Tutorial for quantification of collective signalling in time-lapse microscopy images

Published: 15 March 2024| Version 1 | DOI: 10.17632/z29fyn6kzz.1
Contributor:
Maciej Dobrzynski

Description

Raw data and a Jupyter notebook with Python code to quantify apoptosis-induced collective ERK activity waves in a starved MCF10A WT epithelium.

Files

Steps to reproduce

Download all folders, open the Jupyter notebook file "scripts/arcos-tutorial.ipynb", run the notebook.

Institutions

Universitat Bern

Categories

Cell Biology, Clustering, Mitogen-Activated Protein Kinase, Fluorescence Microscopy, Spatial Analysis, Time Series, Computational Biology

Funding

Chan Zuckerberg Initiative

2022-252527

Human Frontier Science Program

RGP0043/2019

Krebsliga Schweiz

KLS-4867-08-2019

Schweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen Forschung

31003A-163061

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51PHPO-163583

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