.530297;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0218877;OID=.;OPOS=89874628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:232:124:124:96:108:0.465517:46:50:78:46:46:62:78:46 chr16 89986154 . G A 405.68 PASS AF=0.529762;AO=86;DP=167;FAO=89;FDP=168;FR=.;FRO=79;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=47;FSRR=32;FWDB=0.135987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6115;QD=9.65904;RBI=0.140214;REFB=-0.0382047;REVB=0.0341707;RO=81;SAF=45;SAR=41;SRF=49;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726692;STB=0.526417;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0357975;OID=.;OPOS=89986154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:168:81:79:86:89:0.529762:41:45:49:32:41:48:47:32 chr17 2573652 . C T 1217.22 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.728;QD=38.3375;RBI=0.0409734;REFB=0;REVB=-0.0362543;RO=0;SAF=62;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21802e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.25469e-05;OID=.;OPOS=2573652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:57:127:127:0:0:127:127:1:65:62:0:0:65:62:0:0 chr17 3397702 . C T 422.29 PASS AF=0.475113;AO=105;DP=220;FAO=105;FDP=221;FR=.;FRO=116;FSAF=58;FSAR=47;FSRF=57;FSRR=59;FWDB=-0.0179119;FXX=0.00896821;HRUN=5;LEN=1;MLLD=88.0248;QD=7.64327;RBI=0.0531644;REFB=-0.0119011;REVB=-0.0500562;RO=115;SAF=58;SAR=47;SRF=56;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622312;STB=0.53215;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0125968;OID=.;OPOS=3397702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:221:115:116:105:105:0.475113:47:58:56:59:47:58:57:59 chr17 3558417 . C G 3856.51 PASS AF=1;AO=528;DP=529;FAO=400;FDP=400;FR=.;FRO=0;FSAF=216;FSAR=184;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.971;QD=38.5651;RBI=0.0510411;REFB=0;REVB=0.0482427;RO=0;SAF=276;SAR=252;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90308e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07827e-05;OID=.;OPOS=3558417;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:529:400:0:0:528:400:1:252:276:0:0:184:216:0:0 chr17 3561396 . C T 2859.31 PASS AF=0.980952;AO=309;DP=315;FAO=309;FDP=315;FR=.;FRO=6;FSAF=139;FSAR=170;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00448138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=313.342;QD=36.3087;RBI=0.0366248;REFB=-0.122943;REVB=0.0363496;RO=6;SAF=139;SAR=170;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00794744;STB=0.504168;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000446427;OID=.;OPOS=3561396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:89:315:315:6:6:309:309:0.980952:170:139:4:2:170:139:4:2 chr17 3563339 . C T 299.47 PASS AF=0.465839;AO=75;DP=161;FAO=75;FDP=161;FR=.;FRO=86;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=-0.0682199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4184;QD=7.44028;RBI=0.0715722;REFB=-0.0103104;REVB=-0.0216477;RO=86;SAF=36;SAR=39;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368891;STB=0.520433;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00996028;OID=.;OPOS=3563339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:86:86:75:75:0.465839:39:36:38:48:39:36:38:48 chr17 3563963 . C G 304.4 PASS AF=0.480519;AO=74;DP=154;FAO=74;FDP=154;FR=.;FRO=80;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=-0.0192171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.533;QD=7.90647;RBI=0.0259113;REFB=-0.0145049;REVB=-0.017381;RO=80;SAF=47;SAR=27;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840001;STB=0.546499;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0181865;OID=.;OPOS=3563963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:80:80:74:74:0.480519:27:47:44:36:27:47:44:36 chr17 4802329 . G A 465.41 PASS AF=0.493333;AO=111;DP=225;FAO=111;FDP=225;FR=.;FRO=114;FSAF=49;FSAR=62;FSRF=52;FSRR=62;FWDB=0.00673752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.001;QD=8.274;RBI=0.0144098;REFB=-0.00966157;REVB=-0.0127376;RO=114;SAF=49;SAR=62;SRF=52;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137089;STB=0.507536;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0100078;OID=.;OPOS=4802329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:114:114:111:111:0.493333:62:49:52:62:62:49:52:62 chr17 6330068 . T C 52.94 PASS AF=0.4;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0265744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.12;QD=6.05031;RBI=0.0297326;REFB=-0.0495592;REVB=0.0133354;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664503;STB=0.599863;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0718484;OID=.;OPOS=6330068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:34:35:15:21:13:14:0.4:7:6:8:7:7:7:14:7 chr17 6331803 . T C 358.55 PASS AF=0.50303;AO=82;DP=164;FAO=83;FDP=165;FR=.;FRO=82;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=50;FSRR=32;FWDB=0.0176598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0835;QD=8.69208;RBI=0.0343158;REFB=-0.0361606;REVB=0.0294228;RO=82;SAF=42;SAR=40;SRF=50;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889828;STB=0.551611;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0417744;OID=.;OPOS=6331803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:82:82:82:83:0.50303:40:42:50:32:41:42:50:32 chr17 6331836 . T G 363.22 PASS AF=0.506098;AO=83;DP=166;FAO=83;FDP=164;FR=.;FRO=81;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=48;FSRR=33;FWDB=-0.00675372;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.833;QD=8.85906;RBI=0.0705109;REFB=-0.00858893;REVB=-0.0701867;RO=80;SAF=42;SAR=41;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841066;STB=0.542796;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00917182;OID=.;OPOS=6331836;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:164:80:81:83:83:0.506098:41:42:48:32:41:42:48:33 chr17 7123240 . T C,TGGGCGTGCAGGACGC 1337.88 PASS AF=0.00666667,0.966667;AO=65,81;DP=150;FAO=1,145;FDP=150;FR=.;FRO=4;FSAF=0,81;FSAR=1,64;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.146368,0.0201719;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,15;MLLD=246.147,268.853;QD=35.6769;RBI=0.149802,0.05175;REFB=-0.0990782,-0.0351112;REVB=0.0318917,0.0476567;RO=4;SAF=0,81;SAR=65,0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.897463,0;STB=0.995941,0.512047;STBP=0.078,0.094;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0514359,0.00356418;OID=.,.;OPOS=7123240,7123241;OREF=T,-;OALT=C,GGGCGTGCAGGACGC;OMAPALT=C,TGGGCGTGCAGGACGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:36:150:150:4:4:65,81:1,145:0.00666667,0.966667:65,0:0,81:4:0:1,64:0,81:4:0 chr17 7124739 . CACTGCCCTAGGTCAGGA C,CACTGCCCTAGGCCAGGA 453.05 PASS AF=0.104167,0.895833;AO=15,31;DP=84;FAO=5,43;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,42;FSAR=5,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000858082,0.0174562;FXX=0.42852;HRUN=1,1;LEN=17,1;MLLD=139.575,194.648;QD=37.7543;RBI=0.00671981,0.040864;REFB=0,0;REVB=-0.0066648,-0.0369479;RO=0;SAF=10,30;SAR=5,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00137599,-0.000167819;OID=.,.;OPOS=7124740,7124751;OREF=ACTGCCCTAGGTCAGGA,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CACTGCCCTAGGCCAGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.104167,0.895833:15,31:84:5,43:48:0:0,42:5,1:0:0:6:0:10,30:5,1:0:0 chr17 7124768 . T C 1415 PASS AF=0.957831;AO=158;DP=165;FAO=159;FDP=166;FR=.;FRO=7;FSAF=47;FSAR=112;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0173376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.916;QD=34.0963;RBI=0.0418367;REFB=0.00753411;REVB=0.0380752;RO=1;SAF=46;SAR=112;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00422956;STB=0.527782;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00017907;OID=.;OPOS=7124768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:165:166:1:7:158:159:0.957831:112:46:0:1:112:47:6:1 chr17 7127718 . T C 3623.55 PASS AF=1;AO=377;DP=377;FAO=377;FDP=377;FR=.;FRO=0;FSAF=163;FSAR=214;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.714;QD=38.4461;RBI=0.0377564;REFB=0;REVB=0.0361693;RO=0;SAF=163;SAR=214;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09717e-05;OID=.;OPOS=7127718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:377:377:0:0:377:377:1:214:163:0:0:214:163:0:0 chr17 7579472 . G C 350.38 PASS AF=0.531469;AO=76;DP=143;FAO=76;FDP=143;FR=.;FRO=67;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.00226089;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=265.41;QD=9.80075;RBI=0.00803267;REFB=-0.000180436;REVB=0.00770792;RO=67;SAF=45;SAR=31;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350071;STB=0.519193;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.000184279;OID=.;OPOS=7579472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:67:67:76:76:0.531469:31:45:37:30:31:45:37:30 chr17 7579669 . T C 78.61 PASS AF=0.221053;AO=63;DP=287;FAO=63;FDP=285;FR=.;FRO=222;FSAF=0;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=222;FWDB=0;FXX=0.0104163;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.241;QD=1.10333;RBI=0.0117913;REFB=-0.00598329;REVB=-0.0117913;RO=222;SAF=0;SAR=63;SRF=0;SRR=222;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0603701;OID=.;OPOS=7579669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:287:285:222:222:63:63:0.221053:63:0:0:222:63:0:0:222 chr17 7579672 . AG TT 77.04 PASS AF=0.219512;AO=63;DP=288;FAO=63;FDP=287;FR=.;FRO=224;FSAF=0;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=224;FWDB=0;FXX=0.0034721;HRUN=1;LEN=2;MLLD=142.165;QD=1.07369;RBI=0.00805339;REFB=-0.000801584;REVB=-0.00805339;RO=224;SAF=0;SAR=63;SRF=0;SRR=224;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00300961;OID=.;OPOS=7579672;OREF=AG;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:288:287:224:224:63:63:0.219512:63:0:0:224:63:0:0:224 chr17 7579678 . CC TT 75.86 PASS AF=0.217993;AO=63;DP=289;FAO=63;FDP=289;FR=.;FRO=226;FSAF=0;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=226;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=423.317;QD=1.04999;RBI=0.00479577;REFB=0.000263822;REVB=0.00479577;RO=225;SAF=0;SAR=63;SRF=0;SRR=225;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00437572;OID=.;OPOS=7579678;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:289:289:225:226:63:63:0.217993:63:0:0:225:63:0:0:226 chr17 7579681 . G C 76.46 PASS AF=0.21875;AO=63;DP=288;FAO=63;FDP=288;FR=.;FRO=225;FSAF=0;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=225;FWDB=0;FXX=0.00346009;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.65;QD=1.06194;RBI=0.00833198;REFB=-0.00255441;REVB=0.00833198;RO=224;SAF=0;SAR=63;SRF=0;SRR=224;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0123787;OID=.;OPOS=7579681;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:288:288:224:225:63:63:0.21875:63:0:0:224:63:0:0:225 chr17 7579801 . G C 122.78 PASS AF=0.5;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=27;FSAR=0;FSRF=27;FSRR=0;FWDB=-0.000219009;FXX=0.0181785;HRUN=5;LEN=1;MLLD=95.377;QD=9.09491;RBI=0.000219009;REFB=-0.0356025;REVB=0;RO=26;SAF=27;SAR=0;SRF=26;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.034015;OID=.;OPOS=7579801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:26:27:27:27:0.5:0:27:26:0:0:27:27:0 chr17 7907189 . C T 357.1 PASS AF=0.5;AO=70;DP=155;FAO=84;FDP=168;FR=.;FRO=84;FSAF=62;FSAR=22;FSRF=55;FSRR=29;FWDB=-2.29409e-05;FXX=0.011764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.739;QD=8.50241;RBI=0.073444;REFB=-0.0332138;REVB=0.073444;RO=85;SAF=62;SAR=8;SRF=55;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37937;STB=0.551243;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0311834;OID=.;OPOS=7907189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:168:85:84:70:84:0.5:8:62:55:30:22:62:55:29 chr17 7915920 . G A 333.21 PASS AF=0.537879;AO=71;DP=132;FAO=71;FDP=132;FR=.;FRO=61;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.0276296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.825;QD=10.0973;RBI=0.0282891;REFB=-0.0437269;REVB=-0.00607246;RO=61;SAF=41;SAR=30;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00319011;STB=0.501748;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0412209;OID=.;OPOS=7915920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:61:61:71:71:0.537879:30:41:35:26:30:41:35:26 chr17 7916393 . G A 339.93 PASS AF=0.493827;AO=80;DP=161;FAO=80;FDP=162;FR=.;FRO=82;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=-0.0363828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8596;QD=8.39327;RBI=0.040616;REFB=0.0304747;REVB=0.018054;RO=81;SAF=46;SAR=34;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409414;STB=0.519769;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.0365123;OID=.;OPOS=7916393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:81:82:80:80:0.493827:34:46:43:38:34:46:44:38 chr17 7917279 . T A 679.24 PASS AF=0.4525;AO=259;DP=573;FAO=181;FDP=400;FR=.;FRO=219;FSAF=119;FSAR=62;FSRF=110;FSRR=109;FWDB=0.00845006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.313;QD=6.79242;RBI=0.015608;REFB=-0.0372319;REVB=-0.0131227;RO=313;SAF=161;SAR=98;SRF=151;SRR=162;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140972;STB=0.589014;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.032761;OID=.;OPOS=7917279;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:573:400:313:219:259:181:0.4525:98:161:151:162:62:119:110:109 chr17 7918119 . G T 397.01 PASS AF=0.469484;AO=100;DP=213;FAO=100;FDP=213;FR=.;FRO=113;FSAF=89;FSAR=11;FSRF=79;FSRR=34;FWDB=0.0110689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.36;QD=7.45556;RBI=0.0209341;REFB=-0.0129807;REVB=0.0177684;RO=113;SAF=89;SAR=11;SRF=79;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326895;STB=0.68422;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0130178;OID=.;OPOS=7918119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:113:113:100:100:0.469484:11:89:79:34:11:89:79:34 chr17 7918146 . C T 526.35 PASS AF=0.515152;AO=119;DP=231;FAO=119;FDP=231;FR=.;FRO=112;FSAF=87;FSAR=32;FSRF=76;FSRR=36;FWDB=-0.0118493;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=296.686;QD=9.11434;RBI=0.0124768;REFB=-0.00578158;REVB=0.00390691;RO=112;SAF=87;SAR=32;SRF=76;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057291;STB=0.531435;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00511734;OID=.;OPOS=7918146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:112:112:119:119:0.515152:32:87:76:36:32:87:76:36 chr17 11502341 . A C 55.21 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0876641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4334;QD=15.7757;RBI=0.0876641;REFB=-0.0692366;REVB=0;RO=5;SAF=9;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0316938;OID=.;OPOS=11502341;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:14:14:5:5:9:9:0.642857:0:9:5:0:0:9:5:0 chr17 11511412 . A G 3148.08 PASS AF=1;AO=327;DP=329;FAO=327;FDP=327;FR=.;FRO=0;FSAF=166;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304386;FXX=0.00607884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7222;QD=38.5086;RBI=0.0333348;REFB=0;REVB=0.0135905;RO=0;SAF=166;SAR=161;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20127e-05;OID=.;OPOS=11511412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:329:327:0:0:327:327:1:161:166:0:0:161:166:0:0 chr17 11511457 . C T 542.73 PASS AF=0.450311;AO=145;DP=322;FAO=145;FDP=322;FR=.;FRO=177;FSAF=71;FSAR=74;FSRF=91;FSRR=86;FWDB=0.00242379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=367.178;QD=6.74195;RBI=0.00552889;REFB=0.0040237;REVB=0.00496929;RO=173;SAF=71;SAR=74;SRF=87;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130294;STB=0.513447;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.0048535;OID=.;OPOS=11511457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:322:173:177:145:145:0.450311:74:71:87:86:74:71:91:86 chr17 11523082 . A G 3800.62 PASS AF=1;AO=505;DP=505;FAO=395;FDP=395;FR=.;FRO=0;FSAF=204;FSAR=191;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221231;FXX=0.0124997;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.99;QD=38.4873;RBI=0.0518382;REFB=0;REVB=0.0468804;RO=0;SAF=265;SAR=240;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36088e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.2181e-05;OID=.;OPOS=11523082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:505:395:0:0:505:395:1:240:265:0:0:191:204:0:0 chr17 11532835 . A G 237.78 PASS AF=0.340824;AO=91;DP=267;FAO=91;FDP=267;FR=.;FRO=176;FSAF=27;FSAR=64;FSRF=54;FSRR=122;FWDB=0.0341364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8628;QD=3.56225;RBI=0.0645534;REFB=0.00154858;REVB=0.0547891;RO=176;SAF=27;SAR=64;SRF=54;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138838;STB=0.507935;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.00247548;OID=.;OPOS=11532835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:267:176:176:91:91:0.340824:64:27:54:122:64:27:54:122 chr17 11583089 . T C 3418.88 PASS AF=1;AO=356;DP=356;FAO=356;FDP=356;FR=.;FRO=0;FSAF=177;FSAR=179;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00643106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.006;QD=38.4144;RBI=0.00696505;REFB=0;REVB=0.00267459;RO=0;SAF=177;SAR=179;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08412e-06;OID=.;OPOS=11583089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:356:356:0:0:356:356:1:179:177:0:0:179:177:0:0 chr17 11622953 . G A 1942.12 PASS AF=1;AO=202;DP=204;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171093;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.55;QD=38.2684;RBI=0.0864825;REFB=0;REVB=0.0847732;RO=0;SAF=111;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19097e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026549;OID=.;OPOS=11622953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:92:204:203:0:0:202:203:1:91:111:0:0:91:112:0:0 chr17 11648332 . C T 471.2 PASS AF=0.590909;AO=92;DP=157;FAO=91;FDP=154;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=88;FSRF=2;FSRR=61;FWDB=0.118404;FXX=0.0253149;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9591;QD=12.2389;RBI=0.11923;REFB=-0.0289129;REVB=0.0140126;RO=64;SAF=3;SAR=89;SRF=1;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114463;STB=0.503945;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0155862;OID=.;OPOS=11648332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:154:64:63:92:91:0.590909:89:3:1:63:88:3:2:61 chr17 11651057 . A G 465.41 PASS AF=0.493333;AO=111;DP=225;FAO=111;FDP=225;FR=.;FRO=114;FSAF=46;FSAR=65;FSRF=58;FSRR=56;FWDB=-0.0288397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.515;QD=8.274;RBI=0.0328994;REFB=-0.0427584;REVB=0.0158317;RO=114;SAF=46;SAR=65;SRF=58;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088042;STB=0.548425;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0429971;OID=.;OPOS=11651057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:114:114:111:111:0.493333:65:46:58:56:65:46:58:56 chr17 11660722 . G T 1543.48 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=149;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.787;QD=38.587;RBI=0.0811554;REFB=0;REVB=0.0737223;RO=0;SAF=149;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.21917e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174518;OID=.;OPOS=11660722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:72:160:160:0:0:160:160:1:11:149:0:0:11:149:0:0 chr17 11666674 . T C 1353.4 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.271;QD=38.1239;RBI=0.0163415;REFB=0;REVB=0.00650238;RO=0;SAF=75;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.59161e-06;OID=.;OPOS=11666674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:64:142:142:0:0:142:142:1:67:75:0:0:67:75:0:0 chr17 11697049 . C CA 658.62 PASS AF=0.503185;AO=156;DP=314;FAO=158;FDP=314;FR=.;FRO=156;FSAF=61;FSAR=97;FSRF=66;FSRR=90;FWDB=0.143107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.5852;QD=8.39002;RBI=0.148388;REFB=-0.0664347;REVB=0.0392354;RO=156;SAF=60;SAR=96;SRF=66;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366915;STB=0.519217;STBP=0.49;TYPE=ins;VARB=0.0645803;OID=.;OPOS=11697050;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.503185:156:314:158:314:156:61:97:66:90:99:156:60:96:66:90 chr17 11737938 . G A 2229 PASS AF=1;AO=154;DP=231;FAO=231;FDP=231;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=121;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.761;QD=38.5974;RBI=0.0578135;REFB=0;REVB=-0.0467116;RO=0;SAF=121;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.20782e-05;OID=.;OPOS=11737938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:231:231:0:0:154:231:1:33:121:0:0:110:121:0:0 chr17 11737941 . C T 2211.96 PASS AF=1;AO=231;DP=231;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.448;QD=38.3024;RBI=0.0354179;REFB=0;REVB=-0.0337864;RO=0;SAF=121;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.185e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.05763e-05;OID=.;OPOS=11737941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:231:231:0:0:231:231:1:110:121:0:0:110:121:0:0 chr17 11757556 . C G 615.07 PASS AF=0.553648;AO=129;DP=234;FAO=129;FDP=233;FR=.;FRO=104;FSAF=57;FSAR=72;FSRF=55;FSRR=49;FWDB=-0.0052165;FXX=0.00427332;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.2847;QD=10.5591;RBI=0.0279707;REFB=0.0319475;REVB=-0.0274799;RO=104;SAF=57;SAR=72;SRF=55;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716461;STB=0.538995;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.0262569;OID=.;OPOS=11757556;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:233:104:104:129:129:0.553648:72:57:55:49:72:57:55:49 chr17 11778240 . G A 589.74 PASS AF=0.545852;AO=125;DP=229;FAO=125;FDP=229;FR=.;FRO=104;FSAF=65;FSAR=60;FSRF=54;FSRR=50;FWDB=0.00640195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.522;QD=10.3011;RBI=0.0155426;REFB=-0.0140747;REVB=-0.0141628;RO=104;SAF=65;SAR=60;SRF=54;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00064215;STB=0.50035;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0115531;OID=.;OPOS=11778240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:104:104:125:125:0.545852:60:65:54:50:60:65:54:50 chr17 11786951 . T C 308.98 PASS AF=0.480769;AO=74;DP=151;FAO=75;FDP=156;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=47;FSRR=34;FWDB=-0.0285477;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.507;QD=7.92256;RBI=0.0553748;REFB=-0.0404768;REVB=-0.0474489;RO=77;SAF=32;SAR=42;SRF=43;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116524;STB=0.579573;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0526594;OID=.;OPOS=11786951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:156:77:81:74:75:0.480769:42:32:43:34:43:32:47:34 chr17 11806266 . T C 221.23 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.0436741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3679;QD=7.76254;RBI=0.0472838;REFB=-0.0369381;REVB=0.01812;RO=60;SAF=27;SAR=27;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110702;STB=0.561381;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0487249;OID=.;OPOS=11806266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:60:60:54:54:0.473684:27:27:23:37:27:27:23:37 chr17 11833287 . A G 565.63 PASS AF=0.505792;AO=131;DP=259;FAO=131;FDP=259;FR=.;FRO=128;FSAF=69;FSAR=62;FSRF=58;FSRR=70;FWDB=0.0244815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.185;QD=8.73561;RBI=0.0319835;REFB=-0.0100374;REVB=0.0205816;RO=128;SAF=69;SAR=62;SRF=58;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663005;STB=0.536327;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00946197;OID=.;OPOS=11833287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:128:128:131:131:0.505792:62:69:58:70:62:69:58:70 chr17 11833365 . G A 204.13 PASS AF=0.627119;AO=19;DP=59;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.262094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.76;QD=13.8395;RBI=0.262729;REFB=-0.019355;REVB=-0.0182473;RO=20;SAF=0;SAR=19;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.842648;STB=0.521966;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0172563;OID=.;OPOS=11833365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:59:59:20:22:19:37:0.627119:19:0:12:8:19:18:12:10 chr17 11835321 . C T 382.67 PASS AF=0.479592;AO=83;DP=185;FAO=94;FDP=196;FR=.;FRO=102;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=46;FSRR=56;FWDB=0.0133257;FXX=0.0248744;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.984;QD=7.80956;RBI=0.0464688;REFB=-0.0187359;REVB=-0.0445171;RO=102;SAF=41;SAR=42;SRF=46;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427103;STB=0.55318;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0163161;OID=.;OPOS=11835321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:196:102:102:83:94:0.479592:42:41:46:56:42:52:46:56 chr17 11835331 . G A 445.24 PASS AF=0.507463;AO=102;DP=201;FAO=102;FDP=201;FR=.;FRO=99;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=57;FSRR=42;FWDB=-0.0206624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7244;QD=8.86057;RBI=0.0319018;REFB=0.00384247;REVB=-0.0243063;RO=98;SAF=46;SAR=56;SRF=56;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107398;STB=0.561296;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00465191;OID=.;OPOS=11835331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:98:99:102:102:0.507463:56:46:56:42:56:46:57:42 chr17 11865462 . G A 756.19 PASS AF=0.475;AO=238;DP=515;FAO=190;FDP=400;FR=.;FRO=210;FSAF=90;FSAR=100;FSRF=95;FSRR=115;FWDB=-0.0180204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.012;QD=7.56185;RBI=0.021633;REFB=-0.0130855;REVB=-0.0119688;RO=277;SAF=111;SAR=127;SRF=128;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00421152;STB=0.511227;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0148853;OID=.;OPOS=11865462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:515:400:277:210:238:190:0.475:127:111:128:149:100:90:95:115 chr17 15162389 . T C 378.83 PASS AF=0.479381;AO=93;DP=194;FAO=93;FDP=194;FR=.;FRO=101;FSAF=1;FSAR=92;FSRF=2;FSRR=99;FWDB=0.00579672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.564;QD=7.81102;RBI=0.022012;REFB=-0.0114102;REVB=-0.021235;RO=100;SAF=1;SAR=92;SRF=2;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164544;STB=0.590983;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0126853;OID=.;OPOS=15162389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:100:101:93:93:0.479381:92:1:2:98:92:1:2:99 chr17 17698254 . G A 1394.95 PASS AF=1;AO=147;DP=148;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00845685;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=387.961;QD=37.9577;RBI=0.00847585;REFB=0.00886781;REVB=-0.000567188;RO=1;SAF=67;SAR=80;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704566;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01578e-05;OID=.;OPOS=17698254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:58:148:147:1:0:147:147:1:80:67:1:0:80:67:0:0 chr17 17700037 . AAGG A 1064.27 PASS AF=0.557789;AO=234;DP=423;FAO=222;FDP=398;FR=.;FRO=176;FSAF=112;FSAR=110;FSRF=87;FSRR=89;FWDB=0.00817634;FXX=0.00499988;HRUN=2;LEN=3;MLLD=296.106;QD=10.6962;RBI=0.0112433;REFB=-0.0100974;REVB=0.00771745;RO=186;SAF=119;SAR=115;SRF=91;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157534;STB=0.504504;STBP=0.835;TYPE=del;VARB=0.00822854;OID=.;OPOS=17700038;OREF=AGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.557789:234:423:222:398:176:112:110:87:89:99:186:119:115:91:95 chr17 17707105 . T C 2108.96 PASS AF=1;AO=222;DP=225;FAO=222;FDP=222;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012582;FXX=0.0133327;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0365;QD=37.9993;RBI=0.0131661;REFB=0.0412673;REVB=-0.00387836;RO=1;SAF=91;SAR=131;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00362356;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00147602;OID=.;OPOS=17707105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:91:225:222:1:0:222:222:1:131:91:0:1:131:91:0:0 chr17 29508448 . T A 20.1 PASS AF=0.21875;AO=5;DP=30;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=25;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.5301;QD=2.51224;RBI=0.0208131;REFB=-0.0343115;REVB=-0.0208131;RO=24;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0358236;OID=.;OPOS=29508448;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:30:32:24:25:5:7:0.21875:5:0:0:24:7:0:0:25 chr17 29508451 . A T 11.26 PASS AF=0.21875;AO=6;DP=31;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=25;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.0829;QD=1.4081;RBI=0.0519059;REFB=-0.0433899;REVB=0.0519059;RO=25;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.196061;OID=.;OPOS=29508451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:31:32:25:25:6:7:0.21875:6:0:0:25:7:0:0:25 chr17 29508824 . T G 143.97 PASS AF=0.276515;AO=73;DP=204;FAO=73;FDP=264;FR=.;FRO=191;FSAF=68;FSAR=5;FSRF=82;FSRR=109;FWDB=0.113976;FXX=0.00377344;HRUN=16;LEN=1;MLLD=124.658;QD=2.18141;RBI=0.117683;REFB=0.0234621;REVB=-0.0293057;RO=128;SAF=68;SAR=5;SRF=81;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.552837;STB=0.91166;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.112594;OID=.;OPOS=29508824;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:264:128:191:73:73:0.276515:5:68:81:47:5:68:82:109 chr17 29553483 . CCG C,CC,CCA 3090.6 PASS AF=0.00613497,0.920245,0.0736196;AO=52,58,217;DP=329;FAO=2,300,24;FDP=326;FR=.;FRO=0;FSAF=1,110,24;FSAR=1,190,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212951,0.0414599,0.0437451;FXX=0.00911826;HRUN=7,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=132.045,140.806,125.364;QD=37.9215;RBI=0.0440356,0.107537,0.345509;REFB=-0.00696056,-0.0185646,0.0860921;REVB=0.0385442,0.0992231,-0.342728;RO=1;SAF=52,58,26;SAR=0,0,191;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.891998,0.894373,0.00248819;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0253908,-0.00306094,0.0202225;OID=.,.,.;OPOS=29553484,29553485,29553485;OREF=CG,G,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=C,CC,CCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0.00613497,0.920245,0.0736196:52,58,217:329:2,300,24:326:0:1,110,24:1,190,0:0:0:14:1:52,58,26:0,0,191:0:1 chr17 29559932 . C A 1049.54 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=95;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.024;QD=38.5154;RBI=0.0507577;REFB=0;REVB=-0.00679846;RO=0;SAF=14;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98258e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41347e-05;OID=.;OPOS=29559932;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:49:108:109:0:0:108:109:1:94:14:0:0:95:14:0:0 chr17 29563073 . T TTG 892.98 PASS AF=0.73822;AO=111;DP=223;FAO=141;FDP=191;FR=.;FRO=50;FSAF=80;FSAR=61;FSRF=37;FSRR=13;FWDB=0.0103663;FXX=0.0449978;HRUN=6;LEN=2;MLLD=241.26;QD=18.7012;RBI=0.0166465;REFB=0.0132315;REVB=0.0130248;RO=83;SAF=64;SAR=47;SRF=50;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209064;STB=0.546597;STBP=0.037;TYPE=ins;VARB=-0.00430987;OID=.;OPOS=29563074;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=TTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.73822:111:223:141:191:50:80:61:37:13:91:83:64:47:50:33 chr17 29563085 . T G 1933.17 PASS AF=0.944681;AO=229;DP=242;FAO=222;FDP=235;FR=.;FRO=13;FSAF=112;FSAR=110;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00465554;FXX=0.0289244;HRUN=13;LEN=1;MLLD=276.702;QD=32.905;RBI=0.0171038;REFB=0.0133306;REVB=0.016458;RO=9;SAF=112;SAR=117;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127834;STB=0.510391;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.000146731;OID=.;OPOS=29563085;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:24:242:235:9:13:229:222:0.944681:117:112:6:3:110:112:9:4 chr17 29663624 . TT AA,TA 63.43 PASS AF=0.25,0.2;AO=9,9;DP=40;FAO=10,8;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9,7;FSAR=1,1;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00939854,0.0176415;FXX=0;HRUN=11,11;LEN=2,1;MLLD=54.4427,43.2333;QD=6.34349;RBI=0.0479297,0.0543634;REFB=-0.00989075,-0.00693377;REVB=0.0469992,0.0514213;RO=20;SAF=9,7;SAR=0,2;SRF=7;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.795562,0.471366;STB=0.87418,0.858707;STBP=0.012,0.028;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0667339,-0.00495836;OID=.,.;OPOS=29663624,29663625;OREF=TT,T;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:40:40:20:22:9,9:10,8:0.25,0.2:0,2:9,7:7:13:1,1:9,7:9:13 chr17 29670190 . C G 1133.3 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2965;QD=38.417;RBI=0.0922555;REFB=0;REVB=0.0698952;RO=0;SAF=71;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000791928;OID=.;OPOS=29670190;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:53:118:118:0:0:118:118:1:47:71:0:0:47:71:0:0 chr17 37814080 . G A 687.03 PASS AF=0.514754;AO=157;DP=305;FAO=157;FDP=305;FR=.;FRO=148;FSAF=91;FSAR=66;FSRF=85;FSRR=63;FWDB=0.0186102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.739;QD=9.01026;RBI=0.0372967;REFB=-0.0320167;REVB=0.0323219;RO=148;SAF=91;SAR=66;SRF=85;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0048157;STB=0.502633;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0294693;OID=.;OPOS=37814080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:305:148:148:157:157:0.514754:66:91:85:63:66:91:85:63 chr17 39738797 . T C 596.08 PASS AF=0.481967;AO=147;DP=305;FAO=147;FDP=305;FR=.;FRO=158;FSAF=45;FSAR=102;FSRF=60;FSRR=98;FWDB=-0.0464533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.216;QD=7.81738;RBI=0.0464597;REFB=-0.00777129;REVB=-0.000773785;RO=158;SAF=45;SAR=102;SRF=60;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078685;STB=0.543373;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00649953;OID=.;OPOS=39738797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:305:158:158:147:147:0.481967:102:45:60:98:102:45:60:98 chr17 39742807 . C T 2799.95 PASS AF=1;AO=292;DP=293;FAO=293;FDP=293;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=292;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.249241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.902;QD=38.2245;RBI=0.250261;REFB=0;REVB=0.0225679;RO=1;SAF=0;SAR=292;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.911977;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026441;OID=.;OPOS=39742807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:293:293:1:0:292:293:1:292:0:1:0:292:1:0:0 chr17 39742899 . C T 2914.09 PASS AF=1;AO=304;DP=304;FAO=304;FDP=304;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=304;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.687;QD=38.3433;RBI=0.00772927;REFB=0;REVB=0.00772927;RO=0;SAF=0;SAR=304;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12793e-06;OID=.;OPOS=39742899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:304:304:0:0:304:304:1:304:0:0:0:304:0:0:0 chr17 39923614 . A G 1686.31 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=176;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=450.343;QD=38.3253;RBI=0.0173091;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=175;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38647e-06;OID=.;OPOS=39923614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:80:175:176:0:0:175:176:1:0:175:0:0:0:176:0:0 chr17 39925925 . A G 1397.07 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000299631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0451;QD=38.2759;RBI=0.0473421;REFB=0;REVB=-0.0473412;RO=0;SAF=42;SAR=103;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214367;OID=.;OPOS=39925925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:66:146:146:0:0:145:146:1:103:42:0:0:104:42:0:0 chr17 44067382 . T C 458.88 PASS AF=0.529101;AO=100;DP=190;FAO=100;FDP=189;FR=.;FRO=89;FSAF=3;FSAR=97;FSRF=3;FSRR=86;FWDB=-0.0537221;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7484;QD=9.71165;RBI=0.0655865;REFB=0.033164;REVB=0.0376235;RO=89;SAF=3;SAR=97;SRF=3;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266058;STB=0.514586;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.0335997;OID=.;OPOS=44067382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:189:89:89:100:100:0.529101:97:3:3:86:97:3:3:86 chr17 48263021 . C T 177.85 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.01;QD=33.8768;RBI=0.128283;REFB=-0.0659068;REVB=0.0322314;RO=1;SAF=19;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236587;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0171567;OID=.;OPOS=48263021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:21:21:1:0:20:21:1:1:19:1:0:1:20:0:0 chr17 48265426 . A G 2152.03 PASS AF=1;AO=226;DP=227;FAO=226;FDP=226;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00969094;FXX=0.00440509;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.7276;QD=38.089;RBI=0.0207133;REFB=-0.00407116;REVB=0.0183065;RO=1;SAF=108;SAR=118;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00402131;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73902e-05;OID=.;OPOS=48265426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:93:227:226:1:0:226:226:1:118:108:0:1:118:108:0:0 chr17 48265495 . T C 2254.28 PASS AF=1;AO=235;DP=236;FAO=235;FDP=235;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=129;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387357;FXX=0.00423711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.225;QD=38.3707;RBI=0.0585534;REFB=0;REVB=0.0439095;RO=0;SAF=106;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19977e-05;OID=.;OPOS=48265495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:236:235:0:0:235:235:1:129:106:0:0:129:106:0:0 chr17 48266669 . G C 580.87 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.949;QD=38.7245;RBI=0.0476472;REFB=0;REVB=0.0291158;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448551;OID=.;OPOS=48266669;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr17 48267585 . A C 424.01 PASS AF=0.452;AO=98;DP=236;FAO=113;FDP=250;FR=.;FRO=137;FSAF=28;FSAR=85;FSRF=43;FSRR=94;FWDB=0.0305319;FXX=0.00398391;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.748;QD=6.7841;RBI=0.0311377;REFB=-0.0181202;REVB=-0.0061123;RO=137;SAF=13;SAR=85;SRF=43;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301553;STB=0.546294;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0233172;OID=.;OPOS=48267585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:250:137:137:98:113:0.452:85:13:43:94:85:28:43:94 chr17 48268223 . A G 2192.12 PASS AF=1;AO=182;DP=227;FAO=228;FDP=228;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.578;QD=38.4582;RBI=0.0633168;REFB=0;REVB=0.0536886;RO=0;SAF=66;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13929e-05;OID=.;OPOS=48268223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:227:228:0:0:182:228:1:116:66:0:0:161:67:0:0 chr17 48269302 . G A 3381.97 PASS AF=1;AO=353;DP=354;FAO=354;FDP=354;FR=.;FRO=0;FSAF=186;FSAR=168;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102052;FXX=0.00561782;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.964;QD=38.2143;RBI=0.102387;REFB=-0.020661;REVB=-0.00827315;RO=0;SAF=185;SAR=168;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47442e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.29642e-05;OID=.;OPOS=48269302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:354:354:0:0:353:354:1:168:185:0:0:168:186:0:0 chr17 48271433 . A G 3518.34 PASS AF=1;AO=366;DP=366;FAO=366;FDP=366;FR=.;FRO=0;FSAF=214;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243169;FXX=0.00272472;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.936;QD=38.4518;RBI=0.0304936;REFB=0;REVB=-0.0183998;RO=0;SAF=214;SAR=152;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25176e-05;OID=.;OPOS=48271433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:366:366:0:0:366:366:1:152:214:0:0:152:214:0:0 chr17 48272055 . C T 290.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0117;QD=37.4205;RBI=0.0210071;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=31;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428047;OID=.;OPOS=48272055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:31:31:0:0:31:31:1:0:31:0:0:0:31:0:0 chr17 48273464 . T C 149.12 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00325158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2504;QD=8.52136;RBI=0.0310081;REFB=0.000841843;REVB=-0.0308371;RO=36;SAF=14;SAR=20;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182711;STB=0.601947;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00159713;OID=.;OPOS=48273464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:20:14:22:14:20:14:22:14 chr17 48274291 . T G 839.14 PASS AF=0.498747;AO=244;DP=489;FAO=199;FDP=399;FR=.;FRO=200;FSAF=112;FSAR=87;FSRF=107;FSRR=93;FWDB=-0.00498848;FXX=0.00249994;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.179;QD=8.4124;RBI=0.0478296;REFB=0.0039076;REVB=-0.0475688;RO=237;SAF=140;SAR=104;SRF=130;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231768;STB=0.514114;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.00438086;OID=.;OPOS=48274291;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:489:399:237:200:244:199:0.498747:104:140:130:107:87:112:107:93 chr17 48274309 . T C 816.62 PASS AF=0.492462;AO=247;DP=501;FAO=196;FDP=398;FR=.;FRO=202;FSAF=104;FSAR=92;FSRF=107;FSRR=95;FWDB=0.032351;FXX=0.00499988;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.993;QD=8.20726;RBI=0.0325576;REFB=0.00591049;REVB=-0.0036621;RO=253;SAF=136;SAR=111;SRF=130;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341895;STB=0.500463;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=-0.00905398;OID=.;OPOS=48274309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:501:398:253:202:247:196:0.492462:111:136:130:123:92:104:107:95 chr17 48277059 . AGCCCCAGGCCCCAGGCCCCAG A 143.86 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015546;FXX=0.166574;HRUN=1;LEN=21;MLLD=283.716;QD=38.3621;RBI=0.0421726;REFB=0;REVB=0.0392027;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=7.97692e-05;OID=.;OPOS=48277060;OREF=GCCCCAGGCCCCAGGCCCCAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:18:15:15:0:4:11:0:0:7:0:4:13:0:0 chr17 72277879 . A G 513.77 PASS AF=0.536232;AO=110;DP=207;FAO=111;FDP=207;FR=.;FRO=96;FSAF=65;FSAR=46;FSRF=61;FSRR=35;FWDB=-0.0238294;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.232;QD=9.928;RBI=0.0273055;REFB=-0.0320531;REVB=0.0133324;RO=97;SAF=65;SAR=45;SRF=61;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339094;STB=0.523999;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0236037;OID=.;OPOS=72277879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:97:96:110:111:0.536232:45:65:61:36:46:65:61:35 chr17 72281367 . A G 2757.28 PASS AF=1;AO=287;DP=287;FAO=287;FDP=287;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.796;QD=38.429;RBI=0.128695;REFB=0;REVB=0.128032;RO=0;SAF=135;SAR=152;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77913e-05;OID=.;OPOS=72281367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:287:287:0:0:287:287:1:152:135:0:0:152:135:0:0 chr17 72297180 . A G 756.18 PASS AF=0.475;AO=231;DP=479;FAO=190;FDP=400;FR=.;FRO=210;FSAF=100;FSAR=90;FSRF=130;FSRR=80;FWDB=-0.00614113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.958;QD=7.56179;RBI=0.033525;REFB=-0.0363691;REVB=0.0329577;RO=248;SAF=127;SAR=104;SRF=153;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644929;STB=0.549067;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0461104;OID=.;OPOS=72297180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:479:400:248:210:231:190:0.475:104:127:153:95:90:100:130:80 chr17 72301432 . A G 696.04 PASS AF=0.4575;AO=241;DP=521;FAO=183;FDP=400;FR=.;FRO=217;FSAF=99;FSAR=84;FSRF=108;FSRR=109;FWDB=0.0180365;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.826;QD=6.96037;RBI=0.0207242;REFB=0.00106257;REVB=0.0102068;RO=280;SAF=133;SAR=108;SRF=142;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438779;STB=0.523549;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.00121898;OID=.;OPOS=72301432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:521:400:280:217:241:183:0.4575:108:133:142:138:84:99:108:109 chr17 72305534 . C T 123.42 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.040929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.149;QD=7.59519;RBI=0.0973995;REFB=-0.0296421;REVB=0.0883826;RO=35;SAF=10;SAR=20;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154046;STB=0.586897;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0348068;OID=.;OPOS=72305534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:20:10:17:18:20:10:17:18 chr17 72306116 . CCT C 1244.14 PASS AF=0.985294;AO=133;DP=137;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0474258;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=2;MLLD=272.239;QD=36.5924;RBI=0.0893027;REFB=0.07528;REVB=-0.0756689;RO=0;SAF=80;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50909;STBP=0.148;TYPE=del;VARB=-0.000607564;OID=.;OPOS=72306117;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.985294:133:137:134:136:2:80:54:0:2:43:0:80:53:0:0 chr17 72306291 . G A 797.98 PASS AF=0.496104;AO=191;DP=385;FAO=191;FDP=385;FR=.;FRO=194;FSAF=113;FSAR=78;FSRF=113;FSRR=81;FWDB=-0.0348121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.722;QD=8.29069;RBI=0.03839;REFB=-0.0112762;REVB=-0.0161836;RO=194;SAF=113;SAR=78;SRF=113;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00868888;STB=0.504761;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0118907;OID=.;OPOS=72306291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:385:385:194:194:191:191:0.496104:78:113:113:81:78:113:113:81 chr17 72308089 . G A 508.47 PASS AF=0.569832;AO=102;DP=180;FAO=102;FDP=179;FR=.;FRO=77;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.0318794;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1522;QD=11.3625;RBI=0.0323374;REFB=0.00385386;REVB=0.0054234;RO=77;SAF=53;SAR=49;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923673;STB=0.550203;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00295546;OID=.;OPOS=72308089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:77:77:102:102:0.569832:49:53:31:46:49:53:31:46 chr17 72308291 . C A 313.54 PASS AF=0.448649;AO=83;DP=185;FAO=83;FDP=185;FR=.;FRO=102;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=53;FSRR=49;FWDB=0.0228672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=329.054;QD=6.77926;RBI=0.0268568;REFB=-0.0164235;REVB=-0.0140846;RO=102;SAF=33;SAR=50;SRF=53;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122738;STB=0.56824;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0197416;OID=.;OPOS=72308291;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:102:102:83:83:0.448649:50:33:53:49:50:33:53:49 chr17 72308319 . G A 463.81 PASS AF=0.534759;AO=100;DP=187;FAO=100;FDP=187;FR=.;FRO=87;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=33;FSRR=54;FWDB=0.0089588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4926;QD=9.92115;RBI=0.0172329;REFB=-0.00628583;REVB=-0.0147211;RO=87;SAF=53;SAR=47;SRF=33;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127769;STB=0.569757;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00531873;OID=.;OPOS=72308319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:87:87:100:100:0.534759:47:53:33:54:47:53:33:54 chr17 72308403 . G A 320.91 PASS AF=0.572727;AO=62;DP=119;FAO=63;FDP=110;FR=.;FRO=47;FSAF=63;FSAR=0;FSRF=47;FSRR=0;FWDB=0.0776207;FXX=0.0833264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.9935;QD=11.6693;RBI=0.0776207;REFB=-0.0403353;REVB=0;RO=57;SAF=62;SAR=0;SRF=47;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.844682;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.029289;OID=.;OPOS=72308403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:110:57:47:62:63:0.572727:0:62:47:10:0:63:47:0 chr17 72308410 . C T 438.58 PASS AF=0.577181;AO=86;DP=150;FAO=86;FDP=149;FR=.;FRO=63;FSAF=63;FSAR=23;FSRF=46;FSRR=17;FWDB=0.00852284;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0923;QD=11.7741;RBI=0.0207476;REFB=-0.0440063;REVB=-0.0189163;RO=63;SAF=63;SAR=23;SRF=46;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00237609;STB=0.501293;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0318924;OID=.;OPOS=72308410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:63:63:86:86:0.577181:23:63:46:17:23:63:46:17 chr17 72308447 . G A 1470.31 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=110;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7867;QD=38.1898;RBI=0.0801496;REFB=0;REVB=0.0666665;RO=0;SAF=110;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45906e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366847;OID=.;OPOS=72308447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:70:153:154:0:0:153:154:1:43:110:0:0:44:110:0:0 chr17 73720900 . A G 2290.83 PASS AF=1;AO=238;DP=240;FAO=240;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00355322;FXX=0.00414921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0666;QD=38.1804;RBI=0.102315;REFB=0;REVB=0.102254;RO=0;SAF=133;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268522;OID=.;OPOS=73720900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:240:240:0:0:238:240:1:105:133:0:0:106:134:0:0 chr17 73723239 . G A 289.2 PASS AF=0.511811;AO=65;DP=127;FAO=65;FDP=127;FR=.;FRO=62;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.0139912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.884;QD=9.10864;RBI=0.0380435;REFB=-0.015855;REVB=-0.0353773;RO=62;SAF=35;SAR=30;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885904;STB=0.504877;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0141841;OID=.;OPOS=73723239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:62:62:65:65:0.511811:30:35:34:28:30:35:34:28 chr17 73725298 . C T 672.8 PASS AF=0.477273;AO=168;DP=352;FAO=168;FDP=352;FR=.;FRO=184;FSAF=77;FSAR=91;FSRF=93;FSRR=91;FWDB=-0.00274689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.619;QD=7.64552;RBI=0.0218157;REFB=-0.0220726;REVB=-0.021642;RO=182;SAF=77;SAR=91;SRF=93;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499138;STB=0.524688;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0119561;OID=.;OPOS=73725298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:352:352:182:184:168:168:0.477273:91:77:93:89:91:77:93:91 chr17 73725301 . C T 664.09 PASS AF=0.474432;AO=167;DP=352;FAO=167;FDP=352;FR=.;FRO=185;FSAF=77;FSAR=90;FSRF=93;FSRR=92;FWDB=-0.0326197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.114;QD=7.54646;RBI=0.0360354;REFB=-0.00357075;REVB=0.0153136;RO=184;SAF=77;SAR=90;SRF=93;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423576;STB=0.521932;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00251685;OID=.;OPOS=73725301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:352:352:184:185:167:167:0.474432:90:77:93:91:90:77:93:92 chr17 73725304 . C G 664.09 PASS AF=0.474432;AO=167;DP=352;FAO=167;FDP=352;FR=.;FRO=185;FSAF=77;FSAR=90;FSRF=93;FSRR=92;FWDB=-0.0560014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.884;QD=7.54645;RBI=0.0723571;REFB=-0.00604162;REVB=-0.0458191;RO=184;SAF=77;SAR=90;SRF=93;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423576;STB=0.521932;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00549774;OID=.;OPOS=73725304;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:352:352:184:185:167:167:0.474432:90:77:93:91:90:77:93:92 chr17 73746146 . T C 675.18 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0296656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.729;QD=36.4961;RBI=0.0316998;REFB=-0.0296881;REVB=0.0111727;RO=0;SAF=49;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41374e-08;STB=0.510201;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000369537;OID=.;OPOS=73746146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:74:74:0:1:73:73:0.986486:24:49:0:0:24:49:0:1 chr17 73746370 . T C 196.89 PASS AF=0.680851;AO=32;DP=46;FAO=32;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00340604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.491;QD=16.7565;RBI=0.0198571;REFB=-0.0123033;REVB=-0.0195628;RO=14;SAF=18;SAR=14;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872644;STB=0.534039;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00634683;OID=.;OPOS=73746370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:46:47:14:15:32:32:0.680851:14:18:10:4:14:18:10:5 chr17 73746427 . A G 626.54 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0579597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3505;QD=36.8552;RBI=0.0610654;REFB=-0.0427642;REVB=0.0192264;RO=1;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122746;STB=0.506492;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00777736;OID=.;OPOS=73746427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:68:68:1:1:67:67:0.985294:38:29:0:1:38:29:0:1 chr17 73750859 . C G 364.45 PASS AF=0.436681;AO=100;DP=229;FAO=100;FDP=229;FR=.;FRO=129;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=74;FSRR=55;FWDB=-0.0497453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.054;QD=6.36602;RBI=0.0554319;REFB=-0.00930608;REVB=-0.0244561;RO=127;SAF=51;SAR=49;SRF=74;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073381;STB=0.53591;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.009889;OID=.;OPOS=73750859;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:127:129:100:100:0.436681:49:51:74:53:49:51:74:55 chr17 73751990 . T A 435.67 PASS AF=0.515789;AO=98;DP=192;FAO=98;FDP=190;FR=.;FRO=92;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=53;FSRR=39;FWDB=0.0209643;FXX=0.0104161;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.896;QD=9.17207;RBI=0.0209721;REFB=-0.0143974;REVB=-0.000573522;RO=91;SAF=44;SAR=54;SRF=52;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107428;STB=0.561402;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0108711;OID=.;OPOS=73751990;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:190:91:92:98:98:0.515789:54:44:52:39:54:44:53:39 chr17 73752999 . C G 1289.17 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000209873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9795;QD=38.1977;RBI=0.0848316;REFB=0;REVB=-0.0848313;RO=0;SAF=79;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000384587;OID=.;OPOS=73752999;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:61:135:135:0:0:135:135:1:56:79:0:0:56:79:0:0 chr17 73753503 . T C 363.95 PASS AF=0.47619;AO=89;DP=188;FAO=90;FDP=189;FR=.;FRO=99;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=67;FSRR=32;FWDB=0.026686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.661;QD=7.70269;RBI=0.0449251;REFB=-0.0116457;REVB=0.0361403;RO=99;SAF=51;SAR=38;SRF=67;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102965;STB=0.559637;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0135693;OID=.;OPOS=73753503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:99:99:89:90:0.47619:38:51:67:32:39:51:67:32 chr17 73753661 . C T 230.51 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=118;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=2;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=62;FWDB=0.0570642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.806;QD=7.81377;RBI=0.0606091;REFB=-0.00410059;REVB=0.0204239;RO=62;SAF=2;SAR=54;SRF=0;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340386;STB=0.68231;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00267953;OID=.;OPOS=73753661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:62:56:56:0.474576:54:2:0:62:54:2:0:62 chr17 78013724 . G C 844.54 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5454;QD=38.3881;RBI=0.0487723;REFB=0;REVB=-0.0107021;RO=0;SAF=75;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221578;OID=.;OPOS=78013724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:40:88:88:0:0:88:88:1:13:75:0:0:13:75:0:0 chr17 78055757 . CT TG 314.32 PASS AF=0.417431;AO=90;DP=219;FAO=91;FDP=218;FR=.;FRO=127;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=76;FSRR=51;FWDB=0.0151935;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=2;MLLD=199.669;QD=5.76741;RBI=0.0458035;REFB=-0.00643953;REVB=0.0432101;RO=127;SAF=42;SAR=48;SRF=76;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137255;STB=0.57296;STBP=0.082;TYPE=mnp;VARB=0.0109022;OID=.;OPOS=78055757;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:218:127:127:90:91:0.417431:48:42:76:51:48:43:76:51 chr17 78058432 . G A 319.42 PASS AF=0.48125;AO=77;DP=160;FAO=77;FDP=160;FR=.;FRO=83;FSAF=71;FSAR=6;FSRF=75;FSRR=8;FWDB=0.0149882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.061;QD=7.98551;RBI=0.0152888;REFB=-0.00264257;REVB=0.00301706;RO=83;SAF=71;SAR=6;SRF=75;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056821;STB=0.531542;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00298408;OID=.;OPOS=78058432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:83:83:77:77:0.48125:6:71:75:8:6:71:75:8 chr17 78061353 . G A 502.2 PASS AF=0.464029;AO=129;DP=278;FAO=129;FDP=278;FR=.;FRO=149;FSAF=83;FSAR=46;FSRF=99;FSRR=50;FWDB=0.0983373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.225;QD=7.22588;RBI=0.1279;REFB=0.0192505;REVB=0.0817821;RO=149;SAF=83;SAR=46;SRF=99;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224051;STB=0.51236;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.0225684;OID=.;OPOS=78061353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:278:149:149:129:129:0.464029:46:83:99:50:46:83:99:50 chr17 78071052 . T C 1074.65 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0656444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.878;QD=38.0406;RBI=0.0695116;REFB=0;REVB=0.0228621;RO=0;SAF=45;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012488;OID=.;OPOS=78071052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:51:113:113:0:0:113:113:1:68:45:0:0:68:45:0:0 chr17 78073355 . A G 558.17 PASS AF=0.468852;AO=143;DP=306;FAO=143;FDP=305;FR=.;FRO=162;FSAF=49;FSAR=94;FSRF=59;FSRR=103;FWDB=0.0127602;FXX=0.00326787;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5764;QD=7.32025;RBI=0.0463211;REFB=-0.03544;REVB=-0.0445289;RO=162;SAF=49;SAR=94;SRF=59;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228336;STB=0.512596;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0397766;OID=.;OPOS=78073355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:306:305:162:162:143:143:0.468852:94:49:59:103:94:49:59:103 chr17 78073562 . A G 319.51 PASS AF=0.539062;AO=66;DP=125;FAO=69;FDP=128;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.032048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.714;QD=9.98474;RBI=0.0323933;REFB=-0.0193987;REVB=0.00471735;RO=59;SAF=32;SAR=34;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020309;STB=0.513932;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0145613;OID=.;OPOS=78073562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:128:59:59:66:69:0.539062:34:32:30:29:36:33:30:29 chr17 78073589 . T C 325.38 PASS AF=0.539062;AO=69;DP=128;FAO=69;FDP=128;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0159041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.66;QD=10.1682;RBI=0.0413166;REFB=-0.00425385;REVB=0.038133;RO=59;SAF=33;SAR=36;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254268;STB=0.513932;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00359028;OID=.;OPOS=78073589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:59:59:69:69:0.539062:36:33:30:29:36:33:30:29 chr17 78078709 . T C 796.93 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=320.254;QD=37.9489;RBI=0.0140116;REFB=0;REVB=0.00118819;RO=0;SAF=22;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49814e-05;OID=.;OPOS=78078709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:38:84:84:0:0:84:84:1:62:22:0:0:62:22:0:0 chr17 78079544 . C G 2685.92 PASS AF=1;AO=279;DP=279;FAO=279;FDP=279;FR=.;FRO=0;FSAF=155;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.859;QD=38.5078;RBI=0.117584;REFB=0;REVB=0.00164728;RO=0;SAF=155;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155298;OID=.;OPOS=78079544;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:279:279:0:0:279:279:1:124:155:0:0:124:155:0:0 chr17 78079597 . A G 2648.84 PASS AF=1;AO=276;DP=276;FAO=276;FDP=276;FR=.;FRO=0;FSAF=146;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.175;QD=38.389;RBI=0.0789488;REFB=0;REVB=0.0773997;RO=0;SAF=146;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.47418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158999;OID=.;OPOS=78079597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:276:276:0:0:276:276:1:130:146:0:0:130:146:0:0 chr17 78079643 . C T 549.92 PASS AF=0.490706;AO=132;DP=269;FAO=132;FDP=269;FR=.;FRO=137;FSAF=69;FSAR=63;FSRF=70;FSRR=67;FWDB=0.00404749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=333.656;QD=8.17728;RBI=0.00591231;REFB=-0.00561217;REVB=0.00430967;RO=136;SAF=69;SAR=63;SRF=70;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0074235;STB=0.506007;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00597013;OID=.;OPOS=78079643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:269:269:136:137:132:132:0.490706:63:69:70:66:63:69:70:67 chr17 78079669 . G A 2300.9 PASS AF=1;AO=239;DP=239;FAO=239;FDP=239;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=133;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.211;QD=38.5088;RBI=0.0244705;REFB=0;REVB=-0.00548138;RO=0;SAF=106;SAR=133;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00796e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01555e-05;OID=.;OPOS=78079669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:239:239:0:0:239:239:1:133:106:0:0:133:106:0:0 chr17 78081526 . A AGCAGCGG 1779.39 PASS AF=0.890688;AO=215;DP=250;FAO=220;FDP=247;FR=.;FRO=27;FSAF=219;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0175562;FXX=0.0119995;HRUN=1;LEN=7;MLLD=294.704;QD=28.816;RBI=0.128766;REFB=-0.0162064;REVB=-0.127563;RO=27;SAF=214;SAR=1;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.734231;STB=0.902285;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.00143745;OID=.;OPOS=78081527;OREF=-;OALT=GCAGCGG;OMAPALT=AGCAGCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.890688:215:250:220:247:27:219:1:18:9:3:27:214:1:18:9 chr17 78081550 . CT C,CC 2992.22 PASS AF=1,0;AO=209,96;DP=313;FAO=313,0;FDP=313;FR=.;FRO=0;FSAF=231,0;FSAR=82,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0726314,0.0265755;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.065,108.699;QD=38.2393;RBI=0.0774373,0.447344;REFB=0,0;REVB=-0.0268552,-0.446554;RO=0;SAF=209,20;SAR=0,76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.43931e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000126601,0;OID=.,.;OPOS=78081551,78081551;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:209,96:313:313,0:313:0:231,0:82,0:0:0:99:0:209,20:0,76:0:0 chr17 78081707 . G A 1608.37 PASS AF=1;AO=170;DP=171;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0022256;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.787;QD=37.844;RBI=0.0694842;REFB=-0.0649372;REVB=0.0694486;RO=0;SAF=93;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194133;OID=.;OPOS=78081707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:69:171:170:0:0:170:170:1:77:93:0:0:77:93:0:0 chr17 78082504 . G A 2987.45 PASS AF=1;AO=306;DP=308;FAO=310;FDP=310;FR=.;FRO=0;FSAF=145;FSAR=165;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.307;QD=38.5478;RBI=0.0301586;REFB=0;REVB=0.0190749;RO=0;SAF=143;SAR=163;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.59659e-06;OID=.;OPOS=78082504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:308:310:0:0:306:310:1:163:143:0:0:165:145:0:0 chr17 78084507 . G C 769.12 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.208;QD=37.9812;RBI=0.0414277;REFB=0;REVB=0.0078452;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56777e-05;OID=.;OPOS=78084507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:37:81:81:0:0:81:81:1:42:39:0:0:42:39:0:0 chr17 78084688 . C A 891.88 PASS AF=0.929204;AO=105;DP=113;FAO=105;FDP=113;FR=.;FRO=8;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.00469746;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.192;QD=31.571;RBI=0.0131147;REFB=-0.271639;REVB=0.0122446;RO=8;SAF=54;SAR=51;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688391;STB=0.536357;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00147703;OID=.;OPOS=78084688;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:8:8:105:105:0.929204:51:54:0:8:51:54:0:8 chr17 78084769 . G A 845.79 PASS AF=0.5;AO=250;DP=500;FAO=200;FDP=400;FR=.;FRO=200;FSAF=100;FSAR=100;FSRF=104;FSRR=96;FWDB=-0.0348098;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.417;QD=8.45793;RBI=0.0380996;REFB=-0.0124056;REVB=-0.0154873;RO=250;SAF=126;SAR=124;SRF=133;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025599;STB=0.509999;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0120102;OID=.;OPOS=78084769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:500:400:250:200:250:200:0.5:124:126:133:117:100:100:104:96 chr17 78086846 . A G 481.19 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.752;QD=37.7406;RBI=0.121884;REFB=0;REVB=0.121165;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000603477;OID=.;OPOS=78086846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:51:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chr17 78087109 . A G 196.9 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-8.43291e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.308;QD=11.2514;RBI=0.0367858;REFB=-0.0429126;REVB=0.0367857;RO=31;SAF=17;SAR=22;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907003;STB=0.549974;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0419202;OID=.;OPOS=78087109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:22:17:17:14:22:17:17:14 chr17 78090928 . G A 2384.63 PASS AF=1;AO=248;DP=248;FAO=248;FDP=248;FR=.;FRO=0;FSAF=118;FSAR=130;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.136;QD=38.4618;RBI=0.0475431;REFB=0;REVB=0.029406;RO=0;SAF=118;SAR=130;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54432e-05;OID=.;OPOS=78090928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:248:248:0:0:248:248:1:130:118:0:0:130:118:0:0 chr17 78091405 . G A 1987.23 PASS AF=1;AO=207;DP=207;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.257;QD=38.4007;RBI=0.023102;REFB=0;REVB=0.00923654;RO=0;SAF=100;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95742e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.7355e-06;OID=.;OPOS=78091405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:94:207:207:0:0:207:207:1:107:100:0:0:107:100:0:0 chr17 78092063 . G A 1385.63 PASS AF=1;AO=146;DP=148;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248522;FXX=0.0135126;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.916;QD=37.9624;RBI=0.0376557;REFB=-0.083537;REVB=0.02829;RO=0;SAF=81;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00316e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79265e-05;OID=.;OPOS=78092063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:58:148:146:0:0:146:146:1:65:81:0:0:65:81:0:0 chr17 79504083 . G A 326.92 PASS AF=0.588785;AO=63;DP=101;FAO=63;FDP=107;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=45;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0195382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.92;QD=12.2215;RBI=0.086396;REFB=-0.00672935;REVB=-0.0841577;RO=38;SAF=18;SAR=45;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185799;STB=0.579242;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0049333;OID=.;OPOS=79504083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:107:38:44:63:63:0.588785:45:18:20:18:45:18:20:24 chr18 21113285 . T C 2662.36 PASS AF=1;AO=276;DP=278;FAO=277;FDP=277;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283311;FXX=0.0071682;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.641;QD=38.4456;RBI=0.0294097;REFB=0;REVB=-0.00789148;RO=0;SAF=133;SAR=143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46501e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99285e-06;OID=.;OPOS=21113285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:278:277:0:0:276:277:1:143:133:0:0:143:134:0:0 chr18 21119291 . A G 1972.5 PASS AF=1;AO=203;DP=205;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0907228;FXX=0.0191378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.464;QD=38.4878;RBI=0.0923983;REFB=0;REVB=0.0175161;RO=0;SAF=90;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16276e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.011e-05;OID=.;OPOS=21119291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:93:205:205:0:0:203:205:1:113:90:0:0:114:91:0:0 chr18 21119777 . G A 3299.88 PASS AF=1;AO=345;DP=346;FAO=345;FDP=345;FR=.;FRO=0;FSAF=187;FSAR=158;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0618508;FXX=0.00862044;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.797;QD=38.2595;RBI=0.0619234;REFB=-0.0161812;REVB=0.00299622;RO=1;SAF=187;SAR=158;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00301006;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12328e-05;OID=.;OPOS=21119777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:346:345:1:0:345:345:1:158:187:0:1:158:187:0:0 chr18 21120035 . T C 2049.94 PASS AF=1;AO=214;DP=214;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0747901;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.943;QD=38.3166;RBI=0.0855161;REFB=0;REVB=0.041466;RO=0;SAF=103;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143792;OID=.;OPOS=21120035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:97:214:214:0:0:214:214:1:111:103:0:0:111:103:0:0 chr18 21120444 . T C 1247.73 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.139823;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.407;QD=38.0987;RBI=0.140509;REFB=0;REVB=0.0138658;RO=0;SAF=7;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000768995;OID=.;OPOS=21120444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:59:132:131:0:0:131:131:1:124:7:0:0:124:7:0:0 chr18 21124945 . C G 1249.82 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=128;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4626;QD=38.1624;RBI=0.0467105;REFB=0;REVB=0.0348623;RO=0;SAF=3;SAR=128;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82222e-05;OID=.;OPOS=21124945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:59:131:131:0:0:131:131:1:128:3:0:0:128:3:0:0 chr18 21140432 . T C 1434.58 PASS AF=1;AO=149;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.712;QD=38.5121;RBI=0.0171969;REFB=0;REVB=-0.00539253;RO=0;SAF=71;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03918e-05;OID=.;OPOS=21140432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:67:149:149:0:0:149:149:1:78:71:0:0:78:71:0:0 chr18 28666526 . T TTAA 3396.91 PASS AF=1;AO=344;DP=366;FAO=355;FDP=355;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=211;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460043;FXX=0.0273965;HRUN=2;LEN=3;MLLD=333.089;QD=38.2751;RBI=0.0465258;REFB=0;REVB=0.00694657;RO=9;SAF=144;SAR=200;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015396;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.15792e-05;OID=.;OPOS=28666527;OREF=-;OALT=TAA;OMAPALT=TTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:344:366:355:355:0:144:211:0:0:99:9:144:200:1:8 chr18 28669664 . CTTAA C 428.58 PASS AF=0.469828;AO=107;DP=237;FAO=109;FDP=232;FR=.;FRO=123;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=55;FSRR=68;FWDB=-0.00239261;FXX=0.0210962;HRUN=2;LEN=4;MLLD=235.175;QD=7.38926;RBI=0.0097795;REFB=-0.0121079;REVB=-0.0094823;RO=120;SAF=41;SAR=66;SRF=52;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500975;STB=0.52372;STBP=0.505;TYPE=del;VARB=0.0128646;OID=.;OPOS=28669665;OREF=TTAA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.469828:107:237:109:232:123:44:65:55:68:99:120:41:66:52:68 chr18 29078333 . C G 415.66 PASS AF=0.532544;AO=90;DP=169;FAO=90;FDP=169;FR=.;FRO=79;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=49;FSRR=30;FWDB=-0.0189755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2644;QD=9.83818;RBI=0.0626499;REFB=0.0254082;REVB=0.0597071;RO=79;SAF=47;SAR=43;SRF=49;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843428;STB=0.546094;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.0207479;OID=.;OPOS=29078333;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:79:79:90:90:0.532544:43:47:49:30:43:47:49:30 chr18 29104564 . C A 763.09 PASS AF=0.478589;AO=275;DP=566;FAO=190;FDP=397;FR=.;FRO=207;FSAF=103;FSAR=87;FSRF=127;FSRR=80;FWDB=0.0209734;FXX=0.00749981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3602;QD=7.68855;RBI=0.0617344;REFB=-0.0211918;REVB=-0.0580625;RO=289;SAF=143;SAR=132;SRF=174;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771845;STB=0.53774;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0245455;OID=.;OPOS=29104564;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:566:397:289:207:275:190:0.478589:132:143:174:115:87:103:127:80 chr18 29122799 . G A 724.31 PASS AF=0.51227;AO=163;DP=322;FAO=167;FDP=326;FR=.;FRO=159;FSAF=74;FSAR=93;FSRF=81;FSRR=78;FWDB=-0.00747743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.209;QD=8.88719;RBI=0.0197341;REFB=-0.0104277;REVB=-0.0182626;RO=157;SAF=73;SAR=90;SRF=81;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612662;STB=0.532524;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00938322;OID=.;OPOS=29122799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:326:157:159:163:167:0.51227:90:73:81:76:93:74:81:78 chr18 29126670 . T C 864.23 PASS AF=0.505;AO=205;DP=404;FAO=202;FDP=400;FR=.;FRO=198;FSAF=132;FSAR=70;FSRF=138;FSRR=60;FWDB=-0.012873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=367.156;QD=8.64228;RBI=0.0129031;REFB=-0.00942512;REVB=0.000881083;RO=197;SAF=135;SAR=70;SRF=137;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372973;STB=0.524124;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00896854;OID=.;OPOS=29126670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:404:400:197:198:205:202:0.505:70:135:137:60:70:132:138:60 chr18 77440128 . T G 98.24 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0649017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.031;QD=10.3411;RBI=0.0652173;REFB=-0.0190971;REVB=-0.00640862;RO=18;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110265;STB=0.561738;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0201761;OID=.;OPOS=77440128;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:38:38:18:18:20:20:0.526316:12:8:5:13:12:8:5:13 chr18 77473127 . C T 438.84 PASS AF=0.468354;AO=111;DP=237;FAO=111;FDP=237;FR=.;FRO=126;FSAF=60;FSAR=51;FSRF=61;FSRR=65;FWDB=-0.012547;FXX=0.0042015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2013;QD=7.40649;RBI=0.0260535;REFB=-0.0274356;REVB=-0.0228333;RO=126;SAF=60;SAR=51;SRF=61;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543983;STB=0.530038;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0369754;OID=.;OPOS=77473127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:126:126:111:111:0.468354:51:60:61:65:51:60:61:65 chr18 77477515 . C T 1066.1 PASS AF=0.913669;AO=127;DP=139;FAO=127;FDP=139;FR=.;FRO=12;FSAF=51;FSAR=76;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0345398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.38;QD=30.6791;RBI=0.035139;REFB=-0.0596219;REVB=0.00646158;RO=12;SAF=51;SAR=76;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166783;STB=0.508808;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00514383;OID=.;OPOS=77477515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:139:139:12:12:127:127:0.913669:76:51:6:6:76:51:6:6 chr18 77489169 . G A 416.4 PASS AF=0.52907;AO=91;DP=172;FAO=91;FDP=172;FR=.;FRO=81;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=0.0393112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2568;QD=9.68372;RBI=0.0393986;REFB=-0.0521502;REVB=0.00262282;RO=81;SAF=44;SAR=47;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887613;STB=0.504858;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0466668;OID=.;OPOS=77489169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:81:81:91:91:0.52907:47:44:40:41:47:44:40:41 chr18 77496677 . C A 1425 PASS AF=1;AO=148;DP=149;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0860703;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7019;QD=38.5136;RBI=0.107844;REFB=0;REVB=-0.0649781;RO=0;SAF=3;SAR=145;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02887e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.83606e-05;OID=.;OPOS=77496677;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:67:149:148:0:0:148:148:1:145:3:0:0:145:3:0:0 chr18 77513721 . T C 3853.72 PASS AF=1;AO=421;DP=421;FAO=400;FDP=400;FR=.;FRO=0;FSAF=194;FSAR=206;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.716;QD=38.5372;RBI=0.118798;REFB=0;REVB=0.117353;RO=0;SAF=206;SAR=215;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06458e-05;OID=.;OPOS=77513721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:421:400:0:0:421:400:1:215:206:0:0:206:194:0:0 chr19 10909071 . A C 77.55 PASS AF=0.403846;AO=20;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.0235073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.088;QD=5.96521;RBI=0.0260644;REFB=0.0026486;REVB=0.0112587;RO=25;SAF=20;SAR=0;SRF=0;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.88793;STB=0.948324;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00596015;OID=.;OPOS=10909071;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:52:52:25:31:20:21:0.403846:0:20:0:25:1:20:7:24 chr19 10916684 . C T 560.48 PASS AF=0.554502;AO=117;DP=214;FAO=117;FDP=211;FR=.;FRO=94;FSAF=54;FSAR=63;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=-0.0162305;FXX=0.0231471;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.384;QD=10.6252;RBI=0.0163666;REFB=-0.0133017;REVB=0.00210608;RO=94;SAF=54;SAR=63;SRF=38;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473602;STB=0.525769;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0112297;OID=.;OPOS=10916684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:211:94:94:117:117:0.554502:63:54:38:56:63:54:38:56 chr19 10939792 . T C 224.61 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=0;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=40;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8552;QD=10.327;RBI=0.0338371;REFB=-0.00596472;REVB=0.0338371;RO=40;SAF=0;SAR=47;SRF=0;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00550922;OID=.;OPOS=10939792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:40:47:47:0.54023:47:0:0:40:47:0:0:40 chr19 16591464 . G A 2468.51 PASS AF=1;AO=257;DP=257;FAO=257;FDP=257;FR=.;FRO=0;FSAF=151;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.574;QD=38.4205;RBI=0.01502;REFB=0;REVB=-0.00609608;RO=0;SAF=151;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35867e-05;OID=.;OPOS=16591464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:257:257:0:0:257:257:1:106:151:0:0:106:151:0:0 chr19 16593415 . G A 1442.2 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301982;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.634;QD=38.2041;RBI=0.032534;REFB=0;REVB=-0.0121048;RO=0;SAF=87;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34165e-05;OID=.;OPOS=16593415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:68:151:151:0:0:151:151:1:64:87:0:0:64:87:0:0 chr19 16601154 . T C 2508.15 PASS AF=1;AO=262;DP=262;FAO=262;FDP=262;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00420624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=315.92;QD=38.2924;RBI=0.0223503;REFB=0;REVB=0.021951;RO=0;SAF=139;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35458e-05;OID=.;OPOS=16601154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:262:262:0:0:262:262:1:123:139:0:0:123:139:0:0 chr19 16601194 . C T 2500.67 PASS AF=1;AO=261;DP=261;FAO=261;FDP=261;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6717;QD=38.3244;RBI=0.0236778;REFB=0;REVB=0.0206364;RO=0;SAF=137;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99647e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010497;OID=.;OPOS=16601194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:261:261:0:0:261:261:1:124:137:0:0:124:137:0:0 chr19 16606742 . G C 2299.73 PASS AF=1;AO=239;DP=239;FAO=240;FDP=240;FR=.;FRO=0;FSAF=139;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00675673;FXX=0.00414921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9394;QD=38.3288;RBI=0.123945;REFB=0;REVB=0.12376;RO=0;SAF=138;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04249e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482147;OID=.;OPOS=16606742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:239:240:0:0:239:240:1:101:138:0:0:101:139:0:0 chr19 16606766 . G C 2348.15 PASS AF=1;AO=245;DP=245;FAO=245;FDP=245;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.154;QD=38.3371;RBI=0.11421;REFB=0;REVB=0.109588;RO=0;SAF=137;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043291;OID=.;OPOS=16606766;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:245:245:0:0:245:245:1:108:137:0:0:108:137:0:0 chr19 35521779 . G T 52.85 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0244379;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=275.342;QD=17.6151;RBI=0.0244379;REFB=-0.0318573;REVB=0;RO=4;SAF=8;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00943909;OID=.;OPOS=35521779;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:12:12:4:4:8:8:0.666667:0:8:4:0:0:8:4:0 chr19 35524824 . T C 332.18 PASS AF=0.44898;AO=88;DP=196;FAO=88;FDP=196;FR=.;FRO=108;FSAF=29;FSAR=59;FSRF=42;FSRR=66;FWDB=0.024498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.734;QD=6.77913;RBI=0.0411511;REFB=-0.0266006;REVB=0.0330645;RO=108;SAF=29;SAR=59;SRF=42;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648651;STB=0.536081;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.032604;OID=.;OPOS=35524824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:108:108:88:88:0.44898:59:29:42:66:59:29:42:66 chr19 38935280 . A G 1161.47 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353864;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1104;QD=38.081;RBI=0.0450857;REFB=0;REVB=0.0279378;RO=0;SAF=86;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335443;OID=.;OPOS=38935280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:55:123:122:0:0:123:122:1:37:86:0:0:36:86:0:0 chr19 38935357 . A C 95.53 PASS AF=0.525;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=0;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=19;FWDB=0;FXX=0.0908884;HRUN=4;LEN=1;MLLD=33.1963;QD=9.55311;RBI=0.00493083;REFB=-0.169203;REVB=-0.00493083;RO=22;SAF=0;SAR=21;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.804233;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0243231;OID=.;OPOS=38935357;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:43:40:22:19:21:21:0.525:21:0:3:19:21:0:0:19 chr19 38939408 . T C 2552.58 PASS AF=1;AO=266;DP=266;FAO=266;FDP=266;FR=.;FRO=0;FSAF=152;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.564;QD=38.3847;RBI=0.0596851;REFB=0;REVB=-0.000524925;RO=0;SAF=152;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32263e-05;OID=.;OPOS=38939408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:266:266:0:0:266:266:1:114:152:0:0:114:152:0:0 chr19 38939505 . T C 1229.55 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0049456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=397.543;QD=38.4236;RBI=0.0155593;REFB=0;REVB=0.0147524;RO=0;SAF=66;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38654e-05;OID=.;OPOS=38939505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:58:128:128:0:0:128:128:1:62:66:0:0:62:66:0:0 chr19 38943728 . G A 902.69 PASS AF=1;AO=96;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0026358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.2576;QD=33.4328;RBI=0.254369;REFB=-0.0496082;REVB=0.254355;RO=11;SAF=60;SAR=36;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125019;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0180485;OID=.;OPOS=38943728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:35:108:108:11:0:96:108:1:36:60:0:11:48:60:0:0 chr19 38945851 . T C 1313.47 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.674;QD=38.3494;RBI=0.0515474;REFB=0;REVB=0.0487017;RO=0;SAF=87;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84035e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9917e-05;OID=.;OPOS=38945851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:62:137:137:0:0:137:137:1:50:87:0:0:50:87:0:0 chr19 38946182 . G A 1714.77 PASS AF=1;AO=175;DP=181;FAO=181;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230185;FXX=0.0216205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.827;QD=37.8955;RBI=0.0650019;REFB=-0.0325396;REVB=0.0607898;RO=1;SAF=115;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0041216;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203249;OID=.;OPOS=38946182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:73:181:181:1:0:175:181:1:60:115:1:0:66:115:0:0 chr19 38946215 . G C 1913.17 PASS AF=1;AO=202;DP=203;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357044;FXX=0.00492587;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.198;QD=37.8845;RBI=0.0762964;REFB=-0.0216125;REVB=0.0674265;RO=1;SAF=115;SAR=87;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00412399;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219721;OID=.;OPOS=38946215;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:82:203:202:1:0:202:202:1:87:115:1:0:87:115:0:0 chr19 38949729 . T G 3334.82 PASS AF=1;AO=347;DP=347;FAO=347;FDP=347;FR=.;FRO=0;FSAF=220;FSAR=127;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0083834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.5267;QD=38.4417;RBI=0.00914324;REFB=0;REVB=-0.00364932;RO=0;SAF=220;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04449e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.59055e-06;OID=.;OPOS=38949729;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:347:347:0:0:347:347:1:127:220:0:0:127:220:0:0 chr19 38949904 . C T 3674.83 PASS AF=1;AO=577;DP=587;FAO=394;FDP=394;FR=.;FRO=0;FSAF=226;FSAR=168;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00559693;FXX=0.0149996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=73.4312;QD=37.3079;RBI=0.00617738;REFB=-0.16882;REVB=-0.00261426;RO=5;SAF=318;SAR=259;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00412819;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000831901;OID=.;OPOS=38949904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:587:394:5:0:577:394:1:259:318:4:1:168:226:0:0 chr19 38956803 . G A 396.83 PASS AF=0.465438;AO=101;DP=217;FAO=101;FDP=217;FR=.;FRO=116;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=47;FSRR=69;FWDB=0.0494744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.161;QD=7.31485;RBI=0.0532241;REFB=0.0145828;REVB=-0.0196238;RO=113;SAF=55;SAR=46;SRF=44;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147569;STB=0.574098;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.0161709;OID=.;OPOS=38956803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:113:116:101:101:0.465438:46:55:44:69:46:55:47:69 chr19 38956839 . C T 552.04 PASS AF=0.535714;AO=120;DP=224;FAO=120;FDP=224;FR=.;FRO=104;FSAF=44;FSAR=76;FSRF=55;FSRR=49;FWDB=-0.0493344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.055;QD=9.85782;RBI=0.0549414;REFB=-0.0243907;REVB=-0.0241801;RO=104;SAF=44;SAR=76;SRF=55;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142139;STB=0.57769;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0227911;OID=.;OPOS=38956839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:104:104:120:120:0.535714:76:44:55:49:76:44:55:49 chr19 38959680 . C T 647.3 PASS AF=0.503333;AO=151;DP=300;FAO=151;FDP=300;FR=.;FRO=149;FSAF=33;FSAR=118;FSRF=39;FSRR=110;FWDB=-0.0269152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.664;QD=8.63063;RBI=0.0315592;REFB=0.00430009;REVB=0.0164791;RO=149;SAF=33;SAR=118;SRF=39;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552201;STB=0.530333;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.00472786;OID=.;OPOS=38959680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:300:149:149:151:151:0.503333:118:33:39:110:118:33:39:110 chr19 39077253 . G T 348.63 PASS AF=0.45098;AO=92;DP=204;FAO=92;FDP=204;FR=.;FRO=112;FSAF=59;FSAR=33;FSRF=74;FSRR=38;FWDB=0.0407261;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2836;QD=6.83588;RBI=0.0635097;REFB=0.0204573;REVB=-0.0487326;RO=112;SAF=59;SAR=33;SRF=74;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210254;STB=0.511655;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.0222039;OID=.;OPOS=39077253;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:112:112:92:92:0.45098:33:59:74:38:33:59:74:38 chr19 41919944 . A C 1074.65 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.876;QD=38.0406;RBI=0.0342168;REFB=0;REVB=-0.0216591;RO=0;SAF=42;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.03664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34097e-06;OID=.;OPOS=41919944;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:51:113:113:0:0:113:113:1:71:42:0:0:71:42:0:0 chr19 41920030 . C T 376.12 PASS AF=0.463768;AO=96;DP=207;FAO=96;FDP=207;FR=.;FRO=111;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=54;FSRR=57;FWDB=-0.0185847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8717;QD=7.26807;RBI=0.077596;REFB=-0.0297048;REVB=-0.0753375;RO=111;SAF=51;SAR=45;SRF=54;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434212;STB=0.52402;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0336188;OID=.;OPOS=41920030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:111:111:96:96:0.463768:45:51:54:57:45:51:54:57 chr19 41928652 . C T 3310.65 PASS AF=1;AO=345;DP=345;FAO=345;FDP=345;FR=.;FRO=0;FSAF=200;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00623131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9726;QD=38.3843;RBI=0.00623187;REFB=0;REVB=-8.34461e-05;RO=0;SAF=200;SAR=145;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.86619e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21062e-05;OID=.;OPOS=41928652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:345:345:0:0:345:345:1:145:200:0:0:145:200:0:0 chr19 41928701 . C T 2771.64 PASS AF=0.968354;AO=305;DP=315;FAO=306;FDP=316;FR=.;FRO=10;FSAF=154;FSAR=152;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0262669;FXX=0.0276915;HRUN=5;LEN=1;MLLD=319.443;QD=35.084;RBI=0.0263939;REFB=-0.0330158;REVB=0.00258669;RO=7;SAF=153;SAR=152;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152054;STB=0.512557;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.000157591;OID=.;OPOS=41928701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:63:315:316:7:10:305:306:0.968354:152:153:6:1:152:154:9:1 chr19 41928724 . G A 1749.66 PASS AF=1;AO=183;DP=184;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=152;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0075394;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.599;QD=38.2439;RBI=0.0317808;REFB=0;REVB=0.0308736;RO=0;SAF=31;SAR=152;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92352e-05;OID=.;OPOS=41928724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:83:184:183:0:0:183:183:1:152:31:0:0:152:31:0:0 chr19 41930396 . A G 1838.41 PASS AF=1;AO=192;DP=195;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.247097;FXX=0.0153838;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.733;QD=38.3001;RBI=0.250593;REFB=0;REVB=0.0417085;RO=0;SAF=80;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.72192e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000605126;OID=.;OPOS=41930396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:87:195:192:0:0:192:192:1:112:80:0:0:112:80:0:0 chr19 42373298 . G A 252.49 PASS AF=0.568182;AO=50;DP=88;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=4;FWDB=0.0147888;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=274.942;QD=11.4767;RBI=0.0201563;REFB=0.00342603;REVB=0.0136955;RO=38;SAF=30;SAR=20;SRF=34;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258314;STB=0.639951;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00327044;OID=.;OPOS=42373298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:38:38:50:50:0.568182:20:30:34:4:20:30:34:4 chr19 46268902 . C T 123.54 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.021084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.365;QD=5.43032;RBI=0.034476;REFB=0.0173014;REVB=-0.0272775;RO=54;SAF=22;SAR=14;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157885;STB=0.584625;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.0269699;OID=.;OPOS=46268902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:55:36:36:0.395604:14:22:25:29:14:22:26:29 chr19 46269076 . G A 348.71 PASS AF=0.485549;AO=84;DP=173;FAO=84;FDP=173;FR=.;FRO=89;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=52;FSRR=37;FWDB=0.0296311;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.665;QD=8.06272;RBI=0.0344888;REFB=-0.0299261;REVB=0.0176487;RO=89;SAF=41;SAR=43;SRF=52;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895871;STB=0.549377;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0313438;OID=.;OPOS=46269076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:89:89:84:84:0.485549:43:41:52:37:43:41:52:37 chr19 46269313 . G C 3420.31 PASS AF=0.957393;AO=450;DP=471;FAO=382;FDP=399;FR=.;FRO=17;FSAF=186;FSAR=196;FSRF=0;FSRR=17;FWDB=0.041607;FXX=0.00249994;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.8578;QD=34.2888;RBI=0.041879;REFB=-0.0562487;REVB=0.00476532;RO=3;SAF=222;SAR=228;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00623908;STB=0.520781;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000773603;OID=.;OPOS=46269313;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:63:471:399:3:17:450:382:0.957393:228:222:0:3:196:186:0:17 chr19 54626054 . T C 566.21 PASS AF=0.532189;AO=124;DP=233;FAO=124;FDP=233;FR=.;FRO=109;FSAF=53;FSAR=71;FSRF=41;FSRR=68;FWDB=-0.0251565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.572;QD=9.72034;RBI=0.0251941;REFB=-0.00952864;REVB=0.00137658;RO=109;SAF=53;SAR=71;SRF=41;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452326;STB=0.524674;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00894397;OID=.;OPOS=54626054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:109:109:124:124:0.532189:71:53:41:68:71:53:41:68 chr19 54627097 . T C 1459.49 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.282;QD=38.1567;RBI=0.0662282;REFB=0;REVB=0.00661545;RO=0;SAF=78;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113791;OID=.;OPOS=54627097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:69:153:153:0:0:153:153:1:75:78:0:0:75:78:0:0 chr19 54627164 . G A 315.59 PASS AF=0.484076;AO=76;DP=157;FAO=76;FDP=157;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=-0.0158678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4189;QD=8.04059;RBI=0.0574018;REFB=-0.018765;REVB=-0.0551651;RO=81;SAF=32;SAR=44;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114639;STB=0.563326;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0187794;OID=.;OPOS=54627164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:81:81:76:76:0.484076:44:32:44:37:44:32:44:37 chr19 54631630 . C T 89.2 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0411016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5635;QD=8.49493;RBI=0.0487578;REFB=-0.0165341;REVB=0.0262293;RO=22;SAF=5;SAR=15;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284768;STB=0.516113;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0173789;OID=.;OPOS=54631630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:42:42:22:22:20:20:0.47619:15:5:5:17:15:5:5:17 chr19 54631880 . T C 532.19 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.598;QD=37.3469;RBI=0.0283243;REFB=0;REVB=-0.0283243;RO=0;SAF=0;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.23571e-05;OID=.;OPOS=54631880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:25:47:57:0:0:47:57:1:47:0:0:0:57:0:0:0 chr19 54632423 . T C 1203.54 PASS AF=0.951389;AO=137;DP=144;FAO=137;FDP=144;FR=.;FRO=7;FSAF=76;FSAR=61;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00876541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7399;QD=33.4318;RBI=0.0355821;REFB=0.0445002;REVB=-0.0344856;RO=7;SAF=76;SAR=61;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283375;STB=0.514925;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.0332536;OID=.;OPOS=54632423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:144:144:7:7:137:137:0.951389:61:76:6:1:61:76:6:1 chr19 55644325 . A C 2432.8 PASS AF=1;AO=252;DP=253;FAO=254;FDP=254;FR=.;FRO=0;FSAF=114;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.118706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.344;QD=38.3118;RBI=0.120909;REFB=0;REVB=0.022976;RO=0;SAF=112;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.41159e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000288826;OID=.;OPOS=55644325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:253:254:0:0:252:254:1:140:112:0:0:140:114:0:0 chr19 55652712 . G C 211.72 PASS AF=0.35;AO=77;DP=220;FAO=77;FDP=220;FR=.;FRO=143;FSAF=12;FSAR=65;FSRF=46;FSRR=97;FWDB=0.00657311;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=332.881;QD=3.84946;RBI=0.0226289;REFB=-0.00151481;REVB=0.0216532;RO=143;SAF=12;SAR=65;SRF=46;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275075;STB=0.659735;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00245879;OID=.;OPOS=55652712;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:143:143:77:77:0.35:65:12:46:97:65:12:46:97 chr19 55653297 . A C 727.83 PASS AF=0.517241;AO=165;DP=319;FAO=165;FDP=319;FR=.;FRO=154;FSAF=68;FSAR=97;FSRF=84;FSRR=70;FWDB=0.0161021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1034;QD=9.12639;RBI=0.0609435;REFB=0.0141614;REVB=0.0587778;RO=154;SAF=68;SAR=97;SRF=84;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118717;STB=0.564896;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0130826;OID=.;OPOS=55653297;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:319:154:154:165:165:0.517241:97:68:84:70:97:68:84:70 chr19 55665584 . A C 2837.88 PASS AF=1;AO=296;DP=297;FAO=297;FDP=297;FR=.;FRO=0;FSAF=166;FSAR=131;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00851233;FXX=0.00335559;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.203;QD=38.2206;RBI=0.0146444;REFB=-0.0289802;REVB=-0.0119163;RO=1;SAF=166;SAR=130;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00365449;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77204e-05;OID=.;OPOS=55665584;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:297:297:1:0:296:297:1:130:166:0:1:131:166:0:0 chr19 55667647 . C A 199.08 PASS AF=0.494624;AO=44;DP=91;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0742331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5154;QD=8.56252;RBI=0.089278;REFB=-0.0231913;REVB=0.0495985;RO=47;SAF=20;SAR=24;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324852;STB=0.505616;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0259001;OID=.;OPOS=55667647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:47:47:44:46:0.494624:24:20:23:24:24:22:23:24 chr20 10620386 . A G 820.91 PASS AF=0.493734;AO=213;DP=433;FAO=197;FDP=399;FR=.;FRO=202;FSAF=112;FSAR=85;FSRF=89;FSRR=113;FWDB=0.0266215;FXX=0.00249994;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.768;QD=8.22969;RBI=0.0272884;REFB=-0.0265454;REVB=-0.00599615;RO=220;SAF=120;SAR=93;SRF=98;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109397;STB=0.564829;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0318598;OID=.;OPOS=10620386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:433:399:220:202:213:197:0.493734:93:120:98:122:85:112:89:113 chr20 10633237 . G A 65.47 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=0;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=32;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=363.463;QD=5.13474;RBI=0.0147664;REFB=-0.00593259;REVB=-0.0147664;RO=32;SAF=0;SAR=19;SRF=0;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0102699;OID=.;OPOS=10633237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:51:51:32:32:19:19:0.372549:19:0:0:32:19:0:0:32 chr20 10639385 . A G 222.1 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.0103211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.721;QD=8.38111;RBI=0.0915585;REFB=-0.0371721;REVB=0.0909749;RO=54;SAF=26;SAR=26;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119375;STB=0.566013;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0381926;OID=.;OPOS=10639385;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:54:52:52:0.490566:26:26:20:34:26:26:20:34 chr20 10653739 . G A 1641.38 PASS AF=1;AO=177;DP=180;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=172;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.044442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8913;QD=38.1717;RBI=0.011133;REFB=0.0166826;REVB=0.011133;RO=1;SAF=0;SAR=177;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.40463e-05;OID=.;OPOS=10653739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:69:180:172:1:0:177:172:1:177:0:0:1:172:0:0:0 chr20 34022387 . A C 55.92 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0231806;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.258;QD=4.56463;RBI=0.0250614;REFB=-0.048085;REVB=0.00952519;RO=32;SAF=1;SAR=16;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.569974;STB=0.851907;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0821615;OID=.;OPOS=34022387;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:49:49:32:32:17:17:0.346939:16:1:12:20:16:1:12:20 chr20 34025756 . A G 434.29 PASS AF=0.427083;AO=123;DP=279;FAO=123;FDP=288;FR=.;FRO=165;FSAF=72;FSAR=51;FSRF=102;FSRR=63;FWDB=0.0175343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.387;QD=6.03182;RBI=0.0411152;REFB=-0.0268808;REVB=-0.0371887;RO=156;SAF=72;SAR=51;SRF=102;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721881;STB=0.519491;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0338372;OID=.;OPOS=34025756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:288:156:165:123:123:0.427083:51:72:102:54:51:72:102:63 chr20 43264927 . C T 766.15 PASS AF=0.86087;AO=99;DP=115;FAO=99;FDP=115;FR=.;FRO=16;FSAF=90;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=0.00225291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=353.5;QD=26.6488;RBI=0.0101648;REFB=0.0382016;REVB=0.00991202;RO=16;SAF=90;SAR=9;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436843;STB=0.735234;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00448648;OID=.;OPOS=43264927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:115:115:16:16:99:99:0.86087:9:90:0:16:9:90:0:16 chr20 50406985 . G A 378.05 PASS AF=0.486631;AO=91;DP=187;FAO=91;FDP=187;FR=.;FRO=96;FSAF=52;FSAR=39;FSRF=55;FSRR=41;FWDB=-0.0273298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.652;QD=8.08663;RBI=0.0363214;REFB=0.0158154;REVB=-0.0239233;RO=96;SAF=52;SAR=39;SRF=55;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00141516;STB=0.50078;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.016106;OID=.;OPOS=50406985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:96:96:91:91:0.486631:39:52:55:41:39:52:55:41 chr20 50407162 . T C 186.75 PASS AF=0.409091;AO=54;DP=132;FAO=54;FDP=132;FR=.;FRO=78;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.0362793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.762;QD=5.65922;RBI=0.053681;REFB=-0.0247267;REVB=-0.0395659;RO=78;SAF=29;SAR=25;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105842;STB=0.559542;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0415042;OID=.;OPOS=50407162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:78:78:54:54:0.409091:25:29:34:44:25:29:34:44 chr20 50407502 . A C 730.57 PASS AF=0.468672;AO=207;DP=440;FAO=187;FDP=399;FR=.;FRO=212;FSAF=107;FSAR=80;FSRF=105;FSRR=107;FWDB=-0.0101816;FXX=0.00249994;HRUN=1;LEN=1;MLLD=411.995;QD=7.324;RBI=0.0202391;REFB=-0.0169332;REVB=0.0174916;RO=232;SAF=120;SAR=87;SRF=115;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815762;STB=0.541233;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0185813;OID=.;OPOS=50407502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:440:399:232:212:207:187:0.468672:87:120:115:117:80:107:105:107 chr20 50407966 . C T 305.65 PASS AF=0.451977;AO=80;DP=177;FAO=80;FDP=177;FR=.;FRO=97;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=57;FSRR=40;FWDB=-0.0273384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5695;QD=6.90729;RBI=0.0320471;REFB=-0.0302294;REVB=0.0167221;RO=97;SAF=45;SAR=35;SRF=57;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025288;STB=0.514035;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0367683;OID=.;OPOS=50407966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:97:97:80:80:0.451977:35:45:57:40:35:45:57:40 chr20 50408482 . A G 1288.75 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=133;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153091;FXX=0.0492923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3981;QD=38.1852;RBI=0.0221562;REFB=0;REVB=0.0160166;RO=0;SAF=133;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.89211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00155383;OID=.;OPOS=50408482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:61:135:135:0:0:135:135:1:2:133:0:0:2:133:0:0 chr21 27326859 . G A 2026.75 PASS AF=0.863492;AO=262;DP=312;FAO=272;FDP=315;FR=.;FRO=43;FSAF=191;FSAR=81;FSRF=7;FSRR=36;FWDB=0.0872886;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.2983;QD=25.7365;RBI=0.0909526;REFB=-0.104443;REVB=0.0255554;RO=49;SAF=186;SAR=76;SRF=12;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156208;STB=0.582174;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0115074;OID=.;OPOS=27326859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:312:315:49:43:262:272:0.863492:76:186:12:37:81:191:7:36 chr21 35821821 . T C 2146.5 PASS AF=1;AO=224;DP=225;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=117;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00743355;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.961;QD=38.3303;RBI=0.00767712;REFB=0;REVB=-0.00191844;RO=0;SAF=117;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32855e-06;OID=.;OPOS=35821821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:225:224:0:0:224:224:1:107:117:0:0:107:117:0:0 chr21 45708277 . C T 861.76 PASS AF=0.508951;AO=210;DP=418;FAO=199;FDP=391;FR=.;FRO=192;FSAF=93;FSAR=106;FSRF=107;FSRR=85;FWDB=-0.0208994;FXX=0.0224994;HRUN=2;LEN=1;MLLD=332.192;QD=8.81593;RBI=0.021863;REFB=0.0121085;REVB=-0.0064192;RO=191;SAF=98;SAR=112;SRF=103;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633987;STB=0.544102;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.0118971;OID=.;OPOS=45708277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:418:391:191:192:210:199:0.508951:112:98:103:88:106:93:107:85 chr21 45712977 . T C 109.78 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00041838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.124;QD=9.97967;RBI=0.0528654;REFB=-0.0062864;REVB=0.0528638;RO=21;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114911;STB=0.564459;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00565353;OID=.;OPOS=45712977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:44:44:21:21:23:23:0.522727:9:14:10:11:9:14:10:11 chr21 45717550 . T C 2038.81 PASS AF=1;AO=213;DP=213;FAO=213;FDP=213;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179535;FXX=0.00467268;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.387;QD=38.2875;RBI=0.0247026;REFB=0;REVB=-0.0169674;RO=0;SAF=124;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1517e-07;OID=.;OPOS=45717550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:96:213:213:0:0:213:213:1:89:124:0:0:89:124:0:0 chr22 18566288 . C G 111.59 PASS AF=0.367347;AO=36;DP=98;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=20;FWDB=-0.0052876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6753;QD=4.55474;RBI=0.0351095;REFB=-0.00156495;REVB=-0.034709;RO=62;SAF=27;SAR=9;SRF=42;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100059;STB=0.557659;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00408094;OID=.;OPOS=18566288;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:62:62:36:36:0.367347:9:27:42:20:9:27:42:20 chr22 29099474 . T A 12.59 PASS AF=0.144578;AO=38;DP=250;FAO=36;FDP=249;FR=.;FRO=213;FSAF=1;FSAR=35;FSRF=81;FSRR=132;FWDB=-0.00664237;FXX=0.00399984;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.3772;QD=0.202228;RBI=0.0176023;REFB=-0.00288718;REVB=-0.016301;RO=167;SAF=1;SAR=37;SRF=76;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.688552;STB=0.944689;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0298174;OID=.;OPOS=29099474;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:250:249:167:213:38:36:0.144578:37:1:76:91:35:1:81:132 chr22 30038152 . A C 356.86 PASS AF=0.438914;AO=96;DP=220;FAO=97;FDP=221;FR=.;FRO=124;FSAF=56;FSAR=41;FSRF=70;FSRR=54;FWDB=-0.00418904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.056;QD=6.45894;RBI=0.0135229;REFB=0.0106464;REVB=0.0128577;RO=124;SAF=56;SAR=40;SRF=70;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195309;STB=0.507342;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.0136415;OID=.;OPOS=30038152;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:221:124:124:96:97:0.438914:40:56:70:54:41:56:70:54 chr22 30069207 . C T 326.04 PASS AF=0.4875;AO=78;DP=165;FAO=78;FDP=160;FR=.;FRO=82;FSAF=62;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=0.000730545;FXX=0.0303012;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0766;QD=8.15097;RBI=0.0499105;REFB=-0.0237763;REVB=-0.0499052;RO=79;SAF=62;SAR=16;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316912;STB=0.681925;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0225147;OID=.;OPOS=30069207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:160:79:82:78:78:0.4875:16:62:40:39:16:62:41:41 chr22 30077361 . G A 3638.67 PASS AF=0.98;AO=452;DP=462;FAO=392;FDP=400;FR=.;FRO=8;FSAF=180;FSAR=212;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0465211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.93;QD=36.3867;RBI=0.105847;REFB=-0.172711;REVB=0.0950751;RO=2;SAF=211;SAR=241;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.003945;STB=0.509259;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.000698933;OID=.;OPOS=30077361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:462:400:2:8:452:392:0.98:241:211:0:2:212:180:0:8 chr22 51063987 . G C 1024.71 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.3797;QD=38.3068;RBI=0.033708;REFB=0;REVB=-0.0111104;RO=0;SAF=106;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08965e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103608;OID=.;OPOS=51063987;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:48:107:107:0:0:107:107:1:1:106:0:0:1:106:0:0 chr22 51064039 . G C 953.28 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.117;QD=38.5166;RBI=0.0811624;REFB=0;REVB=0.0668919;RO=0;SAF=96;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000711735;OID=.;OPOS=51064039;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:45:99:99:0:0:99:99:1:3:96:0:0:3:96:0:0 chr22 51064141 . G A 998.18 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145388;FXX=0.00934492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.797;QD=37.6673;RBI=0.110437;REFB=-0.00907571;REVB=0.109476;RO=0;SAF=90;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.27647e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393997;OID=.;OPOS=51064141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:40:107:106:0:0:106:106:1:16:90:0:0:16:90:0:0 chr22 51064898 . G A 498.62 PASS AF=0.478599;AO=116;DP=249;FAO=123;FDP=257;FR=.;FRO=134;FSAF=69;FSAR=54;FSRF=69;FSRR=65;FWDB=0.0525168;FXX=0.0338333;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6257;QD=7.76063;RBI=0.0665957;REFB=-0.0535927;REVB=-0.0409507;RO=133;SAF=62;SAR=54;SRF=68;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225068;STB=0.524225;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0626259;OID=.;OPOS=51064898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:257:133:134:116:123:0.478599:54:62:68:65:54:69:69:65 chr22 51065524 . C A 269.05 PASS AF=0.492188;AO=63;DP=128;FAO=63;FDP=128;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=17;FSRR=48;FWDB=-0.021304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=393.885;QD=8.40778;RBI=0.038262;REFB=0.00947962;REVB=-0.0317823;RO=65;SAF=20;SAR=43;SRF=17;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609049;STB=0.533558;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00939048;OID=.;OPOS=51065524;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:65:65:63:63:0.492188:43:20:17:48:43:20:17:48 chrX 9711595 . G C 785.65 PASS AF=0.486076;AO=213;DP=447;FAO=192;FDP=395;FR=.;FRO=203;FSAF=94;FSAR=98;FSRF=99;FSRR=104;FWDB=-0.00803191;FXX=0.0124997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7141;QD=7.95595;RBI=0.0161868;REFB=-0.0190933;REVB=-0.0140535;RO=226;SAF=106;SAR=107;SRF=110;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102515;STB=0.500976;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0193004;OID=.;OPOS=9711595;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:447:395:226:203:213:192:0.486076:107:106:110:116:98:94:99:104 chrX 31224684 . A G 2438.08 PASS AF=1;AO=257;DP=259;FAO=257;FDP=257;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=170;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335808;FXX=0.00772171;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.802;QD=37.9467;RBI=0.0704571;REFB=-0.00137914;REVB=0.0619397;RO=2;SAF=87;SAR=170;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00557531;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05769e-05;OID=.;OPOS=31224684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:98:259:257:2:0:257:257:1:170:87:0:2:170:87:0:0 chrX 31496350 . C T 3318.51 PASS AF=1;AO=350;DP=352;FAO=350;FDP=350;FR=.;FRO=0;FSAF=151;FSAR=199;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130794;FXX=0.00568166;HRUN=3;LEN=1;MLLD=424.455;QD=37.9258;RBI=0.0131798;REFB=-0.0519237;REVB=0.00162407;RO=1;SAF=151;SAR=199;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00239159;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40997e-05;OID=.;OPOS=31496350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:352:350:1:0:350:350:1:199:151:0:1:199:151:0:0 chrX 31676096 . G A 614.85 PASS AF=0.493289;AO=147;DP=298;FAO=147;FDP=298;FR=.;FRO=151;FSAF=74;FSAR=73;FSRF=68;FSRR=83;FWDB=-0.00460563;FXX=0.00334437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5087;QD=8.25302;RBI=0.00509485;REFB=-0.0398167;REVB=-0.00217846;RO=151;SAF=74;SAR=73;SRF=68;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489896;STB=0.526879;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0437025;OID=.;OPOS=31676096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:298:151:151:147:147:0.493289:73:74:68:83:73:74:68:83 chrX 31986430 . C A 1899.87 PASS AF=1;AO=205;DP=206;FAO=200;FDP=200;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593367;FXX=0.0291248;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5016;QD=37.9975;RBI=0.0652229;REFB=-0.0174989;REVB=-0.0270774;RO=1;SAF=113;SAR=92;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00419693;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211116;OID=.;OPOS=31986430;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:81:206:200:1:0:205:200:1:92:113:1:0:87:113:0:0 chrX 32305879 . A AAT 66.93 PASS AF=0.3;AO=19;DP=111;FAO=30;FDP=100;FR=.;FRO=70;FSAF=1;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=60;FWDB=-0.050402;FXX=0.00990001;HRUN=5;LEN=2;MLLD=263.487;QD=2.67707;RBI=0.0515295;REFB=-0.0326052;REVB=-0.0107205;RO=80;SAF=0;SAR=19;SRF=19;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.688796;STB=0.781592;STBP=0.046;TYPE=ins;VARB=0.0739742;OID=.;OPOS=32305880;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=AAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:19:111:30:100:70:1:29:10:60:66:80:0:19:19:61 chrX 32380996 . C T 629.94 PASS AF=0.491857;AO=151;DP=307;FAO=151;FDP=307;FR=.;FRO=156;FSAF=77;FSAR=74;FSRF=82;FSRR=74;FWDB=-0.0536843;FXX=0.00967711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3531;QD=8.20763;RBI=0.0561996;REFB=-0.0678817;REVB=-0.016625;RO=152;SAF=77;SAR=74;SRF=78;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00295106;STB=0.507986;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.067216;OID=.;OPOS=32380996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:307:152:156:151:151:0.491857:74:77:78:74:74:77:82:74 chrX 32503194 . T C 670.34 PASS AF=0.526502;AO=148;DP=281;FAO=149;FDP=283;FR=.;FRO=134;FSAF=74;FSAR=75;FSRF=65;FSRR=69;FWDB=0.016824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.784;QD=9.47477;RBI=0.03052;REFB=-0.041048;REVB=-0.0254642;RO=133;SAF=73;SAR=75;SRF=65;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.003921;STB=0.505478;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0330141;OID=.;OPOS=32503194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:281:283:133:134:148:149:0.526502:75:73:65:68:75:74:65:69 chrX 38132628 . A G 343.09 PASS AF=0.469613;AO=85;DP=199;FAO=85;FDP=181;FR=.;FRO=96;FSAF=55;FSAR=30;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=0.0319878;FXX=0.103955;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.163;QD=7.58218;RBI=0.0321869;REFB=0.0136385;REVB=-0.0035748;RO=81;SAF=55;SAR=30;SRF=49;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403917;STB=0.575781;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.0162031;OID=.;OPOS=38132628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:181:81:96:85:85:0.469613:30:55:49:32:30:55:49:47 chrX 38226603 . A G 524.92 PASS AF=0.416667;AO=155;DP=372;FAO=155;FDP=372;FR=.;FRO=217;FSAF=79;FSAR=76;FSRF=93;FSRR=124;FWDB=-0.00675922;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=334.295;QD=5.64434;RBI=0.0383032;REFB=0.0032914;REVB=0.0377021;RO=217;SAF=79;SAR=76;SRF=93;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848486;STB=0.547237;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00432787;OID=.;OPOS=38226603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:372:372:217:217:155:155:0.416667:76:79:93:124:76:79:93:124 chrX 38240587 . T A 29.95 PASS AF=0.190184;AO=28;DP=159;FAO=31;FDP=163;FR=.;FRO=132;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=87;FSRR=45;FWDB=-0.00994822;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=74.7561;QD=0.734977;RBI=0.0296637;REFB=-0.00194629;REVB=0.0279458;RO=87;SAF=5;SAR=23;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485001;STB=0.800485;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00963329;OID=.;OPOS=38240587;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:159:163:87:132:28:31:0.190184:23:5:48:39:23:8:87:45 chrX 38280206 . C T 659.85 PASS AF=0.519164;AO=149;DP=287;FAO=149;FDP=287;FR=.;FRO=138;FSAF=80;FSAR=69;FSRF=63;FSRR=75;FWDB=-0.062671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5376;QD=9.19649;RBI=0.0634853;REFB=0.000264008;REVB=-0.0101358;RO=138;SAF=80;SAR=69;SRF=63;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070711;STB=0.53864;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.000610223;OID=.;OPOS=38280206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:287:138:138:149:149:0.519164:69:80:63:75:69:80:63:75 chrX 70339498 . C T 809.4 PASS AF=0.49;AO=211;DP=435;FAO=196;FDP=400;FR=.;FRO=204;FSAF=106;FSAR=90;FSRF=108;FSRR=96;FWDB=-0.0173614;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.706;QD=8.09401;RBI=0.0174693;REFB=-0.0222586;REVB=-0.00193891;RO=224;SAF=113;SAR=98;SRF=121;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00437137;STB=0.505849;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0244239;OID=.;OPOS=70339498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:435:400:224:204:211:196:0.49:98:113:121:103:90:106:108:96 chrX 70341122 . T TACTTTATCTGCTTC 50 PASS AO=188;DP=423;LEN=14;RO=235;SAF=74;SAR=113;SRF=129;SRR=107;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=70341123;OREF=-;OALT=ACTTTATCTGCTTC;OMAPALT=TACTTTATCTGCTTC GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:423:235:188:113:74:129:107 chrX 70341169 . A C 868.93 PASS AF=0.506266;AO=207;DP=409;FAO=202;FDP=399;FR=.;FRO=197;FSAF=95;FSAR=107;FSRF=96;FSRR=101;FWDB=-0.0748543;FXX=0.00249994;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7665;QD=8.71112;RBI=0.0749225;REFB=0.014879;REVB=-0.0031945;RO=197;SAF=98;SAR=109;SRF=95;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00787573;STB=0.50842;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.0131466;OID=.;OPOS=70341169;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:409:399:197:197:207:202:0.506266:109:98:95:102:107:95:96:101 chrX 70344763 . G T 244.7 PASS AF=0.45098;AO=57;DP=142;FAO=69;FDP=153;FR=.;FRO=84;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=0.00513804;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.505;QD=6.39746;RBI=0.0325759;REFB=-0.00176886;REVB=-0.0321681;RO=76;SAF=25;SAR=32;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00907259;STB=0.52127;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00207733;OID=.;OPOS=70344763;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:153:76:84:57:69:0.45098:32:25:34:42:42:27:36:48 chrX 70349947 . A C 405.09 PASS AF=0.523256;AO=87;DP=169;FAO=90;FDP=172;FR=.;FRO=82;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.0110321;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.768;QD=9.42067;RBI=0.0175536;REFB=-0.0118625;REVB=0.0136536;RO=82;SAF=41;SAR=46;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146566;STB=0.510107;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0104733;OID=.;OPOS=70349947;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:172:82:82:87:90:0.523256:46:41:40:42:48:42:40:42 chrX 70352628 . C T 593.89 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.128;QD=37.7072;RBI=0.0298581;REFB=0;REVB=-0.0168329;RO=0;SAF=1;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8847e-05;OID=.;OPOS=70352628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:63:63:0:0:63:63:1:62:1:0:0:62:1:0:0 chrX 70352632 . T C 604.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0623444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1657;QD=37.7883;RBI=0.0686179;REFB=0;REVB=0.0286635;RO=0;SAF=1;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.12807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172932;OID=.;OPOS=70352632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:29:64:64:0:0:64:64:1:63:1:0:0:63:1:0:0 chrX 70352637 . T C 627.7 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6259;QD=38.0426;RBI=0.027773;REFB=0;REVB=0.025247;RO=0;SAF=1;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.97532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240782;OID=.;OPOS=70352637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:66:66:0:0:66:66:1:65:1:0:0:65:1:0:0 chrX 70352647 . T C 627.7 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9246;QD=38.0426;RBI=0.0453847;REFB=0;REVB=0.0382978;RO=0;SAF=1;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100192;OID=.;OPOS=70352647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:30:66:66:0:0:65:66:1:64:1:0:0:65:1:0:0 chrX 70361967 . G A 546.39 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364745;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.536;QD=38.3431;RBI=0.0673342;REFB=0;REVB=0.0565995;RO=0;SAF=13;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000996976;OID=.;OPOS=70361967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:26:58:57:0:0:57:57:1:44:13:0:0:44:13:0:0 chrX 77298857 . G A 3360.85 PASS AF=1;AO=346;DP=346;FAO=349;FDP=349;FR=.;FRO=0;FSAF=162;FSAR=187;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00562443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.028;QD=38.5197;RBI=0.0559248;REFB=0;REVB=0.0556412;RO=0;SAF=162;SAR=184;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10421e-05;OID=.;OPOS=77298857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:99:346:349:0:0:346:349:1:184:162:0:0:187:162:0:0 chrX 85236837 . A T 50.43 PASS AF=0.263158;AO=21;DP=86;FAO=25;FDP=95;FR=.;FRO=70;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.0190855;FXX=0.0104156;HRUN=16;LEN=1;MLLD=109.61;QD=2.12352;RBI=0.049364;REFB=-0.00389651;REVB=0.0455252;RO=63;SAF=0;SAR=21;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.792199;STB=0.84744;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0282959;OID=.;OPOS=85236837;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:86:95:63:70:21:25:0.263158:21:0:34:29:22:3:38:32 chrX 85282415 . G A 1651.95 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00972166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.701;QD=38.1954;RBI=0.038788;REFB=0;REVB=0.03755;RO=0;SAF=129;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36674e-05;OID=.;OPOS=85282415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:78:172:173:0:0:172:173:1:43:129:0:0:43:130:0:0 chrX 100609547 . G A 519.77 PASS AF=0.550505;AO=107;DP=196;FAO=109;FDP=198;FR=.;FRO=89;FSAF=68;FSAR=41;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=-0.0963198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2724;QD=10.5005;RBI=0.128952;REFB=-0.0306693;REVB=-0.085739;RO=88;SAF=66;SAR=41;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517939;STB=0.52928;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0231194;OID=.;OPOS=100609547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:198:88:89:107:109:0.550505:41:66:49:39:41:68:50:39 chrX 119576455 . G A 728.4 PASS AF=0.482574;AO=180;DP=374;FAO=180;FDP=373;FR=.;FRO=193;FSAF=102;FSAR=78;FSRF=108;FSRR=85;FWDB=-0.025138;FXX=0.00267373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.912;QD=7.81129;RBI=0.0783517;REFB=-0.000985111;REVB=-0.0742097;RO=193;SAF=102;SAR=78;SRF=108;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00678271;STB=0.503726;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.000724234;OID=.;OPOS=119576455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:374:373:193:193:180:180:0.482574:78:102:108:85:78:102:108:85 chrX 119590533 . T A 1851.49 PASS AF=1;AO=195;DP=196;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.098034;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3128;QD=37.9793;RBI=0.102473;REFB=-0.127493;REVB=-0.0298335;RO=0;SAF=111;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000673741;OID=.;OPOS=119590533;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:79:196:195:0:0:195:195:1:84:111:0:0:84:111:0:0 chrX 131212512 . A G 721.11 PASS AF=0.515723;AO=164;DP=318;FAO=164;FDP=318;FR=.;FRO=154;FSAF=99;FSAR=65;FSRF=86;FSRR=68;FWDB=-0.0279093;FXX=0.0031347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.661;QD=9.07058;RBI=0.0427591;REFB=-0.0025934;REVB=-0.0323946;RO=154;SAF=99;SAR=65;SRF=86;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414429;STB=0.522663;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00402959;OID=.;OPOS=131212512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:318:154:154:164:164:0.515723:65:99:86:68:65:99:86:68 chrX 131212642 . C T 1065.7 PASS AF=0.576408;AO=215;DP=373;FAO=215;FDP=373;FR=.;FRO=158;FSAF=99;FSAR=116;FSRF=82;FSRR=76;FWDB=-0.00632409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.422;QD=11.4284;RBI=0.00643541;REFB=-0.0239016;REVB=0.00119181;RO=158;SAF=99;SAR=116;SRF=82;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458947;STB=0.524845;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0176262;OID=.;OPOS=131212642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:373:373:158:158:215:215:0.576408:116:99:82:76:116:99:82:76 chrX 131231257 . G A 526.3 PASS AF=0.524664;AO=117;DP=223;FAO=117;FDP=223;FR=.;FRO=106;FSAF=76;FSAR=41;FSRF=56;FSRR=50;FWDB=-0.0421079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.902;QD=9.44033;RBI=0.0600069;REFB=-0.020391;REVB=0.0427522;RO=106;SAF=76;SAR=41;SRF=56;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111339;STB=0.560989;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0169227;OID=.;OPOS=131231257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:106:106:117:117:0.524664:41:76:56:50:41:76:56:50 chrX 149807399 . T G 807.46 PASS AF=0.491139;AO=195;DP=365;FAO=194;FDP=395;FR=.;FRO=201;FSAF=88;FSAR=106;FSRF=110;FSRR=91;FWDB=0.00341721;FXX=0.0124997;HRUN=6;LEN=1;MLLD=194.889;QD=8.17683;RBI=0.0235809;REFB=-0.00595205;REVB=-0.023332;RO=169;SAF=88;SAR=107;SRF=94;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894674;STB=0.547641;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00594878;OID=.;OPOS=149807399;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:365:395:169:201:195:194:0.491139:107:88:94:75:106:88:110:91 chrX 153357566 . T C 24.55 PASS AF=0.357143;AO=7;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=18;FSRR=0;FWDB=0.00215026;FXX=0.0666445;HRUN=16;LEN=1;MLLD=52.2579;QD=3.50667;RBI=0.00215026;REFB=0.010446;REVB=0;RO=18;SAF=7;SAR=0;SRF=18;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0160814;OID=.;OPOS=153357566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:28:28:18:18:7:10:0.357143:0:7:18:0:0:10:18:0 chrX 153640406 . C T 312.6 PASS AF=0.536;AO=67;DP=125;FAO=67;FDP=125;FR=.;FRO=58;FSAF=1;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=58;FWDB=-0.00567657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1286;QD=10.0033;RBI=0.0122859;REFB=0.0168702;REVB=-0.0108959;RO=58;SAF=1;SAR=66;SRF=0;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285869;STB=0.652599;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.0148885;OID=.;OPOS=153640406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:58:58:67:67:0.536:66:1:0:58:66:1:0:58 chrX 153994596 . G T 1761.16 PASS AF=1;AO=184;DP=185;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00536804;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.537;QD=38.2861;RBI=0.0907683;REFB=0;REVB=0.0906095;RO=0;SAF=113;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59762e-05;OID=.;OPOS=153994596;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:83:185:184:0:0:184:184:1:71:113:0:0:71:113:0:0