Apêndices e Anexos - Mestrado André Oliveira (Fiocruz - 2026)
Description
Dados complementares da dissertação de mestrado "Caracterização e Comparação Metagenômica do Microbioma e Resistoma de Lagoas do Pantanal Sul-Matogrossense sob Diferentes Condições de Impacto Pecuário e Proximidade com Pontederia crassipes" Este repositório contém os apêndices e anexos referentes à dissertação de mestrado de André Oliveira, defendida em 2026 no Programa de Pós Graduação em Biologia Computacional e Sistemas da Fiocruz. Anexo 1: Tabela com todos os parâmetros fisico-químicos inferidos das amostras de água coletadas em cada condição. Anexo 2: Planilha de controle de qualidade e resultados de extração de DNA de cada membrana para cada amostra (Corumbá = Reserva; Aquidauana = Fazenda). Apêndice 1: Matriz de identidade e abundância relativa (após o filtro de proporção mínima) dos gêneros bacterianos identificados nos reads em cada condição. Apêndice 2: Matriz de ocorrência dos gêneros bacterianos identificados nos contigs de cada condição. Apêndice 3: p-valor e Z-scores das metricas de diversidade alfa e beta observadas dos generos bacterianos identificados nos reads, comparadas às esperadas pelos modelos nulos. Apêndice 4: Matriz de abundância normalizada (após filtro de abundância minima e consolidação das anotações entre ferramentas) dos ARGs identificados nos reads em cada condição. Apêndice 5: Matriz de abundância (prevalência acumulada) das DRCs identificadas nos reads em cada condição. Apêndice 6: Porcentagem de contribuição de cada ARG para cada DRCs por condição analisada. Apêndice 7: Matriz de ocorrência dos ARGs identificados nos contigs em cada condição após a consolidação das anotações entre ferramentas. Apêndice 8: matriz de ocorrência das DRCs identificadas nos contigs em cada condição após a consolidação das anotações entre ferramentas. Apêndice 9: Gêneros bacterianos potenciais inferidos a partir dos ARGs identificados em cada condição segundo descrito na base do CARD Apêndice 10: p-valor e Z-scores das metricas de diversidade alfa e beta observadas dos ARGs identificados nos reads, comparadas às esperadas pelos modelos nulos. Apêndice 11: p-valor e Z-scores das metricas de diversidade alfa e beta observadas das DRCs identificados nos reads, comparadas às esperadas pelos modelos nulos.