CC-NBS-LRR GENE SEQUENCES
Description
Dataset containing SH3-NBS-LRR nucleotide sequences of Banco de dados contendo as sequências de nucleotídeos de genes do tipo CC-NBS-LRR alocados em loci parálogos ao locus SH3 de IAPAR59 de resistência à ferrugem alaranjada identificados em genomas de C. arabica cv. Caturra vermelho (PR497895 NCBI) e Bourbon (Illy), C. eugenioides (PR508372 e PR497891), C. canephora duplo-haploide (PR4211) e Et039 (não publicado). O Banco de dados está depositado no repositório https://data.mendeley.com/ com embargode um ano para acesso aberto.
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Os genes de resistência à ferrugem alaranjada, que codificam proteínas da família CC-NBS-LRR, agrupados em parálogos do loci SH3 de genomas sequenciados de Coffea spp. foram identificados in silico, alinhados e avaliados quanto à diversidade do domínio carboxi-terminal LRR (leucine reach repeats) que é importante para a interação planta-patógeno entre cafeeiros de diferentes variedades e espécies e o fungo causador da doença, Hemileia vastatrix. Os genomas acessados através do NCBI foram C. arabica cv. Caturra vermelho, PRJNA 497895 sequências referência e não referência; C. eugenioides acesso CCC68 do Cenicafé, Colômbia, PRJNA 508372 e PRJNA 497891 sequências referência e não referência; C. canephora diaploide DH200-94 IRD França, PRJEB 4211. As sequências desse mesmo genótipo de C. canephora depositadas no Coffee Hub (www.coffeehub.org) também foram acessadas. Foram acessadas ainda sequências do genoma de um indivíduo de C. arabica, oriundo de uma população natural da Etiópia e C. arabica var. Bourbon, genoma disponibilizado pela ILLY Café online. A identificação dos genes (3.2 - 3.3 kb) nas regiões parálogas ao loci SH3 de IAPAR 59 (250 kb), que foi sequenciado utilizando BACs, alinhamento e análise do polimorfismo entre e dentro dos diferentes genótipos permitiu determinar que há variabilidade quanto ao número (oito, seis, quatro), organização nos cromossomas 3 (e 6 em alguns genótipos) e sequencia de nucleotídeos dos genes de resistência encontrados nos diferentes loci SH3, o que pode estar relacionado com reações de resistência e susceptibilidade dos cafeeiros a diferentes raças fisiológicas de Hemileia vastatrix
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Embrapa Coffee
10.18.20.028.00.05